forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Options.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.Font;
  29
  30 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  31 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  32 import org.forester.phylogeny.data.NodeDataField;
  33 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  34 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  35 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  36 import org.forester.util.ForesterUtil;
  37
  38 /*
  39  * This is to hold changeable options.
  40  */
  41 final public class Options {
  42
  43     public static enum CLADOGRAM_TYPE {
  44         LINED_UP, NON_LINED_UP;
  45     }
  46
  47     public static enum NODE_LABEL_DIRECTION {
  48         HORIZONTAL, RADIAL;
  49     }
  50
  51     public static enum PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE {
  52         CIRCULAR, CONVEX, CURVED, EURO_STYLE, RECTANGULAR, ROUNDED, TRIANGULAR, UNROOTED;
  53     }
  54
  55     static enum PHYLOGENY_DISPLAY_TYPE {
  56         CLADOGRAM,
  57         ALIGNED_PHYLOGRAM,
  58         UNALIGNED_PHYLOGRAM
  59     }
  60
  61     static enum OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE {
  62         LOWER_LEFT( "lower left" ),
  63         LOWER_RIGHT( "lower right" ),
  64         UPPER_LEFT( "upper left" ),
  65         UPPER_RIGHT( "upper right" );
  66
  67         private final String _name;
  68
  69         private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE( final String name ) {
  70             _name = name;
  71         }
  72
  73         @Override
  74         public String toString() {
  75             return _name;
  76         }
  77
  78         public String toTag() {
  79             return toString().replaceAll( " ", "_" );
  80         }
  81     }
  82
  83     static final double                       MIN_CONFIDENCE_DEFAULT = 0.0;
  84     private boolean                           _abbreviate_scientific_names;
  85     private boolean                           _allow_errors_in_distance_to_parent;
  86     private boolean                           _antialias_print;
  87     private boolean                           _antialias_screen;
  88     private boolean                           _background_color_gradient;
  89     private Font                              _base_font;
  90     private CLADOGRAM_TYPE                    _cladogram_type;
  91     private boolean                           _color_by_taxonomic_group;
  92     private boolean                           _color_labels_same_as_parent_branch;
  93     private NodeVisualData.NodeFill           _default_node_fill;
  94     private NodeVisualData.NodeShape          _default_node_shape;
  95     private short                             _default_node_shape_size;
  96     private boolean                           _editable;
  97     private NodeDataField                     _ext_desc_data_to_return;
  98     private final boolean                     _graphics_export_using_actual_size = true;
  99     private boolean                           _graphics_export_visible_only;
 100     private boolean                           _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 101     private boolean                           _inverse_search_result;
 102     private boolean                           _match_whole_terms_only;
 103     private boolean                           _search_with_regex;
 104     private double                            _min_confidence_value;
 105     private NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE _nh_conversion_support_value_style;
 106     private boolean                           _nh_parsing_replace_underscores;
 107     private NODE_LABEL_DIRECTION              _node_label_direction;
 108     private short                             _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 109     private short                             _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 110     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE           _ov_placement;
 111     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE           _phylogeny_graphics_type;
 112     private boolean                           _print_black_and_white;
 113     private float                             _print_line_width;
 114     private final boolean                     _print_using_actual_size = true;
 115     private double                            _scale_bar_length;
 116     private boolean                           _search_case_sensitive;
 117     private boolean                           _show_annotation_ref_source;
 118     private boolean                           _show_confidence_stddev;
 119     private boolean                           _show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
 120     private boolean                           _show_default_node_shapes_external;
 121     private boolean                           _show_default_node_shapes_internal;
 122     private boolean                           _show_domain_labels;
 123     private boolean                           _show_overview;
 124     private boolean                           _show_scale;
 125     private TAXONOMY_EXTRACTION               _taxonomy_extraction;
 126     private boolean                           _line_up_renderable_node_data;
 127     private boolean                           _right_align_domains;
