forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/MainFrame.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2010 Christian M. Zmasek
   6 // All rights reserved
   7 //
   8 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   9 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  10 // License as published by the Free Software Foundation; either
  11 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  12 //
  13 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  14 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  15 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  16 // Lesser General Public License for more details.
  17 //
  18 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  19 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  20 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  21 //
  22 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  23 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  24
  25 package org.forester.archaeopteryx;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.awt.Component;
  29 import java.awt.Container;
  30 import java.awt.Font;
  31 import java.awt.event.ActionEvent;
  32 import java.awt.event.ActionListener;
  33 import java.io.IOException;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Locale;
  36 import java.util.Map;
  37
  38 import javax.swing.JApplet;
  39 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  40 import javax.swing.JFrame;
  41 import javax.swing.JMenu;
  42 import javax.swing.JMenuBar;
  43 import javax.swing.JMenuItem;
  44 import javax.swing.JOptionPane;
  45 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  46 import javax.swing.SwingUtilities;
  47
  48 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  49 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  50 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  51 import org.forester.archaeopteryx.tools.InferenceManager;
  52 import org.forester.archaeopteryx.tools.ProcessPool;
  53 import org.forester.archaeopteryx.tools.ProcessRunning;
  54 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  55 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNodeI.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  56 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  57 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  58 import org.forester.util.ForesterConstants;
  59 import org.forester.util.ForesterUtil;
  60
  61 public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
  62
  63     static final String       USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE          = "In this display type, use mousewheel + Shift to rotate [or A and S]";
  64     static final String       PHYLOXML_REF_TOOL_TIP                   = Constants.PHYLOXML_REFERENCE;                                                                                                                                       //TODO //FIXME
  65     static final String       APTX_REF_TOOL_TIP                       = Constants.APTX_REFERENCE;
  66     private static final long serialVersionUID                        = 3655000897845508358L;
  67     final static Font         menu_font                               = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(),
  68                                                                                   Font.PLAIN,
  69                                                                                   10 );
  70     static final String       TYPE_MENU_HEADER                        = "Type";
  71     static final String       RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL             = "Rectangular";
  72     static final String       EURO_TYPE_CBMI_LABEL                    = "Euro Type";
  73     static final String       CURVED_TYPE_CBMI_LABEL                  = "Curved";
  74     static final String       TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL              = "Triangular";
  75     static final String       CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL                  = "Convex";
  76     static final String       ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL                 = "Rounded";
  77     static final String       UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL                = "Unrooted (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  78     static final String       CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL                = "Circular (alpha)";                                                                                                                                                 //TODO
  79     static final String       OPTIONS_HEADER                          = "Options";
  80     static final String       SEARCH_SUBHEADER                        = "Search:";
  81     static final String       DISPLAY_SUBHEADER                       = "Display:";
  82     static final String       SEARCH_TERMS_ONLY_LABEL                 = "Match Complete Terms Only";
  83     static final String       SEARCH_CASE_SENSITIVE_LABEL             = "Case Sensitive";
  84     static final String       INVERSE_SEARCH_RESULT_LABEL             = "Negate Result";
  85     static final String       DISPLAY_BRANCH_LENGTH_VALUES_LABEL      = "Display Branch Length Values";
  86     static final String       DISPLAY_SCALE_LABEL                     = "Display Scale";
  87     static final String       NON_LINED_UP_CLADOGRAMS_LABEL           = "Non-Lined Up Cladograms";
  88     static final String       UNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL                = "Total Node Sum Dependent Cladograms";
  89     static final String       LABEL_DIRECTION_LABEL                   = "Radial Labels";
  90     static final String       LABEL_DIRECTION_TIP                     = "To use radial node labels in radial and unrooted display types";
  91     static final String       SCREEN_ANTIALIAS_LABEL                  = "Antialias";
  92     static final String       COLOR_LABELS_LABEL                      = "Colorize Labels Same as Parent Branch";
  93     static final String       BG_GRAD_LABEL                           = "Background Color Gradient";
  94     static final String       DISPLAY_NODE_BOXES_LABEL                = "Show Node Shapes";
  95     static final String       SHOW_OVERVIEW_LABEL                     = "Show Overview";
  96     static final String       FONT_SIZE_MENU_LABEL                    = "Font Size";
  97     static final String       NONUNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL             = "External Node Sum Dependent Cladograms";
  98     static final String       SHOW_DOMAIN_LABELS_LABEL                = "Show Domain Labels";
  99     static final String       COLOR_LABELS_TIP                        = "To use parent branch colors for node labels as well, need to turn off taxonomy dependent colorization and turn on branch colorization for this to become apparent";
 100     static final String       ABBREV_SN_LABEL                         = "Abbreviate Scientific Taxonomic Names";
 101     static final String       TAXONOMY_COLORIZE_NODE_SHAPES_LABEL     = "Colorize Node Shapes According to Taxonomy";
 102     static final String       CYCLE_NODE_SHAPE_LABEL                  = "Cycle Node Shapes";
 103     static final String       CYCLE_NODE_FILL_LABEL                   = "Cycle Node Fill Type";
 104     static final String       CHOOSE_NODE_SIZE_LABEL                  = "Choose Node Shape Size";
 105     static final String       SHOW_CONF_STDDEV_LABEL                  = "Show Confidence Standard Deviations";
 106     static final String       USE_BRACKETS_FOR_CONF_IN_NH_LABEL       = "Use Brackets for Confidence Values";
 107     static final String       USE_INTERNAL_NAMES_FOR_CONF_IN_NH_LABEL = "Use Internal Node Names for Confidence Values";
 108     JMenuBar                  _jmenubar;
 109     JMenu                     _file_jmenu;
 110     JMenu                     _tools_menu;
 111     JMenu                     _view_jmenu;
 112     JMenu                     _options_jmenu;
 113     JMenu                     _font_size_menu;
 114     JMenu                     _help_jmenu;
 115     JMenuItem[]               _load_phylogeny_from_webservice_menu_items;
 116     // file menu:
 117     JMenuItem                 _open_item;
 118     JMenuItem                 _open_url_item;
 119     JMenuItem                 _save_item;
 120     JMenuItem                 _save_all_item;
 121     JMenuItem                 _close_item;
 122     JMenuItem                 _exit_item;
 123     JMenuItem                 _new_item;
 124     // tools menu:
 125     JMenuItem                 _midpoint_root_item;
 126     JMenuItem                 _taxcolor_item;
 127     JMenuItem                 _confcolor_item;
 128     JMenuItem                 _color_rank_jmi;
 129     JMenuItem                 _infer_common_sn_names_item;
 130     JMenuItem                 _collapse_species_specific_subtrees;
 131     JMenuItem                 _collapse_below_threshold;                                                                                                                                                                                    //TODO implememt me
 132     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_jmi;
 133     JMenuItem                 _obtain_detailed_taxonomic_information_deleting_jmi;
 134     JMenuItem                 _obtain_uniprot_seq_information_jmi;
 135     JMenuItem                 _move_node_names_to_tax_sn_jmi;
 136     JMenuItem                 _move_node_names_to_seq_names_jmi;
 137     JMenuItem                 _extract_tax_code_from_node_names_jmi;
