forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/TreePanel.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.BasicStroke;
  29 import java.awt.Color;
  30 import java.awt.Cursor;
  31 import java.awt.Dimension;
  32 import java.awt.Font;
  33 import java.awt.GradientPaint;
  34 import java.awt.Graphics;
  35 import java.awt.Graphics2D;
  36 import java.awt.Point;
  37 import java.awt.Polygon;
  38 import java.awt.Rectangle;
  39 import java.awt.RenderingHints;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.event.FocusAdapter;
  43 import java.awt.event.FocusEvent;
  44 import java.awt.event.InputEvent;
  45 import java.awt.event.KeyAdapter;
  46 import java.awt.event.KeyEvent;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  49 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  50 import java.awt.font.FontRenderContext;
  51 import java.awt.font.TextLayout;
  52 import java.awt.geom.AffineTransform;
  53 import java.awt.geom.Arc2D;
  54 import java.awt.geom.CubicCurve2D;
  55 import java.awt.geom.Ellipse2D;
  56 import java.awt.geom.Line2D;
  57 import java.awt.geom.QuadCurve2D;
  58 import java.awt.geom.Rectangle2D;
  59 import java.awt.image.BufferedImage;
  60 import java.awt.print.PageFormat;
  61 import java.awt.print.Printable;
  62 import java.awt.print.PrinterException;
  63 import java.io.File;
  64 import java.io.IOException;
  65 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  66 import java.net.URI;
  67 import java.net.URISyntaxException;
  68 import java.net.URLEncoder;
  69 import java.text.DecimalFormat;
  70 import java.text.DecimalFormatSymbols;
  71 import java.text.NumberFormat;
  72 import java.util.ArrayList;
  73 import java.util.Collections;
  74 import java.util.HashMap;
  75 import java.util.HashSet;
  76 import java.util.Hashtable;
  77 import java.util.List;
  78 import java.util.Set;
  79 import java.util.SortedSet;
  80
  81 import javax.swing.BorderFactory;
  82 import javax.swing.JApplet;
  83 import javax.swing.JColorChooser;
  84 import javax.swing.JDialog;
  85 import javax.swing.JMenuItem;
  86 import javax.swing.JOptionPane;
  87 import javax.swing.JPanel;
  88 import javax.swing.JPopupMenu;
  89 import javax.swing.JTextArea;
  90 import javax.swing.Popup;
  91 import javax.swing.PopupFactory;
  92
  93 import org.forester.archaeopteryx.Configuration.EXT_NODE_DATA_RETURN_ON;
  94 import org.forester.archaeopteryx.ControlPanel.NodeClickAction;
  95 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  96 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  97 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  98 import org.forester.archaeopteryx.phylogeny.data.RenderableDomainArchitecture;
  99 import org.forester.archaeopteryx.phylogeny.data.RenderableVector;
 100 import org.forester.archaeopteryx.tools.Blast;
 101 import org.forester.archaeopteryx.tools.ImageLoader;
 102 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlUtil;
 103 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
 104 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
 105 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
 106 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods.DESCENDANT_SORT_PRIORITY;
 107 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
 108 import org.forester.phylogeny.data.Annotation;
 109 import org.forester.phylogeny.data.BranchColor;
 110 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
 111 import org.forester.phylogeny.data.Event;
 112 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
 113 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
 114 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
 115 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
 116 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
 117 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
 118 import org.forester.phylogeny.data.Property;
 119 import org.forester.phylogeny.data.Sequence;
 120 import org.forester.phylogeny.data.SequenceRelation;
 121 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
 122 import org.forester.phylogeny.data.Uri;
 123 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
 124 import org.forester.phylogeny.iterators.PreorderTreeIterator;
 125 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 126 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 127 import org.forester.util.ForesterConstants;
 128 import org.forester.util.ForesterUtil;
 129 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 130
 131 public final class TreePanel extends JPanel implements ActionListener, MouseWheelListener, Printable {
 132
 133     private static final float           PI                                                 = ( float ) ( Math.PI );
 134     private static final double          TWO_PI                                             = 2 * Math.PI;
 135     private static final float           ONEHALF_PI                                         = ( float ) ( 1.5 * Math.PI );
 136     private static final float           HALF_PI                                            = ( float ) ( Math.PI / 2.0 );
 137     private static final float           ANGLE_ROTATION_UNIT                                = ( float ) ( Math.PI / 32 );
 138     private static final short           OV_BORDER                                          = 10;
 139     final static Cursor                  CUT_CURSOR                                         = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.CROSSHAIR_CURSOR );
 140     final static Cursor                  MOVE_CURSOR                                        = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.MOVE_CURSOR );
 141     final static Cursor                  ARROW_CURSOR                                       = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.DEFAULT_CURSOR );
 142     final static Cursor                  HAND_CURSOR                                        = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.HAND_CURSOR );
 143     final static Cursor                  WAIT_CURSOR                                        = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.WAIT_CURSOR );
 144     private final static long            serialVersionUID                                   = -978349745916505029L;
 145     private final static int             EURO_D                                             = 10;
 146     private final static String          NODE_POPMENU_NODE_CLIENT_PROPERTY                  = "node";
 147     private final static int             MIN_ROOT_LENGTH                                    = 3;
 148     private final static int             MAX_SUBTREES                                       = 100;
 149     private final static int             MAX_NODE_FRAMES                                    = 10;
 150     private final static int             MOVE                                               = 20;
 151     private final static NumberFormat    FORMATTER_CONFIDENCE;
 152     private final static NumberFormat    FORMATTER_BRANCH_LENGTH;
 153     private final static int             WIGGLE                                             = 2;
 154     private final static int             LIMIT_FOR_HQ_RENDERING                             = 1000;
 155     private final static int             CONFIDENCE_LEFT_MARGIN                             = 4;
 156     private final RenderingHints         _rendering_hints                                   = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
 157                                                                                                                   RenderingHints.VALUE_RENDER_DEFAULT );
 158     private File                         _treefile                                          = null;
 159     private Configuration                _configuration                                     = null;
 160     private final NodeFrame[]            _node_frames                                       = new NodeFrame[ TreePanel.MAX_NODE_FRAMES ];
 161     private int                          _node_frame_index                                  = 0;
 162     private Phylogeny                    _phylogeny                                         = null;
 163     private final Phylogeny[]            _sub_phylogenies                                   = new Phylogeny[ TreePanel.MAX_SUBTREES ];
 164     private final PhylogenyNode[]        _sub_phylogenies_temp_roots                        = new PhylogenyNode[ TreePanel.MAX_SUBTREES ];
 165     private int                          _subtree_index                                     = 0;
 166     private MainPanel                    _main_panel                                        = null;
 167     private Set<Long>                    _found_nodes                                       = null;
 168     private PhylogenyNode                _highlight_node                                    = null;
 169     private JPopupMenu                   _node_popup_menu                                   = null;
 170     private JMenuItem                    _node_popup_menu_items[]                           = null;
 171     private int                          _longest_ext_node_info                             = 0;
 172     private float                        _x_correction_factor                               = 0.0f;
 173     private float                        _ov_x_correction_factor                            = 0.0f;
 174     private float                        _x_distance                                        = 0.0f;
 175     private float                        _y_distance                                        = 0.0f;
 176     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE      _graphics_type                                     = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 177     private double                       _domain_structure_width                            = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_DEFAULT_WIDTH;
 178     private int                          _domain_structure_e_value_thr_exp                  = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_E_VALUE_THR_DEFAULT_EXP;
 179     private float                        _last_drag_point_x                                 = 0;
 180     private float                        _last_drag_point_y                                 = 0;
 181     private ControlPanel                 _control_panel                                     = null;
 182     private int                          _external_node_index                               = 0;
 183     private final Polygon                _polygon                                           = new Polygon();
 184     private final StringBuilder          _sb                                                = new StringBuilder();
 185     private JColorChooser                _color_chooser                                     = null;
 186     private double                       _scale_distance                                    = 0.0;
 187     private String                       _scale_label                                       = null;
 188     private final CubicCurve2D           _cubic_curve                                       = new CubicCurve2D.Float();
 189     private final QuadCurve2D            _quad_curve                                        = new QuadCurve2D.Float();
 190     private final Line2D                 _line                                              = new Line2D.Float();
 191     private final Ellipse2D              _ellipse                                           = new Ellipse2D.Float();
 192     private final Rectangle2D            _rectangle                                         = new Rectangle2D.Float();
 193     private Options                      _options                                           = null;
 194     private float                        _ov_max_width                                      = 0;
 195     private float                        _ov_max_height                                     = 0;
 196     private int                          _ov_x_position                                     = 0;
 197     private int                          _ov_y_position                                     = 0;
 198     private int                          _ov_y_start                                        = 0;
 199     private float                        _ov_y_distance                                     = 0;
 200     private float                        _ov_x_distance                                     = 0;
 201     private boolean                      _ov_on                                             = false;
 202     private double                       _urt_starting_angle                                = ( float ) ( Math.PI / 2 );
 203     private float                        _urt_factor                                        = 1;
 204     private float                        _urt_factor_ov                                     = 1;
 205     private final boolean                _phy_has_branch_lengths;
 206     private final Rectangle2D            _ov_rectangle                                      = new Rectangle2D.Float();
 207     private boolean                      _in_ov_rect                                        = false;
 208     private boolean                      _in_ov                                             = false;
 209     private final Rectangle              _ov_virtual_rectangle                              = new Rectangle();
 210     final private static double          _180_OVER_PI                                       = 180.0 / Math.PI;
 211     private static final float           ROUNDED_D                                          = 8;
 212     private int                          _circ_max_depth;
 213     private PhylogenyNode                _root;
 214     final private Arc2D                  _arc                                               = new Arc2D.Double();
 215     final private HashMap<Long, Double>  _urt_nodeid_angle_map                              = new HashMap<Long, Double>();
 216     final private HashMap<Long, Integer> _urt_nodeid_index_map                              = new HashMap<Long, Integer>();
 217     final private Set<Long>              _collapsed_external_nodeid_set                     = new HashSet<Long>();
 218     HashMap<Long, Short>                 _nodeid_dist_to_leaf                               = new HashMap<Long, Short>();
 219     private AffineTransform              _at;
 220     private double                       _max_distance_to_root                              = -1;
 221     private int                          _dynamic_hiding_factor                             = 0;
 222     private boolean                      _edited                                            = false;
 223     private Popup                        _node_desc_popup;
 224     private JTextArea                    _rollover_popup;
 225     private final StringBuffer           _popup_buffer                                      = new StringBuffer();
 226     final private static Font            POPUP_FONT                                         = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(),
 227                                                                                                         Font.PLAIN,
 228                                                                                                         12 );
 229     private Sequence                     _query_sequence                                    = null;
 230     private final FontRenderContext      _frc                                               = new FontRenderContext( null,
 231                                                                                                                      false,
 232                                                                                                                      false );
 233     // expression values menu:
 234     private DescriptiveStatistics        _statistics_for_vector_data;
 235     private PhylogenyNode[]              _nodes_in_preorder                                 = null;
 236     private StringBuilder                _current_external_nodes_data_buffer                = new StringBuilder();
 237     private int                          _current_external_nodes_data_buffer_change_counter = 0;
 238     private Set<Long>                    _current_external_nodes                            = null;
 239     //  private Image                           offscreenImage;
 240     //  private Graphics                        offscreenGraphics;
 241     //  private Dimension                       offscreenDimension;
 242     static {
 243         final DecimalFormatSymbols dfs = new DecimalFormatSymbols();
 244         dfs.setDecimalSeparator( '.' );
 245         FORMATTER_CONFIDENCE = new DecimalFormat( "#.###", dfs );
 246         FORMATTER_BRANCH_LENGTH = new DecimalFormat( "#.###", dfs );
 247     }
 248
 249     TreePanel( final Phylogeny t, final Configuration configuration, final MainPanel tjp ) {
 250         requestFocusInWindow();
 251         addKeyListener( new KeyAdapter() {
 252
 253             @Override
 254             public void keyPressed( final KeyEvent key_event ) {
 255                 keyPressedCalls( key_event );
 256                 requestFocusInWindow();
 257             }
 258         } );
 259         addFocusListener( new FocusAdapter() {
 260
 261             @Override
 262             public void focusGained( final FocusEvent e ) {
 263                 requestFocusInWindow();
 264             }
 265         } );
 266         if ( ( t == null ) || t.isEmpty() ) {
 267             throw new IllegalArgumentException( "attempt to draw phylogeny which is null or empty" );
 268         }
 269         _graphics_type = tjp.getOptions().getPhylogenyGraphicsType();
 270         _main_panel = tjp;
 271         _configuration = configuration;
 272         _phylogeny = t;
 273         _phy_has_branch_lengths = AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( _phylogeny );
 274         init();
 275         // if ( !_phylogeny.isEmpty() ) {
 276         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 277         checkForVectorProperties( _phylogeny );
 278         // }
 279         setBackground( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
 280         final MouseListener mouse_listener = new MouseListener( this );
 281         addMouseListener( mouse_listener );
 282         addMouseMotionListener( mouse_listener );
 283         addMouseWheelListener( this );
 284         calculateScaleDistance();
 285         FORMATTER_CONFIDENCE.setMaximumFractionDigits( configuration.getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() );
 286         FORMATTER_BRANCH_LENGTH.setMaximumFractionDigits( configuration
 287                 .getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() );
 288     }
 289
 290     @Override
 291     final public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
 292         boolean done = false;
 293         final JMenuItem node_popup_menu_item = ( JMenuItem ) e.getSource();
 294         for( int index = 0; ( index < _node_popup_menu_items.length ) && !done; index++ ) {
 295             // NOTE: index corresponds to the indices of click-to options
 296             // in the control panel.
 297             if ( node_popup_menu_item == _node_popup_menu_items[ index ] ) {
 298                 // Set this as the new default click-to action
 299                 _main_panel.getControlPanel().setClickToAction( index );
 300                 final PhylogenyNode node = ( PhylogenyNode ) _node_popup_menu
 301                         .getClientProperty( NODE_POPMENU_NODE_CLIENT_PROPERTY );
 302                 handleClickToAction( _control_panel.getActionWhenNodeClicked(), node );
 303                 done = true;
 304             }
 305         }
 306         repaint();
 307         requestFocusInWindow();
 308     }
 309
 310     public synchronized Hashtable<String, BufferedImage> getImageMap() {
 311         return getMainPanel().getImageMap();
 312     }
 313
 314     final public MainPanel getMainPanel() {
 315         return _main_panel;
 316     }
 317
 318     /**
 319      * Get a pointer to the phylogeny
 320      *
 321      * @return a pointer to the phylogeny
 322      */
 323     public final Phylogeny getPhylogeny() {
 324         return _phylogeny;
 325     }
 326
 327     @Override
 328     final public void mouseWheelMoved( final MouseWheelEvent e ) {
 329         final int notches = e.getWheelRotation();
 330         if ( inOvVirtualRectangle( e ) ) {
 331             if ( !isInOvRect() ) {
 332                 setInOvRect( true );
 333                 repaint();
 334             }
 335         }
 336         else {
 337             if ( isInOvRect() ) {
 338                 setInOvRect( false );
 339                 repaint();
 340             }
 341         }
 342         if ( e.isControlDown() ) {
 343             if ( notches < 0 ) {
 344                 getTreeFontSet().increaseFontSize();
 345                 getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
 346             }
 347             else {
 348                 getTreeFontSet().decreaseFontSize( 1, false );
 349                 getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
 350             }
 351         }
 352         else if ( e.isShiftDown() ) {
 353             if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
 354                     || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 355                 if ( notches < 0 ) {
 356                     for( int i = 0; i < ( -notches ); ++i ) {
 357                         setStartingAngle( ( getStartingAngle() % TWO_PI ) + ANGLE_ROTATION_UNIT );
 358                         getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 359                     }
 360                 }
 361                 else {
 362                     for( int i = 0; i < notches; ++i ) {
 363                         setStartingAngle( ( getStartingAngle() % TWO_PI ) - ANGLE_ROTATION_UNIT );
 364                         if ( getStartingAngle() < 0 ) {
 365                             setStartingAngle( TWO_PI + getStartingAngle() );
 366                         }
 367                         getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 368                     }
 369                 }
 370             }
 371             else {
 372                 if ( notches < 0 ) {
 373                     for( int i = 0; i < ( -notches ); ++i ) {
 374                         getControlPanel().zoomInY( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
 375                         getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 376                     }
 377                 }
 378                 else {
 379                     for( int i = 0; i < notches; ++i ) {
 380                         getControlPanel().zoomOutY( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR );
 381                         getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 382                     }
 383                 }
 384             }
 385         }
 386         else {
 387             if ( notches < 0 ) {
 388                 for( int i = 0; i < ( -notches ); ++i ) {
 389                     getControlPanel().zoomInX( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR,
 390                                                Constants.WHEEL_ZOOM_IN_X_CORRECTION_FACTOR );
 391                     getControlPanel().zoomInY( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
 392                     getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 393                 }
 394             }
 395             else {
 396                 for( int i = 0; i < notches; ++i ) {
 397                     getControlPanel().zoomOutY( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR );
 398                     getControlPanel().zoomOutX( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR,
 399                                                 Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_X_CORRECTION_FACTOR );
 400                     getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 401                 }
 402             }
 403         }
 404         requestFocus();
 405         requestFocusInWindow();
 406         requestFocus();
 407     }
 408
 409     @Override
 410     final public void paintComponent( final Graphics g ) {
 411         // Dimension currentSize = getSize();
 412         //  if ( offscreenImage == null || !currentSize.equals( offscreenDimension ) ) {
 413         // call the 'java.awt.Component.createImage(...)' method to get an
 414         // image
 415         //   offscreenImage = createImage( currentSize.width, currentSize.height );
 416         //  offscreenGraphics = offscreenImage.getGraphics();
 417         //  offscreenDimension = currentSize;
 418         // }
 419         // super.paintComponent( g ); //why?
 420         //final Graphics2D g2d = ( Graphics2D ) offscreenGraphics;
 421         final Graphics2D g2d = ( Graphics2D ) g;
 422         g2d.setRenderingHints( _rendering_hints );
 423         paintPhylogeny( g2d, false, false, 0, 0, 0, 0 );
 424         //g.drawImage( offscreenImage, 0, 0, this );
 425     }
 426
 427     @Override
 428     final public int print( final Graphics g, final PageFormat page_format, final int page_index )
 429             throws PrinterException {
 430         if ( page_index > 0 ) {
 431             return ( NO_SUCH_PAGE );
 432         }
 433         else {
 434             final Graphics2D g2d = ( Graphics2D ) g;
 435             g2d.translate( page_format.getImageableX(), page_format.getImageableY() );
 436             // Turn off double buffering !?
 437             paintPhylogeny( g2d, true, false, 0, 0, 0, 0 );
 438             // Turn double buffering back on !?
 439             return ( PAGE_EXISTS );
 440         }
 441     }
 442
 443     public final void setEdited( final boolean edited ) {
 444         _edited = edited;
 445     }
 446
 447     public synchronized void setImageMap( final Hashtable<String, BufferedImage> image_map ) {
 448         getMainPanel().setImageMap( image_map );
 449     }
 450
 451     /**
 452      * Set a phylogeny tree.
 453      *
 454      * @param t
 455      *            an instance of a Phylogeny
 456      */
 457     public final void setTree( final Phylogeny t ) {
 458         setNodeInPreorderToNull();
 459         _phylogeny = t;
 460     }
 461
 462     public final void setWaitCursor() {
 463         setCursor( WAIT_CURSOR );
 464         repaint();
 465     }
 466
 467     @Override
 468     public void update( final Graphics g ) {
 469         paint( g );
 470     }
 471
 472     final void calcMaxDepth() {
 473         if ( _phylogeny != null ) {
 474             _circ_max_depth = PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( _phylogeny );
 475         }
 476     }
 477
 478     /**
 479      * Set parameters for printing the displayed tree
 480      *
 481      */
 482     final void calcParametersForPainting( final int x, final int y, final boolean recalc_longest_ext_node_info ) {
 483         // updateStyle(); not needed?
