forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/NodePanel.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.Map;
  31 import java.util.SortedMap;
  32 import java.util.SortedSet;
  33
  34 import javax.swing.JEditorPane;
  35 import javax.swing.JPanel;
  36 import javax.swing.JScrollPane;
  37 import javax.swing.JSplitPane;
  38 import javax.swing.JTree;
  39 import javax.swing.event.TreeSelectionEvent;
  40 import javax.swing.event.TreeSelectionListener;
  41 import javax.swing.text.Position;
  42 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
  43 import javax.swing.tree.TreePath;
  44
  45 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  46 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  47 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  48 import org.forester.phylogeny.data.Annotation;
  49 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  50 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  51 import org.forester.phylogeny.data.Date;
  52 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  53 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  54 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  55 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  56 import org.forester.phylogeny.data.Point;
  57 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  58 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  59 import org.forester.phylogeny.data.Reference;
  60 import org.forester.phylogeny.data.Sequence;
  61 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  62 import org.forester.phylogeny.data.Uri;
  63 import org.forester.util.ForesterUtil;
  64
  65 class NodePanel extends JPanel implements TreeSelectionListener {
  66
  67     static final String       BASIC                    = "Basic";
  68     static final String       BINARY_CHARACTERS        = "Binary characters";
  69     static final String       CONFIDENCE               = "Confidence";
  70     static final String       CONFIDENCE_TYPE          = "type";
  71     static final String       DATE                     = "Date";
  72     static final String       DATE_DESCRIPTION         = "Description";
  73     static final String       DATE_MAX                 = "Max";
  74     static final String       DATE_MIN                 = "Min";
  75     static final String       DATE_UNIT                = "Unit";
  76     static final String       DATE_VALUE               = "Value";
  77     static final String       DIST_ALT_UNIT            = "Altitude unit";
  78     static final String       DIST_ALTITUDE            = "Altitude";
  79     static final String       DIST_DESCRIPTION         = "Description";
  80     static final String       DIST_GEODETIC_DATUM      = "Geodetic datum";
  81     static final String       DIST_LATITUDE            = "Latitude";
  82     static final String       DIST_LONGITUDE           = "Longitude";
  83     static final String       DISTRIBUTION             = "Distribution";
  84     static final String       EVENTS                   = "Events";
  85     static final String       EVENTS_DUPLICATIONS      = "Duplications";
  86     static final String       EVENTS_GENE_LOSSES       = "Gene losses";
  87     static final String       EVENTS_SPECIATIONS       = "Speciations";
  88     static final String       LIT_REFERENCE            = "Reference";
  89     static final String       LIT_REFERENCE_DESC       = "Description";
  90     static final String       LIT_REFERENCE_DOI        = "DOI";
  91     static final String       NODE_BRANCH_COLOR        = "Branch color";
  92     static final String       NODE_BRANCH_LENGTH       = "Branch length";
  93     static final String       NODE_BRANCH_WIDTH        = "Branch width";
  94     static final String       NODE_NAME                = "Name";
  95     static final String       PROP                     = "Properties";
  96     static final String       REFERENCE                = "Reference";
  97     static final String       SEQ_ACCESSION            = "Accession";
  98     static final String       SEQ_LOCATION             = "Location";
  99     static final String       SEQ_MOL_SEQ              = "Mol seq";
 100     static final String       SEQ_NAME                 = "Name";
 101     static final String       SEQ_SYMBOL               = "Symbol";
 102     static final String       SEQ_GENE_NAME            = "Gene name";
 103     static final String       SEQ_TYPE                 = "Type";
 104     static final String       SEQ_URI                  = "URI";
 105     static final String       SEQUENCE                 = "Sequence";
 106     static final String       TAXONOMY                 = "Taxonomy";
 107     static final String       TAXONOMY_AUTHORITY       = "Authority";
 108     static final String       TAXONOMY_CODE            = "Code";
 109     static final String       TAXONOMY_COMMON_NAME     = "Common name";
 110     static final String       TAXONOMY_IDENTIFIER      = "Identifier";
 111     static final String       TAXONOMY_RANK            = "Rank";
