forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/NodeEditPanel.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.event.KeyEvent;
  29 import java.awt.event.KeyListener;
  30 import java.math.BigDecimal;
  31 import java.net.URL;
  32 import java.text.ParseException;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.HashMap;
  35 import java.util.List;
  36 import java.util.Map;
  37
  38 import javax.swing.JEditorPane;
  39 import javax.swing.JOptionPane;
  40 import javax.swing.JPanel;
  41 import javax.swing.JScrollPane;
  42 import javax.swing.JSplitPane;
  43 import javax.swing.JTree;
  44 import javax.swing.event.TreeSelectionEvent;
  45 import javax.swing.event.TreeSelectionListener;
  46 import javax.swing.text.Position;
  47 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
  48 import javax.swing.tree.TreePath;
  49 import javax.swing.tree.TreeSelectionModel;
  50
  51 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  52 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  53 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  54 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  55 import org.forester.phylogeny.data.Date;
  56 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  57 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  58 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  59 import org.forester.phylogeny.data.MultipleUris;
  60 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  61 import org.forester.phylogeny.data.Point;
  62 import org.forester.phylogeny.data.Reference;
  63 import org.forester.phylogeny.data.Sequence;
  64 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  65 import org.forester.phylogeny.data.Uri;
  66 import org.forester.util.FailedConditionCheckException;
  67 import org.forester.util.ForesterUtil;
  68
  69 class NodeEditPanel extends JPanel {
  70
  71     private static final long                            serialVersionUID = 5120159904388100771L;
  72     private final JTree                                  _tree;
  73     private final JEditorPane                            _pane;
  74     private final PhylogenyNode                          _my_node;
  75     private final TreePanel                              _tree_panel;
  76     private final Map<DefaultMutableTreeNode, TagNumber> _map;
  77
  78     public NodeEditPanel( final PhylogenyNode phylogeny_node, final TreePanel tree_panel ) {
  79         _map = new HashMap<DefaultMutableTreeNode, TagNumber>();
  80         _my_node = phylogeny_node;
  81         _tree_panel = tree_panel;
  82         String node_name = "";
  83         if ( !ForesterUtil.isEmpty( phylogeny_node.getName() ) ) {
  84             node_name = phylogeny_node.getName() + " ";
  85         }
  86         final DefaultMutableTreeNode top = new DefaultMutableTreeNode( "Node " + node_name );
  87         createNodes( top, phylogeny_node );
  88         _tree = new JTree( top );
  89         getJTree().setEditable( true );
  90         getJTree().setFocusable( true );
  91         getJTree().setToggleClickCount( 1 );
  92         getJTree().setInvokesStopCellEditing( true );
  93         final JScrollPane tree_view = new JScrollPane( getJTree() );
  94         _pane = new JEditorPane();
  95         _pane.setEditable( true );
  96         final JScrollPane data_view = new JScrollPane( _pane );
  97         final JSplitPane split_pane = new JSplitPane( JSplitPane.VERTICAL_SPLIT );
  98         split_pane.setTopComponent( tree_view );
  99         // split_pane.setBottomComponent( data_view );
 100         data_view.setMinimumSize( Constants.NODE_PANEL_SPLIT_MINIMUM_SIZE );
 101         tree_view.setMinimumSize( Constants.NODE_PANEL_SPLIT_MINIMUM_SIZE );
 102         // split_pane.setDividerLocation( 400 );
 103         split_pane.setPreferredSize( Constants.NODE_PANEL_SIZE );
 104         add( split_pane );
 105         getJTree().getSelectionModel().setSelectionMode( TreeSelectionModel.SINGLE_TREE_SELECTION );
 106         getJTree().addKeyListener( new KeyListener() {
 107
 108             @Override
 109             public void keyPressed( final KeyEvent e ) {
 110                 keyEvent( e );
 111             }
 112
 113             @Override
 114             public void keyReleased( final KeyEvent e ) {
 115                 keyEvent( e );
 116             }
 117
 118             @Override
 119             public void keyTyped( final KeyEvent e ) {
 120                 keyEvent( e );
 121             }
 122         } );
 123         for( int i = 0; i < getJTree().getRowCount(); i++ ) {
 124             getJTree().expandRow( i );
 125         }
 126         collapsePath( NodePanel.BASIC );
 127         collapsePath( NodePanel.TAXONOMY );
 128         collapsePath( NodePanel.SEQUENCE );
 129         collapsePath( NodePanel.EVENTS );
 130         collapsePath( NodePanel.DATE );
 131         collapsePath( NodePanel.DISTRIBUTION );
 132         collapsePath( NodePanel.LIT_REFERENCE );
 133         getJTree().addTreeSelectionListener( new TreeSelectionListener() {
 134
 135             @Override
 136             public void valueChanged( final TreeSelectionEvent e ) {
 137                 final TreePath new_path = e.getNewLeadSelectionPath();
 138                 final TreePath old_path = e.getOldLeadSelectionPath();
 139                 if ( new_path != null ) {
 140                     writeBack( ( DefaultMutableTreeNode ) new_path.getLastPathComponent() );
 141                 }
 142                 if ( old_path != null ) {
 143                     writeBack( ( DefaultMutableTreeNode ) old_path.getLastPathComponent() );
 144                 }
 145             }
 146         } );
 147     }
 148
 149     private void addBasics( final DefaultMutableTreeNode top, final PhylogenyNode phylogeny_node, final String name ) {
 150         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 151         top.add( category );
 152         addSubelementEditable( category, NodePanel.NODE_NAME, phylogeny_node.getName(), PHYLOXML_TAG.NODE_NAME );
 153         String bl = "";
 154         if ( phylogeny_node.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
 155             bl = ForesterUtil.FORMATTER_6.format( phylogeny_node.getDistanceToParent() );
 156         }
 157         addSubelementEditable( category, NodePanel.NODE_BRANCH_LENGTH, bl, PHYLOXML_TAG.NODE_BRANCH_LENGTH );
 158         int counter = 0;
 159         if ( phylogeny_node.getBranchData().isHasConfidences() ) {
 160             for( int i = phylogeny_node.getBranchData().getConfidences().size() - 1; i >= 0; i-- ) {
 161                 if ( phylogeny_node.getBranchData().getConfidences().get( i ).getValue() == Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
