forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/MainFrame.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2010 Christian M. Zmasek
   6 // All rights reserved
   7 //
   8 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   9 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  10 // License as published by the Free Software Foundation; either
  11 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  12 //
  13 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  14 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  15 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  16 // Lesser General Public License for more details.
  17 //
  18 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  19 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  20 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  21 //
  22 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  23 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  24
  25 package org.forester.archaeopteryx;
  26
  27 import java.awt.Component;
  28 import java.awt.Container;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.awt.event.ActionListener;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.Locale;
  35 import java.util.Map;
  36
  37 import javax.swing.JApplet;
  38 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  39 import javax.swing.JFrame;
  40 import javax.swing.JMenu;
  41 import javax.swing.JMenuBar;
  42 import javax.swing.JMenuItem;
  43 import javax.swing.JOptionPane;
  44 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  45
  46 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  47 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  49 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  50 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  51 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  52 import org.forester.util.ForesterConstants;
  53 import org.forester.util.ForesterUtil;
  54
  55 public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
  56
  57     static final String       USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE      = "In this display type, use mousewheel + Shift to rotate [or A and S]";
  58     static final String       PHYLOXML_REF_TOOL_TIP               = Constants.PHYLOXML_REFERENCE;                                                                                                                                       //TODO //FIXME
  59     static final String       APTX_REF_TOOL_TIP                   = Constants.APTX_REFERENCE;
  60     private static final long serialVersionUID                    = 3655000897845508358L;
  61     final static Font         menu_font                           = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(),
  62                                                                               Font.PLAIN,
  63                                                                               10 );
  64     static final String       TYPE_MENU_HEADER                    = "Type";
  65     static final String       RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL         = "Rectangular";
  66     static final String       EURO_TYPE_CBMI_LABEL                = "Euro Type";
  67     static final String       CURVED_TYPE_CBMI_LABEL              = "Curved";
  68     static final String       TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL          = "Triangular";
  69     static final String       CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL              = "Convex";
  70     static final String       ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL             = "Rounded";
  71     static final String       UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL            = "Unrooted (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  72     static final String       CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL            = "Circular (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  73     static final String       OPTIONS_HEADER                      = "Options";
  74     static final String       SEARCH_SUBHEADER                    = "Search:";
  75     static final String       DISPLAY_SUBHEADER                   = "Display:";
  76     static final String       SEARCH_TERMS_ONLY_LABEL             = "Match Complete Terms Only";
  77     static final String       SEARCH_CASE_SENSITIVE_LABEL         = "Case Sensitive";
  78     static final String       INVERSE_SEARCH_RESULT_LABEL         = "Negate Result";
  79     static final String       DISPLAY_BRANCH_LENGTH_VALUES_LABEL  = "Display Branch Length Values";
  80     static final String       DISPLAY_SCALE_LABEL                 = "Display Scale";
  81     static final String       NON_LINED_UP_CLADOGRAMS_LABEL       = "Non-Lined Up Cladograms";
  82     static final String       UNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL            = "Total Node Sum Dependent Cladograms";
  83     static final String       LABEL_DIRECTION_LABEL               = "Radial Labels";
  84     static final String       LABEL_DIRECTION_TIP                 = "To use radial node labels in radial and unrooted display types";
  85     static final String       SCREEN_ANTIALIAS_LABEL              = "Antialias";
  86     static final String       COLOR_LABELS_LABEL                  = "Colorize Labels Same as Parent Branch";
  87     static final String       BG_GRAD_LABEL                       = "Background Color Gradient";
  88     static final String       DISPLAY_NODE_BOXES_LABEL            = "Display Node Shapes";
  89     static final String       SHOW_OVERVIEW_LABEL                 = "Show Overview";
  90     static final String       FONT_SIZE_MENU_LABEL                = "Font Size";
  91     static final String       NONUNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL         = "External Node Sum Dependent Cladograms";
  92     static final String       SHOW_DOMAIN_LABELS_LABEL            = "Show Domain Labels";
  93     static final String       COLOR_LABELS_TIP                    = "To use parent branch colors for node labels as well, need to turn off taxonomy dependent colorization and turn on branch colorization for this to become apparent";
  94     static final String       ABBREV_SN_LABEL                     = "Abbreviate Scientific Taxonomic Names";
  95     static final String       TAXONOMY_COLORIZE_NODE_SHAPES_LABEL = "Colorize Node Shapes According to Taxonomy";
  96     static final String       CYCLE_NODE_SHAPE_LABEL              = "Cycle Node Shapes";
  97     static final String       CYCLE_NODE_FILL_LABEL               = "Cycle Node Fill Type";
  98     static final String       CHOOSE_NODE_SIZE_LABEL              = "Choose Node Shape Size";
  99     JMenuBar                  _jmenubar;
 100     JMenu                     _file_jmenu;
 101     JMenu                     _tools_menu;
 102     JMenu                     _view_jmenu;
 103     JMenu                     _options_jmenu;
 104     JMenu                     _font_size_menu;
 105     JMenu                     _help_jmenu;
 106     JMenuItem[]               _load_phylogeny_from_webservice_menu_items;
 107     // file menu:
 108     JMenuItem                 _open_item;
 109     JMenuItem                 _open_url_item;
 110     JMenuItem                 _save_item;
 111     JMenuItem                 _save_all_item;
 112     JMenuItem                 _close_item;
 113     JMenuItem                 _exit_item;
 114     JMenuItem                 _new_item;
 115     // tools menu:
 116     JMenuItem                 _midpoint_root_item;
 117     JMenuItem                 _taxcolor_item;
 118     JMenuItem                 _confcolor_item;
 119     JMenuItem                 _infer_common_sn_names_item;
 120     JMenuItem                 _collapse_species_specific_subtrees;
 121     JMenuItem                 _collapse_below_threshold;                                                                                                                                                                                //TODO implememt me
 122     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_jmi;
 123     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_deleting_jmi;
 124     JMenuItem                 _obtain_uniprot_seq_information_jmi;
 125     JMenuItem                 _move_node_names_to_tax_sn_jmi;
 126     JMenuItem                 _move_node_names_to_seq_names_jmi;
 127     JMenuItem                 _extract_tax_code_from_node_names_jmi;
 128     // font size menu:
 129     JMenuItem                 _super_tiny_fonts_item;
 130     JMenuItem                 _tiny_fonts_item;
 131     JMenuItem                 _small_fonts_item;
 132     JMenuItem                 _medium_fonts_item;