 112     static final String       TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME = "Scientific name";
 113     static final String       TAXONOMY_SYNONYM         = "Synonym";
 114     static final String       TAXONOMY_URI             = "URI";
 115     private static final long serialVersionUID         = 5120159904388100771L;
 116     private final JEditorPane _pane;
 117     private final JTree       _tree;
 118
 119     public NodePanel( final PhylogenyNode phylogeny_node ) {
 120         String node_name = "";
 121         if ( !ForesterUtil.isEmpty( phylogeny_node.getName() ) ) {
 122             node_name = phylogeny_node.getName() + " ";
 123         }
 124         final DefaultMutableTreeNode top = new DefaultMutableTreeNode( "Node " + node_name );
 125         createNodes( top, phylogeny_node );
 126         _tree = new JTree( top );
 127         _tree.setEditable( false );
 128         getJTree().setToggleClickCount( 1 );
 129         expandPath( BASIC );
 130         expandPath( TAXONOMY );
 131         expandPath( SEQUENCE );
 132         expandPath( EVENTS );
 133         final JScrollPane tree_view = new JScrollPane( getJTree() );
 134         _pane = new JEditorPane();
 135         _pane.setEditable( false );
 136         final JScrollPane data_view = new JScrollPane( _pane );
 137         final JSplitPane split_pane = new JSplitPane( JSplitPane.VERTICAL_SPLIT );
 138         split_pane.setTopComponent( tree_view );
 139         split_pane.setBottomComponent( data_view );
 140         data_view.setMinimumSize( Constants.NODE_PANEL_SPLIT_MINIMUM_SIZE );
 141         tree_view.setMinimumSize( Constants.NODE_PANEL_SPLIT_MINIMUM_SIZE );
 142         split_pane.setDividerLocation( 400 );
 143         split_pane.setPreferredSize( Constants.NODE_PANEL_SIZE );
 144         add( split_pane );
 145     }
 146
 147     @Override
 148     public void valueChanged( final TreeSelectionEvent e ) {
 149         // Do nothing.
 150     }
 151
 152     private void expandPath( final String name ) {
 153         final TreePath tp = getJTree().getNextMatch( name, 0, Position.Bias.Forward );
 154         if ( tp != null ) {
 155             getJTree().expandPath( tp );
 156         }
 157     }
 158
 159     private JTree getJTree() {
 160         return _tree;
 161     }
 162
 163     private static void addAnnotation( final DefaultMutableTreeNode top, final Annotation ann, final String name ) {
 164         DefaultMutableTreeNode category;
 165         category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 166         top.add( category );
 167         addSubelement( category, "Source", ann.getSource() );
 168         addSubelement( category, "Type", ann.getType() );
 169         addSubelement( category, "Evidence", ann.getEvidence() );
 170         if ( ann.getConfidence() != null ) {
 171             addSubelement( category, CONFIDENCE, ann.getConfidence().asText().toString() );
 172         }
 173         if ( ann.getProperties() != null ) {
 174             addProperties( category, ann.getProperties(), PROP );
 175         }
 176     }
 177
 178     private static void addAnnotations( final DefaultMutableTreeNode top,
 179                                         final SortedSet<Annotation> annotations,
 180                                         final DefaultMutableTreeNode category ) {
 181         if ( ( annotations != null ) && ( annotations.size() > 0 ) ) {
 182             category.add( new DefaultMutableTreeNode( "Annotations" ) );
 183             final DefaultMutableTreeNode last = top.getLastLeaf();
 184             for( final Annotation ann : annotations ) {
 185                 addAnnotation( last, ann, ann.asText().toString() );
 186             }
 187         }
 188     }
 189
 190     private static void addBasics( final DefaultMutableTreeNode top,
 191                                    final PhylogenyNode phylogeny_node,
 192                                    final String name ) {
 193         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 194         top.add( category );
 195         addSubelement( category, NODE_NAME, phylogeny_node.getName() );
 196         if ( phylogeny_node.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
 197             addSubelement( category,
 198                            NODE_BRANCH_LENGTH,
 199                            ForesterUtil.FORMATTER_6.format( phylogeny_node.getDistanceToParent() ) );
 200         }
 201         if ( phylogeny_node.getBranchData().isHasConfidences() ) {
 202             for( final PhylogenyData conf : phylogeny_node.getBranchData().getConfidences() ) {
 203                 addSubelement( category, CONFIDENCE, conf.asText().toString() );
 204             }
 205         }
 206         if ( !phylogeny_node.isExternal() ) {
 207             addSubelement( category, "Children", String.valueOf( phylogeny_node.getNumberOfDescendants() ) );
 208             addSubelement( category,
 209                            "External children",