 162                     phylogeny_node.getBranchData().getConfidences().remove( i );
 163                 }
 164             }
 165             for( final PhylogenyData conf : phylogeny_node.getBranchData().getConfidences() ) {
 166                 final Confidence my_conf = ( Confidence ) ( conf );
 167                 addSubelementEditable( category,
 168                                        NodePanel.CONFIDENCE + " [" + counter + "]",
 169                                        ForesterUtil.FORMATTER_6.format( my_conf.getValue() ),
 170                                        PHYLOXML_TAG.CONFIDENCE_VALUE,
 171                                        NodePanel.CONFIDENCE_TYPE,
 172                                        my_conf.getType(),
 173                                        PHYLOXML_TAG.CONFIDENCE_TYPE,
 174                                        counter++ );
 175             }
 176         }
 177         addSubelementEditable( category,
 178                                NodePanel.CONFIDENCE + " [" + counter + "]",
 179                                "",
 180                                PHYLOXML_TAG.CONFIDENCE_VALUE,
 181                                NodePanel.CONFIDENCE_TYPE,
 182                                "",
 183                                PHYLOXML_TAG.CONFIDENCE_TYPE,
 184                                counter );
 185     }
 186
 187     //    private void addAnnotation( final DefaultMutableTreeNode top, final Annotation ann, final String name ) {
 188     //        DefaultMutableTreeNode category;
 189     //        category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 190     //        top.add( category );
 191     //        addSubelementEditable( category, "Reference", ann.getRef() , PHYLOXML_TAG.);
 192     //        addSubelementEditable( category, "Description", ann.getDesc() , PHYLOXML_TAG.);
 193     //        addSubelementEditable( category, "Source", ann.getSource(), PHYLOXML_TAG. );
 194     //        addSubelementEditable( category, "Type", ann.getType(), PHYLOXML_TAG. );
 195     //        addSubelementEditable( category, "Evidence", ann.getEvidence() , PHYLOXML_TAG.);
 196     //        if ( ann.getConfidence() != null ) {
 197     //            addSubelementEditable( category, "Confidence", ann.getConfidence().asText().toString() , PHYLOXML_TAG.);
 198     //        }
 199     //        if ( ann.getProperties() != null ) {
 200     //            addProperties( category, ann.getProperties(), "Properties", PHYLOXML_TAG. );
 201     //        }
 202     //    }
 203     //    private void addAnnotations( final DefaultMutableTreeNode top,
 204     //                                 final List<PhylogenyData> annotations,
 205     //                                 final DefaultMutableTreeNode category ) {
 206     //        if ( ( annotations != null ) && ( annotations.size() > 0 ) ) {
 207     //            category.add( new DefaultMutableTreeNode( "Annotations" ) );
 208     //            final DefaultMutableTreeNode last = top.getLastLeaf();
 209     //            int i = 0;
 210     //            for( final PhylogenyData ann : annotations ) {
 211     //                addAnnotation( last, ( Annotation ) ann, "Annotation " + ( i++ ) );
 212     //            }
 213     //        }
 214     //    }
 215     private void addDate( final DefaultMutableTreeNode top, Date date, final String name ) {
 216         if ( date == null ) {
 217             date = new Date();
 218         }
 219         DefaultMutableTreeNode category;
 220         category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 221         top.add( category );
 222         addSubelementEditable( category, NodePanel.DATE_DESCRIPTION, date.getDesc(), PHYLOXML_TAG.DATE_DESCRIPTION );
 223         addSubelementEditable( category, NodePanel.DATE_VALUE, String.valueOf( date.getValue() != null ? date
 224                 .getValue() : "" ), PHYLOXML_TAG.DATE_VALUE );
 225         addSubelementEditable( category, NodePanel.DATE_MIN, String
 226                 .valueOf( date.getMin() != null ? date.getMin() : "" ), PHYLOXML_TAG.DATE_MIN );
 227         addSubelementEditable( category, NodePanel.DATE_MAX, String
 228                 .valueOf( date.getMax() != null ? date.getMax() : "" ), PHYLOXML_TAG.DATE_MAX );
 229         addSubelementEditable( category, NodePanel.DATE_UNIT, date.getUnit(), PHYLOXML_TAG.DATE_UNIT );
 230     }
 231
 232     private void addDistribution( final DefaultMutableTreeNode top, Distribution dist, final String name ) {
 233         if ( dist == null ) {
 234             dist = new Distribution( "" );
 235         }
 236         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 237         top.add( category );
 238         Point p0 = null;
 239         if ( ( dist.getPoints() != null ) && ( dist.getPoints().size() > 0 ) ) {
 240             p0 = dist.getPoints().get( 0 );
 241         }
 242         else {
 243             p0 = new Point();
 244         }
 245         addSubelementEditable( category, NodePanel.DIST_DESCRIPTION, dist.getDesc(), PHYLOXML_TAG.DIST_DESC );
 246         addSubelementEditable( category,
 247                                NodePanel.DIST_GEODETIC_DATUM,
 248                                p0.getGeodeticDatum(),
 249                                PHYLOXML_TAG.DIST_GEODETIC );
 250         addSubelementEditable( category, NodePanel.DIST_LATITUDE, String.valueOf( p0.getLatitude() != null ? p0
 251                 .getLatitude() : "" ), PHYLOXML_TAG.DIST_LAT );
 252         addSubelementEditable( category, NodePanel.DIST_LONGITUDE, String.valueOf( p0.getLongitude() != null ? p0
 253                 .getLongitude() : "" ), PHYLOXML_TAG.DIST_LONG );
 254         addSubelementEditable( category, NodePanel.DIST_ALTITUDE, String.valueOf( p0.getAltitude() != null ? p0
 255                 .getAltitude() : "" ), PHYLOXML_TAG.DIST_ALT );
 256         addSubelementEditable( category, NodePanel.DIST_ALT_UNIT, String.valueOf( p0.getAltiudeUnit() != null ? p0
 257                 .getAltiudeUnit() : "" ), PHYLOXML_TAG.DIST_ALT_UNIT );
 258     }
 259
 260     private void addEvents( final DefaultMutableTreeNode top, Event events, final String name ) {
 261         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 262         if ( events == null ) {
 263             events = new Event();
 264         }
 265         top.add( category );
 266         addSubelementEditable( category,
 267                                NodePanel.EVENTS_DUPLICATIONS,
 268                                String.valueOf( events.getNumberOfDuplications() >= 0 ? events.getNumberOfDuplications()
 269                                        : 0 ),