 133     JMenuItem                 _large_fonts_item;
 134     // options menu:
 135     // _  screen and print
 136     JMenuItem                 _choose_font_mi;
 137     JMenuItem                 _switch_colors_mi;
 138     JCheckBoxMenuItem         _label_direction_cbmi;
 139     // _  screen display
 140     JCheckBoxMenuItem         _screen_antialias_cbmi;
 141     JCheckBoxMenuItem         _background_gradient_cbmi;
 142     JRadioButtonMenuItem      _non_lined_up_cladograms_rbmi;
 143     JRadioButtonMenuItem      _uniform_cladograms_rbmi;
 144     JRadioButtonMenuItem      _ext_node_dependent_cladogram_rbmi;
 145     JCheckBoxMenuItem         _show_branch_length_values_cbmi;
 146     JCheckBoxMenuItem         _show_scale_cbmi;                                                                                                                                                                                         //TODO fix me
 147     JCheckBoxMenuItem         _show_overview_cbmi;
 148     JCheckBoxMenuItem         _show_domain_labels;
 149     JCheckBoxMenuItem         _abbreviate_scientific_names;
 150     JCheckBoxMenuItem         _color_labels_same_as_parent_branch;
 151     JMenuItem                 _overview_placment_mi;
 152     JMenuItem                 _choose_minimal_confidence_mi;
 153     JCheckBoxMenuItem         _show_default_node_shapes_cbmi;
 154     JMenuItem                 _cycle_node_shape_mi;
 155     JMenuItem                 _cycle_node_fill_mi;
 156     JMenuItem                 _choose_node_size_mi;
 157     JCheckBoxMenuItem         _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi;
 158     // _  print
 159     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_visible_only_cbmi;
 160     JCheckBoxMenuItem         _antialias_print_cbmi;
 161     JCheckBoxMenuItem         _print_black_and_white_cbmi;
 162     JCheckBoxMenuItem         _print_using_actual_size_cbmi;
 163     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_using_actual_size_cbmi;
 164     JMenuItem                 _print_size_mi;
 165     JMenuItem                 _choose_pdf_width_mi;
 166     // _  parsing
 167     JCheckBoxMenuItem         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi;
 168     JCheckBoxMenuItem         _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi;
 169     JCheckBoxMenuItem         _replace_underscores_cbmi;
 170     // _  search
 171     JCheckBoxMenuItem         _search_case_senstive_cbmi;
 172     JCheckBoxMenuItem         _search_whole_words_only_cbmi;
 173     JCheckBoxMenuItem         _inverse_search_result_cbmi;
 174     // type menu:
 175     JMenu                     _type_menu;
 176     JCheckBoxMenuItem         _rectangular_type_cbmi;
 177     JCheckBoxMenuItem         _triangular_type_cbmi;
 178     JCheckBoxMenuItem         _curved_type_cbmi;
 179     JCheckBoxMenuItem         _convex_type_cbmi;
 180     JCheckBoxMenuItem         _euro_type_cbmi;
 181     JCheckBoxMenuItem         _rounded_type_cbmi;
 182     JCheckBoxMenuItem         _unrooted_type_cbmi;
 183     JCheckBoxMenuItem         _circular_type_cbmi;
 184     // view as text menu:
 185     JMenuItem                 _view_as_NH_item;
 186     JMenuItem                 _view_as_NHX_item;
 187     JMenuItem                 _view_as_XML_item;
 188     JMenuItem                 _view_as_nexus_item;
 189     JMenuItem                 _display_basic_information_item;
 190     // help menu:
 191     JMenuItem                 _about_item;
 192     JMenuItem                 _help_item;
 193     JMenuItem                 _website_item;
 194     JMenuItem                 _phyloxml_website_item;
 195     JMenuItem                 _phyloxml_ref_item;
 196     JMenuItem                 _aptx_ref_item;
 197     // Handy pointers to child components:
 198     MainPanel                 _mainpanel;
 199     Container                 _contentpane;
 200     TextFrame                 _textframe;
 201     Configuration             _configuration;
 202     JMenuItem                 _remove_branch_color_item;
 203     Options                   _options;
 204
 205     MainFrame() {
 206         // Empty constructor.
 207     }
 208
 209     /**
 210      * Action performed.
 211      */
 212     public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
 213         final Object o = e.getSource();
 214         boolean is_applet = false;
 215         JApplet applet = null;
 216         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 217             is_applet = getCurrentTreePanel().isApplet();
 218             if ( is_applet ) {
 219                 applet = getCurrentTreePanel().obtainApplet();
 220             }
 221         }
 222         if ( o == _open_url_item ) {
 223             readPhylogeniesFromURL();
 224         }
 225         else if ( o == _exit_item ) {
 226             close();
 227         }
 228         else if ( o == _taxcolor_item ) {
 229             taxColor();
 230         }
 231         else if ( o == _confcolor_item ) {
 232             confColor();
 233         }
 234         else if ( o == _infer_common_sn_names_item ) {
 235             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 236                 return;
 237             }
 238             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 239                 getCurrentTreePanel().inferCommonPartOfScientificNames();
 240             }
 241         }
 242         else if ( o == _collapse_species_specific_subtrees ) {
 243             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 244                 return;
 245             }
 246             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 247                 getCurrentTreePanel().collapseSpeciesSpecificSubtrees();
 248             }
 249         }
 250         else if ( o == _remove_branch_color_item ) {
 251             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 252                 return;
 253             }
 254             removeBranchColors();
 255         }
 256         else if ( o == _midpoint_root_item ) {
 257             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 258                 return;
 259             }
 260             midpointRoot();
 261         }
 262         else if ( o == _switch_colors_mi ) {
 263             switchColors();
 264         }
 265         else if ( o == _display_basic_information_item ) {
 266             displayBasicInformation();
 267         }
 268         else if ( o == _view_as_NH_item ) {
 269             viewAsNH();
 270         }
 271         else if ( o == _view_as_NHX_item ) {
 272             viewAsNHX();
 273         }
 274         else if ( o == _view_as_XML_item ) {
 275             viewAsXML();
 276         }
 277         else if ( o == _view_as_nexus_item ) {
 278             viewAsNexus();
 279         }
 280         else if ( o == _super_tiny_fonts_item ) {
 281             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 282                 getCurrentTreePanel().setSuperTinyFonts();
 283                 getCurrentTreePanel().repaint();
 284             }
 285         }
 286         else if ( o == _tiny_fonts_item ) {
 287             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 288                 getCurrentTreePanel().setTinyFonts();
 289                 getCurrentTreePanel().repaint();
 290             }
 291         }
 292         else if ( o == _small_fonts_item ) {
 293             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 294                 getCurrentTreePanel().setSmallFonts();
 295                 getCurrentTreePanel().repaint();
 296             }
 297         }
 298         else if ( o == _medium_fonts_item ) {
 299             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 300                 getCurrentTreePanel().setMediumFonts();
 301                 getCurrentTreePanel().repaint();
 302             }
 303         }
 304         else if ( o == _large_fonts_item ) {
 305             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 306                 getCurrentTreePanel().setLargeFonts();
 307                 getCurrentTreePanel().repaint();
 308             }
 309         }
 310         else if ( o == _choose_font_mi ) {
 311             chooseFont();
 312         }
 313         else if ( o == _choose_minimal_confidence_mi ) {
 314             chooseMinimalConfidence();
 315         }
 316         else if ( o == _choose_node_size_mi ) {
 317             chooseNodeSize( getOptions(), this );
 318         }
 319         else if ( o == _overview_placment_mi ) {
 320             MainFrame.cycleOverview( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 321         }
 322         else if ( o == _cycle_node_fill_mi ) {
