forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Options.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.Font;
  29
  30 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
  31 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  32 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  33 import org.forester.util.ForesterUtil;
  34
  35 /*
  36  * This is to hold changeable options.
  37  */
  38 final public class Options {
  39
  40     static final double                 MIN_CONFIDENCE_DEFAULT = 0.0;
  41     private boolean                     _show_branch_length_values;
  42     private boolean                     _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
  43     private boolean                     _show_scale;
  44     private boolean                     _show_overview;
  45     private boolean                     _antialias_screen;
  46     private boolean                     _antialias_print;
  47     private boolean                     _graphics_export_visible_only;
  48     private int                         _print_size_x;
  49     private int                         _print_size_y;
  50     private double                      _min_confidence_value;
  51     private boolean                     _print_black_and_white;
  52     private boolean                     _print_using_actual_size;
  53     private boolean                     _graphics_export_using_actual_size;
  54     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE     _phylogeny_graphics_type;
  55     private CLADOGRAM_TYPE              _cladogram_type;
  56     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE     _ov_placement;
  57     private NODE_LABEL_DIRECTION        _node_label_direction;
  58     private Font                        _base_font;
  59     private boolean                     _match_whole_terms_only;
  60     private boolean                     _search_case_sensitive;
  61     private float                       _print_line_width;
  62     private boolean                     _inverse_search_result;
  63     private double                      _scale_bar_length;
  64     private short                       _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
  65     private short                       _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
  66     private boolean                     _nh_parsing_replace_underscores;
  67     private boolean                     _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
  68     private boolean                     _editable;
  69     private boolean                     _background_color_gradient;
  70     private boolean                     _show_domain_labels;
  71     private boolean                     _color_labels_same_as_parent_branch;
  72     private boolean                     _abbreviate_scientific_names;
  73     private NodeVisualization.NodeShape _default_node_shape;
  74     private NodeVisualization.NodeFill  _default_node_fill;
  75     private short                       _default_node_shape_size;
  76     private boolean                     _taxonomy_colorize_node_shapes;
  77     private boolean                     _show_default_node_shapes;
  78
  79     private Options() {
  80         init();
  81     }
  82
  83     final Font getBaseFont() {
  84         return _base_font;
  85     }
  86
  87     final CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
  88         return _cladogram_type;
  89     }
  90
  91     final NodeFill getDefaultNodeFill() {
  92         return _default_node_fill;
  93     }
  94
  95     final NodeShape getDefaultNodeShape() {
  96         return _default_node_shape;
  97     }
  98
  99     final short getDefaultNodeShapeSize() {
 100         return _default_node_shape_size;
 101     }
 102
 103     final double getMinConfidenceValue() {
 104         return _min_confidence_value;
 105     }
 106
 107     final NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 108         return _node_label_direction;
 109     }
 110
 111     final short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 112         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 113     }
 114
 115     final short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 116         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 117     }
 118
 119     final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 120         return _ov_placement;
 121     }
 122
 123     final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 124         return _phylogeny_graphics_type;
 125     }
 126
 127     final float getPrintLineWidth() {
 128         return _print_line_width;
 129     }
 130
 131     final int getPrintSizeX() {
 132         return _print_size_x;
 133     }
 134
 135     final int getPrintSizeY() {
 136         return _print_size_y;
 137     }
 138
 139     final double getScaleBarLength() {
 140         return _scale_bar_length;
 141     }
 142
 143     final private void init() {
 144         _default_node_shape = NodeShape.CIRCLE;
 145         _default_node_fill = NodeFill.GRADIENT;
 146         _default_node_shape_size = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 147         _taxonomy_colorize_node_shapes = false;
 148         _show_branch_length_values = false;
 149         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = false;
 150         _show_scale = false;