 138     // font size menu:
 139     JMenuItem                 _super_tiny_fonts_item;
 140     JMenuItem                 _tiny_fonts_item;
 141     JMenuItem                 _small_fonts_item;
 142     JMenuItem                 _medium_fonts_item;
 143     JMenuItem                 _large_fonts_item;
 144     // options menu:
 145     // _  screen and print
 146     JMenuItem                 _choose_font_mi;
 147     JMenuItem                 _switch_colors_mi;
 148     JCheckBoxMenuItem         _label_direction_cbmi;
 149     // _  screen display
 150     JCheckBoxMenuItem         _screen_antialias_cbmi;
 151     JCheckBoxMenuItem         _background_gradient_cbmi;
 152     JRadioButtonMenuItem      _non_lined_up_cladograms_rbmi;
 153     JRadioButtonMenuItem      _uniform_cladograms_rbmi;
 154     JRadioButtonMenuItem      _ext_node_dependent_cladogram_rbmi;
 155     JCheckBoxMenuItem         _show_branch_length_values_cbmi;
 156     JCheckBoxMenuItem         _show_scale_cbmi;                                                                                                                                                                                             //TODO fix me
 157     JCheckBoxMenuItem         _show_overview_cbmi;
 158     JCheckBoxMenuItem         _show_domain_labels;
 159     JCheckBoxMenuItem         _abbreviate_scientific_names;
 160     JCheckBoxMenuItem         _color_labels_same_as_parent_branch;
 161     JMenuItem                 _overview_placment_mi;
 162     JMenuItem                 _choose_minimal_confidence_mi;
 163     JCheckBoxMenuItem         _show_default_node_shapes_cbmi;
 164     JMenuItem                 _cycle_node_shape_mi;
 165     JMenuItem                 _cycle_node_fill_mi;
 166     JMenuItem                 _choose_node_size_mi;
 167     JCheckBoxMenuItem         _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi;
 168     JCheckBoxMenuItem         _show_confidence_stddev_cbmi;
 169     // _  print
 170     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_visible_only_cbmi;
 171     JCheckBoxMenuItem         _antialias_print_cbmi;
 172     JCheckBoxMenuItem         _print_black_and_white_cbmi;
 173     JCheckBoxMenuItem         _print_using_actual_size_cbmi;
 174     JCheckBoxMenuItem         _graphics_export_using_actual_size_cbmi;
 175     JMenuItem                 _print_size_mi;
 176     JMenuItem                 _choose_pdf_width_mi;
 177     // _  parsing
 178     JCheckBoxMenuItem         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi;
 179     JCheckBoxMenuItem         _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi;
 180     JCheckBoxMenuItem         _replace_underscores_cbmi;
 181     JCheckBoxMenuItem         _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi;
 182     JCheckBoxMenuItem         _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi;
 183     // _  search
 184     JCheckBoxMenuItem         _search_case_senstive_cbmi;
 185     JCheckBoxMenuItem         _search_whole_words_only_cbmi;
 186     JCheckBoxMenuItem         _inverse_search_result_cbmi;
 187     // type menu:
 188     JMenu                     _type_menu;
 189     JCheckBoxMenuItem         _rectangular_type_cbmi;
 190     JCheckBoxMenuItem         _triangular_type_cbmi;
 191     JCheckBoxMenuItem         _curved_type_cbmi;
 192     JCheckBoxMenuItem         _convex_type_cbmi;
 193     JCheckBoxMenuItem         _euro_type_cbmi;
 194     JCheckBoxMenuItem         _rounded_type_cbmi;
 195     JCheckBoxMenuItem         _unrooted_type_cbmi;
 196     JCheckBoxMenuItem         _circular_type_cbmi;
 197     // view as text menu:
 198     JMenuItem                 _view_as_NH_item;
 199     JMenuItem                 _view_as_NHX_item;
 200     JMenuItem                 _view_as_XML_item;
 201     JMenuItem                 _view_as_nexus_item;
 202     JMenuItem                 _display_basic_information_item;
 203     // help menu:
 204     JMenuItem                 _about_item;
 205     JMenuItem                 _help_item;
 206     JMenuItem                 _website_item;
 207     JMenuItem                 _phyloxml_website_item;
 208     JMenuItem                 _phyloxml_ref_item;
 209     JMenuItem                 _aptx_ref_item;
 210     // process menu:
 211     JMenu                     _process_menu;
 212     // Handy pointers to child components:
 213     MainPanel                 _mainpanel;
 214     Container                 _contentpane;
 215     TextFrame                 _textframe;
 216     Configuration             _configuration;
 217     JMenuItem                 _remove_branch_color_item;
 218     Options                   _options;
 219     InferenceManager          _inference_manager;
 220     final ProcessPool         _process_pool;
 221
 222     MainFrame() {
 223         _process_pool = ProcessPool.createInstance();
 224     }
 225
 226     public ProcessPool getProcessPool() {
 227         return _process_pool;
 228     }
 229
 230     /**
 231      * Action performed.
 232      */
 233     public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
 234         final Object o = e.getSource();
 235         boolean is_applet = false;
 236         JApplet applet = null;
 237         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 238             is_applet = getCurrentTreePanel().isApplet();
 239             if ( is_applet ) {
 240                 applet = getCurrentTreePanel().obtainApplet();
 241             }
 242         }
 243         if ( o == _open_url_item ) {
 244             readPhylogeniesFromURL();
 245         }
 246         else if ( o == _exit_item ) {
 247             close();
 248         }
 249         else if ( o == _taxcolor_item ) {
 250             taxColor();
 251         }
 252         else if ( o == _confcolor_item ) {
 253             confColor();
 254         }
 255         else if ( o == _color_rank_jmi ) {
 256             colorRank();
 257         }
 258         else if ( o == _infer_common_sn_names_item ) {
 259             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 260                 return;
 261             }
 262             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 263                 getCurrentTreePanel().inferCommonPartOfScientificNames();
 264             }
 265         }
 266         else if ( o == _collapse_species_specific_subtrees ) {
 267             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 268                 return;
 269             }
 270             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 271                 getCurrentTreePanel().collapseSpeciesSpecificSubtrees();
 272             }
 273         }
 274         else if ( o == _remove_branch_color_item ) {
 275             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 276                 return;
 277             }
 278             removeBranchColors();
 279         }
 280         else if ( o == _midpoint_root_item ) {
 281             if ( isSubtreeDisplayed() ) {
 282                 return;
 283             }
 284             midpointRoot();
 285         }
 286         else if ( o == _switch_colors_mi ) {
 287             switchColors();
 288         }
 289         else if ( o == _display_basic_information_item ) {
 290             displayBasicInformation();
 291         }
 292         else if ( o == _view_as_NH_item ) {
 293             viewAsNH();
 294         }
 295         else if ( o == _view_as_NHX_item ) {
 296             viewAsNHX();
 297         }
 298         else if ( o == _view_as_XML_item ) {
 299             viewAsXML();
 300         }
 301         else if ( o == _view_as_nexus_item ) {
 302             viewAsNexus();
 303         }
 304         else if ( o == _super_tiny_fonts_item ) {
 305             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 306                 getCurrentTreePanel().setSuperTinyFonts();
 307                 getCurrentTreePanel().repaint();
 308             }
 309         }
 310         else if ( o == _tiny_fonts_item ) {
 311             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 312                 getCurrentTreePanel().setTinyFonts();
 313                 getCurrentTreePanel().repaint();
 314             }
 315         }
 316         else if ( o == _small_fonts_item ) {
 317             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 318                 getCurrentTreePanel().setSmallFonts();
 319                 getCurrentTreePanel().repaint();
 320             }
 321         }
 322         else if ( o == _medium_fonts_item ) {
 323             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 324                 getCurrentTreePanel().setMediumFonts();
 325                 getCurrentTreePanel().repaint();
 326             }
 327         }
 328         else if ( o == _large_fonts_item ) {
 329             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 330                 getCurrentTreePanel().setLargeFonts();
 331                 getCurrentTreePanel().repaint();
 332             }
 333         }
 334         else if ( o == _choose_font_mi ) {
 335             chooseFont();
 336         }
 337         else if ( o == _choose_minimal_confidence_mi ) {
 338             chooseMinimalConfidence();
 339         }
 340         else if ( o == _choose_node_size_mi ) {
 341             chooseNodeSize( getOptions(), this );
 342         }
 343         else if ( o == _overview_placment_mi ) {
 344             MainFrame.cycleOverview( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 345         }
 346         else if ( o == _cycle_node_fill_mi ) {
 347             MainFrame.cycleNodeFill( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 348         }
