forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/MainPanel.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // Copyright (C) 2003-2007 Ethalinda K.S. Cannon
  10 // All rights reserved
  11 //
  12 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  13 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  14 // License as published by the Free Software Foundation; either
  15 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  16 //
  17 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  18 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  20 // Lesser General Public License for more details.
  21 //
  22 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  24 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  25 //
  26 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  27 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  28
  29 package org.forester.archaeopteryx;
  30
  31 import java.awt.BorderLayout;
  32 import java.awt.Dimension;
  33 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  34 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  35 import java.awt.event.ComponentEvent;
  36 import java.awt.event.ComponentListener;
  37 import java.awt.image.BufferedImage;
  38 import java.util.ArrayList;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.List;
  41 import java.util.Set;
  42
  43 import javax.swing.JPanel;
  44 import javax.swing.JScrollPane;
  45 import javax.swing.JTabbedPane;
  46 import javax.swing.SwingConstants;
  47 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  48 import javax.swing.event.ChangeListener;
  49
  50 import org.forester.archaeopteryx.phylogeny.data.RenderableDomainArchitecture;
  51 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  52 import org.forester.util.ForesterUtil;
  53
  54 public class MainPanel extends JPanel implements ComponentListener {
  55
  56     private static final long                serialVersionUID = -2682765312661416435L;
  57     MainFrame                                _mainframe;
  58     List<TreePanel>                          _treepanels;
  59     ControlPanel                             _control_panel;
  60     private List<JScrollPane>                _treegraphic_scroll_panes;
  61     private List<JPanel>                     _treegraphic_scroll_pane_panels;
  62     Configuration                            _configuration;
  63     private JTabbedPane                      _tabbed_pane;
  64     private TreeColorSet                     _colorset;
  65     private TreeFontSet                      _fontset;
  66     private Phylogeny                        _cut_or_copied_tree;
  67     private Set<Integer>                     _copied_and_pasted_nodes;
  68     private Hashtable<String, BufferedImage> _image_map;
  69
  70     MainPanel() {
  71     }
  72
  73     MainPanel( final Configuration configuration, final MainFrame parent ) {
  74         if ( configuration == null ) {
  75             throw new IllegalArgumentException( "configuration is null" );
  76         }
  77         addComponentListener( this );
  78         _configuration = configuration;
  79         _mainframe = parent;
  80         _treepanels = new ArrayList<TreePanel>();
  81         initialize();
  82         _control_panel = new ControlPanel( this, configuration );
  83         add( _control_panel, BorderLayout.WEST );
  84         setupTreeGraphic( configuration, getControlPanel() );
  85         getControlPanel().showWhole();
  86     }
  87
  88     void addPhylogenyInNewTab( final Phylogeny phy,
  89                                final Configuration config,
  90                                final String default_name,
  91                                final String full_path ) {
  92         final TreePanel treepanel = new TreePanel( phy, config, this );
  93         getControlPanel().phylogenyAdded( config );
  94         treepanel.setControlPanel( getControlPanel() );
  95         _treepanels.add( treepanel );
  96         String name = "";
  97         //  if ( !ForesterUtil.isEmpty( phy.getName() ) ) {
  98         //      name = phy.getName();
  99         //  }
 100         //  else if ( phy.getIdentifier() != null ) {
 101         //      name = phy.getIdentifier().toString();
 102         //  }
 103         /* else */
 104         if ( !ForesterUtil.isEmpty( default_name ) ) {
 105             name = default_name;