 270                                PHYLOXML_TAG.EVENTS_DUPLICATIONS );
 271         addSubelementEditable( category,
 272                                NodePanel.EVENTS_SPECIATIONS,
 273                                String.valueOf( events.getNumberOfSpeciations() >= 0 ? events.getNumberOfSpeciations()
 274                                        : 0 ),
 275                                PHYLOXML_TAG.EVENTS_SPECIATIONS );
 276         addSubelementEditable( category,
 277                                NodePanel.EVENTS_GENE_LOSSES,
 278                                String
 279                                        .valueOf( events.getNumberOfGeneLosses() >= 0 ? events.getNumberOfGeneLosses()
 280                                                : 0 ),
 281                                PHYLOXML_TAG.EVENTS_GENE_LOSSES );
 282     }
 283
 284     private void addMapping( final DefaultMutableTreeNode mtn, final TagNumber tag ) {
 285         if ( getMap().containsKey( mtn ) ) {
 286             throw new IllegalArgumentException( "key " + mtn + " already present" );
 287         }
 288         if ( getMap().containsValue( tag ) ) {
 289             throw new IllegalArgumentException( "value " + tag + " already present" );
 290         }
 291         getMap().put( mtn, tag );
 292     }
 293
 294     private void addReference( final DefaultMutableTreeNode top, Reference ref, final String name ) {
 295         if ( ref == null ) {
 296             ref = new Reference( "" );
 297         }
 298         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 299         top.add( category );
 300         addSubelementEditable( category,
 301                                NodePanel.LIT_REFERENCE_DESC,
 302                                ref.getDescription(),
 303                                PHYLOXML_TAG.LIT_REFERENCE_DESC );
 304         addSubelementEditable( category, NodePanel.LIT_REFERENCE_DOI, ref.getDoi(), PHYLOXML_TAG.LIT_REFERENCE_DOI );
 305     }
 306
 307     private void addSequence( final DefaultMutableTreeNode top, Sequence seq, final String name ) {
 308         if ( seq == null ) {
 309             seq = new Sequence();
 310         }
 311         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 312         top.add( category );
 313         Accession acc = seq.getAccession();
 314         if ( acc == null ) {
 315             acc = new Accession( "", "" );
 316         }
 317         addSubelementEditable( category, NodePanel.SEQ_NAME, seq.getName(), PHYLOXML_TAG.SEQ_NAME );
 318         addSubelementEditable( category, NodePanel.SEQ_SYMBOL, seq.getSymbol(), PHYLOXML_TAG.SEQ_SYMBOL );
 319         addSubelementEditable( category,
 320                                NodePanel.SEQ_ACCESSION,
 321                                acc.getValue(),
 322                                PHYLOXML_TAG.SEQ_ACC_VALUE,
 323                                "Source",
 324                                acc.getSource(),
 325                                PHYLOXML_TAG.SEQ_ACC_SOURCE );
 326         addSubelementEditable( category, NodePanel.SEQ_LOCATION, seq.getLocation(), PHYLOXML_TAG.SEQ_LOCATION );
 327         addSubelementEditable( category, NodePanel.SEQ_TYPE, seq.getType(), PHYLOXML_TAG.SEQ_TYPE );
 328         addSubelementEditable( category, NodePanel.SEQ_MOL_SEQ, seq.getMolecularSequence(), PHYLOXML_TAG.SEQ_MOL_SEQ );
 329         int uri_counter = 0;
 330         if ( seq.getUris() != null ) {
 331             for( final Uri uri : seq.getUris() ) {
 332                 if ( uri != null ) {
 333                     addSubelementEditable( category, NodePanel.SEQ_URI + " [" + uri_counter + "]", uri.getValue()
 334                             .toString(), PHYLOXML_TAG.SEQ_URI, uri_counter++ );
 335                 }
 336             }
 337         }
 338         addSubelementEditable( category,
 339                                NodePanel.SEQ_URI + " [" + uri_counter + "]",
 340                                "",
 341                                PHYLOXML_TAG.SEQ_URI,
 342                                uri_counter );
 343         //  addAnnotations( top, seq.getAnnotations(), category );
 344     }
 345
 346     private void addSubelementEditable( final DefaultMutableTreeNode node,
 347                                         final String name,
 348                                         final String value,
 349                                         final PHYLOXML_TAG phyloxml_tag ) {
 350         addSubelementEditable( node, name, value, phyloxml_tag, 0 );
 351     }
 352
 353     private void addSubelementEditable( final DefaultMutableTreeNode node,
 354                                         final String name,
 355                                         final String value,
 356                                         final PHYLOXML_TAG phyloxml_tag,
 357                                         final int number ) {
 358         String my_value = value;
 359         if ( ForesterUtil.isEmpty( my_value ) ) {
 360             my_value = "";
 361         }
 362         final DefaultMutableTreeNode name_node = new DefaultMutableTreeNode( name );
 363         final DefaultMutableTreeNode value_node = new DefaultMutableTreeNode( my_value );
 364         name_node.add( value_node );
 365         node.add( name_node );
 366         addMapping( name_node, new TagNumber( phyloxml_tag, number ) );
 367     }
 368
 369     private void addSubelementEditable( final DefaultMutableTreeNode node,
 370                                         final String name,
 371                                         final String value,
 372                                         final PHYLOXML_TAG phyloxml_value_tag,
 373                                         final String source_name,
 374                                         final String source_value,
 375                                         final PHYLOXML_TAG phyloxml_source_tag ) {
 376         addSubelementEditable( node, name, value, phyloxml_value_tag, source_name, source_value, phyloxml_source_tag, 0 );
 377     }
 378
 379     private void addSubelementEditable( final DefaultMutableTreeNode node,
 380                                         final String name,
 381                                         final String value,
 382                                         final PHYLOXML_TAG phyloxml_value_tag,
 383                                         final String source_name,
 384                                         final String source_value,
 385                                         final PHYLOXML_TAG phyloxml_source_tag,
 386                                         final int number ) {
 387         String my_value = value;
 388         if ( ForesterUtil.isEmpty( my_value ) ) {