 484         if ( ( _phylogeny != null ) && !_phylogeny.isEmpty() ) {
 485             initNodeData();
 486             if ( recalc_longest_ext_node_info ) {
 487                 calculateLongestExtNodeInfo();
 488                 if ( getOptions().isAllowFontSizeChange() ) {
 489                     if ( ( getLongestExtNodeInfo() > ( x * 0.6 ) )
 490                             && ( getTreeFontSet().getLargeFont().getSize() > 2 + TreeFontSet.FONT_SIZE_CHANGE_STEP ) ) {
 491                         while ( ( getLongestExtNodeInfo() > ( x * 0.7 ) )
 492                                 && ( getTreeFontSet().getLargeFont().getSize() > 2 ) ) {
 493                             getMainPanel().getTreeFontSet().decreaseFontSize( getConfiguration().getMinBaseFontSize(),
 494                                                                               true );
 495                             calculateLongestExtNodeInfo();
 496                         }
 497                     }
 498                     else {
 499                         while ( ( getLongestExtNodeInfo() < ( x * 0.6 ) )
 500                                 && ( getTreeFontSet().getLargeFont().getSize() <= getTreeFontSet().getLargeFontMemory()
 501                                         .getSize() - TreeFontSet.FONT_SIZE_CHANGE_STEP ) ) {
 502                             getMainPanel().getTreeFontSet().increaseFontSize();
 503                             calculateLongestExtNodeInfo();
 504                         }
 505                     }
 506                 }
 507             }
 508             int ext_nodes = _phylogeny.getRoot().getNumberOfExternalNodes();
 509             final int max_depth = PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( _phylogeny );
 510             if ( ext_nodes == 1 ) {
 511                 ext_nodes = max_depth;
 512                 if ( ext_nodes < 1 ) {
 513                     ext_nodes = 1;
 514                 }
 515             }
 516             updateOvSizes();
 517             float xdist = 0;
 518             float ov_xdist = 0;
 519             if ( !isNonLinedUpCladogram() && !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
 520                 xdist = ( float ) ( ( x - getLongestExtNodeInfo() - TreePanel.MOVE ) / ( ext_nodes + 3.0 ) );
 521                 ov_xdist = ( float ) ( getOvMaxWidth() / ( ext_nodes + 3.0 ) );
 522             }
 523             else {
 524                 xdist = ( ( x - getLongestExtNodeInfo() - TreePanel.MOVE ) / ( max_depth + 1 ) );
 525                 ov_xdist = ( getOvMaxWidth() / ( max_depth + 1 ) );
 526             }
 527             float ydist = ( float ) ( ( y - TreePanel.MOVE ) / ( ext_nodes * 2.0 ) );
 528             if ( xdist < 0.0 ) {
 529                 xdist = 0.0f;
 530             }
 531             if ( ov_xdist < 0.0 ) {
 532                 ov_xdist = 0.0f;
 533             }
 534             if ( ydist < 0.0 ) {
 535                 ydist = 0.0f;
 536             }
 537             setXdistance( xdist );
 538             setYdistance( ydist );
 539             setOvXDistance( ov_xdist );
 540             final double height = _phylogeny.getHeight();
 541             if ( height > 0 ) {
 542                 final float corr = ( float ) ( ( x - TreePanel.MOVE - getLongestExtNodeInfo() - getXdistance() ) / height );
 543                 setXcorrectionFactor( corr > 0 ? corr : 0 );
 544                 final float ov_corr = ( float ) ( ( getOvMaxWidth() - getOvXDistance() ) / height );
 545                 setOvXcorrectionFactor( ov_corr > 0 ? ov_corr : 0 );
 546             }
 547             else {
 548                 setXcorrectionFactor( 0 );
 549                 setOvXcorrectionFactor( 0 );
 550             }
 551             _circ_max_depth = max_depth;
 552             setUpUrtFactor();
 553             //
 554             if ( getOptions().isAllowFontSizeChange() ) {
 555                 if ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
 556                         && ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 557                     //                int dynamic_hiding_factor = calcDynamicHidingFactor();
 558                     //                if ( dynamic_hiding_factor > 1 ) {
 559                     //                    while ( dynamic_hiding_factor > 1
 560                     //                            && getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() > TreeFontSet.SMALL_FONTS_BASE ) {
 561                     //                        getTreeFontSet().decreaseFontSize( 1, true );
 562                     //                        dynamic_hiding_factor = calcDynamicHidingFactor();
 563                     //                    }
 564                     //                }
 565                     //                else if ( getTreeFontSet().isDecreasedSizeBySystem() ) {
 566                     //                    while ( dynamic_hiding_factor < 1 && getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() < 12 ) {
 567                     //                        getTreeFontSet().increaseFontSize();
 568                     //                        dynamic_hiding_factor = calcDynamicHidingFactor();
 569                     //                    }
 570                     //                }
 571                 }
 572             }
 573             //
 574         }
 575     }
 576
 577     final void calculateLongestExtNodeInfo() {
 578         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
 579             return;
 580         }
 581         int max_length = ForesterUtil.roundToInt( ( getSize().getWidth() - MOVE )
 582                 * Constants.EXT_NODE_INFO_LENGTH_MAX_RATIO );
 583         if ( max_length < 40 ) {
 584             max_length = 40;
 585         }
 586         int longest = 30;
 587         for( final PhylogenyNode node : _phylogeny.getExternalNodes() ) {
 588             int sum = 0;
 589             if ( node.isCollapse() ) {
 590                 continue;
 591             }
 592             if ( getControlPanel().isShowNodeNames() ) {
 593                 sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getName() + " " );
 594             }
 595             if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
 596                 if ( getControlPanel().isShowSequenceAcc()
 597                         && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) ) {
 598                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getAccession()
 599                             .getValue()
 600                             + " " );
 601                 }
 602                 if ( getControlPanel().isShowGeneNames() && ( node.getNodeData().getSequence().getName().length() > 0 ) ) {
 603                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getName() + " " );
 604                 }
 605                 if ( getControlPanel().isShowGeneSymbols()
 606                         && ( node.getNodeData().getSequence().getSymbol().length() > 0 ) ) {
 607                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getSymbol() + " " );
 608                 }
 609                 if ( getControlPanel().isShowAnnotation()
 610                         && ( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() != null )
 611                         && !node.getNodeData().getSequence().getAnnotations().isEmpty() ) {
 612                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 )
 613                             .asSimpleText()
 614                             + " " );
 615                 }
 616                 if ( getControlPanel().isShowDomainArchitectures()
 617                         && ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() != null ) ) {
 618                     sum += ( ( RenderableDomainArchitecture ) node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() )
 619                             .getRenderingSize().getWidth();
 620                 }
 621             }
 622             if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 623                 final Taxonomy tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
 624                 if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode() && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 625                     sum += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( tax.getTaxonomyCode() + " " );
 626                 }
 627                 if ( getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames()
 628                         && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 629                     sum += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( tax.getScientificName() + " " );
 630                 }
 631                 if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCommonNames() && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
 632                     sum += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( tax.getCommonName() + " ()" );
 633                 }
 634             }
 635             if ( getControlPanel().isShowProperties() && node.getNodeData().isHasProperties() ) {
 636                 sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( propertiesToString( node ).toString() );
 637             }
 638             if ( getControlPanel().isShowBinaryCharacters() && node.getNodeData().isHasBinaryCharacters() ) {
 639                 sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getBinaryCharacters()
 640                         .getGainedCharactersAsStringBuffer().toString() );
 641             }
 642             if ( sum >= max_length ) {
 643                 setLongestExtNodeInfo( max_length );
 644                 return;
 645             }
 646             if ( sum > longest ) {
 647                 longest = sum;
 648             }
 649         }
 650         if ( longest >= max_length ) {
 651             setLongestExtNodeInfo( max_length );
 652         }
 653         else {
 654             setLongestExtNodeInfo( longest );
 655         }
 656     }
 657
 658     final void calculateScaleDistance() {
 659         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
 660             return;
 661         }
 662         final double height = getMaxDistanceToRoot();
 663         if ( height > 0 ) {
 664             if ( ( height <= 0.5 ) ) {
 665                 setScaleDistance( 0.01 );
 666             }
 667             else if ( height <= 5.0 ) {
 668                 setScaleDistance( 0.1 );
 669             }
 670             else if ( height <= 50.0 ) {
 671                 setScaleDistance( 1 );
 672             }
 673             else if ( height <= 500.0 ) {
 674                 setScaleDistance( 10 );
 675             }
 676             else {
 677                 setScaleDistance( 100 );
 678             }
 679         }
 680         else {
 681             setScaleDistance( 0.0 );
 682         }
 683         String scale_label = String.valueOf( getScaleDistance() );
 684         if ( !ForesterUtil.isEmpty( _phylogeny.getDistanceUnit() ) ) {
 685             scale_label += " [" + _phylogeny.getDistanceUnit() + "]";
 686         }
 687         setScaleLabel( scale_label );
 688     }
 689
 690     final Color calculateTaxonomyBasedColor( final Taxonomy tax ) {
 691         String species = tax.getTaxonomyCode();
 692         if ( ForesterUtil.isEmpty( species ) ) {
 693             species = tax.getScientificName();
 694             if ( ForesterUtil.isEmpty( species ) ) {
 695                 species = tax.getCommonName();
 696             }
 697         }
 698         if ( ForesterUtil.isEmpty( species ) ) {
 699             return getTreeColorSet().getTaxonomyColor();
 700         }
 701         // Look in species hash
 702         Color c = getControlPanel().getSpeciesColors().get( species );
 703         if ( c == null ) {
 704             c = AptxUtil.calculateColorFromString( species );
 705             getControlPanel().getSpeciesColors().put( species, c );
 706         }
 707         return c;
 708     }
 709
 710     void checkForVectorProperties( final Phylogeny phy ) {
 711         final DescriptiveStatistics stats = new BasicDescriptiveStatistics();
 712         for( final PhylogenyNodeIterator iter = phy.iteratorPreorder(); iter.hasNext(); ) {
 713             final PhylogenyNode node = iter.next();
 714             if ( node.getNodeData().getProperties() != null ) {
 715                 final PropertiesMap pm = node.getNodeData().getProperties();
 716                 final double[] vector = new double[ pm.getProperties().size() ];
 717                 int counter = 0;
 718                 for( final String ref : pm.getProperties().keySet() ) {
 719                     if ( ref.startsWith( PhyloXmlUtil.VECTOR_PROPERTY_REF ) ) {
 720                         final Property p = pm.getProperty( ref );
 721                         final String value_str = p.getValue();
 722                         final String index_str = ref
 723                                 .substring( PhyloXmlUtil.VECTOR_PROPERTY_REF.length(), ref.length() );
 724                         double d = -100;
 725                         try {
 726                             d = Double.parseDouble( value_str );
 727                         }
 728                         catch ( final NumberFormatException e ) {
 729                             JOptionPane.showMessageDialog( this, "Could not parse \"" + value_str
 730                                     + "\" into a decimal value", "Problem with Vector Data", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 731                             return;
 732                         }
 733                         int i = -1;
 734                         try {
 735                             i = Integer.parseInt( index_str );
 736                         }
 737                         catch ( final NumberFormatException e ) {
 738                             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 739                                                            "Could not parse \"" + index_str
 740                                                                    + "\" into index for vector data",
 741                                                            "Problem with Vector Data",
 742                                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 743                             return;
 744                         }
 745                         if ( i < 0 ) {
 746                             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 747                                                            "Attempt to use negative index for vector data",
 748                                                            "Problem with Vector Data",
 749                                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 750                             return;
 751                         }
 752                         vector[ i ] = d;
 753                         ++counter;
 754                         stats.addValue( d );
 755                     }
 756                 }
 757                 final List<Double> vector_l = new ArrayList<Double>( counter );
 758                 for( int i = 0; i < counter; ++i ) {
 759                     vector_l.add( vector[ i ] );
 760                 }
 761                 node.getNodeData().setVector( vector_l );
 762             }
 763         }
 764         if ( stats.getN() > 0 ) {
 765             _statistics_for_vector_data = stats;
 766         }
 767     }
 768
 769     void clearCurrentExternalNodesDataBuffer() {
 770         setCurrentExternalNodesDataBuffer( new StringBuilder() );
 771     }
 772
 773     /**
 774      * Collapse the tree from the given node
 775      *
 776      * @param node
 777      *            a PhylogenyNode
 778      */
 779     final void collapse( final PhylogenyNode node ) {
 780         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
 781             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 782                                            "Cannot collapse in unrooted display type",
 783                                            "Attempt to collapse in unrooted display",
 784                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 785             return;
 786         }
 787         if ( !node.isExternal() && !node.isRoot() ) {
 788             final boolean collapse = !node.isCollapse();
 789             AptxUtil.collapseSubtree( node, collapse );
 790             updateSetOfCollapsedExternalNodes();
 791             _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 792             resetNodeIdToDistToLeafMap();
 793             calculateLongestExtNodeInfo();
 794             setNodeInPreorderToNull();
 795             _control_panel.displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
 796             resetPreferredSize();
 797             updateOvSizes();
 798             _main_panel.adjustJScrollPane();
 799             repaint();
 800         }
 801     }
 802
 803     final void collapseSpeciesSpecificSubtrees() {
 804         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
 805             return;
 806         }
 807         setWaitCursor();
 808         AptxUtil.collapseSpeciesSpecificSubtrees( _phylogeny );
 809         updateSetOfCollapsedExternalNodes();
 810         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 811         resetNodeIdToDistToLeafMap();
 812         calculateLongestExtNodeInfo();
 813         setNodeInPreorderToNull();
 814         resetPreferredSize();
 815         _main_panel.adjustJScrollPane();
 816         setArrowCursor();
 817         repaint();
 818     }
 819
 820     final void colorRank( final String rank ) {
 821         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
 822             return;
 823         }
 824         setWaitCursor();
 825         AptxUtil.removeBranchColors( _phylogeny );
 826         final int colorizations = AptxUtil.colorPhylogenyAccordingToRanks( _phylogeny, rank, this );
 827         if ( colorizations > 0 ) {
 828             _control_panel.setColorBranches( true );
 829             if ( _control_panel.getColorBranchesCb() != null ) {
 830                 _control_panel.getColorBranchesCb().setSelected( true );
 831             }
 832             if ( _control_panel.getColorAccSpeciesCb() != null ) {
 833                 _control_panel.getColorAccSpeciesCb().setSelected( false );
 834             }
 835             _options.setColorLabelsSameAsParentBranch( true );
 836             _control_panel.repaint();
 837         }
 838         setArrowCursor();
 839         repaint();
 840         if ( colorizations > 0 ) {
 841             String msg = "Taxonomy colorization via " + rank + " completed:\n";
 842             if ( colorizations > 1 ) {
 843                 msg += "colorized " + colorizations + " subtrees";
 844             }
 845             else {
 846                 msg += "colorized one subtree";
 847             }
 848             setEdited( true );
 849             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 850                                            msg,
 851                                            "Taxonomy Colorization Completed (" + rank + ")",
 852                                            JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE );
 853         }
 854         else {
 855             String msg = "Could not taxonomy colorize any subtree via " + rank + ".\n";
 856             msg += "Possible solutions (given that suitable taxonomic information is present):\n";
 857             msg += "select a different rank (e.g. phylum, genus, ...)\n";
 858             msg += "  and/or\n";
 859             msg += "execute:\n";
 860             msg += "1. \"" + MainFrameApplication.OBTAIN_DETAILED_TAXONOMIC_INFORMATION + "\" (Tools)\n";
 861             msg += "2. \"" + MainFrameApplication.INFER_ANCESTOR_TAXONOMIES + "\" (Analysis)";
 862             JOptionPane.showMessageDialog( this, msg, "Taxonomy Colorization Failed", JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 863         }
 864     }
 865
 866     final void confColor() {
 867         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
 868             return;
 869         }
 870         setWaitCursor();
 871         AptxUtil.removeBranchColors( _phylogeny );
 872         AptxUtil.colorPhylogenyAccordingToConfidenceValues( _phylogeny, this );
 873         _control_panel.setColorBranches( true );
 874         if ( _control_panel.getColorBranchesCb() != null ) {
 875             _control_panel.getColorBranchesCb().setSelected( true );
 876         }
 877         setArrowCursor();
 878         repaint();
 879     }
 880
 881     final void decreaseDomainStructureEvalueThreshold() {
 882         if ( _domain_structure_e_value_thr_exp > -20 ) {
 883             _domain_structure_e_value_thr_exp -= 1;
 884         }
 885     }
 886
 887     /**
 888      * Find the node, if any, at the given location
 889      *
 890      * @param x
 891      * @param y
 892      * @return pointer to the node at x,y, null if not found
 893      */
 894     final PhylogenyNode findNode( final int x, final int y ) {
 895         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
 896             return null;
 897         }
 898         final int half_box_size_plus_wiggle = ( getOptions().getDefaultNodeShapeSize() / 2 ) + WIGGLE;
 899         for( final PhylogenyNodeIterator iter = _phylogeny.iteratorPostorder(); iter.hasNext(); ) {
 900             final PhylogenyNode node = iter.next();
 901             if ( ( _phylogeny.isRooted() || !node.isRoot() || ( node.getNumberOfDescendants() > 2 ) )
 902                     && ( ( node.getXcoord() - half_box_size_plus_wiggle ) <= x )
 903                     && ( ( node.getXcoord() + half_box_size_plus_wiggle ) >= x )
 904                     && ( ( node.getYcoord() - half_box_size_plus_wiggle ) <= y )
 905                     && ( ( node.getYcoord() + half_box_size_plus_wiggle ) >= y ) ) {
 906                 return node;
 907             }
 908         }
 909         return null;
 910     }
 911
 912     final Configuration getConfiguration() {
 913         return _configuration;
 914     }
 915
 916     final ControlPanel getControlPanel() {
 917         return _control_panel;
 918     }
 919
 920     String getCurrentExternalNodesDataBufferAsString() {
 921         return _current_external_nodes_data_buffer.toString();
 922     }
 923
 924     int getCurrentExternalNodesDataBufferChangeCounter() {
 925         return _current_external_nodes_data_buffer_change_counter;
 926     }
 927
 928     final int getDomainStructureEvalueThreshold() {
 929         return _domain_structure_e_value_thr_exp;
 930     }
 931
 932     final Set<Long> getFoundNodes() {
 933         return _found_nodes;
 934     }
 935
 936     final Color getGraphicsForNodeBoxWithColorForParentBranch( final PhylogenyNode node ) {
 937         if ( getControlPanel().isColorBranches() && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
 938             return ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) );
 939         }
 940         else {
 941             return ( getTreeColorSet().getBranchColor() );
 942         }
 943     }
 944
 945     final int getLongestExtNodeInfo() {
 946         return _longest_ext_node_info;
 947     }
 948
 949     final Options getOptions() {
 950         if ( _options == null ) {
 951             _options = getControlPanel().getOptions();
 952         }
 953         return _options;
 954     }
 955
 956     final Rectangle2D getOvRectangle() {
 957         return _ov_rectangle;
 958     }
 959
 960     final Rectangle getOvVirtualRectangle() {
 961         return _ov_virtual_rectangle;
 962     }
 963
 964     final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 965         return _graphics_type;
 966     }
 967
 968     final double getStartingAngle() {
 969         return _urt_starting_angle;
 970     }
 971
 972     DescriptiveStatistics getStatisticsForExpressionValues() {
 973         return _statistics_for_vector_data;
 974     }
 975
 976     /**
 977      * Find a color for this species name.
 978      *
 979      * @param species
 980      * @return the species color
 981      */
 982     final Color getTaxonomyBasedColor( final PhylogenyNode node ) {
 983         if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 984             return calculateTaxonomyBasedColor( node.getNodeData().getTaxonomy() );
 985         }
 986         // return non-colorized color
 987         return getTreeColorSet().getTaxonomyColor();
 988     }
 989
 990     /**
 991      * @return pointer to colorset for tree drawing
 992      */
 993     final TreeColorSet getTreeColorSet() {
 994         return getMainPanel().getTreeColorSet();
 995     }
 996
 997     final File getTreeFile() {
 998         return _treefile;
 999     }
1000
1001     final float getXcorrectionFactor() {
1002         return _x_correction_factor;
1003     }
1004
1005     final float getXdistance() {
1006         return _x_distance;
1007     }
1008
1009     final float getYdistance() {
1010         return _y_distance;
1011     }
1012
1013     final void increaseDomainStructureEvalueThreshold() {
1014         if ( _domain_structure_e_value_thr_exp < 3 ) {
1015             _domain_structure_e_value_thr_exp += 1;
1016         }
1017     }
1018
1019     final void initNodeData() {
1020         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
1021             return;
1022         }
1023         double max_original_domain_structure_width = 0.0;
1024         for( final PhylogenyNode node : _phylogeny.getExternalNodes() ) {
1025             if ( node.getNodeData().isHasSequence()
1026                     && ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() != null ) ) {
1027                 RenderableDomainArchitecture rds = null;
1028                 if ( !( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() instanceof RenderableDomainArchitecture ) ) {
1029                     rds = new RenderableDomainArchitecture( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture(),
1030                                                             getConfiguration() );
1031                     node.getNodeData().getSequence().setDomainArchitecture( rds );
1032                 }
1033                 else {
1034                     rds = ( RenderableDomainArchitecture ) node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture();
1035                 }
1036                 if ( getControlPanel().isShowDomainArchitectures() ) {
1037                     final double dsw = rds.getOriginalSize().getWidth();
1038                     if ( dsw > max_original_domain_structure_width ) {
1039                         max_original_domain_structure_width = dsw;
1040                     }
1041                 }
1042             }
1043         }
1044         if ( getControlPanel().isShowDomainArchitectures() ) {
1045             final double ds_factor_width = _domain_structure_width / max_original_domain_structure_width;
1046             for( final PhylogenyNode node : _phylogeny.getExternalNodes() ) {
1047                 if ( node.getNodeData().isHasSequence()
1048                         && ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() != null ) ) {
1049                     final RenderableDomainArchitecture rds = ( RenderableDomainArchitecture ) node.getNodeData()
1050                             .getSequence().getDomainArchitecture();
1051                     rds.setRenderingFactorWidth( ds_factor_width );
1052                     rds.setParameter( _domain_structure_e_value_thr_exp );
1053                 }
1054             }
1055         }
1056     }
1057
1058     final boolean inOv( final MouseEvent e ) {
1059         return ( ( e.getX() > ( getVisibleRect().x + getOvXPosition() + 1 ) )
1060                 && ( e.getX() < ( ( getVisibleRect().x + getOvXPosition() + getOvMaxWidth() ) - 1 ) )
1061                 && ( e.getY() > ( getVisibleRect().y + getOvYPosition() + 1 ) ) && ( e.getY() < ( ( getVisibleRect().y
1062                 + getOvYPosition() + getOvMaxHeight() ) - 1 ) ) );
1063     }
1064
1065     final boolean inOvRectangle( final MouseEvent e ) {
1066         return ( ( e.getX() >= ( getOvRectangle().getX() - 1 ) )
1067                 && ( e.getX() <= ( getOvRectangle().getX() + getOvRectangle().getWidth() + 1 ) )
1068                 && ( e.getY() >= ( getOvRectangle().getY() - 1 ) ) && ( e.getY() <= ( getOvRectangle().getY()
1069                 + getOvRectangle().getHeight() + 1 ) ) );
1070     }
1071
1072     final boolean isApplet() {
1073         return getMainPanel() instanceof MainPanelApplets;
1074     }
1075
1076     final boolean isCanCollapse() {
1077         return ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1078     }
1079
1080     final boolean isCanColorSubtree() {
1081         return ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1082     }
1083
1084     final boolean isCanCopy() {
1085         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && getOptions().isEditable() );
1086     }
1087
1088     final boolean isCanCut( final PhylogenyNode node ) {
1089         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && getOptions().isEditable() && !node
1090                 .isRoot() );
1091     }
1092
1093     final boolean isCanDelete() {
1094         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && getOptions().isEditable() );
1095     }
1096
1097     final boolean isCanPaste() {
1098         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && getOptions().isEditable()
1099                 && ( getCutOrCopiedTree() != null ) && !getCutOrCopiedTree().isEmpty() );
1100     }
1101
1102     final boolean isCanReroot() {
1103         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( _subtree_index < 1 ) );
1104     }
1105
1106     final boolean isCanSubtree( final PhylogenyNode node ) {
1107         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && !node.isExternal() && ( !node
1108                 .isRoot() || ( _subtree_index > 0 ) ) );
1109     }
1110
1111     final boolean isCurrentTreeIsSubtree() {
1112         return ( _subtree_index > 0 );
1113     }
1114
1115     final boolean isEdited() {
1116         return _edited;
1117     }
1118
1119     final boolean isInOvRect() {
1120         return _in_ov_rect;
1121     }
1122
1123     final boolean isOvOn() {
1124         return _ov_on;
1125     }
1126
1127     final boolean isPhyHasBranchLengths() {
1128         return _phy_has_branch_lengths;
1129     }
1130
1131     final void midpointRoot() {
1132         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
1133             return;
1134         }
1135         if ( !_phylogeny.isRerootable() ) {
1136             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1137                                            "This is not rerootable",
1138                                            "Not rerootable",
1139                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1140             return;
1141         }
1142         setNodeInPreorderToNull();
1143         setWaitCursor();
1144         PhylogenyMethods.midpointRoot( _phylogeny );
1145         resetNodeIdToDistToLeafMap();
1146         setArrowCursor();
1147         setEdited( true );
1148         repaint();
1149     }
1150
1151     final void mouseClicked( final MouseEvent e ) {
1152         if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && isInOv() ) {
1153             final double w_ratio = getVisibleRect().width / getOvRectangle().getWidth();
1154             final double h_ratio = getVisibleRect().height / getOvRectangle().getHeight();
1155             double x = ( e.getX() - getVisibleRect().x - getOvXPosition() - ( getOvRectangle().getWidth() / 2.0 ) )
1156                     * w_ratio;
1157             double y = ( e.getY() - getVisibleRect().y - getOvYPosition() - ( getOvRectangle().getHeight() / 2.0 ) )
1158                     * h_ratio;
1159             if ( x < 0 ) {
1160                 x = 0;
1161             }
1162             if ( y < 0 ) {
1163                 y = 0;
1164             }
1165             final double max_x = getWidth() - getVisibleRect().width;
1166             final double max_y = getHeight() - getVisibleRect().height;
1167             if ( x > max_x ) {
1168                 x = max_x;
1169             }
1170             if ( y > max_y ) {
1171                 y = max_y;
1172             }
1173             getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport()
1174                     .setViewPosition( new Point( ForesterUtil.roundToInt( x ), ForesterUtil.roundToInt( y ) ) );
1175             setInOvRect( true );
1176             repaint();
1177         }
1178         else {
1179             final PhylogenyNode node = findNode( e.getX(), e.getY() );
1180             if ( node != null ) {
1181                 if ( !node.isRoot() && node.getParent().isCollapse() ) {
1182                     return;
1183                 }
1184                 _highlight_node = node;
1185                 // Check if shift key is down
1186                 if ( ( e.getModifiers() & InputEvent.SHIFT_MASK ) != 0 ) {
1187                     // Yes, so add to _found_nodes
1188                     if ( getFoundNodes() == null ) {
1189                         setFoundNodes( new HashSet<Long>() );
1190                     }
1191                     getFoundNodes().add( node.getId() );
1192                     // Check if control key is down
1193                 }
1194                 else if ( ( e.getModifiers() & InputEvent.CTRL_MASK ) != 0 ) {
1195                     // Yes, so pop-up menu
1196                     displayNodePopupMenu( node, e.getX(), e.getY() );
1197                     // Handle unadorned click
1198                 }
1199                 else {
1200                     // Check for right mouse button
1201                     if ( e.getModifiers() == 4 ) {
1202                         displayNodePopupMenu( node, e.getX(), e.getY() );
1203                     }
1204                     else {
1205                         // if not in _found_nodes, clear _found_nodes
1206                         handleClickToAction( _control_panel.getActionWhenNodeClicked(), node );
1207                     }
1208                 }
1209             }
1210             else {
1211                 // no node was clicked
1212                 _highlight_node = null;
1213             }
1214         }
1215         repaint();
1216     }
1217
1218     final void mouseDragInBrowserPanel( final MouseEvent e ) {
1219         setCursor( MOVE_CURSOR );
1220         final Point scroll_position = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getViewPosition();
1221         scroll_position.x -= ( e.getX() - getLastDragPointX() );
1222         scroll_position.y -= ( e.getY() - getLastDragPointY() );
1223         if ( scroll_position.x < 0 ) {
1224             scroll_position.x = 0;
1225         }
1226         else {
1227             final int max_x = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getMaximum()
1228                     - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getVisibleAmount();
1229             if ( scroll_position.x > max_x ) {
1230                 scroll_position.x = max_x;
1231             }
1232         }
1233         if ( scroll_position.y < 0 ) {
1234             scroll_position.y = 0;
1235         }
1236         else {
1237             final int max_y = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getMaximum()
1238                     - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getVisibleAmount();
1239             if ( scroll_position.y > max_y ) {
1240                 scroll_position.y = max_y;
1241             }
1242         }
1243         if ( isOvOn() || getOptions().isShowScale() ) {
1244             repaint();
1245         }
1246         getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().setViewPosition( scroll_position );
1247     }
1248
1249     final void mouseDragInOvRectangle( final MouseEvent e ) {
1250         setCursor( HAND_CURSOR );
1251         final double w_ratio = getVisibleRect().width / getOvRectangle().getWidth();
1252         final double h_ratio = getVisibleRect().height / getOvRectangle().getHeight();
1253         final Point scroll_position = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getViewPosition();
1254         double dx = ( ( w_ratio * e.getX() ) - ( w_ratio * getLastDragPointX() ) );
