forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/Options.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.Font;
  29
  30 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  31 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  32 import org.forester.phylogeny.data.NodeData;
  33 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
  34 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  35 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  36 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  37 import org.forester.util.ForesterUtil;
  38
  39 /*
  40  * This is to hold changeable options.
  41  */
  42 final public class Options {
  43
  44     static final double                       MIN_CONFIDENCE_DEFAULT = 0.0;
  45     private boolean                           _abbreviate_scientific_names;
  46     private boolean                           _allow_errors_in_distance_to_parent;
  47     private boolean                           _antialias_print;
  48     private boolean                           _antialias_screen;
  49     private boolean                           _background_color_gradient;
  50     private Font                              _base_font;
  51     private CLADOGRAM_TYPE                    _cladogram_type;
  52     private boolean                           _color_by_taxonomic_group;
  53     private boolean                           _color_labels_same_as_parent_branch;
  54     private NodeVisualData.NodeFill           _default_node_fill;
  55     private NodeVisualData.NodeShape          _default_node_shape;
  56     private short                             _default_node_shape_size;
  57     private boolean                           _editable;
  58     private NODE_DATA                         _ext_desc_data_to_return;
  59     private boolean                           _graphics_export_using_actual_size;
  60     private boolean                           _graphics_export_visible_only;
  61     private boolean                           _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
  62     private boolean                           _inverse_search_result;
  63     private boolean                           _match_whole_terms_only;
  64     private double                            _min_confidence_value;
  65     private NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE _nh_conversion_support_value_style;
  66     private boolean                           _nh_parsing_replace_underscores;
  67     private NODE_LABEL_DIRECTION              _node_label_direction;
  68     private short                             _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
  69     private short                             _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
  70     private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE           _ov_placement;
  71     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE           _phylogeny_graphics_type;
  72     private boolean                           _print_black_and_white;
  73     private float                             _print_line_width;
  74     private int                               _print_size_x;
  75     private int                               _print_size_y;
  76     private boolean                           _print_using_actual_size;
  77     private double                            _scale_bar_length;
  78     private boolean                           _search_case_sensitive;
  79     private boolean                           _show_annotation_ref_source;
  80     private boolean                           _show_branch_length_values;
  81     private boolean                           _show_confidence_stddev;
  82     private boolean                           _show_default_node_shapes_external;
  83     private boolean                           _show_default_node_shapes_internal;
  84     private boolean                           _show_domain_labels;
  85     private boolean                           _show_overview;
  86     private boolean                           _show_scale;
  87     private TAXONOMY_EXTRACTION               _taxonomy_extraction;
  88
  89     private Options() {
  90         init();
  91     }
  92
  93     public NodeData.NODE_DATA getExtDescNodeDataToReturn() {
  94         return _ext_desc_data_to_return;
  95     }
  96
  97     public boolean isAllowErrorsInDistanceToParent() {
  98         return _allow_errors_in_distance_to_parent;
  99     }
 100
 101     public boolean isAllowFontSizeChange() {
 102         return true;
 103     }
 104
 105     public final boolean isShowAnnotationRefSource() {
 106         return _show_annotation_ref_source;
 107     }
 108
 109     public final boolean isShowDomainLabels() {
 110         return _show_domain_labels;
 111     }
 112
 113     public final void setAllowErrorsInDistanceToParent( final boolean allow_errors_in_distance_to_parent ) {
 114         _allow_errors_in_distance_to_parent = allow_errors_in_distance_to_parent;
 115     }
 116
 117     public void setBackgroundColorGradient( final boolean background_color_gradient ) {
 118         _background_color_gradient = background_color_gradient;
