forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Options.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.Font;
  29
  30 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  31 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  32 import org.forester.phylogeny.data.NodeDataField;
  33 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  34 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  35 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  36 import org.forester.util.ForesterUtil;
  37
  38 /*
  39  * This is to hold changeable options.
  40  */
  41 final public class Options {
  42
  43     public static enum CLADOGRAM_TYPE {
  44         EXT_NODE_SUM_DEP, NON_LINED_UP, TOTAL_NODE_SUM_DEP;
  45     }
  46
  47     public static enum NODE_LABEL_DIRECTION {
  48         HORIZONTAL, RADIAL;
  49     }
  50
  51     public static enum PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE {
  52         CIRCULAR, CONVEX, CURVED, EURO_STYLE, RECTANGULAR, ROUNDED, TRIANGULAR, UNROOTED;
  53     }
  54
  55     static enum OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE {
  56         LOWER_LEFT( "lower left" ),
  57         LOWER_RIGHT( "lower right" ),
  58         UPPER_LEFT( "upper left" ),
  59         UPPER_RIGHT( "upper right" );
  60
  61         private final String _name;
  62
  63         private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE( final String name ) {
  64             _name = name;
  65         }
  66
  67         @Override
  68         public String toString() {
  69             return _name;
  70         }
  71
  72         public String toTag() {
  73             return toString().replaceAll( " ", "_" );
  74         }
  75     }
  76     static final double                       MIN_CONFIDENCE_DEFAULT = 0.0;
  77     private boolean                           _abbreviate_scientific_names;
  78     private boolean                           _allow_errors_in_distance_to_parent;
  79     private boolean                           _antialias_print;
  80     private boolean                           _antialias_screen;
  81     private boolean                           _background_color_gradient;
  82     private Font                              _base_font;
  83     private CLADOGRAM_TYPE                    _cladogram_type;
  84     private boolean                           _color_by_taxonomic_group;
  85     private boolean                           _color_labels_same_as_parent_branch;
  86     private NodeVisualData.NodeFill           _default_node_fill;
  87     private NodeVisualData.NodeShape          _default_node_shape;
  88     private short                             _default_node_shape_size;
  89     private boolean                           _editable;
  90     private NodeDataField                     _ext_desc_data_to_return;
  91     private final boolean                     _graphics_export_using_actual_size = true;
  92     private boolean                           _graphics_export_visible_only;
  93     private boolean                           _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
  94     private boolean                           _inverse_search_result;
  95     private boolean                           _match_whole_terms_only;
  96     private boolean                           _search_with_regex;
  97     private double                            _min_confidence_value;
  98     private NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE _nh_conversion_support_value_style;
  99     private boolean                           _nh_parsing_replace_underscores;
 100     private NODE_LABEL_DIRECTION              _node_label_direction;
 101     private short                             _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 102     private short                             _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 103     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE           _ov_placement;
 104     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE           _phylogeny_graphics_type;
 105     private boolean                           _print_black_and_white;
 106     private float                             _print_line_width;
 107     private final boolean                     _print_using_actual_size = true;
 108     private double                            _scale_bar_length;
 109     private boolean                           _search_case_sensitive;
 110     private boolean                           _show_annotation_ref_source;
 111     private boolean                           _show_confidence_stddev;
 112     private boolean                           _show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
 113     private boolean                           _show_default_node_shapes_external;
 114     private boolean                           _show_default_node_shapes_internal;
 115     private boolean                           _show_domain_labels;
 116     private boolean                           _show_overview;
 117     private boolean                           _show_scale;
 118     private TAXONOMY_EXTRACTION               _taxonomy_extraction;
