forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/NodeEditPanel.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.event.KeyEvent;
  29 import java.awt.event.KeyListener;
  30 import java.math.BigDecimal;
  31 import java.net.URL;
  32 import java.text.ParseException;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.HashMap;
  35 import java.util.List;
  36 import java.util.Map;
  37
  38 import javax.swing.JEditorPane;
  39 import javax.swing.JOptionPane;
  40 import javax.swing.JPanel;
  41 import javax.swing.JScrollPane;
  42 import javax.swing.JSplitPane;
  43 import javax.swing.JTree;
  44 import javax.swing.event.TreeSelectionEvent;
  45 import javax.swing.event.TreeSelectionListener;
  46 import javax.swing.text.Position;
  47 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
  48 import javax.swing.tree.TreePath;
  49 import javax.swing.tree.TreeSelectionModel;
  50
  51 import org.forester.archaeopteryx.tools.ImageLoader;
  52 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  53 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  54 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  55 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  56 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  57 import org.forester.phylogeny.data.Date;
  58 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  59 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  60 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  61 import org.forester.phylogeny.data.MultipleUris;
  62 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  63 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  64 import org.forester.phylogeny.data.Point;
  65 import org.forester.phylogeny.data.Reference;
  66 import org.forester.phylogeny.data.Sequence;
  67 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  68 import org.forester.phylogeny.data.Uri;
  69 import org.forester.util.FailedConditionCheckException;
  70 import org.forester.util.ForesterUtil;
  71
  72 class NodeEditPanel extends JPanel {
  73
  74     private enum PHYLOXML_TAG {
  75         NODE_NAME,
  76         NODE_BRANCH_LENGTH,
  77         NODE_BRANCH_WIDTH,
  78         TAXONOMY_CODE,
  79         TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME,
  80         TAXONOMY_AUTHORITY,
  81         TAXONOMY_COMMON_NAME,
  82         TAXONOMY_SYNONYM,
  83         TAXONOMY_RANK,
  84         TAXONOMY_URI,
  85         SEQ_SYMBOL,
  86         SEQ_NAME,
  87         SEQ_GENE_NAME,
  88         SEQ_LOCATION,
  89         SEQ_TYPE,
  90         SEQ_MOL_SEQ,
  91         SEQ_URI,
  92         DATE_DESCRIPTION,
  93         DATE_VALUE,
  94         DATE_MIN,
  95         DATE_MAX,
  96         DATE_UNIT,
  97         TAXONOMY_ID_VALUE,
  98         TAXONOMY_ID_PROVIDER,
  99         SEQ_ACC_VALUE,
 100         SEQ_ACC_SOURCE,
 101         CONFIDENCE_VALUE,
 102         CONFIDENCE_TYPE,
 103         LIT_REFERENCE_DESC,
 104         LIT_REFERENCE_DOI,
 105         EVENTS_DUPLICATIONS,
 106         EVENTS_SPECIATIONS,
 107         EVENTS_GENE_LOSSES,
 108         DIST_DESC,
 109         DIST_GEODETIC,
 110         DIST_LAT,
 111         DIST_LONG,
 112         DIST_ALT,
 113         DIST_ALT_UNIT
 114     }
 115
 116     private class TagNumber {
 117
 118         final private PHYLOXML_TAG _tag;
 119         final private int          _number;
 120
 121         TagNumber( final PHYLOXML_TAG tag, final int number ) {
 122             _tag = tag;
 123             _number = number;
 124         }
 125
 126         @Override
 127         public String toString() {
 128             return getTag() + "_" + getNumber();
 129         }
 130
 131         int getNumber() {
 132             return _number;
 133         }
 134
 135         PHYLOXML_TAG getTag() {
 136             return _tag;
 137         }
 138     }
 139     private static final long                            serialVersionUID = 5120159904388100771L;
 140     private final JTree                                  _tree;
 141     private final JEditorPane                            _pane;
 142     private final PhylogenyNode                          _my_node;
 143     private final TreePanel                              _tree_panel;
 144     private final Map<DefaultMutableTreeNode, TagNumber> _map;
 145
 146     public NodeEditPanel( final PhylogenyNode phylogeny_node, final TreePanel tree_panel ) {
 147         _map = new HashMap<DefaultMutableTreeNode, TagNumber>();
 148         _my_node = phylogeny_node;
 149         _tree_panel = tree_panel;
 150         String node_name = "";
 151         if ( !ForesterUtil.isEmpty( phylogeny_node.getName() ) ) {
 152             node_name = phylogeny_node.getName() + " ";
 153         }
 154         final DefaultMutableTreeNode top = new DefaultMutableTreeNode( "Node " + node_name );
 155         createNodes( top, phylogeny_node );
 156         _tree = new JTree( top );
 157         getJTree().setEditable( true );
 158         getJTree().setFocusable( true );
 159         getJTree().setToggleClickCount( 1 );
 160         getJTree().setInvokesStopCellEditing( true );
 161         final JScrollPane tree_view = new JScrollPane( getJTree() );
 162         _pane = new JEditorPane();
 163         _pane.setEditable( true );
 164         final JScrollPane data_view = new JScrollPane( _pane );
 165         final JSplitPane split_pane = new JSplitPane( JSplitPane.VERTICAL_SPLIT );
 166         split_pane.setTopComponent( tree_view );
 167         // split_pane.setBottomComponent( data_view );
 168         data_view.setMinimumSize( Constants.NODE_PANEL_SPLIT_MINIMUM_SIZE );
 169         tree_view.setMinimumSize( Constants.NODE_PANEL_SPLIT_MINIMUM_SIZE );
 170         // split_pane.setDividerLocation( 400 );
 171         split_pane.setPreferredSize( Constants.NODE_PANEL_SIZE );
 172         add( split_pane );
 173         getJTree().getSelectionModel().setSelectionMode( TreeSelectionModel.SINGLE_TREE_SELECTION );
 174         getJTree().addKeyListener( new KeyListener() {
 175
 176             @Override
 177             public void keyPressed( final KeyEvent e ) {
 178                 keyEvent( e );
 179             }
 180
 181             @Override
 182             public void keyReleased( final KeyEvent e ) {
 183                 keyEvent( e );
 184             }
 185
 186             @Override
 187             public void keyTyped( final KeyEvent e ) {
 188                 keyEvent( e );
 189             }
 190         } );
 191         for( int i = 0; i < getJTree().getRowCount(); i++ ) {
 192             getJTree().expandRow( i );
 193         }
 194         collapsePath( NodePanel.BASIC );
 195         collapsePath( NodePanel.TAXONOMY );
 196         collapsePath( NodePanel.SEQUENCE );
 197         collapsePath( NodePanel.EVENTS );
 198         collapsePath( NodePanel.DATE );
 199         collapsePath( NodePanel.DISTRIBUTION );
 200         collapsePath( NodePanel.LIT_REFERENCE );
 201         getJTree().addTreeSelectionListener( new TreeSelectionListener() {
 202
 203             @Override
 204             public void valueChanged( final TreeSelectionEvent e ) {
 205                 final TreePath new_path = e.getNewLeadSelectionPath();
