forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/TreePanel.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.BasicStroke;
  29 import java.awt.Color;
  30 import java.awt.Cursor;
  31 import java.awt.Dimension;
  32 import java.awt.Font;
  33 import java.awt.GradientPaint;
  34 import java.awt.Graphics;
  35 import java.awt.Graphics2D;
  36 import java.awt.Point;
  37 import java.awt.Polygon;
  38 import java.awt.Rectangle;
  39 import java.awt.RenderingHints;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.event.FocusAdapter;
  43 import java.awt.event.FocusEvent;
  44 import java.awt.event.InputEvent;
  45 import java.awt.event.KeyAdapter;
  46 import java.awt.event.KeyEvent;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  49 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  50 import java.awt.font.FontRenderContext;
  51 import java.awt.font.TextLayout;
  52 import java.awt.geom.AffineTransform;
  53 import java.awt.geom.Arc2D;
  54 import java.awt.geom.CubicCurve2D;
  55 import java.awt.geom.Ellipse2D;
  56 import java.awt.geom.Line2D;
  57 import java.awt.geom.QuadCurve2D;
  58 import java.awt.geom.Rectangle2D;
  59 import java.awt.image.BufferedImage;
  60 import java.awt.print.PageFormat;
  61 import java.awt.print.Printable;
  62 import java.awt.print.PrinterException;
  63 import java.io.File;
  64 import java.io.IOException;
  65 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  66 import java.net.URI;
  67 import java.net.URISyntaxException;
  68 import java.net.URLEncoder;
  69 import java.text.DecimalFormat;
  70 import java.text.DecimalFormatSymbols;
  71 import java.text.NumberFormat;
  72 import java.util.ArrayList;
  73 import java.util.Collections;
  74 import java.util.HashMap;
  75 import java.util.HashSet;
  76 import java.util.Hashtable;
  77 import java.util.List;
  78 import java.util.Set;
  79 import java.util.SortedSet;
  80
  81 import javax.swing.BorderFactory;
  82 import javax.swing.JApplet;
  83 import javax.swing.JColorChooser;
  84 import javax.swing.JDialog;
  85 import javax.swing.JMenuItem;
  86 import javax.swing.JOptionPane;
  87 import javax.swing.JPanel;
  88 import javax.swing.JPopupMenu;
  89 import javax.swing.JTextArea;
  90 import javax.swing.Popup;
  91 import javax.swing.PopupFactory;
  92
  93 import org.forester.archaeopteryx.Configuration.EXT_NODE_DATA_RETURN_ON;
  94 import org.forester.archaeopteryx.ControlPanel.NodeClickAction;
  95 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  96 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  97 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  98 import org.forester.archaeopteryx.phylogeny.data.RenderableDomainArchitecture;
  99 import org.forester.archaeopteryx.phylogeny.data.RenderableVector;
 100 import org.forester.archaeopteryx.tools.Blast;
 101 import org.forester.archaeopteryx.tools.ImageLoader;
 102 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlUtil;
 103 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
 104 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
 105 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
 106 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods.DESCENDANT_SORT_PRIORITY;
 107 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
 108 import org.forester.phylogeny.data.Annotation;
 109 import org.forester.phylogeny.data.BranchColor;
 110 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
 111 import org.forester.phylogeny.data.Event;
 112 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
 113 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
 114 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
 115 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
 116 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
 117 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
 118 import org.forester.phylogeny.data.Property;
 119 import org.forester.phylogeny.data.Sequence;
 120 import org.forester.phylogeny.data.SequenceRelation;
 121 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
 122 import org.forester.phylogeny.data.Uri;
 123 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
 124 import org.forester.phylogeny.iterators.PreorderTreeIterator;
 125 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 126 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 127 import org.forester.util.ForesterConstants;
 128 import org.forester.util.ForesterUtil;
 129 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 130
 131 public final class TreePanel extends JPanel implements ActionListener, MouseWheelListener, Printable {
 132
 133     private static final float           PI                                                 = ( float ) ( Math.PI );
 134     private static final double          TWO_PI                                             = 2 * Math.PI;
 135     private static final float           ONEHALF_PI                                         = ( float ) ( 1.5 * Math.PI );
 136     private static final float           HALF_PI                                            = ( float ) ( Math.PI / 2.0 );
 137     private static final float           ANGLE_ROTATION_UNIT                                = ( float ) ( Math.PI / 32 );
 138     private static final short           OV_BORDER                                          = 10;
 139     final static Cursor                  CUT_CURSOR                                         = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.CROSSHAIR_CURSOR );
 140     final static Cursor                  MOVE_CURSOR                                        = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.MOVE_CURSOR );
 141     final static Cursor                  ARROW_CURSOR                                       = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.DEFAULT_CURSOR );
 142     final static Cursor                  HAND_CURSOR                                        = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.HAND_CURSOR );
 143     final static Cursor                  WAIT_CURSOR                                        = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.WAIT_CURSOR );
 144     private final static long            serialVersionUID                                   = -978349745916505029L;
 145     private final static int             EURO_D                                             = 10;
 146     private final static String          NODE_POPMENU_NODE_CLIENT_PROPERTY                  = "node";
 147     private final static int             MIN_ROOT_LENGTH                                    = 3;
 148     private final static int             MAX_SUBTREES                                       = 100;
 149     private final static int             MAX_NODE_FRAMES                                    = 10;
 150     private final static int             MOVE                                               = 20;
 151     private final static NumberFormat    FORMATTER_CONFIDENCE;
 152     private final static NumberFormat    FORMATTER_BRANCH_LENGTH;
 153     private final static int             WIGGLE                                             = 2;
 154     private final static int             LIMIT_FOR_HQ_RENDERING                             = 1000;
 155     private final static int             CONFIDENCE_LEFT_MARGIN                             = 4;
 156     private final RenderingHints         _rendering_hints                                   = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
 157                                                                                                                   RenderingHints.VALUE_RENDER_DEFAULT );
 158     private File                         _treefile                                          = null;
 159     private Configuration                _configuration                                     = null;
 160     private final NodeFrame[]            _node_frames                                       = new NodeFrame[ TreePanel.MAX_NODE_FRAMES ];
 161     private int                          _node_frame_index                                  = 0;
 162     private Phylogeny                    _phylogeny                                         = null;
 163     private final Phylogeny[]            _sub_phylogenies                                   = new Phylogeny[ TreePanel.MAX_SUBTREES ];
 164     private final PhylogenyNode[]        _sub_phylogenies_temp_roots                        = new PhylogenyNode[ TreePanel.MAX_SUBTREES ];
 165     private int                          _subtree_index                                     = 0;
 166     private MainPanel                    _main_panel                                        = null;
 167     private Set<Long>                    _found_nodes                                       = null;
 168     private PhylogenyNode                _highlight_node                                    = null;
 169     private JPopupMenu                   _node_popup_menu                                   = null;
 170     private JMenuItem                    _node_popup_menu_items[]                           = null;
 171     private int                          _longest_ext_node_info                             = 0;
 172     private float                        _x_correction_factor                               = 0.0f;
 173     private float                        _ov_x_correction_factor                            = 0.0f;
 174     private float                        _x_distance                                        = 0.0f;
 175     private float                        _y_distance                                        = 0.0f;
 176     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE      _graphics_type                                     = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 177     private double                       _domain_structure_width                            = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_DEFAULT_WIDTH;
 178     private int                          _domain_structure_e_value_thr_exp                  = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_E_VALUE_THR_DEFAULT_EXP;
 179     private float                        _last_drag_point_x                                 = 0;
 180     private float                        _last_drag_point_y                                 = 0;
 181     private ControlPanel                 _control_panel                                     = null;
 182     private int                          _external_node_index                               = 0;
 183     private final Polygon                _polygon                                           = new Polygon();
 184     private final StringBuilder          _sb                                                = new StringBuilder();
 185     private JColorChooser                _color_chooser                                     = null;
 186     private double                       _scale_distance                                    = 0.0;
 187     private String                       _scale_label                                       = null;
 188     private final CubicCurve2D           _cubic_curve                                       = new CubicCurve2D.Float();
 189     private final QuadCurve2D            _quad_curve                                        = new QuadCurve2D.Float();
 190     private final Line2D                 _line                                              = new Line2D.Float();
 191     private final Ellipse2D              _ellipse                                           = new Ellipse2D.Float();
 192     private final Rectangle2D            _rectangle                                         = new Rectangle2D.Float();
 193     private Options                      _options                                           = null;
 194     private float                        _ov_max_width                                      = 0;
 195     private float                        _ov_max_height                                     = 0;
 196     private int                          _ov_x_position                                     = 0;
 197     private int                          _ov_y_position                                     = 0;
 198     private int                          _ov_y_start                                        = 0;
 199     private float                        _ov_y_distance                                     = 0;
 200     private float                        _ov_x_distance                                     = 0;
 201     private boolean                      _ov_on                                             = false;
 202     private double                       _urt_starting_angle                                = ( float ) ( Math.PI / 2 );
 203     private float                        _urt_factor                                        = 1;
 204     private float                        _urt_factor_ov                                     = 1;
 205     private final boolean                _phy_has_branch_lengths;
 206     private final Rectangle2D            _ov_rectangle                                      = new Rectangle2D.Float();
 207     private boolean                      _in_ov_rect                                        = false;
 208     private boolean                      _in_ov                                             = false;
 209     private final Rectangle              _ov_virtual_rectangle                              = new Rectangle();
 210     final private static double          _180_OVER_PI                                       = 180.0 / Math.PI;
 211     private static final float           ROUNDED_D                                          = 8;
 212     private int                          _circ_max_depth;
 213     private PhylogenyNode                _root;
 214     final private Arc2D                  _arc                                               = new Arc2D.Double();
 215     final private HashMap<Long, Double>  _urt_nodeid_angle_map                              = new HashMap<Long, Double>();
 216     final private HashMap<Long, Integer> _urt_nodeid_index_map                              = new HashMap<Long, Integer>();
 217     final private Set<Long>              _collapsed_external_nodeid_set                     = new HashSet<Long>();
 218     HashMap<Long, Short>                 _nodeid_dist_to_leaf                               = new HashMap<Long, Short>();
 219     private AffineTransform              _at;
 220     private double                       _max_distance_to_root                              = -1;
 221     private int                          _dynamic_hiding_factor                             = 0;
 222     private boolean                      _edited                                            = false;
 223     private Popup                        _node_desc_popup;
 224     private JTextArea                    _rollover_popup;
 225     private final StringBuffer           _popup_buffer                                      = new StringBuffer();
 226     final private static Font            POPUP_FONT                                         = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(),
 227                                                                                                         Font.PLAIN,
 228                                                                                                         12 );
 229     private Sequence                     _query_sequence                                    = null;
 230     private final FontRenderContext      _frc                                               = new FontRenderContext( null,
 231                                                                                                                      false,
 232                                                                                                                      false );
 233     // expression values menu:
 234     private DescriptiveStatistics        _statistics_for_vector_data;
 235     private PhylogenyNode[]              _nodes_in_preorder                                 = null;
 236     private StringBuilder                _current_external_nodes_data_buffer                = new StringBuilder();
 237     private int                          _current_external_nodes_data_buffer_change_counter = 0;
 238     private Set<Long>                    _current_external_nodes                            = null;
 239     //  private Image                           offscreenImage;
 240     //  private Graphics                        offscreenGraphics;
 241     //  private Dimension                       offscreenDimension;
 242     static {
 243         final DecimalFormatSymbols dfs = new DecimalFormatSymbols();
 244         dfs.setDecimalSeparator( '.' );
 245         FORMATTER_CONFIDENCE = new DecimalFormat( "#.###", dfs );
 246         FORMATTER_BRANCH_LENGTH = new DecimalFormat( "#.###", dfs );
 247     }
 248
 249     TreePanel( final Phylogeny t, final Configuration configuration, final MainPanel tjp ) {
 250         requestFocusInWindow();
 251         addKeyListener( new KeyAdapter() {
 252
 253             @Override
 254             public void keyPressed( final KeyEvent key_event ) {
 255                 keyPressedCalls( key_event );
 256                 requestFocusInWindow();
 257             }
 258         } );
 259         addFocusListener( new FocusAdapter() {
 260
 261             @Override
 262             public void focusGained( final FocusEvent e ) {
 263                 requestFocusInWindow();
 264             }
 265         } );
 266         if ( ( t == null ) || t.isEmpty() ) {
 267             throw new IllegalArgumentException( "attempt to draw phylogeny which is null or empty" );
 268         }
 269         _graphics_type = tjp.getOptions().getPhylogenyGraphicsType();
 270         _main_panel = tjp;
 271         _configuration = configuration;
 272         _phylogeny = t;
 273         _phy_has_branch_lengths = AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( _phylogeny );
 274         init();
 275         // if ( !_phylogeny.isEmpty() ) {
 276         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 277         checkForVectorProperties( _phylogeny );
 278         // }
 279         setBackground( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
 280         final MouseListener mouse_listener = new MouseListener( this );
 281         addMouseListener( mouse_listener );
 282         addMouseMotionListener( mouse_listener );
 283         addMouseWheelListener( this );
 284         calculateScaleDistance();
 285         FORMATTER_CONFIDENCE.setMaximumFractionDigits( configuration.getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() );
 286         FORMATTER_BRANCH_LENGTH.setMaximumFractionDigits( configuration
 287                 .getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() );
 288     }
 289
 290     @Override
 291     final public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
 292         boolean done = false;
 293         final JMenuItem node_popup_menu_item = ( JMenuItem ) e.getSource();
 294         for( int index = 0; ( index < _node_popup_menu_items.length ) && !done; index++ ) {
 295             // NOTE: index corresponds to the indices of click-to options
 296             // in the control panel.
 297             if ( node_popup_menu_item == _node_popup_menu_items[ index ] ) {
 298                 // Set this as the new default click-to action
 299                 _main_panel.getControlPanel().setClickToAction( index );
 300                 final PhylogenyNode node = ( PhylogenyNode ) _node_popup_menu
 301                         .getClientProperty( NODE_POPMENU_NODE_CLIENT_PROPERTY );
 302                 handleClickToAction( _control_panel.getActionWhenNodeClicked(), node );
 303                 done = true;
 304             }
 305         }
 306         repaint();
 307         requestFocusInWindow();
 308     }
 309
 310     public synchronized Hashtable<String, BufferedImage> getImageMap() {
 311         return getMainPanel().getImageMap();
 312     }
 313
 314     final public MainPanel getMainPanel() {
 315         return _main_panel;
 316     }
 317
 318     /**
 319      * Get a pointer to the phylogeny
 320      *
 321      * @return a pointer to the phylogeny
 322      */
 323     public final Phylogeny getPhylogeny() {
 324         return _phylogeny;
 325     }
 326
 327     @Override
 328     final public void mouseWheelMoved( final MouseWheelEvent e ) {
 329         final int notches = e.getWheelRotation();
 330         if ( inOvVirtualRectangle( e ) ) {
 331             if ( !isInOvRect() ) {
 332                 setInOvRect( true );
 333                 repaint();
 334             }
 335         }
 336         else {
 337             if ( isInOvRect() ) {
 338                 setInOvRect( false );
 339                 repaint();
 340             }
 341         }
 342         if ( e.isControlDown() ) {
 343             if ( notches < 0 ) {
 344                 getTreeFontSet().increaseFontSize();
 345                 getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
 346             }
 347             else {
 348                 getTreeFontSet().decreaseFontSize( 1, false );
 349                 getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
 350             }
 351         }
 352         else if ( e.isShiftDown() ) {
 353             if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
 354                     || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 355                 if ( notches < 0 ) {
 356                     for( int i = 0; i < ( -notches ); ++i ) {
 357                         setStartingAngle( ( getStartingAngle() % TWO_PI ) + ANGLE_ROTATION_UNIT );
 358                         getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 359                     }
 360                 }
 361                 else {
 362                     for( int i = 0; i < notches; ++i ) {
 363                         setStartingAngle( ( getStartingAngle() % TWO_PI ) - ANGLE_ROTATION_UNIT );
 364                         if ( getStartingAngle() < 0 ) {
 365                             setStartingAngle( TWO_PI + getStartingAngle() );
 366                         }
 367                         getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 368                     }
 369                 }
 370             }
 371             else {
 372                 if ( notches < 0 ) {
 373                     for( int i = 0; i < ( -notches ); ++i ) {
 374                         getControlPanel().zoomInY( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
 375                         getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 376                     }
 377                 }
 378                 else {
 379                     for( int i = 0; i < notches; ++i ) {
 380                         getControlPanel().zoomOutY( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR );
 381                         getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 382                     }
 383                 }
 384             }
 385         }
 386         else {
 387             if ( notches < 0 ) {
 388                 for( int i = 0; i < ( -notches ); ++i ) {
 389                     getControlPanel().zoomInX( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR,
 390                                                Constants.WHEEL_ZOOM_IN_X_CORRECTION_FACTOR );
 391                     getControlPanel().zoomInY( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
 392                     getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 393                 }
 394             }
 395             else {
 396                 for( int i = 0; i < notches; ++i ) {
 397                     getControlPanel().zoomOutY( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR );
 398                     getControlPanel().zoomOutX( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR,
 399                                                 Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_X_CORRECTION_FACTOR );
 400                     getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 401                 }
 402             }
 403         }
 404         requestFocus();
 405         requestFocusInWindow();
 406         requestFocus();
 407     }
 408
 409     @Override
 410     final public void paintComponent( final Graphics g ) {
 411         // Dimension currentSize = getSize();
 412         //  if ( offscreenImage == null || !currentSize.equals( offscreenDimension ) ) {
 413         // call the 'java.awt.Component.createImage(...)' method to get an
 414         // image
 415         //   offscreenImage = createImage( currentSize.width, currentSize.height );
 416         //  offscreenGraphics = offscreenImage.getGraphics();
 417         //  offscreenDimension = currentSize;
 418         // }
 419         // super.paintComponent( g ); //why?
