forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Options.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.Font;
  29
  30 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  31 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  32 import org.forester.phylogeny.data.NodeData;
  33 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  34 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
  35 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
  36 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
  37 import org.forester.util.ForesterUtil;
  38
  39 /*
  40  * This is to hold changeable options.
  41  */
  42 final public class Options {
  43
  44     static final double                       MIN_CONFIDENCE_DEFAULT = 0.0;
  45     private boolean                           _color_by_taxonomic_group;
  46     private boolean                           _show_branch_length_values;
  47     private boolean                           _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
  48     private boolean                           _show_scale;
  49     private boolean                           _show_overview;
  50     private boolean                           _antialias_screen;
  51     private boolean                           _antialias_print;
  52     private boolean                           _graphics_export_visible_only;
  53     private int                               _print_size_x;
  54     private int                               _print_size_y;
  55     private double                            _min_confidence_value;
  56     private boolean                           _print_black_and_white;
  57     private boolean                           _print_using_actual_size;
  58     private boolean                           _graphics_export_using_actual_size;
  59     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE           _phylogeny_graphics_type;
  60     private CLADOGRAM_TYPE                    _cladogram_type;
  61     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE           _ov_placement;
  62     private NODE_LABEL_DIRECTION              _node_label_direction;
  63     private Font                              _base_font;
  64     private boolean                           _match_whole_terms_only;
  65     private boolean                           _search_case_sensitive;
  66     private float                             _print_line_width;
  67     private boolean                           _inverse_search_result;
  68     private double                            _scale_bar_length;
  69     private short                             _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
  70     private short                             _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
  71     private boolean                           _nh_parsing_replace_underscores;
  72     private TAXONOMY_EXTRACTION               _taxonomy_extraction;
  73     private boolean                           _editable;
  74     private boolean                           _background_color_gradient;
  75     private boolean                           _show_domain_labels;
  76     private boolean                           _show_annotation_ref_source;
  77     private boolean                           _color_labels_same_as_parent_branch;
  78     private boolean                           _abbreviate_scientific_names;
  79     private NodeVisualization.NodeShape       _default_node_shape;
  80     private NodeVisualization.NodeFill        _default_node_fill;
  81     private short                             _default_node_shape_size;
  82     private boolean                           _taxonomy_colorize_node_shapes;
  83     private boolean                           _show_default_node_shapes_internal;
  84     private boolean                           _show_default_node_shapes_external;
  85     private boolean                           _show_confidence_stddev;
  86     private NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE _nh_conversion_support_value_style;
  87     private NODE_DATA                         _ext_desc_data_to_return;
  88
  89     private Options() {
  90         init();
  91     }
  92
  93     public NodeData.NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
  94         return _ext_desc_data_to_return;
  95     }
  96
  97     public final boolean isShowDomainLabels() {
  98         return _show_domain_labels;
  99     }
 100
 101     public final boolean isShowAnnotationRefSource() {
 102         return _show_annotation_ref_source;
 103     }
 104
 105     public final void setShowAnnotationRefSource( final boolean show_annotation_ref_source ) {
 106         _show_annotation_ref_source = show_annotation_ref_source;
 107     }
 108
 109     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 110         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 111     }
 112
 113     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 114         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 115     }
 116
 117     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
 118         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 119     }
 120
 121     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 122         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 123     }
 124
 125     final Font getBaseFont() {
 126         return _base_font;
 127     }
 128
 129     final CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 130         return _cladogram_type;
 131     }
 132
 133     final NodeFill getDefaultNodeFill() {
 134         return _default_node_fill;
 135     }
 136
 137     final NodeShape getDefaultNodeShape() {
 138         return _default_node_shape;
 139     }
 140
 141     final short getDefaultNodeShapeSize() {
 142         return _default_node_shape_size;
 143     }
 144
 145     final double getMinConfidenceValue() {
 146         return _min_confidence_value;
 147     }
 148
 149     NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE getNhConversionSupportValueStyle() {
 150         return _nh_conversion_support_value_style;
 151     }
 152
 153     final NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 154         return _node_label_direction;
 155     }
 156
