forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Options.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.Font;
  29
  30 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  31 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  32 import org.forester.phylogeny.data.NodeDataField;
  33 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  34 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  35 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  36 import org.forester.util.ForesterUtil;
  37
  38 /*
  39  * This is to hold changeable options.
  40  */
  41 final public class Options {
  42
  43     static final double                       MIN_CONFIDENCE_DEFAULT = 0.0;
  44     private boolean                           _abbreviate_scientific_names;
  45     private boolean                           _allow_errors_in_distance_to_parent;
  46     private boolean                           _antialias_print;
  47     private boolean                           _antialias_screen;
  48     private boolean                           _background_color_gradient;
  49     private Font                              _base_font;
  50     private CLADOGRAM_TYPE                    _cladogram_type;
  51     private boolean                           _color_by_taxonomic_group;
  52     private boolean                           _color_labels_same_as_parent_branch;
  53     private NodeVisualData.NodeFill           _default_node_fill;
  54     private NodeVisualData.NodeShape          _default_node_shape;
  55     private short                             _default_node_shape_size;
  56     private boolean                           _editable;
  57     private NodeDataField                         _ext_desc_data_to_return;
  58     private boolean                           _graphics_export_using_actual_size;
  59     private boolean                           _graphics_export_visible_only;
  60     private boolean                           _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
  61     private boolean                           _inverse_search_result;
  62     private boolean                           _match_whole_terms_only;
  63     private boolean                           _search_with_regex;
  64     private double                            _min_confidence_value;
  65     private NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE _nh_conversion_support_value_style;
  66     private boolean                           _nh_parsing_replace_underscores;
  67     private NODE_LABEL_DIRECTION              _node_label_direction;
  68     private short                             _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
  69     private short                             _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
  70     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE           _ov_placement;
  71     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE           _phylogeny_graphics_type;
  72     private boolean                           _print_black_and_white;
  73     private float                             _print_line_width;
  74     private int                               _print_size_x;
  75     private int                               _print_size_y;
  76     private boolean                           _print_using_actual_size;
  77     private double                            _scale_bar_length;
  78     private boolean                           _search_case_sensitive;
  79     private boolean                           _show_annotation_ref_source;
  80     private boolean                           _show_confidence_stddev;
  81     private boolean                           _show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
  82     private boolean                           _show_default_node_shapes_external;
  83     private boolean                           _show_default_node_shapes_internal;
  84     private boolean                           _show_domain_labels;
  85     private boolean                           _show_overview;
  86     private boolean                           _show_scale;
  87     private TAXONOMY_EXTRACTION               _taxonomy_extraction;
  88     private boolean                           _line_up_renderable_node_data;
  89     private boolean                           _right_align_domains;
  90
  91     private Options() {
  92         init();
  93     }
  94
  95     public NodeDataField getExtDescNodeDataToReturn() {
  96         return _ext_desc_data_to_return;
  97     }
  98
  99     public boolean isAllowErrorsInDistanceToParent() {
 100         return _allow_errors_in_distance_to_parent;
 101     }
 102
 103     public final boolean isShowAnnotationRefSource() {
 104         return _show_annotation_ref_source;
 105     }
 106
 107     public final boolean isShowDomainLabels() {
 108         return _show_domain_labels;
 109     }
 110
 111     public final void setAllowErrorsInDistanceToParent( final boolean allow_errors_in_distance_to_parent ) {
 112         _allow_errors_in_distance_to_parent = allow_errors_in_distance_to_parent;
 113     }
 114
 115     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 116         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 117     }
 118
 119     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 120         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 121     }