 119     private boolean                           _line_up_renderable_node_data;
 120     private boolean                           _right_align_domains;
 121     private boolean                           _color_all_found_nodes_when_coloring_subtree;
 122     private boolean                           _parse_beast_style_extended_nexus_tags;
 123
 124     private Options() {
 125         init();
 126     }
 127
 128     public NodeDataField getExtDescNodeDataToReturn() {
 129         return _ext_desc_data_to_return;
 130     }
 131
 132     public boolean isAllowErrorsInDistanceToParent() {
 133         return _allow_errors_in_distance_to_parent;
 134     }
 135
 136     final public boolean isLineUpRendarableNodeData() {
 137         return _line_up_renderable_node_data;
 138     }
 139
 140     final public boolean isRightLineUpDomains() {
 141         return _right_align_domains;
 142     }
 143
 144     public final boolean isShowAnnotationRefSource() {
 145         return _show_annotation_ref_source;
 146     }
 147
 148     public final boolean isShowDomainLabels() {
 149         return _show_domain_labels;
 150     }
 151
 152     public final void setAllowErrorsInDistanceToParent( final boolean allow_errors_in_distance_to_parent ) {
 153         _allow_errors_in_distance_to_parent = allow_errors_in_distance_to_parent;
 154     }
 155
 156     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 157         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 158     }
 159
 160     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 161         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 162     }
 163
 164     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NodeDataField ext_desc_data_to_return ) {
 165         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 166     }
 167
 168     final public void setLineUpRendarableNodeData( final boolean line_up_renderable_node_data ) {
 169         _line_up_renderable_node_data = line_up_renderable_node_data;
 170     }
 171
 172     final public void setRightLineUpDomains( final boolean right_align_domains ) {
 173         _right_align_domains = right_align_domains;
 174     }
 175
 176     public final void setShowAnnotationRefSource( final boolean show_annotation_ref_source ) {
 177         _show_annotation_ref_source = show_annotation_ref_source;
 178     }
 179
 180     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 181         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 182     }
 183
 184     final private void init() {
 185         _default_node_shape = NodeShape.CIRCLE;
 186         _default_node_fill = NodeFill.GRADIENT;
 187         _default_node_shape_size = AptxConstants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 188         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = false;
 189         _show_scale = false;
 190         _antialias_screen = true;
 191         _antialias_print = true;
 192         _graphics_export_visible_only = false;
 193         _editable = true;
 194         _background_color_gradient = false;
 195         _show_default_node_shapes_internal = false;
 196         _show_default_node_shapes_external = false;
 197         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes = false;
 198         _color_all_found_nodes_when_coloring_subtree = false;
 199         _parse_beast_style_extended_nexus_tags= true;
 200         _min_confidence_value = MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 201         _print_black_and_white = false;
 202         _phylogeny_graphics_type = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 203         _base_font = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(), Font.PLAIN, 10 );
 204         _match_whole_terms_only = false;
 205         _search_with_regex = false;
 206         _search_case_sensitive = false;
 207         _print_line_width = AptxConstants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 208         _show_overview = true;
 209         _ov_placement = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 210         _node_label_direction = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 211         _inverse_search_result = false;
 212         _scale_bar_length = 0.0;
 213         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = AptxConstants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 214         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = AptxConstants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 215         _nh_parsing_replace_underscores = false;
 216         _taxonomy_extraction = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 217         _cladogram_type = AptxConstants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 218         _show_domain_labels = true;
 219         _show_annotation_ref_source = true;
 220         setAbbreviateScientificTaxonNames( false );
 221         _color_labels_same_as_parent_branch = false;
 222         _show_confidence_stddev = false;
 223         _nh_conversion_support_value_style = NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE;
 224         _ext_desc_data_to_return = NodeDataField.UNKNOWN;
 225         _line_up_renderable_node_data = true;