 106         }
 107         else {
 108             name = "[" + ( getTabbedPane().getTabCount() + 1 ) + "]";
 109         }
 110         final JScrollPane treegraphic_scroll_pane = new JScrollPane( treepanel );
 111         treegraphic_scroll_pane.getHorizontalScrollBar().addAdjustmentListener( new AdjustmentListener() {
 112
 113             @Override
 114             public void adjustmentValueChanged( final AdjustmentEvent e ) {
 115                 if ( treepanel.isOvOn() || getOptions().isShowScale() ) {
 116                     treepanel.repaint();
 117                 }
 118             }
 119         } );
 120         treegraphic_scroll_pane.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener( new AdjustmentListener() {
 121
 122             @Override
 123             public void adjustmentValueChanged( final AdjustmentEvent e ) {
 124                 if ( treepanel.isOvOn() || getOptions().isShowScale() ) {
 125                     treepanel.repaint();
 126                     //System.out.println( e.getValue() );
 127                 }
 128             }
 129         } );
 130         treegraphic_scroll_pane.getHorizontalScrollBar().setUnitIncrement( 10 );
 131         treegraphic_scroll_pane.getHorizontalScrollBar().setBlockIncrement( 200 );
 132         treegraphic_scroll_pane.getVerticalScrollBar().setUnitIncrement( 10 );
 133         treegraphic_scroll_pane.getVerticalScrollBar().setBlockIncrement( 200 );
 134         final JPanel treegraphic_scroll_pane_panel = new JPanel();
 135         treegraphic_scroll_pane_panel.setLayout( new BorderLayout() );
 136         treegraphic_scroll_pane_panel.add( treegraphic_scroll_pane, BorderLayout.CENTER );
 137         _treegraphic_scroll_pane_panels.add( treegraphic_scroll_pane_panel );
 138         _treegraphic_scroll_panes.add( treegraphic_scroll_pane );
 139         getTabbedPane().addTab( name, null, treegraphic_scroll_pane_panel, "" );
 140         getTabbedPane().setSelectedIndex( getTabbedPane().getTabCount() - 1 );
 141         getControlPanel().showWhole();
 142     }
 143
 144     void addPhylogenyInPanel( final Phylogeny phy, final Configuration config ) {
 145         final TreePanel treepanel = new TreePanel( phy, config, this );
 146         getControlPanel().phylogenyAdded( config );
 147         treepanel.setControlPanel( getControlPanel() );
 148         _treepanels.add( treepanel );
 149         final JScrollPane treegraphic_scroll_pane = new JScrollPane( treepanel );
 150         treegraphic_scroll_pane.getHorizontalScrollBar().setUnitIncrement( 20 );
 151         treegraphic_scroll_pane.getHorizontalScrollBar().setBlockIncrement( 50 );
 152         treegraphic_scroll_pane.getVerticalScrollBar().setUnitIncrement( 20 );
 153         treegraphic_scroll_pane.getVerticalScrollBar().setBlockIncrement( 50 );
 154         final JPanel treegraphic_scroll_pane_panel = new JPanel();
 155         treegraphic_scroll_pane_panel.setLayout( new BorderLayout() );
 156         treegraphic_scroll_pane_panel.add( treegraphic_scroll_pane, BorderLayout.CENTER );
 157         _treegraphic_scroll_pane_panels.add( treegraphic_scroll_pane_panel );
 158         _treegraphic_scroll_panes.add( treegraphic_scroll_pane );
 159         add( treegraphic_scroll_pane_panel, BorderLayout.CENTER );
 160     }
 161
 162     void adjustJScrollPane() {
 163         if ( getTabbedPane() != null ) {
 164             getCurrentScrollPanePanel().remove( getCurrentScrollPane() );
 165             getCurrentScrollPanePanel().add( getCurrentScrollPane(), BorderLayout.CENTER );
 166         }
 167         getCurrentScrollPane().revalidate();
 168     }
 169
 170     void closeCurrentPane() {
 171         final int index = getCurrentTabIndex();
 172         if ( ( index >= 0 ) && ( getTabbedPane().getTabCount() > 0 ) ) {
 173             getTabbedPane().remove( index );
 174             getTreePanels().remove( index );
 175             _treegraphic_scroll_panes.remove( index );
 176             _treegraphic_scroll_pane_panels.remove( index );
 177             getControlPanel().phylogenyRemoved( index );
 178         }
 179     }
 180
 181     @Override
 182     public void componentHidden( final ComponentEvent e ) {
 183         // Do nothing.
 184     }
 185
 186     @Override
 187     public void componentMoved( final ComponentEvent e ) {
 188         // Do nothing.