 122
 123     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NodeDataField ext_desc_data_to_return ) {
 124         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 125     }
 126
 127     public final void setShowAnnotationRefSource( final boolean show_annotation_ref_source ) {
 128         _show_annotation_ref_source = show_annotation_ref_source;
 129     }
 130
 131     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 132         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 133     }
 134
 135     final Font getBaseFont() {
 136         return _base_font;
 137     }
 138
 139     final CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 140         return _cladogram_type;
 141     }
 142
 143     final NodeFill getDefaultNodeFill() {
 144         return _default_node_fill;
 145     }
 146
 147     final NodeShape getDefaultNodeShape() {
 148         return _default_node_shape;
 149     }
 150
 151     final short getDefaultNodeShapeSize() {
 152         return _default_node_shape_size;
 153     }
 154
 155     final double getMinConfidenceValue() {
 156         return _min_confidence_value;
 157     }
 158
 159     NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE getNhConversionSupportValueStyle() {
 160         return _nh_conversion_support_value_style;
 161     }
 162
 163     final NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 164         return _node_label_direction;
 165     }
 166
 167     final short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 168         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 169     }
 170
 171     final short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 172         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 173     }
 174
 175     final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 176         return _ov_placement;
 177     }
 178
 179     final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 180         return _phylogeny_graphics_type;
 181     }
 182
 183     final float getPrintLineWidth() {
 184         return _print_line_width;
 185     }
 186
 187     final int getPrintSizeX() {
 188         return _print_size_x;
 189     }
 190
 191     final int getPrintSizeY() {
 192         return _print_size_y;
 193     }
 194
 195     final double getScaleBarLength() {
 196         return _scale_bar_length;
 197     }
 198
 199     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 200         return _taxonomy_extraction;
 201     }
 202
 203     final boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 204         return _abbreviate_scientific_names;
 205     }
 206
 207     boolean isAllowMagnificationOfTaxonomyImages() {
 208         return true;
 209     }
 210
 211     final boolean isAntialiasPrint() {
 212         return _antialias_print;
 213     }
 214
 215     final boolean isAntialiasScreen() {
 216         return _antialias_screen;
 217     }
 218
 219     final boolean isBackgroundColorGradient() {
 220         return _background_color_gradient;
 221     }
 222
 223     final boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 224         return _color_by_taxonomic_group;
 225     }
 226
 227     final boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 228         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 229     }
 230
 231     final boolean isEditable() {
 232         return _editable;
 233     }
 234
 235     final boolean isGraphicsExportUsingActualSize() {
 236         return _graphics_export_using_actual_size;
 237     }
 238
 239     final boolean isGraphicsExportVisibleOnly() {
 240         return _graphics_export_visible_only;
 241     }
 242
 243     final boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 244         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 245     }
 246
 247     final boolean isInverseSearchResult() {
 248         return _inverse_search_result;
 249     }
 250
 251     final boolean isMatchWholeTermsOnly() {
 252         return _match_whole_terms_only;
 253     }
 254
 255     final boolean isSearchWithRegex() {
 256         return _search_with_regex;
 257     }
 258
 259     final boolean isPrintBlackAndWhite() {
 260         return _print_black_and_white;
 261     }
 262
 263     final boolean isPrintUsingActualSize() {
 264         return _print_using_actual_size;
 265     }
 266
 267     final boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 268         return _nh_parsing_replace_underscores;
 269     }
 270
 271     final boolean isSearchCaseSensitive() {
 272         return _search_case_sensitive;
 273     }
 274
 275     boolean isShowConfidenceStddev() {
 276         return _show_confidence_stddev;
 277     }
 278
 279     boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 280         return _show_default_node_shapes_external;
 281     }
 282
 283     boolean isShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes() {
 284         return _show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
 285     }
 286
 287     boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 288         return _show_default_node_shapes_internal;
 289     }
 290
 291     final boolean isShowOverview() {
 292         return _show_overview;
 293     }
 294
 295     final boolean isShowScale() {