 323             MainFrame.cycleNodeFill( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 324         }
 325         else if ( o == _cycle_node_shape_mi ) {
 326             MainFrame.cycleNodeShape( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 327         }
 328         else if ( o == _screen_antialias_cbmi ) {
 329             updateOptions( getOptions() );
 330             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 331         }
 332         else if ( o == _background_gradient_cbmi ) {
 333             updateOptions( getOptions() );
 334         }
 335         else if ( o == _show_domain_labels ) {
 336             updateOptions( getOptions() );
 337         }
 338         else if ( o == _abbreviate_scientific_names ) {
 339             updateOptions( getOptions() );
 340         }
 341         else if ( o == _color_labels_same_as_parent_branch ) {
 342             updateOptions( getOptions() );
 343         }
 344         else if ( o == _show_default_node_shapes_cbmi ) {
 345             updateOptions( getOptions() );
 346         }
 347         else if ( o == _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi ) {
 348             updateOptions( getOptions() );
 349         }
 350         else if ( o == _non_lined_up_cladograms_rbmi ) {
 351             updateOptions( getOptions() );
 352             showWhole();
 353         }
 354         else if ( o == _uniform_cladograms_rbmi ) {
 355             updateOptions( getOptions() );
 356             showWhole();
 357         }
 358         else if ( o == _ext_node_dependent_cladogram_rbmi ) {
 359             updateOptions( getOptions() );
 360             showWhole();
 361         }
 362         else if ( o == _search_case_senstive_cbmi ) {
 363             updateOptions( getOptions() );
 364             getMainPanel().getControlPanel().search();
 365         }
 366         else if ( o == _search_whole_words_only_cbmi ) {
 367             updateOptions( getOptions() );
 368             getMainPanel().getControlPanel().search();
 369         }
 370         else if ( o == _inverse_search_result_cbmi ) {
 371             updateOptions( getOptions() );
 372             getMainPanel().getControlPanel().search();
 373         }
 374         else if ( o == _show_scale_cbmi ) {
 375             updateOptions( getOptions() );
 376         }
 377         else if ( o == _show_branch_length_values_cbmi ) {
 378             updateOptions( getOptions() );
 379         }
 380         else if ( o == _label_direction_cbmi ) {
 381             updateOptions( getOptions() );
 382         }
 383         else if ( o == _show_overview_cbmi ) {
 384             updateOptions( getOptions() );
 385             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 386                 getCurrentTreePanel().updateOvSizes();
 387             }
 388         }
 389         else if ( ( o == _rectangular_type_cbmi ) || ( o == _triangular_type_cbmi ) || ( o == _curved_type_cbmi )
 390                 || ( o == _convex_type_cbmi ) || ( o == _euro_type_cbmi ) || ( o == _rounded_type_cbmi )
 391                 || ( o == _unrooted_type_cbmi ) || ( o == _circular_type_cbmi ) ) {
 392             typeChanged( o );
 393         }
 394         else if ( o == _about_item ) {
 395             about();
 396         }
 397         else if ( o == _help_item ) {
 398             help( getConfiguration().getWebLinks() );
 399         }
 400         else if ( o == _website_item ) {
 401             try {
 402                 Util.openWebsite( Constants.APTX_WEB_SITE, is_applet, applet );
 403             }
 404             catch ( final IOException e1 ) {
 405                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 406             }
 407         }
 408         else if ( o == _phyloxml_website_item ) {
 409             try {
 410                 Util.openWebsite( Constants.PHYLOXML_WEB_SITE, is_applet, applet );
 411             }
 412             catch ( final IOException e1 ) {
 413                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 414             }
 415         }
 416         else if ( o == _aptx_ref_item ) {
 417             try {
 418                 Util.openWebsite( Constants.APTX_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 419             }
 420             catch ( final IOException e1 ) {
 421                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 422             }
 423         }
 424         else if ( o == _phyloxml_ref_item ) {
 425             try {
 426                 Util.openWebsite( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 427             }
 428             catch ( final IOException e1 ) {
 429                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 430             }
 431         }
 432         else {
 433             if ( _load_phylogeny_from_webservice_menu_items != null ) {
 434                 for( int i = 0; i < _load_phylogeny_from_webservice_menu_items.length; ++i ) {
 435                     if ( o == _load_phylogeny_from_webservice_menu_items[ i ] ) {
 436                         readPhylogeniesFromWebservice( i );
 437                     }
 438                 }
 439             }
 440         }
 441         _contentpane.repaint();
 442     }
 443
 444     boolean isSubtreeDisplayed() {
 445         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 446             if ( getCurrentTreePanel().isCurrentTreeIsSubtree() ) {
 447                 JOptionPane
 448                         .showMessageDialog( this,
 449                                             "This operation can only be performed on a complete tree, not on the currently displayed sub-tree only.",
 450                                             "Operation can not be exectuted on a sub-tree",
 451                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 452                 return true;
 453             }
 454         }
 455         return false;
 456     }
 457
 458     void activateSaveAllIfNeeded() {
 459         if ( ( getMainPanel().getTabbedPane() != null ) && ( getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount() > 1 ) ) {
 460             _save_all_item.setEnabled( true );
 461         }
 462         else {
 463             _save_all_item.setEnabled( false );
 464         }
 465     }
 466
 467     void buildFileMenu() {
 468         _file_jmenu = createMenu( "File", getConfiguration() );
 469         _file_jmenu.add( _open_url_item = new JMenuItem( "Read tree from URL/webservice..." ) );
 470         _file_jmenu.addSeparator();
 471         _file_jmenu.add( _exit_item = new JMenuItem( "Exit" ) );
 472         customizeJMenuItem( _open_url_item );
 473         customizeJMenuItem( _exit_item );
 474         _jmenubar.add( _file_jmenu );
 475     }
 476
 477     void buildFontSizeMenu() {
 478         _font_size_menu = createMenu( FONT_SIZE_MENU_LABEL, getConfiguration() );
 479         _font_size_menu.add( _super_tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Super Tiny Fonts" ) );
 480         _font_size_menu.add( _tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Tiny Fonts" ) );
 481         _font_size_menu.add( _small_fonts_item = new JMenuItem( "Small Fonts" ) );
 482         _font_size_menu.add( _medium_fonts_item = new JMenuItem( "Medium Fonts" ) );
 483         _font_size_menu.add( _large_fonts_item = new JMenuItem( "Large Fonts" ) );
 484         customizeJMenuItem( _super_tiny_fonts_item );
 485         customizeJMenuItem( _tiny_fonts_item );
 486         customizeJMenuItem( _small_fonts_item );
 487         customizeJMenuItem( _medium_fonts_item );
 488         customizeJMenuItem( _large_fonts_item );
 489         _jmenubar.add( _font_size_menu );
 490     }
 491
 492     void buildHelpMenu() {
 493         _help_jmenu = createMenu( "Help", getConfiguration() );
 494         _help_jmenu.add( _help_item = new JMenuItem( "Help" ) );
 495         _help_jmenu.add( _website_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Home" ) );
 496         _aptx_ref_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Reference" );
 497         _help_jmenu.add( _phyloxml_website_item = new JMenuItem( "phyloXML Home" ) );
 498         _help_jmenu.add( _phyloxml_ref_item = new JMenuItem( "phyloXML Reference" ) );
 499         _help_jmenu.addSeparator();
 500         _help_jmenu.add( _about_item = new JMenuItem( "About" ) );
 501         customizeJMenuItem( _help_item );
 502         customizeJMenuItem( _website_item );
 503         customizeJMenuItem( _phyloxml_website_item );
 504         customizeJMenuItem( _aptx_ref_item );
 505         customizeJMenuItem( _phyloxml_ref_item );
 506         customizeJMenuItem( _about_item );
 507         _phyloxml_ref_item.setToolTipText( PHYLOXML_REF_TOOL_TIP );
 508         _aptx_ref_item.setToolTipText( APTX_REF_TOOL_TIP );