 349         else if ( o == _cycle_node_shape_mi ) {
 350             MainFrame.cycleNodeShape( getOptions(), getCurrentTreePanel() );
 351         }
 352         else if ( o == _screen_antialias_cbmi ) {
 353             updateOptions( getOptions() );
 354             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 355         }
 356         else if ( o == _background_gradient_cbmi ) {
 357             updateOptions( getOptions() );
 358         }
 359         else if ( o == _show_domain_labels ) {
 360             updateOptions( getOptions() );
 361         }
 362         else if ( o == _abbreviate_scientific_names ) {
 363             updateOptions( getOptions() );
 364         }
 365         else if ( o == _color_labels_same_as_parent_branch ) {
 366             updateOptions( getOptions() );
 367         }
 368         else if ( o == _show_default_node_shapes_cbmi ) {
 369             updateOptions( getOptions() );
 370         }
 371         else if ( o == _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi ) {
 372             updateOptions( getOptions() );
 373         }
 374         else if ( o == _non_lined_up_cladograms_rbmi ) {
 375             updateOptions( getOptions() );
 376             showWhole();
 377         }
 378         else if ( o == _uniform_cladograms_rbmi ) {
 379             updateOptions( getOptions() );
 380             showWhole();
 381         }
 382         else if ( o == _ext_node_dependent_cladogram_rbmi ) {
 383             updateOptions( getOptions() );
 384             showWhole();
 385         }
 386         else if ( o == _search_case_senstive_cbmi ) {
 387             updateOptions( getOptions() );
 388             getMainPanel().getControlPanel().search();
 389         }
 390         else if ( o == _search_whole_words_only_cbmi ) {
 391             updateOptions( getOptions() );
 392             getMainPanel().getControlPanel().search();
 393         }
 394         else if ( o == _inverse_search_result_cbmi ) {
 395             updateOptions( getOptions() );
 396             getMainPanel().getControlPanel().search();
 397         }
 398         else if ( o == _show_scale_cbmi ) {
 399             updateOptions( getOptions() );
 400         }
 401         else if ( o == _show_branch_length_values_cbmi ) {
 402             updateOptions( getOptions() );
 403         }
 404         else if ( o == _show_confidence_stddev_cbmi ) {
 405             updateOptions( getOptions() );
 406         }
 407         else if ( o == _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi ) {
 408             if ( _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
 409                 _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.setSelected( false );
 410             }
 411             updateOptions( getOptions() );
 412         }
 413         else if ( o == _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi ) {
 414             if ( _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
 415                 _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.setSelected( false );
 416             }
 417             updateOptions( getOptions() );
 418         }
 419         else if ( o == _label_direction_cbmi ) {
 420             updateOptions( getOptions() );
 421         }
 422         else if ( o == _show_overview_cbmi ) {
 423             updateOptions( getOptions() );
 424             if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 425                 getCurrentTreePanel().updateOvSizes();
 426             }
 427         }
 428         else if ( ( o == _rectangular_type_cbmi ) || ( o == _triangular_type_cbmi ) || ( o == _curved_type_cbmi )
 429                 || ( o == _convex_type_cbmi ) || ( o == _euro_type_cbmi ) || ( o == _rounded_type_cbmi )
 430                 || ( o == _unrooted_type_cbmi ) || ( o == _circular_type_cbmi ) ) {
 431             typeChanged( o );
 432         }
 433         else if ( o == _about_item ) {
 434             about();
 435         }
 436         else if ( o == _help_item ) {
 437             help( getConfiguration().getWebLinks() );
 438         }
 439         else if ( o == _website_item ) {
 440             try {
 441                 AptxUtil.openWebsite( Constants.APTX_WEB_SITE, is_applet, applet );
 442             }
 443             catch ( final IOException e1 ) {
 444                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 445             }
 446         }
 447         else if ( o == _phyloxml_website_item ) {
 448             try {
 449                 AptxUtil.openWebsite( Constants.PHYLOXML_WEB_SITE, is_applet, applet );
 450             }
 451             catch ( final IOException e1 ) {
 452                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 453             }
 454         }
 455         else if ( o == _aptx_ref_item ) {
 456             try {
 457                 AptxUtil.openWebsite( Constants.APTX_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 458             }
 459             catch ( final IOException e1 ) {
 460                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 461             }
 462         }
 463         else if ( o == _phyloxml_ref_item ) {
 464             try {
 465                 AptxUtil.openWebsite( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_URL, is_applet, applet );
 466             }
 467             catch ( final IOException e1 ) {
 468                 ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );
 469             }
 470         }
 471         else {
 472             if ( _load_phylogeny_from_webservice_menu_items != null ) {
 473                 for( int i = 0; i < _load_phylogeny_from_webservice_menu_items.length; ++i ) {
 474                     if ( o == _load_phylogeny_from_webservice_menu_items[ i ] ) {
 475                         readPhylogeniesFromWebservice( i );
 476                     }
 477                 }
 478             }
 479         }
 480         _contentpane.repaint();
 481     }
 482
 483     boolean isSubtreeDisplayed() {
 484         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 485             if ( getCurrentTreePanel().isCurrentTreeIsSubtree() ) {
 486                 JOptionPane
 487                         .showMessageDialog( this,
 488                                             "This operation can only be performed on a complete tree, not on the currently displayed sub-tree only.",
 489                                             "Operation can not be exectuted on a sub-tree",
 490                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 491                 return true;
 492             }
 493         }
 494         return false;
 495     }
 496
 497     void activateSaveAllIfNeeded() {
 498         if ( ( getMainPanel().getTabbedPane() != null ) && ( getMainPanel().getTabbedPane().getTabCount() > 1 ) ) {
 499             _save_all_item.setEnabled( true );
 500         }
 501         else {
 502             _save_all_item.setEnabled( false );
 503         }
 504     }
 505
 506     void buildFileMenu() {
 507         _file_jmenu = createMenu( "File", getConfiguration() );
 508         _file_jmenu.add( _open_url_item = new JMenuItem( "Read tree from URL/webservice..." ) );
 509         _file_jmenu.addSeparator();
 510         _file_jmenu.add( _exit_item = new JMenuItem( "Exit" ) );
 511         customizeJMenuItem( _open_url_item );
 512         customizeJMenuItem( _exit_item );
 513         _jmenubar.add( _file_jmenu );
 514     }
 515
 516     void buildFontSizeMenu() {
 517         _font_size_menu = createMenu( FONT_SIZE_MENU_LABEL, getConfiguration() );
 518         _font_size_menu.add( _super_tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Super Tiny Fonts" ) );
 519         _font_size_menu.add( _tiny_fonts_item = new JMenuItem( "Tiny Fonts" ) );
 520         _font_size_menu.add( _small_fonts_item = new JMenuItem( "Small Fonts" ) );
 521         _font_size_menu.add( _medium_fonts_item = new JMenuItem( "Medium Fonts" ) );
 522         _font_size_menu.add( _large_fonts_item = new JMenuItem( "Large Fonts" ) );
 523         customizeJMenuItem( _super_tiny_fonts_item );
 524         customizeJMenuItem( _tiny_fonts_item );
 525         customizeJMenuItem( _small_fonts_item );
 526         customizeJMenuItem( _medium_fonts_item );
 527         customizeJMenuItem( _large_fonts_item );
 528         _jmenubar.add( _font_size_menu );
 529     }
 530
 531     void buildHelpMenu() {
 532         _help_jmenu = createMenu( "Help", getConfiguration() );
 533         _help_jmenu.add( _help_item = new JMenuItem( "Help" ) );
 534         _help_jmenu.add( _website_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Home" ) );
 535         _aptx_ref_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Reference" );
 536         _help_jmenu.add( _phyloxml_website_item = new JMenuItem( "phyloXML Home" ) );
 537         _help_jmenu.add( _phyloxml_ref_item = new JMenuItem( "phyloXML Reference" ) );
 538         _help_jmenu.addSeparator();
 539         _help_jmenu.add( _about_item = new JMenuItem( "About" ) );
 540         customizeJMenuItem( _help_item );
 541         customizeJMenuItem( _website_item );
 542         customizeJMenuItem( _phyloxml_website_item );
 543         customizeJMenuItem( _aptx_ref_item );
 544         customizeJMenuItem( _phyloxml_ref_item );
 545         customizeJMenuItem( _about_item );
 546         _phyloxml_ref_item.setToolTipText( PHYLOXML_REF_TOOL_TIP );
 547         _aptx_ref_item.setToolTipText( APTX_REF_TOOL_TIP );
 548         _jmenubar.add( _help_jmenu );
 549     }
 550
 551     public void updateProcessMenu() {
 552         // In general Swing is not thread safe.