 206                 final TreePath old_path = e.getOldLeadSelectionPath();
 207                 if ( new_path != null ) {
 208                     writeBack( ( DefaultMutableTreeNode ) new_path.getLastPathComponent() );
 209                 }
 210                 if ( old_path != null ) {
 211                     writeBack( ( DefaultMutableTreeNode ) old_path.getLastPathComponent() );
 212                 }
 213             }
 214         } );
 215     }
 216
 217     private void addBasics( final DefaultMutableTreeNode top, final PhylogenyNode phylogeny_node, final String name ) {
 218         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 219         top.add( category );
 220         addSubelementEditable( category, NodePanel.NODE_NAME, phylogeny_node.getName(), PHYLOXML_TAG.NODE_NAME );
 221         String bl = "";
 222         if ( phylogeny_node.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
 223             bl = ForesterUtil.FORMATTER_6.format( phylogeny_node.getDistanceToParent() );
 224         }
 225         addSubelementEditable( category, NodePanel.NODE_BRANCH_LENGTH, bl, PHYLOXML_TAG.NODE_BRANCH_LENGTH );
 226         int counter = 0;
 227         if ( phylogeny_node.getBranchData().isHasConfidences() ) {
 228             for( int i = phylogeny_node.getBranchData().getConfidences().size() - 1; i >= 0; i-- ) {
 229                 if ( phylogeny_node.getBranchData().getConfidences().get( i ).getValue() == Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
 230                     phylogeny_node.getBranchData().getConfidences().remove( i );
 231                 }
 232             }
 233             for( final PhylogenyData conf : phylogeny_node.getBranchData().getConfidences() ) {
 234                 final Confidence my_conf = ( Confidence ) ( conf );
 235                 addSubelementEditable( category,
 236                                        NodePanel.CONFIDENCE + " [" + counter + "]",
 237                                        ForesterUtil.FORMATTER_6.format( my_conf.getValue() ),
 238                                        PHYLOXML_TAG.CONFIDENCE_VALUE,
 239                                        NodePanel.CONFIDENCE_TYPE,
 240                                        my_conf.getType(),
 241                                        PHYLOXML_TAG.CONFIDENCE_TYPE,
 242                                        counter++ );
 243             }
 244         }
 245         addSubelementEditable( category,
 246                                NodePanel.CONFIDENCE + " [" + counter + "]",
 247                                "",
 248                                PHYLOXML_TAG.CONFIDENCE_VALUE,
 249                                NodePanel.CONFIDENCE_TYPE,
 250                                "",
 251                                PHYLOXML_TAG.CONFIDENCE_TYPE,
 252                                counter );
 253         String bw = "1";
 254         if ( ( phylogeny_node.getBranchData().getBranchWidth() != null )
 255                 && ( phylogeny_node.getBranchData().getBranchWidth().getValue() != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) ) {
 256             bw = ForesterUtil.FORMATTER_3.format( phylogeny_node.getBranchData().getBranchWidth().getValue() );
 257         }
 258         addSubelementEditable( category, NodePanel.NODE_BRANCH_WIDTH, bw, PHYLOXML_TAG.NODE_BRANCH_WIDTH );
 259     }
 260
 261     //    private void addAnnotation( final DefaultMutableTreeNode top, final Annotation ann, final String name ) {
 262     //        DefaultMutableTreeNode category;
 263     //        category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 264     //        top.add( category );
 265     //        addSubelementEditable( category, "Reference", ann.getRef() , PHYLOXML_TAG.);
 266     //        addSubelementEditable( category, "Description", ann.getDesc() , PHYLOXML_TAG.);
 267     //        addSubelementEditable( category, "Source", ann.getSource(), PHYLOXML_TAG. );
 268     //        addSubelementEditable( category, "Type", ann.getType(), PHYLOXML_TAG. );
 269     //        addSubelementEditable( category, "Evidence", ann.getEvidence() , PHYLOXML_TAG.);
 270     //        if ( ann.getConfidence() != null ) {
 271     //            addSubelementEditable( category, "Confidence", ann.getConfidence().asText().toString() , PHYLOXML_TAG.);
 272     //        }
 273     //        if ( ann.getProperties() != null ) {
 274     //            addProperties( category, ann.getProperties(), "Properties", PHYLOXML_TAG. );
 275     //        }
 276     //    }
 277     //    private void addAnnotations( final DefaultMutableTreeNode top,
 278     //                                 final List<PhylogenyData> annotations,
 279     //                                 final DefaultMutableTreeNode category ) {
 280     //        if ( ( annotations != null ) && ( annotations.size() > 0 ) ) {
 281     //            category.add( new DefaultMutableTreeNode( "Annotations" ) );
 282     //            final DefaultMutableTreeNode last = top.getLastLeaf();
 283     //            int i = 0;
 284     //            for( final PhylogenyData ann : annotations ) {
 285     //                addAnnotation( last, ( Annotation ) ann, "Annotation " + ( i++ ) );
 286     //            }
 287     //        }
 288     //    }
 289     private void addDate( final DefaultMutableTreeNode top, Date date, final String name ) {
 290         if ( date == null ) {
 291             date = new Date();
 292         }
 293         DefaultMutableTreeNode category;
 294         category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 295         top.add( category );
 296         addSubelementEditable( category, NodePanel.DATE_DESCRIPTION, date.getDesc(), PHYLOXML_TAG.DATE_DESCRIPTION );
 297         addSubelementEditable( category,
 298                                NodePanel.DATE_VALUE,
 299                                String.valueOf( date.getValue() != null ? date.getValue() : "" ),
 300                                PHYLOXML_TAG.DATE_VALUE );
 301         addSubelementEditable( category,
 302                                NodePanel.DATE_MIN,
 303                                String.valueOf( date.getMin() != null ? date.getMin() : "" ),
 304                                PHYLOXML_TAG.DATE_MIN );
 305         addSubelementEditable( category,
 306                                NodePanel.DATE_MAX,
 307                                String.valueOf( date.getMax() != null ? date.getMax() : "" ),
 308                                PHYLOXML_TAG.DATE_MAX );
 309         addSubelementEditable( category, NodePanel.DATE_UNIT, date.getUnit(), PHYLOXML_TAG.DATE_UNIT );
 310     }
 311
 312     private void addDistribution( final DefaultMutableTreeNode top, Distribution dist, final String name ) {
 313         if ( dist == null ) {
 314             dist = new Distribution( "" );
 315         }
 316         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 317         top.add( category );
 318         Point p0 = null;
 319         if ( ( dist.getPoints() != null ) && ( dist.getPoints().size() > 0 ) ) {
 320             p0 = dist.getPoints().get( 0 );
 321         }