 509         _jmenubar.add( _help_jmenu );
 510     }
 511
 512     void buildTypeMenu() {
 513         _type_menu = createMenu( TYPE_MENU_HEADER, getConfiguration() );
 514         _type_menu.add( _rectangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 515         _type_menu.add( _euro_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.EURO_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 516         _type_menu.add( _rounded_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 517         _type_menu.add( _curved_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CURVED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 518         _type_menu.add( _triangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 519         _type_menu.add( _convex_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 520         _type_menu.add( _unrooted_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 521         _type_menu.add( _circular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 522         customizeCheckBoxMenuItem( _rectangular_type_cbmi, false );
 523         customizeCheckBoxMenuItem( _triangular_type_cbmi, false );
 524         customizeCheckBoxMenuItem( _euro_type_cbmi, false );
 525         customizeCheckBoxMenuItem( _rounded_type_cbmi, false );
 526         customizeCheckBoxMenuItem( _curved_type_cbmi, false );
 527         customizeCheckBoxMenuItem( _convex_type_cbmi, false );
 528         customizeCheckBoxMenuItem( _unrooted_type_cbmi, false );
 529         customizeCheckBoxMenuItem( _circular_type_cbmi, false );
 530         _unrooted_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 531         _circular_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 532         initializeTypeMenu( getOptions() );
 533         _jmenubar.add( _type_menu );
 534     }
 535
 536     void buildViewMenu() {
 537         _view_jmenu = createMenu( "View", getConfiguration() );
 538         _view_jmenu.add( _display_basic_information_item = new JMenuItem( "Display Basic Information" ) );
 539         _view_jmenu.addSeparator();
 540         _view_jmenu.add( _view_as_XML_item = new JMenuItem( "View as phyloXML" ) );
 541         _view_jmenu.add( _view_as_NH_item = new JMenuItem( "View as Newick" ) );
 542         _view_jmenu.add( _view_as_NHX_item = new JMenuItem( "View as NHX" ) );
 543         _view_jmenu.add( _view_as_nexus_item = new JMenuItem( "View as Nexus" ) );
 544         customizeJMenuItem( _display_basic_information_item );
 545         customizeJMenuItem( _view_as_NH_item );
 546         customizeJMenuItem( _view_as_NHX_item );
 547         customizeJMenuItem( _view_as_XML_item );
 548         customizeJMenuItem( _view_as_nexus_item );
 549         _jmenubar.add( _view_jmenu );
 550     }
 551
 552     private void chooseFont() {
 553         final FontChooser fc = new FontChooser();
 554         fc.setFont( getMainPanel().getTreeFontSet().getLargeFont() );
 555         fc.showDialog( this, "Select the Base Font" );
 556         getMainPanel().getTreeFontSet().setBaseFont( fc.getFont() );
 557     }
 558
 559     private void chooseMinimalConfidence() {
 560         final String s = ( String ) JOptionPane
 561                 .showInputDialog( this,
 562                                   "Please enter the minimum for confidence values to be displayed.\n"
 563                                           + "[current value: " + getOptions().getMinConfidenceValue() + "]\n",
 564                                   "Minimal Confidence Value",
 565                                   JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 566                                   null,
 567                                   null,
 568                                   getOptions().getMinConfidenceValue() );
 569         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 570             boolean success = true;
 571             double m = 0.0;
 572             final String m_str = s.trim();
 573             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 574                 try {
 575                     m = Double.parseDouble( m_str );
 576                 }
 577                 catch ( final Exception ex ) {
 578                     success = false;
 579                 }
 580             }
 581             else {
 582                 success = false;
 583             }
 584             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 585                 getOptions().setMinConfidenceValue( m );
 586             }
 587         }
 588     }
 589
 590     static void chooseNodeSize( final Options options, final Component parent ) {
 591         final String s = ( String ) JOptionPane.showInputDialog( parent,
 592                                                                  "Please enter the default size for node shapes.\n"
 593                                                                          + "[current value: "
 594                                                                          + options.getDefaultNodeShapeSize() + "]\n",
 595                                                                  "Node Shape Size",
 596                                                                  JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 597                                                                  null,
 598                                                                  null,
 599                                                                  options.getDefaultNodeShapeSize() );
 600         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 601             boolean success = true;
 602             double m = 0.0;
 603             final String m_str = s.trim();
 604             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 605                 try {
 606                     m = Double.parseDouble( m_str );
 607                 }
 608                 catch ( final Exception ex ) {
 609                     success = false;
 610                 }
 611             }
 612             else {
 613                 success = false;
 614             }
 615             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 616                 final short size = ForesterUtil.roundToShort( m );
 617                 if ( size >= 0.0 ) {
 618                     options.setDefaultNodeShapeSize( size );
 619                 }
 620             }
 621         }
 622     }
 623
 624     void close() {
 625         removeTextFrame();
 626         if ( _mainpanel != null ) {
 627             _mainpanel.terminate();
 628         }
 629         if ( _contentpane != null ) {
 630             _contentpane.removeAll();
 631         }
 632         setVisible( false );
 633         dispose();
 634     }
 635
 636     void confColor() {
 637         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 638             _mainpanel.getCurrentTreePanel().confColor();
 639         }
 640     }
 641
 642     void customizeCheckBoxMenuItem( final JCheckBoxMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 643         if ( item != null ) {
 644             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 645             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 646                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 647                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 648             }
 649             item.setSelected( is_selected );
 650             item.addActionListener( this );
 651         }
 652     }
 653
 654     void customizeJMenuItem( final JMenuItem jmi ) {
 655         if ( jmi != null ) {
 656             jmi.setFont( MainFrame.menu_font );
 657             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 658                 jmi.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 659                 jmi.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 660             }
 661             jmi.addActionListener( this );
 662         }
 663     }
 664
 665     void customizeRadioButtonMenuItem( final JRadioButtonMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 666         if ( item != null ) {
 667             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 668             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 669                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 670                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 671             }
 672             item.setSelected( is_selected );
 673             item.addActionListener( this );
 674         }
 675     }
 676
 677     void exceptionOccuredDuringOpenFile( final Exception e ) {
 678         try {
 679             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 680         }
 681         catch ( final Exception ex ) {
 682             // Do nothing.