 420         //final Graphics2D g2d = ( Graphics2D ) offscreenGraphics;
 421         final Graphics2D g2d = ( Graphics2D ) g;
 422         g2d.setRenderingHints( _rendering_hints );
 423         paintPhylogeny( g2d, false, false, 0, 0, 0, 0 );
 424         //g.drawImage( offscreenImage, 0, 0, this );
 425     }
 426
 427     @Override
 428     final public int print( final Graphics g, final PageFormat page_format, final int page_index )
 429             throws PrinterException {
 430         if ( page_index > 0 ) {
 431             return ( NO_SUCH_PAGE );
 432         }
 433         else {
 434             final Graphics2D g2d = ( Graphics2D ) g;
 435             g2d.translate( page_format.getImageableX(), page_format.getImageableY() );
 436             // Turn off double buffering !?
 437             paintPhylogeny( g2d, true, false, 0, 0, 0, 0 );
 438             // Turn double buffering back on !?
 439             return ( PAGE_EXISTS );
 440         }
 441     }
 442
 443     public final void setEdited( final boolean edited ) {
 444         _edited = edited;
 445     }
 446
 447     public synchronized void setImageMap( final Hashtable<String, BufferedImage> image_map ) {
 448         getMainPanel().setImageMap( image_map );
 449     }
 450
 451     /**
 452      * Set a phylogeny tree.
 453      *
 454      * @param t
 455      *            an instance of a Phylogeny
 456      */
 457     public final void setTree( final Phylogeny t ) {
 458         setNodeInPreorderToNull();
 459         _phylogeny = t;
 460     }
 461
 462     public final void setWaitCursor() {
 463         setCursor( WAIT_CURSOR );
 464         repaint();
 465     }
 466
 467     @Override
 468     public void update( final Graphics g ) {
 469         paint( g );
 470     }
 471
 472     final void calcMaxDepth() {
 473         if ( _phylogeny != null ) {
 474             _circ_max_depth = PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( _phylogeny );
 475         }
 476     }
 477
 478     /**
 479      * Set parameters for printing the displayed tree
 480      *
 481      */
 482     final void calcParametersForPainting( final int x, final int y, final boolean recalc_longest_ext_node_info ) {
 483         // updateStyle(); not needed?
 484         if ( ( _phylogeny != null ) && !_phylogeny.isEmpty() ) {
 485             initNodeData();
 486             if ( recalc_longest_ext_node_info ) {
 487                 calculateLongestExtNodeInfo();
 488                 if ( getOptions().isAllowFontSizeChange() ) {
 489                     if ( ( getLongestExtNodeInfo() > ( x * 0.6 ) )
 490                             && ( getTreeFontSet().getLargeFont().getSize() > 2 + TreeFontSet.FONT_SIZE_CHANGE_STEP ) ) {
 491                         while ( ( getLongestExtNodeInfo() > ( x * 0.7 ) )
 492                                 && ( getTreeFontSet().getLargeFont().getSize() > 2 ) ) {
 493                             getMainPanel().getTreeFontSet().decreaseFontSize( getConfiguration().getMinBaseFontSize(),
 494                                                                               true );
 495                             calculateLongestExtNodeInfo();
 496                         }
 497                     }
 498                     else {
 499                         while ( ( getLongestExtNodeInfo() < ( x * 0.6 ) )
 500                                 && ( getTreeFontSet().getLargeFont().getSize() <= getTreeFontSet().getLargeFontMemory()
 501                                         .getSize() - TreeFontSet.FONT_SIZE_CHANGE_STEP ) ) {
 502                             getMainPanel().getTreeFontSet().increaseFontSize();
 503                             calculateLongestExtNodeInfo();
 504                         }
 505                     }
 506                 }
 507             }
 508             int ext_nodes = _phylogeny.getRoot().getNumberOfExternalNodes();
 509             final int max_depth = PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( _phylogeny );
 510             if ( ext_nodes == 1 ) {
 511                 ext_nodes = max_depth;
 512                 if ( ext_nodes < 1 ) {
 513                     ext_nodes = 1;
 514                 }
 515             }
 516             updateOvSizes();
 517             float xdist = 0;
 518             float ov_xdist = 0;
 519             if ( !isNonLinedUpCladogram() && !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
 520                 xdist = ( float ) ( ( x - getLongestExtNodeInfo() - TreePanel.MOVE ) / ( ext_nodes + 3.0 ) );
 521                 ov_xdist = ( float ) ( getOvMaxWidth() / ( ext_nodes + 3.0 ) );
 522             }
 523             else {
 524                 xdist = ( ( x - getLongestExtNodeInfo() - TreePanel.MOVE ) / ( max_depth + 1 ) );
 525                 ov_xdist = ( getOvMaxWidth() / ( max_depth + 1 ) );
 526             }
 527             float ydist = ( float ) ( ( y - TreePanel.MOVE ) / ( ext_nodes * 2.0 ) );
 528             if ( xdist < 0.0 ) {
 529                 xdist = 0.0f;
 530             }
 531             if ( ov_xdist < 0.0 ) {
 532                 ov_xdist = 0.0f;
 533             }
 534             if ( ydist < 0.0 ) {
 535                 ydist = 0.0f;
 536             }
 537             setXdistance( xdist );
 538             setYdistance( ydist );
 539             setOvXDistance( ov_xdist );
 540             final double height = _phylogeny.getHeight();
 541             if ( height > 0 ) {
 542                 final float corr = ( float ) ( ( x - TreePanel.MOVE - getLongestExtNodeInfo() - getXdistance() ) / height );
 543                 setXcorrectionFactor( corr > 0 ? corr : 0 );
 544                 final float ov_corr = ( float ) ( ( getOvMaxWidth() - getOvXDistance() ) / height );
 545                 setOvXcorrectionFactor( ov_corr > 0 ? ov_corr : 0 );
 546             }
 547             else {
 548                 setXcorrectionFactor( 0 );
 549                 setOvXcorrectionFactor( 0 );
 550             }
 551             _circ_max_depth = max_depth;
 552             setUpUrtFactor();
 553             //
 554             if ( getOptions().isAllowFontSizeChange() ) {
 555                 if ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
 556                         && ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 557                     //                int dynamic_hiding_factor = calcDynamicHidingFactor();
 558                     //                if ( dynamic_hiding_factor > 1 ) {
 559                     //                    while ( dynamic_hiding_factor > 1
 560                     //                            && getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() > TreeFontSet.SMALL_FONTS_BASE ) {
 561                     //                        getTreeFontSet().decreaseFontSize( 1, true );
 562                     //                        dynamic_hiding_factor = calcDynamicHidingFactor();
 563                     //                    }
 564                     //                }
 565                     //                else if ( getTreeFontSet().isDecreasedSizeBySystem() ) {
 566                     //                    while ( dynamic_hiding_factor < 1 && getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() < 12 ) {
 567                     //                        getTreeFontSet().increaseFontSize();
 568                     //                        dynamic_hiding_factor = calcDynamicHidingFactor();
 569                     //                    }
 570                     //                }
 571                 }
 572             }
 573             //
 574         }
 575     }
 576
 577     final void calculateLongestExtNodeInfo() {
 578         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
 579             return;
 580         }
 581         int max_length = ForesterUtil.roundToInt( ( getSize().getWidth() - MOVE )
 582                 * Constants.EXT_NODE_INFO_LENGTH_MAX_RATIO );
 583         if ( max_length < 40 ) {
 584             max_length = 40;
 585         }
 586         int longest = 30;
 587         for( final PhylogenyNode node : _phylogeny.getExternalNodes() ) {
 588             int sum = 0;
 589             if ( node.isCollapse() ) {
 590                 continue;
 591             }
 592             if ( getControlPanel().isShowNodeNames() ) {
 593                 sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getName() + " " );
 594             }
 595             if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
 596                 if ( getControlPanel().isShowSequenceAcc()
 597                         && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) ) {
 598                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getAccession()
 599                             .getValue()
 600                             + " " );
 601                 }
 602                 if ( getControlPanel().isShowGeneNames() && ( node.getNodeData().getSequence().getName().length() > 0 ) ) {
 603                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getName() + " " );
 604                 }
 605                 if ( getControlPanel().isShowGeneSymbols()
 606                         && ( node.getNodeData().getSequence().getSymbol().length() > 0 ) ) {
 607                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getSymbol() + " " );
 608                 }
 609                 if ( getControlPanel().isShowAnnotation()
 610                         && ( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() != null )
 611                         && !node.getNodeData().getSequence().getAnnotations().isEmpty() ) {
 612                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 )
 613                             .asSimpleText()
 614                             + " " );
 615                 }
 616                 if ( getControlPanel().isShowDomainArchitectures()
 617                         && ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() != null ) ) {
 618                     sum += ( ( RenderableDomainArchitecture ) node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() )
 619                             .getRenderingSize().getWidth();
 620                 }
 621             }
 622             if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 623                 final Taxonomy tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
 624                 if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode() && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 625                     sum += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( tax.getTaxonomyCode() + " " );
 626                 }
 627                 if ( getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames()
 628                         && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 629                     sum += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( tax.getScientificName() + " " );
 630                 }
 631                 if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCommonNames() && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
 632                     sum += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( tax.getCommonName() + " ()" );
 633                 }
 634             }
 635             if ( getControlPanel().isShowProperties() && node.getNodeData().isHasProperties() ) {
 636                 sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( propertiesToString( node ).toString() );
 637             }
 638             if ( getControlPanel().isShowBinaryCharacters() && node.getNodeData().isHasBinaryCharacters() ) {
 639                 sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getBinaryCharacters()
 640                         .getGainedCharactersAsStringBuffer().toString() );
 641             }
 642             if ( sum >= max_length ) {
 643                 setLongestExtNodeInfo( max_length );
 644                 return;
 645             }
 646             if ( sum > longest ) {
 647                 longest = sum;
 648             }
 649         }
 650         if ( longest >= max_length ) {
 651             setLongestExtNodeInfo( max_length );
 652         }
 653         else {
 654             setLongestExtNodeInfo( longest );
 655         }
 656     }
 657
 658     final void calculateScaleDistance() {
 659         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
 660             return;
 661         }
 662         final double height = getMaxDistanceToRoot();
 663         if ( height > 0 ) {
 664             if ( ( height <= 0.5 ) ) {
 665                 setScaleDistance( 0.01 );
 666             }
 667             else if ( height <= 5.0 ) {
 668                 setScaleDistance( 0.1 );
 669             }
 670             else if ( height <= 50.0 ) {
 671                 setScaleDistance( 1 );
 672             }
 673             else if ( height <= 500.0 ) {
 674                 setScaleDistance( 10 );
 675             }
 676             else {
 677                 setScaleDistance( 100 );
 678             }
 679         }
 680         else {
 681             setScaleDistance( 0.0 );
 682         }
 683         String scale_label = String.valueOf( getScaleDistance() );
 684         if ( !ForesterUtil.isEmpty( _phylogeny.getDistanceUnit() ) ) {
 685             scale_label += " [" + _phylogeny.getDistanceUnit() + "]";
 686         }
 687         setScaleLabel( scale_label );
 688     }
 689
 690     final Color calculateTaxonomyBasedColor( final Taxonomy tax ) {
 691         String species = tax.getTaxonomyCode();
 692         if ( ForesterUtil.isEmpty( species ) ) {
 693             species = tax.getScientificName();
 694             if ( ForesterUtil.isEmpty( species ) ) {
 695                 species = tax.getCommonName();
 696             }
 697         }
 698         if ( ForesterUtil.isEmpty( species ) ) {
 699             return getTreeColorSet().getTaxonomyColor();
 700         }
 701         // Look in species hash
 702         Color c = getControlPanel().getSpeciesColors().get( species );
 703         if ( c == null ) {
 704             c = AptxUtil.calculateColorFromString( species );
 705             getControlPanel().getSpeciesColors().put( species, c );
 706         }
 707         return c;
 708     }
 709
 710     void checkForVectorProperties( final Phylogeny phy ) {
 711         final DescriptiveStatistics stats = new BasicDescriptiveStatistics();
 712         for( final PhylogenyNodeIterator iter = phy.iteratorPreorder(); iter.hasNext(); ) {
 713             final PhylogenyNode node = iter.next();
 714             if ( node.getNodeData().getProperties() != null ) {
 715                 final PropertiesMap pm = node.getNodeData().getProperties();
 716                 final double[] vector = new double[ pm.getProperties().size() ];
 717                 int counter = 0;
 718                 for( final String ref : pm.getProperties().keySet() ) {
 719                     if ( ref.startsWith( PhyloXmlUtil.VECTOR_PROPERTY_REF ) ) {
 720                         final Property p = pm.getProperty( ref );
 721                         final String value_str = p.getValue();
 722                         final String index_str = ref
 723                                 .substring( PhyloXmlUtil.VECTOR_PROPERTY_REF.length(), ref.length() );
 724                         double d = -100;
 725                         try {
 726                             d = Double.parseDouble( value_str );
 727                         }
 728                         catch ( final NumberFormatException e ) {
 729                             JOptionPane.showMessageDialog( this, "Could not parse \"" + value_str
 730                                     + "\" into a decimal value", "Problem with Vector Data", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 731                             return;
 732                         }
 733                         int i = -1;
 734                         try {
 735                             i = Integer.parseInt( index_str );
 736                         }
 737                         catch ( final NumberFormatException e ) {
 738                             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 739                                                            "Could not parse \"" + index_str
 740                                                                    + "\" into index for vector data",
 741                                                            "Problem with Vector Data",
 742                                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 743                             return;
 744                         }
 745                         if ( i < 0 ) {
 746                             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 747                                                            "Attempt to use negative index for vector data",
 748                                                            "Problem with Vector Data",
 749                                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 750                             return;
 751                         }
 752                         vector[ i ] = d;
 753                         ++counter;
 754                         stats.addValue( d );
 755                     }
 756                 }
 757                 final List<Double> vector_l = new ArrayList<Double>( counter );
 758                 for( int i = 0; i < counter; ++i ) {
 759                     vector_l.add( vector[ i ] );
 760                 }
 761                 node.getNodeData().setVector( vector_l );
 762             }
 763         }
 764         if ( stats.getN() > 0 ) {
 765             _statistics_for_vector_data = stats;
 766         }
 767     }
 768
 769     void clearCurrentExternalNodesDataBuffer() {
 770         setCurrentExternalNodesDataBuffer( new StringBuilder() );
 771     }
 772
 773     /**
 774      * Collapse the tree from the given node
 775      *
 776      * @param node
 777      *            a PhylogenyNode