 151         _antialias_screen = true;
 152         _antialias_print = true;
 153         _graphics_export_visible_only = false;
 154         _editable = true;
 155         _background_color_gradient = false;
 156         _show_default_node_shapes = false;
 157         if ( Util.isUsOrCanada() ) {
 158             _print_size_x = Constants.US_LETTER_SIZE_X;
 159             _print_size_y = Constants.US_LETTER_SIZE_Y;
 160         }
 161         else {
 162             _print_size_x = Constants.A4_SIZE_X;
 163             _print_size_y = Constants.A4_SIZE_Y;
 164         }
 165         _min_confidence_value = MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 166         _print_black_and_white = false;
 167         _print_using_actual_size = false;
 168         _graphics_export_using_actual_size = true;
 169         _phylogeny_graphics_type = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 170         _base_font = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(), Font.PLAIN, 10 );
 171         _match_whole_terms_only = false;
 172         _search_case_sensitive = false;
 173         _print_line_width = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 174         _show_overview = true;
 175         _ov_placement = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 176         _node_label_direction = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 177         _inverse_search_result = false;
 178         _scale_bar_length = 0.0;
 179         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 180         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 181         _nh_parsing_replace_underscores = false;
 182         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes = false;
 183         _cladogram_type = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 184         _show_domain_labels = true;
 185         setAbbreviateScientificTaxonNames( false );
 186         _color_labels_same_as_parent_branch = false;
 187     }
 188
 189     final boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 190         return _abbreviate_scientific_names;
 191     }
 192
 193     boolean isAllowMagnificationOfTaxonomyImages() {
 194         return true;
 195     }
 196
 197     final boolean isAntialiasPrint() {
 198         return _antialias_print;
 199     }
 200
 201     final boolean isAntialiasScreen() {
 202         return _antialias_screen;
 203     }
 204
 205     final boolean isBackgroundColorGradient() {
 206         return _background_color_gradient;
 207     }
 208
 209     final boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 210         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 211     }
 212
 213     final boolean isEditable() {
 214         return _editable;
 215     }
 216
 217     final boolean isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() {
 218         return _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 219     }
 220
 221     final boolean isGraphicsExportUsingActualSize() {
 222         return _graphics_export_using_actual_size;
 223     }
 224
 225     final boolean isGraphicsExportVisibleOnly() {
 226         return _graphics_export_visible_only;
 227     }
 228
 229     final boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 230         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 231     }
 232
 233     final boolean isInverseSearchResult() {
 234         return _inverse_search_result;
 235     }
 236
 237     final boolean isMatchWholeTermsOnly() {
 238         return _match_whole_terms_only;
 239     }
 240
 241     final boolean isPrintBlackAndWhite() {
 242         return _print_black_and_white;
 243     }
 244
 245     final boolean isPrintUsingActualSize() {
 246         return _print_using_actual_size;
 247     }
 248
 249     final boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 250         return _nh_parsing_replace_underscores;
 251     }
 252
 253     final boolean isSearchCaseSensitive() {
 254         return _search_case_sensitive;
 255     }
 256
 257     final boolean isShowBranchLengthValues() {
 258         return _show_branch_length_values;
 259     }
 260
 261     public final boolean isShowDomainLabels() {
 262         return _show_domain_labels;
 263     }
 264
 265     final boolean isShowOverview() {
 266         return _show_overview;
 267     }
 268
 269     final boolean isShowScale() {
 270         return _show_scale;
 271     }
 272
 273     boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
 274         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
 275     }
 276
 277     final void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 278         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 279     }
 280
 281     final void setAntialiasPrint( final boolean antialias_print ) {
 282         _antialias_print = antialias_print;
 283     }
 284
 285     final void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 286         _antialias_screen = antialias_screen;
 287     }
 288
 289     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 290         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 291     }
 292
 293     final void setBaseFont( final Font base_font ) {
 294         _base_font = base_font;
 295     }
 296
 297     final void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 298         _cladogram_type = cladogram_type;
 299     }
 300