 128     private boolean                           _color_all_found_nodes_when_coloring_subtree;
 129     private boolean                           _parse_beast_style_extended_nexus_tags;
 130     private boolean                           _collapsed_with_average_height;
 131     private boolean                           _show_abbreviated_labels_for_collapsed_nodes;
 132
 133     private Options() {
 134         init();
 135     }
 136
 137     public NodeDataField getExtDescNodeDataToReturn() {
 138         return _ext_desc_data_to_return;
 139     }
 140
 141     public boolean isAllowErrorsInDistanceToParent() {
 142         return _allow_errors_in_distance_to_parent;
 143     }
 144
 145     final public boolean isLineUpRendarableNodeData() {
 146         return _line_up_renderable_node_data;
 147     }
 148
 149     final public boolean isRightLineUpDomains() {
 150         return _right_align_domains;
 151     }
 152
 153     public final boolean isShowAnnotationRefSource() {
 154         return _show_annotation_ref_source;
 155     }
 156
 157     public final boolean isShowDomainLabels() {
 158         return _show_domain_labels;
 159     }
 160
 161     public final void setAllowErrorsInDistanceToParent( final boolean allow_errors_in_distance_to_parent ) {
 162         _allow_errors_in_distance_to_parent = allow_errors_in_distance_to_parent;
 163     }
 164
 165     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 166         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 167     }
 168
 169     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 170         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 171     }
 172
 173     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NodeDataField ext_desc_data_to_return ) {
 174         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 175     }
 176
 177     final public void setLineUpRendarableNodeData( final boolean line_up_renderable_node_data ) {
 178         _line_up_renderable_node_data = line_up_renderable_node_data;
 179     }
 180
 181     final public void setRightLineUpDomains( final boolean right_align_domains ) {
 182         _right_align_domains = right_align_domains;
 183     }
 184
 185     public final void setShowAnnotationRefSource( final boolean show_annotation_ref_source ) {
 186         _show_annotation_ref_source = show_annotation_ref_source;
 187     }
 188
 189     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 190         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 191     }
 192
 193     final private void init() {
 194         _default_node_shape = NodeShape.CIRCLE;
 195         _default_node_fill = NodeFill.GRADIENT;
 196         _default_node_shape_size = AptxConstants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 197         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = false;
 198         _show_scale = false;
 199         _antialias_screen = true;
 200         _antialias_print = true;
 201         _graphics_export_visible_only = false;
 202         _editable = true;
 203         _background_color_gradient = false;
 204         _show_default_node_shapes_internal = false;
 205         _show_default_node_shapes_external = false;
 206         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes = false;
 207         _color_all_found_nodes_when_coloring_subtree = false;
 208         _parse_beast_style_extended_nexus_tags= true;
 209         _min_confidence_value = MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 210         _print_black_and_white = false;
 211         _phylogeny_graphics_type = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 212         _base_font = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(), Font.PLAIN, 10 );
 213         _match_whole_terms_only = false;
 214         _search_with_regex = false;
 215         _search_case_sensitive = false;
 216         _print_line_width = AptxConstants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 217         _show_overview = true;
 218         _ov_placement = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 219         _node_label_direction = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 220         _inverse_search_result = false;
 221         _scale_bar_length = 0.0;
 222         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = AptxConstants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 223         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = AptxConstants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 224         _nh_parsing_replace_underscores = false;
 225         _taxonomy_extraction = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 226         _cladogram_type = AptxConstants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 227         _show_domain_labels = true;
 228         _show_annotation_ref_source = true;
 229         setAbbreviateScientificTaxonNames( false );
 230         _color_labels_same_as_parent_branch = false;
 231         _show_confidence_stddev = false;
 232         _nh_conversion_support_value_style = NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE;
 233         _ext_desc_data_to_return = NodeDataField.UNKNOWN;
 234         _line_up_renderable_node_data = true;
 235         _right_align_domains = false;
 236         _collapsed_with_average_height = true;
 237         _show_abbreviated_labels_for_collapsed_nodes = true;