 778      */
 779     final void collapse( final PhylogenyNode node ) {
 780         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
 781             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 782                                            "Cannot collapse in unrooted display type",
 783                                            "Attempt to collapse in unrooted display",
 784                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 785             return;
 786         }
 787         if ( !node.isExternal() && !node.isRoot() ) {
 788             final boolean collapse = !node.isCollapse();
 789             AptxUtil.collapseSubtree( node, collapse );
 790             updateSetOfCollapsedExternalNodes();
 791             _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 792             resetNodeIdToDistToLeafMap();
 793             calculateLongestExtNodeInfo();
 794             setNodeInPreorderToNull();
 795             _control_panel.displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
 796             resetPreferredSize();
 797             updateOvSizes();
 798             _main_panel.adjustJScrollPane();
 799             repaint();
 800         }
 801     }
 802
 803     final void collapseSpeciesSpecificSubtrees() {
 804         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
 805             return;
 806         }
 807         setWaitCursor();
 808         AptxUtil.collapseSpeciesSpecificSubtrees( _phylogeny );
 809         updateSetOfCollapsedExternalNodes();
 810         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 811         resetNodeIdToDistToLeafMap();
 812         calculateLongestExtNodeInfo();
 813         setNodeInPreorderToNull();
 814         resetPreferredSize();
 815         _main_panel.adjustJScrollPane();
 816         setArrowCursor();
 817         repaint();
 818     }
 819
 820     final void colorRank( final String rank ) {
 821         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
 822             return;
 823         }
 824         setWaitCursor();
 825         AptxUtil.removeBranchColors( _phylogeny );
 826         final int colorizations = AptxUtil.colorPhylogenyAccordingToRanks( _phylogeny, rank, this );
 827         if ( colorizations > 0 ) {
 828             _control_panel.setColorBranches( true );
 829             if ( _control_panel.getColorBranchesCb() != null ) {
 830                 _control_panel.getColorBranchesCb().setSelected( true );
 831             }
 832             if ( _control_panel.getColorAccSpeciesCb() != null ) {
 833                 _control_panel.getColorAccSpeciesCb().setSelected( false );
 834             }
 835             _options.setColorLabelsSameAsParentBranch( true );
 836             _control_panel.repaint();
 837         }
 838         setArrowCursor();
 839         repaint();
 840         if ( colorizations > 0 ) {
 841             String msg = "Taxonomy colorization via " + rank + " completed:\n";
 842             if ( colorizations > 1 ) {
 843                 msg += "colorized " + colorizations + " subtrees";
 844             }
 845             else {
 846                 msg += "colorized one subtree";
 847             }
 848             setEdited( true );
 849             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 850                                            msg,
 851                                            "Taxonomy Colorization Completed (" + rank + ")",
 852                                            JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE );
 853         }
 854         else {
 855             String msg = "Could not taxonomy colorize any subtree via " + rank + ".\n";
 856             msg += "Possible solutions (given that suitable taxonomic information is present):\n";
 857             msg += "select a different rank (e.g. phylum, genus, ...)\n";
 858             msg += "  and/or\n";
 859             msg += "execute:\n";
 860             msg += "1. \"" + MainFrameApplication.OBTAIN_DETAILED_TAXONOMIC_INFORMATION + "\" (Tools)\n";
 861             msg += "2. \"" + MainFrameApplication.INFER_ANCESTOR_TAXONOMIES + "\" (Analysis)";
 862             JOptionPane.showMessageDialog( this, msg, "Taxonomy Colorization Failed", JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 863         }
 864     }
 865
 866     final void confColor() {
 867         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
 868             return;
 869         }
 870         setWaitCursor();
 871         AptxUtil.removeBranchColors( _phylogeny );
 872         AptxUtil.colorPhylogenyAccordingToConfidenceValues( _phylogeny, this );
 873         _control_panel.setColorBranches( true );
 874         if ( _control_panel.getColorBranchesCb() != null ) {
 875             _control_panel.getColorBranchesCb().setSelected( true );
 876         }
 877         setArrowCursor();
 878         repaint();
 879     }
 880
 881     final void decreaseDomainStructureEvalueThreshold() {
 882         if ( _domain_structure_e_value_thr_exp > -20 ) {
 883             _domain_structure_e_value_thr_exp -= 1;
 884         }
 885     }
 886
 887     /**
 888      * Find the node, if any, at the given location
 889      *
 890      * @param x
 891      * @param y
 892      * @return pointer to the node at x,y, null if not found
 893      */
 894     final PhylogenyNode findNode( final int x, final int y ) {
 895         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
 896             return null;
 897         }
 898         final int half_box_size_plus_wiggle = ( getOptions().getDefaultNodeShapeSize() / 2 ) + WIGGLE;
 899         for( final PhylogenyNodeIterator iter = _phylogeny.iteratorPostorder(); iter.hasNext(); ) {
 900             final PhylogenyNode node = iter.next();
 901             if ( ( _phylogeny.isRooted() || !node.isRoot() || ( node.getNumberOfDescendants() > 2 ) )
 902                     && ( ( node.getXcoord() - half_box_size_plus_wiggle ) <= x )
 903                     && ( ( node.getXcoord() + half_box_size_plus_wiggle ) >= x )
 904                     && ( ( node.getYcoord() - half_box_size_plus_wiggle ) <= y )
 905                     && ( ( node.getYcoord() + half_box_size_plus_wiggle ) >= y ) ) {
 906                 return node;
 907             }
 908         }
 909         return null;
 910     }
 911
 912     final Configuration getConfiguration() {
 913         return _configuration;
 914     }
 915
 916     final ControlPanel getControlPanel() {
 917         return _control_panel;
 918     }
 919
 920     String getCurrentExternalNodesDataBufferAsString() {
 921         return _current_external_nodes_data_buffer.toString();
 922     }
 923
 924     int getCurrentExternalNodesDataBufferChangeCounter() {
 925         return _current_external_nodes_data_buffer_change_counter;
 926     }
 927
 928     final int getDomainStructureEvalueThreshold() {
 929         return _domain_structure_e_value_thr_exp;
 930     }
 931
 932     final Set<Long> getFoundNodes() {
 933         return _found_nodes;
 934     }
 935
 936     final Color getGraphicsForNodeBoxWithColorForParentBranch( final PhylogenyNode node ) {
 937         if ( getControlPanel().isColorBranches() && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
 938             return ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) );
 939         }
 940         else {
 941             return ( getTreeColorSet().getBranchColor() );
 942         }
 943     }
 944
 945     final int getLongestExtNodeInfo() {
 946         return _longest_ext_node_info;
 947     }
 948
 949     final Options getOptions() {
 950         if ( _options == null ) {
 951             _options = getControlPanel().getOptions();
 952         }
 953         return _options;
 954     }
 955
 956     final Rectangle2D getOvRectangle() {
 957         return _ov_rectangle;
 958     }
 959
 960     final Rectangle getOvVirtualRectangle() {
 961         return _ov_virtual_rectangle;
 962     }
 963
 964     final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 965         return _graphics_type;
 966     }
 967
 968     final double getStartingAngle() {
 969         return _urt_starting_angle;
 970     }
 971
 972     DescriptiveStatistics getStatisticsForExpressionValues() {
 973         return _statistics_for_vector_data;
 974     }
 975
 976     /**
 977      * Find a color for this species name.
 978      *
 979      * @param species
 980      * @return the species color
 981      */
 982     final Color getTaxonomyBasedColor( final PhylogenyNode node ) {
 983         if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 984             return calculateTaxonomyBasedColor( node.getNodeData().getTaxonomy() );
 985         }
 986         // return non-colorized color
 987         return getTreeColorSet().getTaxonomyColor();
 988     }
 989
 990     /**
 991      * @return pointer to colorset for tree drawing
 992      */
 993     final TreeColorSet getTreeColorSet() {
 994         return getMainPanel().getTreeColorSet();
 995     }
 996
 997     final File getTreeFile() {
 998         return _treefile;
 999     }
1000
1001     final float getXcorrectionFactor() {
1002         return _x_correction_factor;
1003     }
1004
1005     final float getXdistance() {
1006         return _x_distance;
1007     }
1008
1009     final float getYdistance() {
1010         return _y_distance;
1011     }
1012
1013     final void increaseDomainStructureEvalueThreshold() {
1014         if ( _domain_structure_e_value_thr_exp < 3 ) {
1015             _domain_structure_e_value_thr_exp += 1;
1016         }
1017     }
1018
1019     final void initNodeData() {
1020         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
1021             return;
1022         }
1023         double max_original_domain_structure_width = 0.0;
1024         for( final PhylogenyNode node : _phylogeny.getExternalNodes() ) {
1025             if ( node.getNodeData().isHasSequence()
1026                     && ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() != null ) ) {
1027                 RenderableDomainArchitecture rds = null;
1028                 if ( !( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() instanceof RenderableDomainArchitecture ) ) {
1029                     rds = new RenderableDomainArchitecture( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture(),
1030                                                             getConfiguration() );
1031                     node.getNodeData().getSequence().setDomainArchitecture( rds );
1032                 }
1033                 else {
1034                     rds = ( RenderableDomainArchitecture ) node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture();
1035                 }
1036                 if ( getControlPanel().isShowDomainArchitectures() ) {
1037                     final double dsw = rds.getOriginalSize().getWidth();
1038                     if ( dsw > max_original_domain_structure_width ) {
1039                         max_original_domain_structure_width = dsw;
1040                     }
1041                 }
1042             }
1043         }
1044         if ( getControlPanel().isShowDomainArchitectures() ) {
1045             final double ds_factor_width = _domain_structure_width / max_original_domain_structure_width;
1046             for( final PhylogenyNode node : _phylogeny.getExternalNodes() ) {
1047                 if ( node.getNodeData().isHasSequence()
1048                         && ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() != null ) ) {
1049                     final RenderableDomainArchitecture rds = ( RenderableDomainArchitecture ) node.getNodeData()
1050                             .getSequence().getDomainArchitecture();
1051                     rds.setRenderingFactorWidth( ds_factor_width );
1052                     rds.setParameter( _domain_structure_e_value_thr_exp );
1053                 }
1054             }
1055         }
1056     }
1057
1058     final boolean inOv( final MouseEvent e ) {
1059         return ( ( e.getX() > ( getVisibleRect().x + getOvXPosition() + 1 ) )
1060                 && ( e.getX() < ( ( getVisibleRect().x + getOvXPosition() + getOvMaxWidth() ) - 1 ) )
1061                 && ( e.getY() > ( getVisibleRect().y + getOvYPosition() + 1 ) ) && ( e.getY() < ( ( getVisibleRect().y
1062                 + getOvYPosition() + getOvMaxHeight() ) - 1 ) ) );
1063     }
1064
1065     final boolean inOvRectangle( final MouseEvent e ) {
1066         return ( ( e.getX() >= ( getOvRectangle().getX() - 1 ) )
1067                 && ( e.getX() <= ( getOvRectangle().getX() + getOvRectangle().getWidth() + 1 ) )
1068                 && ( e.getY() >= ( getOvRectangle().getY() - 1 ) ) && ( e.getY() <= ( getOvRectangle().getY()
1069                 + getOvRectangle().getHeight() + 1 ) ) );
1070     }
1071
1072     final boolean isApplet() {
1073         return getMainPanel() instanceof MainPanelApplets;
1074     }
1075
1076     final boolean isCanCollapse() {
1077         return ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1078     }
1079
1080     final boolean isCanColorSubtree() {
1081         return ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1082     }
1083
1084     final boolean isCanCopy() {
1085         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && getOptions().isEditable() );
1086     }
1087
1088     final boolean isCanCut( final PhylogenyNode node ) {
1089         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && getOptions().isEditable() && !node
1090                 .isRoot() );
1091     }
1092
1093     final boolean isCanDelete() {
1094         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && getOptions().isEditable() );
1095     }
1096
1097     final boolean isCanPaste() {
1098         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && getOptions().isEditable()
1099                 && ( getCutOrCopiedTree() != null ) && !getCutOrCopiedTree().isEmpty() );
1100     }
1101
1102     final boolean isCanReroot() {
1103         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( _subtree_index < 1 ) );
1104     }
1105
1106     final boolean isCanSubtree( final PhylogenyNode node ) {
1107         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && !node.isExternal() && ( !node
1108                 .isRoot() || ( _subtree_index > 0 ) ) );
1109     }
1110
1111     final boolean isCurrentTreeIsSubtree() {
1112         return ( _subtree_index > 0 );
1113     }
1114
1115     final boolean isEdited() {
1116         return _edited;
1117     }
1118
1119     final boolean isInOvRect() {
1120         return _in_ov_rect;
1121     }
1122
1123     final boolean isOvOn() {
1124         return _ov_on;
1125     }
1126
1127     final boolean isPhyHasBranchLengths() {
1128         return _phy_has_branch_lengths;
1129     }
1130
1131     final void midpointRoot() {
1132         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
1133             return;
1134         }
1135         if ( !_phylogeny.isRerootable() ) {
1136             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1137                                            "This is not rerootable",
1138                                            "Not rerootable",
1139                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1140             return;
1141         }
1142         setNodeInPreorderToNull();
1143         setWaitCursor();
1144         PhylogenyMethods.midpointRoot( _phylogeny );
1145         resetNodeIdToDistToLeafMap();
1146         setArrowCursor();
1147         setEdited( true );
1148         repaint();
1149     }
1150
1151     final void mouseClicked( final MouseEvent e ) {
1152         if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && isInOv() ) {
1153             final double w_ratio = getVisibleRect().width / getOvRectangle().getWidth();
1154             final double h_ratio = getVisibleRect().height / getOvRectangle().getHeight();
1155             double x = ( e.getX() - getVisibleRect().x - getOvXPosition() - ( getOvRectangle().getWidth() / 2.0 ) )
1156                     * w_ratio;
1157             double y = ( e.getY() - getVisibleRect().y - getOvYPosition() - ( getOvRectangle().getHeight() / 2.0 ) )
1158                     * h_ratio;
1159             if ( x < 0 ) {
1160                 x = 0;
1161             }
1162             if ( y < 0 ) {
1163                 y = 0;
1164             }
1165             final double max_x = getWidth() - getVisibleRect().width;
1166             final double max_y = getHeight() - getVisibleRect().height;
1167             if ( x > max_x ) {
1168                 x = max_x;
1169             }
1170             if ( y > max_y ) {
1171                 y = max_y;
1172             }
1173             getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport()
1174                     .setViewPosition( new Point( ForesterUtil.roundToInt( x ), ForesterUtil.roundToInt( y ) ) );
1175             setInOvRect( true );
1176             repaint();
1177         }
1178         else {
1179             final PhylogenyNode node = findNode( e.getX(), e.getY() );
1180             if ( node != null ) {
1181                 if ( !node.isRoot() && node.getParent().isCollapse() ) {
1182                     return;
1183                 }
1184                 _highlight_node = node;
1185                 // Check if shift key is down
1186                 if ( ( e.getModifiers() & InputEvent.SHIFT_MASK ) != 0 ) {
1187                     // Yes, so add to _found_nodes
1188                     if ( getFoundNodes() == null ) {
1189                         setFoundNodes( new HashSet<Long>() );
1190                     }
1191                     getFoundNodes().add( node.getId() );
1192                     // Check if control key is down
1193                 }
1194                 else if ( ( e.getModifiers() & InputEvent.CTRL_MASK ) != 0 ) {
1195                     // Yes, so pop-up menu
1196                     displayNodePopupMenu( node, e.getX(), e.getY() );
1197                     // Handle unadorned click
