forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/NodePanel.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28
  29 import java.awt.Color;
  30 import java.awt.Component;
  31 import java.awt.event.ActionEvent;
  32 import java.awt.event.ActionListener;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.Map;
  35 import java.util.SortedSet;
  36
  37 import javax.swing.BoxLayout;
  38 import javax.swing.JButton;
  39 import javax.swing.JEditorPane;
  40 import javax.swing.JPanel;
  41 import javax.swing.JScrollPane;
  42 import javax.swing.JSplitPane;
  43 import javax.swing.JTree;
  44 import javax.swing.event.TreeSelectionEvent;
  45 import javax.swing.event.TreeSelectionListener;
  46 import javax.swing.text.Position;
  47 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
  48 import javax.swing.tree.TreePath;
  49
  50 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  51 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  52 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  53 import org.forester.phylogeny.data.Annotation;
  54 import org.forester.phylogeny.data.BinaryCharacters;
  55 import org.forester.phylogeny.data.BranchWidth;
  56 import org.forester.phylogeny.data.Date;
  57 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  58 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  59 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  60 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  61 import org.forester.phylogeny.data.Point;
  62 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesList;
  63 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  64 import org.forester.phylogeny.data.Reference;
  65 import org.forester.phylogeny.data.Sequence;
  66 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  67 import org.forester.phylogeny.data.Uri;
  68 import org.forester.util.ForesterUtil;
  69
  70 class NodePanel extends JPanel implements TreeSelectionListener {
  71
  72     static final String       BASIC                    = "Basic";
  73     static final String       BINARY_CHARACTERS        = "Binary characters";
  74     static final String       CONFIDENCE               = "Confidence";
  75     static final String       CONFIDENCE_TYPE          = "type";
  76     static final String       DATE                     = "Date";
  77     static final String       DATE_DESCRIPTION         = "Description";
  78     static final String       DATE_MAX                 = "Max";
  79     static final String       DATE_MIN                 = "Min";
  80     static final String       DATE_UNIT                = "Unit";
  81     static final String       DATE_VALUE               = "Value";
  82     static final String       DIST_ALT_UNIT            = "Altitude unit";
  83     static final String       DIST_ALTITUDE            = "Altitude";
  84     static final String       DIST_DESCRIPTION         = "Description";
  85     static final String       DIST_GEODETIC_DATUM      = "Geodetic datum";
  86     static final String       DIST_LATITUDE            = "Latitude";
  87     static final String       DIST_LONGITUDE           = "Longitude";
  88     static final String       DISTRIBUTION             = "Distribution";
  89     static final String       EVENTS                   = "Events";
  90     static final String       EVENTS_DUPLICATIONS      = "Duplications";
  91     static final String       EVENTS_GENE_LOSSES       = "Gene losses";
  92     static final String       EVENTS_SPECIATIONS       = "Speciations";
  93     static final String       LIT_REFERENCE            = "Reference";
  94     static final String       LIT_REFERENCE_DESC       = "Description";
  95     static final String       LIT_REFERENCE_DOI        = "DOI";
  96     static final String       NODE_BRANCH_COLOR        = "Branch color";
  97     static final String       NODE_BRANCH_LENGTH       = "Branch length";
  98     static final String       NODE_BRANCH_WIDTH        = "Branch width";
  99     static final String       NODE_NAME                = "Name";