 226         _right_align_domains = false;
 227     }
 228
 229     final private void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLength( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 230         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 231     }
 232
 233     final private void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 234         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 235     }
 236
 237     final Font getBaseFont() {
 238         return _base_font;
 239     }
 240
 241     final CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 242         return _cladogram_type;
 243     }
 244
 245     final NodeFill getDefaultNodeFill() {
 246         return _default_node_fill;
 247     }
 248
 249     final NodeShape getDefaultNodeShape() {
 250         return _default_node_shape;
 251     }
 252
 253     final short getDefaultNodeShapeSize() {
 254         return _default_node_shape_size;
 255     }
 256
 257     final double getMinConfidenceValue() {
 258         return _min_confidence_value;
 259     }
 260
 261     NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE getNhConversionSupportValueStyle() {
 262         return _nh_conversion_support_value_style;
 263     }
 264
 265     final NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 266         return _node_label_direction;
 267     }
 268
 269     final short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 270         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 271     }
 272
 273     final short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 274         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 275     }
 276
 277     final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 278         return _ov_placement;
 279     }
 280
 281     final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 282         return _phylogeny_graphics_type;
 283     }
 284
 285     final float getPrintLineWidth() {
 286         return _print_line_width;
 287     }
 288
 289     final double getScaleBarLength() {
 290         return _scale_bar_length;
 291     }
 292
 293     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 294         return _taxonomy_extraction;
 295     }
 296
 297     final boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 298         return _abbreviate_scientific_names;
 299     }
 300
 301     boolean isAllowMagnificationOfTaxonomyImages() {
 302         return true;
 303     }
 304
 305     final boolean isAntialiasPrint() {
 306         return _antialias_print;
 307     }
 308
 309     final boolean isAntialiasScreen() {
 310         return _antialias_screen;
 311     }
 312
 313     final boolean isBackgroundColorGradient() {
 314         return _background_color_gradient;
 315     }
 316
 317     final boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 318         return _color_by_taxonomic_group;
 319     }
 320
 321     final boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 322         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 323     }
 324
 325     final boolean isEditable() {
 326         return _editable;
 327     }
 328
 329     final boolean isGraphicsExportUsingActualSize() {
 330         return _graphics_export_using_actual_size;
 331     }
 332
 333     final boolean isGraphicsExportVisibleOnly() {
 334         return _graphics_export_visible_only;
 335     }
 336
 337     final boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 338         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 339     }
 340
 341     final boolean isInverseSearchResult() {
 342         return _inverse_search_result;
 343     }
 344
 345     final boolean isMatchWholeTermsOnly() {
 346         return _match_whole_terms_only;
 347     }
 348
 349     final boolean isPrintBlackAndWhite() {
 350         return _print_black_and_white;
 351     }
 352
 353     final boolean isPrintUsingActualSize() {
 354         return _print_using_actual_size;
 355     }
 356
 357     final boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 358         return _nh_parsing_replace_underscores;
 359     }
 360
 361     final boolean isSearchCaseSensitive() {
 362         return _search_case_sensitive;
 363     }
 364
 365     final boolean isSearchWithRegex() {
 366         return _search_with_regex;
 367     }
 368
 369     boolean isShowConfidenceStddev() {
 370         return _show_confidence_stddev;
 371     }
 372
 373     boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 374         return _show_default_node_shapes_external;
 375     }
 376
 377     boolean isShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes() {
 378         return _show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
 379     }
 380
 381     boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 382         return _show_default_node_shapes_internal;
 383     }
 384
 385     final boolean isShowOverview() {
 386         return _show_overview;
 387     }
 388
 389     final boolean isShowScale() {
 390         return _show_scale;
 391     }
 392
 393     final void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 394         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 395     }