1198                 }
1199                 else {
1200                     // Check for right mouse button
1201                     if ( e.getModifiers() == 4 ) {
1202                         displayNodePopupMenu( node, e.getX(), e.getY() );
1203                     }
1204                     else {
1205                         // if not in _found_nodes, clear _found_nodes
1206                         handleClickToAction( _control_panel.getActionWhenNodeClicked(), node );
1207                     }
1208                 }
1209             }
1210             else {
1211                 // no node was clicked
1212                 _highlight_node = null;
1213             }
1214         }
1215         repaint();
1216     }
1217
1218     final void mouseDragInBrowserPanel( final MouseEvent e ) {
1219         setCursor( MOVE_CURSOR );
1220         final Point scroll_position = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getViewPosition();
1221         scroll_position.x -= ( e.getX() - getLastDragPointX() );
1222         scroll_position.y -= ( e.getY() - getLastDragPointY() );
1223         if ( scroll_position.x < 0 ) {
1224             scroll_position.x = 0;
1225         }
1226         else {
1227             final int max_x = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getMaximum()
1228                     - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getVisibleAmount();
1229             if ( scroll_position.x > max_x ) {
1230                 scroll_position.x = max_x;
1231             }
1232         }
1233         if ( scroll_position.y < 0 ) {
1234             scroll_position.y = 0;
1235         }
1236         else {
1237             final int max_y = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getMaximum()
1238                     - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getVisibleAmount();
1239             if ( scroll_position.y > max_y ) {
1240                 scroll_position.y = max_y;
1241             }
1242         }
1243         if ( isOvOn() || getOptions().isShowScale() ) {
1244             repaint();
1245         }
1246         getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().setViewPosition( scroll_position );
1247     }
1248
1249     final void mouseDragInOvRectangle( final MouseEvent e ) {
1250         setCursor( HAND_CURSOR );
1251         final double w_ratio = getVisibleRect().width / getOvRectangle().getWidth();
1252         final double h_ratio = getVisibleRect().height / getOvRectangle().getHeight();
1253         final Point scroll_position = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getViewPosition();
1254         double dx = ( ( w_ratio * e.getX() ) - ( w_ratio * getLastDragPointX() ) );
1255         double dy = ( ( h_ratio * e.getY() ) - ( h_ratio * getLastDragPointY() ) );
1256         scroll_position.x = ForesterUtil.roundToInt( scroll_position.x + dx );
1257         scroll_position.y = ForesterUtil.roundToInt( scroll_position.y + dy );
1258         if ( scroll_position.x <= 0 ) {
1259             scroll_position.x = 0;
1260             dx = 0;
1261         }
1262         else {
1263             final int max_x = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getMaximum()
1264                     - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getVisibleAmount();
1265             if ( scroll_position.x >= max_x ) {
1266                 dx = 0;
1267                 scroll_position.x = max_x;
1268             }
1269         }
1270         if ( scroll_position.y <= 0 ) {
1271             dy = 0;
1272             scroll_position.y = 0;
1273         }
1274         else {
1275             final int max_y = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getMaximum()
1276                     - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getVisibleAmount();
1277             if ( scroll_position.y >= max_y ) {
1278                 dy = 0;
1279                 scroll_position.y = max_y;
1280             }
1281         }
1282         repaint();
1283         getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().setViewPosition( scroll_position );
1284         setLastMouseDragPointX( ( float ) ( e.getX() + dx ) );
1285         setLastMouseDragPointY( ( float ) ( e.getY() + dy ) );
1286     }
1287
1288     final void mouseMoved( final MouseEvent e ) {
1289         requestFocusInWindow();
1290         if ( _current_external_nodes != null ) {
1291             _current_external_nodes = null;
1292             repaint();
1293         }
1294         if ( getControlPanel().isNodeDescPopup() ) {
1295             if ( _node_desc_popup != null ) {
1296                 _node_desc_popup.hide();
1297                 _node_desc_popup = null;
1298             }
1299         }
1300         if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() ) {
1301             if ( inOvVirtualRectangle( e ) ) {
1302                 if ( !isInOvRect() ) {
1303                     setInOvRect( true );
1304                     repaint();
1305                 }
1306             }
1307             else {
1308                 if ( isInOvRect() ) {
1309                     setInOvRect( false );
1310                     repaint();
1311                 }
1312             }
1313         }
1314         if ( inOv( e ) && getOptions().isShowOverview() && isOvOn() ) {
1315             if ( !isInOv() ) {
1316                 setInOv( true );
1317             }
1318         }
1319         else {
1320             if ( isInOv() ) {
1321                 setInOv( false );
1322             }
1323             final PhylogenyNode node = findNode( e.getX(), e.getY() );
1324             if ( ( node != null ) && ( node.isRoot() || !node.getParent().isCollapse() ) ) {
1325                 if ( ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.GET_EXT_DESC_DATA ) ) {
1326                     for( final PhylogenyNode n : node.getAllExternalDescendants() ) {
1327                         addToCurrentExternalNodes( n.getId() );
1328                     }
1329                     setCursor( HAND_CURSOR );
1330                     repaint();
1331                 }
1332                 else if ( ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.CUT_SUBTREE )
1333                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.COPY_SUBTREE )
1334                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.PASTE_SUBTREE )
1335                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.DELETE_NODE_OR_SUBTREE )
1336                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.REROOT )
1337                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.ADD_NEW_NODE ) ) {
1338                     setCursor( CUT_CURSOR );
1339                 }
1340                 else {
1341                     setCursor( HAND_CURSOR );
1342                     if ( getControlPanel().isNodeDescPopup() ) {
1343                         showNodeDataPopup( e, node );
1344                     }
1345                 }
1346             }
1347             else {
1348                 setCursor( ARROW_CURSOR );
1349             }
1350         }
1351     }
1352
1353     final void mouseReleasedInBrowserPanel( final MouseEvent e ) {
1354         setCursor( ARROW_CURSOR );
1355     }
1356
1357     final void multiplyUrtFactor( final float f ) {
1358         _urt_factor *= f;
1359     }
1360
1361     final JApplet obtainApplet() {
1362         return ( ( MainPanelApplets ) getMainPanel() ).getApplet();
1363     }
1364
1365     final void paintBranchCircular( final PhylogenyNode p,
1366                                     final PhylogenyNode c,
1367                                     final Graphics2D g,
1368                                     final boolean radial_labels,
1369                                     final boolean to_pdf,
1370                                     final boolean to_graphics_file ) {
1371         final double angle = _urt_nodeid_angle_map.get( c.getId() );
1372         final double root_x = _root.getXcoord();
1373         final double root_y = _root.getYcoord();
1374         final double dx = root_x - p.getXcoord();
1375         final double dy = root_y - p.getYcoord();
1376         final double parent_radius = Math.sqrt( ( dx * dx ) + ( dy * dy ) );
1377         final double arc = ( _urt_nodeid_angle_map.get( p.getId() ) ) - angle;
1378         assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( c, false, g, to_pdf, to_graphics_file );
1379         if ( ( c.isFirstChildNode() || c.isLastChildNode() )
1380                 && ( ( Math.abs( parent_radius * arc ) > 1.5 ) || to_pdf || to_graphics_file ) ) {
1381             final double r2 = 2.0 * parent_radius;
1382             drawArc( root_x - parent_radius, root_y - parent_radius, r2, r2, ( -angle - arc ), arc, g );
1383         }
1384         drawLine( c.getXcoord(),
1385                   c.getYcoord(),
1386                   root_x + ( Math.cos( angle ) * parent_radius ),
1387                   root_y + ( Math.sin( angle ) * parent_radius ),
1388                   g );
1389         paintNodeBox( c.getXcoord(), c.getYcoord(), c, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( c )
1390                 || isInCurrentExternalNodes( c ) );
1391         if ( c.isExternal() ) {
1392             final boolean is_in_found_nodes = isInFoundNodes( c ) || isInCurrentExternalNodes( c );
1393             if ( ( _dynamic_hiding_factor > 1 ) && !is_in_found_nodes
1394                     && ( ( _urt_nodeid_index_map.get( c.getId() ) % _dynamic_hiding_factor ) != 1 ) ) {
1395                 return;
1396             }
1397             paintNodeDataUnrootedCirc( g, c, to_pdf, to_graphics_file, radial_labels, 0, is_in_found_nodes );
1398         }
1399     }
1400
1401     final void paintBranchCircularLite( final PhylogenyNode p, final PhylogenyNode c, final Graphics2D g ) {
1402         final double angle = _urt_nodeid_angle_map.get( c.getId() );
1403         final double root_x = _root.getXSecondary();
1404         final double root_y = _root.getYSecondary();
1405         final double dx = root_x - p.getXSecondary();
1406         final double dy = root_y - p.getYSecondary();
1407         final double arc = ( _urt_nodeid_angle_map.get( p.getId() ) ) - angle;
1408         final double parent_radius = Math.sqrt( ( dx * dx ) + ( dy * dy ) );
1409         g.setColor( getTreeColorSet().getOvColor() );
1410         if ( ( c.isFirstChildNode() || c.isLastChildNode() ) && ( Math.abs( arc ) > 0.02 ) ) {
1411             final double r2 = 2.0 * parent_radius;
1412             drawArc( root_x - parent_radius, root_y - parent_radius, r2, r2, ( -angle - arc ), arc, g );
1413         }
1414         drawLine( c.getXSecondary(),
1415                   c.getYSecondary(),
1416                   root_x + ( Math.cos( angle ) * parent_radius ),
1417                   root_y + ( Math.sin( angle ) * parent_radius ),
1418                   g );
1419         if ( isInFoundNodes( c ) || isInCurrentExternalNodes( c ) ) {
1420             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
1421             drawRectFilled( c.getXSecondary() - 1, c.getYSecondary() - 1, 3, 3, g );
1422         }
1423     }
1424
1425     final void paintCircular( final Phylogeny phy,
1426                               final double starting_angle,
1427                               final int center_x,
1428                               final int center_y,
1429                               final int radius,
1430                               final Graphics2D g,
1431                               final boolean to_pdf,
1432                               final boolean to_graphics_file ) {
1433         final int circ_num_ext_nodes = phy.getNumberOfExternalNodes() - _collapsed_external_nodeid_set.size();
1434         System.out.println( "# collapsed external = " + _collapsed_external_nodeid_set.size() );
1435         _root = phy.getRoot();
1436         _root.setXcoord( center_x );
1437         _root.setYcoord( center_y );
1438         final boolean radial_labels = getOptions().getNodeLabelDirection() == NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL;
1439         double current_angle = starting_angle;
1440         int i = 0;
1441         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorExternalForward(); it.hasNext(); ) {
1442             final PhylogenyNode n = it.next();
1443             if ( !n.isCollapse() ) {
1444                 n.setXcoord( ( float ) ( center_x + ( radius * Math.cos( current_angle ) ) ) );
1445                 n.setYcoord( ( float ) ( center_y + ( radius * Math.sin( current_angle ) ) ) );
1446                 _urt_nodeid_angle_map.put( n.getId(), current_angle );
1447                 _urt_nodeid_index_map.put( n.getId(), i++ );
1448                 current_angle += ( TWO_PI / circ_num_ext_nodes );
1449             }
1450             else {
1451                 //TODO remove me
1452                 System.out.println( "is collapse" + n.getName() );
1453             }
1454         }
1455         paintCirculars( phy.getRoot(), phy, center_x, center_y, radius, radial_labels, g, to_pdf, to_graphics_file );
1456         paintNodeBox( _root.getXcoord(), _root.getYcoord(), _root, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( _root ) );
1457     }
1458
1459     final void paintCircularLite( final Phylogeny phy,
1460                                   final double starting_angle,
1461                                   final int center_x,
1462                                   final int center_y,
1463                                   final int radius,
1464                                   final Graphics2D g ) {
1465         final int circ_num_ext_nodes = phy.getNumberOfExternalNodes();
1466         _root = phy.getRoot();
1467         _root.setXSecondary( center_x );
1468         _root.setYSecondary( center_y );
1469         double current_angle = starting_angle;
1470         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorExternalForward(); it.hasNext(); ) {
1471             final PhylogenyNode n = it.next();
1472             n.setXSecondary( ( float ) ( center_x + ( radius * Math.cos( current_angle ) ) ) );
1473             n.setYSecondary( ( float ) ( center_y + ( radius * Math.sin( current_angle ) ) ) );
1474             _urt_nodeid_angle_map.put( n.getId(), current_angle );
1475             current_angle += ( TWO_PI / circ_num_ext_nodes );
1476         }
1477         paintCircularsLite( phy.getRoot(), phy, center_x, center_y, radius, g );
1478     }
1479
1480     final void paintPhylogeny( final Graphics2D g,
1481                                final boolean to_pdf,
1482                                final boolean to_graphics_file,
1483                                final int graphics_file_width,
1484                                final int graphics_file_height,
1485                                final int graphics_file_x,
1486                                final int graphics_file_y ) {
1487         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
1488             return;
1489         }
1490         if ( _control_panel.isShowSequenceRelations() ) {
1491             _query_sequence = _control_panel.getSelectedQuerySequence();
1492         }
1493         // Color the background
1494         if ( !to_pdf ) {
1495             final Rectangle r = getVisibleRect();
1496             if ( !getOptions().isBackgroundColorGradient() || getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
1497                 g.setColor( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
1498                 if ( !to_graphics_file ) {
1499                     g.fill( r );
1500                 }
1501                 else {
1502                     if ( getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
1503                         g.setColor( Color.WHITE );
1504                     }
1505                     g.fillRect( graphics_file_x, graphics_file_y, graphics_file_width, graphics_file_height );
1506                 }
1507             }
1508             else {
1509                 if ( !to_graphics_file ) {
1510                     g.setPaint( new GradientPaint( r.x, r.y, getTreeColorSet().getBackgroundColor(), r.x, r.y
1511                             + r.height, getTreeColorSet().getBackgroundColorGradientBottom() ) );
1512                     g.fill( r );
1513                 }
1514                 else {
1515                     g.setPaint( new GradientPaint( graphics_file_x,
1516                                                    graphics_file_y,
1517                                                    getTreeColorSet().getBackgroundColor(),
1518                                                    graphics_file_x,
1519                                                    graphics_file_y + graphics_file_height,
1520                                                    getTreeColorSet().getBackgroundColorGradientBottom() ) );
1521                     g.fillRect( graphics_file_x, graphics_file_y, graphics_file_width, graphics_file_height );
1522                 }
1523             }
1524             g.setStroke( new BasicStroke( 1 ) );
1525         }
1526         else {
1527             g.setStroke( new BasicStroke( getOptions().getPrintLineWidth() ) );
1528         }
1529         if ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
1530                 && ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
1531             _external_node_index = 0;
1532             // Position starting X of tree
1533             if ( !_phylogeny.isRooted() /*|| ( _subtree_index > 0 )*/) {
1534                 _phylogeny.getRoot().setXcoord( TreePanel.MOVE );
1535             }
1536             else if ( ( _phylogeny.getRoot().getDistanceToParent() > 0.0 ) && getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
1537                 _phylogeny.getRoot().setXcoord( ( float ) ( TreePanel.MOVE + ( _phylogeny.getRoot()
1538                         .getDistanceToParent() * getXcorrectionFactor() ) ) );
1539             }
1540             else {
1541                 _phylogeny.getRoot().setXcoord( TreePanel.MOVE + getXdistance() );