 322         else {
 323             p0 = new Point();
 324         }
 325         addSubelementEditable( category, NodePanel.DIST_DESCRIPTION, dist.getDesc(), PHYLOXML_TAG.DIST_DESC );
 326         addSubelementEditable( category,
 327                                NodePanel.DIST_GEODETIC_DATUM,
 328                                p0.getGeodeticDatum(),
 329                                PHYLOXML_TAG.DIST_GEODETIC );
 330         addSubelementEditable( category,
 331                                NodePanel.DIST_LATITUDE,
 332                                String.valueOf( p0.getLatitude() != null ? p0.getLatitude() : "" ),
 333                                PHYLOXML_TAG.DIST_LAT );
 334         addSubelementEditable( category,
 335                                NodePanel.DIST_LONGITUDE,
 336                                String.valueOf( p0.getLongitude() != null ? p0.getLongitude() : "" ),
 337                                PHYLOXML_TAG.DIST_LONG );
 338         addSubelementEditable( category,
 339                                NodePanel.DIST_ALTITUDE,
 340                                String.valueOf( p0.getAltitude() != null ? p0.getAltitude() : "" ),
 341                                PHYLOXML_TAG.DIST_ALT );
 342         addSubelementEditable( category,
 343                                NodePanel.DIST_ALT_UNIT,
 344                                String.valueOf( p0.getAltiudeUnit() != null ? p0.getAltiudeUnit() : "" ),
 345                                PHYLOXML_TAG.DIST_ALT_UNIT );
 346     }
 347
 348     private void addEvents( final DefaultMutableTreeNode top, Event events, final String name ) {
 349         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 350         if ( events == null ) {
 351             events = new Event();
 352         }
 353         top.add( category );
 354         addSubelementEditable( category,
 355                                NodePanel.EVENTS_DUPLICATIONS,
 356                                String.valueOf( events.getNumberOfDuplications() >= 0 ? events.getNumberOfDuplications()
 357                                        : 0 ),
 358                                PHYLOXML_TAG.EVENTS_DUPLICATIONS );
 359         addSubelementEditable( category,
 360                                NodePanel.EVENTS_SPECIATIONS,
 361                                String.valueOf( events.getNumberOfSpeciations() >= 0 ? events.getNumberOfSpeciations()
 362                                        : 0 ),
 363                                PHYLOXML_TAG.EVENTS_SPECIATIONS );
 364         addSubelementEditable( category,
 365                                NodePanel.EVENTS_GENE_LOSSES,
 366                                String.valueOf( events.getNumberOfGeneLosses() >= 0 ? events.getNumberOfGeneLosses() : 0 ),
 367                                PHYLOXML_TAG.EVENTS_GENE_LOSSES );
 368     }
 369
 370     private void addMapping( final DefaultMutableTreeNode mtn, final TagNumber tag ) {
 371         if ( getMap().containsKey( mtn ) ) {
 372             throw new IllegalArgumentException( "key " + mtn + " already present" );
 373         }
 374         if ( getMap().containsValue( tag ) ) {
 375             throw new IllegalArgumentException( "value " + tag + " already present" );
 376         }
 377         getMap().put( mtn, tag );
 378     }
 379
 380     private void addReference( final DefaultMutableTreeNode top, Reference ref, final String name ) {
 381         if ( ref == null ) {
 382             ref = new Reference( "" );
 383         }
 384         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 385         top.add( category );
 386         addSubelementEditable( category,
 387                                NodePanel.LIT_REFERENCE_DESC,
 388                                ref.getDescription(),
 389                                PHYLOXML_TAG.LIT_REFERENCE_DESC );
 390         addSubelementEditable( category, NodePanel.LIT_REFERENCE_DOI, ref.getDoi(), PHYLOXML_TAG.LIT_REFERENCE_DOI );
 391     }
 392
 393     private void addSequence( final DefaultMutableTreeNode top, Sequence seq, final String name ) {
 394         if ( seq == null ) {
 395             seq = new Sequence();
 396         }
 397         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 398         top.add( category );
 399         Accession acc = seq.getAccession();
 400         if ( acc == null ) {
 401             acc = new Accession( "", "" );
 402         }
 403         addSubelementEditable( category, NodePanel.SEQ_NAME, seq.getName(), PHYLOXML_TAG.SEQ_NAME );
 404         addSubelementEditable( category, NodePanel.SEQ_SYMBOL, seq.getSymbol(), PHYLOXML_TAG.SEQ_SYMBOL );
 405         addSubelementEditable( category, NodePanel.SEQ_GENE_NAME, seq.getGeneName(), PHYLOXML_TAG.SEQ_GENE_NAME );
 406         addSubelementEditable( category,
 407                                NodePanel.SEQ_ACCESSION,
 408                                acc.getValue(),
 409                                PHYLOXML_TAG.SEQ_ACC_VALUE,
 410                                "Source",
 411                                acc.getSource(),
 412                                PHYLOXML_TAG.SEQ_ACC_SOURCE );
 413         addSubelementEditable( category, NodePanel.SEQ_LOCATION, seq.getLocation(), PHYLOXML_TAG.SEQ_LOCATION );
 414         addSubelementEditable( category, NodePanel.SEQ_TYPE, seq.getType(), PHYLOXML_TAG.SEQ_TYPE );
 415         addSubelementEditable( category, NodePanel.SEQ_MOL_SEQ, seq.getMolecularSequence(), PHYLOXML_TAG.SEQ_MOL_SEQ );
 416         int uri_counter = 0;
 417         if ( seq.getUris() != null ) {
 418             for( final Uri uri : seq.getUris() ) {
 419                 if ( uri != null ) {
 420                     addSubelementEditable( category, NodePanel.SEQ_URI + " [" + uri_counter + "]", uri.getValue()
 421                             .toString(), PHYLOXML_TAG.SEQ_URI, uri_counter++ );
 422                 }
 423             }
 424         }
 425         addSubelementEditable( category,
 426                                NodePanel.SEQ_URI + " [" + uri_counter + "]",
 427                                "",
 428                                PHYLOXML_TAG.SEQ_URI,
 429                                uri_counter );
 430         //  addAnnotations( top, seq.getAnnotations(), category );
 431     }
 432
 433     private void addSubelementEditable( final DefaultMutableTreeNode node,
 434                                         final String name,
 435                                         final String value,
 436                                         final PHYLOXML_TAG phyloxml_tag ) {
 437         addSubelementEditable( node, name, value, phyloxml_tag, 0 );
 438     }
 439
 440     private void addSubelementEditable( final DefaultMutableTreeNode node,
 441                                         final String name,
 442                                         final String value,
 443                                         final PHYLOXML_TAG phyloxml_tag,
 444                                         final int number ) {
 445         String my_value = value;
 446         if ( ForesterUtil.isEmpty( my_value ) ) {
 447             my_value = "";
 448         }