 100     static final String       PROP                     = "Properties";
 101     static final String       REFERENCE                = "Reference";
 102     static final String       SEQ_ACCESSION            = "Accession";
 103     static final String       SEQ_LOCATION             = "Location";
 104     static final String       SEQ_MOL_SEQ              = "Mol seq";
 105     static final String       SEQ_NAME                 = "Name";
 106     static final String       SEQ_SYMBOL               = "Symbol";
 107     static final String       SEQ_GENE_NAME            = "Gene name";
 108     static final String       SEQ_TYPE                 = "Type";
 109     static final String       SEQ_URI                  = "URI";
 110     static final String       SEQUENCE                 = "Sequence";
 111     static final String       TAXONOMY                 = "Taxonomy";
 112     static final String       TAXONOMY_AUTHORITY       = "Authority";
 113     static final String       TAXONOMY_CODE            = "Code";
 114     static final String       TAXONOMY_COMMON_NAME     = "Common name";
 115     static final String       TAXONOMY_IDENTIFIER      = "Identifier";
 116     static final String       TAXONOMY_RANK            = "Rank";
 117     static final String       TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME = "Scientific name";
 118     static final String       TAXONOMY_SYNONYM         = "Synonym";
 119     static final String       TAXONOMY_URI             = "URI";
 120     private static final long serialVersionUID         = 5120159904388100771L;
 121     private final JEditorPane _pane;
 122     private final JTree       _tree;
 123
 124     public NodePanel( final PhylogenyNode phylogeny_node, final NodeFrame parent ) {
 125         String node_name = "";
 126         if ( !ForesterUtil.isEmpty( phylogeny_node.getName() ) ) {
 127             node_name = phylogeny_node.getName() + " ";
 128         }
 129         final DefaultMutableTreeNode top = new DefaultMutableTreeNode( "Node " + node_name );
 130         createNodes( top, phylogeny_node );
 131         _tree = new JTree( top );
 132         _tree.setEditable( false );
 133         getJTree().setToggleClickCount( 1 );
 134         expandPath( BASIC );
 135         expandPath( TAXONOMY );
 136         expandPath( SEQUENCE );
 137         expandPath( EVENTS );
 138         final JScrollPane tree_view = new JScrollPane( getJTree() );
 139
 140         final JButton close_button = new JButton( "Close" );
 141         close_button.setEnabled( true );
 142
 143         _pane = new JEditorPane();
 144         _pane.setEditable( false );
 145
 146         final JScrollPane data_view = new JScrollPane( _pane );
 147         final JSplitPane split_pane = new JSplitPane( JSplitPane.VERTICAL_SPLIT );
 148         split_pane.setTopComponent( tree_view );
 149         data_view.add( close_button );
 150         split_pane.setBottomComponent( data_view );
 151         data_view.setMinimumSize( AptxConstants.NODE_PANEL_SPLIT_MINIMUM_SIZE );
 152         tree_view.setMinimumSize( AptxConstants.NODE_PANEL_SPLIT_MINIMUM_SIZE );
 153         split_pane.setDividerLocation( 300 );
 154         split_pane.setPreferredSize( AptxConstants.NODE_PANEL_SIZE );
 155
 156
 157         close_button.addActionListener( new ActionListener() {
 158             public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
 159                 parent.close();
 160            }
 161         } );
 162
 163
 164         close_button.setAlignmentX( Component.CENTER_ALIGNMENT );
 165         split_pane.setAlignmentX( Component.CENTER_ALIGNMENT );
 166         final JPanel panel = new JPanel();
 167         panel.setLayout( new BoxLayout( panel, BoxLayout.Y_AXIS ) );
 168         panel.add( split_pane );
 169         panel.add( close_button );
 170         add( panel );
 171     }
 172
 173     @Override
 174     public void valueChanged( final TreeSelectionEvent e ) {
 175         // Do nothing.