 301     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 302         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 303     }
 304
 305     final void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 306         _default_node_fill = default_node_fill;
 307     }
 308
 309     final void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 310         _default_node_shape = default_node_shape;
 311     }
 312
 313     final void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 314         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 315     }
 316
 317     final void setEditable( final boolean editable ) {
 318         _editable = editable;
 319     }
 320
 321     final void setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( final boolean nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes ) {
 322         _nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes = nh_parsing_extract_pfam_taxonomy_codes;
 323     }
 324
 325     final void setGraphicsExportUsingActualSize( final boolean graphics_export_using_actual_size ) {
 326         _graphics_export_using_actual_size = graphics_export_using_actual_size;
 327         if ( !graphics_export_using_actual_size ) {
 328             setGraphicsExportVisibleOnly( false );
 329         }
 330     }
 331
 332     final void setGraphicsExportVisibleOnly( final boolean graphics_export_visible_only ) {
 333         _graphics_export_visible_only = graphics_export_visible_only;
 334         if ( graphics_export_visible_only ) {
 335             setGraphicsExportUsingActualSize( true );
 336         }
 337     }
 338
 339     final void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 340         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 341     }
 342
 343     final void setInverseSearchResult( final boolean inverse_search_result ) {
 344         _inverse_search_result = inverse_search_result;
 345     }
 346
 347     final void setMatchWholeTermsOnly( final boolean search_whole_words_only ) {
 348         _match_whole_terms_only = search_whole_words_only;
 349     }
 350
 351     final void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 352         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 353     }
 354
 355     final void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 356         _node_label_direction = node_label_direction;
 357     }
 358
 359     final private void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLength( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 360         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 361     }
 362
 363     final private void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 364         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 365     }
 366
 367     final void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
 368         _ov_placement = ov_placement;
 369     }
 370
 371     final void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 372         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 373     }
 374
 375     final void setPrintBlackAndWhite( final boolean print_black_and_white ) {
 376         _print_black_and_white = print_black_and_white;
 377     }
 378
 379     final void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 380         _print_line_width = print_line_width;
 381     }
 382
 383     final void setPrintSizeX( final int print_size_x ) {
 384         _print_size_x = print_size_x;
 385     }
 386
 387     final void setPrintSizeY( final int print_size_y ) {
 388         _print_size_y = print_size_y;
 389     }
 390
 391     final void setPrintUsingActualSize( final boolean print_using_actual_size ) {
 392         _print_using_actual_size = print_using_actual_size;
 393     }
 394
 395     final void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 396         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 397     }
 398
 399     final void setScaleBarLength( final double scale_bar_length ) {
 400         _scale_bar_length = scale_bar_length;
 401     }
 402
 403     final void setSearchCaseSensitive( final boolean search_case_sensitive ) {
 404         _search_case_sensitive = search_case_sensitive;
 405     }
 406
 407     final void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
 408         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
 409     }
 410
 411     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 412         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 413     }
 414
 415     final void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
 416         _show_overview = show_overview;
 417     }
 418
 419     final void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 420         _show_scale = show_scale;
 421     }
 422
 423     void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
 424         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
 425     }
 426
 427     final static Options createDefaultInstance() {
 428         return new Options();
 429     }
 430
 431     boolean isShowDefaultNodeShapes() {
 432         return _show_default_node_shapes;
 433     }
 434
 435     void setShowDefaultNodeShapes( final boolean show_default_node_shapes ) {
 436         _show_default_node_shapes = show_default_node_shapes;
 437     }
 438
 439     public final static Options createInstance( final Configuration configuration ) {