1255         double dy = ( ( h_ratio * e.getY() ) - ( h_ratio * getLastDragPointY() ) );
1256         scroll_position.x = ForesterUtil.roundToInt( scroll_position.x + dx );
1257         scroll_position.y = ForesterUtil.roundToInt( scroll_position.y + dy );
1258         if ( scroll_position.x <= 0 ) {
1259             scroll_position.x = 0;
1260             dx = 0;
1261         }
1262         else {
1263             final int max_x = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getMaximum()
1264                     - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getVisibleAmount();
1265             if ( scroll_position.x >= max_x ) {
1266                 dx = 0;
1267                 scroll_position.x = max_x;
1268             }
1269         }
1270         if ( scroll_position.y <= 0 ) {
1271             dy = 0;
1272             scroll_position.y = 0;
1273         }
1274         else {
1275             final int max_y = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getMaximum()
1276                     - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getVisibleAmount();
1277             if ( scroll_position.y >= max_y ) {
1278                 dy = 0;
1279                 scroll_position.y = max_y;
1280             }
1281         }
1282         repaint();
1283         getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().setViewPosition( scroll_position );
1284         setLastMouseDragPointX( ( float ) ( e.getX() + dx ) );
1285         setLastMouseDragPointY( ( float ) ( e.getY() + dy ) );
1286     }
1287
1288     final void mouseMoved( final MouseEvent e ) {
1289         requestFocusInWindow();
1290         if ( _current_external_nodes != null ) {
1291             _current_external_nodes = null;
1292             repaint();
1293         }
1294         if ( getControlPanel().isNodeDescPopup() ) {
1295             if ( _node_desc_popup != null ) {
1296                 _node_desc_popup.hide();
1297                 _node_desc_popup = null;
1298             }
1299         }
1300         if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() ) {
1301             if ( inOvVirtualRectangle( e ) ) {
1302                 if ( !isInOvRect() ) {
1303                     setInOvRect( true );
1304                     repaint();
1305                 }
1306             }
1307             else {
1308                 if ( isInOvRect() ) {
1309                     setInOvRect( false );
1310                     repaint();
1311                 }
1312             }
1313         }
1314         if ( inOv( e ) && getOptions().isShowOverview() && isOvOn() ) {
1315             if ( !isInOv() ) {
1316                 setInOv( true );
1317             }
1318         }
1319         else {
1320             if ( isInOv() ) {
1321                 setInOv( false );
1322             }
1323             final PhylogenyNode node = findNode( e.getX(), e.getY() );
1324             if ( ( node != null ) && ( node.isRoot() || !node.getParent().isCollapse() ) ) {
1325                 if ( ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.GET_EXT_DESC_DATA ) ) {
1326                     for( final PhylogenyNode n : node.getAllExternalDescendants() ) {
1327                         addToCurrentExternalNodes( n.getId() );
1328                     }
1329                     setCursor( HAND_CURSOR );
1330                     repaint();
1331                 }
1332                 else if ( ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.CUT_SUBTREE )
1333                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.COPY_SUBTREE )
1334                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.PASTE_SUBTREE )
1335                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.DELETE_NODE_OR_SUBTREE )
1336                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.REROOT )
1337                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.ADD_NEW_NODE ) ) {
1338                     setCursor( CUT_CURSOR );
1339                 }
1340                 else {
1341                     setCursor( HAND_CURSOR );
1342                     if ( getControlPanel().isNodeDescPopup() ) {
1343                         showNodeDataPopup( e, node );
1344                     }
1345                 }
1346             }
1347             else {
1348                 setCursor( ARROW_CURSOR );
1349             }
1350         }
1351     }
1352
1353     final void mouseReleasedInBrowserPanel( final MouseEvent e ) {
1354         setCursor( ARROW_CURSOR );
1355     }
1356
1357     final void multiplyUrtFactor( final float f ) {
1358         _urt_factor *= f;
1359     }
1360
1361     final JApplet obtainApplet() {
1362         return ( ( MainPanelApplets ) getMainPanel() ).getApplet();
1363     }
1364
1365     final void paintBranchCircular( final PhylogenyNode p,
1366                                     final PhylogenyNode c,
1367                                     final Graphics2D g,
1368                                     final boolean radial_labels,
1369                                     final boolean to_pdf,
1370                                     final boolean to_graphics_file ) {
1371         final double angle = _urt_nodeid_angle_map.get( c.getId() );
1372         final double root_x = _root.getXcoord();
1373         final double root_y = _root.getYcoord();
1374         final double dx = root_x - p.getXcoord();
1375         final double dy = root_y - p.getYcoord();
1376         final double parent_radius = Math.sqrt( ( dx * dx ) + ( dy * dy ) );
1377         final double arc = ( _urt_nodeid_angle_map.get( p.getId() ) ) - angle;
1378         assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( c, false, g, to_pdf, to_graphics_file );
1379         if ( ( c.isFirstChildNode() || c.isLastChildNode() )
1380                 && ( ( Math.abs( parent_radius * arc ) > 1.5 ) || to_pdf || to_graphics_file ) ) {
1381             final double r2 = 2.0 * parent_radius;
1382             drawArc( root_x - parent_radius, root_y - parent_radius, r2, r2, ( -angle - arc ), arc, g );
1383         }
1384         drawLine( c.getXcoord(),
1385                   c.getYcoord(),
1386                   root_x + ( Math.cos( angle ) * parent_radius ),
1387                   root_y + ( Math.sin( angle ) * parent_radius ),
1388                   g );
1389         paintNodeBox( c.getXcoord(), c.getYcoord(), c, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( c )
1390                 || isInCurrentExternalNodes( c ) );
1391         if ( c.isExternal() ) {
1392             final boolean is_in_found_nodes = isInFoundNodes( c ) || isInCurrentExternalNodes( c );
1393             if ( ( _dynamic_hiding_factor > 1 ) && !is_in_found_nodes
1394                     && ( ( _urt_nodeid_index_map.get( c.getId() ) % _dynamic_hiding_factor ) != 1 ) ) {
1395                 return;
1396             }
1397             paintNodeDataUnrootedCirc( g, c, to_pdf, to_graphics_file, radial_labels, 0, is_in_found_nodes );
1398         }
1399     }
1400
1401     final void paintBranchCircularLite( final PhylogenyNode p, final PhylogenyNode c, final Graphics2D g ) {
1402         final double angle = _urt_nodeid_angle_map.get( c.getId() );
1403         final double root_x = _root.getXSecondary();
1404         final double root_y = _root.getYSecondary();
1405         final double dx = root_x - p.getXSecondary();
1406         final double dy = root_y - p.getYSecondary();
1407         final double arc = ( _urt_nodeid_angle_map.get( p.getId() ) ) - angle;
1408         final double parent_radius = Math.sqrt( ( dx * dx ) + ( dy * dy ) );
1409         g.setColor( getTreeColorSet().getOvColor() );
1410         if ( ( c.isFirstChildNode() || c.isLastChildNode() ) && ( Math.abs( arc ) > 0.02 ) ) {
1411             final double r2 = 2.0 * parent_radius;
1412             drawArc( root_x - parent_radius, root_y - parent_radius, r2, r2, ( -angle - arc ), arc, g );
1413         }
1414         drawLine( c.getXSecondary(),
1415                   c.getYSecondary(),
1416                   root_x + ( Math.cos( angle ) * parent_radius ),
1417                   root_y + ( Math.sin( angle ) * parent_radius ),
1418                   g );
1419         if ( isInFoundNodes( c ) || isInCurrentExternalNodes( c ) ) {
1420             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
1421             drawRectFilled( c.getXSecondary() - 1, c.getYSecondary() - 1, 3, 3, g );
1422         }
1423     }
1424
1425     final void paintCircular( final Phylogeny phy,
1426                               final double starting_angle,
1427                               final int center_x,
1428                               final int center_y,
1429                               final int radius,
1430                               final Graphics2D g,
1431                               final boolean to_pdf,
1432                               final boolean to_graphics_file ) {
1433         final int circ_num_ext_nodes = phy.getNumberOfExternalNodes() - _collapsed_external_nodeid_set.size();
1434         System.out.println( "# collapsed external = " + _collapsed_external_nodeid_set.size() );
1435         _root = phy.getRoot();
1436         _root.setXcoord( center_x );
1437         _root.setYcoord( center_y );
1438         final boolean radial_labels = getOptions().getNodeLabelDirection() == NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL;
1439         double current_angle = starting_angle;
1440         int i = 0;
1441         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorExternalForward(); it.hasNext(); ) {
1442             final PhylogenyNode n = it.next();
1443             if ( !n.isCollapse() ) {
1444                 n.setXcoord( ( float ) ( center_x + ( radius * Math.cos( current_angle ) ) ) );
1445                 n.setYcoord( ( float ) ( center_y + ( radius * Math.sin( current_angle ) ) ) );
1446                 _urt_nodeid_angle_map.put( n.getId(), current_angle );
1447                 _urt_nodeid_index_map.put( n.getId(), i++ );
1448                 current_angle += ( TWO_PI / circ_num_ext_nodes );
1449             }
1450             else {
1451                 //TODO remove me
1452                 System.out.println( "is collapse" + n.getName() );
1453             }
1454         }
1455         paintCirculars( phy.getRoot(), phy, center_x, center_y, radius, radial_labels, g, to_pdf, to_graphics_file );
1456         paintNodeBox( _root.getXcoord(), _root.getYcoord(), _root, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( _root ) );
1457     }
1458
1459     final void paintCircularLite( final Phylogeny phy,
1460                                   final double starting_angle,
1461                                   final int center_x,
1462                                   final int center_y,
1463                                   final int radius,
1464                                   final Graphics2D g ) {
1465         final int circ_num_ext_nodes = phy.getNumberOfExternalNodes();
1466         _root = phy.getRoot();
1467         _root.setXSecondary( center_x );
1468         _root.setYSecondary( center_y );
1469         double current_angle = starting_angle;
1470         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorExternalForward(); it.hasNext(); ) {
1471             final PhylogenyNode n = it.next();
1472             n.setXSecondary( ( float ) ( center_x + ( radius * Math.cos( current_angle ) ) ) );
1473             n.setYSecondary( ( float ) ( center_y + ( radius * Math.sin( current_angle ) ) ) );
1474             _urt_nodeid_angle_map.put( n.getId(), current_angle );
1475             current_angle += ( TWO_PI / circ_num_ext_nodes );
1476         }
1477         paintCircularsLite( phy.getRoot(), phy, center_x, center_y, radius, g );
1478     }
1479
1480     final void paintPhylogeny( final Graphics2D g,
1481                                final boolean to_pdf,
1482                                final boolean to_graphics_file,
1483                                final int graphics_file_width,
1484                                final int graphics_file_height,
1485                                final int graphics_file_x,
1486                                final int graphics_file_y ) {
1487         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
1488             return;
1489         }
1490         if ( _control_panel.isShowSequenceRelations() ) {
1491             _query_sequence = _control_panel.getSelectedQuerySequence();
1492         }
1493         // Color the background
1494         if ( !to_pdf ) {
1495             final Rectangle r = getVisibleRect();
1496             if ( !getOptions().isBackgroundColorGradient() || getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
1497                 g.setColor( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
1498                 if ( !to_graphics_file ) {
1499                     g.fill( r );
1500                 }
1501                 else {
1502                     if ( getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
1503                         g.setColor( Color.WHITE );
1504                     }
1505                     g.fillRect( graphics_file_x, graphics_file_y, graphics_file_width, graphics_file_height );
1506                 }
1507             }
1508             else {
1509                 if ( !to_graphics_file ) {
1510                     g.setPaint( new GradientPaint( r.x, r.y, getTreeColorSet().getBackgroundColor(), r.x, r.y
1511                             + r.height, getTreeColorSet().getBackgroundColorGradientBottom() ) );
1512                     g.fill( r );
1513                 }
1514                 else {
1515                     g.setPaint( new GradientPaint( graphics_file_x,
1516                                                    graphics_file_y,
1517                                                    getTreeColorSet().getBackgroundColor(),
1518                                                    graphics_file_x,
1519                                                    graphics_file_y + graphics_file_height,
1520                                                    getTreeColorSet().getBackgroundColorGradientBottom() ) );
1521                     g.fillRect( graphics_file_x, graphics_file_y, graphics_file_width, graphics_file_height );
1522                 }
1523             }
1524             g.setStroke( new BasicStroke( 1 ) );
1525         }
1526         else {
1527             g.setStroke( new BasicStroke( getOptions().getPrintLineWidth() ) );
1528         }
1529         if ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
1530                 && ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
1531             _external_node_index = 0;
1532             // Position starting X of tree
1533             if ( !_phylogeny.isRooted() /*|| ( _subtree_index > 0 )*/) {
1534                 _phylogeny.getRoot().setXcoord( TreePanel.MOVE );
1535             }
1536             else if ( ( _phylogeny.getRoot().getDistanceToParent() > 0.0 ) && getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
1537                 _phylogeny.getRoot().setXcoord( ( float ) ( TreePanel.MOVE + ( _phylogeny.getRoot()
1538                         .getDistanceToParent() * getXcorrectionFactor() ) ) );
1539             }
1540             else {
1541                 _phylogeny.getRoot().setXcoord( TreePanel.MOVE + getXdistance() );
1542             }
1543             // Position starting Y of tree
1544             _phylogeny.getRoot().setYcoord( ( getYdistance() * _phylogeny.getRoot().getNumberOfExternalNodes() )
1545                     + ( TreePanel.MOVE / 2.0f ) );
1546             final int dynamic_hiding_factor = calcDynamicHidingFactor();
1547             if ( getControlPanel().isDynamicallyHideData() ) {
1548                 if ( dynamic_hiding_factor > 1 ) {
1549                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( true );
1550                 }
1551                 else {
1552                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( false );
1553                 }
1554             }
1555             if ( _nodes_in_preorder == null ) {
1556                 _nodes_in_preorder = new PhylogenyNode[ _phylogeny.getNodeCount() ];
1557                 int i = 0;
1558                 for( final PhylogenyNodeIterator it = _phylogeny.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
1559                     _nodes_in_preorder[ i++ ] = it.next();
1560                 }
1561             }
1562             //final PhylogenyNodeIterator it;
1563             //for( it = _phylogeny.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
1564             //    paintNodeRectangular( g, it.next(), to_pdf, getControlPanel().isDynamicallyHideData()
1565             //            && ( dynamic_hiding_factor > 1 ), dynamic_hiding_factor, to_graphics_file );
1566             //}
1567             for( final PhylogenyNode element : _nodes_in_preorder ) {
1568                 paintNodeRectangular( g, element, to_pdf, getControlPanel().isDynamicallyHideData()
1569                         && ( dynamic_hiding_factor > 1 ), dynamic_hiding_factor, to_graphics_file );
1570             }
1571             if ( getOptions().isShowScale() && getControlPanel().isDrawPhylogram() && ( getScaleDistance() > 0.0 ) ) {
1572                 if ( !( to_graphics_file || to_pdf ) ) {
1573                     paintScale( g,
1574                                 getVisibleRect().x,
1575                                 getVisibleRect().y + getVisibleRect().height,
1576                                 to_pdf,
1577                                 to_graphics_file );
1578                 }
1579                 else {
1580                     paintScale( g, graphics_file_x, graphics_file_y + graphics_file_height, to_pdf, to_graphics_file );
1581                 }
1582             }
1583             if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
1584                 paintPhylogenyLite( g );
1585             }
1586         }
1587         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
1588             if ( getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
1589                 getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( false );
1590             }
1591             final double angle = getStartingAngle();
1592             final boolean radial_labels = getOptions().getNodeLabelDirection() == NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL;
1593             _dynamic_hiding_factor = 0;
1594             if ( getControlPanel().isDynamicallyHideData() ) {
1595                 _dynamic_hiding_factor = ( int ) ( ( getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() * 1.5 * getPhylogeny()
1596                         .getNumberOfExternalNodes() ) / ( TWO_PI * 10 ) );
1597             }
1598             if ( getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
1599                 if ( _dynamic_hiding_factor > 1 ) {
1600                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( true );
1601                 }
1602                 else {
1603                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( false );
1604                 }
1605             }
1606             paintUnrooted( _phylogeny.getRoot(),
1607                            angle,
1608                            ( float ) ( angle + ( 2 * Math.PI ) ),
1609                            radial_labels,
1610                            g,
1611                            to_pdf,
1612                            to_graphics_file );
1613             if ( getOptions().isShowScale() ) {
1614                 if ( !( to_graphics_file || to_pdf ) ) {
1615                     paintScale( g,
1616                                 getVisibleRect().x,
1617                                 getVisibleRect().y + getVisibleRect().height,
1618                                 to_pdf,
1619                                 to_graphics_file );
1620                 }
1621                 else {
1622                     paintScale( g, graphics_file_x, graphics_file_y + graphics_file_height, to_pdf, to_graphics_file );
1623                 }
1624             }
1625             if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
1626                 g.setColor( getTreeColorSet().getOvColor() );
1627                 paintUnrootedLite( _phylogeny.getRoot(),
1628                                    angle,
1629                                    angle + ( 2 * Math.PI ),
1630                                    g,
1631                                    ( getUrtFactorOv() / ( getVisibleRect().width / getOvMaxWidth() ) ) );
1632                 paintOvRectangle( g );
1633             }
1634         }
1635         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1636             final int radius = ( int ) ( ( Math.min( getPreferredSize().getWidth(), getPreferredSize().getHeight() ) / 2 ) - ( MOVE + getLongestExtNodeInfo() ) );
1637             final int d = radius + MOVE + getLongestExtNodeInfo();
1638             _dynamic_hiding_factor = 0;
1639             if ( getControlPanel().isDynamicallyHideData() && ( radius > 0 ) ) {
1640                 _dynamic_hiding_factor = ( int ) ( ( getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() * 1.5 * getPhylogeny()
1641                         .getNumberOfExternalNodes() ) / ( TWO_PI * radius ) );
1642             }
1643             if ( getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
1644                 if ( _dynamic_hiding_factor > 1 ) {
1645                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( true );
1646                 }
1647                 else {
1648                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( false );
1649                 }
1650             }
1651             paintCircular( _phylogeny, getStartingAngle(), d, d, radius > 0 ? radius : 0, g, to_pdf, to_graphics_file );
1652             if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
1653                 final int radius_ov = ( int ) ( getOvMaxHeight() < getOvMaxWidth() ? getOvMaxHeight() / 2
1654                         : getOvMaxWidth() / 2 );
1655                 double x_scale = 1.0;
1656                 double y_scale = 1.0;
1657                 int x_pos = getVisibleRect().x + getOvXPosition();
1658                 int y_pos = getVisibleRect().y + getOvYPosition();
1659                 if ( getWidth() > getHeight() ) {
1660                     x_scale = ( double ) getHeight() / getWidth();
1661                     x_pos = ForesterUtil.roundToInt( x_pos / x_scale );
1662                 }
1663                 else {
1664                     y_scale = ( double ) getWidth() / getHeight();
1665                     y_pos = ForesterUtil.roundToInt( y_pos / y_scale );
1666                 }
1667                 _at = g.getTransform();
1668                 g.scale( x_scale, y_scale );
1669                 paintCircularLite( _phylogeny,
1670                                    getStartingAngle(),
1671                                    x_pos + radius_ov,
1672                                    y_pos + radius_ov,
1673                                    ( int ) ( radius_ov - ( getLongestExtNodeInfo() / ( getVisibleRect().width / getOvRectangle()
1674                                            .getWidth() ) ) ),
1675                                    g );
1676                 g.setTransform( _at );
1677                 paintOvRectangle( g );
1678             }
1679         }
1680     }
1681
1682     final void recalculateMaxDistanceToRoot() {
1683         _max_distance_to_root = PhylogenyMethods.calculateMaxDistanceToRoot( getPhylogeny() );
1684     }
1685
1686     /**
1687      * Remove all edit-node frames
1688      */
1689     final void removeAllEditNodeJFrames() {
1690         for( int i = 0; i <= ( TreePanel.MAX_NODE_FRAMES - 1 ); i++ ) {
1691             if ( _node_frames[ i ] != null ) {
1692                 _node_frames[ i ].dispose();
1693                 _node_frames[ i ] = null;
1694             }
1695         }
1696         _node_frame_index = 0;
1697     }
1698
1699     /**
1700      * Remove a node-edit frame.
1701      */
1702     final void removeEditNodeFrame( final int i ) {
1703         _node_frame_index--;
1704         _node_frames[ i ] = null;
1705         if ( i < _node_frame_index ) {
1706             for( int j = 0; j < ( _node_frame_index - 1 ); j++ ) {
1707                 _node_frames[ j ] = _node_frames[ j + 1 ];
1708             }
1709             _node_frames[ _node_frame_index ] = null;
1710         }
1711     }
1712
1713     final void reRoot( final PhylogenyNode node ) {
1714         if ( !getPhylogeny().isRerootable() ) {
1715             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1716                                            "This is not rerootable",
1717                                            "Not rerootable",
1718                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1719             return;
1720         }
1721         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
1722             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1723                                            "Cannot reroot in unrooted display type",
1724                                            "Attempt to reroot tree in unrooted display",
1725                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1726             return;
1727         }
1728         getPhylogeny().reRoot( node );
1729         getPhylogeny().recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
1730         resetNodeIdToDistToLeafMap();
1731         setNodeInPreorderToNull();
1732         resetPreferredSize();
1733         getMainPanel().adjustJScrollPane();
1734         setEdited( true );
1735         repaint();
1736         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1737             getControlPanel().showWhole();
1738         }
1739     }
1740
1741     final void resetNodeIdToDistToLeafMap() {
1742         _nodeid_dist_to_leaf = new HashMap<Long, Short>();
1743     }
1744
1745     final void resetPreferredSize() {
1746         if ( ( getPhylogeny() == null ) || getPhylogeny().isEmpty() ) {
1747             return;
1748         }
1749         int x = 0;
1750         int y = 0;
1751         y = TreePanel.MOVE
1752                 + ForesterUtil.roundToInt( getYdistance() * getPhylogeny().getRoot().getNumberOfExternalNodes() * 2 );
1753         if ( getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
1754             x = TreePanel.MOVE
1755                     + getLongestExtNodeInfo()
1756                     + ForesterUtil
1757                             .roundToInt( ( getXcorrectionFactor() * getPhylogeny().getHeight() ) + getXdistance() );
1758         }
1759         else {
1760             if ( !isNonLinedUpCladogram() && !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
1761                 x = TreePanel.MOVE
1762                         + getLongestExtNodeInfo()
1763                         + ForesterUtil.roundToInt( getXdistance()
1764                                 * ( getPhylogeny().getRoot().getNumberOfExternalNodes() + 2 ) );
1765             }
1766             else {
1767                 x = TreePanel.MOVE
1768                         + getLongestExtNodeInfo()
1769                         + ForesterUtil.roundToInt( getXdistance()
1770                                 * ( PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( getPhylogeny() ) + 1 ) );
1771             }
1772         }
1773         setPreferredSize( new Dimension( x, y ) );
1774     }
1775
1776     final void selectNode( final PhylogenyNode node ) {
1777         if ( ( getFoundNodes() != null ) && getFoundNodes().contains( node.getId() ) ) {
1778             getFoundNodes().remove( node.getId() );
1779             getControlPanel().setSearchFoundCountsOnLabel( getFoundNodes().size() );
1780             if ( getFoundNodes().size() < 1 ) {
1781                 getControlPanel().searchReset();
1782             }
1783         }
1784         else {
1785             getControlPanel().getSearchFoundCountsLabel().setVisible( true );
1786             getControlPanel().getSearchResetButton().setEnabled( true );
1787             getControlPanel().getSearchResetButton().setVisible( true );
1788             if ( getFoundNodes() == null ) {
1789                 setFoundNodes( new HashSet<Long>() );
1790             }
1791             getFoundNodes().add( node.getId() );
1792             getControlPanel().setSearchFoundCountsOnLabel( getFoundNodes().size() );
1793         }
1794     }
1795
1796     final void setArrowCursor() {
1797         setCursor( ARROW_CURSOR );
1798         repaint();
1799     }
1800
1801     final void setControlPanel( final ControlPanel atv_control ) {
1802         _control_panel = atv_control;
1803     }
1804
1805     void setCurrentExternalNodesDataBuffer( final StringBuilder sb ) {
1806         increaseCurrentExternalNodesDataBufferChangeCounter();
1807         _current_external_nodes_data_buffer = sb;
1808     }
1809
1810     final void setFoundNodes( final Set<Long> found_nodes ) {
1811         _found_nodes = found_nodes;
1812     }
1813
1814     final void setInOvRect( final boolean in_ov_rect ) {
1815         _in_ov_rect = in_ov_rect;
1816     }
1817
1818     final void setLargeFonts() {
1819         getTreeFontSet().largeFonts();
1820     }
1821
1822     final void setLastMouseDragPointX( final float x ) {
1823         _last_drag_point_x = x;
1824     }
1825
1826     final void setLastMouseDragPointY( final float y ) {
1827         _last_drag_point_y = y;
1828     }
1829
1830     final void setLongestExtNodeInfo( final int i ) {
1831         _longest_ext_node_info = i;
1832     }
1833
1834     final void setMediumFonts() {
1835         getTreeFontSet().mediumFonts();
1836     }
1837
1838     final void setNodeInPreorderToNull() {
1839         _nodes_in_preorder = null;
1840     }
1841
1842     final void setOvOn( final boolean ov_on ) {
1843         _ov_on = ov_on;
1844     }
1845
1846     final void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE graphics_type ) {
1847         _graphics_type = graphics_type;
1848         setTextAntialias();
1849     }
1850
1851     final void setSmallFonts() {
1852         getTreeFontSet().smallFonts();
1853     }
1854
1855     final void setStartingAngle( final double starting_angle ) {
1856         _urt_starting_angle = starting_angle;
1857     }
1858
1859     void setStatisticsForExpressionValues( final DescriptiveStatistics statistics_for_expression_values ) {
1860         _statistics_for_vector_data = statistics_for_expression_values;
1861     }
1862
1863     final void setSuperTinyFonts() {
1864         getTreeFontSet().superTinyFonts();
1865     }
1866
1867     final void setTextAntialias() {
1868         if ( ( _phylogeny != null ) && !_phylogeny.isEmpty() ) {
1869             if ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() <= LIMIT_FOR_HQ_RENDERING ) {
1870                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_RENDERING, RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
1871             }
1872             else {
1873                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_RENDERING, RenderingHints.VALUE_RENDER_SPEED );
1874             }
1875         }
1876         if ( getMainPanel().getOptions().isAntialiasScreen() ) {
1877             if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR )
1878                     && !getMainPanel().getOptions().isShowDefaultNodeShapesInternal()
1879                     && !getMainPanel().getOptions().isShowDefaultNodeShapesExternal()
1880                     && ( ( getControlPanel() != null ) && !getControlPanel().isShowDomainArchitectures() ) ) {
1881                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
1882             }
1883             else {
1884                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
1885             }
1886             try {
1887                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING,
1888                                       RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_LCD_HRGB );
1889             }
1890             catch ( final Throwable e ) {
1891                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
1892             }
1893         }
1894         else {
1895             _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
1896             _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
1897         }
1898     }
1899
1900     final void setTinyFonts() {
1901         getTreeFontSet().tinyFonts();
1902     }
1903
1904     final void setTreeFile( final File treefile ) {
1905         _treefile = treefile;
1906     }
1907
1908     final void setXcorrectionFactor( final float f ) {
1909         _x_correction_factor = f;
1910     }
1911
1912     final void setXdistance( final float x ) {
1913         _x_distance = x;
1914     }
1915
1916     final void setYdistance( final float y ) {
1917         _y_distance = y;
1918     }
1919
1920     final void sortDescendants( final PhylogenyNode node ) {
1921         if ( !node.isExternal() ) {
1922             DESCENDANT_SORT_PRIORITY pri = DESCENDANT_SORT_PRIORITY.TAXONOMY;
1923             if ( ( !getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames() && !getControlPanel().isShowTaxonomyCode() && !getControlPanel()
1924                     .isShowTaxonomyCommonNames() ) ) {
1925                 if ( ( getControlPanel().isShowSequenceAcc() || getControlPanel().isShowGeneNames() || getControlPanel()
1926                         .isShowGeneSymbols() ) ) {
1927                     pri = DESCENDANT_SORT_PRIORITY.SEQUENCE;
1928                 }
1929                 else if ( getControlPanel().isShowNodeNames() ) {
1930                     pri = DESCENDANT_SORT_PRIORITY.NODE_NAME;
1931                 }
1932             }
1933             PhylogenyMethods.sortNodeDescendents( node, pri );
1934             setNodeInPreorderToNull();
1935             _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
1936             _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
1937             _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
1938             resetNodeIdToDistToLeafMap();
1939             setEdited( true );
1940         }
1941         repaint();
1942     }
1943
1944     final void subTree( final PhylogenyNode node ) {
1945         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
1946             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1947                                            "Cannot get a sub/super tree in unrooted display",
1948                                            "Attempt to get sub/super tree in unrooted display",
1949                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1950             return;
1951         }
1952         if ( node.isExternal() ) {
1953             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1954                                            "Cannot get a subtree of a external node",
1955                                            "Attempt to get subtree of external node",
1956                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1957             return;
1958         }
1959         if ( node.isRoot() && !isCurrentTreeIsSubtree() ) {
1960             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1961                                            "Cannot get a subtree of the root node",
1962                                            "Attempt to get subtree of root node",
1963                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1964             return;
1965         }
1966         setNodeInPreorderToNull();
1967         if ( !node.isExternal() && !node.isRoot() && ( _subtree_index <= ( TreePanel.MAX_SUBTREES - 1 ) ) ) {
1968             _sub_phylogenies[ _subtree_index ] = _phylogeny;
1969             _sub_phylogenies_temp_roots[ _subtree_index ] = node;
1970             ++_subtree_index;
1971             _phylogeny = subTree( node, _phylogeny );
1972             updateSubSuperTreeButton();
1973         }
1974         else if ( node.isRoot() && isCurrentTreeIsSubtree() ) {
1975             superTree();
1976         }
1977         _main_panel.getControlPanel().showWhole();
1978         repaint();
1979     }
1980
1981     final void superTree() {
1982         setNodeInPreorderToNull();
1983         final PhylogenyNode temp_root = _sub_phylogenies_temp_roots[ _subtree_index - 1 ];
1984         for( final PhylogenyNode n : temp_root.getDescendants() ) {