 176     }
 177
 178     private void expandPath( final String name ) {
 179         final TreePath tp = getJTree().getNextMatch( name, 0, Position.Bias.Forward );
 180         if ( tp != null ) {
 181             getJTree().expandPath( tp );
 182         }
 183     }
 184
 185     private JTree getJTree() {
 186         return _tree;
 187     }
 188
 189     private static void addAnnotation( final DefaultMutableTreeNode top, final Annotation ann, final String name ) {
 190         DefaultMutableTreeNode category;
 191         category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 192         top.add( category );
 193         addSubelement( category, "Source", ann.getSource() );
 194         addSubelement( category, "Type", ann.getType() );
 195         addSubelement( category, "Evidence", ann.getEvidence() );
 196         if ( ann.getConfidence() != null ) {
 197             addSubelement( category, CONFIDENCE, ann.getConfidence().asText().toString() );
 198         }
 199         if ( ann.getProperties() != null ) {
 200             addProperties( category, ann.getProperties(), PROP );
 201         }
 202     }
 203
 204     private static void addAnnotations( final DefaultMutableTreeNode top,
 205                                         final SortedSet<Annotation> annotations,
 206                                         final DefaultMutableTreeNode category ) {
 207         if ( ( annotations != null ) && ( annotations.size() > 0 ) ) {
 208             category.add( new DefaultMutableTreeNode( "Annotations" ) );
 209             final DefaultMutableTreeNode last = top.getLastLeaf();
 210             for( final Annotation ann : annotations ) {
 211                 addAnnotation( last, ann, ann.asText().toString() );
 212             }
 213         }
 214     }
 215
 216     private static void addBasics( final DefaultMutableTreeNode top,
 217                                    final PhylogenyNode phylogeny_node,
 218                                    final String name ) {
 219         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 220         top.add( category );
 221         addSubelement( category, NODE_NAME, phylogeny_node.getName() );
 222         if ( phylogeny_node.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
 223             addSubelement( category,
 224                            NODE_BRANCH_LENGTH,
 225                            ForesterUtil.FORMATTER_6.format( phylogeny_node.getDistanceToParent() ) );
 226         }
 227         if ( phylogeny_node.getBranchData().isHasConfidences() ) {
 228             for( final PhylogenyData conf : phylogeny_node.getBranchData().getConfidences() ) {
 229                 addSubelement( category, CONFIDENCE, conf.asText().toString() );
 230             }
 231         }
 232         if ( !phylogeny_node.isExternal() ) {
 233             addSubelement( category, "Children", String.valueOf( phylogeny_node.getNumberOfDescendants() ) );
 234             addSubelement( category,
 235                            "External children",
 236                            String.valueOf( phylogeny_node.getAllExternalDescendants().size() ) );
 237             final Map<Taxonomy, Integer> distinct_tax = PhylogenyMethods.obtainDistinctTaxonomyCounts( phylogeny_node );
 238             if ( distinct_tax != null ) {
 239                 final int no_tax = PhylogenyMethods.calculateNumberOfExternalNodesWithoutTaxonomy( phylogeny_node );
 240                 final int tax_count = distinct_tax.size();
 241                 addSubelement( category, "Distinct external taxonomies", String.valueOf( tax_count ) );
 242                 if ( no_tax > 0 ) {
 243                     addSubelement( category, "External nodes without taxonomy", String.valueOf( no_tax ) );
 244                 }
 245             }
 246         }
 247         if ( !phylogeny_node.isRoot() ) {
 248             addSubelement( category, "Depth", String.valueOf( phylogeny_node.calculateDepth() ) );
 249             final double d = phylogeny_node.calculateDistanceToRoot();
 250             if ( d > 0 ) {
 251                 addSubelement( category, "Distance to root", String.valueOf( ForesterUtil.FORMATTER_6.format( d ) ) );
 252             }
 253         }
 254         if ( ( phylogeny_node.getBranchData().getBranchWidth() != null )
 255                 && ( phylogeny_node.getBranchData().getBranchWidth().getValue() != BranchWidth.BRANCH_WIDTH_DEFAULT_VALUE ) ) {
 256             addSubelement( category,