 238     }
 239
 240     final private void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLength( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 241         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 242     }
 243
 244     final private void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 245         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 246     }
 247
 248     final Font getBaseFont() {
 249         return _base_font;
 250     }
 251
 252     final CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 253         return _cladogram_type;
 254     }
 255
 256     final NodeFill getDefaultNodeFill() {
 257         return _default_node_fill;
 258     }
 259
 260     final NodeShape getDefaultNodeShape() {
 261         return _default_node_shape;
 262     }
 263
 264     final short getDefaultNodeShapeSize() {
 265         return _default_node_shape_size;
 266     }
 267
 268     final double getMinConfidenceValue() {
 269         return _min_confidence_value;
 270     }
 271
 272     NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE getNhConversionSupportValueStyle() {
 273         return _nh_conversion_support_value_style;
 274     }
 275
 276     final NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 277         return _node_label_direction;
 278     }
 279
 280     final short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 281         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 282     }
 283
 284     final short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 285         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 286     }
 287
 288     final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 289         return _ov_placement;
 290     }
 291
 292     final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 293         return _phylogeny_graphics_type;
 294     }
 295
 296     final float getPrintLineWidth() {
 297         return _print_line_width;
 298     }
 299
 300     final double getScaleBarLength() {
 301         return _scale_bar_length;
 302     }
 303
 304     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 305         return _taxonomy_extraction;
 306     }
 307
 308     final boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 309         return _abbreviate_scientific_names;
 310     }
 311
 312     boolean isAllowMagnificationOfTaxonomyImages() {
 313         return true;
 314     }
 315
 316     final boolean isAntialiasPrint() {
 317         return _antialias_print;
 318     }
 319
 320     final boolean isAntialiasScreen() {
 321         return _antialias_screen;
 322     }
 323
 324     final boolean isBackgroundColorGradient() {
 325         return _background_color_gradient;
 326     }
 327
 328     final boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 329         return _color_by_taxonomic_group;
 330     }
 331
 332     final boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 333         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 334     }
 335
 336     final boolean isEditable() {
 337         return _editable;
 338     }
 339
 340     final boolean isGraphicsExportUsingActualSize() {
 341         return _graphics_export_using_actual_size;
 342     }
 343
 344     final boolean isGraphicsExportVisibleOnly() {
 345         return _graphics_export_visible_only;
 346     }
 347
 348     final boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 349         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 350     }
 351
 352     final boolean isInverseSearchResult() {
 353         return _inverse_search_result;
 354     }
 355
 356     final boolean isMatchWholeTermsOnly() {
 357         return _match_whole_terms_only;
 358     }
 359
 360     final boolean isPrintBlackAndWhite() {
 361         return _print_black_and_white;
 362     }
 363
 364     final boolean isPrintUsingActualSize() {
 365         return _print_using_actual_size;
 366     }
 367
 368     final boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 369         return _nh_parsing_replace_underscores;
 370     }
 371
 372     final boolean isSearchCaseSensitive() {
 373         return _search_case_sensitive;
 374     }
 375
 376     final boolean isSearchWithRegex() {
 377         return _search_with_regex;
 378     }
 379
 380     boolean isShowConfidenceStddev() {
 381         return _show_confidence_stddev;
 382     }
 383
 384     boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 385         return _show_default_node_shapes_external;
 386     }
 387
 388     boolean isShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes() {
 389         return _show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
 390     }
 391
 392     boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 393         return _show_default_node_shapes_internal;
 394     }
 395
 396     final boolean isShowOverview() {
 397         return _show_overview;
 398     }
 399
 400     final boolean isShowScale() {
 401         return _show_scale;
 402     }
 403
 404     final void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 405         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 406     }
 407
 408     final void setAntialiasPrint( final boolean antialias_print ) {
 409         _antialias_print = antialias_print;
 410     }
 411
 412     final void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 413         _antialias_screen = antialias_screen;