 449         final DefaultMutableTreeNode name_node = new DefaultMutableTreeNode( name );
 450         final DefaultMutableTreeNode value_node = new DefaultMutableTreeNode( my_value );
 451         name_node.add( value_node );
 452         node.add( name_node );
 453         addMapping( name_node, new TagNumber( phyloxml_tag, number ) );
 454     }
 455
 456     private void addSubelementEditable( final DefaultMutableTreeNode node,
 457                                         final String name,
 458                                         final String value,
 459                                         final PHYLOXML_TAG phyloxml_value_tag,
 460                                         final String source_name,
 461                                         final String source_value,
 462                                         final PHYLOXML_TAG phyloxml_source_tag ) {
 463         addSubelementEditable( node, name, value, phyloxml_value_tag, source_name, source_value, phyloxml_source_tag, 0 );
 464     }
 465
 466     private void addSubelementEditable( final DefaultMutableTreeNode node,
 467                                         final String name,
 468                                         final String value,
 469                                         final PHYLOXML_TAG phyloxml_value_tag,
 470                                         final String source_name,
 471                                         final String source_value,
 472                                         final PHYLOXML_TAG phyloxml_source_tag,
 473                                         final int number ) {
 474         String my_value = value;
 475         if ( ForesterUtil.isEmpty( my_value ) ) {
 476             my_value = "";
 477         }
 478         String my_source_value = source_value;
 479         if ( ForesterUtil.isEmpty( my_source_value ) ) {
 480             my_source_value = "";
 481         }
 482         final DefaultMutableTreeNode name_node = new DefaultMutableTreeNode( name );
 483         final DefaultMutableTreeNode source_name_node = new DefaultMutableTreeNode( source_name );
 484         final DefaultMutableTreeNode source_value_node = new DefaultMutableTreeNode( my_source_value );
 485         final DefaultMutableTreeNode value_node = new DefaultMutableTreeNode( my_value );
 486         name_node.add( source_name_node );
 487         source_name_node.add( source_value_node );
 488         name_node.add( value_node );
 489         node.add( name_node );
 490         addMapping( name_node, new TagNumber( phyloxml_value_tag, number ) );
 491         addMapping( source_name_node, new TagNumber( phyloxml_source_tag, number ) );
 492     }
 493
 494     private void addTaxonomy( final DefaultMutableTreeNode top, Taxonomy tax, final String name ) {
 495         if ( tax == null ) {
 496             tax = new Taxonomy();
 497         }
 498         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 499         top.add( category );
 500         Identifier id = tax.getIdentifier();
 501         if ( id == null ) {
 502             id = new Identifier();
 503         }
 504         addSubelementEditable( category,
 505                                NodePanel.TAXONOMY_IDENTIFIER,
 506                                id.getValue(),
 507                                PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_ID_VALUE,
 508                                "Provider",
 509                                id.getProvider(),
 510                                PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_ID_PROVIDER );
 511         addSubelementEditable( category, NodePanel.TAXONOMY_CODE, tax.getTaxonomyCode(), PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_CODE );
 512         addSubelementEditable( category,
 513                                NodePanel.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME,
 514                                tax.getScientificName(),
 515                                PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
 516         addSubelementEditable( category,
 517                                NodePanel.TAXONOMY_AUTHORITY,
 518                                tax.getAuthority(),
 519                                PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_AUTHORITY );
 520         addSubelementEditable( category,
 521                                NodePanel.TAXONOMY_COMMON_NAME,
 522                                tax.getCommonName(),
 523                                PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_COMMON_NAME );
 524         for( int i = tax.getSynonyms().size() - 1; i >= 0; i-- ) {
 525             if ( ForesterUtil.isEmpty( tax.getSynonyms().get( i ) ) ) {
 526                 tax.getSynonyms().remove( i );
 527             }
 528         }
 529         int syn_counter = 0;
 530         for( final String syn : tax.getSynonyms() ) {
 531             addSubelementEditable( category,
 532                                    NodePanel.TAXONOMY_SYNONYM + " [" + syn_counter + "]",
 533                                    syn,
 534                                    PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_SYNONYM,
 535                                    syn_counter++ );
 536         }
 537         addSubelementEditable( category,
 538                                NodePanel.TAXONOMY_SYNONYM + " [" + syn_counter + "]",
 539                                "",
 540                                PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_SYNONYM,
 541                                syn_counter );
 542         addSubelementEditable( category, NodePanel.TAXONOMY_RANK, tax.getRank(), PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_RANK );
 543         int uri_counter = 0;
 544         if ( tax.getUris() != null ) {
 545             for( final Uri uri : tax.getUris() ) {
 546                 if ( uri != null ) {
 547                     addSubelementEditable( category, NodePanel.TAXONOMY_URI + " [" + uri_counter + "]", uri.getValue()
 548                             .toString(), PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_URI, uri_counter++ );
 549                 }
 550             }
 551         }
 552         addSubelementEditable( category,
 553                                NodePanel.TAXONOMY_URI + " [" + uri_counter + "]",
 554                                "",
 555                                PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_URI,
 556                                uri_counter );
 557     }
 558
 559     private void addUri( final DefaultMutableTreeNode mtn, final Uri uri, final int number, final MultipleUris mu ) {
 560         if ( uri != null ) {
 561             if ( mu.getUris() == null ) {
 562                 mu.setUris( new ArrayList<Uri>() );
 563             }
 564         }
 565         if ( ( uri != null ) && ( mu.getUris() == null ) ) {
 566             mu.setUris( new ArrayList<Uri>() );
 567         }
 568         if ( ( uri != null ) && ( mu.getUris().size() == number ) ) {
 569             mu.getUris().add( uri );
 570         }
 571         if ( ( mu.getUris() != null ) && ( mu.getUris().size() != number ) ) {