 257                            NODE_BRANCH_WIDTH,
 258                            ForesterUtil.FORMATTER_3.format( phylogeny_node.getBranchData().getBranchWidth().getValue() ) );
 259         }
 260         if ( ( phylogeny_node.getBranchData().getBranchColor() != null ) ) {
 261             final Color c = phylogeny_node.getBranchData().getBranchColor().getValue();
 262             addSubelement( category, NODE_BRANCH_COLOR, c.getRed() + ", " + c.getGreen() + ", " + c.getBlue() );
 263         }
 264     }
 265
 266     private static void addBinaryCharacters( final DefaultMutableTreeNode top,
 267                                              final BinaryCharacters bc,
 268                                              final String name ) {
 269         DefaultMutableTreeNode category;
 270         category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 271         top.add( category );
 272         addSubelement( category, "Gained", String.valueOf( bc.getGainedCount() ) );
 273         addSubelement( category, "Lost", String.valueOf( bc.getLostCount() ) );
 274         addSubelement( category, "Present", String.valueOf( bc.getPresentCount() ) );
 275         final DefaultMutableTreeNode chars = new DefaultMutableTreeNode( "Lists" );
 276         category.add( chars );
 277         addSubelement( chars, "Gained", bc.getGainedCharactersAsStringBuffer().toString() );
 278         addSubelement( chars, "Lost", bc.getLostCharactersAsStringBuffer().toString() );
 279         addSubelement( chars, "Present", bc.getPresentCharactersAsStringBuffer().toString() );
 280     }
 281
 282     private static void addCrossReference( final DefaultMutableTreeNode top, final Accession x, final String name ) {
 283         DefaultMutableTreeNode category;
 284         category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 285         top.add( category );
 286     }
 287
 288     private static void addCrossReferences( final DefaultMutableTreeNode top,
 289                                             final SortedSet<Accession> xs,
 290                                             final DefaultMutableTreeNode category ) {
 291         if ( ( xs != null ) && ( xs.size() > 0 ) ) {
 292             category.add( new DefaultMutableTreeNode( "Cross references" ) );
 293             final DefaultMutableTreeNode last = top.getLastLeaf();
 294             for( final Accession x : xs ) {
 295                 addCrossReference( last, x, x.asText().toString() );
 296             }
 297         }
 298     }
 299
 300     private static void addDate( final DefaultMutableTreeNode top, final Date date, final String name ) {
 301         DefaultMutableTreeNode category;
 302         category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 303         top.add( category );
 304         addSubelement( category, DATE_DESCRIPTION, date.getDesc() );
 305         addSubelement( category, DATE_VALUE, String.valueOf( date.getValue() ) );
 306         addSubelement( category, DATE_MIN, String.valueOf( date.getMin() ) );
 307         addSubelement( category, DATE_MAX, String.valueOf( date.getMax() ) );
 308         addSubelement( category, DATE_UNIT, date.getUnit() );
 309     }
 310
 311     private static void addDistribution( final DefaultMutableTreeNode top, final Distribution dist, final String name ) {
 312         DefaultMutableTreeNode category;
 313         category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 314         top.add( category );
 315         addSubelement( category, DIST_DESCRIPTION, dist.getDesc() );
 316         if ( ( dist.getPoints() != null ) && ( dist.getPoints().size() > 0 ) ) {
 317             final Point p0 = dist.getPoints().get( 0 );
 318             if ( ( p0 != null ) && !Point.isSeemsEmpty( p0 ) ) {
 319                 addSubelement( category, DIST_GEODETIC_DATUM, p0.getGeodeticDatum() );
 320                 addSubelement( category, DIST_LATITUDE, String.valueOf( p0.getLatitude() ) );
 321                 addSubelement( category, DIST_LONGITUDE, String.valueOf( p0.getLongitude() ) );
 322                 String alt_unit = p0.getAltiudeUnit();
 323                 if ( ForesterUtil.isEmpty( alt_unit ) ) {
 324                     alt_unit = "?";
 325                 }
 326                 addSubelement( category, DIST_ALTITUDE, String.valueOf( p0.getAltitude() ) + alt_unit );
 327             }
 328         }
 329     }
 330
 331     private static void addEvents( final DefaultMutableTreeNode top, final Event events, final String name ) {