 157     final short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 158         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 159     }
 160
 161     final short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 162         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 163     }
 164
 165     final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 166         return _ov_placement;
 167     }
 168
 169     final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 170         return _phylogeny_graphics_type;
 171     }
 172
 173     final float getPrintLineWidth() {
 174         return _print_line_width;
 175     }
 176
 177     final int getPrintSizeX() {
 178         return _print_size_x;
 179     }
 180
 181     final int getPrintSizeY() {
 182         return _print_size_y;
 183     }
 184
 185     final double getScaleBarLength() {
 186         return _scale_bar_length;
 187     }
 188
 189     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 190         return _taxonomy_extraction;
 191     }
 192
 193     final boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 194         return _abbreviate_scientific_names;
 195     }
 196
 197     boolean isAllowMagnificationOfTaxonomyImages() {
 198         return true;
 199     }
 200
 201     final boolean isAntialiasPrint() {
 202         return _antialias_print;
 203     }
 204
 205     final boolean isAntialiasScreen() {
 206         return _antialias_screen;
 207     }
 208
 209     final boolean isBackgroundColorGradient() {
 210         return _background_color_gradient;
 211     }
 212
 213     final boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 214         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 215     }
 216
 217     final boolean isEditable() {
 218         return _editable;
 219     }
 220
 221     final boolean isGraphicsExportUsingActualSize() {
 222         return _graphics_export_using_actual_size;
 223     }
 224
 225     final boolean isGraphicsExportVisibleOnly() {
 226         return _graphics_export_visible_only;
 227     }
 228
 229     final boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 230         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 231     }
 232
 233     final boolean isInverseSearchResult() {
 234         return _inverse_search_result;
 235     }
 236
 237     final boolean isMatchWholeTermsOnly() {
 238         return _match_whole_terms_only;
 239     }
 240
 241     final boolean isPrintBlackAndWhite() {
 242         return _print_black_and_white;
 243     }
 244
 245     final boolean isPrintUsingActualSize() {
 246         return _print_using_actual_size;
 247     }
 248
 249     final boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 250         return _nh_parsing_replace_underscores;
 251     }
 252
 253     final boolean isSearchCaseSensitive() {
 254         return _search_case_sensitive;
 255     }
 256
 257     final boolean isShowBranchLengthValues() {
 258         return _show_branch_length_values;
 259     }
 260
 261     final boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 262         return _color_by_taxonomic_group;
 263     }
 264
 265
 266     boolean isShowConfidenceStddev() {
 267         return _show_confidence_stddev;
 268     }
 269
 270     boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 271         return _show_default_node_shapes_external;
 272     }
 273
 274     boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 275         return _show_default_node_shapes_internal;
 276     }
 277
 278     final boolean isShowOverview() {
 279         return _show_overview;
 280     }
 281
 282     final boolean isShowScale() {
 283         return _show_scale;
 284     }
 285
 286     boolean isTaxonomyColorizeNodeShapes() {
 287         return _taxonomy_colorize_node_shapes;
 288     }
 289
 290     final void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 291         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 292     }
 293
 294     final void setAntialiasPrint( final boolean antialias_print ) {
 295         _antialias_print = antialias_print;
 296     }
 297
 298     final void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 299         _antialias_screen = antialias_screen;
 300     }
 301
 302     final void setBaseFont( final Font base_font ) {
 303         _base_font = base_font;
 304     }
 305
 306     final void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 307         _cladogram_type = cladogram_type;
 308     }
 309
 310     final void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 311         _default_node_fill = default_node_fill;
 312     }
 313
 314     final void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 315         _default_node_shape = default_node_shape;
 316     }
 317
 318     final void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 319         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 320     }
 321
 322     final void setEditable( final boolean editable ) {
 323         _editable = editable;
 324     }
 325
 326     final void setGraphicsExportUsingActualSize( final boolean graphics_export_using_actual_size ) {
 327         _graphics_export_using_actual_size = graphics_export_using_actual_size;
 328         if ( !graphics_export_using_actual_size ) {
 329             setGraphicsExportVisibleOnly( false );
 330         }
 331     }
 332
 333     final void setGraphicsExportVisibleOnly( final boolean graphics_export_visible_only ) {
 334         _graphics_export_visible_only = graphics_export_visible_only;
 335         if ( graphics_export_visible_only ) {
 336             setGraphicsExportUsingActualSize( true );
 337         }
 338     }
 339
 340     final void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 341         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 342     }
 343
 344     final void setInverseSearchResult( final boolean inverse_search_result ) {
 345         _inverse_search_result = inverse_search_result;
 346     }
 347
 348     final void setMatchWholeTermsOnly( final boolean search_whole_words_only ) {
 349         _match_whole_terms_only = search_whole_words_only;
 350     }
 351
 352     final void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 353         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 354     }