 389             my_value = "";
 390         }
 391         String my_source_value = source_value;
 392         if ( ForesterUtil.isEmpty( my_source_value ) ) {
 393             my_source_value = "";
 394         }
 395         final DefaultMutableTreeNode name_node = new DefaultMutableTreeNode( name );
 396         final DefaultMutableTreeNode source_name_node = new DefaultMutableTreeNode( source_name );
 397         final DefaultMutableTreeNode source_value_node = new DefaultMutableTreeNode( my_source_value );
 398         final DefaultMutableTreeNode value_node = new DefaultMutableTreeNode( my_value );
 399         name_node.add( source_name_node );
 400         source_name_node.add( source_value_node );
 401         name_node.add( value_node );
 402         node.add( name_node );
 403         addMapping( name_node, new TagNumber( phyloxml_value_tag, number ) );
 404         addMapping( source_name_node, new TagNumber( phyloxml_source_tag, number ) );
 405     }
 406
 407     private void addTaxonomy( final DefaultMutableTreeNode top, Taxonomy tax, final String name ) {
 408         if ( tax == null ) {
 409             tax = new Taxonomy();
 410         }
 411         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 412         top.add( category );
 413         Identifier id = tax.getIdentifier();
 414         if ( id == null ) {
 415             id = new Identifier();
 416         }
 417         addSubelementEditable( category,
 418                                NodePanel.TAXONOMY_IDENTIFIER,
 419                                id.getValue(),
 420                                PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_ID_VALUE,
 421                                "Provider",
 422                                id.getProvider(),
 423                                PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_ID_PROVIDER );
 424         addSubelementEditable( category, NodePanel.TAXONOMY_CODE, tax.getTaxonomyCode(), PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_CODE );
 425         addSubelementEditable( category,
 426                                NodePanel.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME,
 427                                tax.getScientificName(),
 428                                PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME );
 429         addSubelementEditable( category,
 430                                NodePanel.TAXONOMY_AUTHORITY,
 431                                tax.getAuthority(),
 432                                PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_AUTHORITY );
 433         addSubelementEditable( category,
 434                                NodePanel.TAXONOMY_COMMON_NAME,
 435                                tax.getCommonName(),
 436                                PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_COMMON_NAME );
 437         for( int i = tax.getSynonyms().size() - 1; i >= 0; i-- ) {
 438             if ( ForesterUtil.isEmpty( tax.getSynonyms().get( i ) ) ) {
 439                 tax.getSynonyms().remove( i );
 440             }
 441         }
 442         int syn_counter = 0;
 443         for( final String syn : tax.getSynonyms() ) {
 444             addSubelementEditable( category,
 445                                    NodePanel.TAXONOMY_SYNONYM + " [" + syn_counter + "]",
 446                                    syn,
 447                                    PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_SYNONYM,
 448                                    syn_counter++ );
 449         }
 450         addSubelementEditable( category,
 451                                NodePanel.TAXONOMY_SYNONYM + " [" + syn_counter + "]",
 452                                "",
 453                                PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_SYNONYM,
 454                                syn_counter );
 455         addSubelementEditable( category, NodePanel.TAXONOMY_RANK, tax.getRank(), PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_RANK );
 456         int uri_counter = 0;
 457         if ( tax.getUris() != null ) {
 458             for( final Uri uri : tax.getUris() ) {
 459                 if ( uri != null ) {
 460                     addSubelementEditable( category, NodePanel.TAXONOMY_URI + " [" + uri_counter + "]", uri.getValue()
 461                             .toString(), PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_URI, uri_counter++ );
 462                 }
 463             }
 464         }
 465         addSubelementEditable( category,
 466                                NodePanel.TAXONOMY_URI + " [" + uri_counter + "]",
 467                                "",
 468                                PHYLOXML_TAG.TAXONOMY_URI,
 469                                uri_counter );
 470     }
 471
 472     private void collapsePath( final String name ) {
 473         final TreePath tp = getJTree().getNextMatch( name, 0, Position.Bias.Forward );
 474         if ( tp != null ) {
 475             getJTree().collapsePath( tp );
 476         }
 477     }
 478
 479     private void createNodes( final DefaultMutableTreeNode top, final PhylogenyNode phylogeny_node ) {
 480         if ( !phylogeny_node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 481             phylogeny_node.getNodeData().addTaxonomy( new Taxonomy() );
 482         }
 483         if ( !phylogeny_node.getNodeData().isHasSequence() ) {
 484             phylogeny_node.getNodeData().addSequence( new Sequence() );
 485         }
 486         if ( !phylogeny_node.getNodeData().isHasDistribution() ) {
 487             phylogeny_node.getNodeData().addDistribution( new Distribution( "" ) );
 488         }
 489         if ( !phylogeny_node.getNodeData().isHasReference() ) {
 490             phylogeny_node.getNodeData().addReference( new Reference( "" ) );
 491         }
 492         addBasics( top, phylogeny_node, NodePanel.BASIC );
 493         addTaxonomy( top, phylogeny_node.getNodeData().getTaxonomy(), NodePanel.TAXONOMY );
 494         addSequence( top, phylogeny_node.getNodeData().getSequence(), NodePanel.SEQUENCE );
 495         if ( !phylogeny_node.isExternal() ) {
 496             addEvents( top, phylogeny_node.getNodeData().getEvent(), NodePanel.EVENTS );
 497         }
 498         addDate( top, phylogeny_node.getNodeData().getDate(), NodePanel.DATE );
 499         addDistribution( top, phylogeny_node.getNodeData().getDistribution(), NodePanel.DISTRIBUTION );
 500         addReference( top, phylogeny_node.getNodeData().getReference(), NodePanel.LIT_REFERENCE );
 501         //  addProperties( top, phylogeny_node.getNodeData().getProperties(), "Properties" );
 502     }
 503