1985             n.setParent( temp_root );
1986         }
1987         _sub_phylogenies[ _subtree_index ] = null;
1988         _sub_phylogenies_temp_roots[ _subtree_index ] = null;
1989         _phylogeny = _sub_phylogenies[ --_subtree_index ];
1990         updateSubSuperTreeButton();
1991     }
1992
1993     final void swap( final PhylogenyNode node ) {
1994         if ( node.isExternal() || ( node.getNumberOfDescendants() < 2 ) ) {
1995             return;
1996         }
1997         if ( node.getNumberOfDescendants() > 2 ) {
1998             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1999                                            "Cannot swap descendants of nodes with more than 2 descendants",
2000                                            "Cannot swap descendants",
2001                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2002             return;
2003         }
2004         if ( !node.isExternal() ) {
2005             node.swapChildren();
2006             setNodeInPreorderToNull();
2007             _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
2008             _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
2009             _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
2010             resetNodeIdToDistToLeafMap();
2011             setEdited( true );
2012         }
2013         repaint();
2014     }
2015
2016     final void taxColor() {
2017         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
2018             return;
2019         }
2020         setWaitCursor();
2021         AptxUtil.colorPhylogenyAccordingToExternalTaxonomy( _phylogeny, this );
2022         _control_panel.setColorBranches( true );
2023         if ( _control_panel.getColorBranchesCb() != null ) {
2024             _control_panel.getColorBranchesCb().setSelected( true );
2025         }
2026         setEdited( true );
2027         setArrowCursor();
2028         repaint();
2029     }
2030
2031     final void updateOvSettings() {
2032         switch ( getOptions().getOvPlacement() ) {
2033             case LOWER_LEFT:
2034                 setOvXPosition( OV_BORDER );
2035                 setOvYPosition( ForesterUtil.roundToInt( getVisibleRect().height - OV_BORDER - getOvMaxHeight() ) );
2036                 setOvYStart( ForesterUtil.roundToInt( getOvYPosition() + ( getOvMaxHeight() / 2 ) ) );
2037                 break;
2038             case LOWER_RIGHT:
2039                 setOvXPosition( ForesterUtil.roundToInt( getVisibleRect().width - OV_BORDER - getOvMaxWidth() ) );
2040                 setOvYPosition( ForesterUtil.roundToInt( getVisibleRect().height - OV_BORDER - getOvMaxHeight() ) );
2041                 setOvYStart( ForesterUtil.roundToInt( getOvYPosition() + ( getOvMaxHeight() / 2 ) ) );
2042                 break;
2043             case UPPER_RIGHT:
2044                 setOvXPosition( ForesterUtil.roundToInt( getVisibleRect().width - OV_BORDER - getOvMaxWidth() ) );
2045                 setOvYPosition( OV_BORDER );
2046                 setOvYStart( ForesterUtil.roundToInt( OV_BORDER + ( getOvMaxHeight() / 2 ) ) );
2047                 break;
2048             default:
2049                 setOvXPosition( OV_BORDER );
2050                 setOvYPosition( OV_BORDER );
2051                 setOvYStart( ForesterUtil.roundToInt( OV_BORDER + ( getOvMaxHeight() / 2 ) ) );
2052                 break;
2053         }
2054     }
2055
2056     final void updateOvSizes() {
2057         if ( ( getWidth() > ( 1.05 * getVisibleRect().width ) ) || ( getHeight() > ( 1.05 * getVisibleRect().height ) ) ) {
2058             setOvOn( true );
2059             float l = getLongestExtNodeInfo();
2060             final float w_ratio = getOvMaxWidth() / getWidth();
2061             l *= w_ratio;
2062             final int ext_nodes = _phylogeny.getRoot().getNumberOfExternalNodes();
2063             setOvYDistance( getOvMaxHeight() / ( 2 * ext_nodes ) );
2064             float ov_xdist = 0;
2065             if ( !isNonLinedUpCladogram() && !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
2066                 ov_xdist = ( ( getOvMaxWidth() - l ) / ( ext_nodes ) );
2067             }
2068             else {
2069                 ov_xdist = ( ( getOvMaxWidth() - l ) / ( PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( _phylogeny ) ) );
2070             }
2071             float ydist = ( float ) ( ( getOvMaxWidth() / ( ext_nodes * 2.0 ) ) );
2072             if ( ov_xdist < 0.0 ) {
2073                 ov_xdist = 0.0f;
2074             }
2075             if ( ydist < 0.0 ) {
2076                 ydist = 0.0f;
2077             }
2078             setOvXDistance( ov_xdist );
2079             final double height = _phylogeny.getHeight();
2080             if ( height > 0 ) {
2081                 final float ov_corr = ( float ) ( ( ( getOvMaxWidth() - l ) - getOvXDistance() ) / height );
2082                 setOvXcorrectionFactor( ov_corr > 0 ? ov_corr : 0 );
2083             }
2084             else {
2085                 setOvXcorrectionFactor( 0 );
2086             }
2087         }
2088         else {
2089             setOvOn( false );
2090         }
2091     }
2092
2093     void updateSetOfCollapsedExternalNodes() {
2094         final Phylogeny phy = getPhylogeny();
2095         _collapsed_external_nodeid_set.clear();
2096         if ( phy != null ) {
2097             E: for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorExternalForward(); it.hasNext(); ) {
2098                 final PhylogenyNode ext_node = it.next();
2099                 PhylogenyNode n = ext_node;
2100                 while ( !n.isRoot() ) {
2101                     if ( n.isCollapse() ) {
2102                         _collapsed_external_nodeid_set.add( ext_node.getId() );
2103                         ext_node.setCollapse( true );
2104                         continue E;
2105                     }
2106                     n = n.getParent();
2107                 }
2108             }
2109         }
2110     }
2111
2112     final void updateSubSuperTreeButton() {
2113         if ( _subtree_index < 1 ) {
2114             getControlPanel().deactivateButtonToReturnToSuperTree();
2115         }
2116         else {
2117             getControlPanel().activateButtonToReturnToSuperTree( _subtree_index );
2118         }
2119     }
2120
2121     final void zoomInDomainStructure() {
2122         if ( _domain_structure_width < 2000 ) {
2123             _domain_structure_width *= 1.2;
2124         }
2125     }
2126
2127     final void zoomOutDomainStructure() {
2128         if ( _domain_structure_width > 20 ) {
2129             _domain_structure_width *= 0.8;
2130         }
2131     }
2132
2133     private void abbreviateScientificName( final String sn ) {
2134         final String[] a = sn.split( "\\s+" );
2135         _sb.append( a[ 0 ].substring( 0, 1 ) );
2136         _sb.append( a[ 1 ].substring( 0, 2 ) );
2137         if ( a.length > 2 ) {
2138             for( int i = 2; i < a.length; i++ ) {
2139                 _sb.append( " " );
2140                 _sb.append( a[ i ] );
2141             }
2142         }
2143     }
2144
2145     final private void addEmptyNode( final PhylogenyNode node ) {
2146         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2147             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
2148             return;
2149         }
2150         final String label = createASimpleTextRepresentationOfANode( node );
2151         String msg = "";
2152         if ( ForesterUtil.isEmpty( label ) ) {
2153             msg = "How to add the new, empty node?";
2154         }
2155         else {
2156             msg = "How to add the new, empty node to node" + label + "?";
2157         }
2158         final Object[] options = { "As sibling", "As descendant", "Cancel" };
2159         final int r = JOptionPane.showOptionDialog( this,
2160                                                     msg,
2161                                                     "Addition of Empty New Node",
2162                                                     JOptionPane.CLOSED_OPTION,
2163                                                     JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
2164                                                     null,
2165                                                     options,
2166                                                     options[ 2 ] );
2167         boolean add_as_sibling = true;
2168         if ( r == 1 ) {
2169             add_as_sibling = false;
2170         }
2171         else if ( r != 0 ) {
2172             return;
2173         }
2174         final Phylogeny phy = new Phylogeny();
2175         phy.setRoot( new PhylogenyNode() );
2176         phy.setRooted( true );
2177         if ( add_as_sibling ) {
2178             if ( node.isRoot() ) {
2179                 JOptionPane.showMessageDialog( this,
2180                                                "Cannot add sibling to root",
2181                                                "Attempt to add sibling to root",
2182                                                JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2183                 return;
2184             }
2185             phy.addAsSibling( node );
2186         }
2187         else {
2188             phy.addAsChild( node );
2189         }
2190         setNodeInPreorderToNull();
2191         _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
2192         _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
2193         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
2194         resetNodeIdToDistToLeafMap();
2195         setEdited( true );
2196         repaint();
2197     }
2198
2199     final private void addToCurrentExternalNodes( final long i ) {
2200         if ( _current_external_nodes == null ) {
2201             _current_external_nodes = new HashSet<Long>();
2202         }
2203         _current_external_nodes.add( i );
2204     }
2205
2206     final private void assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( final PhylogenyNode node,
2207                                                                         final boolean is_vertical,
2208                                                                         final Graphics g,
2209                                                                         final boolean to_pdf,
2210                                                                         final boolean to_graphics_file ) {
2211         final NodeClickAction action = _control_panel.getActionWhenNodeClicked();
2212         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
2213             g.setColor( Color.BLACK );
2214         }
2215         else if ( ( ( action == NodeClickAction.COPY_SUBTREE ) || ( action == NodeClickAction.CUT_SUBTREE )
2216                 || ( action == NodeClickAction.DELETE_NODE_OR_SUBTREE ) || ( action == NodeClickAction.PASTE_SUBTREE ) || ( action == NodeClickAction.ADD_NEW_NODE ) )
2217                 && ( getCutOrCopiedTree() != null )
2218                 && ( getCopiedAndPastedNodes() != null )
2219                 && !to_pdf
2220                 && !to_graphics_file && getCopiedAndPastedNodes().contains( node.getId() ) ) {
2221             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
2222         }
2223         else if ( getControlPanel().isColorBranches() && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
2224             g.setColor( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) );
2225         }
2226         else if ( to_pdf ) {
2227             g.setColor( getTreeColorSet().getBranchColorForPdf() );
2228         }
2229         else {
2230             g.setColor( getTreeColorSet().getBranchColor() );
2231         }
2232     }
2233
2234     final private void blast( final PhylogenyNode node ) {
2235         if ( !isCanBlast( node ) ) {
2236             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2237                                            "Insufficient information present",
2238                                            "Cannot Blast",
2239                                            JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE );
2240             return;
2241         }
2242         else {
2243             final String query = Blast.obtainQueryForBlast( node );
2244             System.out.println( "query for BLAST is: " + query );
2245             char type = '?';
2246             if ( !ForesterUtil.isEmpty( query ) ) {
2247                 if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
2248                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getType() ) ) {
2249                         if ( node.getNodeData().getSequence().getType().toLowerCase()
2250                                 .equals( PhyloXmlUtil.SEQ_TYPE_PROTEIN ) ) {
2251                             type = 'p';
2252                         }
2253                         else {
2254                             type = 'n';
2255                         }
2256                     }
2257                     else if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
2258                         if ( ForesterUtil.seqIsLikelyToBeAa( node.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
2259                             type = 'p';
2260                         }
2261                         else {
2262                             type = 'n';
2263                         }
2264                     }
2265                 }
2266                 if ( type == '?' ) {
2267                     if ( SequenceIdParser.isProtein( query ) ) {
2268                         type = 'p';
2269                     }
2270                     else {
2271                         type = 'n';
2272                     }
2273                 }
2274                 JApplet applet = null;
2275                 if ( isApplet() ) {
2276                     applet = obtainApplet();
2277                 }
2278                 try {
2279                     Blast.openNcbiBlastWeb( query, type == 'n', applet, this );
2280                 }
2281                 catch ( final Exception e ) {
2282                     e.printStackTrace();
2283                 }
2284                 if ( Constants.ALLOW_DDBJ_BLAST ) {
2285                     try {
2286                         System.out.println( "trying: " + query );
2287                         final Blast s = new Blast();
2288                         s.ddbjBlast( query );
2289                     }
2290                     catch ( final Exception e ) {
2291                         e.printStackTrace();
2292                     }
2293                 }
2294             }
2295         }
2296     }
2297
2298     private final int calcDynamicHidingFactor() {
2299         return ( int ) ( 0.5 + ( getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() / ( 1.5 * getYdistance() ) ) );
2300     }
2301
2302     /**
2303      * Calculate the length of the distance between the given node and its
2304      * parent.
2305      *
2306      * @param node
2307      * @param ext_node_x
2308      * @factor
2309      * @return the distance value
2310      */
2311     final private float calculateBranchLengthToParent( final PhylogenyNode node, final float factor ) {
2312         if ( getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
2313             if ( node.getDistanceToParent() < 0.0 ) {
2314                 return 0.0f;
2315             }
2316             return ( float ) ( getXcorrectionFactor() * node.getDistanceToParent() );
2317         }
2318         else {
2319             if ( ( factor == 0 ) || isNonLinedUpCladogram() ) {
2320                 return getXdistance();
2321             }
2322             return getXdistance() * factor;
2323         }
2324     }
2325
2326     final private Color calculateColorForAnnotation( final SortedSet<Annotation> ann ) {
2327         Color c = getTreeColorSet().getAnnotationColor();
2328         if ( getControlPanel().isColorAccordingToAnnotation() && ( getControlPanel().getAnnotationColors() != null ) ) {
2329             final StringBuilder sb = new StringBuilder();
2330             for( final Annotation a : ann ) {
2331                 sb.append( !ForesterUtil.isEmpty( a.getRef() ) ? a.getRef() : a.getDesc() );
2332             }
2333             final String ann_str = sb.toString();
2334             if ( !ForesterUtil.isEmpty( ann_str ) ) {
2335                 c = getControlPanel().getAnnotationColors().get( ann_str );
2336                 if ( c == null ) {
2337                     c = AptxUtil.calculateColorFromString( ann_str );
2338                     getControlPanel().getAnnotationColors().put( ann_str, c );
2339                 }
2340                 if ( c == null ) {
2341                     c = getTreeColorSet().getAnnotationColor();
2342                 }
2343             }
2344         }
2345         return c;
2346     }
2347
2348     final private float calculateOvBranchLengthToParent( final PhylogenyNode node, final int factor ) {
2349         if ( getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
2350             if ( node.getDistanceToParent() < 0.0 ) {
2351                 return 0.0f;
2352             }
2353             return ( float ) ( getOvXcorrectionFactor() * node.getDistanceToParent() );
2354         }
2355         else {
2356             if ( ( factor == 0 ) || isNonLinedUpCladogram() ) {
2357                 return getOvXDistance();
2358             }
2359             return getOvXDistance() * factor;
2360         }
2361     }
2362
2363     final private void cannotOpenBrowserWarningMessage( final String type_type ) {
2364         JOptionPane.showMessageDialog( this,
2365                                        "Cannot launch web browser for " + type_type + " data of this node",
2366                                        "Cannot launch web browser",
2367                                        JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
2368     }
2369
2370     final private void colorizeSubtree( final Color c, final PhylogenyNode node ) {
2371         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2372             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2373                                            "Cannot colorize subtree in unrooted display type",
2374                                            "Attempt to colorize subtree in unrooted display",
2375                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
2376             return;
2377         }
2378         _control_panel.setColorBranches( true );
2379         if ( _control_panel.getColorBranchesCb() != null ) {
2380             _control_panel.getColorBranchesCb().setSelected( true );
2381         }
2382         for( final PreorderTreeIterator it = new PreorderTreeIterator( node ); it.hasNext(); ) {
2383             it.next().getBranchData().setBranchColor( new BranchColor( c ) );
2384         }
2385         repaint();
2386     }
2387
2388     final private void colorSubtree( final PhylogenyNode node ) {
2389         Color intitial_color = null;
2390         if ( getControlPanel().isColorBranches() && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null )
2391                 && ( ( ( !node.isRoot() && ( node.getParent().getNumberOfDescendants() < 3 ) ) ) || ( node.isRoot() ) ) ) {
2392             intitial_color = PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node );
2393         }
2394         else {
2395             intitial_color = getTreeColorSet().getBranchColor();
2396         }
2397         _color_chooser.setColor( intitial_color );
2398         _color_chooser.setPreviewPanel( new JPanel() );
2399         final JDialog dialog = JColorChooser
2400                 .createDialog( this,
2401                                "Subtree colorization",
2402                                true,
2403                                _color_chooser,
2404                                new SubtreeColorizationActionListener( _color_chooser, node ),
2405                                null );
2406         dialog.setVisible( true );
2407     }
2408
2409     final private void copySubtree( final PhylogenyNode node ) {
2410         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2411             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
2412             return;
2413         }
2414         setNodeInPreorderToNull();
2415         setCutOrCopiedTree( _phylogeny.copy( node ) );
2416         final List<PhylogenyNode> nodes = PhylogenyMethods.getAllDescendants( node );
2417         final Set<Long> node_ids = new HashSet<Long>( nodes.size() );
2418         for( final PhylogenyNode n : nodes ) {
2419             node_ids.add( n.getId() );
2420         }
2421         node_ids.add( node.getId() );
2422         setCopiedAndPastedNodes( node_ids );
2423         repaint();
2424     }
2425
2426     private String createAnnotationString( final SortedSet<Annotation> ann ) {
2427         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
2428         boolean first = true;
2429         for( final Annotation a : ann ) {
2430             if ( !first ) {
2431                 sb.append( "|" );
2432             }
2433             else {
2434                 first = false;
2435             }
2436             sb.append( a.asSimpleText() );
2437         }
2438         final String ann_str = sb.toString();
2439         return ann_str;
2440     }
2441
2442     final private String createASimpleTextRepresentationOfANode( final PhylogenyNode node ) {
2443         final String tax = PhylogenyMethods.getSpecies( node );
2444         String label = node.getName();
2445         if ( !ForesterUtil.isEmpty( label ) && !ForesterUtil.isEmpty( tax ) ) {
2446             label = label + " " + tax;
2447         }
2448         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax ) ) {
2449             label = tax;
2450         }
2451         else {
2452             label = "";
2453         }
2454         if ( !ForesterUtil.isEmpty( label ) ) {
2455             label = " [" + label + "]";
2456         }
2457         return label;
2458     }
2459
2460     final private void cutSubtree( final PhylogenyNode node ) {
2461         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2462             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
2463             return;
2464         }
2465         if ( node.isRoot() ) {
2466             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2467                                            "Cannot cut entire tree as subtree",
2468                                            "Attempt to cut entire tree",
2469                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2470             return;
2471         }
2472         final String label = createASimpleTextRepresentationOfANode( node );
2473         final int r = JOptionPane.showConfirmDialog( null,
2474                                                      "Cut subtree" + label + "?",
2475                                                      "Confirm Cutting of Subtree",
2476                                                      JOptionPane.YES_NO_OPTION );
2477         if ( r != JOptionPane.OK_OPTION ) {
2478             return;
2479         }
2480         setNodeInPreorderToNull();
2481         setCopiedAndPastedNodes( null );
2482         setCutOrCopiedTree( _phylogeny.copy( node ) );
2483         _phylogeny.deleteSubtree( node, true );
2484         _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
2485         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
2486         resetNodeIdToDistToLeafMap();
2487         setEdited( true );
2488         repaint();
2489     }
2490
2491     final private void cycleColors() {
2492         getMainPanel().getTreeColorSet().cycleColorScheme();
2493         for( final TreePanel tree_panel : getMainPanel().getTreePanels() ) {
2494             tree_panel.setBackground( getMainPanel().getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
2495         }
2496     }
2497
2498     final private void decreaseOvSize() {
2499         if ( ( getOvMaxWidth() > 20 ) && ( getOvMaxHeight() > 20 ) ) {
2500             setOvMaxWidth( getOvMaxWidth() - 5 );
2501             setOvMaxHeight( getOvMaxHeight() - 5 );
2502             updateOvSettings();
2503             getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
2504         }
2505     }
2506
2507     final private void deleteNodeOrSubtree( final PhylogenyNode node ) {
2508         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2509             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
2510             return;
2511         }
2512         if ( node.isRoot() && ( node.getNumberOfDescendants() != 1 ) ) {
2513             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2514                                            "Cannot delete entire tree",
2515                                            "Attempt to delete entire tree",
2516                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2517             return;
2518         }
2519         final String label = createASimpleTextRepresentationOfANode( node );
2520         final Object[] options = { "Node only", "Entire subtree", "Cancel" };
2521         final int r = JOptionPane.showOptionDialog( this,
2522                                                     "Delete" + label + "?",
2523                                                     "Delete Node/Subtree",
2524                                                     JOptionPane.CLOSED_OPTION,
2525                                                     JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
2526                                                     null,
2527                                                     options,
2528                                                     options[ 2 ] );
2529         setNodeInPreorderToNull();
2530         boolean node_only = true;
2531         if ( r == 1 ) {
2532             node_only = false;
2533         }
2534         else if ( r != 0 ) {
2535             return;
2536         }
2537         if ( node_only ) {
2538             PhylogenyMethods.removeNode( node, _phylogeny );
2539         }
2540         else {
2541             _phylogeny.deleteSubtree( node, true );
2542         }
2543         _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
2544         _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
2545         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
2546         resetNodeIdToDistToLeafMap();
2547         setEdited( true );
2548         repaint();
2549     }
2550
2551     final private void displayNodePopupMenu( final PhylogenyNode node, final int x, final int y ) {
2552         makePopupMenus( node );
2553         _node_popup_menu.putClientProperty( NODE_POPMENU_NODE_CLIENT_PROPERTY, node );
2554         _node_popup_menu.show( this, x, y );
2555     }
2556
2557     final private void drawArc( final double x,
2558                                 final double y,
2559                                 final double width,
2560                                 final double heigth,
2561                                 final double start_angle,
2562                                 final double arc_angle,
2563                                 final Graphics2D g ) {
2564         _arc.setArc( x, y, width, heigth, _180_OVER_PI * start_angle, _180_OVER_PI * arc_angle, Arc2D.OPEN );
2565         g.draw( _arc );
2566     }
2567
2568     final private void drawLine( final double x1, final double y1, final double x2, final double y2, final Graphics2D g ) {
2569         if ( ( x1 == x2 ) && ( y1 == y2 ) ) {
2570             return;
2571         }
2572         _line.setLine( x1, y1, x2, y2 );
2573         g.draw( _line );
2574     }
2575
2576     final private void drawOval( final double x,
2577                                  final double y,
2578                                  final double width,
2579                                  final double heigth,
2580                                  final Graphics2D g ) {
2581         _ellipse.setFrame( x, y, width, heigth );
2582         g.draw( _ellipse );
2583     }
2584
2585     final private void drawOvalFilled( final double x,
2586                                        final double y,
2587                                        final double width,
2588                                        final double heigth,
2589                                        final Graphics2D g ) {
2590         _ellipse.setFrame( x, y, width, heigth );
2591         g.fill( _ellipse );
2592     }
2593
2594     final private void drawOvalGradient( final double x,
2595                                          final double y,
2596                                          final double width,
2597                                          final double heigth,
2598                                          final Graphics2D g,
2599                                          final Color color_1,
2600                                          final Color color_2,
2601                                          final Color color_border ) {
2602         _ellipse.setFrame( x, y, width, heigth );
2603         g.setPaint( new GradientPaint( ( float ) x,
2604                                        ( float ) y,
2605                                        color_1,
2606                                        ( float ) ( x + width ),
2607                                        ( float ) ( y + heigth ),
2608                                        color_2,
2609                                        false ) );
2610         g.fill( _ellipse );
2611         if ( color_border != null ) {
2612             g.setPaint( color_border );
2613             g.draw( _ellipse );
2614         }
2615     }
2616
2617     final private void drawRect( final float x, final float y, final float width, final float heigth, final Graphics2D g ) {
2618         _rectangle.setFrame( x, y, width, heigth );
2619         g.draw( _rectangle );
2620     }
2621
2622     final private void drawRectFilled( final double x,
2623                                        final double y,
2624                                        final double width,
2625                                        final double heigth,
2626                                        final Graphics2D g ) {
2627         _rectangle.setFrame( x, y, width, heigth );
2628         g.fill( _rectangle );
2629     }
2630
2631     final private void drawRectGradient( final double x,
2632                                          final double y,
2633                                          final double width,
2634                                          final double heigth,
2635                                          final Graphics2D g,
2636                                          final Color color_1,
2637                                          final Color color_2,
2638                                          final Color color_border ) {
2639         _rectangle.setFrame( x, y, width, heigth );
2640         g.setPaint( new GradientPaint( ( float ) x,
2641                                        ( float ) y,
2642                                        color_1,
2643                                        ( float ) ( x + width ),
2644                                        ( float ) ( y + heigth ),
2645                                        color_2,
2646                                        false ) );
2647         g.fill( _rectangle );
2648         if ( color_border != null ) {
2649             g.setPaint( color_border );
2650             g.draw( _rectangle );
2651         }
2652     }
2653
2654     private double drawTaxonomyImage( final double x, final double y, final PhylogenyNode node, final Graphics2D g ) {
2655         final List<Uri> us = new ArrayList<Uri>();
2656         for( final Taxonomy t : node.getNodeData().getTaxonomies() ) {
2657             for( final Uri uri : t.getUris() ) {
2658                 us.add( uri );
2659             }
2660         }
2661         double offset = 0;
2662         for( final Uri uri : us ) {
2663             if ( uri != null ) {
2664                 final String uri_str = uri.getValue().toString().toLowerCase();
2665                 if ( getImageMap().containsKey( uri_str ) ) {
2666                     final BufferedImage bi = getImageMap().get( uri_str );
2667                     if ( ( bi != null ) && ( bi.getHeight() > 5 ) && ( bi.getWidth() > 5 ) ) {
2668                         double scaling_factor = 1;
2669                         if ( getOptions().isAllowMagnificationOfTaxonomyImages()
2670                                 || ( bi.getHeight() > ( 1.8 * getYdistance() ) ) ) {
2671                             scaling_factor = ( 1.8 * getYdistance() ) / bi.getHeight();
2672                         }
2673                         // y = y - ( 0.9 * getYdistance() );
2674                         final double hs = bi.getHeight() * scaling_factor;
2675                         double ws = ( bi.getWidth() * scaling_factor ) + offset;
2676                         final double my_y = y - ( 0.5 * hs );
2677                         final int x_w = ( int ) ( x + ws + 0.5 );
2678                         final int y_h = ( int ) ( my_y + hs + 0.5 );
2679                         if ( ( ( x_w - x ) > 7 ) && ( ( y_h - my_y ) > 7 ) ) {
2680                             g.drawImage( bi,
2681                                          ( int ) ( x + 0.5 + offset ),
2682                                          ( int ) ( my_y + 0.5 ),
2683                                          x_w,
2684                                          y_h,
2685                                          0,
2686                                          0,
2687                                          bi.getWidth(),
2688                                          bi.getHeight(),
2689                                          null );
2690                             ws += 8;
2691                         }
2692                         else {
2693                             ws = 0.0;
2694                         }
2695                         offset = ws;
2696                     }
2697                 }
2698             }
2699         }
2700         return offset;
2701     }
2702
2703     final private void errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay() {
2704         JOptionPane.showMessageDialog( this,
2705                                        "Cannot cut, copy, paste, add, or delete subtrees/nodes in unrooted display",
2706                                        "Attempt to cut/copy/paste/add/delete in unrooted display",
2707                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2708     }
2709
2710     final private Set<Long> getCopiedAndPastedNodes() {
2711         return getMainPanel().getCopiedAndPastedNodes();
2712     }
2713
2714     final private Set<Long> getCurrentExternalNodes() {
2715         return _current_external_nodes;
2716     }
2717
2718     final private Phylogeny getCutOrCopiedTree() {
2719         return getMainPanel().getCutOrCopiedTree();
2720     }
2721
2722     final private float getLastDragPointX() {
2723         return _last_drag_point_x;
2724     }
2725
2726     final private float getLastDragPointY() {
2727         return _last_drag_point_y;
2728     }
2729
2730     final private short getMaxBranchesToLeaf( final PhylogenyNode node ) {
2731         if ( !_nodeid_dist_to_leaf.containsKey( node.getId() ) ) {
2732             final short m = PhylogenyMethods.calculateMaxBranchesToLeaf( node );
2733             _nodeid_dist_to_leaf.put( node.getId(), m );
2734             return m;
2735         }
2736         else {
2737             return _nodeid_dist_to_leaf.get( node.getId() );
2738         }
2739     }
2740
2741     final private double getMaxDistanceToRoot() {
2742         if ( _max_distance_to_root < 0 ) {
2743             recalculateMaxDistanceToRoot();
2744         }
2745         return _max_distance_to_root;
2746     }
2747
2748     final private float getOvMaxHeight() {
2749         return _ov_max_height;
2750     }
2751
2752     final private float getOvMaxWidth() {
2753         return _ov_max_width;
2754     }
2755
2756     final private float getOvXcorrectionFactor() {
2757         return _ov_x_correction_factor;
2758     }
2759
2760     final private float getOvXDistance() {
2761         return _ov_x_distance;
2762     }
2763
2764     final private int getOvXPosition() {
2765         return _ov_x_position;
2766     }
2767
2768     final private float getOvYDistance() {
2769         return _ov_y_distance;
2770     }
2771
2772     final private int getOvYPosition() {
2773         return _ov_y_position;