1542             }
1543             // Position starting Y of tree
1544             _phylogeny.getRoot().setYcoord( ( getYdistance() * _phylogeny.getRoot().getNumberOfExternalNodes() )
1545                     + ( TreePanel.MOVE / 2.0f ) );
1546             final int dynamic_hiding_factor = calcDynamicHidingFactor();
1547             if ( getControlPanel().isDynamicallyHideData() ) {
1548                 if ( dynamic_hiding_factor > 1 ) {
1549                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( true );
1550                 }
1551                 else {
1552                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( false );
1553                 }
1554             }
1555             if ( _nodes_in_preorder == null ) {
1556                 _nodes_in_preorder = new PhylogenyNode[ _phylogeny.getNodeCount() ];
1557                 int i = 0;
1558                 for( final PhylogenyNodeIterator it = _phylogeny.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
1559                     _nodes_in_preorder[ i++ ] = it.next();
1560                 }
1561             }
1562             //final PhylogenyNodeIterator it;
1563             //for( it = _phylogeny.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
1564             //    paintNodeRectangular( g, it.next(), to_pdf, getControlPanel().isDynamicallyHideData()
1565             //            && ( dynamic_hiding_factor > 1 ), dynamic_hiding_factor, to_graphics_file );
1566             //}
1567             for( final PhylogenyNode element : _nodes_in_preorder ) {
1568                 paintNodeRectangular( g, element, to_pdf, getControlPanel().isDynamicallyHideData()
1569                         && ( dynamic_hiding_factor > 1 ), dynamic_hiding_factor, to_graphics_file );
1570             }
1571             if ( getOptions().isShowScale() && getControlPanel().isDrawPhylogram() && ( getScaleDistance() > 0.0 ) ) {
1572                 if ( !( to_graphics_file || to_pdf ) ) {
1573                     paintScale( g,
1574                                 getVisibleRect().x,
1575                                 getVisibleRect().y + getVisibleRect().height,
1576                                 to_pdf,
1577                                 to_graphics_file );
1578                 }
1579                 else {
1580                     paintScale( g, graphics_file_x, graphics_file_y + graphics_file_height, to_pdf, to_graphics_file );
1581                 }
1582             }
1583             if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
1584                 paintPhylogenyLite( g );
1585             }
1586         }
1587         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
1588             if ( getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
1589                 getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( false );
1590             }
1591             final double angle = getStartingAngle();
1592             final boolean radial_labels = getOptions().getNodeLabelDirection() == NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL;
1593             _dynamic_hiding_factor = 0;
1594             if ( getControlPanel().isDynamicallyHideData() ) {
1595                 _dynamic_hiding_factor = ( int ) ( ( getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() * 1.5 * getPhylogeny()
1596                         .getNumberOfExternalNodes() ) / ( TWO_PI * 10 ) );
1597             }
1598             if ( getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
1599                 if ( _dynamic_hiding_factor > 1 ) {
1600                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( true );
1601                 }
1602                 else {
1603                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( false );
1604                 }
1605             }
1606             paintUnrooted( _phylogeny.getRoot(),
1607                            angle,
1608                            ( float ) ( angle + ( 2 * Math.PI ) ),
1609                            radial_labels,
1610                            g,
1611                            to_pdf,
1612                            to_graphics_file );
1613             if ( getOptions().isShowScale() ) {
1614                 if ( !( to_graphics_file || to_pdf ) ) {
1615                     paintScale( g,
1616                                 getVisibleRect().x,
1617                                 getVisibleRect().y + getVisibleRect().height,
1618                                 to_pdf,
1619                                 to_graphics_file );
1620                 }
1621                 else {
1622                     paintScale( g, graphics_file_x, graphics_file_y + graphics_file_height, to_pdf, to_graphics_file );
1623                 }
1624             }
1625             if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
1626                 g.setColor( getTreeColorSet().getOvColor() );
1627                 paintUnrootedLite( _phylogeny.getRoot(),
1628                                    angle,
1629                                    angle + ( 2 * Math.PI ),
1630                                    g,
1631                                    ( getUrtFactorOv() / ( getVisibleRect().width / getOvMaxWidth() ) ) );
1632                 paintOvRectangle( g );
1633             }
1634         }
1635         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1636             final int radius = ( int ) ( ( Math.min( getPreferredSize().getWidth(), getPreferredSize().getHeight() ) / 2 ) - ( MOVE + getLongestExtNodeInfo() ) );
1637             final int d = radius + MOVE + getLongestExtNodeInfo();
1638             _dynamic_hiding_factor = 0;
1639             if ( getControlPanel().isDynamicallyHideData() && ( radius > 0 ) ) {
1640                 _dynamic_hiding_factor = ( int ) ( ( getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() * 1.5 * getPhylogeny()
1641                         .getNumberOfExternalNodes() ) / ( TWO_PI * radius ) );
1642             }
1643             if ( getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
1644                 if ( _dynamic_hiding_factor > 1 ) {
1645                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( true );
1646                 }
1647                 else {
1648                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( false );
1649                 }
1650             }
1651             paintCircular( _phylogeny, getStartingAngle(), d, d, radius > 0 ? radius : 0, g, to_pdf, to_graphics_file );
1652             if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
1653                 final int radius_ov = ( int ) ( getOvMaxHeight() < getOvMaxWidth() ? getOvMaxHeight() / 2
1654                         : getOvMaxWidth() / 2 );
1655                 double x_scale = 1.0;
1656                 double y_scale = 1.0;
1657                 int x_pos = getVisibleRect().x + getOvXPosition();
1658                 int y_pos = getVisibleRect().y + getOvYPosition();
1659                 if ( getWidth() > getHeight() ) {
1660                     x_scale = ( double ) getHeight() / getWidth();
1661                     x_pos = ForesterUtil.roundToInt( x_pos / x_scale );
1662                 }
1663                 else {
1664                     y_scale = ( double ) getWidth() / getHeight();
1665                     y_pos = ForesterUtil.roundToInt( y_pos / y_scale );
1666                 }
1667                 _at = g.getTransform();
1668                 g.scale( x_scale, y_scale );
1669                 paintCircularLite( _phylogeny,
1670                                    getStartingAngle(),
1671                                    x_pos + radius_ov,
1672                                    y_pos + radius_ov,
1673                                    ( int ) ( radius_ov - ( getLongestExtNodeInfo() / ( getVisibleRect().width / getOvRectangle()
1674                                            .getWidth() ) ) ),
1675                                    g );
1676                 g.setTransform( _at );
1677                 paintOvRectangle( g );
1678             }
1679         }
1680     }
1681
1682     final void recalculateMaxDistanceToRoot() {
1683         _max_distance_to_root = PhylogenyMethods.calculateMaxDistanceToRoot( getPhylogeny() );
1684     }
1685
1686     /**
1687      * Remove all edit-node frames
1688      */
1689     final void removeAllEditNodeJFrames() {
1690         for( int i = 0; i <= ( TreePanel.MAX_NODE_FRAMES - 1 ); i++ ) {
1691             if ( _node_frames[ i ] != null ) {
1692                 _node_frames[ i ].dispose();
1693                 _node_frames[ i ] = null;
1694             }
1695         }
1696         _node_frame_index = 0;
1697     }
1698
1699     /**
1700      * Remove a node-edit frame.
1701      */
1702     final void removeEditNodeFrame( final int i ) {
1703         _node_frame_index--;
1704         _node_frames[ i ] = null;
1705         if ( i < _node_frame_index ) {
1706             for( int j = 0; j < ( _node_frame_index - 1 ); j++ ) {
1707                 _node_frames[ j ] = _node_frames[ j + 1 ];
1708             }
1709             _node_frames[ _node_frame_index ] = null;
1710         }
1711     }
1712
1713     final void reRoot( final PhylogenyNode node ) {
1714         if ( !getPhylogeny().isRerootable() ) {
1715             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1716                                            "This is not rerootable",
1717                                            "Not rerootable",
1718                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1719             return;
1720         }
1721         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
1722             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1723                                            "Cannot reroot in unrooted display type",
1724                                            "Attempt to reroot tree in unrooted display",
1725                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1726             return;
1727         }
1728         getPhylogeny().reRoot( node );
1729         getPhylogeny().recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
1730         resetNodeIdToDistToLeafMap();
1731         setNodeInPreorderToNull();
1732         resetPreferredSize();
1733         getMainPanel().adjustJScrollPane();
1734         setEdited( true );
1735         repaint();
1736         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1737             getControlPanel().showWhole();
1738         }
1739     }
1740
1741     final void resetNodeIdToDistToLeafMap() {
1742         _nodeid_dist_to_leaf = new HashMap<Long, Short>();
1743     }
1744
1745     final void resetPreferredSize() {
1746         if ( ( getPhylogeny() == null ) || getPhylogeny().isEmpty() ) {
1747             return;
1748         }
1749         int x = 0;
1750         int y = 0;
1751         y = TreePanel.MOVE
1752                 + ForesterUtil.roundToInt( getYdistance() * getPhylogeny().getRoot().getNumberOfExternalNodes() * 2 );
1753         if ( getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
1754             x = TreePanel.MOVE
1755                     + getLongestExtNodeInfo()
1756                     + ForesterUtil
1757                             .roundToInt( ( getXcorrectionFactor() * getPhylogeny().getHeight() ) + getXdistance() );
1758         }
1759         else {
1760             if ( !isNonLinedUpCladogram() && !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
1761                 x = TreePanel.MOVE
1762                         + getLongestExtNodeInfo()
1763                         + ForesterUtil.roundToInt( getXdistance()
1764                                 * ( getPhylogeny().getRoot().getNumberOfExternalNodes() + 2 ) );
1765             }
1766             else {
1767                 x = TreePanel.MOVE
1768                         + getLongestExtNodeInfo()
1769                         + ForesterUtil.roundToInt( getXdistance()
1770                                 * ( PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( getPhylogeny() ) + 1 ) );
1771             }
1772         }
1773         setPreferredSize( new Dimension( x, y ) );
1774     }
1775
1776     final void selectNode( final PhylogenyNode node ) {
1777         if ( ( getFoundNodes() != null ) && getFoundNodes().contains( node.getId() ) ) {
1778             getFoundNodes().remove( node.getId() );
1779             getControlPanel().setSearchFoundCountsOnLabel( getFoundNodes().size() );
1780             if ( getFoundNodes().size() < 1 ) {
1781                 getControlPanel().searchReset();
1782             }
1783         }
1784         else {
1785             getControlPanel().getSearchFoundCountsLabel().setVisible( true );
1786             getControlPanel().getSearchResetButton().setEnabled( true );
1787             getControlPanel().getSearchResetButton().setVisible( true );
1788             if ( getFoundNodes() == null ) {
1789                 setFoundNodes( new HashSet<Long>() );
1790             }
1791             getFoundNodes().add( node.getId() );
1792             getControlPanel().setSearchFoundCountsOnLabel( getFoundNodes().size() );
1793         }
1794     }
1795
1796     final void setArrowCursor() {
1797         setCursor( ARROW_CURSOR );
1798         repaint();
1799     }
1800
1801     final void setControlPanel( final ControlPanel atv_control ) {
1802         _control_panel = atv_control;
1803     }
1804
1805     void setCurrentExternalNodesDataBuffer( final StringBuilder sb ) {
1806         increaseCurrentExternalNodesDataBufferChangeCounter();
1807         _current_external_nodes_data_buffer = sb;
1808     }
1809
1810     final void setFoundNodes( final Set<Long> found_nodes ) {
1811         _found_nodes = found_nodes;
1812     }
1813
1814     final void setInOvRect( final boolean in_ov_rect ) {
1815         _in_ov_rect = in_ov_rect;
1816     }
1817
1818     final void setLargeFonts() {
1819         getTreeFontSet().largeFonts();
1820     }
1821
1822     final void setLastMouseDragPointX( final float x ) {
1823         _last_drag_point_x = x;
1824     }
1825
1826     final void setLastMouseDragPointY( final float y ) {
1827         _last_drag_point_y = y;
1828     }
1829
1830     final void setLongestExtNodeInfo( final int i ) {
1831         _longest_ext_node_info = i;
1832     }
1833
1834     final void setMediumFonts() {
1835         getTreeFontSet().mediumFonts();
1836     }
1837
1838     final void setNodeInPreorderToNull() {
1839         _nodes_in_preorder = null;
1840     }
1841
1842     final void setOvOn( final boolean ov_on ) {
1843         _ov_on = ov_on;
1844     }
1845
1846     final void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE graphics_type ) {
1847         _graphics_type = graphics_type;
1848         setTextAntialias();
1849     }
1850
1851     final void setSmallFonts() {
1852         getTreeFontSet().smallFonts();
1853     }
1854
1855     final void setStartingAngle( final double starting_angle ) {
1856         _urt_starting_angle = starting_angle;
1857     }
1858
1859     void setStatisticsForExpressionValues( final DescriptiveStatistics statistics_for_expression_values ) {
1860         _statistics_for_vector_data = statistics_for_expression_values;
1861     }
1862
1863     final void setSuperTinyFonts() {
1864         getTreeFontSet().superTinyFonts();
1865     }
1866
1867     final void setTextAntialias() {
1868         if ( ( _phylogeny != null ) && !_phylogeny.isEmpty() ) {
1869             if ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() <= LIMIT_FOR_HQ_RENDERING ) {
1870                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_RENDERING, RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
1871             }
1872             else {
1873                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_RENDERING, RenderingHints.VALUE_RENDER_SPEED );
1874             }
1875         }
1876         if ( getMainPanel().getOptions().isAntialiasScreen() ) {
1877             if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR )
1878                     && !getMainPanel().getOptions().isShowDefaultNodeShapesInternal()
1879                     && !getMainPanel().getOptions().isShowDefaultNodeShapesExternal()
1880                     && ( ( getControlPanel() != null ) && !getControlPanel().isShowDomainArchitectures() ) ) {
1881                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
1882             }
1883             else {
1884                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
1885             }
1886             try {
1887                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING,
1888                                       RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_LCD_HRGB );
1889             }
1890             catch ( final Throwable e ) {
1891                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
1892             }
1893         }
1894         else {
1895             _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
1896             _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
1897         }
1898     }
1899
1900     final void setTinyFonts() {
1901         getTreeFontSet().tinyFonts();
1902     }
1903
1904     final void setTreeFile( final File treefile ) {
1905         _treefile = treefile;
1906     }
1907
1908     final void setXcorrectionFactor( final float f ) {
1909         _x_correction_factor = f;
1910     }
1911
1912     final void setXdistance( final float x ) {
1913         _x_distance = x;
1914     }
1915
1916     final void setYdistance( final float y ) {
1917         _y_distance = y;
1918     }
1919
1920     final void sortDescendants( final PhylogenyNode node ) {
1921         if ( !node.isExternal() ) {
1922             DESCENDANT_SORT_PRIORITY pri = DESCENDANT_SORT_PRIORITY.TAXONOMY;
1923             if ( ( !getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames() && !getControlPanel().isShowTaxonomyCode() && !getControlPanel()
1924                     .isShowTaxonomyCommonNames() ) ) {