 504     private void formatError( final DefaultMutableTreeNode mtn, final PhyloXmlDataFormatException e ) {
 505         JOptionPane.showMessageDialog( this, e.getMessage(), "Format error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 506         mtn.setUserObject( "" );
 507         getJTree().repaint();
 508     }
 509
 510     private JTree getJTree() {
 511         return _tree;
 512     }
 513
 514     private Map<DefaultMutableTreeNode, TagNumber> getMap() {
 515         return _map;
 516     }
 517
 518     private TagNumber getMapping( final DefaultMutableTreeNode mtn ) {
 519         return getMap().get( mtn );
 520     }
 521
 522     PhylogenyNode getMyNode() {
 523         return _my_node;
 524     }
 525
 526     private DefaultMutableTreeNode getSelectedTreeNode() {
 527         final TreePath selectionPath = getJTree().getSelectionPath();
 528         if ( selectionPath != null ) {
 529             final Object[] path = selectionPath.getPath();
 530             if ( path.length > 0 ) {
 531                 return ( DefaultMutableTreeNode ) path[ path.length - 1 ]; // Last node
 532             }
 533         }
 534         return null;
 535     }
 536
 537     private TreePanel getTreePanel() {
 538         return _tree_panel;
 539     }
 540
 541     private void keyEvent( final KeyEvent e ) {
 542         if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER ) {
 543             writeBack( getSelectedTreeNode() );
 544         }
 545     }
 546
 547     private List<Point> obtainPoints() {
 548         ForesterUtil.ensurePresenceOfDistribution( getMyNode() );
 549         Distribution d = getMyNode().getNodeData().getDistribution();
 550         if ( d.getPoints() == null ) {
 551             d = new Distribution( d.getDesc(), new ArrayList<Point>(), d.getPolygons() );
 552             getMyNode().getNodeData().setDistribution( d );
 553         }
 554         final List<Point> ps = d.getPoints();
 555         if ( ps.isEmpty() ) {
 556             ps.add( new Point() );
 557         }
 558         else if ( ps.get( 0 ) == null ) {
 559             ps.set( 0, new Point() );
 560         }
 561         return ps;
 562     }
 563
 564     private BigDecimal parseBigDecimal( final DefaultMutableTreeNode mtn, final String value ) {
 565         if ( ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 566             return new BigDecimal( 0 );
 567         }
 568         BigDecimal i = null;
 569         try {
 570             i = new BigDecimal( value );
 571         }
 572         catch ( final NumberFormatException e ) {
 573             JOptionPane.showMessageDialog( this, "illegal value: " + value, "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 574             mtn.setUserObject( "" );
 575         }
 576         return i;
 577     }
 578
 579     private int parsePositiveInt( final DefaultMutableTreeNode mtn, final String value ) {
 580         if ( ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 581             return 0;
 582         }
 583         int i = -1;
 584         try {
 585             i = ForesterUtil.parseInt( value );
 586         }
 587         catch ( final ParseException e ) {
 588             JOptionPane.showMessageDialog( this, "illegal value: " + value, "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 589             mtn.setUserObject( "" );
 590         }
 591         if ( i < 0 ) {
 592             JOptionPane.showMessageDialog( this, "illegal value: " + value, "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 593             mtn.setUserObject( "" );
 594         }
 595         return i;
 596     }
 597
 598     void writeAll() {
 599         for( int i = 0; i < getJTree().getRowCount(); i++ ) {
 600             final TreePath p = getJTree().getPathForRow( i );
 601             writeBack( ( DefaultMutableTreeNode ) p.getLastPathComponent() );
 602         }
 603     }
 604
 605     private void writeBack( final DefaultMutableTreeNode mtn ) {
 606         if ( !getMap().containsKey( mtn ) ) {
 607             final DefaultMutableTreeNode parent = ( DefaultMutableTreeNode ) mtn.getParent();
 608             if ( getMap().containsKey( parent ) ) {
 609                 writeBack( mtn, getMapping( parent ) );
 610             }
 611         }
 612     }
 613
 614     private void writeBack( final DefaultMutableTreeNode mtn, final TagNumber tag_number ) {
 615         if ( tag_number == null ) {
 616             return;
 617         }
 618         String value = mtn.toString();
 619         if ( value == null ) {
 620             value = "";
 621         }
 622         value = value.replaceAll( "\\s+", " " );
 623         value = value.trim();
 624         mtn.setUserObject( value );
 625         getJTree().repaint();
 626         final PHYLOXML_TAG tag = tag_number.getTag();
 627         final int number = tag_number.getNumber();
 628         switch ( tag ) {
 629             case NODE_NAME:
 630                 getMyNode().setName( value );
 631                 break;
 632             case NODE_BRANCH_LENGTH:
 633                 if ( ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 634                     getMyNode().setDistanceToParent( PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT );
 635                 }
 636                 else {
 637                     try {
 638                         getMyNode().setDistanceToParent( ForesterUtil.parseDouble( value ) );
 639                     }
 640                     catch ( final ParseException e ) {
 641                         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 642                                                        "failed to parse branch length from: " + value,
 643                                                        "Error",
 644                                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 645                         mtn.setUserObject( "" );
 646                     }
 647                 }
 648                 break;
 649             case CONFIDENCE_VALUE:
 650                 double confidence = Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE;
 651                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 652                     try {
 653                         confidence = ForesterUtil.parseDouble( value );
 654                     }
 655                     catch ( final ParseException e ) {
 656                         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 657                                                        "failed to parse confidence value from: " + value,
 658                                                        "Error",
 659                                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 660                         mtn.setUserObject( "" );