 189     }
 190
 191     @Override
 192     public void componentResized( final ComponentEvent e ) {
 193         if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
 194             getCurrentTreePanel().updateOvSettings();
 195             getCurrentTreePanel().updateOvSizes();
 196         }
 197     }
 198
 199     @Override
 200     public void componentShown( final ComponentEvent e ) {
 201         // Do nothing.
 202     }
 203
 204     private Configuration getConfiguration() {
 205         return _configuration;
 206     }
 207
 208     ControlPanel getControlPanel() {
 209         return _control_panel;
 210     }
 211
 212     public Set<Integer> getCopiedAndPastedNodes() {
 213         return _copied_and_pasted_nodes;
 214     }
 215
 216     Phylogeny getCurrentPhylogeny() {
 217         if ( getCurrentTreePanel() == null ) {
 218             return null;
 219         }
 220         return getCurrentTreePanel().getPhylogeny();
 221     }
 222
 223     JScrollPane getCurrentScrollPane() {
 224         if ( _treegraphic_scroll_panes.size() > 0 ) {
 225             final int selected = getTabbedPane().getSelectedIndex();
 226             if ( selected >= 0 ) {
 227                 return _treegraphic_scroll_panes.get( selected );
 228             }
 229             else {
 230                 return _treegraphic_scroll_panes.get( 0 );
 231             }
 232         }
 233         else {
 234             return null;
 235         }
 236     }
 237
 238     JPanel getCurrentScrollPanePanel() {
 239         final int selected = getTabbedPane().getSelectedIndex();
 240         if ( selected >= 0 ) {
 241             return _treegraphic_scroll_pane_panels.get( selected );
 242         }
 243         else {
 244             return _treegraphic_scroll_pane_panels.get( 0 );
 245         }
 246     }
 247
 248     int getCurrentTabIndex() {
 249         final int selected = getTabbedPane().getSelectedIndex();
 250         if ( selected >= 0 ) {
 251             return selected;
 252         }
 253         else {
 254             return 0;
 255         }
 256     }
 257
 258     void setTitleOfSelectedTab( final String title ) {
 259         final int selected = getTabbedPane().getSelectedIndex();
 260         if ( selected >= 0 ) {
 261             getTabbedPane().setTitleAt( selected, title );
 262         }
 263     }
 264
 265     TreePanel getCurrentTreePanel() {
 266         final int selected = getTabbedPane().getSelectedIndex();
 267         if ( selected >= 0 ) {
 268             return _treepanels.get( selected );
 269         }
 270         else {
 271             if ( _treepanels.size() == 1 ) {
 272                 return _treepanels.get( 0 );
 273             }
 274             else {
 275                 return null;
 276             }
 277         }
 278     }
 279
 280     Phylogeny getCutOrCopiedTree() {
 281         return _cut_or_copied_tree;
 282     }
 283
 284     MainFrame getMainFrame() {
 285         return _mainframe;
 286     }
 287
 288     public Options getOptions() {
 289         return _mainframe.getOptions();
 290     }
 291
 292     Phylogeny getPhylogeny( final int index ) {
 293         if ( getCurrentTreePanel() == null ) {
 294             return null;
 295         }
 296         return _treepanels.get( index ).getPhylogeny();
 297     }
 298
 299     Dimension getSizeOfViewport() {
 300         return getCurrentScrollPane().getViewport().getExtentSize();
 301     }
 302
 303     JTabbedPane getTabbedPane() {
 304         return _tabbed_pane;
 305     }
 306
 307     TreeColorSet getTreeColorSet() {
 308         return _colorset;
 309     }
 310
 311     public TreeFontSet getTreeFontSet() {
 312         return _fontset;
 313     }
 314
 315     List<TreePanel> getTreePanels() {
 316         return _treepanels;
 317     }
 318
 319     void initialize() {
 320         if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 321             setBackground( getConfiguration().getGuiBackgroundColor() );
 322         }
 323         setTreeFontSet( new TreeFontSet( this ) );