 683         }
 684         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 685                                        ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 686                                        "Error during File|Open",
 687                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 688     }
 689
 690     void exceptionOccuredDuringSaveAs( final Exception e ) {
 691         try {
 692             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 693         }
 694         catch ( final Exception ex ) {
 695             // Do nothing.
 696         }
 697         JOptionPane.showMessageDialog( this, "Exception" + e, "Error during File|SaveAs", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 698     }
 699
 700     boolean GAndSDoHaveMoreThanOneSpeciesInComman( final Phylogeny gene_tree ) {
 701         if ( ( gene_tree == null ) || gene_tree.isEmpty() ) {
 702             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 703                                            "Gene tree and species tree have no species in common.",
 704                                            "Error during SDI",
 705                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 706             return false;
 707         }
 708         else if ( gene_tree.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) {
 709             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 710                                            "Gene tree and species tree have only one species in common.",
 711                                            "Error during SDI",
 712                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 713             return false;
 714         }
 715         else {
 716             return true;
 717         }
 718     }
 719
 720     public Configuration getConfiguration() {
 721         return _configuration;
 722     }
 723
 724     TreePanel getCurrentTreePanel() {
 725         return getMainPanel().getCurrentTreePanel();
 726     }
 727
 728     JMenu getHelpMenu() {
 729         return _help_jmenu;
 730     }
 731
 732     JCheckBoxMenuItem getlabelDirectionCbmi() {
 733         return _label_direction_cbmi;
 734     }
 735
 736     MainPanel getMainPanel() {
 737         return _mainpanel;
 738     }
 739
 740     JMenuBar getMenuBarOfMainFrame() {
 741         return _jmenubar;
 742     }
 743
 744     Options getOptions() {
 745         return _options;
 746     }
 747
 748     void initializeTypeMenu( final Options options ) {
 749         setTypeMenuToAllUnselected();
 750         switch ( options.getPhylogenyGraphicsType() ) {
 751             case CONVEX:
 752                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 753                 break;
 754             case CURVED:
 755                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 756                 break;
 757             case EURO_STYLE:
 758                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 759                 break;
 760             case ROUNDED:
 761                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 762                 break;
 763             case TRIANGULAR:
 764                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 765                 break;
 766             case UNROOTED:
 767                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 768                 break;
 769             case CIRCULAR:
 770                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 771                 break;
 772             default:
 773                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 774                 break;
 775         }
 776     }
 777
 778     void midpointRoot() {
 779         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 780             _mainpanel.getCurrentTreePanel().midpointRoot();
 781         }
 782     }
 783
 784     abstract void readPhylogeniesFromURL();
 785
 786     void readPhylogeniesFromWebservice( final int i ) {
 787         final UrlTreeReader reader = new UrlTreeReader( this, i );
 788         new Thread( reader ).start();
 789     }
 790
 791     private void removeBranchColors() {
 792         if ( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() != null ) {
 793             Util.removeBranchColors( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() );
 794         }
 795     }
 796
 797     void removeTextFrame() {
 798         if ( _textframe != null ) {
 799             _textframe.close();
 800             _textframe = null;
 801         }
 802     }
 803
 804     void setConfiguration( final Configuration configuration ) {
 805         _configuration = configuration;
 806     }
 807
 808     void setOptions( final Options options ) {
 809         _options = options;
 810     }
 811
 812     void setSelectedTypeInTypeMenu( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE type ) {
 813         setTypeMenuToAllUnselected();
 814         switch ( type ) {
 815             case CIRCULAR:
 816                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 817                 break;
 818             case CONVEX:
 819                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 820                 break;
 821             case CURVED:
 822                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 823                 break;
 824             case EURO_STYLE:
 825                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 826                 break;
 827             case ROUNDED:
 828                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 829                 break;
 830             case RECTANGULAR:
 831                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 832                 break;
 833             case TRIANGULAR:
 834                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 835                 break;
 836             case UNROOTED:
 837                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 838                 break;
 839             default:
 840                 throw new IllegalArgumentException( "unknown type: " + type );
 841         }
 842     }
 843
 844     void setTypeMenuToAllUnselected() {
 845         _convex_type_cbmi.setSelected( false );
 846         _curved_type_cbmi.setSelected( false );
 847         _euro_type_cbmi.setSelected( false );
 848         _rounded_type_cbmi.setSelected( false );
 849         _triangular_type_cbmi.setSelected( false );
 850         _rectangular_type_cbmi.setSelected( false );
 851         _unrooted_type_cbmi.setSelected( false );
 852         _circular_type_cbmi.setSelected( false );
 853     }
 854
 855     public void showWhole() {
 856         _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 857     }
 858
 859     void switchColors() {
 860         final TreeColorSet colorset = _mainpanel.getTreeColorSet();
 861         final ColorSchemeChooser csc = new ColorSchemeChooser( getMainPanel(), colorset );
 862         csc.setVisible( true );
 863     }
 864
 865     void taxColor() {
 866         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 867             _mainpanel.getCurrentTreePanel().taxColor();
 868         }
 869     }
 870
 871     void typeChanged( final Object o ) {
 872         updateTypeCheckboxes( getOptions(), o );
 873         updateOptions( getOptions() );
 874         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 875             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE previous_type = getCurrentTreePanel().getPhylogenyGraphicsType();
 876             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE new_type = getOptions().getPhylogenyGraphicsType();
 877             if ( ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 878                     || ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) )
 879                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 880                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) ) {
 881                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().showWhole();
 882             }
 883             if ( getCurrentTreePanel().isPhyHasBranchLengths() && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 884                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( true );
 885             }
 886             else {
 887                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( false );
 888             }
 889             getCurrentTreePanel().setPhylogenyGraphicsType( getOptions().getPhylogenyGraphicsType() );
 890             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 891             if ( getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