 296         return _show_scale;
 297     }
 298
 299     final void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 300         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 301     }
 302
 303     final void setAntialiasPrint( final boolean antialias_print ) {
 304         _antialias_print = antialias_print;
 305     }
 306
 307     final void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 308         _antialias_screen = antialias_screen;
 309     }
 310
 311     final void setBaseFont( final Font base_font ) {
 312         _base_font = base_font;
 313     }
 314
 315     final void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 316         _cladogram_type = cladogram_type;
 317     }
 318
 319     final void setColorByTaxonomicGroup( final boolean color_by_taxonomic_group ) {
 320         _color_by_taxonomic_group = color_by_taxonomic_group;
 321     }
 322
 323     final void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 324         _default_node_fill = default_node_fill;
 325     }
 326
 327     final void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 328         _default_node_shape = default_node_shape;
 329     }
 330
 331     final void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 332         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 333     }
 334
 335     final void setEditable( final boolean editable ) {
 336         _editable = editable;
 337     }
 338
 339     final void setGraphicsExportUsingActualSize( final boolean graphics_export_using_actual_size ) {
 340         _graphics_export_using_actual_size = graphics_export_using_actual_size;
 341         if ( !graphics_export_using_actual_size ) {
 342             setGraphicsExportVisibleOnly( false );
 343         }
 344     }
 345
 346     final void setGraphicsExportVisibleOnly( final boolean graphics_export_visible_only ) {
 347         _graphics_export_visible_only = graphics_export_visible_only;
 348         if ( graphics_export_visible_only ) {
 349             setGraphicsExportUsingActualSize( true );
 350         }
 351     }
 352
 353     final void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 354         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 355     }
 356
 357     final void setInverseSearchResult( final boolean inverse_search_result ) {
 358         _inverse_search_result = inverse_search_result;
 359     }
 360
 361     final void setMatchWholeTermsOnly( final boolean search_whole_words_only ) {
 362         _match_whole_terms_only = search_whole_words_only;
 363     }
 364
 365     final void setSearchWithRegex( final boolean search_with_regex ) {
 366         _search_with_regex = search_with_regex;
 367     }
 368
 369     final void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 370         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 371     }
 372
 373     void setNhConversionSupportValueStyle( final NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE nh_conversion_support_value_style ) {
 374         _nh_conversion_support_value_style = nh_conversion_support_value_style;
 375     }
 376
 377     final void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 378         _node_label_direction = node_label_direction;
 379     }
 380
 381     final void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
 382         _ov_placement = ov_placement;
 383     }
 384
 385     final void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 386         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 387     }
 388
 389     final void setPrintBlackAndWhite( final boolean print_black_and_white ) {
 390         _print_black_and_white = print_black_and_white;
 391     }
 392
 393     final void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 394         _print_line_width = print_line_width;
 395     }
 396
 397     final void setPrintSizeX( final int print_size_x ) {
 398         _print_size_x = print_size_x;
 399     }
 400
 401     final void setPrintSizeY( final int print_size_y ) {
 402         _print_size_y = print_size_y;
 403     }
 404
 405     final void setPrintUsingActualSize( final boolean print_using_actual_size ) {
 406         _print_using_actual_size = print_using_actual_size;
 407     }
 408
 409     final void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 410         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 411     }
 412
 413     final void setScaleBarLength( final double scale_bar_length ) {
 414         _scale_bar_length = scale_bar_length;
 415     }
 416
 417     final void setSearchCaseSensitive( final boolean search_case_sensitive ) {
 418         _search_case_sensitive = search_case_sensitive;
 419     }
 420
 421     void setShowConfidenceStddev( final boolean show_confidence_stddev ) {
 422         _show_confidence_stddev = show_confidence_stddev;
 423     }
 424
 425     void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 426         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 427     }
 428
 429     void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 430         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 431     }
 432
 433     void setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( final boolean show_default_node_shapes_for_marked_nodes ) {