 572             mu.getUris().set( number, uri );
 573         }
 574         final ImageLoader il = new ImageLoader( getTreePanel() );
 575         new Thread( il ).start();
 576     }
 577
 578     private void collapsePath( final String name ) {
 579         final TreePath tp = getJTree().getNextMatch( name, 0, Position.Bias.Forward );
 580         if ( tp != null ) {
 581             getJTree().collapsePath( tp );
 582         }
 583     }
 584
 585     private void createNodes( final DefaultMutableTreeNode top, final PhylogenyNode phylogeny_node ) {
 586         if ( !phylogeny_node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 587             phylogeny_node.getNodeData().addTaxonomy( new Taxonomy() );
 588         }
 589         if ( !phylogeny_node.getNodeData().isHasSequence() ) {
 590             phylogeny_node.getNodeData().addSequence( new Sequence() );
 591         }
 592         if ( !phylogeny_node.getNodeData().isHasDistribution() ) {
 593             phylogeny_node.getNodeData().addDistribution( new Distribution( "" ) );
 594         }
 595         if ( !phylogeny_node.getNodeData().isHasReference() ) {
 596             phylogeny_node.getNodeData().addReference( new Reference( "" ) );
 597         }
 598         addBasics( top, phylogeny_node, NodePanel.BASIC );
 599         addTaxonomy( top, phylogeny_node.getNodeData().getTaxonomy(), NodePanel.TAXONOMY );
 600         addSequence( top, phylogeny_node.getNodeData().getSequence(), NodePanel.SEQUENCE );
 601         if ( !phylogeny_node.isExternal() ) {
 602             addEvents( top, phylogeny_node.getNodeData().getEvent(), NodePanel.EVENTS );
 603         }
 604         addDate( top, phylogeny_node.getNodeData().getDate(), NodePanel.DATE );
 605         addDistribution( top, phylogeny_node.getNodeData().getDistribution(), NodePanel.DISTRIBUTION );
 606         addReference( top, phylogeny_node.getNodeData().getReference(), NodePanel.LIT_REFERENCE );
 607         //  addProperties( top, phylogeny_node.getNodeData().getProperties(), "Properties" );
 608     }
 609
 610     private void formatError( final DefaultMutableTreeNode mtn, final PhyloXmlDataFormatException e ) {
 611         JOptionPane.showMessageDialog( this, e.getMessage(), "Format error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 612         mtn.setUserObject( "" );
 613         getJTree().repaint();
 614     }
 615
 616     private JTree getJTree() {
 617         return _tree;
 618     }
 619
 620     private Map<DefaultMutableTreeNode, TagNumber> getMap() {
 621         return _map;
 622     }
 623
 624     private TagNumber getMapping( final DefaultMutableTreeNode mtn ) {
 625         return getMap().get( mtn );
 626     }
 627
 628     private DefaultMutableTreeNode getSelectedTreeNode() {
 629         final TreePath selectionPath = getJTree().getSelectionPath();
 630         if ( selectionPath != null ) {
 631             final Object[] path = selectionPath.getPath();
 632             if ( path.length > 0 ) {
 633                 return ( DefaultMutableTreeNode ) path[ path.length - 1 ]; // Last node
 634             }
 635         }
 636         return null;
 637     }
 638
 639     private TreePanel getTreePanel() {
 640         return _tree_panel;
 641     }
 642
 643     private void keyEvent( final KeyEvent e ) {
 644         if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER ) {
 645             writeBack( getSelectedTreeNode() );
 646         }
 647     }
 648
 649     private List<Point> obtainPoints() {
 650         ForesterUtil.ensurePresenceOfDistribution( getMyNode() );
 651         Distribution d = getMyNode().getNodeData().getDistribution();
 652         if ( d.getPoints() == null ) {
 653             d = new Distribution( d.getDesc(), new ArrayList<Point>(), d.getPolygons() );
 654             getMyNode().getNodeData().setDistribution( d );
 655         }
 656         final List<Point> ps = d.getPoints();
 657         if ( ps.isEmpty() ) {
 658             ps.add( new Point() );
 659         }
 660         else if ( ps.get( 0 ) == null ) {
 661             ps.set( 0, new Point() );
 662         }
 663         return ps;
 664     }
 665
 666     private BigDecimal parseBigDecimal( final DefaultMutableTreeNode mtn, final String value ) {
 667         if ( ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 668             return new BigDecimal( 0 );
 669         }
 670         BigDecimal i = null;
 671         try {
 672             i = new BigDecimal( value );
 673         }
 674         catch ( final NumberFormatException e ) {
 675             JOptionPane.showMessageDialog( this, "illegal value: " + value, "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 676             mtn.setUserObject( "" );
 677         }
 678         return i;
 679     }
 680
 681     private int parsePositiveInt( final DefaultMutableTreeNode mtn, final String value ) {
 682         if ( ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 683             return 0;
 684         }
 685         int i = -1;
 686         try {
 687             i = ForesterUtil.parseInt( value );
 688         }
 689         catch ( final ParseException e ) {
 690             JOptionPane.showMessageDialog( this, "illegal value: " + value, "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 691             mtn.setUserObject( "" );
 692         }
 693         if ( i < 0 ) {
 694             JOptionPane.showMessageDialog( this, "illegal value: " + value, "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 695             mtn.setUserObject( "" );
 696         }
 697         return i;
 698     }
 699
 700     private void writeBack( final DefaultMutableTreeNode mtn ) {
 701         if ( !getMap().containsKey( mtn ) ) {
 702             final DefaultMutableTreeNode parent = ( DefaultMutableTreeNode ) mtn.getParent();
 703             if ( getMap().containsKey( parent ) ) {
 704                 writeBack( mtn, getMapping( parent ) );
 705             }
 706         }
 707     }
 708
 709     private void writeBack( final DefaultMutableTreeNode mtn, final TagNumber tag_number ) {
 710         if ( tag_number == null ) {
 711             return;
 712         }
 713         String value = mtn.toString();
 714         if ( value == null ) {
 715             value = "";
 716         }
 717         value = value.replaceAll( "\\s+", " " );
 718         value = value.trim();
 719         mtn.setUserObject( value );
 720         getJTree().repaint();
 721         final PHYLOXML_TAG tag = tag_number.getTag();
 722         final int number = tag_number.getNumber();
 723         switch ( tag ) {
 724             case NODE_NAME:
 725                 getMyNode().setName( value );
 726                 break;
 727             case NODE_BRANCH_LENGTH:
 728                 if ( ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 729                     getMyNode().setDistanceToParent( PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT );
 730                 }
 731                 else {
 732                     try {
 733                         getMyNode().setDistanceToParent( ForesterUtil.parseDouble( value ) );
 734                     }