 396
 397     final void setAntialiasPrint( final boolean antialias_print ) {
 398         _antialias_print = antialias_print;
 399     }
 400
 401     final void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 402         _antialias_screen = antialias_screen;
 403     }
 404
 405     final void setBaseFont( final Font base_font ) {
 406         _base_font = base_font;
 407     }
 408
 409     final void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 410         _cladogram_type = cladogram_type;
 411     }
 412
 413     final void setColorByTaxonomicGroup( final boolean color_by_taxonomic_group ) {
 414         _color_by_taxonomic_group = color_by_taxonomic_group;
 415     }
 416
 417     final void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 418         _default_node_fill = default_node_fill;
 419     }
 420
 421     final void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 422         _default_node_shape = default_node_shape;
 423     }
 424
 425     final void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 426         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 427     }
 428
 429     final void setEditable( final boolean editable ) {
 430         _editable = editable;
 431     }
 432
 433     final void setGraphicsExportVisibleOnly( final boolean graphics_export_visible_only ) {
 434         _graphics_export_visible_only = graphics_export_visible_only;
 435     }
 436
 437     final void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 438         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 439     }
 440
 441     final void setInverseSearchResult( final boolean inverse_search_result ) {
 442         _inverse_search_result = inverse_search_result;
 443     }
 444
 445     final void setMatchWholeTermsOnly( final boolean search_whole_words_only ) {
 446         _match_whole_terms_only = search_whole_words_only;
 447     }
 448
 449     final void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 450         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 451     }
 452
 453     void setNhConversionSupportValueStyle( final NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE nh_conversion_support_value_style ) {
 454         _nh_conversion_support_value_style = nh_conversion_support_value_style;
 455     }
 456
 457     final void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 458         _node_label_direction = node_label_direction;
 459     }
 460
 461     final void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
 462         _ov_placement = ov_placement;
 463     }
 464
 465     final void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 466         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 467     }
 468
 469     final void setPrintBlackAndWhite( final boolean print_black_and_white ) {
 470         _print_black_and_white = print_black_and_white;
 471     }
 472
 473     final void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 474         _print_line_width = print_line_width;
 475     }
 476
 477     final void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 478         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 479     }
 480
 481     final void setScaleBarLength( final double scale_bar_length ) {
 482         _scale_bar_length = scale_bar_length;
 483     }
 484
 485     final void setSearchCaseSensitive( final boolean search_case_sensitive ) {
 486         _search_case_sensitive = search_case_sensitive;
 487     }
 488
 489     final void setSearchWithRegex( final boolean search_with_regex ) {
 490         _search_with_regex = search_with_regex;
 491     }
 492
 493     void setShowConfidenceStddev( final boolean show_confidence_stddev ) {
 494         _show_confidence_stddev = show_confidence_stddev;
 495     }
 496
 497     void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 498         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 499     }
 500
 501     void setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( final boolean show_default_node_shapes_for_marked_nodes ) {
 502         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes = show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
 503     }
 504
 505     void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 506         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 507     }
 508
 509     final void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
 510         _show_overview = show_overview;
 511     }
 512
 513     final void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 514         _show_scale = show_scale;
 515     }
 516
 517     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 518         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 519     }
 520
 521     public final static Options createInstance( final Configuration configuration ) {
 522         final Options instance = createDefaultInstance();
 523         if ( configuration != null ) {
 524             instance.setAntialiasScreen( configuration.isAntialiasScreen() );
 525             instance.setShowScale( configuration.isShowScale() );
 526             instance.setShowOverview( configuration.isShowOverview() );