 553         // See "Swing's Threading Policy".
 554         SwingUtilities.invokeLater( new Runnable() {
 555
 556             public void run() {
 557                 doUpdateProcessMenu();
 558             }
 559         } );
 560     }
 561
 562     private void doUpdateProcessMenu() {
 563         if ( _process_pool.size() > 0 ) {
 564             if ( _process_menu == null ) {
 565                 _process_menu = createMenu( "", getConfiguration() );
 566                 _process_menu.setForeground( Color.RED );
 567             }
 568             _process_menu.removeAll();
 569             final String text = "processes running: " + _process_pool.size();
 570             _process_menu.setText( text );
 571             _jmenubar.add( _process_menu );
 572             for( int i = 0; i < _process_pool.size(); ++i ) {
 573                 final ProcessRunning p = _process_pool.getProcessByIndex( i );
 574                 _process_menu.add( customizeJMenuItem( new JMenuItem( p.getName() + " [" + p.getStart() + "]" ) ) );
 575             }
 576         }
 577         else {
 578             if ( _process_menu != null ) {
 579                 _process_menu.removeAll();
 580                 _jmenubar.remove( _process_menu );
 581             }
 582         }
 583         _jmenubar.validate();
 584         _jmenubar.repaint();
 585         repaint();
 586     }
 587
 588     void buildTypeMenu() {
 589         _type_menu = createMenu( TYPE_MENU_HEADER, getConfiguration() );
 590         _type_menu.add( _rectangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.RECTANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 591         _type_menu.add( _euro_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.EURO_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 592         _type_menu.add( _rounded_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.ROUNDED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 593         _type_menu.add( _curved_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CURVED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 594         _type_menu.add( _triangular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.TRIANGULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 595         _type_menu.add( _convex_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CONVEX_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 596         _type_menu.add( _unrooted_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.UNROOTED_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 597         _type_menu.add( _circular_type_cbmi = new JCheckBoxMenuItem( MainFrame.CIRCULAR_TYPE_CBMI_LABEL ) );
 598         customizeCheckBoxMenuItem( _rectangular_type_cbmi, false );
 599         customizeCheckBoxMenuItem( _triangular_type_cbmi, false );
 600         customizeCheckBoxMenuItem( _euro_type_cbmi, false );
 601         customizeCheckBoxMenuItem( _rounded_type_cbmi, false );
 602         customizeCheckBoxMenuItem( _curved_type_cbmi, false );
 603         customizeCheckBoxMenuItem( _convex_type_cbmi, false );
 604         customizeCheckBoxMenuItem( _unrooted_type_cbmi, false );
 605         customizeCheckBoxMenuItem( _circular_type_cbmi, false );
 606         _unrooted_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 607         _circular_type_cbmi.setToolTipText( MainFrame.USE_MOUSEWHEEL_SHIFT_TO_ROTATE );
 608         initializeTypeMenu( getOptions() );
 609         _jmenubar.add( _type_menu );
 610     }
 611
 612     void buildViewMenu() {
 613         _view_jmenu = createMenu( "View", getConfiguration() );
 614         _view_jmenu.add( _display_basic_information_item = new JMenuItem( "Display Basic Information" ) );
 615         _view_jmenu.addSeparator();
 616         _view_jmenu.add( _view_as_XML_item = new JMenuItem( "View as phyloXML" ) );
 617         _view_jmenu.add( _view_as_NH_item = new JMenuItem( "View as Newick" ) );
 618         _view_jmenu.add( _view_as_NHX_item = new JMenuItem( "View as NHX" ) );
 619         _view_jmenu.add( _view_as_nexus_item = new JMenuItem( "View as Nexus" ) );
 620         customizeJMenuItem( _display_basic_information_item );
 621         customizeJMenuItem( _view_as_NH_item );
 622         customizeJMenuItem( _view_as_NHX_item );
 623         customizeJMenuItem( _view_as_XML_item );
 624         customizeJMenuItem( _view_as_nexus_item );
 625         _jmenubar.add( _view_jmenu );
 626     }
 627
 628     private void chooseFont() {
 629         final FontChooser fc = new FontChooser();
 630         fc.setFont( getMainPanel().getTreeFontSet().getLargeFont() );
 631         fc.showDialog( this, "Select the Base Font" );
 632         getMainPanel().getTreeFontSet().setBaseFont( fc.getFont() );
 633     }
 634
 635     private void chooseMinimalConfidence() {
 636         final String s = ( String ) JOptionPane
 637                 .showInputDialog( this,
 638                                   "Please enter the minimum for confidence values to be displayed.\n"
 639                                           + "[current value: " + getOptions().getMinConfidenceValue() + "]\n",
 640                                   "Minimal Confidence Value",
 641                                   JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 642                                   null,
 643                                   null,
 644                                   getOptions().getMinConfidenceValue() );
 645         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 646             boolean success = true;
 647             double m = 0.0;
 648             final String m_str = s.trim();
 649             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 650                 try {
 651                     m = Double.parseDouble( m_str );
 652                 }
 653                 catch ( final Exception ex ) {
 654                     success = false;
 655                 }
 656             }
 657             else {
 658                 success = false;
 659             }
 660             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 661                 getOptions().setMinConfidenceValue( m );
 662             }
 663         }
 664     }
 665
 666     static void chooseNodeSize( final Options options, final Component parent ) {
 667         final String s = ( String ) JOptionPane.showInputDialog( parent,
 668                                                                  "Please enter the default size for node shapes.\n"
 669                                                                          + "[current value: "
 670                                                                          + options.getDefaultNodeShapeSize() + "]\n",
 671                                                                  "Node Shape Size",
 672                                                                  JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 673                                                                  null,
 674                                                                  null,
 675                                                                  options.getDefaultNodeShapeSize() );
 676         if ( !ForesterUtil.isEmpty( s ) ) {
 677             boolean success = true;
 678             double m = 0.0;
 679             final String m_str = s.trim();
 680             if ( !ForesterUtil.isEmpty( m_str ) ) {
 681                 try {
 682                     m = Double.parseDouble( m_str );
 683                 }
 684                 catch ( final Exception ex ) {
 685                     success = false;
 686                 }
 687             }
 688             else {
 689                 success = false;
 690             }
 691             if ( success && ( m >= 0.0 ) ) {
 692                 final short size = ForesterUtil.roundToShort( m );
 693                 if ( size >= 0.0 ) {
 694                     options.setDefaultNodeShapeSize( size );
 695                 }
 696             }
 697         }
 698     }
 699
 700     void close() {
 701         removeTextFrame();
 702         if ( _mainpanel != null ) {
 703             _mainpanel.terminate();
 704         }
 705         if ( _contentpane != null ) {
 706             _contentpane.removeAll();
 707         }
 708         setVisible( false );
 709         dispose();
 710     }
 711
 712     void confColor() {
 713         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 714             _mainpanel.getCurrentTreePanel().confColor();
 715         }
 716     }
 717
 718     void colorRank() {
 719         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 720             final String[] ranks = AptxUtil.getAllPossibleRanks();
 721             final String rank = ( String ) JOptionPane
 722                     .showInputDialog( this,
 723                                       "What rank should the colorization be based on",
 724                                       "Rank Selection",
 725                                       JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 726                                       null,
 727                                       ranks,
 728                                       null );
 729             if ( !ForesterUtil.isEmpty( rank ) ) {
 730                 _mainpanel.getCurrentTreePanel().colorRank( rank );
 731             }
 732         }
 733     }
 734
 735     void customizeCheckBoxMenuItem( final JCheckBoxMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 736         if ( item != null ) {
 737             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 738             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 739                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 740                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 741             }
 742             item.setSelected( is_selected );
 743             item.addActionListener( this );
 744         }
 745     }
 746
 747     JMenuItem customizeJMenuItem( final JMenuItem jmi ) {
 748         if ( jmi != null ) {
 749             jmi.setFont( MainFrame.menu_font );
 750             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 751                 jmi.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 752                 jmi.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 753             }
 754             jmi.addActionListener( this );
 755         }
 756         return jmi;
 757     }
 758
 759     void customizeRadioButtonMenuItem( final JRadioButtonMenuItem item, final boolean is_selected ) {
 760         if ( item != null ) {
 761             item.setFont( MainFrame.menu_font );
 762             if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 763                 item.setBackground( getConfiguration().getGuiMenuBackgroundColor() );
 764                 item.setForeground( getConfiguration().getGuiMenuTextColor() );
 765             }
 766             item.setSelected( is_selected );
 767             item.addActionListener( this );
 768         }
 769     }
 770
 771     void exceptionOccuredDuringOpenFile( final Exception e ) {
 772         try {
 773             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 774         }
 775         catch ( final Exception ex ) {
 776             // Do nothing.