 892                 if ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
 893                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( false );
 894                 }
 895                 else {
 896                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( true );
 897                 }
 898             }
 899         }
 900     }
 901
 902     void updateOptions( final Options options ) {
 903         options.setAntialiasScreen( ( _screen_antialias_cbmi != null ) && _screen_antialias_cbmi.isSelected() );
 904         options.setBackgroundColorGradient( ( _background_gradient_cbmi != null )
 905                 && _background_gradient_cbmi.isSelected() );
 906         options.setShowDomainLabels( ( _show_domain_labels != null ) && _show_domain_labels.isSelected() );
 907         options.setAbbreviateScientificTaxonNames( ( _abbreviate_scientific_names != null )
 908                 && _abbreviate_scientific_names.isSelected() );
 909         options.setColorLabelsSameAsParentBranch( ( _color_labels_same_as_parent_branch != null )
 910                 && _color_labels_same_as_parent_branch.isSelected() );
 911         options.setShowDefaultNodeShapes( ( _show_default_node_shapes_cbmi != null )
 912                 && _show_default_node_shapes_cbmi.isSelected() );
 913         options.setTaxonomyColorizeNodeShapes( ( _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi != null )
 914                 && _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi.isSelected() );
 915         if ( ( _non_lined_up_cladograms_rbmi != null ) && ( _non_lined_up_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
 916             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
 917         }
 918         else if ( ( _uniform_cladograms_rbmi != null ) && ( _uniform_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
 919             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
 920         }
 921         else if ( ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi != null ) && ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi.isSelected() ) ) {
 922             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
 923         }
 924         options.setSearchCaseSensitive( ( _search_case_senstive_cbmi != null )
 925                 && _search_case_senstive_cbmi.isSelected() );
 926         if ( ( _show_scale_cbmi != null ) && _show_scale_cbmi.isEnabled() ) {
 927             options.setShowScale( _show_scale_cbmi.isSelected() );
 928         }
 929         if ( _label_direction_cbmi != null ) {
 930             if ( _label_direction_cbmi.isSelected() ) {
 931                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
 932             }
 933             else {
 934                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
 935             }
 936         }
 937         options.setShowOverview( ( _show_overview_cbmi != null ) && _show_overview_cbmi.isSelected() );
 938         if ( ( _show_branch_length_values_cbmi != null ) && _show_branch_length_values_cbmi.isEnabled() ) {
 939             options.setShowBranchLengthValues( _show_branch_length_values_cbmi.isSelected() );
 940         }
 941         options.setPrintUsingActualSize( ( _print_using_actual_size_cbmi != null )
 942                 && ( _print_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
 943         options.setGraphicsExportUsingActualSize( ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null )
 944                 && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
 945         options.setAntialiasPrint( ( _antialias_print_cbmi != null ) && _antialias_print_cbmi.isSelected() );
 946         options.setPrintBlackAndWhite( ( _print_black_and_white_cbmi != null )
 947                 && _print_black_and_white_cbmi.isSelected() );
 948         options.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( ( _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi != null )
 949                 && _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi.isSelected() );
 950         options.setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( ( _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi != null )
 951                 && _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi.isSelected() );
 952         options.setReplaceUnderscoresInNhParsing( ( _replace_underscores_cbmi != null )
 953                 && _replace_underscores_cbmi.isSelected() );
 954         options.setMatchWholeTermsOnly( ( _search_whole_words_only_cbmi != null )
 955                 && _search_whole_words_only_cbmi.isSelected() );
 956         options.setInverseSearchResult( ( _inverse_search_result_cbmi != null )
 957                 && _inverse_search_result_cbmi.isSelected() );
 958         if ( _graphics_export_visible_only_cbmi != null ) {
 959             options.setGraphicsExportVisibleOnly( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() );
 960             if ( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null ) ) {
 961                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setSelected( true );
 962                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( false );
 963             }
 964             else {
 965                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( true );
 966             }
 967         }
 968         if ( ( _rectangular_type_cbmi != null ) && _rectangular_type_cbmi.isSelected() ) {
 969             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
 970         }
 971         else if ( ( _triangular_type_cbmi != null ) && _triangular_type_cbmi.isSelected() ) {
 972             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
 973         }
 974         else if ( ( _curved_type_cbmi != null ) && _curved_type_cbmi.isSelected() ) {
 975             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
 976         }
 977         else if ( ( _convex_type_cbmi != null ) && _convex_type_cbmi.isSelected() ) {
 978             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
 979         }
 980         else if ( ( _euro_type_cbmi != null ) && _euro_type_cbmi.isSelected() ) {
 981             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
 982         }
 983         else if ( ( _rounded_type_cbmi != null ) && _rounded_type_cbmi.isSelected() ) {
 984             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
 985         }
 986         else if ( ( _unrooted_type_cbmi != null ) && _unrooted_type_cbmi.isSelected() ) {
 987             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
 988         }
 989         else if ( ( _circular_type_cbmi != null ) && _circular_type_cbmi.isSelected() ) {
 990             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
 991         }
 992     }
 993
 994     void updateTypeCheckboxes( final Options options, final Object o ) {
 995         setTypeMenuToAllUnselected();
 996         ( ( JCheckBoxMenuItem ) o ).setSelected( true );
 997     }
 998
 999     void displayBasicInformation() {
1000         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty() ) {
1001             return;
1002         }
1003         _textframe = TextFrame.instantiate( Util.crateBasicInformation( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() ) );
1004     }
1005
1006     void viewAsNexus() {
1007         removeTextFrame();
1008         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1009                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
1010             return;
1011         }
1012         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNexus() );
1013     }
1014
1015     void viewAsNH() {
1016         removeTextFrame();
1017         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1018                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
1019             return;
1020         }
1021         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNewHampshire( false ) );
1022     }
1023
1024     void viewAsNHX() {
1025         removeTextFrame();
1026         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1027                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
1028             return;
1029         }
1030         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNewHampshireX() );
1031     }
1032
1033     void viewAsXML() {
1034         removeTextFrame();
1035         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() != null ) && !_mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1036                 && ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() <= 10000 ) ) {
1037             _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toPhyloXML( 0 ) );
1038         }
1039     }
1040
1041     /**
1042      * Display the about box.