 527             instance.setColorByTaxonomicGroup( configuration.isColorByTaxonomicGroup() );
 528             instance.setCladogramType( configuration.getCladogramType() );
 529             instance.setOvPlacement( configuration.getOvPlacement() );
 530             instance.setPrintLineWidth( configuration.getPrintLineWidth() );
 531             instance.setNodeLabelDirection( configuration.getNodeLabelDirection() );
 532             instance.setBackgroundColorGradient( configuration.isBackgroundColorGradient() );
 533             if ( configuration.getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() >= 0 ) {
 534                 instance.setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLength( configuration
 535                         .getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() );
 536             }
 537             if ( configuration.getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() >= 0 ) {
 538                 instance.setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( configuration
 539                         .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() );
 540             }
 541             instance.setTaxonomyExtraction( configuration.getTaxonomyExtraction() );
 542             instance.setReplaceUnderscoresInNhParsing( configuration.isReplaceUnderscoresInNhParsing() );
 543             instance.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( configuration
 544                     .isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() );
 545             instance.setEditable( configuration.isEditable() );
 546             instance.setColorLabelsSameAsParentBranch( configuration.isColorLabelsSameAsParentBranch() );
 547             instance.setShowDomainLabels( configuration.isShowDomainLabels() );
 548             instance.setShowAnnotationRefSource( configuration.isShowAnnotationRefSource() );
 549             instance.setAbbreviateScientificTaxonNames( configuration.isAbbreviateScientificTaxonNames() );
 550             if ( configuration.getMinConfidenceValue() != MIN_CONFIDENCE_DEFAULT ) {
 551                 instance.setMinConfidenceValue( configuration.getMinConfidenceValue() );
 552             }
 553             if ( configuration.getBaseFontSize() > 0 ) {
 554                 instance.setBaseFont( instance.getBaseFont().deriveFont( ( float ) configuration.getBaseFontSize() ) );
 555             }
 556             if ( !ForesterUtil.isEmpty( configuration.getBaseFontFamilyName() ) ) {
 557                 instance.setBaseFont( new Font( configuration.getBaseFontFamilyName(), Font.PLAIN, instance
 558                         .getBaseFont().getSize() ) );
 559             }
 560             if ( configuration.getPhylogenyGraphicsType() != null ) {
 561                 instance.setPhylogenyGraphicsType( configuration.getPhylogenyGraphicsType() );
 562             }
 563             if ( configuration.getDefaultNodeFill() != null ) {
 564                 instance.setDefaultNodeFill( configuration.getDefaultNodeFill() );
 565             }
 566             if ( configuration.getDefaultNodeShape() != null ) {
 567                 instance.setDefaultNodeShape( configuration.getDefaultNodeShape() );
 568             }
 569             if ( configuration.getDefaultNodeShapeSize() >= 0 ) {
 570                 instance.setDefaultNodeShapeSize( configuration.getDefaultNodeShapeSize() );
 571             }
 572             instance.setShowDefaultNodeShapesInternal( configuration.isShowDefaultNodeShapesInternal() );
 573             instance.setShowDefaultNodeShapesExternal( configuration.isShowDefaultNodeShapesExternal() );
 574             instance.setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( configuration.isShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes() );
 575             if ( configuration.getExtDescNodeDataToReturn() != null ) {
 576                 instance.setExtDescNodeDataToReturn( configuration.getExtDescNodeDataToReturn() );
 577             }
 578             instance.setRightLineUpDomains( configuration.isRightLineUpDomains() );
 579             instance.setLineUpRendarableNodeData( configuration.isLineUpRendarableNodeData() );
 580             instance.setAllowErrorsInDistanceToParent( false );
 581         }
 582         return instance;
 583     }
 584
 585     final static Options createDefaultInstance() {
 586         return new Options();
 587     }
 588
 589     final boolean isColorAllFoundNodesWhenColoringSubtree() {
 590         return _color_all_found_nodes_when_coloring_subtree;
 591     }
 592
 593     final void setColorAllFoundNodesWhenColoringSubtree( final boolean color_all_found_nodes_when_coloring_subtree ) {
 594         _color_all_found_nodes_when_coloring_subtree = color_all_found_nodes_when_coloring_subtree;
 595     }
 596
 597     final boolean isParseBeastStyleExtendedNexusTags() {
 598         return _parse_beast_style_extended_nexus_tags;
 599     }
 600
 601     final void setParseBeastStyleExtendedNexusTags( boolean parse_beast_style_extended_nexus_tags ) {
 602         _parse_beast_style_extended_nexus_tags = parse_beast_style_extended_nexus_tags;
 603     }
 604 }