 119     }
 120
 121     public void setColorLabelsSameAsParentBranch( final boolean color_labels_same_as_parent_branch ) {
 122         _color_labels_same_as_parent_branch = color_labels_same_as_parent_branch;
 123     }
 124
 125     public void setExtDescNodeDataToReturn( final NODE_DATA ext_desc_data_to_return ) {
 126         _ext_desc_data_to_return = ext_desc_data_to_return;
 127     }
 128
 129     public final void setShowAnnotationRefSource( final boolean show_annotation_ref_source ) {
 130         _show_annotation_ref_source = show_annotation_ref_source;
 131     }
 132
 133     public void setShowDomainLabels( final boolean show_domain_labels ) {
 134         _show_domain_labels = show_domain_labels;
 135     }
 136
 137     final Font getBaseFont() {
 138         return _base_font;
 139     }
 140
 141     final CLADOGRAM_TYPE getCladogramType() {
 142         return _cladogram_type;
 143     }
 144
 145     final NodeFill getDefaultNodeFill() {
 146         return _default_node_fill;
 147     }
 148
 149     final NodeShape getDefaultNodeShape() {
 150         return _default_node_shape;
 151     }
 152
 153     final short getDefaultNodeShapeSize() {
 154         return _default_node_shape_size;
 155     }
 156
 157     final double getMinConfidenceValue() {
 158         return _min_confidence_value;
 159     }
 160
 161     NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE getNhConversionSupportValueStyle() {
 162         return _nh_conversion_support_value_style;
 163     }
 164
 165     final NODE_LABEL_DIRECTION getNodeLabelDirection() {
 166         return _node_label_direction;
 167     }
 168
 169     final short getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() {
 170         return _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 171     }
 172
 173     final short getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() {
 174         return _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 175     }
 176
 177     final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE getOvPlacement() {
 178         return _ov_placement;
 179     }
 180
 181     final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 182         return _phylogeny_graphics_type;
 183     }
 184
 185     final float getPrintLineWidth() {
 186         return _print_line_width;
 187     }
 188
 189     final int getPrintSizeX() {
 190         return _print_size_x;
 191     }
 192
 193     final int getPrintSizeY() {
 194         return _print_size_y;
 195     }
 196
 197     final double getScaleBarLength() {
 198         return _scale_bar_length;
 199     }
 200
 201     final TAXONOMY_EXTRACTION getTaxonomyExtraction() {
 202         return _taxonomy_extraction;
 203     }
 204
 205     final boolean isAbbreviateScientificTaxonNames() {
 206         return _abbreviate_scientific_names;
 207     }
 208
 209     boolean isAllowMagnificationOfTaxonomyImages() {
 210         return true;
 211     }
 212
 213     final boolean isAntialiasPrint() {
 214         return _antialias_print;
 215     }
 216
 217     final boolean isAntialiasScreen() {
 218         return _antialias_screen;
 219     }
 220
 221     final boolean isBackgroundColorGradient() {
 222         return _background_color_gradient;
 223     }
 224
 225     final boolean isColorByTaxonomicGroup() {
 226         return _color_by_taxonomic_group;
 227     }
 228
 229     final boolean isColorLabelsSameAsParentBranch() {
 230         return _color_labels_same_as_parent_branch;
 231     }
 232
 233     final boolean isEditable() {
 234         return _editable;
 235     }
 236
 237     final boolean isGraphicsExportUsingActualSize() {
 238         return _graphics_export_using_actual_size;
 239     }
 240
 241     final boolean isGraphicsExportVisibleOnly() {
 242         return _graphics_export_visible_only;
 243     }
 244
 245     final boolean isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() {
 246         return _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 247     }
 248
 249     final boolean isInverseSearchResult() {
 250         return _inverse_search_result;
 251     }
 252
 253     final boolean isMatchWholeTermsOnly() {
 254         return _match_whole_terms_only;
 255     }
 256
 257     final boolean isPrintBlackAndWhite() {
 258         return _print_black_and_white;
 259     }
 260
 261     final boolean isPrintUsingActualSize() {
 262         return _print_using_actual_size;
 263     }
 264
 265     final boolean isReplaceUnderscoresInNhParsing() {
 266         return _nh_parsing_replace_underscores;
 267     }
 268
 269     final boolean isSearchCaseSensitive() {
 270         return _search_case_sensitive;
 271     }
 272
 273     final boolean isShowBranchLengthValues() {
 274         return _show_branch_length_values;
 275     }
 276
 277     boolean isShowConfidenceStddev() {
 278         return _show_confidence_stddev;
 279     }
 280
 281     boolean isShowDefaultNodeShapesExternal() {
 282         return _show_default_node_shapes_external;
 283     }
 284
 285     boolean isShowDefaultNodeShapesInternal() {
 286         return _show_default_node_shapes_internal;
 287     }
 288