2774     }
2775
2776     final private int getOvYStart() {
2777         return _ov_y_start;
2778     }
2779
2780     final private double getScaleDistance() {
2781         return _scale_distance;
2782     }
2783
2784     final private String getScaleLabel() {
2785         return _scale_label;
2786     }
2787
2788     final private TreeFontSet getTreeFontSet() {
2789         return getMainPanel().getTreeFontSet();
2790     }
2791
2792     final private float getUrtFactor() {
2793         return _urt_factor;
2794     }
2795
2796     final private float getUrtFactorOv() {
2797         return _urt_factor_ov;
2798     }
2799
2800     final private void handleClickToAction( final NodeClickAction action, final PhylogenyNode node ) {
2801         switch ( action ) {
2802             case SHOW_DATA:
2803                 showNodeFrame( node );
2804                 break;
2805             case COLLAPSE:
2806                 collapse( node );
2807                 break;
2808             case REROOT:
2809                 reRoot( node );
2810                 break;
2811             case SUBTREE:
2812                 subTree( node );
2813                 break;
2814             case SWAP:
2815                 swap( node );
2816                 break;
2817             case COLOR_SUBTREE:
2818                 colorSubtree( node );
2819                 break;
2820             case OPEN_SEQ_WEB:
2821                 openSeqWeb( node );
2822                 break;
2823             case BLAST:
2824                 blast( node );
2825                 break;
2826             case OPEN_TAX_WEB:
2827                 openTaxWeb( node );
2828                 break;
2829             case CUT_SUBTREE:
2830                 cutSubtree( node );
2831                 break;
2832             case COPY_SUBTREE:
2833                 copySubtree( node );
2834                 break;
2835             case PASTE_SUBTREE:
2836                 pasteSubtree( node );
2837                 break;
2838             case DELETE_NODE_OR_SUBTREE:
2839                 deleteNodeOrSubtree( node );
2840                 break;
2841             case ADD_NEW_NODE:
2842                 addEmptyNode( node );
2843                 break;
2844             case EDIT_NODE_DATA:
2845                 showNodeEditFrame( node );
2846                 break;
2847             case SELECT_NODES:
2848                 selectNode( node );
2849                 break;
2850             case SORT_DESCENDENTS:
2851                 sortDescendants( node );
2852                 break;
2853             case GET_EXT_DESC_DATA:
2854                 showExtDescNodeData( node );
2855                 break;
2856             default:
2857                 throw new IllegalArgumentException( "unknown action: " + action );
2858         }
2859     }
2860
2861     final private void increaseCurrentExternalNodesDataBufferChangeCounter() {
2862         _current_external_nodes_data_buffer_change_counter++;
2863     }
2864
2865     final private void increaseOvSize() {
2866         if ( ( getOvMaxWidth() < ( getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getVisibleRect().getWidth() / 2 ) )
2867                 && ( getOvMaxHeight() < ( getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getVisibleRect()
2868                         .getHeight() / 2 ) ) ) {
2869             setOvMaxWidth( getOvMaxWidth() + 5 );
2870             setOvMaxHeight( getOvMaxHeight() + 5 );
2871             updateOvSettings();
2872             getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
2873         }
2874     }
2875
2876     final private void init() {
2877         _color_chooser = new JColorChooser();
2878         _rollover_popup = new JTextArea();
2879         _rollover_popup.setFont( POPUP_FONT );
2880         resetNodeIdToDistToLeafMap();
2881         setTextAntialias();
2882         setTreeFile( null );
2883         setEdited( false );
2884         initializeOvSettings();
2885         setStartingAngle( ( TWO_PI * 3 ) / 4 );
2886         final ImageLoader il = new ImageLoader( this );
2887         new Thread( il ).start();
2888     }
2889
2890     final private void initializeOvSettings() {
2891         setOvMaxHeight( getConfiguration().getOvMaxHeight() );
2892         setOvMaxWidth( getConfiguration().getOvMaxWidth() );
2893     }
2894
2895     final private boolean inOvVirtualRectangle( final int x, final int y ) {
2896         return ( ( x >= ( getOvVirtualRectangle().x - 1 ) )
2897                 && ( x <= ( getOvVirtualRectangle().x + getOvVirtualRectangle().width + 1 ) )
2898                 && ( y >= ( getOvVirtualRectangle().y - 1 ) ) && ( y <= ( getOvVirtualRectangle().y
2899                 + getOvVirtualRectangle().height + 1 ) ) );
2900     }
2901
2902     final private boolean inOvVirtualRectangle( final MouseEvent e ) {
2903         return ( inOvVirtualRectangle( e.getX(), e.getY() ) );
2904     }
2905
2906     final private boolean isCanBlast( final PhylogenyNode node ) {
2907         if ( !node.getNodeData().isHasSequence() && ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
2908             return false;
2909         }
2910         return Blast.isContainsQueryForBlast( node );
2911     }
2912
2913     final private boolean isCanOpenSeqWeb( final PhylogenyNode node ) {
2914         if ( node.getNodeData().isHasSequence()
2915                 && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null )
2916                 && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() )
2917                 && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue() )
2918                 && getConfiguration().isHasWebLink( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource()
2919                         .toLowerCase() ) ) {
2920             return true;
2921         }
2922         return false;
2923     }
2924
2925     final private boolean isCanOpenTaxWeb( final PhylogenyNode node ) {
2926         if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy()
2927                 && ( ( ( node.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier() != null )
2928                         && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider() )
2929                         && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue() ) && getConfiguration()
2930                         .isHasWebLink( node.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getProvider().toLowerCase() ) )
2931                         || ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) )
2932                         || ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) )
2933                         || ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getCommonName() ) ) || ( ( node
2934                         .getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier() != null )
2935                         && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue() ) && node
2936                         .getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().startsWith( "http://" ) ) ) ) {
2937             return true;
2938         }
2939         else {
2940             return false;
2941         }
2942     }
2943
2944     final private boolean isInCurrentExternalNodes( final PhylogenyNode node ) {
2945         return ( ( getCurrentExternalNodes() != null ) && getCurrentExternalNodes().contains( node.getId() ) );
2946     }
2947
2948     final private boolean isInFoundNodes( final PhylogenyNode node ) {
2949         return ( ( getFoundNodes() != null ) && getFoundNodes().contains( node.getId() ) );
2950     }
2951
2952     final private boolean isInOv() {
2953         return _in_ov;
2954     }
2955
2956     final private boolean isNodeDataInvisible( final PhylogenyNode node ) {
2957         int y_dist = 40;
2958         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyImages() ) {
2959             y_dist = 40 + ( int ) getYdistance();
2960         }
2961         return ( ( node.getYcoord() < ( getVisibleRect().getMinY() - y_dist ) )
2962                 || ( node.getYcoord() > ( getVisibleRect().getMaxY() + y_dist ) ) || ( ( node.getParent() != null ) && ( node
2963                 .getParent().getXcoord() > getVisibleRect().getMaxX() ) ) );
2964     }
2965
2966     final private boolean isNodeDataInvisibleUnrootedCirc( final PhylogenyNode node ) {
2967         return ( ( node.getYcoord() < ( getVisibleRect().getMinY() - 20 ) )
2968                 || ( node.getYcoord() > ( getVisibleRect().getMaxY() + 20 ) )
2969                 || ( node.getXcoord() < ( getVisibleRect().getMinX() - 20 ) ) || ( node.getXcoord() > ( getVisibleRect()
2970                 .getMaxX() + 20 ) ) );
2971     }
2972
2973     final private boolean isNonLinedUpCladogram() {
2974         return getOptions().getCladogramType() == CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP;
2975     }
2976
2977     final private boolean isUniformBranchLengthsForCladogram() {
2978         return getOptions().getCladogramType() == CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP;
2979     }
2980
2981     final private void keyPressedCalls( final KeyEvent e ) {
2982         if ( isOvOn() && ( getMousePosition() != null ) && ( getMousePosition().getLocation() != null ) ) {
2983             if ( inOvVirtualRectangle( getMousePosition().x, getMousePosition().y ) ) {
2984                 if ( !isInOvRect() ) {
2985                     setInOvRect( true );
2986                 }
2987             }
2988             else if ( isInOvRect() ) {
2989                 setInOvRect( false );
2990             }
2991         }
2992         if ( e.getModifiersEx() == InputEvent.CTRL_DOWN_MASK ) {
2993             if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DELETE ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_HOME )
2994                     || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_F ) ) {
2995                 getMainPanel().getTreeFontSet().mediumFonts();
2996                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
2997             }
2998             else if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_SUBTRACT ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_MINUS ) ) {
2999                 getMainPanel().getTreeFontSet().decreaseFontSize( 1, false );
3000                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
3001             }
3002             else if ( plusPressed( e.getKeyCode() ) ) {
3003                 getMainPanel().getTreeFontSet().increaseFontSize();
3004                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
3005             }
3006         }
3007         else {
3008             if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DELETE ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_HOME )
3009                     || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_F ) ) {
3010                 getControlPanel().showWhole();
3011             }
3012             else if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN )
3013                     || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_LEFT ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_RIGHT ) ) {
3014                 if ( e.getModifiersEx() == InputEvent.SHIFT_DOWN_MASK ) {
3015                     if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP ) {
3016                         getMainPanel().getControlPanel().zoomInY( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
3017                         getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3018                     }
3019                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN ) {
3020                         getMainPanel().getControlPanel().zoomOutY( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR );
3021                         getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3022                     }
3023                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_LEFT ) {
3024                         getMainPanel().getControlPanel().zoomOutX( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR,
3025                                                                    Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_X_CORRECTION_FACTOR );
3026                         getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3027                     }
3028                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_RIGHT ) {
3029                         getMainPanel().getControlPanel().zoomInX( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR,
3030                                                                   Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
3031                         getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3032                     }
3033                 }
3034                 else {
3035                     final int d = 80;
3036                     int dx = 0;
3037                     int dy = -d;
3038                     if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN ) {
3039                         dy = d;
3040                     }
3041                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_LEFT ) {
3042                         dx = -d;
3043                         dy = 0;
3044                     }
3045                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_RIGHT ) {
3046                         dx = d;
3047                         dy = 0;
3048                     }
3049                     final Point scroll_position = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getViewPosition();
3050                     scroll_position.x = scroll_position.x + dx;
3051                     scroll_position.y = scroll_position.y + dy;
3052                     if ( scroll_position.x <= 0 ) {
3053                         scroll_position.x = 0;
3054                     }
3055                     else {
3056                         final int max_x = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getMaximum()
3057                                 - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getVisibleAmount();
3058                         if ( scroll_position.x >= max_x ) {
3059                             scroll_position.x = max_x;
3060                         }
3061                     }
3062                     if ( scroll_position.y <= 0 ) {
3063                         scroll_position.y = 0;
3064                     }
3065                     else {
3066                         final int max_y = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getMaximum()
3067                                 - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getVisibleAmount();
3068                         if ( scroll_position.y >= max_y ) {
3069                             scroll_position.y = max_y;
3070                         }
3071                     }
3072                     repaint();
3073                     getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().setViewPosition( scroll_position );
3074                 }
3075             }
3076             else if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_SUBTRACT ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_MINUS ) ) {
3077                 getMainPanel().getControlPanel().zoomOutY( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR );
3078                 getMainPanel().getControlPanel().zoomOutX( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR,
3079                                                            Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_X_CORRECTION_FACTOR );
3080                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3081             }
3082             else if ( plusPressed( e.getKeyCode() ) ) {
3083                 getMainPanel().getControlPanel().zoomInX( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR,
3084                                                           Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
3085                 getMainPanel().getControlPanel().zoomInY( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
3086                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3087             }
3088             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_S ) {
3089                 if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
3090                         || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
3091                     setStartingAngle( ( getStartingAngle() % TWO_PI ) + ANGLE_ROTATION_UNIT );
3092                     getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3093                 }
3094             }
3095             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_A ) {
3096                 if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
3097                         || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
3098                     setStartingAngle( ( getStartingAngle() % TWO_PI ) - ANGLE_ROTATION_UNIT );
3099                     if ( getStartingAngle() < 0 ) {
3100                         setStartingAngle( TWO_PI + getStartingAngle() );
3101                     }
3102                     getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3103                 }
3104             }
3105             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_D ) {
3106                 boolean selected = false;
3107                 if ( getOptions().getNodeLabelDirection() == NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL ) {
3108                     getOptions().setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
3109                     selected = true;
3110                 }
3111                 else {
3112                     getOptions().setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
3113                 }
3114                 if ( getMainPanel().getMainFrame() == null ) {
3115                     // Must be "E" applet version.
3116                     final ArchaeopteryxE ae = ( ArchaeopteryxE ) ( ( MainPanelApplets ) getMainPanel() ).getApplet();
3117                     if ( ae.getlabelDirectionCbmi() != null ) {
3118                         ae.getlabelDirectionCbmi().setSelected( selected );
3119                     }
3120                 }
3121                 else {
3122                     getMainPanel().getMainFrame().getlabelDirectionCbmi().setSelected( selected );
3123                 }
3124                 repaint();
3125             }
3126             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_X ) {
3127                 switchDisplaygetPhylogenyGraphicsType();
3128                 repaint();
3129             }
3130             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_C ) {
3131                 cycleColors();
3132                 repaint();
3133             }
3134             else if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_O ) ) {
3135                 MainFrame.cycleOverview( getOptions(), this );
3136                 repaint();
3137             }
3138             else if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_I ) ) {
3139                 increaseOvSize();
3140             }
3141             else if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_U ) ) {
3142                 decreaseOvSize();
3143             }
3144             e.consume();
3145         }
3146     }
3147
3148     final private void makePopupMenus( final PhylogenyNode node ) {
3149         _node_popup_menu = new JPopupMenu();
3150         final List<String> clickto_names = _main_panel.getControlPanel().getSingleClickToNames();
3151         _node_popup_menu_items = new JMenuItem[ clickto_names.size() ];
3152         for( int i = 0; i < clickto_names.size(); i++ ) {
3153             final String title = clickto_names.get( i );
3154             _node_popup_menu_items[ i ] = new JMenuItem( title );
3155             if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.open_seq_web ][ 0 ] ) ) {
3156                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanOpenSeqWeb( node ) );
3157             }
3158             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.open_tax_web ][ 0 ] ) ) {
3159                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanOpenTaxWeb( node ) );
3160             }
3161             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.blast ][ 0 ] ) ) {
3162                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanBlast( node ) );
3163             }
3164             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.delete_subtree_or_node ][ 0 ] ) ) {
3165                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3166                     continue;
3167                 }
3168                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanDelete() );
3169             }
3170             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.cut_subtree ][ 0 ] ) ) {
3171                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3172                     continue;
3173                 }
3174                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanCut( node ) );
3175             }
3176             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.copy_subtree ][ 0 ] ) ) {
3177                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3178                     continue;
3179                 }
3180                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanCopy() );
3181             }
3182             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.paste_subtree ][ 0 ] ) ) {
3183                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3184                     continue;
3185                 }
3186                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanPaste() );
3187             }
3188             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.edit_node_data ][ 0 ] ) ) {
3189                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3190                     continue;
3191                 }
3192             }
3193             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.add_new_node ][ 0 ] ) ) {
3194                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3195                     continue;
3196                 }
3197             }
3198             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.reroot ][ 0 ] ) ) {
3199                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanReroot() );
3200             }
3201             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.collapse_uncollapse ][ 0 ] ) ) {
3202                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( ( isCanCollapse() && !node.isExternal() ) );
3203             }
3204             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.color_subtree ][ 0 ] ) ) {
3205                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanColorSubtree() );
3206             }
3207             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.subtree ][ 0 ] ) ) {
3208                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanSubtree( node ) );
3209             }
3210             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.swap ][ 0 ] ) ) {
3211                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( node.getNumberOfDescendants() == 2 );
3212             }
3213             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.sort_descendents ][ 0 ] ) ) {
3214                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( node.getNumberOfDescendants() > 1 );
3215             }
3216             _node_popup_menu_items[ i ].addActionListener( this );
3217             _node_popup_menu.add( _node_popup_menu_items[ i ] );
3218         }
3219     }
3220
3221     private final String obtainTitleForExtDescNodeData() {
3222         switch ( getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() ) {
3223             case NODE_NAME:
3224                 return "Node Names";
3225             case SEQUENCE_NAME:
3226                 return "Sequence Names";
3227             case SEQUENCE_SYMBOL:
3228                 return "Sequence Symbols";
3229             case SEQUENCE_MOL_SEQ:
3230                 return "Molecular Sequences";
3231             case SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA:
3232                 return "Molecular Sequences (Fasta)";
3233             case SEQUENCE_ACC:
3234                 return "Sequence Accessors";
3235             case TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME:
3236                 return "Scientific Names";
3237             case TAXONOMY_CODE:
3238                 return "Taxonomy Codes";
3239             case UNKNOWN:
3240                 return "User Selected Data";
3241             default:
3242                 throw new IllegalArgumentException( "unknown data element: "
3243                         + getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() );
3244         }
3245     }
3246
3247     final private void openSeqWeb( final PhylogenyNode node ) {
3248         if ( !isCanOpenSeqWeb( node ) ) {
3249             cannotOpenBrowserWarningMessage( "sequence" );
3250             return;
3251         }
3252         String uri_str = null;
3253         final Sequence seq = node.getNodeData().getSequence();
3254         final String source = seq.getAccession().getSource().toLowerCase();
3255         String url;
3256         if ( source.toLowerCase().equals( "ncbi" ) ) {
3257             url = Constants.NCBI_ALL_DATABASE_SEARCH;
3258         }
3259         else {
3260             final WebLink weblink = getConfiguration().getWebLink( source );
3261             url = weblink.getUrl().toString();
3262         }
3263         try {
3264             uri_str = url + URLEncoder.encode( seq.getAccession().getValue(), ForesterConstants.UTF8 );
3265         }
3266         catch ( final UnsupportedEncodingException e ) {
3267             AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3268             e.printStackTrace();
3269         }
3270         if ( !ForesterUtil.isEmpty( uri_str ) ) {
3271             try {
3272                 JApplet applet = null;
3273                 if ( isApplet() ) {
3274                     applet = obtainApplet();
3275                 }
3276                 AptxUtil.launchWebBrowser( new URI( uri_str ), isApplet(), applet, "_aptx_seq" );
3277             }
3278             catch ( final IOException e ) {
3279                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3280                 e.printStackTrace();
3281             }
3282             catch ( final URISyntaxException e ) {
3283                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3284                 e.printStackTrace();
3285             }
3286         }
3287         else {
3288             cannotOpenBrowserWarningMessage( "sequence" );
3289         }
3290     }
3291
3292     final private void openTaxWeb( final PhylogenyNode node ) {
3293         if ( !isCanOpenTaxWeb( node ) ) {
3294             cannotOpenBrowserWarningMessage( "taxonomic" );
3295             return;
3296         }
3297         String uri_str = null;
3298         final Taxonomy tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
3299         if ( ( tax.getIdentifier() != null ) && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getProvider() )
3300                 && getConfiguration().isHasWebLink( tax.getIdentifier().getProvider().toLowerCase() ) ) {
3301             final String type = tax.getIdentifier().getProvider().toLowerCase();
3302             final WebLink weblink = getConfiguration().getWebLink( type );
3303             try {
3304                 uri_str = weblink.getUrl() + URLEncoder.encode( tax.getIdentifier().getValue(), ForesterConstants.UTF8 );
3305             }
3306             catch ( final UnsupportedEncodingException e ) {
3307                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3308                 e.printStackTrace();
3309             }
3310         }
3311         else if ( ( tax.getIdentifier() != null ) && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() )
3312                 && tax.getIdentifier().getValue().startsWith( "http://" ) ) {
3313             try {
3314                 uri_str = new URI( tax.getIdentifier().getValue() ).toString();
3315             }
3316             catch ( final URISyntaxException e ) {
3317                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3318                 uri_str = null;
3319                 e.printStackTrace();
3320             }
3321         }
3322         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
3323             try {
3324                 uri_str = "http://www.eol.org/search?q="
3325                         + URLEncoder.encode( tax.getScientificName(), ForesterConstants.UTF8 );
3326             }
3327             catch ( final UnsupportedEncodingException e ) {
3328                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3329                 e.printStackTrace();
3330             }
3331         }
3332         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
3333             try {
3334                 uri_str = "http://www.uniprot.org/taxonomy/?query="
3335                         + URLEncoder.encode( tax.getTaxonomyCode(), ForesterConstants.UTF8 );
3336             }
3337             catch ( final UnsupportedEncodingException e ) {
3338                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3339                 e.printStackTrace();
3340             }
3341         }
3342         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
3343             try {
3344                 uri_str = "http://www.eol.org/search?q="
3345                         + URLEncoder.encode( tax.getCommonName(), ForesterConstants.UTF8 );
3346             }
3347             catch ( final UnsupportedEncodingException e ) {
3348                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3349                 e.printStackTrace();
3350             }
3351         }
3352         if ( !ForesterUtil.isEmpty( uri_str ) ) {
3353             try {
3354                 JApplet applet = null;
3355                 if ( isApplet() ) {
3356                     applet = obtainApplet();
3357                 }
3358                 AptxUtil.launchWebBrowser( new URI( uri_str ), isApplet(), applet, "_aptx_tax" );
3359             }
3360             catch ( final IOException e ) {
3361                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3362                 e.printStackTrace();
3363             }
3364             catch ( final URISyntaxException e ) {
3365                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3366                 e.printStackTrace();
3367             }
3368         }
3369         else {
3370             cannotOpenBrowserWarningMessage( "taxonomic" );
3371         }
3372     }
3373
3374     final private void paintBranchLength( final Graphics2D g,
3375                                           final PhylogenyNode node,
3376                                           final boolean to_pdf,
3377                                           final boolean to_graphics_file ) {
3378         g.setFont( getTreeFontSet().getSmallFont() );
3379         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3380             g.setColor( Color.BLACK );
3381         }
3382         else {
3383             g.setColor( getTreeColorSet().getBranchLengthColor() );
3384         }
3385         if ( !node.isRoot() ) {
3386             if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3387                 TreePanel.drawString( FORMATTER_BRANCH_LENGTH.format( node.getDistanceToParent() ), node.getParent()
3388                         .getXcoord() + EURO_D, node.getYcoord() - getTreeFontSet()._small_max_descent, g );
3389             }
3390             else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3391                 TreePanel.drawString( FORMATTER_BRANCH_LENGTH.format( node.getDistanceToParent() ), node.getParent()
3392                         .getXcoord() + ROUNDED_D, node.getYcoord() - getTreeFontSet()._small_max_descent, g );
3393             }
3394             else {
3395                 TreePanel.drawString( FORMATTER_BRANCH_LENGTH.format( node.getDistanceToParent() ), node.getParent()
3396                         .getXcoord() + 3, node.getYcoord() - getTreeFontSet()._small_max_descent, g );
3397             }
3398         }
3399         else {
3400             TreePanel.drawString( FORMATTER_BRANCH_LENGTH.format( node.getDistanceToParent() ), 3, node.getYcoord()
3401                     - getTreeFontSet()._small_max_descent, g );
3402         }
3403     }
3404
3405     final private void paintBranchLite( final Graphics2D g,
3406                                         final float x1,
3407                                         final float x2,
3408                                         final float y1,
3409                                         final float y2,
3410                                         final PhylogenyNode node ) {
3411         g.setColor( getTreeColorSet().getOvColor() );
3412         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR ) {
3413             drawLine( x1, y1, x2, y2, g );
3414         }
3415         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX ) {
3416             _quad_curve.setCurve( x1, y1, x1, y2, x2, y2 );
3417             ( g ).draw( _quad_curve );
3418         }
3419         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED ) {
3420             final float dx = x2 - x1;
3421             final float dy = y2 - y1;
3422             _cubic_curve.setCurve( x1, y1, x1 + ( dx * 0.4f ), y1 + ( dy * 0.2f ), x1 + ( dx * 0.6f ), y1
3423                     + ( dy * 0.8f ), x2, y2 );
3424             ( g ).draw( _cubic_curve );
3425         }
3426         else {
3427             final float x2a = x2;
3428             final float x1a = x1;
3429             // draw the vertical line
3430             if ( node.isFirstChildNode() || node.isLastChildNode() ) {
3431                 drawLine( x1, y1, x1, y2, g );
3432             }
3433             // draw the horizontal line
3434             drawLine( x1a, y2, x2a, y2, g );
3435         }
3436     }
3437
3438     /**
3439      * Paint a branch which consists of a vertical and a horizontal bar
3440      * @param is_ind_found_nodes
3441      */
3442     final private void paintBranchRectangular( final Graphics2D g,
3443                                                final float x1,
3444                                                final float x2,
3445                                                final float y1,
3446                                                final float y2,
3447                                                final PhylogenyNode node,
3448                                                final boolean to_pdf,
3449                                                final boolean to_graphics_file ) {
3450         assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( node, false, g, to_pdf, to_graphics_file );
3451         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR ) {
3452             drawLine( x1, y1, x2, y2, g );
3453         }
3454         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX ) {
3455             _quad_curve.setCurve( x1, y1, x1, y2, x2, y2 );
3456             g.draw( _quad_curve );
3457         }
3458         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED ) {
3459             final float dx = x2 - x1;
3460             final float dy = y2 - y1;
3461             _cubic_curve.setCurve( x1, y1, x1 + ( dx * 0.4f ), y1 + ( dy * 0.2f ), x1 + ( dx * 0.6f ), y1
3462                     + ( dy * 0.8f ), x2, y2 );
3463             g.draw( _cubic_curve );
3464         }
3465         else {
3466             final float x2a = x2;
3467             final float x1a = x1;
3468             float y2_r = 0;
3469             if ( node.isFirstChildNode() || node.isLastChildNode()
3470                     || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE )
3471                     || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) ) {
3472                 if ( !to_graphics_file
3473                         && !to_pdf
3474                         && ( ( ( y2 < ( getVisibleRect().getMinY() - 20 ) ) && ( y1 < ( getVisibleRect().getMinY() - 20 ) ) ) || ( ( y2 > ( getVisibleRect()
3475                                 .getMaxY() + 20 ) ) && ( y1 > ( getVisibleRect().getMaxY() + 20 ) ) ) ) ) {
3476                     // Do nothing.