 355
 356     void setNhConversionSupportValueStyle( final NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE nh_conversion_support_value_style ) {
 357         _nh_conversion_support_value_style = nh_conversion_support_value_style;
 358     }
 359
 360     final void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 361         _node_label_direction = node_label_direction;
 362     }
 363
 364     final void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
 365         _ov_placement = ov_placement;
 366     }
 367
 368     final void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 369         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 370     }
 371
 372     final void setPrintBlackAndWhite( final boolean print_black_and_white ) {
 373         _print_black_and_white = print_black_and_white;
 374     }
 375
 376     final void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 377         _print_line_width = print_line_width;
 378     }
 379
 380     final void setPrintSizeX( final int print_size_x ) {
 381         _print_size_x = print_size_x;
 382     }
 383
 384     final void setPrintSizeY( final int print_size_y ) {
 385         _print_size_y = print_size_y;
 386     }
 387
 388     final void setPrintUsingActualSize( final boolean print_using_actual_size ) {
 389         _print_using_actual_size = print_using_actual_size;
 390     }
 391
 392     final void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 393         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 394     }
 395
 396     final void setScaleBarLength( final double scale_bar_length ) {
 397         _scale_bar_length = scale_bar_length;
 398     }
 399
 400     final void setSearchCaseSensitive( final boolean search_case_sensitive ) {
 401         _search_case_sensitive = search_case_sensitive;
 402     }
 403
 404     final void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
 405         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
 406     }
 407
 408     final void setColorByTaxonomicGroup( final boolean color_by_taxonomic_group ) {
 409         _color_by_taxonomic_group = color_by_taxonomic_group;
 410     }
 411
 412     void setShowConfidenceStddev( final boolean show_confidence_stddev ) {
 413         _show_confidence_stddev = show_confidence_stddev;
 414     }
 415
 416     void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 417         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 418     }
 419
 420     void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 421         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 422     }
 423
 424     final void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
 425         _show_overview = show_overview;
 426     }
 427
 428     final void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 429         _show_scale = show_scale;
 430     }
 431
 432     void setTaxonomyColorizeNodeShapes( final boolean taxonomy_colorize_node_shapes ) {
 433         _taxonomy_colorize_node_shapes = taxonomy_colorize_node_shapes;
 434     }
 435
 436     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 437         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 438     }
 439
 440     final private void init() {
 441         _default_node_shape = NodeShape.CIRCLE;
 442         _default_node_fill = NodeFill.GRADIENT;
 443         _default_node_shape_size = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 444         _taxonomy_colorize_node_shapes = false;
 445         _show_branch_length_values = false;
 446         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = false;
 447         _show_scale = false;
 448         _antialias_screen = false;
 449         _antialias_print = true;
 450         _graphics_export_visible_only = false;
 451         _editable = true;
 452         _background_color_gradient = false;
 453         _show_default_node_shapes_internal = false;
 454         _show_default_node_shapes_external = false;
 455         if ( AptxUtil.isUsOrCanada() ) {
 456             _print_size_x = Constants.US_LETTER_SIZE_X;
 457             _print_size_y = Constants.US_LETTER_SIZE_Y;
 458         }
 459         else {
 460             _print_size_x = Constants.A4_SIZE_X;
 461             _print_size_y = Constants.A4_SIZE_Y;
 462         }
 463         _min_confidence_value = MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 464         _print_black_and_white = false;
 465         _print_using_actual_size = false;
 466         _graphics_export_using_actual_size = true;
 467         _phylogeny_graphics_type = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 468         _base_font = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(), Font.PLAIN, 10 );
 469         _match_whole_terms_only = false;
 470         _search_case_sensitive = false;
 471         _print_line_width = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 472         _show_overview = true;
 473         _ov_placement = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 474         _node_label_direction = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 475         _inverse_search_result = false;
 476         _scale_bar_length = 0.0;
 477         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 478         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 479         _nh_parsing_replace_underscores = false;
 480         _taxonomy_extraction = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 481         _cladogram_type = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 482         _show_domain_labels = true;
 483         _show_annotation_ref_source = true;
 484         setAbbreviateScientificTaxonNames( false );
 485         _color_labels_same_as_parent_branch = false;
 486         _show_confidence_stddev = true;
 487         _nh_conversion_support_value_style = NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE;
 488         _ext_desc_data_to_return = NODE_DATA.UNKNOWN;
 489     }
 490
 491     final private void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLength( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 492         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 493     }
 494