 289     final boolean isShowOverview() {
 290         return _show_overview;
 291     }
 292
 293     final boolean isShowScale() {
 294         return _show_scale;
 295     }
 296
 297     final void setAbbreviateScientificTaxonNames( final boolean abbreviate_scientific_names ) {
 298         _abbreviate_scientific_names = abbreviate_scientific_names;
 299     }
 300
 301     final void setAntialiasPrint( final boolean antialias_print ) {
 302         _antialias_print = antialias_print;
 303     }
 304
 305     final void setAntialiasScreen( final boolean antialias_screen ) {
 306         _antialias_screen = antialias_screen;
 307     }
 308
 309     final void setBaseFont( final Font base_font ) {
 310         _base_font = base_font;
 311     }
 312
 313     final void setCladogramType( final CLADOGRAM_TYPE cladogram_type ) {
 314         _cladogram_type = cladogram_type;
 315     }
 316
 317     final void setColorByTaxonomicGroup( final boolean color_by_taxonomic_group ) {
 318         _color_by_taxonomic_group = color_by_taxonomic_group;
 319     }
 320
 321     final void setDefaultNodeFill( final NodeFill default_node_fill ) {
 322         _default_node_fill = default_node_fill;
 323     }
 324
 325     final void setDefaultNodeShape( final NodeShape default_node_shape ) {
 326         _default_node_shape = default_node_shape;
 327     }
 328
 329     final void setDefaultNodeShapeSize( final short default_node_shape_size ) {
 330         _default_node_shape_size = default_node_shape_size;
 331     }
 332
 333     final void setEditable( final boolean editable ) {
 334         _editable = editable;
 335     }
 336
 337     final void setGraphicsExportUsingActualSize( final boolean graphics_export_using_actual_size ) {
 338         _graphics_export_using_actual_size = graphics_export_using_actual_size;
 339         if ( !graphics_export_using_actual_size ) {
 340             setGraphicsExportVisibleOnly( false );
 341         }
 342     }
 343
 344     final void setGraphicsExportVisibleOnly( final boolean graphics_export_visible_only ) {
 345         _graphics_export_visible_only = graphics_export_visible_only;
 346         if ( graphics_export_visible_only ) {
 347             setGraphicsExportUsingActualSize( true );
 348         }
 349     }
 350
 351     final void setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( final boolean internal_number_are_confidence_for_nh_parsing ) {
 352         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = internal_number_are_confidence_for_nh_parsing;
 353     }
 354
 355     final void setInverseSearchResult( final boolean inverse_search_result ) {
 356         _inverse_search_result = inverse_search_result;
 357     }
 358
 359     final void setMatchWholeTermsOnly( final boolean search_whole_words_only ) {
 360         _match_whole_terms_only = search_whole_words_only;
 361     }
 362
 363     final void setMinConfidenceValue( final double min_confidence_value ) {
 364         _min_confidence_value = min_confidence_value;
 365     }
 366
 367     void setNhConversionSupportValueStyle( final NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE nh_conversion_support_value_style ) {
 368         _nh_conversion_support_value_style = nh_conversion_support_value_style;
 369     }
 370
 371     final void setNodeLabelDirection( final NODE_LABEL_DIRECTION node_label_direction ) {
 372         _node_label_direction = node_label_direction;
 373     }
 374
 375     final void setOvPlacement( final OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE ov_placement ) {
 376         _ov_placement = ov_placement;
 377     }
 378
 379     final void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE phylogeny_graphics_type ) {
 380         _phylogeny_graphics_type = phylogeny_graphics_type;
 381     }
 382
 383     final void setPrintBlackAndWhite( final boolean print_black_and_white ) {
 384         _print_black_and_white = print_black_and_white;
 385     }
 386
 387     final void setPrintLineWidth( final float print_line_width ) {
 388         _print_line_width = print_line_width;
 389     }
 390
 391     final void setPrintSizeX( final int print_size_x ) {
 392         _print_size_x = print_size_x;
 393     }
 394
 395     final void setPrintSizeY( final int print_size_y ) {
 396         _print_size_y = print_size_y;
 397     }
 398
 399     final void setPrintUsingActualSize( final boolean print_using_actual_size ) {
 400         _print_using_actual_size = print_using_actual_size;
 401     }
 402
 403     final void setReplaceUnderscoresInNhParsing( final boolean nh_parsing_replace_underscores ) {
 404         _nh_parsing_replace_underscores = nh_parsing_replace_underscores;
 405     }
 406
 407     final void setScaleBarLength( final double scale_bar_length ) {
 408         _scale_bar_length = scale_bar_length;
 409     }
 410
 411     final void setSearchCaseSensitive( final boolean search_case_sensitive ) {
 412         _search_case_sensitive = search_case_sensitive;
 413     }
 414
 415     final void setShowBranchLengthValues( final boolean show_branch_length_values ) {
 416         _show_branch_length_values = show_branch_length_values;
 417     }