3477                 }
3478                 else {
3479                     if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3480                         float x2c = x1 + EURO_D;
3481                         if ( x2c > x2a ) {
3482                             x2c = x2a;
3483                         }
3484                         drawLine( x1, y1, x2c, y2, g );
3485                     }
3486                     else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3487                         if ( y2 > y1 ) {
3488                             y2_r = y2 - ROUNDED_D;
3489                             if ( y2_r < y1 ) {
3490                                 y2_r = y1;
3491                             }
3492                             drawLine( x1, y1, x1, y2_r, g );
3493                         }
3494                         else {
3495                             y2_r = y2 + ROUNDED_D;
3496                             if ( y2_r > y1 ) {
3497                                 y2_r = y1;
3498                             }
3499                             drawLine( x1, y1, x1, y2_r, g );
3500                         }
3501                     }
3502                     else {
3503                         drawLine( x1, y1, x1, y2, g );
3504                     }
3505                 }
3506             }
3507             // draw the horizontal line
3508             if ( !to_graphics_file && !to_pdf
3509                     && ( ( y2 < ( getVisibleRect().getMinY() - 20 ) ) || ( y2 > ( getVisibleRect().getMaxY() + 20 ) ) ) ) {
3510                 return;
3511             }
3512             float x1_r = 0;
3513             if ( !getControlPanel().isWidthBranches() || ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( node ) == 1 ) ) {
3514                 if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3515                     x1_r = x1a + ROUNDED_D;
3516                     if ( x1_r < x2a ) {
3517                         drawLine( x1_r, y2, x2a, y2, g );
3518                     }
3519                 }
3520                 else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3521                     final float x1c = x1a + EURO_D;
3522                     if ( x1c < x2a ) {
3523                         drawLine( x1c, y2, x2a, y2, g );
3524                     }
3525                 }
3526                 else {
3527                     drawLine( x1a, y2, x2a, y2, g );
3528                 }
3529             }
3530             else {
3531                 final double w = PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( node );
3532                 if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3533                     x1_r = x1a + ROUNDED_D;
3534                     if ( x1_r < x2a ) {
3535                         drawRectFilled( x1_r, y2 - ( w / 2 ), x2a - x1_r, w, g );
3536                     }
3537                 }
3538                 else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3539                     final float x1c = x1a + EURO_D;
3540                     if ( x1c < x2a ) {
3541                         drawRectFilled( x1c, y2 - ( w / 2 ), x2a - x1c, w, g );
3542                     }
3543                 }
3544                 else {
3545                     drawRectFilled( x1a, y2 - ( w / 2 ), x2a - x1a, w, g );
3546                 }
3547             }
3548             if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) ) {
3549                 if ( x1_r > x2a ) {
3550                     x1_r = x2a;
3551                 }
3552                 if ( y2 > y2_r ) {
3553                     final double diff = y2 - y2_r;
3554                     _arc.setArc( x1, y2_r - diff, 2 * ( x1_r - x1 ), 2 * diff, 180, 90, Arc2D.OPEN );
3555                 }
3556                 else {
3557                     _arc.setArc( x1, y2, 2 * ( x1_r - x1 ), 2 * ( y2_r - y2 ), 90, 90, Arc2D.OPEN );
3558                 }
3559                 g.draw( _arc );
3560             }
3561         }
3562         if ( node.isExternal() ) {
3563             paintNodeBox( x2, y2, node, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( node )
3564                     || isInCurrentExternalNodes( node ) );
3565         }
3566     }
3567
3568     final private double paintCirculars( final PhylogenyNode n,
3569                                          final Phylogeny phy,
3570                                          final float center_x,
3571                                          final float center_y,
3572                                          final double radius,
3573                                          final boolean radial_labels,
3574                                          final Graphics2D g,
3575                                          final boolean to_pdf,
3576                                          final boolean to_graphics_file ) {
3577         if ( n.isExternal() || n.isCollapse() ) { //~~circ collapse
3578             if ( !_urt_nodeid_angle_map.containsKey( n.getId() ) ) {
3579                 System.out.println( "no " + n + " =====>>>>>>> ERROR!" );//TODO
3580             }
3581             return _urt_nodeid_angle_map.get( n.getId() );
3582         }
3583         else {
3584             final List<PhylogenyNode> descs = n.getDescendants();
3585             double sum = 0;
3586             for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
3587                 sum += paintCirculars( desc,
3588                                        phy,
3589                                        center_x,
3590                                        center_y,
3591                                        radius,
3592                                        radial_labels,
3593                                        g,
3594                                        to_pdf,
3595                                        to_graphics_file );
3596             }
3597             double r = 0;
3598             if ( !n.isRoot() ) {
3599                 r = 1 - ( ( ( double ) _circ_max_depth - n.calculateDepth() ) / _circ_max_depth );
3600             }
3601             final double theta = sum / descs.size();
3602             n.setXcoord( ( float ) ( center_x + ( r * radius * Math.cos( theta ) ) ) );
3603             n.setYcoord( ( float ) ( center_y + ( r * radius * Math.sin( theta ) ) ) );
3604             _urt_nodeid_angle_map.put( n.getId(), theta );
3605             for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
3606                 paintBranchCircular( n, desc, g, radial_labels, to_pdf, to_graphics_file );
3607             }
3608             return theta;
3609         }
3610     }
3611
3612     final private void paintCircularsLite( final PhylogenyNode n,
3613                                            final Phylogeny phy,
3614                                            final int center_x,
3615                                            final int center_y,
3616                                            final int radius,
3617                                            final Graphics2D g ) {
3618         if ( n.isExternal() ) {
3619             return;
3620         }
3621         else {
3622             final List<PhylogenyNode> descs = n.getDescendants();
3623             for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
3624                 paintCircularsLite( desc, phy, center_x, center_y, radius, g );
3625             }
3626             float r = 0;
3627             if ( !n.isRoot() ) {
3628                 r = 1 - ( ( ( float ) _circ_max_depth - n.calculateDepth() ) / _circ_max_depth );
3629             }
3630             final double theta = _urt_nodeid_angle_map.get( n.getId() );
3631             n.setXSecondary( ( float ) ( center_x + ( radius * r * Math.cos( theta ) ) ) );
3632             n.setYSecondary( ( float ) ( center_y + ( radius * r * Math.sin( theta ) ) ) );
3633             for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
3634                 paintBranchCircularLite( n, desc, g );
3635             }
3636         }
3637     }
3638
3639     final private void paintCollapsedNode( final Graphics2D g,
3640                                            final PhylogenyNode node,
3641                                            final boolean to_graphics_file,
3642                                            final boolean to_pdf,
3643                                            final boolean is_in_found_nodes ) {
3644         Color c = null;
3645         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3646             c = Color.BLACK;
3647         }
3648         else if ( is_in_found_nodes ) {
3649             c = getTreeColorSet().getFoundColor();
3650         }
3651         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
3652             c = getTaxonomyBasedColor( node );
3653         }
3654         else if ( getOptions().isColorLabelsSameAsParentBranch() && getControlPanel().isColorBranches()
3655                 && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
3656             c = PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node );
3657         }
3658         else {
3659             c = getTreeColorSet().getCollapseFillColor();
3660         }
3661         double d = node.getAllExternalDescendants().size();
3662         if ( d > 1000 ) {
3663             d = ( 3 * _y_distance ) / 3;
3664         }
3665         else {
3666             d = ( Math.log10( d ) * _y_distance ) / 2.5;
3667         }
3668         final int box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize();
3669         if ( d < box_size ) {
3670             d = box_size;
3671         }
3672         _polygon.reset();
3673         _polygon.addPoint( ForesterUtil.roundToInt( node.getXcoord() - box_size ),
3674                            ForesterUtil.roundToInt( node.getYcoord() ) );
3675         _polygon.addPoint( ForesterUtil.roundToInt( node.getXcoord() + box_size ),
3676                            ForesterUtil.roundToInt( node.getYcoord() - d ) );
3677         _polygon.addPoint( ForesterUtil.roundToInt( node.getXcoord() + box_size ),
3678                            ForesterUtil.roundToInt( node.getYcoord() + d ) );
3679         if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.SOLID ) {
3680             g.setColor( c );
3681             g.fillPolygon( _polygon );
3682         }
3683         else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.NONE ) {
3684             g.setColor( getBackground() );
3685             g.fillPolygon( _polygon );
3686             g.setColor( c );
3687             g.drawPolygon( _polygon );
3688         }
3689         else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeFill.GRADIENT ) {
3690             g.setPaint( new GradientPaint( node.getXcoord() - box_size, node.getYcoord(), getBackground(), ( node
3691                     .getXcoord() + box_size ), ( float ) ( node.getYcoord() - d ), c, false ) );
3692             g.fill( _polygon );
3693             g.setPaint( c );
3694             g.draw( _polygon );
3695         }
3696         paintNodeData( g, node, to_graphics_file, to_pdf, is_in_found_nodes );
3697     }
3698
3699     final private void paintConfidenceValues( final Graphics2D g,
3700                                               final PhylogenyNode node,
3701                                               final boolean to_pdf,
3702                                               final boolean to_graphics_file ) {
3703         final List<Confidence> confidences = node.getBranchData().getConfidences();
3704         //        if ( confidences.size() == 1 ) {
3705         //            final double value = node.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue();
3706         //            if ( ( value == Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) || ( value < getOptions().getMinConfidenceValue() ) ) {
3707         //                return;
3708         //            }
3709         //            conf_str = FORMATTER_CONFIDENCE.format( value );
3710         //        }
3711         //        else if ( confidences.size() > 1 ) {
3712         boolean one_ok = false;
3713         boolean not_first = false;
3714         Collections.sort( confidences );
3715         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
3716         String conf_str = "";
3717         for( final Confidence confidence : confidences ) {
3718             final double value = confidence.getValue();
3719             if ( value != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
3720                 if ( value >= getOptions().getMinConfidenceValue() ) {
3721                     one_ok = true;
3722                 }
3723                 if ( not_first ) {
3724                     sb.append( "/" );
3725                 }
3726                 else {
3727                     not_first = true;
3728                 }
3729                 sb.append( FORMATTER_CONFIDENCE.format( ForesterUtil.round( value, getOptions()
3730                         .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() ) ) );
3731                 if ( getOptions().isShowConfidenceStddev() ) {
3732                     if ( confidence.getStandardDeviation() != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
3733                         sb.append( "(" );
3734                         sb.append( FORMATTER_CONFIDENCE.format( ForesterUtil.round( confidence.getStandardDeviation(),
3735                                                                                     getOptions()
3736                                                                                             .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() ) ) );
3737                         sb.append( ")" );
3738                     }
3739                 }
3740             }
3741             //}
3742             if ( one_ok ) {
3743                 conf_str = sb.toString();
3744             }
3745         }
3746         if ( conf_str.length() > 0 ) {
3747             final double parent_x = node.getParent().getXcoord();
3748             double x = node.getXcoord();
3749             g.setFont( getTreeFontSet().getSmallFont() );
3750             if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3751                 x += EURO_D;
3752             }
3753             else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3754                 x += ROUNDED_D;
3755             }
3756             if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3757                 g.setColor( Color.BLACK );
3758             }
3759             else {
3760                 g.setColor( getTreeColorSet().getConfidenceColor() );
3761             }
3762             TreePanel
3763                     .drawString( conf_str,
3764                                  parent_x
3765                                          + ( ( x - parent_x - getTreeFontSet()._fm_small.stringWidth( conf_str ) ) / 2 ),
3766                                  ( node.getYcoord() + getTreeFontSet()._small_max_ascent ) - 1,
3767                                  g );
3768         }
3769     }
3770
3771     final private void paintFoundNode( final int x, final int y, final Graphics2D g ) {
3772         final int box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize();
3773         final int half_box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize() / 2;
3774         g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
3775         g.fillRect( x - half_box_size, y - half_box_size, box_size, box_size );
3776     }
3777
3778     final private void paintGainedAndLostCharacters( final Graphics2D g,
3779                                                      final PhylogenyNode node,
3780                                                      final String gained,
3781                                                      final String lost ) {
3782         if ( node.getParent() != null ) {
3783             final double parent_x = node.getParent().getXcoord();
3784             final double x = node.getXcoord();
3785             g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont() );
3786             g.setColor( getTreeColorSet().getGainedCharactersColor() );
3787             if ( Constants.SPECIAL_CUSTOM ) {
3788                 g.setColor( Color.BLUE );
3789             }
3790             TreePanel
3791                     .drawString( gained,
3792                                  parent_x + ( ( x - parent_x - getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( gained ) ) / 2 ),
3793                                  ( node.getYcoord() - getTreeFontSet()._fm_large.getMaxDescent() ),
3794                                  g );
3795             g.setColor( getTreeColorSet().getLostCharactersColor() );
3796             TreePanel.drawString( lost,
3797                                   parent_x + ( ( x - parent_x - getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( lost ) ) / 2 ),
3798                                   ( node.getYcoord() + getTreeFontSet()._fm_large.getMaxAscent() ),
3799                                   g );
3800         }
3801     }
3802
3803     /**
3804      * Draw a box at the indicated node.
3805      *
3806      * @param x
3807      * @param y
3808      * @param node
3809      * @param g
3810      */
3811     final private void paintNodeBox( final double x,
3812                                      final double y,
3813                                      final PhylogenyNode node,
3814                                      final Graphics2D g,
3815                                      final boolean to_pdf,
3816                                      final boolean to_graphics_file,
3817                                      final boolean is_in_found_nodes ) {
3818         if ( node.isCollapse() ) {
3819             return;
3820         }
3821         // if this node should be highlighted, do so
3822         if ( ( _highlight_node == node ) && !to_pdf && !to_graphics_file ) {
3823             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
3824             drawOval( x - 8, y - 8, 16, 16, g );
3825             drawOval( x - 9, y - 8, 17, 17, g );
3826             drawOval( x - 9, y - 9, 18, 18, g );
3827         }
3828         if ( is_in_found_nodes ) {
3829             paintFoundNode( ForesterUtil.roundToInt( x ), ForesterUtil.roundToInt( y ), g );
3830         }
3831         else {
3832             Color outline_color = null;
3833             if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3834                 outline_color = Color.BLACK;
3835             }
3836             else if ( getControlPanel().isEvents() && AptxUtil.isHasAssignedEvent( node ) ) {
3837                 final Event event = node.getNodeData().getEvent();
3838                 if ( event.isDuplication() ) {
3839                     outline_color = getTreeColorSet().getDuplicationBoxColor();
3840                 }
3841                 else if ( event.isSpeciation() ) {
3842                     outline_color = getTreeColorSet().getSpecBoxColor();
3843                 }
3844                 else if ( event.isSpeciationOrDuplication() ) {
3845                     outline_color = getTreeColorSet().getDuplicationOrSpeciationColor();
3846                 }
3847             }
3848             else if ( getOptions().isTaxonomyColorizeNodeShapes() ) {
3849                 outline_color = getTaxonomyBasedColor( node );
3850             }
3851             else {
3852                 outline_color = getGraphicsForNodeBoxWithColorForParentBranch( node );
3853                 if ( to_pdf && ( outline_color == getTreeColorSet().getBranchColor() ) ) {
3854                     outline_color = getTreeColorSet().getBranchColorForPdf();
3855                 }
3856             }
3857             final int box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize();
3858             final int half_box_size = box_size / 2;
3859             if ( ( getOptions().isShowDefaultNodeShapesExternal() && node.isExternal() )
3860                     || ( getOptions().isShowDefaultNodeShapesInternal() && node.isInternal() )
3861                     || ( getControlPanel().isEvents() && node.isHasAssignedEvent() ) ) {
3862                 if ( getOptions().getDefaultNodeShape() == NodeShape.CIRCLE ) {
3863                     if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeFill.GRADIENT ) {
3864                         drawOvalGradient( x - half_box_size,
3865                                           y - half_box_size,
3866                                           box_size,
3867                                           box_size,
3868                                           g,
3869                                           to_pdf ? Color.WHITE : outline_color,
3870                                           to_pdf ? outline_color : getBackground(),
3871                                           outline_color );
3872                     }
3873                     else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeFill.NONE ) {
3874                         Color background = getBackground();
3875                         if ( to_pdf ) {
3876                             background = Color.WHITE;
3877                         }
3878                         drawOvalGradient( x - half_box_size,
3879                                           y - half_box_size,
3880                                           box_size,
3881                                           box_size,
3882                                           g,
3883                                           background,
3884                                           background,
3885                                           outline_color );
3886                     }
3887                     else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.SOLID ) {
3888                         g.setColor( outline_color );
3889                         drawOvalFilled( x - half_box_size, y - half_box_size, box_size, box_size, g );
3890                     }
3891                 }
3892                 else if ( getOptions().getDefaultNodeShape() == NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE ) {
3893                     if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT ) {
3894                         drawRectGradient( x - half_box_size,
3895                                           y - half_box_size,
3896                                           box_size,
3897                                           box_size,
3898                                           g,
3899                                           to_pdf ? Color.WHITE : outline_color,
3900                                           to_pdf ? outline_color : getBackground(),
3901                                           outline_color );
3902                     }
3903                     else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.NONE ) {
3904                         Color background = getBackground();
3905                         if ( to_pdf ) {
3906                             background = Color.WHITE;
3907                         }
3908                         drawRectGradient( x - half_box_size,
3909                                           y - half_box_size,
3910                                           box_size,
3911                                           box_size,
3912                                           g,
3913                                           background,
3914                                           background,
3915                                           outline_color );
3916                     }
3917                     else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.SOLID ) {
3918                         g.setColor( outline_color );
3919                         drawRectFilled( x - half_box_size, y - half_box_size, box_size, box_size, g );
3920                     }
3921                 }
3922             }
3923         }
3924     }
3925
3926     final private void paintNodeData( final Graphics2D g,
3927                                       final PhylogenyNode node,
3928                                       final boolean to_graphics_file,
3929                                       final boolean to_pdf,
3930                                       final boolean is_in_found_nodes ) {
3931         if ( isNodeDataInvisible( node ) && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
3932             return;
3933         }
3934         if ( getOptions().isShowBranchLengthValues()
3935                 && ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR )
3936                         || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) )
3937                 && ( !node.isRoot() ) && ( node.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) ) {
3938             paintBranchLength( g, node, to_pdf, to_graphics_file );
3939         }
3940         if ( !getControlPanel().isShowInternalData() && !node.isExternal() && !node.isCollapse() ) {
3941             return;
3942         }
3943         int x = 0;
3944         final int half_box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize() / 2;
3945         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyImages()
3946                 && ( getImageMap() != null )
3947                 && !getImageMap().isEmpty()
3948                 && node.getNodeData().isHasTaxonomy()
3949                 && ( ( node.getNodeData().getTaxonomy().getUris() != null ) && !node.getNodeData().getTaxonomy()
3950                         .getUris().isEmpty() ) ) {
3951             x += drawTaxonomyImage( node.getXcoord() + 2 + half_box_size, node.getYcoord(), node, g );
3952         }
3953         if ( ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode() || getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames() || getControlPanel()
3954                 .isShowTaxonomyCommonNames() ) && node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
3955             x += paintTaxonomy( g, node, is_in_found_nodes, to_pdf, to_graphics_file, x );
3956         }
3957         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3958             g.setColor( Color.BLACK );
3959         }
3960         else if ( is_in_found_nodes ) {
3961             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
3962         }
3963         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
3964             g.setColor( getTaxonomyBasedColor( node ) );
3965         }
3966         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToAnnotation()
3967                 && ( node.getNodeData().isHasSequence() && ( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() != null ) && ( !node
3968                         .getNodeData().getSequence().getAnnotations().isEmpty() ) ) ) {
3969             g.setColor( calculateColorForAnnotation( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() ) );
3970         }
3971         else if ( getOptions().isColorLabelsSameAsParentBranch() && getControlPanel().isColorBranches()
3972                 && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
3973             g.setColor( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) );
3974         }
3975         else if ( to_pdf ) {
3976             g.setColor( Color.BLACK );
3977         }
3978         else {
3979             g.setColor( getTreeColorSet().getSequenceColor() );
3980         }
3981         _sb.setLength( 0 );
3982         if ( node.isCollapse() && ( ( !node.isRoot() && !node.getParent().isCollapse() ) || node.isRoot() ) ) {
3983             _sb.append( " [" );
3984             _sb.append( node.getAllExternalDescendants().size() );
3985             _sb.append( "]" );
3986         }
3987         if ( getControlPanel().isShowNodeNames() && ( node.getName().length() > 0 ) ) {
3988             if ( _sb.length() > 0 ) {
3989                 _sb.append( " " );
3990             }
3991             _sb.append( node.getName() );
3992         }
3993         if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
3994             if ( getControlPanel().isShowGeneSymbols() && ( node.getNodeData().getSequence().getSymbol().length() > 0 ) ) {
3995                 if ( _sb.length() > 0 ) {
3996                     _sb.append( " " );
3997                 }
3998                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getSymbol() );
3999             }
4000             if ( getControlPanel().isShowGeneNames() && ( node.getNodeData().getSequence().getName().length() > 0 ) ) {
4001                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4002                     _sb.append( " " );
4003                 }
4004                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getName() );
4005             }
4006             if ( getControlPanel().isShowSequenceAcc() && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) ) {
4007                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4008                     _sb.append( " " );
4009                 }
4010                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() ) ) {
4011                     _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() );
4012                     _sb.append( ":" );
4013                 }
4014                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue() );
4015             }
4016         }
4017         if ( getControlPanel().isShowProperties() && node.getNodeData().isHasProperties() ) {
4018             if ( _sb.length() > 0 ) {
4019                 _sb.append( " " );
4020             }
4021             _sb.append( propertiesToString( node ) );
4022         }
4023         g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont() );
4024         if ( is_in_found_nodes ) {
4025             g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont().deriveFont( Font.BOLD ) );
4026         }
4027         double down_shift_factor = 3.0;
4028         if ( !node.isExternal() && ( node.getNumberOfDescendants() == 1 ) ) {
4029             down_shift_factor = 1;
4030         }
4031         final double pos_x = node.getXcoord() + x + 2 + half_box_size;
4032         final double pos_y = ( node.getYcoord() + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ) );
4033         final String sb_str = _sb.toString();
4034         // GUILHEM_BEG ______________
4035         if ( _control_panel.isShowSequenceRelations() && node.getNodeData().isHasSequence()
4036                 && ( _query_sequence != null ) ) {
4037             int nodeTextBoundsWidth = 0;
4038             if ( sb_str.length() > 0 ) {
4039                 final Rectangle2D node_text_bounds = new TextLayout( sb_str, g.getFont(), _frc ).getBounds(); //would like to remove this 'new', but how...
4040                 nodeTextBoundsWidth = ( int ) node_text_bounds.getWidth();
4041             }
4042             if ( node.getNodeData().getSequence().equals( _query_sequence ) ) {
4043                 if ( nodeTextBoundsWidth > 0 ) { // invert font color and background color to show that this is the query sequence
4044                     g.fillRect( ( int ) pos_x - 1, ( int ) pos_y - 8, nodeTextBoundsWidth + 5, 11 );
4045                     g.setColor( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
4046                 }
4047             }
4048             else {
4049                 final List<SequenceRelation> seqRelations = node.getNodeData().getSequence().getSequenceRelations();
4050                 for( final SequenceRelation seqRelation : seqRelations ) {
4051                     final boolean fGotRelationWithQuery = ( seqRelation.getRef0().isEqual( _query_sequence ) || seqRelation
4052                             .getRef1().isEqual( _query_sequence ) )
4053                             && seqRelation.getType().equals( getControlPanel().getSequenceRelationTypeBox()
4054                                     .getSelectedItem() );
4055                     if ( fGotRelationWithQuery ) { // we will underline the text to show that this sequence is ortholog to the query
4056                         final double linePosX = node.getXcoord() + 2 + half_box_size;
4057                         final String sConfidence = ( !getControlPanel().isShowSequenceRelationConfidence() || ( seqRelation
4058                                 .getConfidence() == null ) ) ? null : " (" + seqRelation.getConfidence().getValue()
4059                                 + ")";
4060                         if ( sConfidence != null ) {
4061                             double confidenceX = pos_x;
4062                             if ( sb_str.length() > 0 ) {
4063                                 confidenceX += new TextLayout( sb_str, g.getFont(), _frc ).getBounds().getWidth()
4064                                         + CONFIDENCE_LEFT_MARGIN;
4065                             }
4066                             if ( confidenceX > linePosX ) { // let's only display confidence value if we are already displaying at least one of Prot/Gene Name and Taxonomy Code
4067                                 final int confidenceWidth = ( int ) new TextLayout( sConfidence, g.getFont(), _frc )
4068                                         .getBounds().getWidth();
4069                                 TreePanel.drawString( sConfidence, confidenceX, pos_y, g );
4070                                 x += CONFIDENCE_LEFT_MARGIN + confidenceWidth;
4071                             }
4072                         }
4073                         if ( ( x + nodeTextBoundsWidth ) > 0 ) /* we only underline if there is something displayed */
4074                         {
4075                             if ( nodeTextBoundsWidth == 0 ) {
4076                                 nodeTextBoundsWidth -= 3; /* the gap between taxonomy code and node name should not be underlined if nothing comes after it */
4077                             }
4078                             else {
4079                                 nodeTextBoundsWidth += 2;
4080                             }
4081                             g.drawLine( ( int ) linePosX + 1, 3 + ( int ) pos_y, ( int ) linePosX + x
4082                                     + nodeTextBoundsWidth, 3 + ( int ) pos_y );
4083                             break;
4084                         }
4085                     }
4086                 }
4087             }
4088         }
4089         if ( sb_str.length() > 0 ) {
4090             TreePanel.drawString( sb_str, pos_x, pos_y, g );
4091         }
4092         // GUILHEM_END _____________
4093         // COMMENTED_OUT_BY_GUILHEM_BEG _______________
4094         // TODO FIXME need to check this one!