1925                 if ( ( getControlPanel().isShowSequenceAcc() || getControlPanel().isShowGeneNames() || getControlPanel()
1926                         .isShowGeneSymbols() ) ) {
1927                     pri = DESCENDANT_SORT_PRIORITY.SEQUENCE;
1928                 }
1929                 else if ( getControlPanel().isShowNodeNames() ) {
1930                     pri = DESCENDANT_SORT_PRIORITY.NODE_NAME;
1931                 }
1932             }
1933             PhylogenyMethods.sortNodeDescendents( node, pri );
1934             setNodeInPreorderToNull();
1935             _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
1936             _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
1937             _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
1938             resetNodeIdToDistToLeafMap();
1939             setEdited( true );
1940         }
1941         repaint();
1942     }
1943
1944     final void subTree( final PhylogenyNode node ) {
1945         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
1946             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1947                                            "Cannot get a sub/super tree in unrooted display",
1948                                            "Attempt to get sub/super tree in unrooted display",
1949                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1950             return;
1951         }
1952         if ( node.isExternal() ) {
1953             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1954                                            "Cannot get a subtree of a external node",
1955                                            "Attempt to get subtree of external node",
1956                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1957             return;
1958         }
1959         if ( node.isRoot() && !isCurrentTreeIsSubtree() ) {
1960             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1961                                            "Cannot get a subtree of the root node",
1962                                            "Attempt to get subtree of root node",
1963                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1964             return;
1965         }
1966         setNodeInPreorderToNull();
1967         if ( !node.isExternal() && !node.isRoot() && ( _subtree_index <= ( TreePanel.MAX_SUBTREES - 1 ) ) ) {
1968             _sub_phylogenies[ _subtree_index ] = _phylogeny;
1969             _sub_phylogenies_temp_roots[ _subtree_index ] = node;
1970             ++_subtree_index;
1971             _phylogeny = subTree( node, _phylogeny );
1972             updateSubSuperTreeButton();
1973         }
1974         else if ( node.isRoot() && isCurrentTreeIsSubtree() ) {
1975             superTree();
1976         }
1977         _main_panel.getControlPanel().showWhole();
1978         repaint();
1979     }
1980
1981     final void superTree() {
1982         setNodeInPreorderToNull();
1983         final PhylogenyNode temp_root = _sub_phylogenies_temp_roots[ _subtree_index - 1 ];
1984         for( final PhylogenyNode n : temp_root.getDescendants() ) {
1985             n.setParent( temp_root );
1986         }
1987         _sub_phylogenies[ _subtree_index ] = null;
1988         _sub_phylogenies_temp_roots[ _subtree_index ] = null;
1989         _phylogeny = _sub_phylogenies[ --_subtree_index ];
1990         updateSubSuperTreeButton();
1991     }
1992
1993     final void swap( final PhylogenyNode node ) {
1994         if ( node.isExternal() || ( node.getNumberOfDescendants() < 2 ) ) {
1995             return;
1996         }
1997         if ( node.getNumberOfDescendants() > 2 ) {
1998             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1999                                            "Cannot swap descendants of nodes with more than 2 descendants",
2000                                            "Cannot swap descendants",
2001                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2002             return;
2003         }
2004         if ( !node.isExternal() ) {
2005             node.swapChildren();
2006             setNodeInPreorderToNull();
2007             _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
2008             _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
2009             _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
2010             resetNodeIdToDistToLeafMap();
2011             setEdited( true );
2012         }
2013         repaint();
2014     }
2015
2016     final void taxColor() {
2017         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
2018             return;
2019         }
2020         setWaitCursor();
2021         AptxUtil.colorPhylogenyAccordingToExternalTaxonomy( _phylogeny, this );
2022         _control_panel.setColorBranches( true );
2023         if ( _control_panel.getColorBranchesCb() != null ) {
2024             _control_panel.getColorBranchesCb().setSelected( true );
2025         }
2026         setEdited( true );
2027         setArrowCursor();
2028         repaint();
2029     }
2030
2031     final void updateOvSettings() {
2032         switch ( getOptions().getOvPlacement() ) {
2033             case LOWER_LEFT:
2034                 setOvXPosition( OV_BORDER );
2035                 setOvYPosition( ForesterUtil.roundToInt( getVisibleRect().height - OV_BORDER - getOvMaxHeight() ) );
2036                 setOvYStart( ForesterUtil.roundToInt( getOvYPosition() + ( getOvMaxHeight() / 2 ) ) );
2037                 break;
2038             case LOWER_RIGHT:
2039                 setOvXPosition( ForesterUtil.roundToInt( getVisibleRect().width - OV_BORDER - getOvMaxWidth() ) );
2040                 setOvYPosition( ForesterUtil.roundToInt( getVisibleRect().height - OV_BORDER - getOvMaxHeight() ) );
2041                 setOvYStart( ForesterUtil.roundToInt( getOvYPosition() + ( getOvMaxHeight() / 2 ) ) );
2042                 break;
2043             case UPPER_RIGHT:
2044                 setOvXPosition( ForesterUtil.roundToInt( getVisibleRect().width - OV_BORDER - getOvMaxWidth() ) );
2045                 setOvYPosition( OV_BORDER );
2046                 setOvYStart( ForesterUtil.roundToInt( OV_BORDER + ( getOvMaxHeight() / 2 ) ) );
2047                 break;
2048             default:
2049                 setOvXPosition( OV_BORDER );
2050                 setOvYPosition( OV_BORDER );
2051                 setOvYStart( ForesterUtil.roundToInt( OV_BORDER + ( getOvMaxHeight() / 2 ) ) );
2052                 break;
2053         }
2054     }
2055
2056     final void updateOvSizes() {
2057         if ( ( getWidth() > ( 1.05 * getVisibleRect().width ) ) || ( getHeight() > ( 1.05 * getVisibleRect().height ) ) ) {
2058             setOvOn( true );
2059             float l = getLongestExtNodeInfo();
2060             final float w_ratio = getOvMaxWidth() / getWidth();
2061             l *= w_ratio;
2062             final int ext_nodes = _phylogeny.getRoot().getNumberOfExternalNodes();
2063             setOvYDistance( getOvMaxHeight() / ( 2 * ext_nodes ) );
2064             float ov_xdist = 0;
2065             if ( !isNonLinedUpCladogram() && !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
2066                 ov_xdist = ( ( getOvMaxWidth() - l ) / ( ext_nodes ) );
2067             }
2068             else {
2069                 ov_xdist = ( ( getOvMaxWidth() - l ) / ( PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( _phylogeny ) ) );
2070             }
2071             float ydist = ( float ) ( ( getOvMaxWidth() / ( ext_nodes * 2.0 ) ) );
2072             if ( ov_xdist < 0.0 ) {
2073                 ov_xdist = 0.0f;
2074             }
2075             if ( ydist < 0.0 ) {
2076                 ydist = 0.0f;
2077             }
2078             setOvXDistance( ov_xdist );
2079             final double height = _phylogeny.getHeight();
2080             if ( height > 0 ) {
2081                 final float ov_corr = ( float ) ( ( ( getOvMaxWidth() - l ) - getOvXDistance() ) / height );
2082                 setOvXcorrectionFactor( ov_corr > 0 ? ov_corr : 0 );
2083             }
2084             else {
2085                 setOvXcorrectionFactor( 0 );
2086             }
2087         }
2088         else {
2089             setOvOn( false );
2090         }
2091     }
2092
2093     void updateSetOfCollapsedExternalNodes() {
2094         final Phylogeny phy = getPhylogeny();
2095         _collapsed_external_nodeid_set.clear();
2096         if ( phy != null ) {
2097             E: for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorExternalForward(); it.hasNext(); ) {
2098                 final PhylogenyNode ext_node = it.next();
2099                 PhylogenyNode n = ext_node;
2100                 while ( !n.isRoot() ) {
2101                     if ( n.isCollapse() ) {
2102                         _collapsed_external_nodeid_set.add( ext_node.getId() );
2103                         ext_node.setCollapse( true );
2104                         continue E;
2105                     }
2106                     n = n.getParent();
2107                 }
2108             }
2109         }
2110     }
2111
2112     final void updateSubSuperTreeButton() {
2113         if ( _subtree_index < 1 ) {
2114             getControlPanel().deactivateButtonToReturnToSuperTree();
2115         }
2116         else {
2117             getControlPanel().activateButtonToReturnToSuperTree( _subtree_index );
2118         }
2119     }
2120
2121     final void zoomInDomainStructure() {
2122         if ( _domain_structure_width < 2000 ) {
2123             _domain_structure_width *= 1.2;
2124         }
2125     }
2126
2127     final void zoomOutDomainStructure() {
2128         if ( _domain_structure_width > 20 ) {
2129             _domain_structure_width *= 0.8;
2130         }
2131     }
2132
2133     private void abbreviateScientificName( final String sn ) {
2134         final String[] a = sn.split( "\\s+" );
2135         _sb.append( a[ 0 ].substring( 0, 1 ) );
2136         _sb.append( a[ 1 ].substring( 0, 2 ) );
2137         if ( a.length > 2 ) {
2138             for( int i = 2; i < a.length; i++ ) {
2139                 _sb.append( " " );
2140                 _sb.append( a[ i ] );
2141             }
2142         }
2143     }
2144
2145     final private void addEmptyNode( final PhylogenyNode node ) {
2146         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2147             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
2148             return;
2149         }
2150         final String label = createASimpleTextRepresentationOfANode( node );
2151         String msg = "";
2152         if ( ForesterUtil.isEmpty( label ) ) {
2153             msg = "How to add the new, empty node?";
2154         }
2155         else {
2156             msg = "How to add the new, empty node to node" + label + "?";
2157         }
2158         final Object[] options = { "As sibling", "As descendant", "Cancel" };
2159         final int r = JOptionPane.showOptionDialog( this,
2160                                                     msg,
2161                                                     "Addition of Empty New Node",
2162                                                     JOptionPane.CLOSED_OPTION,
2163                                                     JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
2164                                                     null,
2165                                                     options,
2166                                                     options[ 2 ] );
2167         boolean add_as_sibling = true;
2168         if ( r == 1 ) {
2169             add_as_sibling = false;
2170         }
2171         else if ( r != 0 ) {
2172             return;
2173         }
2174         final Phylogeny phy = new Phylogeny();
2175         phy.setRoot( new PhylogenyNode() );
2176         phy.setRooted( true );
2177         if ( add_as_sibling ) {
2178             if ( node.isRoot() ) {
2179                 JOptionPane.showMessageDialog( this,
2180                                                "Cannot add sibling to root",
2181                                                "Attempt to add sibling to root",
2182                                                JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2183                 return;
2184             }
2185             phy.addAsSibling( node );
2186         }
2187         else {
2188             phy.addAsChild( node );
2189         }
2190         setNodeInPreorderToNull();
2191         _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
2192         _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
2193         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
2194         resetNodeIdToDistToLeafMap();
2195         setEdited( true );
2196         repaint();
2197     }
2198
2199     final private void addToCurrentExternalNodes( final long i ) {
2200         if ( _current_external_nodes == null ) {
2201             _current_external_nodes = new HashSet<Long>();
2202         }
2203         _current_external_nodes.add( i );
2204     }
2205
2206     final private void assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( final PhylogenyNode node,
2207                                                                         final boolean is_vertical,
2208                                                                         final Graphics g,
2209                                                                         final boolean to_pdf,
2210                                                                         final boolean to_graphics_file ) {
2211         final NodeClickAction action = _control_panel.getActionWhenNodeClicked();
2212         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
2213             g.setColor( Color.BLACK );
2214         }
2215         else if ( ( ( action == NodeClickAction.COPY_SUBTREE ) || ( action == NodeClickAction.CUT_SUBTREE )
2216                 || ( action == NodeClickAction.DELETE_NODE_OR_SUBTREE ) || ( action == NodeClickAction.PASTE_SUBTREE ) || ( action == NodeClickAction.ADD_NEW_NODE ) )
2217                 && ( getCutOrCopiedTree() != null )
2218                 && ( getCopiedAndPastedNodes() != null )
2219                 && !to_pdf
2220                 && !to_graphics_file && getCopiedAndPastedNodes().contains( node.getId() ) ) {
2221             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
2222         }
2223         else if ( getControlPanel().isColorBranches() && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
2224             g.setColor( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) );
2225         }
2226         else if ( to_pdf ) {
2227             g.setColor( getTreeColorSet().getBranchColorForPdf() );
2228         }
2229         else {
2230             g.setColor( getTreeColorSet().getBranchColor() );
2231         }
2232     }
2233
2234     final private void blast( final PhylogenyNode node ) {
2235         if ( !isCanBlast( node ) ) {
2236             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2237                                            "Insufficient information present",
2238                                            "Cannot Blast",
2239                                            JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE );
2240             return;
2241         }
2242         else {
2243             final String query = Blast.obtainQueryForBlast( node );
2244             System.out.println( "query for BLAST is: " + query );
2245             char type = '?';
2246             if ( !ForesterUtil.isEmpty( query ) ) {
2247                 if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
2248                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getType() ) ) {
2249                         if ( node.getNodeData().getSequence().getType().toLowerCase()
2250                                 .equals( PhyloXmlUtil.SEQ_TYPE_PROTEIN ) ) {
2251                             type = 'p';
2252                         }
2253                         else {
2254                             type = 'n';
2255                         }
2256                     }
2257                     else if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
2258                         if ( ForesterUtil.seqIsLikelyToBeAa( node.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
2259                             type = 'p';
2260                         }
2261                         else {
2262                             type = 'n';
2263                         }
2264                     }
2265                 }
2266                 if ( type == '?' ) {
2267                     if ( SequenceIdParser.isProtein( query ) ) {
2268                         type = 'p';
2269                     }
2270                     else {
2271                         type = 'n';
2272                     }
2273                 }
2274                 JApplet applet = null;
2275                 if ( isApplet() ) {
2276                     applet = obtainApplet();
2277                 }
2278                 try {
2279                     Blast.openNcbiBlastWeb( query, type == 'n', applet, this );
2280                 }
2281                 catch ( final Exception e ) {
2282                     e.printStackTrace();
2283                 }
2284                 if ( Constants.ALLOW_DDBJ_BLAST ) {
2285                     try {
2286                         System.out.println( "trying: " + query );
2287                         final Blast s = new Blast();
2288                         s.ddbjBlast( query );
2289                     }
2290                     catch ( final Exception e ) {
2291                         e.printStackTrace();
2292                     }
2293                 }
2294             }
2295         }
2296     }
2297
2298     private final int calcDynamicHidingFactor() {
2299         return ( int ) ( 0.5 + ( getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() / ( 1.5 * getYdistance() ) ) );
2300     }
2301
2302     /**
2303      * Calculate the length of the distance between the given node and its
2304      * parent.