 440         final Options instance = createDefaultInstance();
 441         if ( configuration != null ) {
 442             instance.setAntialiasScreen( configuration.isAntialiasScreen() );
 443             instance.setShowScale( configuration.isShowScale() );
 444             instance.setShowBranchLengthValues( configuration.isShowBranchLengthValues() );
 445             instance.setShowOverview( configuration.isShowOverview() );
 446             instance.setCladogramType( configuration.getCladogramType() );
 447             instance.setOvPlacement( configuration.getOvPlacement() );
 448             instance.setPrintLineWidth( configuration.getPrintLineWidth() );
 449             instance.setNodeLabelDirection( configuration.getNodeLabelDirection() );
 450             instance.setBackgroundColorGradient( configuration.isBackgroundColorGradient() );
 451             if ( configuration.getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() >= 0 ) {
 452                 instance.setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLength( configuration
 453                         .getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() );
 454             }
 455             if ( configuration.getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() >= 0 ) {
 456                 instance.setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( configuration
 457                         .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() );
 458             }
 459             instance.setExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing( configuration.isExtractPfamTaxonomyCodesInNhParsing() );
 460             instance.setReplaceUnderscoresInNhParsing( configuration.isReplaceUnderscoresInNhParsing() );
 461             instance.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( configuration
 462                     .isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() );
 463             instance.setEditable( configuration.isEditable() );
 464             instance.setColorLabelsSameAsParentBranch( configuration.isColorLabelsSameAsParentBranch() );
 465             instance.setShowDomainLabels( configuration.isShowDomainLabels() );
 466             instance.setAbbreviateScientificTaxonNames( configuration.isAbbreviateScientificTaxonNames() );
 467             if ( configuration.getMinConfidenceValue() != MIN_CONFIDENCE_DEFAULT ) {
 468                 instance.setMinConfidenceValue( configuration.getMinConfidenceValue() );
 469             }
 470             if ( configuration.getGraphicsExportX() > 0 ) {
 471                 instance.setPrintSizeX( configuration.getGraphicsExportX() );
 472             }
 473             if ( configuration.getGraphicsExportY() > 0 ) {
 474                 instance.setPrintSizeY( configuration.getGraphicsExportY() );
 475             }
 476             if ( configuration.getBaseFontSize() > 0 ) {
 477                 instance.setBaseFont( instance.getBaseFont().deriveFont( ( float ) configuration.getBaseFontSize() ) );
 478             }
 479             if ( !ForesterUtil.isEmpty( configuration.getBaseFontFamilyName() ) ) {
 480                 instance.setBaseFont( new Font( configuration.getBaseFontFamilyName(), Font.PLAIN, instance
 481                         .getBaseFont().getSize() ) );
 482             }
 483             if ( configuration.getPhylogenyGraphicsType() != null ) {
 484                 instance.setPhylogenyGraphicsType( configuration.getPhylogenyGraphicsType() );
 485             }
 486             if ( configuration.getDefaultNodeFill() != null ) {
 487                 instance.setDefaultNodeFill( configuration.getDefaultNodeFill() );
 488             }
 489             if ( configuration.getDefaultNodeShape() != null ) {
 490                 instance.setDefaultNodeShape( configuration.getDefaultNodeShape() );
 491             }
 492             if ( configuration.getDefaultNodeShapeSize() >= 0 ) {
 493                 instance.setDefaultNodeShapeSize( configuration.getDefaultNodeShapeSize() );
 494             }
 495             instance.setTaxonomyColorizeNodeShapes( configuration.isTaxonomyColorizeNodeShapes() );
 496             instance.setShowDefaultNodeShapes( configuration.isShowDefaultNodeShapes() );
 497         }
 498         return instance;
 499     }
 500
 501     static enum CLADOGRAM_TYPE {
 502         NON_LINED_UP, EXT_NODE_SUM_DEP, TOTAL_NODE_SUM_DEP;
 503     }
 504
 505     static enum NODE_LABEL_DIRECTION {
 506         HORIZONTAL, RADIAL;
 507     }
 508
 509     static enum OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE {
 510         UPPER_LEFT( "upper left" ),
 511         UPPER_RIGHT( "upper right" ),
 512         LOWER_LEFT( "lower left" ),
 513         LOWER_RIGHT( "lower right" );
 514
 515         private final String _name;
 516
 517         private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE( final String name ) {
 518             _name = name;
 519         }
 520
 521         @Override
 522         public String toString() {
 523             return _name;
 524         }
 525
 526         public String toTag() {
 527             return toString().replaceAll( " ", "_" );
 528         }
 529     }
 530
 531     static enum PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE {
 532         RECTANGULAR, TRIANGULAR, EURO_STYLE, ROUNDED, CONVEX, CURVED, UNROOTED, CIRCULAR;
 533     }
 534 }