 735                     catch ( final ParseException e ) {
 736                         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 737                                                        "failed to parse branch length from: " + value,
 738                                                        "Error",
 739                                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 740                         mtn.setUserObject( "" );
 741                     }
 742                 }
 743                 break;
 744             case NODE_BRANCH_WIDTH:
 745                 if ( ForesterUtil.isEmpty( value ) || value.equals( "1" ) ) {
 746                     if ( getMyNode().getBranchData().getBranchWidth() != null ) {
 747                         getMyNode().getBranchData().setBranchWidth( new BranchWidth() );
 748                     }
 749                 }
 750                 else {
 751                     try {
 752                         final double bw = ForesterUtil.parseDouble( value );
 753                         if ( bw >= 0 ) {
 754                             getMyNode().getBranchData().setBranchWidth( new BranchWidth( bw ) );
 755                         }
 756                     }
 757                     catch ( final ParseException e ) {
 758                         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 759                                                        "failed to parse branch width from: " + value,
 760                                                        "Error",
 761                                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 762                         mtn.setUserObject( "" );
 763                     }
 764                 }
 765                 break;
 766             case CONFIDENCE_VALUE:
 767                 double confidence = Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE;
 768                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 769                     try {
 770                         confidence = ForesterUtil.parseDouble( value );
 771                     }
 772                     catch ( final ParseException e ) {
 773                         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 774                                                        "failed to parse confidence value from: " + value,
 775                                                        "Error",
 776                                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 777                         mtn.setUserObject( "" );
 778                         break;
 779                     }
 780                 }
 781                 if ( getMyNode().getBranchData().getConfidences().size() < number ) {
 782                     throw new FailedConditionCheckException();
 783                 }
 784                 else if ( getMyNode().getBranchData().getConfidences().size() == number ) {
 785                     if ( confidence >= 0 ) {
 786                         getMyNode().getBranchData().getConfidences().add( new Confidence( confidence, "unknown" ) );
 787                     }
 788                 }
 789                 else {
 790                     final String type = getMyNode().getBranchData().getConfidences().get( number ).getType();
 791                     final double sd = getMyNode().getBranchData().getConfidences().get( number ).getStandardDeviation();
 792                     getMyNode().getBranchData().getConfidences().set( number, new Confidence( confidence, type, sd ) );
 793                 }
 794                 break;
 795             case CONFIDENCE_TYPE:
 796                 if ( getMyNode().getBranchData().getConfidences().size() < number ) {
 797                     throw new FailedConditionCheckException();
 798                 }
 799                 else if ( getMyNode().getBranchData().getConfidences().size() == number ) {
 800                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 801                         getMyNode().getBranchData().getConfidences().add( new Confidence( 0, value ) );
 802                     }
 803                 }
 804                 else {
 805                     final double v = getMyNode().getBranchData().getConfidences().get( number ).getValue();
 806                     final double sd = getMyNode().getBranchData().getConfidences().get( number ).getStandardDeviation();
 807                     getMyNode().getBranchData().getConfidences().set( number, new Confidence( v, value, sd ) );
 808                 }
 809                 break;
 810             case TAXONOMY_CODE:
 811                 ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 812                 try {
 813                     getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setTaxonomyCode( value );
 814                 }
 815                 catch ( final PhyloXmlDataFormatException e ) {
 816                     formatError( mtn, e );
 817                     break;
 818                 }
 819                 break;
 820             case TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME:
 821                 ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 822                 getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setScientificName( value );
 823                 break;
 824             case TAXONOMY_COMMON_NAME:
 825                 ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 826                 getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setCommonName( value );
 827                 break;
 828             case TAXONOMY_RANK:
 829                 ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 830                 try {
 831                     getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setRank( value.toLowerCase() );
 832                 }
 833                 catch ( final PhyloXmlDataFormatException e ) {
 834                     formatError( mtn, e );
 835                     break;
 836                 }
 837                 break;
 838             case TAXONOMY_AUTHORITY:
 839                 ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 840                 getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setAuthority( value );
 841                 break;
 842             case TAXONOMY_URI: {
 843                 Uri uri = null;
 844                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 845                     try {
 846                         uri = new Uri( new URL( value ).toURI() );
 847                     }
 848                     catch ( final Exception e ) {
 849                         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 850                                                        "failed to parse URL from: " + value,
 851                                                        "Error",
 852                                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 853                         mtn.setUserObject( "" );
 854                     }
 855                 }
 856                 if ( uri != null ) {
 857                     ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 858                 }