2305      *
2306      * @param node
2307      * @param ext_node_x
2308      * @factor
2309      * @return the distance value
2310      */
2311     final private float calculateBranchLengthToParent( final PhylogenyNode node, final float factor ) {
2312         if ( getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
2313             if ( node.getDistanceToParent() < 0.0 ) {
2314                 return 0.0f;
2315             }
2316             return ( float ) ( getXcorrectionFactor() * node.getDistanceToParent() );
2317         }
2318         else {
2319             if ( ( factor == 0 ) || isNonLinedUpCladogram() ) {
2320                 return getXdistance();
2321             }
2322             return getXdistance() * factor;
2323         }
2324     }
2325
2326     final private Color calculateColorForAnnotation( final SortedSet<Annotation> ann ) {
2327         Color c = getTreeColorSet().getAnnotationColor();
2328         if ( getControlPanel().isColorAccordingToAnnotation() && ( getControlPanel().getAnnotationColors() != null ) ) {
2329             final StringBuilder sb = new StringBuilder();
2330             for( final Annotation a : ann ) {
2331                 sb.append( !ForesterUtil.isEmpty( a.getRef() ) ? a.getRef() : a.getDesc() );
2332             }
2333             final String ann_str = sb.toString();
2334             if ( !ForesterUtil.isEmpty( ann_str ) ) {
2335                 c = getControlPanel().getAnnotationColors().get( ann_str );
2336                 if ( c == null ) {
2337                     c = AptxUtil.calculateColorFromString( ann_str );
2338                     getControlPanel().getAnnotationColors().put( ann_str, c );
2339                 }
2340                 if ( c == null ) {
2341                     c = getTreeColorSet().getAnnotationColor();
2342                 }
2343             }
2344         }
2345         return c;
2346     }
2347
2348     final private float calculateOvBranchLengthToParent( final PhylogenyNode node, final int factor ) {
2349         if ( getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
2350             if ( node.getDistanceToParent() < 0.0 ) {
2351                 return 0.0f;
2352             }
2353             return ( float ) ( getOvXcorrectionFactor() * node.getDistanceToParent() );
2354         }
2355         else {
2356             if ( ( factor == 0 ) || isNonLinedUpCladogram() ) {
2357                 return getOvXDistance();
2358             }
2359             return getOvXDistance() * factor;
2360         }
2361     }
2362
2363     final private void cannotOpenBrowserWarningMessage( final String type_type ) {
2364         JOptionPane.showMessageDialog( this,
2365                                        "Cannot launch web browser for " + type_type + " data of this node",
2366                                        "Cannot launch web browser",
2367                                        JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
2368     }
2369
2370     final private void colorizeSubtree( final Color c, final PhylogenyNode node ) {
2371         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2372             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2373                                            "Cannot colorize subtree in unrooted display type",
2374                                            "Attempt to colorize subtree in unrooted display",
2375                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
2376             return;
2377         }
2378         _control_panel.setColorBranches( true );
2379         if ( _control_panel.getColorBranchesCb() != null ) {
2380             _control_panel.getColorBranchesCb().setSelected( true );
2381         }
2382         for( final PreorderTreeIterator it = new PreorderTreeIterator( node ); it.hasNext(); ) {
2383             it.next().getBranchData().setBranchColor( new BranchColor( c ) );
2384         }
2385         repaint();
2386     }
2387
2388     final private void colorSubtree( final PhylogenyNode node ) {
2389         Color intitial_color = null;
2390         if ( getControlPanel().isColorBranches() && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null )
2391                 && ( ( ( !node.isRoot() && ( node.getParent().getNumberOfDescendants() < 3 ) ) ) || ( node.isRoot() ) ) ) {
2392             intitial_color = PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node );
2393         }
2394         else {
2395             intitial_color = getTreeColorSet().getBranchColor();
2396         }
2397         _color_chooser.setColor( intitial_color );
2398         _color_chooser.setPreviewPanel( new JPanel() );
2399         final JDialog dialog = JColorChooser
2400                 .createDialog( this,
2401                                "Subtree colorization",
2402                                true,
2403                                _color_chooser,
2404                                new SubtreeColorizationActionListener( _color_chooser, node ),
2405                                null );
2406         dialog.setVisible( true );
2407     }
2408
2409     final private void copySubtree( final PhylogenyNode node ) {
2410         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2411             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
2412             return;
2413         }
2414         setNodeInPreorderToNull();
2415         setCutOrCopiedTree( _phylogeny.copy( node ) );
2416         final List<PhylogenyNode> nodes = PhylogenyMethods.getAllDescendants( node );
2417         final Set<Long> node_ids = new HashSet<Long>( nodes.size() );
2418         for( final PhylogenyNode n : nodes ) {
2419             node_ids.add( n.getId() );
2420         }
2421         node_ids.add( node.getId() );
2422         setCopiedAndPastedNodes( node_ids );
2423         repaint();
2424     }
2425
2426     private String createAnnotationString( final SortedSet<Annotation> ann ) {
2427         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
2428         boolean first = true;
2429         for( final Annotation a : ann ) {
2430             if ( !first ) {
2431                 sb.append( "|" );
2432             }
2433             else {
2434                 first = false;
2435             }
2436             sb.append( a.asSimpleText() );
2437         }
2438         final String ann_str = sb.toString();
2439         return ann_str;
2440     }
2441
2442     final private String createASimpleTextRepresentationOfANode( final PhylogenyNode node ) {
2443         final String tax = PhylogenyMethods.getSpecies( node );
2444         String label = node.getName();
2445         if ( !ForesterUtil.isEmpty( label ) && !ForesterUtil.isEmpty( tax ) ) {
2446             label = label + " " + tax;
2447         }
2448         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax ) ) {
2449             label = tax;
2450         }
2451         else {
2452             label = "";
2453         }
2454         if ( !ForesterUtil.isEmpty( label ) ) {
2455             label = " [" + label + "]";
2456         }
2457         return label;
2458     }
2459
2460     final private void cutSubtree( final PhylogenyNode node ) {
2461         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2462             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
2463             return;
2464         }
2465         if ( node.isRoot() ) {
2466             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2467                                            "Cannot cut entire tree as subtree",
2468                                            "Attempt to cut entire tree",
2469                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2470             return;
2471         }
2472         final String label = createASimpleTextRepresentationOfANode( node );
2473         final int r = JOptionPane.showConfirmDialog( null,
2474                                                      "Cut subtree" + label + "?",
2475                                                      "Confirm Cutting of Subtree",
2476                                                      JOptionPane.YES_NO_OPTION );
2477         if ( r != JOptionPane.OK_OPTION ) {
2478             return;
2479         }
2480         setNodeInPreorderToNull();
2481         setCopiedAndPastedNodes( null );
2482         setCutOrCopiedTree( _phylogeny.copy( node ) );
2483         _phylogeny.deleteSubtree( node, true );
2484         _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
2485         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
2486         resetNodeIdToDistToLeafMap();
2487         setEdited( true );
2488         repaint();
2489     }
2490
2491     final private void cycleColors() {
2492         getMainPanel().getTreeColorSet().cycleColorScheme();
2493         for( final TreePanel tree_panel : getMainPanel().getTreePanels() ) {
2494             tree_panel.setBackground( getMainPanel().getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
2495         }
2496     }
2497
2498     final private void decreaseOvSize() {
2499         if ( ( getOvMaxWidth() > 20 ) && ( getOvMaxHeight() > 20 ) ) {
2500             setOvMaxWidth( getOvMaxWidth() - 5 );
2501             setOvMaxHeight( getOvMaxHeight() - 5 );
2502             updateOvSettings();
2503             getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
2504         }
2505     }
2506
2507     final private void deleteNodeOrSubtree( final PhylogenyNode node ) {
2508         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2509             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
2510             return;
2511         }
2512         if ( node.isRoot() && ( node.getNumberOfDescendants() != 1 ) ) {
2513             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2514                                            "Cannot delete entire tree",
2515                                            "Attempt to delete entire tree",
2516                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2517             return;
2518         }
2519         final String label = createASimpleTextRepresentationOfANode( node );
2520         final Object[] options = { "Node only", "Entire subtree", "Cancel" };
2521         final int r = JOptionPane.showOptionDialog( this,
2522                                                     "Delete" + label + "?",
2523                                                     "Delete Node/Subtree",
2524                                                     JOptionPane.CLOSED_OPTION,
2525                                                     JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
2526                                                     null,
2527                                                     options,
2528                                                     options[ 2 ] );
2529         setNodeInPreorderToNull();
2530         boolean node_only = true;
2531         if ( r == 1 ) {
2532             node_only = false;
2533         }
2534         else if ( r != 0 ) {
2535             return;
2536         }
2537         if ( node_only ) {
2538             PhylogenyMethods.removeNode( node, _phylogeny );
2539         }
2540         else {
2541             _phylogeny.deleteSubtree( node, true );
2542         }
2543         _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
2544         _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
2545         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
2546         resetNodeIdToDistToLeafMap();
2547         setEdited( true );
2548         repaint();
2549     }
2550
2551     final private void displayNodePopupMenu( final PhylogenyNode node, final int x, final int y ) {
2552         makePopupMenus( node );
2553         _node_popup_menu.putClientProperty( NODE_POPMENU_NODE_CLIENT_PROPERTY, node );
2554         _node_popup_menu.show( this, x, y );
2555     }
2556
2557     final private void drawArc( final double x,
2558                                 final double y,
2559                                 final double width,
2560                                 final double heigth,
2561                                 final double start_angle,
2562                                 final double arc_angle,
2563                                 final Graphics2D g ) {
2564         _arc.setArc( x, y, width, heigth, _180_OVER_PI * start_angle, _180_OVER_PI * arc_angle, Arc2D.OPEN );
2565         g.draw( _arc );
2566     }
2567
2568     final private void drawLine( final double x1, final double y1, final double x2, final double y2, final Graphics2D g ) {
2569         if ( ( x1 == x2 ) && ( y1 == y2 ) ) {
2570             return;
2571         }
2572         _line.setLine( x1, y1, x2, y2 );
2573         g.draw( _line );
2574     }
2575
2576     final private void drawOval( final double x,
2577                                  final double y,
2578                                  final double width,
2579                                  final double heigth,
2580                                  final Graphics2D g ) {
2581         _ellipse.setFrame( x, y, width, heigth );
2582         g.draw( _ellipse );
2583     }
2584
2585     final private void drawOvalFilled( final double x,
2586                                        final double y,
2587                                        final double width,
2588                                        final double heigth,
2589                                        final Graphics2D g ) {
2590         _ellipse.setFrame( x, y, width, heigth );
2591         g.fill( _ellipse );
2592     }
2593
2594     final private void drawOvalGradient( final double x,
2595                                          final double y,
2596                                          final double width,
2597                                          final double heigth,
2598                                          final Graphics2D g,
2599                                          final Color color_1,
2600                                          final Color color_2,
2601                                          final Color color_border ) {
2602         _ellipse.setFrame( x, y, width, heigth );
2603         g.setPaint( new GradientPaint( ( float ) x,
2604                                        ( float ) y,
2605                                        color_1,
2606                                        ( float ) ( x + width ),
2607                                        ( float ) ( y + heigth ),
2608                                        color_2,
2609                                        false ) );
2610         g.fill( _ellipse );
2611         if ( color_border != null ) {
2612             g.setPaint( color_border );
2613             g.draw( _ellipse );
2614         }
2615     }
2616
2617     final private void drawRect( final float x, final float y, final float width, final float heigth, final Graphics2D g ) {
2618         _rectangle.setFrame( x, y, width, heigth );
2619         g.draw( _rectangle );
2620     }
2621
2622     final private void drawRectFilled( final double x,
2623                                        final double y,
2624                                        final double width,
2625                                        final double heigth,
2626                                        final Graphics2D g ) {
2627         _rectangle.setFrame( x, y, width, heigth );
2628         g.fill( _rectangle );
2629     }
2630
2631     final private void drawRectGradient( final double x,
2632                                          final double y,
2633                                          final double width,
2634                                          final double heigth,
2635                                          final Graphics2D g,
2636                                          final Color color_1,
2637                                          final Color color_2,
2638                                          final Color color_border ) {
2639         _rectangle.setFrame( x, y, width, heigth );
2640         g.setPaint( new GradientPaint( ( float ) x,
2641                                        ( float ) y,
2642                                        color_1,
2643                                        ( float ) ( x + width ),
2644                                        ( float ) ( y + heigth ),
2645                                        color_2,
2646                                        false ) );
2647         g.fill( _rectangle );
2648         if ( color_border != null ) {
2649             g.setPaint( color_border );
2650             g.draw( _rectangle );
2651         }
2652     }
2653
2654     private double drawTaxonomyImage( final double x, final double y, final PhylogenyNode node, final Graphics2D g ) {
2655         final List<Uri> us = new ArrayList<Uri>();
2656         for( final Taxonomy t : node.getNodeData().getTaxonomies() ) {
2657             for( final Uri uri : t.getUris() ) {
2658                 us.add( uri );
2659             }
2660         }
2661         double offset = 0;
2662         for( final Uri uri : us ) {
2663             if ( uri != null ) {
2664                 final String uri_str = uri.getValue().toString().toLowerCase();
2665                 if ( getImageMap().containsKey( uri_str ) ) {
2666                     final BufferedImage bi = getImageMap().get( uri_str );
2667                     if ( ( bi != null ) && ( bi.getHeight() > 5 ) && ( bi.getWidth() > 5 ) ) {
2668                         double scaling_factor = 1;
2669                         if ( getOptions().isAllowMagnificationOfTaxonomyImages()
2670                                 || ( bi.getHeight() > ( 1.8 * getYdistance() ) ) ) {
2671                             scaling_factor = ( 1.8 * getYdistance() ) / bi.getHeight();
2672                         }
2673                         // y = y - ( 0.9 * getYdistance() );
2674                         final double hs = bi.getHeight() * scaling_factor;
2675                         double ws = ( bi.getWidth() * scaling_factor ) + offset;
2676                         final double my_y = y - ( 0.5 * hs );
2677                         final int x_w = ( int ) ( x + ws + 0.5 );
2678                         final int y_h = ( int ) ( my_y + hs + 0.5 );
2679                         if ( ( ( x_w - x ) > 7 ) && ( ( y_h - my_y ) > 7 ) ) {
2680                             g.drawImage( bi,
2681                                          ( int ) ( x + 0.5 + offset ),
2682                                          ( int ) ( my_y + 0.5 ),
2683                                          x_w,
2684                                          y_h,
2685                                          0,
2686                                          0,
2687                                          bi.getWidth(),
2688                                          bi.getHeight(),
2689                                          null );
2690                             ws += 8;
2691                         }
2692                         else {
2693                             ws = 0.0;
2694                         }
2695                         offset = ws;
2696                     }
2697                 }
2698             }
2699         }
2700         return offset;
2701     }
2702
2703     final private void errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay() {
2704         JOptionPane.showMessageDialog( this,
2705                                        "Cannot cut, copy, paste, add, or delete subtrees/nodes in unrooted display",
2706                                        "Attempt to cut/copy/paste/add/delete in unrooted display",
2707                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2708     }
2709
2710     final private Set<Long> getCopiedAndPastedNodes() {
2711         return getMainPanel().getCopiedAndPastedNodes();
2712     }
2713
2714     final private Set<Long> getCurrentExternalNodes() {
2715         return _current_external_nodes;
2716     }
2717
2718     final private Phylogeny getCutOrCopiedTree() {
2719         return getMainPanel().getCutOrCopiedTree();
2720     }
2721
2722     final private float getLastDragPointX() {
2723         return _last_drag_point_x;
2724     }
2725
2726     final private float getLastDragPointY() {
2727         return _last_drag_point_y;
2728     }
2729
2730     final private short getMaxBranchesToLeaf( final PhylogenyNode node ) {
2731         if ( !_nodeid_dist_to_leaf.containsKey( node.getId() ) ) {
2732             final short m = PhylogenyMethods.calculateMaxBranchesToLeaf( node );
2733             _nodeid_dist_to_leaf.put( node.getId(), m );
2734             return m;
2735         }
2736         else {
2737             return _nodeid_dist_to_leaf.get( node.getId() );
2738         }
2739     }
2740
2741     final private double getMaxDistanceToRoot() {
2742         if ( _max_distance_to_root < 0 ) {
2743             recalculateMaxDistanceToRoot();
2744         }
2745         return _max_distance_to_root;
2746     }
2747
2748     final private float getOvMaxHeight() {
2749         return _ov_max_height;
2750     }
2751
2752     final private float getOvMaxWidth() {
2753         return _ov_max_width;
2754     }
2755
2756     final private float getOvXcorrectionFactor() {
2757         return _ov_x_correction_factor;
2758     }
2759
2760     final private float getOvXDistance() {
2761         return _ov_x_distance;
2762     }
2763
2764     final private int getOvXPosition() {
2765         return _ov_x_position;
2766     }
2767
2768     final private float getOvYDistance() {
2769         return _ov_y_distance;
2770     }
2771
2772     final private int getOvYPosition() {
2773         return _ov_y_position;
2774     }
2775
2776     final private int getOvYStart() {
2777         return _ov_y_start;
2778     }
2779
2780     final private double getScaleDistance() {
2781         return _scale_distance;
2782     }
2783
2784     final private String getScaleLabel() {
2785         return _scale_label;
2786     }
2787
2788     final private TreeFontSet getTreeFontSet() {
2789         return getMainPanel().getTreeFontSet();
2790     }
2791
2792     final private float getUrtFactor() {
2793         return _urt_factor;
2794     }
2795
2796     final private float getUrtFactorOv() {
2797         return _urt_factor_ov;
2798     }
2799
2800     final private void handleClickToAction( final NodeClickAction action, final PhylogenyNode node ) {
2801         switch ( action ) {
2802             case SHOW_DATA:
2803                 showNodeFrame( node );
2804                 break;
2805             case COLLAPSE:
2806                 collapse( node );
2807                 break;
2808             case REROOT:
2809                 reRoot( node );
2810                 break;
2811             case SUBTREE:
2812                 subTree( node );
2813                 break;
2814             case SWAP:
2815                 swap( node );
2816                 break;
2817             case COLOR_SUBTREE:
2818                 colorSubtree( node );