 777         }
 778         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 779                                        ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 780                                        "Error during File|Open",
 781                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 782     }
 783
 784     void exceptionOccuredDuringSaveAs( final Exception e ) {
 785         try {
 786             _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 787         }
 788         catch ( final Exception ex ) {
 789             // Do nothing.
 790         }
 791         JOptionPane.showMessageDialog( this, "Exception" + e, "Error during File|SaveAs", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 792     }
 793
 794     boolean GAndSDoHaveMoreThanOneSpeciesInComman( final Phylogeny gene_tree ) {
 795         if ( ( gene_tree == null ) || gene_tree.isEmpty() ) {
 796             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 797                                            "Gene tree and species tree have no species in common.",
 798                                            "Error during SDI",
 799                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 800             return false;
 801         }
 802         else if ( gene_tree.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) {
 803             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 804                                            "Gene tree and species tree have only one species in common.",
 805                                            "Error during SDI",
 806                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 807             return false;
 808         }
 809         else {
 810             return true;
 811         }
 812     }
 813
 814     public Configuration getConfiguration() {
 815         return _configuration;
 816     }
 817
 818     TreePanel getCurrentTreePanel() {
 819         return getMainPanel().getCurrentTreePanel();
 820     }
 821
 822     JMenu getHelpMenu() {
 823         return _help_jmenu;
 824     }
 825
 826     JCheckBoxMenuItem getlabelDirectionCbmi() {
 827         return _label_direction_cbmi;
 828     }
 829
 830     public MainPanel getMainPanel() {
 831         return _mainpanel;
 832     }
 833
 834     JMenuBar getMenuBarOfMainFrame() {
 835         return _jmenubar;
 836     }
 837
 838     public Options getOptions() {
 839         return _options;
 840     }
 841
 842     void initializeTypeMenu( final Options options ) {
 843         setTypeMenuToAllUnselected();
 844         switch ( options.getPhylogenyGraphicsType() ) {
 845             case CONVEX:
 846                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 847                 break;
 848             case CURVED:
 849                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 850                 break;
 851             case EURO_STYLE:
 852                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 853                 break;
 854             case ROUNDED:
 855                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 856                 break;
 857             case TRIANGULAR:
 858                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 859                 break;
 860             case UNROOTED:
 861                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 862                 break;
 863             case CIRCULAR:
 864                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 865                 break;
 866             default:
 867                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 868                 break;
 869         }
 870     }
 871
 872     void midpointRoot() {
 873         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 874             _mainpanel.getCurrentTreePanel().midpointRoot();
 875         }
 876     }
 877
 878     abstract void readPhylogeniesFromURL();
 879
 880     void readPhylogeniesFromWebservice( final int i ) {
 881         final UrlTreeReader reader = new UrlTreeReader( this, i );
 882         new Thread( reader ).start();
 883     }
 884
 885     private void removeBranchColors() {
 886         if ( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() != null ) {
 887             AptxUtil.removeBranchColors( getMainPanel().getCurrentPhylogeny() );
 888         }
 889     }
 890
 891     void removeTextFrame() {
 892         if ( _textframe != null ) {
 893             _textframe.close();
 894             _textframe = null;
 895         }
 896     }
 897
 898     void setConfiguration( final Configuration configuration ) {
 899         _configuration = configuration;
 900     }
 901
 902     void setOptions( final Options options ) {
 903         _options = options;
 904     }
 905
 906     void setInferenceManager( final InferenceManager i ) {
 907         _inference_manager = i;
 908     }
 909
 910     public InferenceManager getInferenceManager() {
 911         return _inference_manager;
 912     }
 913
 914     void setSelectedTypeInTypeMenu( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE type ) {
 915         setTypeMenuToAllUnselected();
 916         switch ( type ) {
 917             case CIRCULAR:
 918                 _circular_type_cbmi.setSelected( true );
 919                 break;
 920             case CONVEX:
 921                 _convex_type_cbmi.setSelected( true );
 922                 break;
 923             case CURVED:
 924                 _curved_type_cbmi.setSelected( true );
 925                 break;
 926             case EURO_STYLE:
 927                 _euro_type_cbmi.setSelected( true );
 928                 break;
 929             case ROUNDED:
 930                 _rounded_type_cbmi.setSelected( true );
 931                 break;
 932             case RECTANGULAR:
 933                 _rectangular_type_cbmi.setSelected( true );
 934                 break;
 935             case TRIANGULAR:
 936                 _triangular_type_cbmi.setSelected( true );
 937                 break;
 938             case UNROOTED:
 939                 _unrooted_type_cbmi.setSelected( true );
 940                 break;
 941             default:
 942                 throw new IllegalArgumentException( "unknown type: " + type );
 943         }
 944     }
 945
 946     void setTypeMenuToAllUnselected() {
 947         _convex_type_cbmi.setSelected( false );
 948         _curved_type_cbmi.setSelected( false );
 949         _euro_type_cbmi.setSelected( false );
 950         _rounded_type_cbmi.setSelected( false );
 951         _triangular_type_cbmi.setSelected( false );
 952         _rectangular_type_cbmi.setSelected( false );
 953         _unrooted_type_cbmi.setSelected( false );
 954         _circular_type_cbmi.setSelected( false );
 955     }
 956
 957     public void showWhole() {
 958         _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 959     }
 960
 961     void switchColors() {
 962         final TreeColorSet colorset = _mainpanel.getTreeColorSet();
 963         final ColorSchemeChooser csc = new ColorSchemeChooser( getMainPanel(), colorset );
 964         csc.setVisible( true );
 965     }
 966
 967     void taxColor() {
 968         if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 969             _mainpanel.getCurrentTreePanel().taxColor();
 970         }
 971     }
 972
 973     void typeChanged( final Object o ) {
 974         updateTypeCheckboxes( getOptions(), o );
 975         updateOptions( getOptions() );
 976         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 977             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE previous_type = getCurrentTreePanel().getPhylogenyGraphicsType();
 978             final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE new_type = getOptions().getPhylogenyGraphicsType();
 979             if ( ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 980                     || ( ( previous_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) )
 981                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) )
 982                     || ( ( previous_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) && ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) ) {
 983                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().showWhole();
 984             }
 985             if ( getCurrentTreePanel().isPhyHasBranchLengths() && ( new_type != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 986                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( true );
 987             }
 988             else {
 989                 getCurrentTreePanel().getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( false );
 990             }
 991             getCurrentTreePanel().setPhylogenyGraphicsType( getOptions().getPhylogenyGraphicsType() );
 992             updateScreenTextAntialias( getMainPanel().getTreePanels() );
 993             if ( getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
 994                 if ( new_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
 995                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( false );
 996                 }
 997                 else {
 998                     getCurrentTreePanel().getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( true );
 999                 }
1000             }
1001         }
1002     }
1003
1004     void updateOptions( final Options options ) {