 210                            String.valueOf( phylogeny_node.getAllExternalDescendants().size() ) );
 211             final Map<Taxonomy, Integer> distinct_tax = PhylogenyMethods.obtainDistinctTaxonomyCounts( phylogeny_node );
 212             if ( distinct_tax != null ) {
 213                 final int no_tax = PhylogenyMethods.calculateNumberOfExternalNodesWithoutTaxonomy( phylogeny_node );
 214                 final int tax_count = distinct_tax.size();
 215                 addSubelement( category, "Distinct external taxonomies", String.valueOf( tax_count ) );
 216                 if ( no_tax > 0 ) {
 217                     addSubelement( category, "External nodes without taxonomy", String.valueOf( no_tax ) );
 218                 }
 219             }
 220         }
 221         if ( !phylogeny_node.isRoot() ) {
 222             addSubelement( category, "Depth", String.valueOf( phylogeny_node.calculateDepth() ) );
 223             final double d = phylogeny_node.calculateDistanceToRoot();
 224             if ( d > 0 ) {
 225                 addSubelement( category, "Distance to root", String.valueOf( ForesterUtil.FORMATTER_6.format( d ) ) );
 226             }
 227         }
 228         if ( ( phylogeny_node.getBranchData().getBranchWidth() != null )
 229                 && ( phylogeny_node.getBranchData().getBranchWidth().getValue() != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) ) {
 230             addSubelement( category,
 231                            NODE_BRANCH_WIDTH,
 232                            ForesterUtil.FORMATTER_3.format( phylogeny_node.getBranchData().getBranchWidth().getValue() ) );
 233         }
 234         if ( ( phylogeny_node.getBranchData().getBranchColor() != null ) ) {
 235             final Color c = phylogeny_node.getBranchData().getBranchColor().getValue();
 236             addSubelement( category, NODE_BRANCH_COLOR, c.getRed() + ", " + c.getGreen() + ", " + c.getBlue() );
 237         }
 238     }
 239
 240     private static void addBinaryCharacters( final DefaultMutableTreeNode top,
 241                                              final BinaryCharacters bc,
 242                                              final String name ) {
 243         DefaultMutableTreeNode category;
 244         category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 245         top.add( category );
 246         addSubelement( category, "Gained", String.valueOf( bc.getGainedCount() ) );
 247         addSubelement( category, "Lost", String.valueOf( bc.getLostCount() ) );
 248         addSubelement( category, "Present", String.valueOf( bc.getPresentCount() ) );
 249         final DefaultMutableTreeNode chars = new DefaultMutableTreeNode( "Lists" );
 250         category.add( chars );
 251         addSubelement( chars, "Gained", bc.getGainedCharactersAsStringBuffer().toString() );
 252         addSubelement( chars, "Lost", bc.getLostCharactersAsStringBuffer().toString() );
 253         addSubelement( chars, "Present", bc.getPresentCharactersAsStringBuffer().toString() );
 254     }
 255
 256     private static void addCrossReference( final DefaultMutableTreeNode top, final Accession x, final String name ) {
 257         DefaultMutableTreeNode category;
 258         category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 259         top.add( category );
 260     }
 261
 262     private static void addCrossReferences( final DefaultMutableTreeNode top,
 263                                             final SortedSet<Accession> xs,
 264                                             final DefaultMutableTreeNode category ) {
 265         if ( ( xs != null ) && ( xs.size() > 0 ) ) {
 266             category.add( new DefaultMutableTreeNode( "Cross references" ) );
 267             final DefaultMutableTreeNode last = top.getLastLeaf();
 268             for( final Accession x : xs ) {
 269                 addCrossReference( last, x, x.asText().toString() );
 270             }
 271         }
 272     }
 273
 274     private static void addDate( final DefaultMutableTreeNode top, final Date date, final String name ) {
 275         DefaultMutableTreeNode category;
 276         category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 277         top.add( category );
 278         addSubelement( category, DATE_DESCRIPTION, date.getDesc() );
 279         addSubelement( category, DATE_VALUE, String.valueOf( date.getValue() ) );
 280         addSubelement( category, DATE_MIN, String.valueOf( date.getMin() ) );
 281         addSubelement( category, DATE_MAX, String.valueOf( date.getMax() ) );
 282         addSubelement( category, DATE_UNIT, date.getUnit() );
 283     }
 284
 285     private static void addDistribution( final DefaultMutableTreeNode top, final Distribution dist, final String name ) {
 286         DefaultMutableTreeNode category;
 287         category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 288         top.add( category );
 289         addSubelement( category, DIST_DESCRIPTION, dist.getDesc() );