 495     final private void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 496         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 497     }
 498
 499     public final static Options createInstance( final Configuration configuration ) {
 500         final Options instance = createDefaultInstance();
 501         if ( configuration != null ) {
 502             instance.setAntialiasScreen( configuration.isAntialiasScreen() );
 503             instance.setShowScale( configuration.isShowScale() );
 504             instance.setShowBranchLengthValues( configuration.isShowBranchLengthValues() );
 505             instance.setShowOverview( configuration.isShowOverview() );
 506             instance.setColorByTaxonomicGroup( configuration.isColorByTaxonomicGroup() );
 507             instance.setCladogramType( configuration.getCladogramType() );
 508             instance.setOvPlacement( configuration.getOvPlacement() );
 509             instance.setPrintLineWidth( configuration.getPrintLineWidth() );
 510             instance.setNodeLabelDirection( configuration.getNodeLabelDirection() );
 511             instance.setBackgroundColorGradient( configuration.isBackgroundColorGradient() );
 512             if ( configuration.getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() >= 0 ) {
 513                 instance.setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLength( configuration
 514                         .getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() );
 515             }
 516             if ( configuration.getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() >= 0 ) {
 517                 instance.setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( configuration
 518                         .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() );
 519             }
 520             instance.setTaxonomyExtraction( configuration.getTaxonomyExtraction() );
 521             instance.setReplaceUnderscoresInNhParsing( configuration.isReplaceUnderscoresInNhParsing() );
 522             instance.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( configuration
 523                     .isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() );
 524             instance.setEditable( configuration.isEditable() );
 525             instance.setColorLabelsSameAsParentBranch( configuration.isColorLabelsSameAsParentBranch() );
 526             instance.setShowDomainLabels( configuration.isShowDomainLabels() );
 527             instance.setShowAnnotationRefSource( configuration.isShowAnnotationRefSource() );
 528             instance.setAbbreviateScientificTaxonNames( configuration.isAbbreviateScientificTaxonNames() );
 529             if ( configuration.getMinConfidenceValue() != MIN_CONFIDENCE_DEFAULT ) {
 530                 instance.setMinConfidenceValue( configuration.getMinConfidenceValue() );
 531             }
 532             if ( configuration.getGraphicsExportX() > 0 ) {
 533                 instance.setPrintSizeX( configuration.getGraphicsExportX() );
 534             }
 535             if ( configuration.getGraphicsExportY() > 0 ) {
 536                 instance.setPrintSizeY( configuration.getGraphicsExportY() );
 537             }
 538             if ( configuration.getBaseFontSize() > 0 ) {
 539                 instance.setBaseFont( instance.getBaseFont().deriveFont( ( float ) configuration.getBaseFontSize() ) );
 540             }
 541             if ( !ForesterUtil.isEmpty( configuration.getBaseFontFamilyName() ) ) {
 542                 instance.setBaseFont( new Font( configuration.getBaseFontFamilyName(), Font.PLAIN, instance
 543                         .getBaseFont().getSize() ) );
 544             }
 545             if ( configuration.getPhylogenyGraphicsType() != null ) {
 546                 instance.setPhylogenyGraphicsType( configuration.getPhylogenyGraphicsType() );
 547             }
 548             if ( configuration.getDefaultNodeFill() != null ) {
 549                 instance.setDefaultNodeFill( configuration.getDefaultNodeFill() );
 550             }
 551             if ( configuration.getDefaultNodeShape() != null ) {
 552                 instance.setDefaultNodeShape( configuration.getDefaultNodeShape() );
 553             }
 554             if ( configuration.getDefaultNodeShapeSize() >= 0 ) {
 555                 instance.setDefaultNodeShapeSize( configuration.getDefaultNodeShapeSize() );
 556             }
 557             instance.setTaxonomyColorizeNodeShapes( configuration.isTaxonomyColorizeNodeShapes() );
 558             instance.setShowDefaultNodeShapesInternal( configuration.isShowDefaultNodeShapesInternal() );
 559             instance.setShowDefaultNodeShapesExternal( configuration.isShowDefaultNodeShapesExternal() );
 560             if ( configuration.getExtDescNodeDataToReturn() != null ) {
 561                 instance.setExtDescNodeDataToReturn( configuration.getExtDescNodeDataToReturn() );
 562             }
 563         }
 564         return instance;
 565     }
 566
 567     final static Options createDefaultInstance() {
 568         return new Options();
 569     }
 570
 571     public static enum CLADOGRAM_TYPE {
 572         NON_LINED_UP, EXT_NODE_SUM_DEP, TOTAL_NODE_SUM_DEP;
 573     }
 574
 575     public static enum NODE_LABEL_DIRECTION {
 576         HORIZONTAL, RADIAL;
 577     }
 578
 579     public static enum PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE {
 580         RECTANGULAR, TRIANGULAR, EURO_STYLE, ROUNDED, CONVEX, CURVED, UNROOTED, CIRCULAR;
 581     }
 582
 583     static enum OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE {
 584         UPPER_LEFT( "upper left" ),
 585         UPPER_RIGHT( "upper right" ),
 586         LOWER_LEFT( "lower left" ),
 587         LOWER_RIGHT( "lower right" );
 588
 589         private final String _name;
 590
 591         private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE( final String name ) {
 592             _name = name;
 593         }
 594
 595         @Override
 596         public String toString() {
 597             return _name;
 598         }
 599
 600         public String toTag() {
 601             return toString().replaceAll( " ", "_" );
 602         }
 603     }
 604
 605     public boolean isAllowFontSizeChange() {
 606         return true;
 607     }
 608 }