1005         options.setAntialiasScreen( ( _screen_antialias_cbmi != null ) && _screen_antialias_cbmi.isSelected() );
1006         options.setBackgroundColorGradient( ( _background_gradient_cbmi != null )
1007                 && _background_gradient_cbmi.isSelected() );
1008         options.setShowDomainLabels( ( _show_domain_labels != null ) && _show_domain_labels.isSelected() );
1009         options.setAbbreviateScientificTaxonNames( ( _abbreviate_scientific_names != null )
1010                 && _abbreviate_scientific_names.isSelected() );
1011         options.setColorLabelsSameAsParentBranch( ( _color_labels_same_as_parent_branch != null )
1012                 && _color_labels_same_as_parent_branch.isSelected() );
1013         options.setShowDefaultNodeShapes( ( _show_default_node_shapes_cbmi != null )
1014                 && _show_default_node_shapes_cbmi.isSelected() );
1015         options.setTaxonomyColorizeNodeShapes( ( _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi != null )
1016                 && _taxonomy_colorize_node_shapes_cbmi.isSelected() );
1017         if ( ( _non_lined_up_cladograms_rbmi != null ) && ( _non_lined_up_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
1018             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );
1019         }
1020         else if ( ( _uniform_cladograms_rbmi != null ) && ( _uniform_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {
1021             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP );
1022         }
1023         else if ( ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi != null ) && ( _ext_node_dependent_cladogram_rbmi.isSelected() ) ) {
1024             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.EXT_NODE_SUM_DEP );
1025         }
1026         options.setSearchCaseSensitive( ( _search_case_senstive_cbmi != null )
1027                 && _search_case_senstive_cbmi.isSelected() );
1028         if ( ( _show_scale_cbmi != null ) && _show_scale_cbmi.isEnabled() ) {
1029             options.setShowScale( _show_scale_cbmi.isSelected() );
1030         }
1031         if ( _label_direction_cbmi != null ) {
1032             if ( _label_direction_cbmi.isSelected() ) {
1033                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
1034             }
1035             else {
1036                 options.setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
1037             }
1038         }
1039         options.setShowOverview( ( _show_overview_cbmi != null ) && _show_overview_cbmi.isSelected() );
1040         options.setShowConfidenceStddev( ( _show_confidence_stddev_cbmi != null )
1041                 && _show_confidence_stddev_cbmi.isSelected() );
1042         if ( ( _show_branch_length_values_cbmi != null ) && _show_branch_length_values_cbmi.isEnabled() ) {
1043             options.setShowBranchLengthValues( _show_branch_length_values_cbmi.isSelected() );
1044         }
1045         options.setPrintUsingActualSize( ( _print_using_actual_size_cbmi != null )
1046                 && ( _print_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
1047         options.setGraphicsExportUsingActualSize( ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null )
1048                 && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi.isSelected() ) );
1049         options.setAntialiasPrint( ( _antialias_print_cbmi != null ) && _antialias_print_cbmi.isSelected() );
1050         if ( ( _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi != null )
1051                 && _use_brackets_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
1052             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS );
1053         }
1054         else if ( ( _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi != null )
1055                 && _use_internal_names_for_conf_in_nh_export_cbmi.isSelected() ) {
1056             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES );
1057         }
1058         else {
1059             options.setNhConversionSupportValueStyle( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE );
1060         }
1061         options.setPrintBlackAndWhite( ( _print_black_and_white_cbmi != null )
1062                 && _print_black_and_white_cbmi.isSelected() );
1063         options.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( ( _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi != null )
1064                 && _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing_cbmi.isSelected() );
1065         options.setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( ( _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi != null )
1066                 && _extract_pfam_style_tax_codes_cbmi.isSelected() );
1067         options.setReplaceUnderscoresInNhParsing( ( _replace_underscores_cbmi != null )
1068                 && _replace_underscores_cbmi.isSelected() );
1069         options.setMatchWholeTermsOnly( ( _search_whole_words_only_cbmi != null )
1070                 && _search_whole_words_only_cbmi.isSelected() );
1071         options.setInverseSearchResult( ( _inverse_search_result_cbmi != null )
1072                 && _inverse_search_result_cbmi.isSelected() );
1073         if ( _graphics_export_visible_only_cbmi != null ) {
1074             options.setGraphicsExportVisibleOnly( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() );
1075             if ( _graphics_export_visible_only_cbmi.isSelected() && ( _graphics_export_using_actual_size_cbmi != null ) ) {
1076                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setSelected( true );
1077                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( false );
1078             }
1079             else {
1080                 _graphics_export_using_actual_size_cbmi.setEnabled( true );
1081             }
1082         }
1083         if ( ( _rectangular_type_cbmi != null ) && _rectangular_type_cbmi.isSelected() ) {
1084             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
1085         }
1086         else if ( ( _triangular_type_cbmi != null ) && _triangular_type_cbmi.isSelected() ) {
1087             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
1088         }
1089         else if ( ( _curved_type_cbmi != null ) && _curved_type_cbmi.isSelected() ) {
1090             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
1091         }
1092         else if ( ( _convex_type_cbmi != null ) && _convex_type_cbmi.isSelected() ) {
1093             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
1094         }
1095         else if ( ( _euro_type_cbmi != null ) && _euro_type_cbmi.isSelected() ) {
1096             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
1097         }
1098         else if ( ( _rounded_type_cbmi != null ) && _rounded_type_cbmi.isSelected() ) {
1099             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
1100         }
1101         else if ( ( _unrooted_type_cbmi != null ) && _unrooted_type_cbmi.isSelected() ) {
1102             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1103         }
1104         else if ( ( _circular_type_cbmi != null ) && _circular_type_cbmi.isSelected() ) {
1105             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
1106         }
1107     }
1108
1109     void updateTypeCheckboxes( final Options options, final Object o ) {
1110         setTypeMenuToAllUnselected();
1111         ( ( JCheckBoxMenuItem ) o ).setSelected( true );
1112     }
1113
1114     void displayBasicInformation() {
1115         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty() ) {
1116             return;
1117         }
1118         _textframe = TextFrame.instantiate( AptxUtil.createBasicInformation( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() ) );
1119     }
1120
1121     void viewAsNexus() {
1122         removeTextFrame();
1123         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1124                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 20000 ) ) {
1125             return;
1126         }
1127         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNexus( getOptions()
1128                 .getNhConversionSupportValueStyle() ) );
1129     }
1130
1131     void viewAsNH() {
1132         removeTextFrame();
1133         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1134                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 20000 ) ) {
1135             return;
1136         }
1137         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny()
1138                 .toNewHampshire( false, getOptions().getNhConversionSupportValueStyle() ) );
1139     }
1140
1141     void viewAsNHX() {
1142         removeTextFrame();
1143         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() == null ) || _mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1144                 || ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() > 10000 ) ) {
1145             return;
1146         }
1147         _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toNewHampshireX() );
1148     }
1149
1150     void viewAsXML() {
1151         removeTextFrame();
1152         if ( ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny() != null ) && !_mainpanel.getCurrentPhylogeny().isEmpty()
1153                 && ( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().getNumberOfExternalNodes() <= 10000 ) ) {
1154             _textframe = TextFrame.instantiate( _mainpanel.getCurrentPhylogeny().toPhyloXML( 0 ) );
1155         }
1156     }
1157
1158     /**
1159      * Display the about box.