 414     }
 415
 416     final void setBaseFont( final Font base_font ) {
 417         _base_font = base_font;
 418     }
 419
 420     final void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 421         _cladogram_type = cladogram_type;
 422     }
 423
 424     final void setColorByTaxonomicGroup( final boolean color_by_taxonomic_group ) {
 425         _color_by_taxonomic_group = color_by_taxonomic_group;
 426     }
 427
 428     final void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 429         _default_node_fill = default_node_fill;
 430     }
 431
 432     final void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 433         _default_node_shape = default_node_shape;
 434     }
 435
 436     final void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 437         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 438     }
 439
 440     final void setEditable( final boolean editable ) {
 441         _editable = editable;
 442     }
 443
 444     final void setGraphicsExportVisibleOnly( final boolean graphics_export_visible_only ) {
 445         _graphics_export_visible_only = graphics_export_visible_only;
 446     }
 447
 448     final void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 449         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 450     }
 451
 452     final void setInverseSearchResult( final boolean inverse_search_result ) {
 453         _inverse_search_result = inverse_search_result;
 454     }
 455
 456     final void setMatchWholeTermsOnly( final boolean search_whole_words_only ) {
 457         _match_whole_terms_only = search_whole_words_only;
 458     }
 459
 460     final void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 461         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 462     }
 463
 464     void setNhConversionSupportValueStyle( final NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE nh_conversion_support_value_style ) {
 465         _nh_conversion_support_value_style = nh_conversion_support_value_style;
 466     }
 467
 468     final void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 469         _node_label_direction = node_label_direction;
 470     }
 471
 472     final void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
 473         _ov_placement = ov_placement;
 474     }
 475
 476     final void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 477         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 478     }
 479
 480     final void setPrintBlackAndWhite( final boolean print_black_and_white ) {
 481         _print_black_and_white = print_black_and_white;
 482     }
 483
 484     final void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 485         _print_line_width = print_line_width;
 486     }
 487
 488     final void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 489         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 490     }
 491
 492     final void setScaleBarLength( final double scale_bar_length ) {
 493         _scale_bar_length = scale_bar_length;
 494     }
 495
 496     final void setSearchCaseSensitive( final boolean search_case_sensitive ) {
 497         _search_case_sensitive = search_case_sensitive;
 498     }
 499
 500     final void setSearchWithRegex( final boolean search_with_regex ) {
 501         _search_with_regex = search_with_regex;
 502     }
 503
 504     void setShowConfidenceStddev( final boolean show_confidence_stddev ) {
 505         _show_confidence_stddev = show_confidence_stddev;
 506     }
 507
 508     void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 509         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 510     }
 511
 512     void setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( final boolean show_default_node_shapes_for_marked_nodes ) {
 513         _show_default_node_shapes_for_marked_nodes = show_default_node_shapes_for_marked_nodes;
 514     }
 515
 516     void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 517         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 518     }
 519
 520     final void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
 521         _show_overview = show_overview;
 522     }
 523
 524     final void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 525         _show_scale = show_scale;
 526     }
 527
 528     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 529         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 530     }
 531
 532     public final static Options createInstance( final Configuration configuration ) {
 533         final Options instance = createDefaultInstance();
 534         if ( configuration != null ) {
 535             instance.setAntialiasScreen( configuration.isAntialiasScreen() );
 536             instance.setShowScale( configuration.isShowScale() );
 537             instance.setShowOverview( configuration.isShowOverview() );
 538             instance.setColorByTaxonomicGroup( configuration.isColorByTaxonomicGroup() );
 539             instance.setCladogramType( configuration.getCladogramType() );
 540             instance.setOvPlacement( configuration.getOvPlacement() );
 541             instance.setPrintLineWidth( configuration.getPrintLineWidth() );
 542             instance.setNodeLabelDirection( configuration.getNodeLabelDirection() );
 543             instance.setBackgroundColorGradient( configuration.isBackgroundColorGradient() );