4095         //if ( _sb.length() > 0 ) {
4096         //    TreePanel.drawString( _sb.toString(), node.getXcoord() + x + 2 + TreePanel.HALF_BOX_SIZE, node.getYcoord()
4097         //            + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ), g );
4098         //}
4099         // COMMENTED_OUT_BY_GUILHEM_END ________________
4100         if ( getControlPanel().isShowAnnotation() && node.getNodeData().isHasSequence()
4101                 && ( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() != null )
4102                 && ( !node.getNodeData().getSequence().getAnnotations().isEmpty() ) ) {
4103             if ( _sb.length() > 0 ) {
4104                 x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( _sb.toString() ) + 5;
4105             }
4106             final SortedSet<Annotation> ann = node.getNodeData().getSequence().getAnnotations();
4107             if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4108                 g.setColor( Color.BLACK );
4109             }
4110             else if ( getControlPanel().isColorAccordingToAnnotation() ) {
4111                 g.setColor( calculateColorForAnnotation( ann ) );
4112             }
4113             final String ann_str = createAnnotationString( ann );
4114             TreePanel.drawString( ann_str, node.getXcoord() + x + 3 + half_box_size, node.getYcoord()
4115                     + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ), g );
4116             _sb.setLength( 0 );
4117             _sb.append( ann_str );
4118         }
4119         if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR )
4120                 || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE )
4121                 || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) ) {
4122             if ( ( getControlPanel().isShowBinaryCharacters() || getControlPanel().isShowBinaryCharacterCounts() )
4123                     && node.getNodeData().isHasBinaryCharacters() ) {
4124                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4125                     x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( _sb.toString() ) + 5;
4126                 }
4127                 if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4128                     g.setColor( Color.BLACK );
4129                 }
4130                 else {
4131                     g.setColor( getTreeColorSet().getBinaryDomainCombinationsColor() );
4132                 }
4133                 if ( getControlPanel().isShowBinaryCharacters() ) {
4134                     TreePanel.drawString( node.getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharactersAsStringBuffer()
4135                             .toString(), node.getXcoord() + x + 1 + half_box_size, node.getYcoord()
4136                             + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ), g );
4137                     paintGainedAndLostCharacters( g, node, node.getNodeData().getBinaryCharacters()
4138                             .getGainedCharactersAsStringBuffer().toString(), node.getNodeData().getBinaryCharacters()
4139                             .getLostCharactersAsStringBuffer().toString() );
4140                 }
4141                 else {
4142                     TreePanel.drawString( " " + node.getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount(),
4143                                           node.getXcoord() + x + 4 + half_box_size,
4144                                           node.getYcoord()
4145                                                   + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ),
4146                                           g );
4147                     paintGainedAndLostCharacters( g, node, "+"
4148                             + node.getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount(), "-"
4149                             + node.getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() );
4150                 }
4151             }
4152         }
4153     }
4154
4155     final private void paintNodeDataUnrootedCirc( final Graphics2D g,
4156                                                   final PhylogenyNode node,
4157                                                   final boolean to_pdf,
4158                                                   final boolean to_graphics_file,
4159                                                   final boolean radial_labels,
4160                                                   final double ur_angle,
4161                                                   final boolean is_in_found_nodes ) {
4162         if ( isNodeDataInvisibleUnrootedCirc( node ) && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
4163             return;
4164         }
4165         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4166             g.setColor( Color.BLACK );
4167         }
4168         else if ( is_in_found_nodes ) {
4169             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
4170         }
4171         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
4172             g.setColor( getTaxonomyBasedColor( node ) );
4173         }
4174         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToAnnotation()
4175                 && ( node.getNodeData().isHasSequence() && ( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() != null ) && ( !node
4176                         .getNodeData().getSequence().getAnnotations().isEmpty() ) ) ) {
4177             g.setColor( calculateColorForAnnotation( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() ) );
4178         }
4179         else {
4180             g.setColor( getTreeColorSet().getSequenceColor() );
4181         }
4182         _sb.setLength( 0 );
4183         _sb.append( " " );
4184         if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy()
4185                 && ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode() || getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames() || getControlPanel()
4186                         .isShowTaxonomyCommonNames() ) ) {
4187             final Taxonomy taxonomy = node.getNodeData().getTaxonomy();
4188             if ( _control_panel.isShowTaxonomyCode() && !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getTaxonomyCode() ) ) {
4189                 _sb.append( taxonomy.getTaxonomyCode() );
4190                 _sb.append( " " );
4191             }
4192             if ( _control_panel.isShowTaxonomyScientificNames() && _control_panel.isShowTaxonomyCommonNames() ) {
4193                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() )
4194                         && !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4195                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4196                     _sb.append( " (" );
4197                     _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4198                     _sb.append( ") " );
4199                 }
4200                 else if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() ) ) {
4201                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4202                     _sb.append( " " );
4203                 }
4204                 else if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4205                     _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4206                     _sb.append( " " );
4207                 }
4208             }
4209             else if ( _control_panel.isShowTaxonomyScientificNames() ) {
4210                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() ) ) {
4211                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4212                     _sb.append( " " );
4213                 }
4214             }
4215             else if ( _control_panel.isShowTaxonomyCommonNames() ) {
4216                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4217                     _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4218                     _sb.append( " " );
4219                 }
4220             }
4221         }
4222         if ( node.isCollapse() && ( ( !node.isRoot() && !node.getParent().isCollapse() ) || node.isRoot() ) ) {
4223             _sb.append( " [" );
4224             _sb.append( node.getAllExternalDescendants().size() );
4225             _sb.append( "]" );
4226         }
4227         if ( getControlPanel().isShowNodeNames() && ( node.getName().length() > 0 ) ) {
4228             if ( _sb.length() > 0 ) {
4229                 _sb.append( " " );
4230             }
4231             _sb.append( node.getName() );
4232         }
4233         if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
4234             if ( getControlPanel().isShowSequenceAcc() && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) ) {
4235                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4236                     _sb.append( " " );
4237                 }
4238                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() ) ) {
4239                     _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() );
4240                     _sb.append( ":" );
4241                 }
4242                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue() );
4243             }
4244             if ( getControlPanel().isShowGeneNames() && ( node.getNodeData().getSequence().getName().length() > 0 ) ) {
4245                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4246                     _sb.append( " " );
4247                 }
4248                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getName() );
4249             }
4250         }
4251         g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont() );
4252         if ( is_in_found_nodes ) {
4253             g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont().deriveFont( Font.BOLD ) );
4254         }
4255         if ( _sb.length() > 1 ) {
4256             final String sb_str = _sb.toString();
4257             double m = 0;
4258             if ( _graphics_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
4259                 m = _urt_nodeid_angle_map.get( node.getId() ) % TWO_PI;
4260             }
4261             else {
4262                 m = ( float ) ( ur_angle % TWO_PI );
4263             }
4264             _at = g.getTransform();
4265             boolean need_to_reset = false;
4266             final float x_coord = node.getXcoord();
4267             final float y_coord = node.getYcoord() + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / 3.0f );
4268             if ( radial_labels ) {
4269                 need_to_reset = true;
4270                 boolean left = false;
4271                 if ( ( m > HALF_PI ) && ( m < ONEHALF_PI ) ) {
4272                     m -= PI;
4273                     left = true;
4274                 }
4275                 g.rotate( m, x_coord, node.getYcoord() );
4276                 if ( left ) {
4277                     g.translate( -( getTreeFontSet()._fm_large.getStringBounds( sb_str, g ).getWidth() ), 0 );
4278                 }
4279             }
4280             else {
4281                 if ( ( m > HALF_PI ) && ( m < ONEHALF_PI ) ) {
4282                     need_to_reset = true;
4283                     g.translate( -getTreeFontSet()._fm_large.getStringBounds( sb_str, g ).getWidth(), 0 );
4284                 }
4285             }
4286             TreePanel.drawString( sb_str, x_coord, y_coord, g );
4287             if ( need_to_reset ) {
4288                 g.setTransform( _at );
4289             }
4290         }
4291     }
4292
4293     final private void paintNodeLite( final Graphics2D g, final PhylogenyNode node ) {
4294         if ( node.isCollapse() ) {
4295             if ( ( !node.isRoot() && !node.getParent().isCollapse() ) || node.isRoot() ) {
4296                 paintCollapsedNode( g, node, false, false, false );
4297             }
4298             return;
4299         }
4300         if ( isInFoundNodes( node ) || isInCurrentExternalNodes( node ) ) {
4301             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
4302             drawRectFilled( node.getXSecondary() - 1, node.getYSecondary() - 1, 3, 3, g );
4303         }
4304         float new_x = 0;
4305         if ( !node.isExternal() && !node.isCollapse() ) {
4306             boolean first_child = true;
4307             float y2 = 0.0f;
4308             final int parent_max_branch_to_leaf = getMaxBranchesToLeaf( node );
4309             for( int i = 0; i < node.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
4310                 final PhylogenyNode child_node = node.getChildNode( i );
4311                 int factor_x;
4312                 if ( !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
4313                     factor_x = node.getNumberOfExternalNodes() - child_node.getNumberOfExternalNodes();
4314                 }
4315                 else {
4316                     factor_x = parent_max_branch_to_leaf - getMaxBranchesToLeaf( child_node );
4317                 }
4318                 if ( first_child ) {
4319                     first_child = false;
4320                     y2 = node.getYSecondary()
4321                             - ( getOvYDistance() * ( node.getNumberOfExternalNodes() - child_node
4322                                     .getNumberOfExternalNodes() ) );
4323                 }
4324                 else {
4325                     y2 += getOvYDistance() * child_node.getNumberOfExternalNodes();
4326                 }
4327                 final float x2 = calculateOvBranchLengthToParent( child_node, factor_x );
4328                 new_x = x2 + node.getXSecondary();
4329                 final float diff_y = node.getYSecondary() - y2;
4330                 final float diff_x = node.getXSecondary() - new_x;
4331                 if ( ( diff_y > 2 ) || ( diff_y < -2 ) || ( diff_x > 2 ) || ( diff_x < -2 ) ) {
4332                     paintBranchLite( g, node.getXSecondary(), new_x, node.getYSecondary(), y2, child_node );
4333                 }
4334                 child_node.setXSecondary( new_x );
4335                 child_node.setYSecondary( y2 );
4336                 y2 += getOvYDistance() * child_node.getNumberOfExternalNodes();
4337             }
4338         }
4339     }
4340
4341     final private void paintNodeRectangular( final Graphics2D g,
4342                                              final PhylogenyNode node,
4343                                              final boolean to_pdf,
4344                                              final boolean dynamically_hide,
4345                                              final int dynamic_hiding_factor,
4346                                              final boolean to_graphics_file ) {
4347         final boolean is_in_found_nodes = isInFoundNodes( node ) || isInCurrentExternalNodes( node );
4348         if ( node.isCollapse() ) {
4349             if ( ( !node.isRoot() && !node.getParent().isCollapse() ) || node.isRoot() ) {
4350                 paintCollapsedNode( g, node, to_graphics_file, to_pdf, is_in_found_nodes );
4351             }
4352             return;
4353         }
4354         if ( node.isExternal() ) {
4355             ++_external_node_index;
4356         }
4357         // Confidence values
4358         if ( getControlPanel().isShowConfidenceValues()
4359                 && !node.isExternal()
4360                 && !node.isRoot()
4361                 && ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED )
4362                         || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) )
4363                 && node.getBranchData().isHasConfidences() ) {
4364             paintConfidenceValues( g, node, to_pdf, to_graphics_file );
4365         }
4366         // Draw a line to root:
4367         if ( node.isRoot() && _phylogeny.isRooted() ) {
4368             paintRootBranch( g, node.getXcoord(), node.getYcoord(), node, to_pdf, to_graphics_file );
4369         }
4370         float new_x = 0;
4371         float new_x_min = Float.MAX_VALUE;
4372         final boolean disallow_shortcutting = dynamic_hiding_factor < 40;
4373         float min_dist = 1.5f;
4374         if ( !disallow_shortcutting ) {
4375             //   System.out.println( dynamic_hiding_factor );
4376             if ( dynamic_hiding_factor > 4000 ) {
4377                 min_dist = 4;
4378             }
4379             else if ( dynamic_hiding_factor > 1000 ) {
4380                 min_dist = 3;
4381             }
4382             else if ( dynamic_hiding_factor > 100 ) {
4383                 min_dist = 2;
4384             }
4385         }
4386         if ( !node.isExternal() && !node.isCollapse() ) {
4387             boolean first_child = true;
4388             float y2 = 0.0f;
4389             final int parent_max_branch_to_leaf = getMaxBranchesToLeaf( node );
4390             for( int i = 0; i < node.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
4391                 final PhylogenyNode child_node = node.getChildNode( i );
4392                 int factor_x;
4393                 if ( !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
4394                     factor_x = node.getNumberOfExternalNodes() - child_node.getNumberOfExternalNodes();
4395                 }
4396                 else {
4397                     factor_x = parent_max_branch_to_leaf - getMaxBranchesToLeaf( child_node );
4398                 }
4399                 if ( first_child ) {
4400                     first_child = false;
4401                     y2 = node.getYcoord()
4402                             - ( _y_distance * ( node.getNumberOfExternalNodes() - child_node.getNumberOfExternalNodes() ) );
4403                 }
4404                 else {
4405                     y2 += _y_distance * child_node.getNumberOfExternalNodes();
4406                 }
4407                 final float x2 = calculateBranchLengthToParent( child_node, factor_x );
4408                 new_x = x2 + node.getXcoord();
4409                 if ( dynamically_hide && ( x2 < new_x_min ) ) {
4410                     new_x_min = x2;
4411                 }
4412                 final float diff_y = node.getYcoord() - y2;
4413                 final float diff_x = node.getXcoord() - new_x;
4414                 if ( disallow_shortcutting || ( diff_y > min_dist ) || ( diff_y < -min_dist ) || ( diff_x > min_dist )
4415                         || ( diff_x < -min_dist ) || to_graphics_file || to_pdf ) {
4416                     paintBranchRectangular( g,
4417                                             node.getXcoord(),
4418                                             new_x,
4419                                             node.getYcoord(),
4420                                             y2,
4421                                             child_node,
4422                                             to_pdf,
4423                                             to_graphics_file );
4424                 }
4425                 child_node.setXcoord( new_x );
4426                 child_node.setYcoord( y2 );
4427                 y2 += _y_distance * child_node.getNumberOfExternalNodes();
4428             }
4429             paintNodeBox( node.getXcoord(), node.getYcoord(), node, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( node )
4430                     || isInCurrentExternalNodes( node ) );
4431         }
4432         if ( dynamically_hide
4433                 && !is_in_found_nodes
4434                 && ( ( node.isExternal() && ( ( _external_node_index % dynamic_hiding_factor ) != 1 ) ) || ( !node
4435                         .isExternal() && ( ( new_x_min < 20 ) || ( ( _y_distance * node.getNumberOfExternalNodes() ) < getTreeFontSet()._fm_large
4436                         .getHeight() ) ) ) ) ) {
4437             return;
4438         }
4439         paintNodeData( g, node, to_graphics_file, to_pdf, is_in_found_nodes );
4440         paintNodeWithRenderableData( g, node, to_graphics_file, to_pdf );
4441     }
4442
4443     final private void paintNodeWithRenderableData( final Graphics2D g,
4444                                                     final PhylogenyNode node,
4445                                                     final boolean to_graphics_file,
4446                                                     final boolean to_pdf ) {
4447         if ( isNodeDataInvisible( node ) && !to_graphics_file ) {
4448             return;
4449         }
4450         if ( ( !getControlPanel().isShowInternalData() && !node.isExternal() ) ) {
4451             return;
4452         }
4453         if ( getControlPanel().isShowDomainArchitectures() && node.getNodeData().isHasSequence()
4454                 && ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() != null ) ) {
4455             RenderableDomainArchitecture rds = null;
4456             if ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() instanceof RenderableDomainArchitecture ) {
4457                 try {
4458                     rds = ( RenderableDomainArchitecture ) node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture();
4459                 }
4460                 catch ( final ClassCastException cce ) {
4461                     cce.printStackTrace();
4462                 }
4463                 if ( rds != null ) {
4464                     rds.setRenderingHeight( 6 );
4465                     int x = 0;
4466                     if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
4467                         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode()
4468                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) ) ) {
4469                             x += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( node.getNodeData().getTaxonomy()
4470                                     .getTaxonomyCode()
4471                                     + " " );
4472                         }
4473                         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames()
4474                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) ) {
4475                             x += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( node.getNodeData().getTaxonomy()
4476                                     .getScientificName()
4477                                     + " " );
4478                         }
4479                         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCommonNames()
4480                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getCommonName() ) ) ) {
4481                             x += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( node.getNodeData().getTaxonomy()
4482                                     .getCommonName()
4483                                     + " " );
4484                         }
4485                     }
4486                     if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
4487                         if ( getControlPanel().isShowGeneNames()
4488                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getName() ) ) ) {
4489                             x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getName()
4490                                     + " " );
4491                         }
4492                         if ( getControlPanel().isShowGeneSymbols()
4493                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getSymbol() ) ) ) {
4494                             x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getSymbol()
4495                                     + " " );
4496                         }
4497                         if ( getControlPanel().isShowSequenceAcc()
4498                                 && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) ) {
4499                             x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence()
4500                                     .getAccession().toString()
4501                                     + " " );
4502                         }
4503                     }
4504                     if ( getControlPanel().isShowNodeNames() && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
4505                         x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getName() + " " );
4506                     }
4507                     rds.render( node.getXcoord() + x, node.getYcoord() - 3, g, this, to_pdf );
4508                 }
4509             }
4510         }
4511         //////////////
4512         if ( getControlPanel().isShowVectorData() && ( node.getNodeData().getVector() != null )
4513                 && ( node.getNodeData().getVector().size() > 0 ) && ( getStatisticsForExpressionValues() != null ) ) {
4514             final RenderableVector rv = RenderableVector.createInstance( node.getNodeData().getVector(),
4515                                                                          getStatisticsForExpressionValues(),
4516                                                                          getConfiguration() );
4517             if ( rv != null ) {
4518                 int x = 0;
4519                 PhylogenyNode my_node = node;
4520                 if ( !getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
4521                     my_node = getPhylogeny().getFirstExternalNode();
4522                 }
4523                 if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode() && ( PhylogenyMethods.getSpecies( my_node ).length() > 0 ) ) {
4524                     x += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( PhylogenyMethods.getSpecies( my_node ) + " " );
4525                 }
4526                 if ( getControlPanel().isShowNodeNames() && ( my_node.getName().length() > 0 ) ) {
4527                     x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( my_node.getName() + " " );
4528                 }
4529                 rv.render( my_node.getXcoord() + x, node.getYcoord() - 5, g, this, to_pdf );
4530             }
4531         }
4532         //////////////
4533     }
4534
4535     final private void paintOvRectangle( final Graphics2D g ) {
4536         final float w_ratio = ( float ) getWidth() / getVisibleRect().width;
4537         final float h_ratio = ( float ) getHeight() / getVisibleRect().height;
4538         final float x_ratio = ( float ) getWidth() / getVisibleRect().x;
4539         final float y_ratio = ( float ) getHeight() / getVisibleRect().y;
4540         final float width = getOvMaxWidth() / w_ratio;
4541         final float height = getOvMaxHeight() / h_ratio;
4542         final float x = getVisibleRect().x + getOvXPosition() + ( getOvMaxWidth() / x_ratio );
4543         final float y = getVisibleRect().y + getOvYPosition() + ( getOvMaxHeight() / y_ratio );
4544         g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
4545         getOvRectangle().setRect( x, y, width, height );
4546         if ( ( width < 6 ) && ( height < 6 ) ) {
4547             drawRectFilled( x, y, 6, 6, g );
4548             getOvVirtualRectangle().setRect( x, y, 6, 6 );
4549         }
4550         else if ( width < 6 ) {
4551             drawRectFilled( x, y, 6, height, g );
4552             getOvVirtualRectangle().setRect( x, y, 6, height );
4553         }
4554         else if ( height < 6 ) {
4555             drawRectFilled( x, y, width, 6, g );
4556             getOvVirtualRectangle().setRect( x, y, width, 6 );
4557         }
4558         else {
4559             drawRect( x, y, width, height, g );
4560             if ( isInOvRect() ) {
4561                 drawRect( x + 1, y + 1, width - 2, height - 2, g );
4562             }
4563             getOvVirtualRectangle().setRect( x, y, width, height );
4564         }
4565     }
4566
4567     final private void paintPhylogenyLite( final Graphics2D g ) {
4568         _phylogeny
4569                 .getRoot()
4570                 .setXSecondary( ( float ) ( getVisibleRect().x + getOvXPosition() + ( MOVE / ( getVisibleRect().width / getOvRectangle()
4571                         .getWidth() ) ) ) );
4572         _phylogeny.getRoot().setYSecondary( ( getVisibleRect().y + getOvYStart() ) );
4573         for( final PhylogenyNode element : _nodes_in_preorder ) {
4574             paintNodeLite( g, element );
4575         }
4576         paintOvRectangle( g );
4577     }
4578
4579     /**
4580      * Paint the root branch. (Differs from others because it will always be a
4581      * single horizontal line).
4582      * @param to_graphics_file
4583      *
4584      * @return new x1 value
4585      */
4586     final private void paintRootBranch( final Graphics2D g,
4587                                         final float x1,
4588                                         final float y1,
4589                                         final PhylogenyNode root,
4590                                         final boolean to_pdf,
4591                                         final boolean to_graphics_file ) {
4592         assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( root, false, g, to_pdf, to_graphics_file );
4593         float d = getXdistance();
4594         if ( getControlPanel().isDrawPhylogram() && ( root.getDistanceToParent() > 0.0 ) ) {
4595             d = ( float ) ( getXcorrectionFactor() * root.getDistanceToParent() );
4596         }
4597         if ( d < MIN_ROOT_LENGTH ) {
4598             d = MIN_ROOT_LENGTH;
4599         }
4600         if ( !getControlPanel().isWidthBranches() || ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( root ) == 1 ) ) {
4601             drawLine( x1 - d, root.getYcoord(), x1, root.getYcoord(), g );
4602         }
4603         else {
4604             final double w = PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( root );
4605             drawRectFilled( x1 - d, root.getYcoord() - ( w / 2 ), d, w, g );
4606         }
4607         paintNodeBox( x1, root.getYcoord(), root, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( root ) );
4608     }
4609
4610     final private void paintScale( final Graphics2D g,
4611                                    int x1,
4612                                    int y1,
4613                                    final boolean to_pdf,
4614                                    final boolean to_graphics_file ) {
4615         x1 += MOVE;
4616         final double x2 = x1 + ( getScaleDistance() * getXcorrectionFactor() );
4617         y1 -= 12;
4618         final int y2 = y1 - 8;
4619         final int y3 = y1 - 4;
4620         g.setFont( getTreeFontSet().getSmallFont() );
4621         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4622             g.setColor( Color.BLACK );
4623         }
4624         else {
4625             g.setColor( getTreeColorSet().getBranchLengthColor() );
4626         }
4627         drawLine( x1, y1, x1, y2, g );
4628         drawLine( x2, y1, x2, y2, g );
4629         drawLine( x1, y3, x2, y3, g );
4630         if ( getScaleLabel() != null ) {
4631             g.drawString( getScaleLabel(), ( x1 + 2 ), y3 - 2 );
4632         }
4633     }
4634
4635     final private int paintTaxonomy( final Graphics2D g,
4636                                      final PhylogenyNode node,
4637                                      final boolean is_in_found_nodes,
4638                                      final boolean to_pdf,
4639                                      final boolean to_graphics_file,
4640                                      final double x_shift ) {
4641         final Taxonomy taxonomy = node.getNodeData().getTaxonomy();
4642         g.setFont( getTreeFontSet().getLargeItalicFont() );
4643         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4644             g.setColor( Color.BLACK );
4645         }
4646         else if ( is_in_found_nodes ) {
4647             g.setFont( getTreeFontSet().getLargeItalicFont().deriveFont( TreeFontSet.BOLD_AND_ITALIC ) );
4648             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
4649         }
4650         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
4651             g.setColor( getTaxonomyBasedColor( node ) );
4652         }
4653         else if ( getOptions().isColorLabelsSameAsParentBranch() && getControlPanel().isColorBranches()
4654                 && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
4655             g.setColor( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) );
4656         }
4657         else if ( to_pdf ) {
4658             g.setColor( Color.BLACK );
4659         }
4660         else {
4661             g.setColor( getTreeColorSet().getTaxonomyColor() );
4662         }
4663         final double start_x = node.getXcoord() + 3 + ( getOptions().getDefaultNodeShapeSize() / 2 ) + x_shift;
4664         final double start_y = node.getYcoord()
4665                 + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / ( node.getNumberOfDescendants() == 1 ? 1 : 3.0 ) );
4666         _sb.setLength( 0 );
4667         if ( _control_panel.isShowTaxonomyCode() && !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getTaxonomyCode() ) ) {
4668             _sb.append( taxonomy.getTaxonomyCode() );
4669             _sb.append( " " );
4670         }
4671         if ( _control_panel.isShowTaxonomyScientificNames() && _control_panel.isShowTaxonomyCommonNames() ) {
4672             if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() )
4673                     && !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4674                 if ( getOptions().isAbbreviateScientificTaxonNames()
4675                         && ( taxonomy.getScientificName().indexOf( ' ' ) > 0 ) ) {
4676                     abbreviateScientificName( taxonomy.getScientificName() );
4677                 }
4678                 else {
4679                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4680                 }
4681                 _sb.append( " (" );
4682                 _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4683                 _sb.append( ") " );
4684             }
4685             else if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() ) ) {
4686                 if ( getOptions().isAbbreviateScientificTaxonNames()
4687                         && ( taxonomy.getScientificName().indexOf( ' ' ) > 0 ) ) {
4688                     abbreviateScientificName( taxonomy.getScientificName() );
4689                 }
4690                 else {
4691                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4692                 }
4693                 _sb.append( " " );
4694             }
4695             else if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4696                 _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4697                 _sb.append( " " );
4698             }
4699         }
4700         else if ( _control_panel.isShowTaxonomyScientificNames() ) {
4701             if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() ) ) {
4702                 if ( getOptions().isAbbreviateScientificTaxonNames()
4703                         && ( taxonomy.getScientificName().indexOf( ' ' ) > 0 ) ) {
4704                     abbreviateScientificName( taxonomy.getScientificName() );
4705                 }
4706                 else {
4707                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4708                 }
4709                 _sb.append( " " );
4710             }
4711         }
4712         else if ( _control_panel.isShowTaxonomyCommonNames() ) {
4713             if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4714                 _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4715                 _sb.append( " " );
4716             }
4717         }
4718         final String label = _sb.toString();
4719         /* GUILHEM_BEG */
4720         if ( _control_panel.isShowSequenceRelations() && ( label.length() > 0 )
4721                 && ( node.getNodeData().isHasSequence() ) && node.getNodeData().getSequence().equals( _query_sequence ) ) {
4722             // invert font color and background color to show that this is the query sequence
4723             final Rectangle2D nodeTextBounds = new TextLayout( label, g.getFont(), new FontRenderContext( null,
4724                                                                                                           false,
4725                                                                                                           false ) )
4726                     .getBounds();
4727             g.fillRect( ( int ) start_x - 1, ( int ) start_y - 8, ( int ) nodeTextBounds.getWidth() + 4, 11 );
4728             g.setColor( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
4729         }
4730         /* GUILHEM_END */
4731         TreePanel.drawString( label, start_x, start_y, g );
4732         if ( is_in_found_nodes ) {
4733             return getTreeFontSet()._fm_large_italic_bold.stringWidth( label );
4734         }
4735         else {
4736             return getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( label );
4737         }
4738     }
4739
4740     final private void paintUnrooted( final PhylogenyNode n,
4741                                       final double low_angle,
4742                                       final double high_angle,
4743                                       final boolean radial_labels,
4744                                       final Graphics2D g,
4745                                       final boolean to_pdf,
4746                                       final boolean to_graphics_file ) {
4747         if ( n.isRoot() ) {
4748             n.setXcoord( getWidth() / 2 );
4749             n.setYcoord( getHeight() / 2 );
4750         }
4751         if ( n.isExternal() ) {
4752             paintNodeDataUnrootedCirc( g,
4753                                        n,
4754                                        to_pdf,
4755                                        to_graphics_file,
4756                                        radial_labels,
4757                                        ( high_angle + low_angle ) / 2,
4758                                        isInFoundNodes( n ) || isInCurrentExternalNodes( n ) );
4759             return;
4760         }
4761         final float num_enclosed = n.getNumberOfExternalNodes();
4762         final float x = n.getXcoord();
4763         final float y = n.getYcoord();
4764         double current_angle = low_angle;
4765         // final boolean n_below = n.getYcoord() < getVisibleRect().getMinY() - 20;
4766         // final boolean n_above = n.getYcoord() > getVisibleRect().getMaxY() + 20;
4767         // final boolean n_left = n.getXcoord() < getVisibleRect().getMinX() - 20;
4768         // final boolean n_right = n.getXcoord() > getVisibleRect().getMaxX() + 20;
4769         for( int i = 0; i < n.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
4770             final PhylogenyNode desc = n.getChildNode( i );
4771             ///  if ( ( ( n_below ) & ( desc.getYcoord() < getVisibleRect().getMinY() - 20 ) )
4772             //          || ( ( n_above ) & ( desc.getYcoord() > getVisibleRect().getMaxY() + 20 ) )
4773             //         || ( ( n_left ) & ( desc.getXcoord() < getVisibleRect().getMinX() - 20 ) )
4774             //          || ( ( n_right ) & ( desc.getXcoord() > getVisibleRect().getMaxX() + 20 ) ) ) {
4775             //     continue;
4776             // }
4777             //if ( ( desc.getYcoord() > n.getYcoord() ) && ( n.getYcoord() > getVisibleRect().getMaxY() - 20 ) ) {
4778             //    continue;
4779             //}
4780             //if ( ( desc.getYcoord() < n.getYcoord() ) && ( n.getYcoord() < getVisibleRect().getMinY() + 20 ) ) {