 332         DefaultMutableTreeNode category;
 333         category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 334         top.add( category );
 335         if ( events.getNumberOfDuplications() > 0 ) {
 336             addSubelement( category, EVENTS_DUPLICATIONS, String.valueOf( events.getNumberOfDuplications() ) );
 337         }
 338         if ( events.getNumberOfSpeciations() > 0 ) {
 339             addSubelement( category, EVENTS_SPECIATIONS, String.valueOf( events.getNumberOfSpeciations() ) );
 340         }
 341         if ( events.getNumberOfGeneLosses() > 0 ) {
 342             addSubelement( category, EVENTS_GENE_LOSSES, String.valueOf( events.getNumberOfGeneLosses() ) );
 343         }
 344         addSubelement( category, "Type", events.getEventType().toString() );
 345         if ( events.getConfidence() != null ) {
 346             addSubelement( category, CONFIDENCE, events.getConfidence().asText().toString() );
 347         }
 348     }
 349
 350     private static void addLineage( final DefaultMutableTreeNode top,
 351                                     final List<String> lineage,
 352                                     final DefaultMutableTreeNode category ) {
 353         if ( ( lineage != null ) && ( lineage.size() > 0 ) ) {
 354             final StringBuilder sb = new StringBuilder();
 355             for( final String lin : lineage ) {
 356                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( lin ) ) {
 357                     sb.append( lin );
 358                     sb.append( " > " );
 359                 }
 360             }
 361             String str = null;
 362             if ( sb.length() > 1 ) {
 363                 str = sb.substring( 0, sb.length() - 3 );
 364             }
 365             if ( !ForesterUtil.isEmpty( str ) ) {
 366                 addSubelement( category, "Lineage", str );
 367             }
 368         }
 369     }
 370
 371     private static void addProperties( final DefaultMutableTreeNode top,
 372                                        final PropertiesList properties,
 373                                        final String string ) {
 374         final List<Property> properties_map = properties.getProperties();
 375         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( "Properties " );
 376         top.add( category );
 377         for( final Property prop : properties_map ) {
 378
 379             category.add( new DefaultMutableTreeNode( prop.getRef() + "=" + prop.getValue() + " " + prop.getUnit()
 380                     + " [" + prop.getAppliesTo().toString() + "]" ) );
 381         }
 382     }
 383
 384     private static void addReference( final DefaultMutableTreeNode top, final Reference ref, final String name ) {
 385         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 386         top.add( category );
 387         addSubelement( category, LIT_REFERENCE_DOI, ref.getDoi() );
 388         addSubelement( category, LIT_REFERENCE_DESC, ref.getDescription() );
 389     }
 390
 391     private static void addSequence( final DefaultMutableTreeNode top, final Sequence seq, final String name ) {
 392         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 393         top.add( category );
 394         addSubelement( category, SEQ_NAME, seq.getName() );
 395         addSubelement( category, SEQ_SYMBOL, seq.getSymbol() );
 396         addSubelement( category, SEQ_GENE_NAME, seq.getGeneName() );
 397         if ( seq.getAccession() != null ) {
 398             addSubelement( category, SEQ_ACCESSION, seq.getAccession().asText().toString() );
 399         }
 400         addSubelement( category, SEQ_LOCATION, seq.getLocation() );
 401         addSubelement( category, SEQ_TYPE, seq.getType() );
 402         addSubelement( category, SEQ_MOL_SEQ, seq.getMolecularSequence() );
 403         if ( ( seq.getAnnotations() != null ) && !seq.getAnnotations().isEmpty() ) {
 404             addAnnotations( top, seq.getAnnotations(), category );
 405         }
 406         if ( ( seq.getCrossReferences() != null ) && !seq.getCrossReferences().isEmpty() ) {
 407             addCrossReferences( top, seq.getCrossReferences(), category );
 408         }
 409         if ( ( seq.getUris() != null ) && !seq.getUris().isEmpty() ) {
 410             addUris( top, seq.getUris(), category );
 411         }
 412     }
 413
 414     private static void addSubelement( final DefaultMutableTreeNode node, final String name, final String value ) {