 661                         break;
 662                     }
 663                 }
 664                 if ( getMyNode().getBranchData().getConfidences().size() < number ) {
 665                     throw new FailedConditionCheckException();
 666                 }
 667                 else if ( getMyNode().getBranchData().getConfidences().size() == number ) {
 668                     if ( confidence >= 0 ) {
 669                         getMyNode().getBranchData().getConfidences().add( new Confidence( confidence, "unknown" ) );
 670                     }
 671                 }
 672                 else {
 673                     final String type = getMyNode().getBranchData().getConfidences().get( number ).getType();
 674                     getMyNode().getBranchData().getConfidences().set( number, new Confidence( confidence, type ) );
 675                 }
 676                 break;
 677             case CONFIDENCE_TYPE:
 678                 if ( getMyNode().getBranchData().getConfidences().size() < number ) {
 679                     throw new FailedConditionCheckException();
 680                 }
 681                 else if ( getMyNode().getBranchData().getConfidences().size() == number ) {
 682                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 683                         getMyNode().getBranchData().getConfidences().add( new Confidence( 0, value ) );
 684                     }
 685                 }
 686                 else {
 687                     final double v = getMyNode().getBranchData().getConfidences().get( number ).getValue();
 688                     getMyNode().getBranchData().getConfidences().set( number, new Confidence( v, value ) );
 689                 }
 690                 break;
 691             case TAXONOMY_CODE:
 692                 ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 693                 try {
 694                     getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setTaxonomyCode( value );
 695                 }
 696                 catch ( final PhyloXmlDataFormatException e ) {
 697                     formatError( mtn, e );
 698                     break;
 699                 }
 700                 break;
 701             case TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME:
 702                 ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 703                 getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setScientificName( value );
 704                 break;
 705             case TAXONOMY_COMMON_NAME:
 706                 ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 707                 getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setCommonName( value );
 708                 break;
 709             case TAXONOMY_RANK:
 710                 ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 711                 try {
 712                     getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setRank( value.toLowerCase() );
 713                 }
 714                 catch ( final PhyloXmlDataFormatException e ) {
 715                     formatError( mtn, e );
 716                     break;
 717                 }
 718                 break;
 719             case TAXONOMY_AUTHORITY:
 720                 ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 721                 getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setAuthority( value );
 722                 break;
 723             case TAXONOMY_URI: {
 724                 Uri uri = null;
 725                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 726                     try {
 727                         uri = new Uri( new URL( value ).toURI() );
 728                     }
 729                     catch ( final Exception e ) {
 730                         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 731                                                        "failed to parse URL from: " + value,
 732                                                        "Error",
 733                                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 734                         mtn.setUserObject( "" );
 735                     }
 736                 }
 737                 if ( uri != null ) {
 738                     ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 739                 }
 740                 addUri( mtn, uri, number, getMyNode().getNodeData().getTaxonomy() );
 741                 break;
 742             }
 743             case TAXONOMY_SYNONYM:
 744                 if ( getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().getSynonyms().size() < number ) {
 745                     throw new FailedConditionCheckException();
 746                 }
 747                 else if ( getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().getSynonyms().size() == number ) {
 748                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 749                         ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 750                         getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().getSynonyms().add( value );
 751                     }
 752                 }
 753                 else {
 754                     getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().getSynonyms().set( number, value );
 755                 }
 756                 break;
 757             case TAXONOMY_ID_VALUE:
 758                 ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 759                 if ( getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier() == null ) {
 760                     getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setIdentifier( new Identifier( value ) );
 761                 }
 762                 else {
 763                     final String provider = getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider();
 764                     getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setIdentifier( new Identifier( value, provider ) );
 765                 }
 766                 break;
 767             case TAXONOMY_ID_PROVIDER:
 768                 ForesterUtil.ensurePresenceOfTaxonomy( getMyNode() );
 769                 if ( getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier() == null ) {
 770                     getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setIdentifier( new Identifier( "", value ) );
 771                 }
 772                 else {
 773                     final String v = getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue();
 774                     getMyNode().getNodeData().getTaxonomy().setIdentifier( new Identifier( v, value ) );