 434         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes = show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
 435     }
 436
 437     final void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
 438         _show_overview = show_overview;
 439     }
 440
 441     final void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 442         _show_scale = show_scale;
 443     }
 444
 445     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 446         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 447     }
 448
 449     final private void init() {
 450         _default_node_shape = NodeShape.CIRCLE;
 451         _default_node_fill = NodeFill.GRADIENT;
 452         _default_node_shape_size = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 453         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = false;
 454         _show_scale = false;
 455         _antialias_screen = true;
 456         _antialias_print = true;
 457         _graphics_export_visible_only = false;
 458         _editable = true;
 459         _background_color_gradient = false;
 460         _show_default_node_shapes_internal = false;
 461         _show_default_node_shapes_external = false;
 462         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes = false;
 463         if ( AptxUtil.isUsOrCanada() ) {
 464             _print_size_x = Constants.US_LETTER_SIZE_X;
 465             _print_size_y = Constants.US_LETTER_SIZE_Y;
 466         }
 467         else {
 468             _print_size_x = Constants.A4_SIZE_X;
 469             _print_size_y = Constants.A4_SIZE_Y;
 470         }
 471         _min_confidence_value = MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 472         _print_black_and_white = false;
 473         _print_using_actual_size = true;
 474         _graphics_export_using_actual_size = true;
 475         _phylogeny_graphics_type = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 476         _base_font = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(), Font.PLAIN, 10 );
 477         _match_whole_terms_only = false;
 478         _search_with_regex = false;
 479         _search_case_sensitive = false;
 480         _print_line_width = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 481         _show_overview = true;
 482         _ov_placement = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 483         _node_label_direction = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 484         _inverse_search_result = false;
 485         _scale_bar_length = 0.0;
 486         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 487         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 488         _nh_parsing_replace_underscores = false;
 489         _taxonomy_extraction = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 490         _cladogram_type = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 491         _show_domain_labels = true;
 492         _show_annotation_ref_source = true;
 493         setAbbreviateScientificTaxonNames( false );
 494         _color_labels_same_as_parent_branch = false;
 495         _show_confidence_stddev = false;
 496         _nh_conversion_support_value_style = NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE;
 497         _ext_desc_data_to_return = NodeDataField.UNKNOWN;
 498         _line_up_renderable_node_data = true;
 499         _right_align_domains = false;
 500     }
 501
 502     final private void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLength( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 503         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 504     }
 505
 506     final private void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 507         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 508     }
 509
 510     public final static Options createInstance( final Configuration configuration ) {
 511         final Options instance = createDefaultInstance();
 512         if ( configuration != null ) {
 513             instance.setAntialiasScreen( configuration.isAntialiasScreen() );
 514             instance.setShowScale( configuration.isShowScale() );
 515             instance.setShowOverview( configuration.isShowOverview() );
 516             instance.setColorByTaxonomicGroup( configuration.isColorByTaxonomicGroup() );
 517             instance.setCladogramType( configuration.getCladogramType() );
 518             instance.setOvPlacement( configuration.getOvPlacement() );
 519             instance.setPrintLineWidth( configuration.getPrintLineWidth() );
 520             instance.setNodeLabelDirection( configuration.getNodeLabelDirection() );
 521             instance.setBackgroundColorGradient( configuration.isBackgroundColorGradient() );
 522             if ( configuration.getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() >= 0 ) {
 523                 instance.setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLength( configuration
 524                         .getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() );
 525             }
 526             if ( configuration.getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() >= 0 ) {
 527                 instance.setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( configuration
 528                         .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() );