 415         if ( !ForesterUtil.isEmpty( value ) ) {
 416             node.add( new DefaultMutableTreeNode( name + ": " + value ) );
 417         }
 418     }
 419
 420     private static void addTaxonomy( final DefaultMutableTreeNode top, final Taxonomy tax, final String name ) {
 421         final DefaultMutableTreeNode category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 422         top.add( category );
 423         if ( tax.getIdentifier() != null ) {
 424             addSubelement( category, TAXONOMY_IDENTIFIER, tax.getIdentifier().asText().toString() );
 425         }
 426         addSubelement( category, TAXONOMY_CODE, tax.getTaxonomyCode() );
 427         addSubelement( category, TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME, tax.getScientificName() );
 428         addSubelement( category, TAXONOMY_AUTHORITY, tax.getAuthority() );
 429         addSubelement( category, TAXONOMY_COMMON_NAME, tax.getCommonName() );
 430         for( final String syn : tax.getSynonyms() ) {
 431             addSubelement( category, TAXONOMY_SYNONYM, syn );
 432         }
 433         addSubelement( category, TAXONOMY_RANK, tax.getRank() );
 434         if ( ( tax.getUris() != null ) && !tax.getUris().isEmpty() ) {
 435             addUris( top, tax.getUris(), category );
 436         }
 437         if ( ( tax.getLineage() != null ) && !tax.getLineage().isEmpty() ) {
 438             addLineage( top, tax.getLineage(), category );
 439         }
 440     }
 441
 442     private static void addUri( final DefaultMutableTreeNode top, final Uri uri, final String name ) {
 443         DefaultMutableTreeNode category;
 444         category = new DefaultMutableTreeNode( name );
 445         top.add( category );
 446         addSubelement( category, "Description", uri.getDescription() );
 447         addSubelement( category, "Type", uri.getType() );
 448         addSubelement( category, "URI", uri.getValue().toString() );
 449     }
 450
 451     private static void addUris( final DefaultMutableTreeNode top,
 452                                  final List<Uri> uris,
 453                                  final DefaultMutableTreeNode category ) {
 454         if ( ( uris != null ) && ( uris.size() > 0 ) ) {
 455             category.add( new DefaultMutableTreeNode( "URIs" ) );
 456             final DefaultMutableTreeNode last = top.getLastLeaf();
 457             int i = 0;
 458             for( final Uri uri : uris ) {
 459                 if ( uri != null ) {
 460                     addUri( last, uri, "URI " + ( i++ ) );
 461                 }
 462             }
 463         }
 464     }
 465
 466     private static void createNodes( final DefaultMutableTreeNode top, final PhylogenyNode phylogeny_node ) {
 467         addBasics( top, phylogeny_node, BASIC );
 468         // Taxonomy
 469         if ( phylogeny_node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 470             addTaxonomy( top, phylogeny_node.getNodeData().getTaxonomy(), TAXONOMY );
 471         }
 472         // Sequence
 473         if ( phylogeny_node.getNodeData().isHasSequence() ) {
 474             addSequence( top, phylogeny_node.getNodeData().getSequence(), SEQUENCE );
 475         }
 476         // Events
 477         if ( phylogeny_node.getNodeData().isHasEvent() ) {
 478             addEvents( top, phylogeny_node.getNodeData().getEvent(), EVENTS );
 479         }
 480         // Date
 481         if ( phylogeny_node.getNodeData().isHasDate() ) {
 482             addDate( top, phylogeny_node.getNodeData().getDate(), DATE );
 483         }
 484         // Distribution
 485         if ( phylogeny_node.getNodeData().isHasDistribution() ) {
 486             addDistribution( top, phylogeny_node.getNodeData().getDistribution(), DISTRIBUTION );
 487         }
 488         // Reference
 489         if ( phylogeny_node.getNodeData().isHasReference() ) {
 490             addReference( top, phylogeny_node.getNodeData().getReference(), LIT_REFERENCE );
 491         }
 492         // BinaryCharacters
 493         if ( phylogeny_node.getNodeData().isHasBinaryCharacters() ) {
 494             addBinaryCharacters( top, phylogeny_node.getNodeData().getBinaryCharacters(), BINARY_CHARACTERS );
 495         }
 496         // Properties
 497         if ( phylogeny_node.getNodeData().isHasProperties() ) {
 498             addProperties( top, phylogeny_node.getNodeData().getProperties(), PROP );
 499         }
 500     }
 501 }