 775                 }
 776                 break;
 777             case SEQ_LOCATION:
 778                 ForesterUtil.ensurePresenceOfSequence( getMyNode() );
 779                 getMyNode().getNodeData().getSequence().setLocation( value );
 780                 break;
 781             case SEQ_MOL_SEQ:
 782                 ForesterUtil.ensurePresenceOfSequence( getMyNode() );
 783                 getMyNode().getNodeData().getSequence().setMolecularSequence( value );
 784                 break;
 785             case SEQ_NAME:
 786                 ForesterUtil.ensurePresenceOfSequence( getMyNode() );
 787                 getMyNode().getNodeData().getSequence().setName( value );
 788                 break;
 789             case SEQ_SYMBOL:
 790                 ForesterUtil.ensurePresenceOfSequence( getMyNode() );
 791                 try {
 792                     getMyNode().getNodeData().getSequence().setSymbol( value );
 793                 }
 794                 catch ( final PhyloXmlDataFormatException e ) {
 795                     formatError( mtn, e );
 796                     break;
 797                 }
 798                 break;
 799             case SEQ_TYPE:
 800                 ForesterUtil.ensurePresenceOfSequence( getMyNode() );
 801                 try {
 802                     getMyNode().getNodeData().getSequence().setType( value.toLowerCase() );
 803                 }
 804                 catch ( final PhyloXmlDataFormatException e ) {
 805                     formatError( mtn, e );
 806                     break;
 807                 }
 808                 break;
 809             case SEQ_ACC_SOURCE:
 810                 ForesterUtil.ensurePresenceOfSequence( getMyNode() );
 811                 if ( getMyNode().getNodeData().getSequence().getAccession() == null ) {
 812                     getMyNode().getNodeData().getSequence().setAccession( new Accession( "", value ) );
 813                 }
 814                 else {
 815                     final String v = getMyNode().getNodeData().getSequence().getAccession().getValue();
 816                     getMyNode().getNodeData().getSequence().setAccession( new Accession( v, value ) );
 817                 }
 818                 break;
 819             case SEQ_ACC_VALUE:
 820                 ForesterUtil.ensurePresenceOfSequence( getMyNode() );
 821                 if ( getMyNode().getNodeData().getSequence().getAccession() == null ) {
 822                     getMyNode().getNodeData().getSequence().setAccession( new Accession( value, "" ) );
 823                 }
 824                 else {
 825                     final String source = getMyNode().getNodeData().getSequence().getAccession().getSource();
 826                     getMyNode().getNodeData().getSequence().setAccession( new Accession( value, source ) );
 827                 }
 828                 break;
 829             case SEQ_URI: {
 830                 Uri uri = null;
 831                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 832                     try {
 833                         uri = new Uri( new URL( value ).toURI() );
 834                     }
 835                     catch ( final Exception e ) {
 836                         JOptionPane.showMessageDialog( this,
 837                                                        "failed to parse URL from: " + value,
 838                                                        "Error",
 839                                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 840                         mtn.setUserObject( "" );
 841                     }
 842                 }
 843                 if ( uri != null ) {
 844                     ForesterUtil.ensurePresenceOfSequence( getMyNode() );
 845                 }
 846                 addUri( mtn, uri, number, getMyNode().getNodeData().getSequence() );
 847                 break;
 848             }
 849             case LIT_REFERENCE_DESC:
 850                 if ( !getMyNode().getNodeData().isHasReference() ) {
 851                     getMyNode().getNodeData().setReference( new Reference( "" ) );
 852                 }
 853                 getMyNode().getNodeData().getReference().setValue( value );
 854                 break;
 855             case LIT_REFERENCE_DOI:
 856                 if ( !getMyNode().getNodeData().isHasReference() ) {
 857                     getMyNode().getNodeData().setReference( new Reference( "" ) );
 858                 }
 859                 try {
 860                     getMyNode().getNodeData().getReference().setDoi( value );
 861                 }
 862                 catch ( final PhyloXmlDataFormatException e ) {
 863                     formatError( mtn, e );
 864                     break;
 865                 }
 866                 break;
 867             case EVENTS_DUPLICATIONS:
 868                 if ( !getMyNode().getNodeData().isHasEvent() ) {
 869                     getMyNode().getNodeData().setEvent( new Event() );
 870                 }
 871                 getMyNode().getNodeData().getEvent().setDuplications( parsePositiveInt( mtn, value ) );
 872                 break;
 873             case EVENTS_SPECIATIONS:
 874                 if ( !getMyNode().getNodeData().isHasEvent() ) {
 875                     getMyNode().getNodeData().setEvent( new Event() );
 876                 }
 877                 getMyNode().getNodeData().getEvent().setSpeciations( parsePositiveInt( mtn, value ) );
 878                 break;
 879             case EVENTS_GENE_LOSSES:
 880                 if ( !getMyNode().getNodeData().isHasEvent() ) {
 881                     getMyNode().getNodeData().setEvent( new Event() );
 882                 }
 883                 getMyNode().getNodeData().getEvent().setGeneLosses( parsePositiveInt( mtn, value ) );
 884                 break;
 885             case DATE_DESCRIPTION:
 886                 ForesterUtil.ensurePresenceOfDate( getMyNode() );
 887                 getMyNode().getNodeData().getDate().setDesc( value );
 888                 break;
 889             case DATE_MAX:
 890                 ForesterUtil.ensurePresenceOfDate( getMyNode() );
 891                 getMyNode().getNodeData().getDate().setMax( parseBigDecimal( mtn, value ) );
 892                 break;
 893             case DATE_MIN:
 894                 ForesterUtil.ensurePresenceOfDate( getMyNode() );
 895                 getMyNode().getNodeData().getDate().setMin( parseBigDecimal( mtn, value ) );
 896                 break;
 897             case DATE_UNIT:
 898                 ForesterUtil.ensurePresenceOfDate( getMyNode() );
 899                 getMyNode().getNodeData().getDate().setUnit( value );