 418
 419     void setShowConfidenceStddev( final boolean show_confidence_stddev ) {
 420         _show_confidence_stddev = show_confidence_stddev;
 421     }
 422
 423     void setShowDefaultNodeShapesExternal( final boolean show_default_node_shapes_external ) {
 424         _show_default_node_shapes_external = show_default_node_shapes_external;
 425     }
 426
 427     void setShowDefaultNodeShapesInternal( final boolean show_default_node_shapes_internal ) {
 428         _show_default_node_shapes_internal = show_default_node_shapes_internal;
 429     }
 430
 431     final void setShowOverview( final boolean show_overview ) {
 432         _show_overview = show_overview;
 433     }
 434
 435     final void setShowScale( final boolean show_scale ) {
 436         _show_scale = show_scale;
 437     }
 438
 439     final void setTaxonomyExtraction( final TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction ) {
 440         _taxonomy_extraction = taxonomy_extraction;
 441     }
 442
 443     final private void init() {
 444         _default_node_shape = NodeShape.CIRCLE;
 445         _default_node_fill = NodeFill.GRADIENT;
 446         _default_node_shape_size = Constants.DEFAULT_NODE_SHAPE_SIZE_DEFAULT;
 447         _show_branch_length_values = false;
 448         _internal_number_are_confidence_for_nh_parsing = false;
 449         _show_scale = false;
 450         _antialias_screen = true;
 451         _antialias_print = true;
 452         _graphics_export_visible_only = false;
 453         _editable = true;
 454         _background_color_gradient = false;
 455         _show_default_node_shapes_internal = false;
 456         _show_default_node_shapes_external = false;
 457         if ( AptxUtil.isUsOrCanada() ) {
 458             _print_size_x = Constants.US_LETTER_SIZE_X;
 459             _print_size_y = Constants.US_LETTER_SIZE_Y;
 460         }
 461         else {
 462             _print_size_x = Constants.A4_SIZE_X;
 463             _print_size_y = Constants.A4_SIZE_Y;
 464         }
 465         _min_confidence_value = MIN_CONFIDENCE_DEFAULT;
 466         _print_black_and_white = false;
 467         _print_using_actual_size = false;
 468         _graphics_export_using_actual_size = true;
 469         _phylogeny_graphics_type = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 470         _base_font = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(), Font.PLAIN, 10 );
 471         _match_whole_terms_only = false;
 472         _search_case_sensitive = false;
 473         _print_line_width = Constants.PDF_LINE_WIDTH_DEFAULT;
 474         _show_overview = true;
 475         _ov_placement = OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE.UPPER_LEFT;
 476         _node_label_direction = NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL;
 477         _inverse_search_result = false;
 478         _scale_bar_length = 0.0;
 479         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_BRANCH_LENGTH_VALUES_DEFAULT;
 480         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = Constants.NUMBER_OF_DIGITS_AFTER_COMMA_FOR_CONFIDENCE_VALUES_DEFAULT;
 481         _nh_parsing_replace_underscores = false;
 482         _taxonomy_extraction = TAXONOMY_EXTRACTION.NO;
 483         _cladogram_type = Constants.CLADOGRAM_TYPE_DEFAULT;
 484         _show_domain_labels = true;
 485         _show_annotation_ref_source = true;
 486         setAbbreviateScientificTaxonNames( false );
 487         _color_labels_same_as_parent_branch = false;
 488         _show_confidence_stddev = true;
 489         _nh_conversion_support_value_style = NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE;
 490         _ext_desc_data_to_return = NODE_DATA.UNKNOWN;
 491     }
 492
 493     final private void setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLength( final short number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values ) {
 494         _number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values = number_of_digits_after_comma_for_branch_length_values;
 495     }
 496
 497     final private void setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( final short number_of_digits_after_comma_for_confidence_values ) {
 498         _number_of_digits_after_comma_for_confidence_values = number_of_digits_after_comma_for_confidence_values;
 499     }
 500
 501     public final static Options createInstance( final Configuration configuration ) {
 502         final Options instance = createDefaultInstance();
 503         if ( configuration != null ) {
 504             instance.setAntialiasScreen( configuration.isAntialiasScreen() );
 505             instance.setShowScale( configuration.isShowScale() );
 506             instance.setShowBranchLengthValues( configuration.isShowBranchLengthValues() );
 507             instance.setShowOverview( configuration.isShowOverview() );
 508             instance.setColorByTaxonomicGroup( configuration.isColorByTaxonomicGroup() );
 509             instance.setCladogramType( configuration.getCladogramType() );
 510             instance.setOvPlacement( configuration.getOvPlacement() );
 511             instance.setPrintLineWidth( configuration.getPrintLineWidth() );