 859                 addUri( mtn, uri, number, getMyNode().getNodeData().getTaxonomy() );
 860                 break;
 861             }
 862             case TAXONOMY_SYNONYM:
 863                 if ( getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().getSynonyms().size() < number ) {
 864                     throw new FailedConditionCheckException();
 865                 }
 866                 else if ( getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().getSynonyms().size() == number ) {
 867                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 868                         ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 869                         getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().getSynonyms().add( value );
 870                     }
 871                 }
 872                 else {
 873                     getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().getSynonyms().set( number, value );
 874                 }
 875                 break;
 876             case TAXONOMY_ID_VALUE:
 877                 ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 878                 if ( getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier() == null ) {
 879                     getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setIdentifier( new Identifier( value ) );
 880                 }
 881                 else {
 882                     final String provider = getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider();
 883                     getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setIdentifier( new Identifier( value, provider ) );
 884                 }
 885                 break;
 886             case TAXONOMY_ID_PROVIDER:
 887                 ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 888                 if ( getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier() == null ) {
 889                     getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setIdentifier( new Identifier( "", value ) );
 890                 }
 891                 else {
 892                     final String v = getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue();
 893                     getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setIdentifier( new Identifier( v, value ) );
 894                 }
 895                 break;
 896             case SEQ_LOCATION:
 897                 ForesterUtil.ensurePresenceOfSequence( getMyNode() );
 898                 getMyNode().getNodeData().getSequence().setLocation( value );
 899                 break;
 900             case SEQ_MOL_SEQ:
 901                 ForesterUtil.ensurePresenceOfSequence( getMyNode() );
 902                 getMyNode().getNodeData().getSequence().setMolecularSequence( value.replaceAll( "[^a-zA-Z-]", "" ) );
 903                 break;
 904             case SEQ_NAME:
 905                 ForesterUtil.ensurePresenceOfSequence( getMyNode() );
 906                 getMyNode().getNodeData().getSequence().setName( value );
 907                 break;
 908             case SEQ_SYMBOL:
 909                 ForesterUtil.ensurePresenceOfSequence( getMyNode() );
 910                 try {
 911                     getMyNode().getNodeData().getSequence().setSymbol( value );
 912                 }
 913                 catch ( final PhyloXmlDataFormatException e ) {
 914                     formatError( mtn, e );
 915                     break;
 916                 }
 917                 break;
 918             case SEQ_GENE_NAME:
 919                 ForesterUtil.ensurePresenceOfSequence( getMyNode() );
 920                 getMyNode().getNodeData().getSequence().setGeneName( value );
 921                 break;
 922             case SEQ_TYPE:
 923                 ForesterUtil.ensurePresenceOfSequence( getMyNode() );
 924                 try {
 925                     getMyNode().getNodeData().getSequence().setType( value.toLowerCase() );
 926                 }
 927                 catch ( final PhyloXmlDataFormatException e ) {
 928                     formatError( mtn, e );
 929                     break;
 930                 }
 931                 break;
 932             case SEQ_ACC_SOURCE:
 933                 ForesterUtil.ensurePresenceOfSequence( getMyNode() );
 934                 if ( getMyNode().getNodeData().getSequence().getAccession() == null ) {
 935                     getMyNode().getNodeData().getSequence().setAccession( new Accession( "", value ) );
 936                 }
 937                 else {
 938                     final String v = getMyNode().getNodeData().getSequence().getAccession().getValue();
 939                     getMyNode().getNodeData().getSequence().setAccession( new Accession( v, value ) );
 940                 }
 941                 break;
 942             case SEQ_ACC_VALUE:
 943                 ForesterUtil.ensurePresenceOfSequence( getMyNode() );
 944                 if ( getMyNode().getNodeData().getSequence().getAccession() == null ) {
 945                     getMyNode().getNodeData().getSequence().setAccession( new Accession( value, "" ) );
 946                 }
 947                 else {
 948                     final String source = getMyNode().getNodeData().getSequence().getAccession().getSource();
 949                     getMyNode().getNodeData().getSequence().setAccession( new Accession( value, source ) );
 950                 }
 951                 break;
 952             case SEQ_URI: {
 953                 Uri uri = null;
 954                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 955                     try {
 956                         uri = new Uri( new URL( value ).toURI() );
 957                     }
 958                     catch ( final Exception e ) {
 959                         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 960                                                        "failed to parse URL from: " + value,
 961                                                        "Error",
 962                                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 963                         mtn.setUserObject( "" );
 964                     }
 965                 }
 966                 if ( uri != null ) {
 967                     ForesterUtil.ensurePresenceOfSequence( getMyNode() );
 968                 }
 969                 addUri( mtn, uri, number, getMyNode().getNodeData().getSequence() );
 970                 break;
 971             }
 972             case LIT_REFERENCE_DESC:
 973                 if ( !getMyNode().getNodeData().isHasReference() ) {
 974                     getMyNode().getNodeData().setReference( new Reference( "" ) );
 975                 }
 976                 getMyNode().getNodeData().getReference().setValue( value );
 977                 break;
 978             case LIT_REFERENCE_DOI:
 979                 if ( !getMyNode().getNodeData().isHasReference() ) {
 980                     getMyNode().getNodeData().setReference( new Reference( "" ) );
 981                 }
 982                 try {
 983                     getMyNode().getNodeData().getReference().setDoi( value );