 290         if ( ( dist.getPoints() != null ) && ( dist.getPoints().size() > 0 ) ) {
 291             final Point p0 = dist.getPoints().get( 0 );
 292             if ( ( p0 != null ) && !Point.isSeemsEmpty( p0 ) ) {
 293                 addSubelement( category, DIST_GEODETIC_DATUM, p0.getGeodeticDatum() );
 294                 addSubelement( category, DIST_LATITUDE, String.valueOf( p0.getLatitude() ) );
 295                 addSubelement( category, DIST_LONGITUDE, String.valueOf( p0.getLongitude() ) );
 296                 String alt_unit = p0.getAltiudeUnit();
 297                 if ( ForesterUtil.isEmpty( alt_unit ) ) {
 298                     alt_unit = "?";
 299                 }
 300                 addSubelement( category, DIST_ALTITUDE, String.valueOf( p0.getAltitude() ) + alt_unit );
 301             }
 302         }
 303     }
 304
 305     private static void addEvents( final DefaultMutableTreeNode top, final Event events, final String name ) {
 306         DefaultMutableTreeNode category;
 307         category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 308         top.add( category );
 309         if ( events.getNumberOfDuplications() > 0 ) {
 310             addSubelement( category, EVENTS_DUPLICATIONS, String.valueOf( events.getNumberOfDuplications() ) );
 311         }
 312         if ( events.getNumberOfSpeciations() > 0 ) {
 313             addSubelement( category, EVENTS_SPECIATIONS, String.valueOf( events.getNumberOfSpeciations() ) );
 314         }
 315         if ( events.getNumberOfGeneLosses() > 0 ) {
 316             addSubelement( category, EVENTS_GENE_LOSSES, String.valueOf( events.getNumberOfGeneLosses() ) );
 317         }
 318         addSubelement( category, "Type", events.getEventType().toString() );
 319         if ( events.getConfidence() != null ) {
 320             addSubelement( category, CONFIDENCE, events.getConfidence().asText().toString() );
 321         }
 322     }
 323
 324     private static void addLineage( final DefaultMutableTreeNode top,
 325                                     final List<String> lineage,
 326                                     final DefaultMutableTreeNode category ) {
 327         if ( ( lineage != null ) && ( lineage.size() > 0 ) ) {
 328             final StringBuilder sb = new StringBuilder();
 329             for( final String lin : lineage ) {
 330                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( lin ) ) {
 331                     sb.append( lin );
 332                     sb.append( " > " );
 333                 }
 334             }
 335             String str = null;
 336             if ( sb.length() > 1 ) {
 337                 str = sb.substring( 0, sb.length() - 3 );
 338             }
 339             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
 340                 addSubelement( category, "Lineage", str );
 341             }
 342         }
 343     }
 344
 345     private static void addProperties( final DefaultMutableTreeNode top,
 346                                        final PropertiesMap properties,
 347                                        final String string ) {
 348         final SortedMap<String, Property> properties_map = properties.getProperties();
 349         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( "Properties " );
 350         top.add( category );
 351         for( final String key : properties_map.keySet() ) {
 352             final Property prop = properties_map.get( key );
 353             category.add( new DefaultMutableTreeNode( prop.getRef() + "=" + prop.getValue() + " " + prop.getUnit()
 354                     + " [" + prop.getAppliesTo().toString() + "]" ) );
 355         }
 356     }
 357
 358     private static void addReference( final DefaultMutableTreeNode top, final Reference ref, final String name ) {
 359         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 360         top.add( category );
 361         addSubelement( category, LIT_REFERENCE_DOI, ref.getDoi() );
 362         addSubelement( category, LIT_REFERENCE_DESC, ref.getDescription() );
 363     }
 364
 365     private static void addSequence( final DefaultMutableTreeNode top, final Sequence seq, final String name ) {
 366         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 367         top.add( category );
 368         addSubelement( category, SEQ_NAME, seq.getName() );
 369         addSubelement( category, SEQ_SYMBOL, seq.getSymbol() );
 370         addSubelement( category, SEQ_GENE_NAME, seq.getGeneName() );
 371         if ( seq.getAccession() != null ) {
 372             addSubelement( category, SEQ_ACCESSION, seq.getAccession().asText().toString() );
 373         }
 374         addSubelement( category, SEQ_LOCATION, seq.getLocation() );
 375         addSubelement( category, SEQ_TYPE, seq.getType() );
 376         addSubelement( category, SEQ_MOL_SEQ, seq.getMolecularSequence() );
 377         if ( ( seq.getAnnotations() != null ) && !seq.getAnnotations().isEmpty() ) {