 512             instance.setNodeLabelDirection( configuration.getNodeLabelDirection() );
 513             instance.setBackgroundColorGradient( configuration.isBackgroundColorGradient() );
 514             if ( configuration.getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() >= 0 ) {
 515                 instance.setNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLength( configuration
 516                         .getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() );
 517             }
 518             if ( configuration.getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() >= 0 ) {
 519                 instance.setNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues( configuration
 520                         .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() );
 521             }
 522             instance.setTaxonomyExtraction( configuration.getTaxonomyExtraction() );
 523             instance.setReplaceUnderscoresInNhParsing( configuration.isReplaceUnderscoresInNhParsing() );
 524             instance.setInternalNumberAreConfidenceForNhParsing( configuration
 525                     .isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() );
 526             instance.setEditable( configuration.isEditable() );
 527             instance.setColorLabelsSameAsParentBranch( configuration.isColorLabelsSameAsParentBranch() );
 528             instance.setShowDomainLabels( configuration.isShowDomainLabels() );
 529             instance.setShowAnnotationRefSource( configuration.isShowAnnotationRefSource() );
 530             instance.setAbbreviateScientificTaxonNames( configuration.isAbbreviateScientificTaxonNames() );
 531             if ( configuration.getMinConfidenceValue() != MIN_CONFIDENCE_DEFAULT ) {
 532                 instance.setMinConfidenceValue( configuration.getMinConfidenceValue() );
 533             }
 534             if ( configuration.getGraphicsExportX() > 0 ) {
 535                 instance.setPrintSizeX( configuration.getGraphicsExportX() );
 536             }
 537             if ( configuration.getGraphicsExportY() > 0 ) {
 538                 instance.setPrintSizeY( configuration.getGraphicsExportY() );
 539             }
 540             if ( configuration.getBaseFontSize() > 0 ) {
 541                 instance.setBaseFont( instance.getBaseFont().deriveFont( ( float ) configuration.getBaseFontSize() ) );
 542             }
 543             if ( !ForesterUtil.isEmpty( configuration.getBaseFontFamilyName() ) ) {
 544                 instance.setBaseFont( new Font( configuration.getBaseFontFamilyName(), Font.PLAIN, instance
 545                         .getBaseFont().getSize() ) );
 546             }
 547             if ( configuration.getPhylogenyGraphicsType() != null ) {
 548                 instance.setPhylogenyGraphicsType( configuration.getPhylogenyGraphicsType() );
 549             }
 550             if ( configuration.getDefaultNodeFill() != null ) {
 551                 instance.setDefaultNodeFill( configuration.getDefaultNodeFill() );
 552             }
 553             if ( configuration.getDefaultNodeShape() != null ) {
 554                 instance.setDefaultNodeShape( configuration.getDefaultNodeShape() );
 555             }
 556             if ( configuration.getDefaultNodeShapeSize() >= 0 ) {
 557                 instance.setDefaultNodeShapeSize( configuration.getDefaultNodeShapeSize() );
 558             }
 559             instance.setShowDefaultNodeShapesInternal( configuration.isShowDefaultNodeShapesInternal() );
 560             instance.setShowDefaultNodeShapesExternal( configuration.isShowDefaultNodeShapesExternal() );
 561             if ( configuration.getExtDescNodeDataToReturn() != null ) {
 562                 instance.setExtDescNodeDataToReturn( configuration.getExtDescNodeDataToReturn() );
 563             }
 564             instance.setAllowErrorsInDistanceToParent( false );
 565         }
 566         return instance;
 567     }
 568
 569     final static Options createDefaultInstance() {
 570         return new Options();
 571     }
 572
 573     public static enum CLADOGRAM_TYPE {
 574         EXT_NODE_SUM_DEP, NON_LINED_UP, TOTAL_NODE_SUM_DEP;
 575     }
 576
 577     public static enum NODE_LABEL_DIRECTION {
 578         HORIZONTAL, RADIAL;
 579     }
 580
 581     public static enum PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE {
 582         CIRCULAR, CONVEX, CURVED, EURO_STYLE, RECTANGULAR, ROUNDED, TRIANGULAR, UNROOTED;
 583     }
 584
 585     static enum OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE {
 586         LOWER_LEFT( "lower left" ),
 587         LOWER_RIGHT( "lower right" ),
 588         UPPER_LEFT( "upper left" ),
 589         UPPER_RIGHT( "upper right" );
 590
 591         private final String _name;
 592
 593         private OVERVIEW_PLACEMENT_TYPE( final String name ) {
 594             _name = name;
 595         }
 596
 597         @Override
 598         public String toString() {
 599             return _name;
 600         }
 601
 602         public String toTag() {
 603             return toString().replaceAll( " ", "_" );
 604         }
 605     }
 606 }