1160      */
1161     static void about() {
1162         final StringBuffer about = new StringBuffer( "Archaeopteryx\nVersion " + Constants.VERSION + "\n" );
1163         about.append( "Copyright (C) 2007-2012 Christian M. Zmasek\n" );
1164         about.append( "All Rights Reserved\n" );
1165         about.append( "License: GNU Lesser General Public License (LGPL)\n" );
1166         about.append( "Last modified: " + Constants.PRG_DATE + "\n" );
1167         about.append( "Based on: " + ForesterUtil.getForesterLibraryInformation() + "\n" );
1168         about.append( "phyloXML version : " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1169         about.append( "phyloXML location: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_LOCATION + "\n" );
1170         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VERSION ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.JAVA_VENDOR ) ) {
1171             about.append( "[your Java version: " + ForesterUtil.JAVA_VERSION + " " + ForesterUtil.JAVA_VENDOR + "]\n" );
1172         }
1173         if ( !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_NAME ) && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_ARCH )
1174                 && !ForesterUtil.isEmpty( ForesterUtil.OS_VERSION ) ) {
1175             about.append( "[your OS: " + ForesterUtil.OS_NAME + " " + ForesterUtil.OS_ARCH + " "
1176                     + ForesterUtil.OS_VERSION + "]\n" );
1177         }
1178         final Runtime rt = java.lang.Runtime.getRuntime();
1179         final long free_memory = rt.freeMemory() / 1000000;
1180         final long total_memory = rt.totalMemory() / 1000000;
1181         about.append( "[free memory: " + free_memory + "MB, total memory: " + total_memory + "MB]\n" );
1182         about.append( "[locale: " + Locale.getDefault() + "]\n" );
1183         about.append( "References:\n" );
1184         about.append( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_SHORT + "\n" );
1185         about.append( "For more information & download:\n" );
1186         about.append( Constants.APTX_WEB_SITE + "\n" );
1187         about.append( "Comments: " + Constants.AUTHOR_EMAIL );
1188         JOptionPane.showMessageDialog( null, about, Constants.PRG_NAME, JOptionPane.PLAIN_MESSAGE );
1189     }
1190
1191     static String createCurrentFontDesc( final TreeFontSet tree_font_set ) {
1192         return tree_font_set.getLargeFont().getFamily() + " " + tree_font_set.getLargeFont().getSize();
1193     }
1194
1195     static JMenu createMenu( final String title, final Configuration conf ) {
1196         final JMenu jmenu = new JMenu( title );
1197         if ( !conf.isUseNativeUI() ) {
1198             jmenu.setFont( MainFrame.menu_font );
1199             jmenu.setBackground( conf.getGuiMenuBackgroundColor() );
1200             jmenu.setForeground( conf.getGuiMenuTextColor() );
1201         }
1202         return jmenu;
1203     }
1204
1205     static JMenuItem customizeMenuItemAsLabel( final JMenuItem label, final Configuration configuration ) {
1206         label.setFont( MainFrame.menu_font.deriveFont( Font.BOLD ) );
1207         if ( !configuration.isUseNativeUI() ) {
1208             label.setBackground( configuration.getGuiMenuBackgroundColor() );
1209             label.setForeground( configuration.getGuiMenuTextColor() );
1210             label.setOpaque( true );
1211         }
1212         label.setSelected( false );
1213         label.setEnabled( false );
1214         return label;
1215     }
1216
1217     static void cycleOverview( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1218         switch ( op.getOvPlacement() ) {
1219             case LOWER_LEFT:
1220                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT );
1221                 break;
1222             case LOWER_RIGHT:
1223                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_LEFT );
1224                 break;
1225             case UPPER_LEFT:
1226                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_RIGHT );
1227                 break;
1228             case UPPER_RIGHT:
1229                 op.setOvPlacement( Options.OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.LOWER_RIGHT );
1230                 break;
1231             default:
1232                 throw new RuntimeException( "unknown placement: " + op.getOvPlacement() );
1233         }
1234         if ( tree_panel != null ) {
1235             tree_panel.updateOvSettings();
1236         }
1237     }
1238
1239     static void cycleNodeFill( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1240         switch ( op.getDefaultNodeFill() ) {
1241             case GRADIENT:
1242                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.SOLID );
1243                 break;
1244             case NONE:
1245                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.GRADIENT );
1246                 break;
1247             case SOLID:
1248                 op.setDefaultNodeFill( NodeFill.NONE );
1249                 break;
1250             default:
1251                 throw new RuntimeException( "unknown fill: " + op.getDefaultNodeFill() );
1252         }
1253     }
1254
1255     static void cycleNodeShape( final Options op, final TreePanel tree_panel ) {
1256         switch ( op.getDefaultNodeShape() ) {
1257             case CIRCLE:
1258                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.RECTANGLE );
1259                 break;
1260             case RECTANGLE:
1261                 op.setDefaultNodeShape( NodeShape.CIRCLE );
1262                 break;
1263             default:
1264                 throw new RuntimeException( "unknown shape: " + op.getDefaultNodeShape() );
1265         }
1266     }
1267
1268     static void help( final Map<String, WebLink> weblinks ) {
1269         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
1270         sb.append( "Display options\n" );
1271         sb.append( "-------------------\n" );
1272         sb.append( "Use the checkboxes to select types of information to display on the tree.\n\n" );
1273         sb.append( "Clickable tree nodes\n" );
1274         sb.append( "--------------------\n" );
1275         sb.append( "Tree nodes can be clicked, the action is determined by the 'click on node to' menu\n" );
1276         sb.append( "or by right clicking:\n" );
1277         sb.append( "o  Display Node Data -- display information for a node\n" );
1278         sb.append( "o  Collapse/Uncollapse -- collapse and uncollapse subtree from clicked node\n" );
1279         sb.append( "o  Root/Reroot -- change tree root to clicked node\n" );
1280         sb.append( "o  Sub/Super Tree -- toggle between subtree from clicked node and whole tree\n" );
1281         sb.append( "o  Swap Descendants -- switch descendant on either side of clicked node\n" );
1282         sb.append( "o  Colorize Subtree -- color a subtree\n" );
1283         sb.append( "o  Open Sequence Web -- launch a web browser to display sequence information\n" );
1284         sb.append( "o  Open Taxonomy Web -- launch a web browser to display taxonomy information\n" );
1285         sb.append( "-  there may be additional choices depending on this particular setup\n\n" );
1286         sb.append( "Right clicking on a node always displays the information of a node.\n\n" );
1287         sb.append( "Zooming\n" );
1288         sb.append( "---------\n" );
1289         sb.append( "The mouse wheel and the plus and minus keys control zooming.\n" );
1290         sb.append( "Mouse wheel+Ctrl changes the text size.\n" );
1291         sb.append( "Mouse wheel+Shift controls zooming in vertical direction only.\n" );
1292         sb.append( "Use the buttons on the control panel to zoom the tree in and out, horizontally or vertically.\n" );
1293         sb.append( "The entire tree can be fitted into the window by clicking the \"F\" button, or by pressing F, Delete, or Home.\n" );
1294         sb.append( "The up, down, left, and right keys can be used to move the visible part (if zoomed in).\n" );
1295         sb.append( "Up, down, left, and right+Shift can be used to control zooming horizontally and vertically.\n" );
1296         sb.append( "Plus and minus keys+Ctrl change the text size; F+Ctrl, Delete+Ctrl, or Home+Ctrl resets it.\n\n" );
1297         sb.append( "Quick tree manipulation:\n" );
1298         sb.append( "------------------------\n" );
1299         sb.append( "Order Subtrees -- order the tree by branch length\n" );
1300         sb.append( "Uncollapse All -- uncollapse any and all collapsed branches\n\n" );
1301         sb.append( "Memory problems (Java heap space error)\n" );
1302         sb.append( "---------------------------------------\n" );
1303         sb.append( "Since the Java default memory allocation is quite small, it might by necessary (for trees\n" );
1304         sb.append( "with more than approximately 5000 external nodes) to increase the memory which Java can use, with\n" );
1305         sb.append( "the '-Xmx' Java command line option. For example:\n" );
1306         sb.append( "java -Xms32m -Xmx256m -cp path\\to\\forester.jar org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx\n\n" );
1307         if ( ( weblinks != null ) && ( weblinks.size() > 0 ) ) {
1308             sb.append( "Active web links\n" );
1309             sb.append( "--------------------\n" );
1310             for( final String key : weblinks.keySet() ) {
1311                 sb.append( " " + weblinks.get( key ).toString() + "\n" );
1312             }
1313         }
1314         // + "General remarks\n"
1315         // + "---------------\n"
1316         // +
1317         // "o  The application version permits copying to the clipboard \n"
1318         // +
1319         // "    in the \"View\"|\"View as ...\" frame (either by control-c or button press).\n"