 529             }
 530             instance.setTaxonomyExtraction( configuration.getTaxonomyExtraction() );
 531             instance.setReplaceUnderscoresInNhParsing( configuration.isReplaceUnderscoresInNhParsing() );
 532             instance.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( configuration
 533                     .isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() );
 534             instance.setEditable( configuration.isEditable() );
 535             instance.setColorLabelsSameAsParentBranch( configuration.isColorLabelsSameAsParentBranch() );
 536             instance.setShowDomainLabels( configuration.isShowDomainLabels() );
 537             instance.setShowAnnotationRefSource( configuration.isShowAnnotationRefSource() );
 538             instance.setAbbreviateScientificTaxonNames( configuration.isAbbreviateScientificTaxonNames() );
 539             if ( configuration.getMinConfidenceValue() != MIN_CONFIDENCE_DEFAULT ) {
 540                 instance.setMinConfidenceValue( configuration.getMinConfidenceValue() );
 541             }
 542             if ( configuration.getGraphicsExportX() > 0 ) {
 543                 instance.setPrintSizeX( configuration.getGraphicsExportX() );
 544             }
 545             if ( configuration.getGraphicsExportY() > 0 ) {
 546                 instance.setPrintSizeY( configuration.getGraphicsExportY() );
 547             }
 548             if ( configuration.getBaseFontSize() > 0 ) {
 549                 instance.setBaseFont( instance.getBaseFont().deriveFont( ( float ) configuration.getBaseFontSize() ) );
 550             }
 551             if ( !ForesterUtil.isEmpty( configuration.getBaseFontFamilyName() ) ) {
 552                 instance.setBaseFont( new Font( configuration.getBaseFontFamilyName(), Font.PLAIN, instance
 553                         .getBaseFont().getSize() ) );
 554             }
 555             if ( configuration.getPhylogenyGraphicsType() != null ) {
 556                 instance.setPhylogenyGraphicsType( configuration.getPhylogenyGraphicsType() );
 557             }
 558             if ( configuration.getDefaultNodeFill() != null ) {
 559                 instance.setDefaultNodeFill( configuration.getDefaultNodeFill() );
 560             }
 561             if ( configuration.getDefaultNodeShape() != null ) {
 562                 instance.setDefaultNodeShape( configuration.getDefaultNodeShape() );
 563             }
 564             if ( configuration.getDefaultNodeShapeSize() >= 0 ) {
 565                 instance.setDefaultNodeShapeSize( configuration.getDefaultNodeShapeSize() );
 566             }
 567             instance.setShowDefaultNodeShapesInternal( configuration.isShowDefaultNodeShapesInternal() );
 568             instance.setShowDefaultNodeShapesExternal( configuration.isShowDefaultNodeShapesExternal() );
 569             instance.setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( configuration.isShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes() );
 570             if ( configuration.getExtDescNodeDataToReturn() != null ) {
 571                 instance.setExtDescNodeDataToReturn( configuration.getExtDescNodeDataToReturn() );
 572             }
 573             instance.setRightLineUpDomains( configuration.isRightLineUpDomains() );
 574             instance.setLineUpRendarableNodeData( configuration.isLineUpRendarableNodeData() );
 575             instance.setAllowErrorsInDistanceToParent( false );
 576         }
 577         return instance;
 578     }
 579
 580     final static Options createDefaultInstance() {
 581         return new Options();
 582     }
 583
 584     public static enum CLADOGRAM_TYPE {
 585         EXT_NODE_SUM_DEP, NON_LINED_UP, TOTAL_NODE_SUM_DEP;
 586     }
 587
 588     public static enum NODE_LABEL_DIRECTION {
 589         HORIZONTAL, RADIAL;
 590     }
 591
 592     public static enum PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE {
 593         CIRCULAR, CONVEX, CURVED, EURO_STYLE, RECTANGULAR, ROUNDED, TRIANGULAR, UNROOTED;
 594     }
 595
 596     static enum OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE {
 597         LOWER_LEFT( "lower left" ),
 598         LOWER_RIGHT( "lower right" ),
 599         UPPER_LEFT( "upper left" ),
 600         UPPER_RIGHT( "upper right" );
 601
 602         private final String _name;
 603
 604         private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE( final String name ) {
 605             _name = name;
 606         }
 607
 608         @Override
 609         public String toString() {
 610             return _name;
 611         }
 612
 613         public String toTag() {
 614             return toString().replaceAll( " ", "_" );
 615         }
 616     }
 617
 618     final public boolean isLineUpRendarableNodeData() {
 619         return _line_up_renderable_node_data;
 620     }
 621
 622     final public boolean isRightLineUpDomains() {
 623         return _right_align_domains;
 624     }
 625
 626     final public void setLineUpRendarableNodeData( final boolean line_up_renderable_node_data ) {
 627         _line_up_renderable_node_data = line_up_renderable_node_data;
 628     }
 629
 630     final public void setRightLineUpDomains( final boolean right_align_domains ) {
 631         _right_align_domains = right_align_domains;
 632     }
 633 }