 544             if ( configuration.getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() >= 0 ) {
 545                 instance.setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLength( configuration
 546                         .getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() );
 547             }
 548             if ( configuration.getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() >= 0 ) {
 549                 instance.setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( configuration
 550                         .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() );
 551             }
 552             instance.setTaxonomyExtraction( configuration.getTaxonomyExtraction() );
 553             instance.setReplaceUnderscoresInNhParsing( configuration.isReplaceUnderscoresInNhParsing() );
 554             instance.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( configuration
 555                     .isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() );
 556             instance.setEditable( configuration.isEditable() );
 557             instance.setColorLabelsSameAsParentBranch( configuration.isColorLabelsSameAsParentBranch() );
 558             instance.setShowDomainLabels( configuration.isShowDomainLabels() );
 559             instance.setShowAnnotationRefSource( configuration.isShowAnnotationRefSource() );
 560             instance.setAbbreviateScientificTaxonNames( configuration.isAbbreviateScientificTaxonNames() );
 561             if ( configuration.getMinConfidenceValue() != MIN_CONFIDENCE_DEFAULT ) {
 562                 instance.setMinConfidenceValue( configuration.getMinConfidenceValue() );
 563             }
 564             if ( configuration.getBaseFontSize() > 0 ) {
 565                 instance.setBaseFont( instance.getBaseFont().deriveFont( ( float ) configuration.getBaseFontSize() ) );
 566             }
 567             if ( !ForesterUtil.isEmpty( configuration.getBaseFontFamilyName() ) ) {
 568                 instance.setBaseFont( new Font( configuration.getBaseFontFamilyName(), Font.PLAIN, instance
 569                         .getBaseFont().getSize() ) );
 570             }
 571             if ( configuration.getPhylogenyGraphicsType() != null ) {
 572                 instance.setPhylogenyGraphicsType( configuration.getPhylogenyGraphicsType() );
 573             }
 574             if ( configuration.getDefaultNodeFill() != null ) {
 575                 instance.setDefaultNodeFill( configuration.getDefaultNodeFill() );
 576             }
 577             if ( configuration.getDefaultNodeShape() != null ) {
 578                 instance.setDefaultNodeShape( configuration.getDefaultNodeShape() );
 579             }
 580             if ( configuration.getDefaultNodeShapeSize() >= 0 ) {
 581                 instance.setDefaultNodeShapeSize( configuration.getDefaultNodeShapeSize() );
 582             }
 583             instance.setShowDefaultNodeShapesInternal( configuration.isShowDefaultNodeShapesInternal() );
 584             instance.setShowDefaultNodeShapesExternal( configuration.isShowDefaultNodeShapesExternal() );
 585             instance.setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( configuration.isShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes() );
 586             if ( configuration.getExtDescNodeDataToReturn() != null ) {
 587                 instance.setExtDescNodeDataToReturn( configuration.getExtDescNodeDataToReturn() );
 588             }
 589             instance.setRightLineUpDomains( configuration.isRightLineUpDomains() );
 590             instance.setLineUpRendarableNodeData( configuration.isLineUpRendarableNodeData() );
 591             instance.setAllowErrorsInDistanceToParent( false );
 592         }
 593         return instance;
 594     }
 595
 596     final static Options createDefaultInstance() {
 597         return new Options();
 598     }
 599
 600     final boolean isColorAllFoundNodesWhenColoringSubtree() {
 601         return _color_all_found_nodes_when_coloring_subtree;
 602     }
 603
 604     final void setColorAllFoundNodesWhenColoringSubtree( final boolean color_all_found_nodes_when_coloring_subtree ) {
 605         _color_all_found_nodes_when_coloring_subtree = color_all_found_nodes_when_coloring_subtree;
 606     }
 607
 608     final boolean isParseBeastStyleExtendedNexusTags() {
 609         return _parse_beast_style_extended_nexus_tags;
 610     }
 611
 612     final void setParseBeastStyleExtendedNexusTags( final boolean parse_beast_style_extended_nexus_tags ) {
 613         _parse_beast_style_extended_nexus_tags = parse_beast_style_extended_nexus_tags;
 614     }
 615
 616     final boolean isCollapsedWithAverageHeigh() {
 617         return _collapsed_with_average_height;
 618     }
 619
 620     final void setCollapsedWithAverageHeigh( final boolean collapsed_with_average_height ) {
 621         _collapsed_with_average_height = collapsed_with_average_height;
 622     }
 623
 624     final boolean isShowAbbreviatedLabelsForCollapsedNodes() {
 625         return _show_abbreviated_labels_for_collapsed_nodes;
 626     }
 627
 628     final void setShowAbbreviatedLabelsForCollapsedNodes(final boolean show_abbreviated_labels_for_collapsed_nodes) {
 629         _show_abbreviated_labels_for_collapsed_nodes =  show_abbreviated_labels_for_collapsed_nodes;
 630     }
 631
 632
 633
 634 }