4781             //    continue;
4782             // }
4783             final int desc_num_enclosed = desc.getNumberOfExternalNodes();
4784             final double arc_size = ( desc_num_enclosed / num_enclosed ) * ( high_angle - low_angle );
4785             float length;
4786             if ( isPhyHasBranchLengths() && getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
4787                 if ( desc.getDistanceToParent() < 0 ) {
4788                     length = 0;
4789                 }
4790                 else {
4791                     length = ( float ) ( desc.getDistanceToParent() * getUrtFactor() );
4792                 }
4793             }
4794             else {
4795                 length = getUrtFactor();
4796             }
4797             final double mid_angle = current_angle + ( arc_size / 2 );
4798             final float new_x = ( float ) ( x + ( Math.cos( mid_angle ) * length ) );
4799             final float new_y = ( float ) ( y + ( Math.sin( mid_angle ) * length ) );
4800             desc.setXcoord( new_x );
4801             desc.setYcoord( new_y );
4802             paintUnrooted( desc, current_angle, current_angle + arc_size, radial_labels, g, to_pdf, to_graphics_file );
4803             current_angle += arc_size;
4804             assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( desc, false, g, to_pdf, to_graphics_file );
4805             drawLine( x, y, new_x, new_y, g );
4806             paintNodeBox( new_x, new_y, desc, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( desc )
4807                     || isInCurrentExternalNodes( desc ) );
4808         }
4809         if ( n.isRoot() ) {
4810             paintNodeBox( n.getXcoord(), n.getYcoord(), n, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( n ) );
4811         }
4812     }
4813
4814     final private void paintUnrootedLite( final PhylogenyNode n,
4815                                           final double low_angle,
4816                                           final double high_angle,
4817                                           final Graphics2D g,
4818                                           final float urt_ov_factor ) {
4819         if ( n.isRoot() ) {
4820             final int x_pos = ( int ) ( getVisibleRect().x + getOvXPosition() + ( getOvMaxWidth() / 2 ) );
4821             final int y_pos = ( int ) ( getVisibleRect().y + getOvYPosition() + ( getOvMaxHeight() / 2 ) );
4822             n.setXSecondary( x_pos );
4823             n.setYSecondary( y_pos );
4824         }
4825         if ( n.isExternal() ) {
4826             return;
4827         }
4828         final float num_enclosed = n.getNumberOfExternalNodes();
4829         final float x = n.getXSecondary();
4830         final float y = n.getYSecondary();
4831         double current_angle = low_angle;
4832         for( int i = 0; i < n.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
4833             final PhylogenyNode desc = n.getChildNode( i );
4834             final int desc_num_enclosed = desc.getNumberOfExternalNodes();
4835             final double arc_size = ( desc_num_enclosed / num_enclosed ) * ( high_angle - low_angle );
4836             float length;
4837             if ( isPhyHasBranchLengths() && getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
4838                 if ( desc.getDistanceToParent() < 0 ) {
4839                     length = 0;
4840                 }
4841                 else {
4842                     length = ( float ) ( desc.getDistanceToParent() * urt_ov_factor );
4843                 }
4844             }
4845             else {
4846                 length = urt_ov_factor;
4847             }
4848             final double mid_angle = current_angle + ( arc_size / 2 );
4849             final float new_x = ( float ) ( x + ( Math.cos( mid_angle ) * length ) );
4850             final float new_y = ( float ) ( y + ( Math.sin( mid_angle ) * length ) );
4851             desc.setXSecondary( new_x );
4852             desc.setYSecondary( new_y );
4853             if ( isInFoundNodes( desc ) || isInCurrentExternalNodes( desc ) ) {
4854                 g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
4855                 drawRectFilled( desc.getXSecondary() - 1, desc.getYSecondary() - 1, 3, 3, g );
4856                 g.setColor( getTreeColorSet().getOvColor() );
4857             }
4858             paintUnrootedLite( desc, current_angle, current_angle + arc_size, g, urt_ov_factor );
4859             current_angle += arc_size;
4860             drawLine( x, y, new_x, new_y, g );
4861         }
4862     }
4863
4864     final private void pasteSubtree( final PhylogenyNode node ) {
4865         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
4866             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
4867             return;
4868         }
4869         if ( ( getCutOrCopiedTree() == null ) || getCutOrCopiedTree().isEmpty() ) {
4870             JOptionPane.showMessageDialog( this,
4871                                            "No tree in buffer (need to copy or cut a subtree first)",
4872                                            "Attempt to paste with empty buffer",
4873                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
4874             return;
4875         }
4876         final String label = createASimpleTextRepresentationOfANode( getCutOrCopiedTree().getRoot() );
4877         final Object[] options = { "As sibling", "As descendant", "Cancel" };
4878         final int r = JOptionPane.showOptionDialog( this,
4879                                                     "How to paste subtree" + label + "?",
4880                                                     "Paste Subtree",
4881                                                     JOptionPane.CLOSED_OPTION,
4882                                                     JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
4883                                                     null,
4884                                                     options,
4885                                                     options[ 2 ] );
4886         boolean paste_as_sibling = true;
4887         if ( r == 1 ) {
4888             paste_as_sibling = false;
4889         }
4890         else if ( r != 0 ) {
4891             return;
4892         }
4893         final Phylogeny buffer_phy = getCutOrCopiedTree().copy();
4894         buffer_phy.setAllNodesToNotCollapse();
4895         PhylogenyMethods.preOrderReId( buffer_phy );
4896         buffer_phy.setRooted( true );
4897         boolean need_to_show_whole = false;
4898         if ( paste_as_sibling ) {
4899             if ( node.isRoot() ) {
4900                 JOptionPane.showMessageDialog( this,
4901                                                "Cannot paste sibling to root",
4902                                                "Attempt to paste sibling to root",
4903                                                JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
4904                 return;
4905             }
4906             buffer_phy.addAsSibling( node );
4907         }
4908         else {
4909             if ( ( node.getNumberOfExternalNodes() == 1 ) && node.isRoot() ) {
4910                 need_to_show_whole = true;
4911                 _phylogeny = buffer_phy;
4912             }
4913             else {
4914                 buffer_phy.addAsChild( node );
4915             }
4916         }
4917         if ( getCopiedAndPastedNodes() == null ) {
4918             setCopiedAndPastedNodes( new HashSet<Long>() );
4919         }
4920         final List<PhylogenyNode> nodes = PhylogenyMethods.obtainAllNodesAsList( buffer_phy );
4921         final Set<Long> node_ids = new HashSet<Long>( nodes.size() );
4922         for( final PhylogenyNode n : nodes ) {
4923             node_ids.add( n.getId() );
4924         }
4925         node_ids.add( node.getId() );
4926         getCopiedAndPastedNodes().addAll( node_ids );
4927         setNodeInPreorderToNull();
4928         _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
4929         _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
4930         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
4931         resetNodeIdToDistToLeafMap();
4932         setEdited( true );
4933         if ( need_to_show_whole ) {
4934             getControlPanel().showWhole();
4935         }
4936         repaint();
4937     }
4938
4939     private final StringBuffer propertiesToString( final PhylogenyNode node ) {
4940         final PropertiesMap properties = node.getNodeData().getProperties();
4941         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
4942         boolean first = true;
4943         for( final String ref : properties.getPropertyRefs() ) {
4944             if ( first ) {
4945                 first = false;
4946             }
4947             else {
4948                 sb.append( " " );
4949             }
4950             final Property p = properties.getProperty( ref );
4951             sb.append( getPartAfterColon( p.getRef() ) );
4952             sb.append( "=" );
4953             sb.append( p.getValue() );
4954             if ( !ForesterUtil.isEmpty( p.getUnit() ) ) {
4955                 sb.append( getPartAfterColon( p.getUnit() ) );
4956             }
4957         }
4958         return sb;
4959     }
4960
4961     final private void setCopiedAndPastedNodes( final Set<Long> nodeIds ) {
4962         getMainPanel().setCopiedAndPastedNodes( nodeIds );
4963     }
4964
4965     final private void setCutOrCopiedTree( final Phylogeny cut_or_copied_tree ) {
4966         getMainPanel().setCutOrCopiedTree( cut_or_copied_tree );
4967     }
4968
4969     final private void setInOv( final boolean in_ov ) {
4970         _in_ov = in_ov;
4971     }
4972
4973     final private void setOvMaxHeight( final float ov_max_height ) {
4974         _ov_max_height = ov_max_height;
4975     }
4976
4977     final private void setOvMaxWidth( final float ov_max_width ) {
4978         _ov_max_width = ov_max_width;
4979     }
4980
4981     final private void setOvXcorrectionFactor( final float f ) {
4982         _ov_x_correction_factor = f;
4983     }
4984
4985     final private void setOvXDistance( final float ov_x_distance ) {
4986         _ov_x_distance = ov_x_distance;
4987     }
4988
4989     final private void setOvXPosition( final int ov_x_position ) {
4990         _ov_x_position = ov_x_position;
4991     }
4992
4993     final private void setOvYDistance( final float ov_y_distance ) {
4994         _ov_y_distance = ov_y_distance;
4995     }
4996
4997     final private void setOvYPosition( final int ov_y_position ) {
4998         _ov_y_position = ov_y_position;
4999     }
5000
5001     final private void setOvYStart( final int ov_y_start ) {
5002         _ov_y_start = ov_y_start;
5003     }
5004
5005     final private void setScaleDistance( final double scale_distance ) {
5006         _scale_distance = scale_distance;
5007     }
5008
5009     final private void setScaleLabel( final String scale_label ) {
5010         _scale_label = scale_label;
5011     }
5012
5013     final private void setUpUrtFactor() {
5014         final int d = getVisibleRect().width < getVisibleRect().height ? getVisibleRect().width
5015                 : getVisibleRect().height;
5016         if ( isPhyHasBranchLengths() && getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
5017             setUrtFactor( ( float ) ( d / ( 2 * getMaxDistanceToRoot() ) ) );
5018         }
5019         else {
5020             final int max_depth = _circ_max_depth;
5021             if ( max_depth > 0 ) {
5022                 setUrtFactor( d / ( 2 * max_depth ) );
5023             }
5024             else {
5025                 setUrtFactor( d / 2 );
5026             }
5027         }
5028         setUrtFactorOv( getUrtFactor() );
5029     }
5030
5031     final private void setUrtFactor( final float urt_factor ) {
5032         _urt_factor = urt_factor;
5033     }
5034
5035     final private void setUrtFactorOv( final float urt_factor_ov ) {
5036         _urt_factor_ov = urt_factor_ov;
5037     }
5038
5039     private void showExtDescNodeData( final PhylogenyNode node ) {
5040         final List<String> data = new ArrayList<String>();
5041         for( final PhylogenyNode n : node.getAllExternalDescendants() ) {
5042             switch ( getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() ) {
5043                 case NODE_NAME:
5044                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getName() ) ) {
5045                         data.add( n.getName() );
5046                     }
5047                     break;
5048                 case SEQUENCE_NAME:
5049                     if ( n.getNodeData().isHasSequence()
5050                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getName() ) ) {
5051                         data.add( n.getNodeData().getSequence().getName() );
5052                     }
5053                     break;
5054                 case SEQUENCE_SYMBOL:
5055                     if ( n.getNodeData().isHasSequence()
5056                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getSymbol() ) ) {
5057                         data.add( n.getNodeData().getSequence().getSymbol() );
5058                     }
5059                     break;
5060                 case SEQUENCE_MOL_SEQ:
5061                     if ( n.getNodeData().isHasSequence()
5062                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
5063                         data.add( n.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() );
5064                     }
5065                     break;
5066                 case SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA:
5067                     final StringBuilder sb = new StringBuilder();
5068                     if ( n.getNodeData().isHasSequence()
5069                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
5070                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getName() ) ) {
5071                             sb.append( SequenceWriter.toFasta( n.getNodeData().getSequence().getName(), n.getNodeData()
5072                                     .getSequence().getMolecularSequence(), 60 ) );
5073                         }
5074                         else {
5075                             sb.append( SequenceWriter.toFasta( n.getName(), n.getNodeData().getSequence()
5076                                     .getMolecularSequence(), 60 ) );
5077                         }
5078                         data.add( sb.toString() );
5079                     }
5080                     break;
5081                 case SEQUENCE_ACC:
5082                     if ( n.getNodeData().isHasSequence() && ( n.getNodeData().getSequence().getAccession() != null )
5083                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getAccession().toString() ) ) {
5084                         data.add( n.getNodeData().getSequence().getAccession().toString() );
5085                     }
5086                     break;
5087                 case TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME:
5088                     if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy()
5089                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) {
5090                         data.add( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() );
5091                     }
5092                     break;
5093                 case TAXONOMY_CODE:
5094                     if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy()
5095                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) ) {
5096                         data.add( n.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() );
5097                     }
5098                     break;
5099                 case UNKNOWN:
5100                     AptxUtil.showExtDescNodeDataUserSelectedHelper( getControlPanel(), n, data );
5101                     break;
5102                 default:
5103                     throw new IllegalArgumentException( "unknown data element: "
5104                             + getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() );
5105             }
5106         } // for loop
5107         if ( ( getConfiguration().getExtNodeDataReturnOn() == EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE )
5108                 || ( getConfiguration().getExtNodeDataReturnOn() == EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY ) ) {
5109             final StringBuilder sb = new StringBuilder();
5110             for( final String d : data ) {
5111                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( d ) ) {
5112                     if ( getConfiguration().getExtNodeDataReturnOn() == EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE ) {
5113                         System.out.println( d );
5114                     }
5115                     sb.append( d );
5116                     sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
5117                 }
5118             }
5119             if ( sb.length() < 1 ) {
5120                 clearCurrentExternalNodesDataBuffer();
5121             }
5122             else {
5123                 setCurrentExternalNodesDataBuffer( sb );
5124             }
5125         }
5126         else if ( getConfiguration().getExtNodeDataReturnOn() == EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW ) {
5127             final StringBuilder sb = new StringBuilder();
5128             for( final String d : data ) {
5129                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( d ) ) {
5130                     sb.append( d );
5131                     sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
5132                 }
5133             }
5134             if ( sb.length() < 1 ) {
5135                 AptxUtil.showInformationMessage( this,
5136                                                  "No Appropriate Data (" + obtainTitleForExtDescNodeData() + ")",
5137                                                  "Descendants of selected node do not contain selected data" );
5138                 clearCurrentExternalNodesDataBuffer();
5139             }
5140             else {
5141                 setCurrentExternalNodesDataBuffer( sb );
5142                 final String title = "External Descendants "
5143                         + ( getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() == NODE_DATA.UNKNOWN ? "Data"
5144                                 : obtainTitleForExtDescNodeData() ) + " (" + data.size() + "/"
5145                         + node.getNumberOfExternalNodes() + ") For Node " + node;
5146                 final String s = sb.toString().trim();
5147                 if ( getMainPanel().getMainFrame() == null ) {
5148                     // Must be "E" applet version.
5149                     final ArchaeopteryxE ae = ( ArchaeopteryxE ) ( ( MainPanelApplets ) getMainPanel() ).getApplet();
5150                     ae.showTextFrame( s, title );
5151                 }
5152                 else {
5153                     getMainPanel().getMainFrame().showTextFrame( s, title );
5154                 }
5155             }
5156         }
5157     }
5158
5159     final private void showNodeDataPopup( final MouseEvent e, final PhylogenyNode node ) {
5160         try {
5161             if ( ( node.getName().length() > 0 )
5162                     || ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() && !isTaxonomyEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy() ) )
5163                     || ( node.getNodeData().isHasSequence() && !isSequenceEmpty( node.getNodeData().getSequence() ) )
5164                     || ( node.getNodeData().isHasDate() ) || ( node.getNodeData().isHasDistribution() )
5165                     || node.getBranchData().isHasConfidences() ) {
5166                 _popup_buffer.setLength( 0 );
5167                 short lines = 0;
5168                 if ( node.getName().length() > 0 ) {
5169                     lines++;
5170                     _popup_buffer.append( node.getName() );
5171                 }
5172                 if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() && !isTaxonomyEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy() ) ) {
5173                     lines++;
5174                     boolean enc_data = false;
5175                     final Taxonomy tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
5176                     if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5177                         _popup_buffer.append( "\n" );
5178                     }
5179                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
5180                         _popup_buffer.append( "[" );
5181                         _popup_buffer.append( tax.getTaxonomyCode() );
5182                         _popup_buffer.append( "]" );
5183                         enc_data = true;
5184                     }
5185                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
5186                         if ( enc_data ) {
5187                             _popup_buffer.append( " " );
5188                         }
5189                         _popup_buffer.append( tax.getScientificName() );
5190                         enc_data = true;
5191                     }
5192                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
5193                         if ( enc_data ) {
5194                             _popup_buffer.append( " (" );
5195                         }
5196                         else {
5197                             _popup_buffer.append( "(" );
5198                         }
5199                         _popup_buffer.append( tax.getCommonName() );
5200                         _popup_buffer.append( ")" );
5201                         enc_data = true;
5202                     }
5203                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getAuthority() ) ) {
5204                         if ( enc_data ) {
5205                             _popup_buffer.append( " (" );
5206                         }
5207                         else {
5208                             _popup_buffer.append( "(" );
5209                         }
5210                         _popup_buffer.append( tax.getAuthority() );
5211                         _popup_buffer.append( ")" );
5212                         enc_data = true;
5213                     }
5214                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getRank() ) ) {
5215                         if ( enc_data ) {
5216                             _popup_buffer.append( " [" );
5217                         }
5218                         else {
5219                             _popup_buffer.append( "[" );
5220                         }
5221                         _popup_buffer.append( tax.getRank() );
5222                         _popup_buffer.append( "]" );
5223                         enc_data = true;
5224                     }
5225                     if ( tax.getSynonyms().size() > 0 ) {
5226                         if ( enc_data ) {
5227                             _popup_buffer.append( " " );
5228                         }
5229                         _popup_buffer.append( "[" );
5230                         int counter = 1;
5231                         for( final String syn : tax.getSynonyms() ) {
5232                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( syn ) ) {
5233                                 enc_data = true;
5234                                 _popup_buffer.append( syn );
5235                                 if ( counter < tax.getSynonyms().size() ) {
5236                                     _popup_buffer.append( ", " );
5237                                 }
5238                             }
5239                             counter++;
5240                         }
5241                         _popup_buffer.append( "]" );
5242                     }
5243                     if ( !enc_data ) {
5244                         if ( ( tax.getIdentifier() != null ) && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() ) ) {
5245                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getProvider() ) ) {
5246                                 _popup_buffer.append( "[" );
5247                                 _popup_buffer.append( tax.getIdentifier().getProvider() );
5248                                 _popup_buffer.append( "] " );
5249                             }
5250                             _popup_buffer.append( tax.getIdentifier().getValue() );
5251                         }
5252                     }
5253                 }
5254                 if ( node.getNodeData().isHasSequence() && !isSequenceEmpty( node.getNodeData().getSequence() ) ) {
5255                     lines++;
5256                     boolean enc_data = false;
5257                     if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5258                         _popup_buffer.append( "\n" );
5259                     }
5260                     final Sequence seq = node.getNodeData().getSequence();
5261                     if ( seq.getAccession() != null ) {
5262                         _popup_buffer.append( "[" );
5263                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( seq.getAccession().getSource() ) ) {
5264                             _popup_buffer.append( seq.getAccession().getSource() );
5265                             _popup_buffer.append( ":" );
5266                         }
5267                         _popup_buffer.append( seq.getAccession().getValue() );
5268                         _popup_buffer.append( "]" );
5269                         enc_data = true;
5270                     }
5271                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( seq.getSymbol() ) ) {
5272                         if ( enc_data ) {
5273                             _popup_buffer.append( " [" );
5274                         }
5275                         else {
5276                             _popup_buffer.append( "[" );
5277                         }
5278                         _popup_buffer.append( seq.getSymbol() );
5279                         _popup_buffer.append( "]" );
5280                         enc_data = true;
5281                     }
5282                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( seq.getName() ) ) {
5283                         if ( enc_data ) {
5284                             _popup_buffer.append( " " );
5285                         }
5286                         _popup_buffer.append( seq.getName() );
5287                     }
5288                 }
5289                 if ( node.getNodeData().isHasDate() ) {
5290                     lines++;
5291                     if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5292                         _popup_buffer.append( "\n" );
5293                     }
5294                     _popup_buffer.append( node.getNodeData().getDate().asSimpleText() );
5295                 }
5296                 if ( node.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5297                     lines++;
5298                     if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5299                         _popup_buffer.append( "\n" );
5300                     }
5301                     _popup_buffer.append( node.getNodeData().getDistribution().asSimpleText() );
5302                 }
5303                 if ( node.getBranchData().isHasConfidences() ) {
5304                     final List<Confidence> confs = node.getBranchData().getConfidences();
5305                     for( final Confidence confidence : confs ) {
5306                         lines++;
5307                         if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5308                             _popup_buffer.append( "\n" );
5309                         }
5310                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( confidence.getType() ) ) {
5311                             _popup_buffer.append( "[" );
5312                             _popup_buffer.append( confidence.getType() );
5313                             _popup_buffer.append( "] " );
5314                         }
5315                         _popup_buffer
5316                                 .append( FORMATTER_CONFIDENCE.format( ForesterUtil.round( confidence.getValue(),
5317                                                                                           getOptions()
5318                                                                                                   .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() ) ) );
5319                         if ( confidence.getStandardDeviation() != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5320                             _popup_buffer.append( " (sd=" );
5321                             _popup_buffer.append( FORMATTER_CONFIDENCE.format( ForesterUtil.round( confidence
5322                                     .getStandardDeviation(), getOptions()
5323                                     .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() ) ) );
5324                             _popup_buffer.append( ")" );
5325                         }
5326                     }
5327                 }
5328                 if ( node.getNodeData().isHasProperties() ) {
5329                     final PropertiesMap properties = node.getNodeData().getProperties();
5330                     for( final String ref : properties.getPropertyRefs() ) {
5331                         _popup_buffer.append( "\n" );
5332                         final Property p = properties.getProperty( ref );
5333                         _popup_buffer.append( getPartAfterColon( p.getRef() ) );
5334                         _popup_buffer.append( "=" );
5335                         _popup_buffer.append( p.getValue() );
5336                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( p.getUnit() ) ) {
5337                             _popup_buffer.append( getPartAfterColon( p.getUnit() ) );
5338                         }
5339                     }
5340                 }
5341                 if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5342                     if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
5343                         _rollover_popup
5344                                 .setBorder( BorderFactory.createLineBorder( getTreeColorSet().getBranchColor() ) );
5345                         _rollover_popup.setBackground( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
5346                         if ( isInFoundNodes( node ) ) {
5347                             _rollover_popup.setForeground( getTreeColorSet().getFoundColor() );
5348                         }
5349                         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
5350                             _rollover_popup.setForeground( getTaxonomyBasedColor( node ) );
5351                         }
5352                         else {
5353                             _rollover_popup.setForeground( getTreeColorSet().getSequenceColor() );
5354                         }
5355                     }
5356                     else {
5357                         _rollover_popup.setBorder( BorderFactory.createLineBorder( Color.BLACK ) );
5358                     }
5359                     _rollover_popup.setText( _popup_buffer.toString() );
5360                     _node_desc_popup = PopupFactory.getSharedInstance().getPopup( null,
5361                                                                                   _rollover_popup,
5362                                                                                   e.getLocationOnScreen().x + 10,
5363                                                                                   e.getLocationOnScreen().y
5364                                                                                           - ( lines * 20 ) );
5365                     _node_desc_popup.show();
5366                 }
5367             }
5368         }
5369         catch ( final Exception ex ) {
5370             // Do nothing.
5371         }
5372     }
5373
5374     final private void showNodeEditFrame( final PhylogenyNode n ) {
5375         if ( _node_frame_index < TreePanel.MAX_NODE_FRAMES ) {
5376             // pop up edit box for single node
5377             _node_frames[ _node_frame_index ] = new NodeFrame( n, _phylogeny, this, _node_frame_index, "" );
5378             _node_frame_index++;
5379         }
5380         else {
5381             JOptionPane.showMessageDialog( this, "too many node windows are open" );
5382         }
5383     }
5384
5385     final private void showNodeFrame( final PhylogenyNode n ) {
5386         if ( _node_frame_index < TreePanel.MAX_NODE_FRAMES ) {
5387             // pop up edit box for single node
5388             _node_frames[ _node_frame_index ] = new NodeFrame( n, _phylogeny, this, _node_frame_index );
5389             _node_frame_index++;
5390         }
5391         else {
5392             JOptionPane.showMessageDialog( this, "too many node windows are open" );
5393         }
5394     }
5395
5396     final private void switchDisplaygetPhylogenyGraphicsType() {
5397         switch ( getPhylogenyGraphicsType() ) {
5398             case RECTANGULAR:
5399                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
5400                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
5401                 break;
5402             case EURO_STYLE:
5403                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
5404                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
5405                 break;
5406             case ROUNDED:
5407                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
5408                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
5409                 break;
5410             case CURVED:
5411                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
5412                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
5413                 break;
5414             case TRIANGULAR:
5415                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
5416                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
5417                 break;
5418             case CONVEX:
5419                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
5420                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
5421                 break;
5422             case UNROOTED:
5423                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
5424                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
5425                 break;
5426             case CIRCULAR:
5427                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
5428                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
5429                 break;
5430             default:
5431                 throw new RuntimeException( "unkwnown display type: " + getPhylogenyGraphicsType() );
5432         }
5433         if ( getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
5434             if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
5435                 getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( false );
5436             }
5437             else {
5438                 getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( true );
5439             }
5440         }
5441         if ( isPhyHasBranchLengths() && ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
5442             getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( true );
5443         }
5444         else {
5445             getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( false );
5446         }
5447         if ( getMainPanel().getMainFrame() == null ) {
5448             // Must be "E" applet version.
5449             ( ( ArchaeopteryxE ) ( ( MainPanelApplets ) getMainPanel() ).getApplet() )
5450                     .setSelectedTypeInTypeMenu( getPhylogenyGraphicsType() );
5451         }
5452         else {
5453             getMainPanel().getMainFrame().setSelectedTypeInTypeMenu( getPhylogenyGraphicsType() );
5454         }
5455     }
5456
5457     final private static void drawString( final int i, final double x, final double y, final Graphics2D g ) {
5458         g.drawString( String.valueOf( i ), ( int ) ( x + 0.5 ), ( int ) ( y + 0.5 ) );
5459     }
5460
5461     final private static void drawString( final String str, final double x, final double y, final Graphics2D g ) {
5462         g.drawString( str, ( int ) ( x + 0.5 ), ( int ) ( y + 0.5 ) );
5463     }
5464
5465     final private static String getPartAfterColon( final String s ) {
5466         final int i = s.indexOf( ':' );
5467         if ( ( i < 1 ) || ( i == ( s.length() - 1 ) ) ) {
5468             return s;
5469         }
5470         return s.substring( i + 1, s.length() );
5471     }
5472
5473     final private static boolean isSequenceEmpty( final Sequence seq ) {
5474         return ( seq.getAccession() == null ) && ForesterUtil.isEmpty( seq.getName() )
5475                 && ForesterUtil.isEmpty( seq.getSymbol() );
5476     }
5477
5478     final private static boolean isTaxonomyEmpty( final Taxonomy tax ) {
5479         return ( ( tax.getIdentifier() == null ) && ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() )
5480                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) && ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) && tax
5481                 .getSynonyms().isEmpty() );
5482     }
5483
5484     final private static boolean plusPressed( final int key_code ) {
5485         return ( ( key_code == KeyEvent.VK_ADD ) || ( key_code == KeyEvent.VK_PLUS )
5486                 || ( key_code == KeyEvent.VK_EQUALS ) || ( key_code == KeyEvent.VK_SEMICOLON ) || ( key_code == KeyEvent.VK_1 ) );
5487     }
5488
5489     final private static Phylogeny subTree( final PhylogenyNode new_root, final Phylogeny source_phy ) {
5490         final Phylogeny new_phy = new Phylogeny();
5491         new_phy.setRooted( true );
5492         new_phy.setName( source_phy.getName() );
5493         new_phy.setDescription( source_phy.getDescription() );
5494         new_phy.setType( source_phy.getType() );
5495         new_phy.setDistanceUnit( source_phy.getDistanceUnit() );
5496         new_phy.setConfidence( source_phy.getConfidence() );
5497         new_phy.setIdentifier( source_phy.getIdentifier() );
5498         new_phy.setRoot( new_root.copyNodeDataShallow() );
5499         int i = 0;
5500         for( final PhylogenyNode n : new_root.getDescendants() ) {
5501             new_phy.getRoot().setChildNode( i++, n );
5502         }
5503         return new_phy;
5504     }
5505
5506     final private class SubtreeColorizationActionListener implements ActionListener {
5507
5508         JColorChooser _chooser;
5509         PhylogenyNode _node;
5510
5511         SubtreeColorizationActionListener( final JColorChooser chooser, final PhylogenyNode node ) {
5512             _chooser = chooser;
5513             _node = node;
5514         }
5515
5516         @Override
5517         public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
5518             final Color c = _chooser.getColor();
5519             if ( c != null ) {
5520                 colorizeSubtree( c, _node );
5521             }
5522         }
5523     }
5524 }