1320         // +
1321         // "o  Changes made to a subtree affect this subtree and its subtrees,\n"
1322         // + "    but not any of its parent tree(s).\n"
1323         // +
1324         // "o  Archaeopteryx tries to detect whether the numerical values in a NH tree\n"
1325         // +
1326         // "    are likely to be bootstrap values instead of branch length values.\n\n"
1327         // +
1328         // " Remarks regarding SDI (Speciation Duplication Inference):\n"
1329         // +
1330         // "o  Each external node of the gene tree (in display) needs to be associated with\n"
1331         // +
1332         // "    a species: either directly through the \"Species\" field, or the species\n"
1333         // +
1334         // "    is part of the sequence name in the form \"XXXX_SPECIES\"\n"
1335         // +
1336         // "    (e.g. \"ACON_DROME\" or \"ACON_DROME/123-4489\" which is also acceptable).\n"
1337         // +
1338         // "o  A species tree for each species of the gene tree needs to be loaded with\n"
1339         // +
1340         // "   \"SDI\"|\"Load species tree\" prior the SDI execution.\n"
1341         // +
1342         // "o  !External nodes of the gene tree associated with species not present in\n"
1343         // +
1344         // "    the species tree are REMOVED prior to SDI execution!\n"
1345         // +
1346         // "o  Both the gene tree and the species tree must be completely binary.\n"
1347         // +
1348         // "o  Duplications and speciations are a function of the position of the root.\n"
1349         // +
1350         // "    Hence, after each manual \"Root/Reroot\"ing some duplications will be\n"
1351         // + "    incorrect and need to be inferred again\n"
1352         // +
1353         // "    with: \"SDI\"|\"SDI (Speciation Duplication Inference)\n\n"
1354         sb.append( "\n" );
1355         sb.append( "phyloXML\n" );
1356         sb.append( "-------------------\n" );
1357         sb.append( "Reference: " + Constants.PHYLOXML_REFERENCE + "\n" );
1358         sb.append( "Website: " + Constants.PHYLOXML_WEB_SITE + "\n" );
1359         sb.append( "Version: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );
1360         sb.append( "\n" );
1361         sb.append( "For more information: http://www.phylosoft.org/archaeopteryx/\n" );
1362         sb.append( "Email: " + Constants.AUTHOR_EMAIL + "\n\n" );
1363         TextFrame.instantiate( sb.toString() );
1364     }
1365
1366     static void setOvPlacementColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1367         if ( ( options != null ) && ( options.getOvPlacement() != null ) ) {
1368             mi.setText( "Cycle Overview Placement... (current: " + options.getOvPlacement() + ")" );
1369         }
1370         else {
1371             mi.setText( "Cycle Overview Placement..." );
1372         }
1373     }
1374
1375     static void setCycleNodeFillMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1376         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeFill() != null ) ) {
1377             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1378                     + options.getDefaultNodeFill().toString().toLowerCase() + ")" );
1379         }
1380         else {
1381             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1382         }
1383     }
1384
1385     static void setCycleNodeShapeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1386         if ( ( options != null ) && ( options.getDefaultNodeShape() != null ) ) {
1387             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type... (current: "
1388                     + options.getDefaultNodeShape().toString().toLowerCase() + ")" );
1389         }
1390         else {
1391             mi.setText( "Cycle Node Shape Fill Type..." );
1392         }
1393     }
1394
1395     static void setTextColorChooseMenuItem( final JMenuItem mi, final TreePanel tree_panel ) {
1396         if ( ( tree_panel != null ) && ( tree_panel.getTreeColorSet() != null ) ) {
1397             mi.setText( "Select Colors... (current: " + tree_panel.getTreeColorSet().getCurrentColorSchemeName() + ")" );
1398         }
1399         else {
1400             mi.setText( "Select Colors..." );
1401         }
1402     }
1403
1404     static void setTextForFontChooserMenuItem( final JMenuItem mi, final String font_desc ) {
1405         mi.setText( "Select Font... (current: " + font_desc + ")" );
1406     }
1407
1408     static void setTextMinSupportMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options, final TreePanel current_tree_panel ) {
1409         if ( ( current_tree_panel == null ) || ( current_tree_panel.getPhylogeny() == null ) ) {
1410             mi.setEnabled( true );
1411         }
1412         else if ( AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchWithSupportValues( current_tree_panel.getPhylogeny() ) ) {
1413             mi.setEnabled( true );
1414         }
1415         else {
1416             mi.setEnabled( false );
1417         }
1418         mi.setText( "Enter Min Confidence Value... (current: " + options.getMinConfidenceValue() + ")" );
1419     }
1420
1421     static void setTextNodeSizeMenuItem( final JMenuItem mi, final Options options ) {
1422         mi.setText( "Enter Default Node Shape Size... (current: " + options.getDefaultNodeShapeSize() + ")" );
1423     }
1424
1425     static void updateOptionsMenuDependingOnPhylogenyType( final MainPanel main_panel,
1426                                                            final JCheckBoxMenuItem scale,
1427                                                            final JCheckBoxMenuItem branch_lengths,
1428                                                            final JRadioButtonMenuItem non_lined_up,
1429                                                            final JRadioButtonMenuItem uniform_clado,
1430                                                            final JRadioButtonMenuItem nonuniform_clado,
1431                                                            final JCheckBoxMenuItem label_direction_cbmi ) {
1432         final TreePanel tree_panel = main_panel.getCurrentTreePanel();
1433         final ControlPanel control = main_panel.getControlPanel();
1434         final Options options = main_panel.getOptions();
1435         scale.setSelected( options.isShowScale() );
1436         branch_lengths.setSelected( options.isShowBranchLengthValues() );
1437         // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1438         if ( ( tree_panel != null ) && ( !tree_panel.isPhyHasBranchLengths() ) ) {
1439             scale.setSelected( false );
1440             scale.setEnabled( false );
1441             branch_lengths.setSelected( false );
1442             branch_lengths.setEnabled( false );
1443         }
1444         else if ( ( tree_panel != null ) && !control.isDrawPhylogram() ) {
1445             scale.setSelected( false );
1446             scale.setEnabled( false );
1447             branch_lengths.setEnabled( true );
1448         }
1449         else {
1450             scale.setEnabled( true );
1451             branch_lengths.setEnabled( true );
1452         }
1453         if ( ( tree_panel != null )
1454                 && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED )
1455                         && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1456                         .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1457             branch_lengths.setSelected( false );
1458             branch_lengths.setEnabled( false );
1459         }
1460         if ( tree_panel != null ) {
1461             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR )
1462                     || ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) {
1463                 non_lined_up.setEnabled( false );
1464                 uniform_clado.setEnabled( false );
1465                 nonuniform_clado.setEnabled( false );
1466             }
1467             else {
1468                 non_lined_up.setEnabled( true );
1469                 uniform_clado.setEnabled( true );
1470                 nonuniform_clado.setEnabled( true );
1471             }
1472         }
1473         else {
1474             if ( ( tree_panel != null )
1475                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel
1476                             .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {
1477                 branch_lengths.setSelected( false );
1478                 branch_lengths.setEnabled( false );
1479             }
1480             if ( ( tree_panel != null )
1481                     && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) || ( tree_panel
1482                             .getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) ) {
1483                 non_lined_up.setEnabled( false );
1484             }
1485             else {
1486                 // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );
1487                 non_lined_up.setEnabled( true );
1488             }
1489         }
1490         label_direction_cbmi.setEnabled( true );
1491         if ( tree_panel != null ) {
1492             if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
1493                     && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
1494                 label_direction_cbmi.setEnabled( false );
1495             }
1496             if ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1497                 scale.setSelected( false );
1498                 scale.setEnabled( false );
1499             }
1500         }
1501     }
1502
1503     static void updateScreenTextAntialias( final List<TreePanel> treepanels ) {
1504         for( final TreePanel tree_panel : treepanels ) {
1505             tree_panel.setTextAntialias();
1506         }
1507     }
1508 }