1043      */
1044     static void about() {
1045         final StringBuffer about = new StringBuffer( "Archaeopteryx\nVersion " + Constants.VERSION + "\n" );
1046         about.append( "Copyright (C) 2007-2011 Christian Zmasek\n" );
1047         about.append( "All Rights Reserved\n" );
1048         about.append( "License: GNU Lesser General Public License (LGPL)\n" );
1049         about.append( "Last modified: " + Constants.PRG_DATE + "\n" );
1050         about.append( "phyloXML version : " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1051         about.append( "phyloXML location: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "\n" );
1052         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VERSION ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VENDOR ) ) {
1053             about.append( "[your Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]\n" );
1054         }
1055         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_NAME ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_ARCH )
1056                 && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_VERSION ) ) {
1057             about.append( "[your OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " "
1058                     + ForesterUtil.OS_VERSION + "]\n" );
1059         }
1060         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1061         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1062         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1063         about.append( "[free memory: " + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB]\n" );
1064         about.append( "[locale: " + Locale.getDefault() + "]\n" );
1065         about.append( "References:\n" );
1066         about.append( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_SHORT + "\n" );
1067         about.append( "For more information & download:\n" );
1068         about.append( Constants.APTX_WEB_SITE + "\n" );
1069         about.append( "Comments: " + Constants.AUTHOR_EMAIL );
1070         JOptionPane.showMessageDialog( null, about, Constants.PRG_NAME, JOptionPane.PLAIN_MESSAGE );
1071     }
1072
1073     static String createCurrentFontDesc( final TreeFontSet tree_font_set ) {
1074         return tree_font_set.getLargeFont().getFamily() + " " + tree_font_set.getLargeFont().getSize();
1075     }
1076
1077     static JMenu createMenu( final String title, final Configuration conf ) {
1078         final JMenu jmenu = new JMenu( title );
1079         if ( !conf.isUseNativeUI() ) {
1080             jmenu.setFont( MainFrame.menu_font );
1081             jmenu.setBackground( conf.getGuiMenuBackgroundColor() );
1082             jmenu.setForeground( conf.getGuiMenuTextColor() );
1083         }
1084         return jmenu;
1085     }
1086
1087     static JMenuItem customizeMenuItemAsLabel( final JMenuItem label, final Configuration configuration ) {
1088         label.setFont( MainFrame.menu_font.deriveFont( Font.BOLD ) );
1089         if ( !configuration.isUseNativeUI() ) {
1090             label.setBackground( configuration.getGuiMenuBackgroundColor() );
1091             label.setForeground( configuration.getGuiMenuTextColor() );
1092             label.setOpaque( true );
1093         }
1094         label.setSelected( false );
1095         label.setEnabled( false );
1096         return label;
1097     }
1098
1099     static void cycleOverview( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1100         switch ( op.getOvPlacement() ) {
1101             case LOWER_LEFT:
1102                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1103                 break;
1104             case LOWER_RIGHT:
1105                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1106                 break;
1107             case UPPER_LEFT:
1108                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1109                 break;
1110             case UPPER_RIGHT:
1111                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1112                 break;
1113             default:
1114                 throw new RuntimeException( "unknown placement: " + op.getOvPlacement() );
1115         }
1116         if ( tree_panel != null ) {
1117             tree_panel.updateOvSettings();
1118         }
1119     }
1120
1121     static void cycleNodeFill( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1122         switch ( op.getDefaultNodeFill() ) {
1123             case GRADIENT:
1124                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1125                 break;
1126             case NONE:
1127                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1128                 break;
1129             case SOLID:
1130                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1131                 break;
1132             default:
1133                 throw new RuntimeException( "unknown fill: " + op.getDefaultNodeFill() );
1134         }
1135     }
1136
1137     static void cycleNodeShape( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1138         switch ( op.getDefaultNodeShape() ) {
1139             case CIRCLE:
1140                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1141                 break;
1142             case RECTANGLE:
1143                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1144                 break;
1145             default:
1146                 throw new RuntimeException( "unknown shape: " + op.getDefaultNodeShape() );
1147         }
1148     }
1149
1150     static void help( final Map<String, WebLink> weblinks ) {
1151         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
1152         sb.append( "Display options\n" );
1153         sb.append( "-------------------\n" );
1154         sb.append( "Use the checkboxes to select types of information to display on the tree.\n\n" );
1155         sb.append( "Clickable tree nodes\n" );
1156         sb.append( "--------------------\n" );
1157         sb.append( "Tree nodes can be clicked, the action is determined by the 'click on node to' menu\n" );
1158         sb.append( "or by right clicking:\n" );
1159         sb.append( "o  Display Node Data -- display information for a node\n" );
1160         sb.append( "o  Collapse/Uncollapse -- collapse and uncollapse subtree from clicked node\n" );
1161         sb.append( "o  Root/Reroot -- change tree root to clicked node\n" );
1162         sb.append( "o  Sub/Super Tree -- toggle between subtree from clicked node and whole tree\n" );
1163         sb.append( "o  Swap Descendants -- switch descendant on either side of clicked node\n" );
1164         sb.append( "o  Colorize Subtree -- color a subtree\n" );
1165         sb.append( "o  Open Sequence Web -- launch a web browser to display sequence information\n" );
1166         sb.append( "o  Open Taxonomy Web -- launch a web browser to display taxonomy information\n" );
1167         sb.append( "-  there may be additional choices depending on this particular setup\n\n" );
1168         sb.append( "Right clicking on a node always displays the information of a node.\n\n" );
1169         sb.append( "Zooming\n" );
1170         sb.append( "---------\n" );
1171         sb.append( "The mouse wheel and the plus and minus keys control zooming.\n" );
1172         sb.append( "Mouse wheel+Ctrl changes the text size.\n" );
1173         sb.append( "Mouse wheel+Shift controls zooming in vertical direction only.\n" );
1174         sb.append( "Use the buttons on the control panel to zoom the tree in and out, horizontally or vertically.\n" );
1175         sb.append( "The entire tree can be fitted into the window by clicking the \"F\" button, or by pressing F, Delete, or Home.\n" );
1176         sb.append( "The up, down, left, and right keys can be used to move the visible part (if zoomed in).\n" );
1177         sb.append( "Up, down, left, and right+Shift can be used to control zooming horizontally and vertically.\n" );
1178         sb.append( "Plus and minus keys+Ctrl change the text size; F+Ctrl, Delete+Ctrl, or Home+Ctrl resets it.\n\n" );
1179         sb.append( "Quick tree manipulation:\n" );
1180         sb.append( "------------------------\n" );
1181         sb.append( "Order Subtrees -- order the tree by branch length\n" );
1182         sb.append( "Uncollapse All -- uncollapse any and all collapsed branches\n\n" );
1183         sb.append( "Memory problems (Java heap space error)\n" );
1184         sb.append( "---------------------------------------\n" );
1185         sb.append( "Since the Java default memory allocation is quite small, it might by necessary (for trees\n" );
1186         sb.append( "with more than approximately 5000 external nodes) to increase the memory which Java can use, with\n" );
1187         sb.append( "the '-Xmx' Java command line option. For example:\n" );
1188         sb.append( "java -Xms32m -Xmx256m -cp path\\to\\forester.jar org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx\n\n" );
1189         if ( ( weblinks != null ) && ( weblinks.size() > 0 ) ) {
1190             sb.append( "Active web links\n" );
1191             sb.append( "--------------------\n" );
1192             for( final String key : weblinks.keySet() ) {
1193                 sb.append( " " + weblinks.get( key ).toString() + "\n" );
1194             }
1195         }
1196         // + "General remarks\n"
1197         // + "---------------\n"
1198         // +
1199         // "o  The application version permits copying to the clipboard \n"
1200         // +
1201         // "    in the \"View\"|\"View as ...\" frame (either by control-c or button press).\n"
1202         // +
1203         // "o  Changes made to a subtree affect this subtree and its subtrees,\n"