 900                 break;
 901             case DATE_VALUE:
 902                 ForesterUtil.ensurePresenceOfDate( getMyNode() );
 903                 getMyNode().getNodeData().getDate().setValue( parseBigDecimal( mtn, value ) );
 904                 break;
 905             case DIST_ALT: {
 906                 final BigDecimal new_value = parseBigDecimal( mtn, value );
 907                 if ( new_value != null ) {
 908                     final List<Point> ps = obtainPoints();
 909                     final Point p = ps.get( 0 );
 910                     final Point p_new = new Point( p.getGeodeticDatum(),
 911                                                    p.getLatitude(),
 912                                                    p.getLongitude(),
 913                                                    new_value,
 914                                                    ForesterUtil.isEmpty( p.getAltiudeUnit() ) ? "?" : p
 915                                                            .getAltiudeUnit() );
 916                     ps.set( 0, p_new );
 917                 }
 918                 break;
 919             }
 920             case DIST_DESC: {
 921                 ForesterUtil.ensurePresenceOfDistribution( getMyNode() );
 922                 final Distribution d = getMyNode().getNodeData().getDistribution();
 923                 getMyNode().getNodeData().setDistribution( new Distribution( value, d.getPoints(), d.getPolygons() ) );
 924                 break;
 925             }
 926             case DIST_GEODETIC: {
 927                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 928                     final List<Point> ps = obtainPoints();
 929                     final Point p = ps.get( 0 );
 930                     final Point p_new = new Point( value, p.getLatitude(), p.getLongitude(), p.getAltitude(), p
 931                             .getAltiudeUnit() );
 932                     ps.set( 0, p_new );
 933                 }
 934                 break;
 935             }
 936             case DIST_ALT_UNIT: {
 937                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 938                     final List<Point> ps = obtainPoints();
 939                     final Point p = ps.get( 0 );
 940                     final Point p_new = new Point( p.getGeodeticDatum(), p.getLatitude(), p.getLongitude(), p
 941                             .getAltitude(), value );
 942                     ps.set( 0, p_new );
 943                 }
 944                 break;
 945             }
 946             case DIST_LAT: {
 947                 final BigDecimal new_value = parseBigDecimal( mtn, value );
 948                 if ( new_value != null ) {
 949                     final List<Point> ps = obtainPoints();
 950                     final Point p = ps.get( 0 );
 951                     final Point p_new = new Point( p.getGeodeticDatum(),
 952                                                    new_value,
 953                                                    p.getLongitude(),
 954                                                    p.getAltitude(),
 955                                                    p.getAltiudeUnit() );
 956                     ps.set( 0, p_new );
 957                 }
 958                 break;
 959             }
 960             case DIST_LONG: {
 961                 final BigDecimal new_value = parseBigDecimal( mtn, value );
 962                 if ( new_value != null ) {
 963                     final List<Point> ps = obtainPoints();
 964                     final Point p = ps.get( 0 );
 965                     final Point p_new = new Point( p.getGeodeticDatum(), p.getLatitude(), new_value, p.getAltitude(), p
 966                             .getAltiudeUnit() );
 967                     ps.set( 0, p_new );
 968                 }
 969                 break;
 970             }
 971             default:
 972                 throw new IllegalArgumentException( "unknown: " + tag );
 973         }
 974         getJTree().repaint();
 975         getTreePanel().setEdited( true );
 976         getTreePanel().repaint();
 977     }
 978
 979     private void addUri( final DefaultMutableTreeNode mtn, final Uri uri, final int number, final MultipleUris mu ) {
 980         if ( uri != null ) {
 981             if ( mu.getUris() == null ) {
 982                 mu.setUris( new ArrayList<Uri>() );
 983             }
 984         }
 985         if ( ( uri != null ) && ( mu.getUris() == null ) ) {
 986             mu.setUris( new ArrayList<Uri>() );
 987         }
 988         if ( ( uri != null ) && ( mu.getUris().size() == number ) ) {
 989             mu.getUris().add( uri );
 990         }
 991         if ( ( mu.getUris() != null ) && ( mu.getUris().size() != number ) ) {
 992             mu.getUris().set( number, uri );
 993         }
 994         final ImageLoader il = new ImageLoader( getTreePanel() );
 995         new Thread( il ).start();
 996     }
 997
 998     private enum PHYLOXML_TAG {
 999         NODE_NAME,
1000         NODE_BRANCH_LENGTH,
1001         TAXONOMY_CODE,
1002         TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME,
1003         TAXONOMY_AUTHORITY,
1004         TAXONOMY_COMMON_NAME,
1005         TAXONOMY_SYNONYM,
1006         TAXONOMY_RANK,
1007         TAXONOMY_URI,
1008         SEQ_SYMBOL,
1009         SEQ_NAME,
1010         SEQ_LOCATION,
1011         SEQ_TYPE,
1012         SEQ_MOL_SEQ,
1013         SEQ_URI,
1014         DATE_DESCRIPTION,
1015         DATE_VALUE,
1016         DATE_MIN,
1017         DATE_MAX,
1018         DATE_UNIT,
1019         TAXONOMY_ID_VALUE,
1020         TAXONOMY_ID_PROVIDER,
1021         SEQ_ACC_VALUE,
1022         SEQ_ACC_SOURCE,
1023         CONFIDENCE_VALUE,
1024         CONFIDENCE_TYPE,
1025         LIT_REFERENCE_DESC,
1026         LIT_REFERENCE_DOI,
1027         EVENTS_DUPLICATIONS,
1028         EVENTS_SPECIATIONS,
1029         EVENTS_GENE_LOSSES,
1030         DIST_DESC,
1031         DIST_GEODETIC,
1032         DIST_LAT,
1033         DIST_LONG,
1034         DIST_ALT,
1035         DIST_ALT_UNIT
1036     }
1037
1038     private class TagNumber {
1039
1040         final private PHYLOXML_TAG _tag;
1041         final private int          _number;
1042
1043         TagNumber( final PHYLOXML_TAG tag, final int number ) {
1044             _tag = tag;
1045             _number = number;
1046         }
1047
1048         int getNumber() {
1049             return _number;
1050         }
1051
1052         PHYLOXML_TAG getTag() {
1053             return _tag;
1054         }
1055
1056         @Override
1057         public String toString() {
1058             return getTag() + "_" + getNumber();
1059         }
1060     }
1061 }