 378             addAnnotations( top, seq.getAnnotations(), category );
 379         }
 380         if ( ( seq.getCrossReferences() != null ) && !seq.getCrossReferences().isEmpty() ) {
 381             addCrossReferences( top, seq.getCrossReferences(), category );
 382         }
 383         if ( ( seq.getUris() != null ) && !seq.getUris().isEmpty() ) {
 384             addUris( top, seq.getUris(), category );
 385         }
 386     }
 387
 388     private static void addSubelement( final DefaultMutableTreeNode node, final String name, final String value ) {
 389         if ( !ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 390             node.add( new DefaultMutableTreeNode( name + ": " + value ) );
 391         }
 392     }
 393
 394     private static void addTaxonomy( final DefaultMutableTreeNode top, final Taxonomy tax, final String name ) {
 395         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 396         top.add( category );
 397         if ( tax.getIdentifier() != null ) {
 398             addSubelement( category, TAXONOMY_IDENTIFIER, tax.getIdentifier().asText().toString() );
 399         }
 400         addSubelement( category, TAXONOMY_CODE, tax.getTaxonomyCode() );
 401         addSubelement( category, TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME, tax.getScientificName() );
 402         addSubelement( category, TAXONOMY_AUTHORITY, tax.getAuthority() );
 403         addSubelement( category, TAXONOMY_COMMON_NAME, tax.getCommonName() );
 404         for( final String syn : tax.getSynonyms() ) {
 405             addSubelement( category, TAXONOMY_SYNONYM, syn );
 406         }
 407         addSubelement( category, TAXONOMY_RANK, tax.getRank() );
 408         if ( ( tax.getUris() != null ) && !tax.getUris().isEmpty() ) {
 409             addUris( top, tax.getUris(), category );
 410         }
 411         if ( ( tax.getLineage() != null ) && !tax.getLineage().isEmpty() ) {
 412             addLineage( top, tax.getLineage(), category );
 413         }
 414     }
 415
 416     private static void addUri( final DefaultMutableTreeNode top, final Uri uri, final String name ) {
 417         DefaultMutableTreeNode category;
 418         category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 419         top.add( category );
 420         addSubelement( category, "Description", uri.getDescription() );
 421         addSubelement( category, "Type", uri.getType() );
 422         addSubelement( category, "URI", uri.getValue().toString() );
 423     }
 424
 425     private static void addUris( final DefaultMutableTreeNode top,
 426                                  final List<Uri> uris,
 427                                  final DefaultMutableTreeNode category ) {
 428         if ( ( uris != null ) && ( uris.size() > 0 ) ) {
 429             category.add( new DefaultMutableTreeNode( "URIs" ) );
 430             final DefaultMutableTreeNode last = top.getLastLeaf();
 431             int i = 0;
 432             for( final Uri uri : uris ) {
 433                 if ( uri != null ) {
 434                     addUri( last, uri, "URI " + ( i++ ) );
 435                 }
 436             }
 437         }
 438     }
 439
 440     private static void createNodes( final DefaultMutableTreeNode top, final PhylogenyNode phylogeny_node ) {
 441         addBasics( top, phylogeny_node, BASIC );
 442         // Taxonomy
 443         if ( phylogeny_node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 444             addTaxonomy( top, phylogeny_node.getNodeData().getTaxonomy(), TAXONOMY );
 445         }
 446         // Sequence
 447         if ( phylogeny_node.getNodeData().isHasSequence() ) {
 448             addSequence( top, phylogeny_node.getNodeData().getSequence(), SEQUENCE );
 449         }
 450         // Events
 451         if ( phylogeny_node.getNodeData().isHasEvent() ) {
 452             addEvents( top, phylogeny_node.getNodeData().getEvent(), EVENTS );
 453         }
 454         // Date
 455         if ( phylogeny_node.getNodeData().isHasDate() ) {
 456             addDate( top, phylogeny_node.getNodeData().getDate(), DATE );
 457         }
 458         // Distribution
 459         if ( phylogeny_node.getNodeData().isHasDistribution() ) {
 460             addDistribution( top, phylogeny_node.getNodeData().getDistribution(), DISTRIBUTION );
 461         }
 462         // Reference
 463         if ( phylogeny_node.getNodeData().isHasReference() ) {
 464             addReference( top, phylogeny_node.getNodeData().getReference(), LIT_REFERENCE );
 465         }
 466         // BinaryCharacters
 467         if ( phylogeny_node.getNodeData().isHasBinaryCharacters() ) {
 468             addBinaryCharacters( top, phylogeny_node.getNodeData().getBinaryCharacters(), BINARY_CHARACTERS );
 469         }
 470         // Properties
 471         if ( phylogeny_node.getNodeData().isHasProperties() ) {
 472             addProperties( top, phylogeny_node.getNodeData().getProperties(), PROP );
 473         }
 474     }
 475 }