1204         // + "    but not any of its parent tree(s).\n"
1205         // +
1206         // "o  Archaeopteryx tries to detect whether the numerical values in a NH tree\n"
1207         // +
1208         // "    are likely to be bootstrap values instead of branch length values.\n\n"
1209         // +
1210         // " Remarks regarding SDI (Speciation Duplication Inference):\n"
1211         // +
1212         // "o  Each external node of the gene tree (in display) needs to be associated with\n"
1213         // +
1214         // "    a species: either directly through the \"Species\" field, or the species\n"
1215         // +
1216         // "    is part of the sequence name in the form \"XXXX_SPECIES\"\n"
1217         // +
1218         // "    (e.g. \"ACON_DROME\" or \"ACON_DROME/123-4489\" which is also acceptable).\n"
1219         // +
1220         // "o  A species tree for each species of the gene tree needs to be loaded with\n"
1221         // +
1222         // "   \"SDI\"|\"Load species tree\" prior the SDI execution.\n"
1223         // +
1224         // "o  !External nodes of the gene tree associated with species not present in\n"
1225         // +
1226         // "    the species tree are REMOVED prior to SDI execution!\n"
1227         // +
1228         // "o  Both the gene tree and the species tree must be completely binary.\n"
1229         // +
1230         // "o  Duplications and speciations are a function of the position of the root.\n"
1231         // +
1232         // "    Hence, after each manual \"Root/Reroot\"ing some duplications will be\n"
1233         // + "    incorrect and need to be inferred again\n"
1234         // +
1235         // "    with: \"SDI\"|\"SDI (Speciation Duplication Inference)\n\n"
1236         sb.append( "\n" );
1237         sb.append( "phyloXML\n" );
1238         sb.append( "-------------------\n" );
1239         sb.append( "Reference: " + Constants.PHYLOXML_REFERENCE + "\n" );
1240         sb.append( "Website: " + Constants.PHYLOXML_WEB_SITE + "\n" );
1241         sb.append( "Version: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1242         sb.append( "\n" );
1243         sb.append( "For more information: http://www.phylosoft.org/archaeopteryx/\n" );
1244         sb.append( "Email: " + Constants.AUTHOR_EMAIL + "\n\n" );
1245         TextFrame.instantiate( sb.toString() );
1246     }
1247
1248     static void setOvPlacementColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1249         if ( ( options != null ) && ( options.getOvPlacement() != null ) ) {
1250             mi.setText( "Cycle Overview Placement... (current: " + options.getOvPlacement() + ")" );
1251         }
1252         else {
1253             mi.setText( "Cycle Overview Placement..." );
1254         }
1255     }
1256
1257     static void setCycleNodeFillMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1258         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeFill() != null ) ) {
1259             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1260                     + options.getDefaultNodeFill().toString().toLowerCase() + ")" );
1261         }
1262         else {
1263             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1264         }
1265     }
1266
1267     static void setCycleNodeShapeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1268         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeShape() != null ) ) {
1269             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1270                     + options.getDefaultNodeShape().toString().toLowerCase() + ")" );
1271         }
1272         else {
1273             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1274         }
1275     }
1276
1277     static void setTextColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final TreePanel tree_panel ) {
1278         if ( ( tree_panel != null ) && ( tree_panel.getTreeColorSet() != null ) ) {
1279             mi.setText( "Select Colors... (current: " + tree_panel.getTreeColorSet().getCurrentColorSchemeName() + ")" );
1280         }
1281         else {
1282             mi.setText( "Select Colors..." );
1283         }
1284     }
1285
1286     static void setTextForFontChooserMenuItem( final JMenuItem mi, final String font_desc ) {
1287         mi.setText( "Select Font... (current: " + font_desc + ")" );
1288     }
1289
1290     static void setTextMinSupportMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options, final TreePanel current_tree_panel ) {
1291         if ( ( current_tree_panel == null ) || ( current_tree_panel.getPhylogeny() == null ) ) {
1292             mi.setEnabled( true );
1293         }
1294         else if ( ForesterUtil.isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( current_tree_panel.getPhylogeny() ) ) {
1295             mi.setEnabled( true );
1296         }
1297         else {
1298             mi.setEnabled( false );
1299         }
1300         mi.setText( "Enter Min Confidence Value... (current: " + options.getMinConfidenceValue() + ")" );
1301     }
1302
1303     static void setTextNodeSizeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1304         mi.setText( "Enter Default Node Shape Size... (current: " + options.getDefaultNodeShapeSize() + ")" );
1305     }
1306
1307     static void updateOptionsMenuDependingOnPhylogenyType( final MainPanel main_panel,
1308                                                            final JCheckBoxMenuItem scale,
1309                                                            final JCheckBoxMenuItem branch_lengths,
1310                                                            final JRadioButtonMenuItem non_lined_up,
1311                                                            final JRadioButtonMenuItem uniform_clado,
1312                                                            final JRadioButtonMenuItem nonuniform_clado,
1313                                                            final JCheckBoxMenuItem label_direction_cbmi ) {
1314         final TreePanel tree_panel = main_panel.getCurrentTreePanel();
1315         final ControlPanel control = main_panel.getControlPanel();
1316         final Options options = main_panel.getOptions();
1317         scale.setSelected( options.isShowScale() );
1318         branch_lengths.setSelected( options.isShowBranchLengthValues() );
1319         // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1320         if ( ( tree_panel != null ) && ( !tree_panel.isPhyHasBranchLengths() ) ) {
1321             scale.setSelected( false );
1322             scale.setEnabled( false );
1323             branch_lengths.setSelected( false );
1324             branch_lengths.setEnabled( false );
1325         }
1326         else if ( ( tree_panel != null ) && !control.isDrawPhylogram() ) {
1327             scale.setSelected( false );
1328             scale.setEnabled( false );
1329             branch_lengths.setEnabled( true );
1330         }
1331         else {
1332             scale.setEnabled( true );
1333             branch_lengths.setEnabled( true );
1334         }
1335         if ( ( tree_panel != null )
1336                 && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED )
1337                         && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1338                         .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1339             branch_lengths.setSelected( false );
1340             branch_lengths.setEnabled( false );
1341         }
1342         if ( tree_panel != null ) {
1343             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR )
1344                     || ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) {
1345                 non_lined_up.setEnabled( false );
1346                 uniform_clado.setEnabled( false );
1347                 nonuniform_clado.setEnabled( false );
1348             }
1349             else {
1350                 non_lined_up.setEnabled( true );
1351                 uniform_clado.setEnabled( true );
1352                 nonuniform_clado.setEnabled( true );
1353             }
1354         }
1355         else {
1356             if ( ( tree_panel != null )
1357                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1358                             .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1359                 branch_lengths.setSelected( false );
1360                 branch_lengths.setEnabled( false );
1361             }
1362             if ( ( tree_panel != null )
1363                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) || ( tree_panel
1364                             .getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) ) {
1365                 non_lined_up.setEnabled( false );
1366             }
1367             else {
1368                 // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1369                 non_lined_up.setEnabled( true );
1370             }
1371         }
1372         label_direction_cbmi.setEnabled( true );
1373         if ( tree_panel != null ) {
1374             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
1375                     && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
1376                 label_direction_cbmi.setEnabled( false );
1377             }
1378             if ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1379                 scale.setSelected( false );
1380                 scale.setEnabled( false );
1381             }
1382         }
1383     }
1384
1385     static void updateScreenTextAntialias( final List<TreePanel> treepanels ) {
1386         for( final TreePanel tree_panel : treepanels ) {
1387             tree_panel.setTextAntialias();
1388         }
1389     }
1390 }