 984                 }
 985                 catch ( final PhyloXmlDataFormatException e ) {
 986                     formatError( mtn, e );
 987                     break;
 988                 }
 989                 break;
 990             case EVENTS_DUPLICATIONS:
 991                 if ( !getMyNode().getNodeData().isHasEvent() ) {
 992                     getMyNode().getNodeData().setEvent( new Event() );
 993                 }
 994                 getMyNode().getNodeData().getEvent().setDuplications( parsePositiveInt( mtn, value ) );
 995                 break;
 996             case EVENTS_SPECIATIONS:
 997                 if ( !getMyNode().getNodeData().isHasEvent() ) {
 998                     getMyNode().getNodeData().setEvent( new Event() );
 999                 }
1000                 getMyNode().getNodeData().getEvent().setSpeciations( parsePositiveInt( mtn, value ) );
1001                 break;
1002             case EVENTS_GENE_LOSSES:
1003                 if ( !getMyNode().getNodeData().isHasEvent() ) {
1004                     getMyNode().getNodeData().setEvent( new Event() );
1005                 }
1006                 getMyNode().getNodeData().getEvent().setGeneLosses( parsePositiveInt( mtn, value ) );
1007                 break;
1008             case DATE_DESCRIPTION:
1009                 ForesterUtil.ensurePresenceOfDate( getMyNode() );
1010                 getMyNode().getNodeData().getDate().setDesc( value );
1011                 break;
1012             case DATE_MAX:
1013                 ForesterUtil.ensurePresenceOfDate( getMyNode() );
1014                 getMyNode().getNodeData().getDate().setMax( parseBigDecimal( mtn, value ) );
1015                 break;
1016             case DATE_MIN:
1017                 ForesterUtil.ensurePresenceOfDate( getMyNode() );
1018                 getMyNode().getNodeData().getDate().setMin( parseBigDecimal( mtn, value ) );
1019                 break;
1020             case DATE_UNIT:
1021                 ForesterUtil.ensurePresenceOfDate( getMyNode() );
1022                 getMyNode().getNodeData().getDate().setUnit( value );
1023                 break;
1024             case DATE_VALUE:
1025                 ForesterUtil.ensurePresenceOfDate( getMyNode() );
1026                 getMyNode().getNodeData().getDate().setValue( parseBigDecimal( mtn, value ) );
1027                 break;
1028             case DIST_ALT: {
1029                 final BigDecimal new_value = parseBigDecimal( mtn, value );
1030                 if ( new_value != null ) {
1031                     final List<Point> ps = obtainPoints();
1032                     final Point p = ps.get( 0 );
1033                     final Point p_new = new Point( p.getGeodeticDatum(),
1034                                                    p.getLatitude(),
1035                                                    p.getLongitude(),
1036                                                    new_value,
1037                                                    ForesterUtil.isEmpty( p.getAltiudeUnit() ) ? "?"
1038                                                            : p.getAltiudeUnit() );
1039                     ps.set( 0, p_new );
1040                 }
1041                 break;
1042             }
1043             case DIST_DESC: {
1044                 ForesterUtil.ensurePresenceOfDistribution( getMyNode() );
1045                 final Distribution d = getMyNode().getNodeData().getDistribution();
1046                 getMyNode().getNodeData().setDistribution( new Distribution( value, d.getPoints(), d.getPolygons() ) );
1047                 break;
1048             }
1049             case DIST_GEODETIC: {
1050                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
1051                     final List<Point> ps = obtainPoints();
1052                     final Point p = ps.get( 0 );
1053                     final Point p_new = new Point( value,
1054                                                    p.getLatitude(),
1055                                                    p.getLongitude(),
1056                                                    p.getAltitude(),
1057                                                    p.getAltiudeUnit() );
1058                     ps.set( 0, p_new );
1059                 }
1060                 break;
1061             }
1062             case DIST_ALT_UNIT: {
1063                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
1064                     final List<Point> ps = obtainPoints();
1065                     final Point p = ps.get( 0 );
1066                     final Point p_new = new Point( p.getGeodeticDatum(),
1067                                                    p.getLatitude(),
1068                                                    p.getLongitude(),
1069                                                    p.getAltitude(),
1070                                                    value );
1071                     ps.set( 0, p_new );
1072                 }
1073                 break;
1074             }
1075             case DIST_LAT: {
1076                 final BigDecimal new_value = parseBigDecimal( mtn, value );
1077                 if ( new_value != null ) {
1078                     final List<Point> ps = obtainPoints();
1079                     final Point p = ps.get( 0 );
1080                     final Point p_new = new Point( p.getGeodeticDatum(),
1081                                                    new_value,
1082                                                    p.getLongitude(),
1083                                                    p.getAltitude(),
1084                                                    p.getAltiudeUnit() );
1085                     ps.set( 0, p_new );
1086                 }
1087                 break;
1088             }
1089             case DIST_LONG: {
1090                 final BigDecimal new_value = parseBigDecimal( mtn, value );
1091                 if ( new_value != null ) {
1092                     final List<Point> ps = obtainPoints();
1093                     final Point p = ps.get( 0 );
1094                     final Point p_new = new Point( p.getGeodeticDatum(),
1095                                                    p.getLatitude(),
1096                                                    new_value,
1097                                                    p.getAltitude(),
1098                                                    p.getAltiudeUnit() );
1099                     ps.set( 0, p_new );
1100                 }
1101                 break;
1102             }
1103             default:
1104                 throw new IllegalArgumentException( "unknown: " + tag );
1105         }
1106         getJTree().repaint();
1107         getTreePanel().setEdited( true );
1108         getTreePanel().repaint();
1109     }
1110
1111     PhylogenyNode getMyNode() {
1112         return _my_node;
1113     }
1114
1115     void writeAll() {
1116         for( int i = 0; i < getJTree().getRowCount(); i++ ) {
1117             final TreePath p = getJTree().getPathForRow( i );
1118             writeBack( ( DefaultMutableTreeNode ) p.getLastPathComponent() );
1119         }
1120     }
1121 }