 324         getTreeFontSet().setBaseFont( getOptions().getBaseFont() );
 325         setLayout( new BorderLayout() );
 326         setTreeColorSet( TreeColorSet.createInstance( getConfiguration() ) );
 327         _treegraphic_scroll_panes = new ArrayList<JScrollPane>();
 328         _treegraphic_scroll_pane_panels = new ArrayList<JPanel>();
 329         _tabbed_pane = new JTabbedPane( SwingConstants.TOP );
 330         if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 331             _tabbed_pane.setBackground( getConfiguration().getGuiBackgroundColor() );
 332             _tabbed_pane.setForeground( getConfiguration().getGuiBackgroundColor() );
 333         }
 334         _tabbed_pane.addChangeListener( new ChangeListener() {
 335
 336             // This method is called whenever the selected tab changes
 337             @Override
 338             public void stateChanged( final ChangeEvent evt ) {
 339                 final JTabbedPane pane = ( JTabbedPane ) evt.getSource();
 340                 getControlPanel().tabChanged();
 341                 // Get current tab
 342                 final int sel = pane.getSelectedIndex();
 343                 if ( sel >= 0 ) {
 344                     if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 345                         if ( _tabbed_pane.getTabCount() > 0 ) {
 346                             _tabbed_pane.setForegroundAt( sel, Constants.TAB_LABEL_FOREGROUND_COLOR_SELECTED );
 347                             for( int i = 0; i < _tabbed_pane.getTabCount(); ++i ) {
 348                                 if ( i != sel ) {
 349                                     _tabbed_pane.setBackgroundAt( i, getConfiguration().getGuiBackgroundColor() );
 350                                     _tabbed_pane.setForegroundAt( i, getConfiguration().getGuiCheckboxTextColor() );
 351                                 }
 352                             }
 353                         }
 354                     }
 355                 }
 356             }
 357         } );
 358         if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
 359             _tabbed_pane.setFont( ControlPanel.jcb_font );
 360         }
 361         _tabbed_pane.setTabLayoutPolicy( JTabbedPane.SCROLL_TAB_LAYOUT );
 362         add( _tabbed_pane, BorderLayout.CENTER );
 363     }
 364
 365     public void setArrowCursor() {
 366         setCursor( TreePanel.ARROW_CURSOR );
 367         repaint();
 368     }
 369
 370     public void setCopiedAndPastedNodes( final Set<Integer> node_ids ) {
 371         _copied_and_pasted_nodes = node_ids;
 372     }
 373
 374     void setCutOrCopiedTree( final Phylogeny cut_or_copied_tree ) {
 375         _cut_or_copied_tree = cut_or_copied_tree;
 376     }
 377
 378     void setTreeColorSet( final TreeColorSet colorset ) {
 379         _colorset = colorset;
 380         for( final TreePanel p : getTreePanels() ) {
 381             p.setBackground( colorset.getBackgroundColor() );
 382         }
 383     }
 384
 385     void setTreeFontSet( final TreeFontSet fontset ) {
 386         _fontset = fontset;
 387     }
 388
 389     void setupTreeGraphic( final Configuration config_settings, final ControlPanel control ) {
 390         control.setSpeciesColors( config_settings.getSpeciesColors() );
 391         control.setAnnotationColors( config_settings.getAnnotationColors() );
 392         RenderableDomainArchitecture.setColorMap( config_settings.getDomainColors() );
 393     }
 394
 395     public void setWaitCursor() {
 396         setCursor( TreePanel.WAIT_CURSOR );
 397         repaint();
 398     }
 399
 400     void terminate() {
 401         for( final TreePanel atvtreepanel : _treepanels ) {
 402             atvtreepanel.removeAllEditNodeJFrames();
 403         }
 404     }
 405
 406     synchronized void setImageMap( final Hashtable<String, BufferedImage> image_map ) {
 407         _image_map = image_map;
 408     }
 409
 410     synchronized Hashtable<String, BufferedImage> getImageMap() {
 411         return _image_map;
 412     }
 413 }