2819                 break;
2820             case OPEN_SEQ_WEB:
2821                 openSeqWeb( node );
2822                 break;
2823             case BLAST:
2824                 blast( node );
2825                 break;
2826             case OPEN_TAX_WEB:
2827                 openTaxWeb( node );
2828                 break;
2829             case CUT_SUBTREE:
2830                 cutSubtree( node );
2831                 break;
2832             case COPY_SUBTREE:
2833                 copySubtree( node );
2834                 break;
2835             case PASTE_SUBTREE:
2836                 pasteSubtree( node );
2837                 break;
2838             case DELETE_NODE_OR_SUBTREE:
2839                 deleteNodeOrSubtree( node );
2840                 break;
2841             case ADD_NEW_NODE:
2842                 addEmptyNode( node );
2843                 break;
2844             case EDIT_NODE_DATA:
2845                 showNodeEditFrame( node );
2846                 break;
2847             case SELECT_NODES:
2848                 selectNode( node );
2849                 break;
2850             case SORT_DESCENDENTS:
2851                 sortDescendants( node );
2852                 break;
2853             case GET_EXT_DESC_DATA:
2854                 showExtDescNodeData( node );
2855                 break;
2856             default:
2857                 throw new IllegalArgumentException( "unknown action: " + action );
2858         }
2859     }
2860
2861     final private void increaseCurrentExternalNodesDataBufferChangeCounter() {
2862         _current_external_nodes_data_buffer_change_counter++;
2863     }
2864
2865     final private void increaseOvSize() {
2866         if ( ( getOvMaxWidth() < ( getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getVisibleRect().getWidth() / 2 ) )
2867                 && ( getOvMaxHeight() < ( getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getVisibleRect()
2868                         .getHeight() / 2 ) ) ) {
2869             setOvMaxWidth( getOvMaxWidth() + 5 );
2870             setOvMaxHeight( getOvMaxHeight() + 5 );
2871             updateOvSettings();
2872             getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
2873         }
2874     }
2875
2876     final private void init() {
2877         _color_chooser = new JColorChooser();
2878         _rollover_popup = new JTextArea();
2879         _rollover_popup.setFont( POPUP_FONT );
2880         resetNodeIdToDistToLeafMap();
2881         setTextAntialias();
2882         setTreeFile( null );
2883         setEdited( false );
2884         initializeOvSettings();
2885         setStartingAngle( ( TWO_PI * 3 ) / 4 );
2886         final ImageLoader il = new ImageLoader( this );
2887         new Thread( il ).start();
2888     }
2889
2890     final private void initializeOvSettings() {
2891         setOvMaxHeight( getConfiguration().getOvMaxHeight() );
2892         setOvMaxWidth( getConfiguration().getOvMaxWidth() );
2893     }
2894
2895     final private boolean inOvVirtualRectangle( final int x, final int y ) {
2896         return ( ( x >= ( getOvVirtualRectangle().x - 1 ) )
2897                 && ( x <= ( getOvVirtualRectangle().x + getOvVirtualRectangle().width + 1 ) )
2898                 && ( y >= ( getOvVirtualRectangle().y - 1 ) ) && ( y <= ( getOvVirtualRectangle().y
2899                 + getOvVirtualRectangle().height + 1 ) ) );
2900     }
2901
2902     final private boolean inOvVirtualRectangle( final MouseEvent e ) {
2903         return ( inOvVirtualRectangle( e.getX(), e.getY() ) );
2904     }
2905
2906     final private boolean isCanBlast( final PhylogenyNode node ) {
2907         if ( !node.getNodeData().isHasSequence() && ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
2908             return false;
2909         }
2910         return Blast.isContainsQueryForBlast( node );
2911     }
2912
2913     final private boolean isCanOpenTaxWeb( final PhylogenyNode node ) {
2914         if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy()
2915                 && ( ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) )
2916                         || ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) )
2917                         || ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getCommonName() ) ) || ( ( node
2918                         .getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier() != null ) && !ForesterUtil.isEmpty( node
2919                         .getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue() ) ) ) ) {
2920             return true;
2921         }
2922         else {
2923             return false;
2924         }
2925     }
2926
2927     final private boolean isInCurrentExternalNodes( final PhylogenyNode node ) {
2928         return ( ( getCurrentExternalNodes() != null ) && getCurrentExternalNodes().contains( node.getId() ) );
2929     }
2930
2931     final private boolean isInFoundNodes( final PhylogenyNode node ) {
2932         return ( ( getFoundNodes() != null ) && getFoundNodes().contains( node.getId() ) );
2933     }
2934
2935     final private boolean isInOv() {
2936         return _in_ov;
2937     }
2938
2939     final private boolean isNodeDataInvisible( final PhylogenyNode node ) {
2940         int y_dist = 40;
2941         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyImages() ) {
2942             y_dist = 40 + ( int ) getYdistance();
2943         }
2944         return ( ( node.getYcoord() < ( getVisibleRect().getMinY() - y_dist ) )
2945                 || ( node.getYcoord() > ( getVisibleRect().getMaxY() + y_dist ) ) || ( ( node.getParent() != null ) && ( node
2946                 .getParent().getXcoord() > getVisibleRect().getMaxX() ) ) );
2947     }
2948
2949     final private boolean isNodeDataInvisibleUnrootedCirc( final PhylogenyNode node ) {
2950         return ( ( node.getYcoord() < ( getVisibleRect().getMinY() - 20 ) )
2951                 || ( node.getYcoord() > ( getVisibleRect().getMaxY() + 20 ) )
2952                 || ( node.getXcoord() < ( getVisibleRect().getMinX() - 20 ) ) || ( node.getXcoord() > ( getVisibleRect()
2953                 .getMaxX() + 20 ) ) );
2954     }
2955
2956     final private boolean isNonLinedUpCladogram() {
2957         return getOptions().getCladogramType() == CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP;
2958     }
2959
2960     final private boolean isUniformBranchLengthsForCladogram() {
2961         return getOptions().getCladogramType() == CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP;
2962     }
2963
2964     final private void keyPressedCalls( final KeyEvent e ) {
2965         if ( isOvOn() && ( getMousePosition() != null ) && ( getMousePosition().getLocation() != null ) ) {
2966             if ( inOvVirtualRectangle( getMousePosition().x, getMousePosition().y ) ) {
2967                 if ( !isInOvRect() ) {
2968                     setInOvRect( true );
2969                 }
2970             }
2971             else if ( isInOvRect() ) {
2972                 setInOvRect( false );
2973             }
2974         }
2975         if ( e.getModifiersEx() == InputEvent.CTRL_DOWN_MASK ) {
2976             if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DELETE ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_HOME )
2977                     || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_F ) ) {
2978                 getMainPanel().getTreeFontSet().mediumFonts();
2979                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
2980             }
2981             else if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_SUBTRACT ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_MINUS ) ) {
2982                 getMainPanel().getTreeFontSet().decreaseFontSize( 1, false );
2983                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
2984             }
2985             else if ( plusPressed( e.getKeyCode() ) ) {
2986                 getMainPanel().getTreeFontSet().increaseFontSize();
2987                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
2988             }
2989         }
2990         else {
2991             if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DELETE ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_HOME )
2992                     || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_F ) ) {
2993                 getControlPanel().showWhole();
2994             }
2995             else if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN )
2996                     || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_LEFT ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_RIGHT ) ) {
2997                 if ( e.getModifiersEx() == InputEvent.SHIFT_DOWN_MASK ) {
2998                     if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP ) {
2999                         getMainPanel().getControlPanel().zoomInY( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
3000                         getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3001                     }
3002                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN ) {
3003                         getMainPanel().getControlPanel().zoomOutY( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR );
3004                         getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3005                     }
3006                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_LEFT ) {
3007                         getMainPanel().getControlPanel().zoomOutX( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR,
3008                                                                    Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_X_CORRECTION_FACTOR );
3009                         getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3010                     }
3011                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_RIGHT ) {
3012                         getMainPanel().getControlPanel().zoomInX( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR,
3013                                                                   Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
3014                         getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3015                     }
3016                 }
3017                 else {
3018                     final int d = 80;
3019                     int dx = 0;
3020                     int dy = -d;
3021                     if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN ) {
3022                         dy = d;
3023                     }
3024                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_LEFT ) {
3025                         dx = -d;
3026                         dy = 0;
3027                     }
3028                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_RIGHT ) {
3029                         dx = d;
3030                         dy = 0;
3031                     }
3032                     final Point scroll_position = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getViewPosition();
3033                     scroll_position.x = scroll_position.x + dx;
3034                     scroll_position.y = scroll_position.y + dy;
3035                     if ( scroll_position.x <= 0 ) {
3036                         scroll_position.x = 0;
3037                     }
3038                     else {
3039                         final int max_x = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getMaximum()
3040                                 - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getVisibleAmount();
3041                         if ( scroll_position.x >= max_x ) {
3042                             scroll_position.x = max_x;
3043                         }
3044                     }
3045                     if ( scroll_position.y <= 0 ) {
3046                         scroll_position.y = 0;
3047                     }
3048                     else {
3049                         final int max_y = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getMaximum()
3050                                 - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getVisibleAmount();
3051                         if ( scroll_position.y >= max_y ) {
3052                             scroll_position.y = max_y;
3053                         }
3054                     }
3055                     repaint();
3056                     getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().setViewPosition( scroll_position );
3057                 }
3058             }
3059             else if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_SUBTRACT ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_MINUS ) ) {
3060                 getMainPanel().getControlPanel().zoomOutY( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR );
3061                 getMainPanel().getControlPanel().zoomOutX( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR,
3062                                                            Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_X_CORRECTION_FACTOR );
3063                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3064             }
3065             else if ( plusPressed( e.getKeyCode() ) ) {
3066                 getMainPanel().getControlPanel().zoomInX( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR,
3067                                                           Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
3068                 getMainPanel().getControlPanel().zoomInY( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
3069                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3070             }
3071             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_S ) {
3072                 if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
3073                         || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
3074                     setStartingAngle( ( getStartingAngle() % TWO_PI ) + ANGLE_ROTATION_UNIT );
3075                     getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3076                 }
3077             }
3078             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_A ) {
3079                 if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
3080                         || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
3081                     setStartingAngle( ( getStartingAngle() % TWO_PI ) - ANGLE_ROTATION_UNIT );
3082                     if ( getStartingAngle() < 0 ) {
3083                         setStartingAngle( TWO_PI + getStartingAngle() );
3084                     }
3085                     getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3086                 }
3087             }
3088             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_D ) {
3089                 boolean selected = false;
3090                 if ( getOptions().getNodeLabelDirection() == NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL ) {
3091                     getOptions().setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
3092                     selected = true;
3093                 }
3094                 else {
3095                     getOptions().setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
3096                 }
3097                 if ( getMainPanel().getMainFrame() == null ) {
3098                     // Must be "E" applet version.
3099                     final ArchaeopteryxE ae = ( ArchaeopteryxE ) ( ( MainPanelApplets ) getMainPanel() ).getApplet();
3100                     if ( ae.getlabelDirectionCbmi() != null ) {
3101                         ae.getlabelDirectionCbmi().setSelected( selected );
3102                     }
3103                 }
3104                 else {
3105                     getMainPanel().getMainFrame().getlabelDirectionCbmi().setSelected( selected );
3106                 }
3107                 repaint();
3108             }
3109             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_X ) {
3110                 switchDisplaygetPhylogenyGraphicsType();
3111                 repaint();
3112             }
3113             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_C ) {
3114                 cycleColors();
3115                 repaint();
3116             }
3117             else if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_O ) ) {
3118                 MainFrame.cycleOverview( getOptions(), this );
3119                 repaint();
3120             }
3121             else if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_I ) ) {
3122                 increaseOvSize();
3123             }
3124             else if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_U ) ) {
3125                 decreaseOvSize();
3126             }
3127             e.consume();
3128         }
3129     }
3130
3131     final private void makePopupMenus( final PhylogenyNode node ) {
3132         _node_popup_menu = new JPopupMenu();
3133         final List<String> clickto_names = _main_panel.getControlPanel().getSingleClickToNames();
3134         _node_popup_menu_items = new JMenuItem[ clickto_names.size() ];
3135         for( int i = 0; i < clickto_names.size(); i++ ) {
3136             final String title = clickto_names.get( i );
3137             _node_popup_menu_items[ i ] = new JMenuItem( title );
3138             if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.open_seq_web ][ 0 ] ) ) {
3139                 final String id = isCanOpenSeqWeb( node );
3140                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( id ) ) {
3141                     _node_popup_menu_items[ i ].setText( _node_popup_menu_items[ i ].getText() + " [" + id + "]" );
3142                     _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( true );
3143                 }
3144                 else {
3145                     _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( false );
3146                 }
3147             }
3148             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.open_tax_web ][ 0 ] ) ) {
3149                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanOpenTaxWeb( node ) );
3150             }
3151             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.blast ][ 0 ] ) ) {
3152                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanBlast( node ) );
3153             }
3154             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.delete_subtree_or_node ][ 0 ] ) ) {
3155                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3156                     continue;
3157                 }
3158                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanDelete() );
3159             }
3160             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.cut_subtree ][ 0 ] ) ) {
3161                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3162                     continue;
3163                 }
3164                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanCut( node ) );
3165             }
3166             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.copy_subtree ][ 0 ] ) ) {
3167                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3168                     continue;
3169                 }
3170                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanCopy() );
3171             }
3172             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.paste_subtree ][ 0 ] ) ) {
3173                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3174                     continue;
3175                 }
3176                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanPaste() );
3177             }
3178             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.edit_node_data ][ 0 ] ) ) {
3179                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3180                     continue;
3181                 }
3182             }
3183             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.add_new_node ][ 0 ] ) ) {
3184                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3185                     continue;
3186                 }
3187             }
3188             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.reroot ][ 0 ] ) ) {
3189                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanReroot() );
3190             }
3191             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.collapse_uncollapse ][ 0 ] ) ) {
3192                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( ( isCanCollapse() && !node.isExternal() ) );
3193             }
3194             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.color_subtree ][ 0 ] ) ) {
3195                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanColorSubtree() );
3196             }
3197             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.subtree ][ 0 ] ) ) {
3198                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanSubtree( node ) );
3199             }
3200             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.swap ][ 0 ] ) ) {
3201                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( node.getNumberOfDescendants() == 2 );
3202             }
3203             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.sort_descendents ][ 0 ] ) ) {
3204                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( node.getNumberOfDescendants() > 1 );
3205             }
3206             _node_popup_menu_items[ i ].addActionListener( this );
3207             _node_popup_menu.add( _node_popup_menu_items[ i ] );
3208         }
3209     }
3210
3211     private final String obtainTitleForExtDescNodeData() {
3212         switch ( getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() ) {
3213             case NODE_NAME:
3214                 return "Node Names";
3215             case SEQUENCE_NAME:
3216                 return "Sequence Names";
3217             case SEQUENCE_SYMBOL:
3218                 return "Sequence Symbols";
3219             case SEQUENCE_MOL_SEQ:
3220                 return "Molecular Sequences";
3221             case SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA:
3222                 return "Molecular Sequences (Fasta)";
3223             case SEQUENCE_ACC:
3224                 return "Sequence Accessors";
3225             case TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME:
3226                 return "Scientific Names";
3227             case TAXONOMY_CODE:
3228                 return "Taxonomy Codes";
3229             case UNKNOWN:
3230                 return "User Selected Data";
3231             default:
3232                 throw new IllegalArgumentException( "unknown data element: "
3233                         + getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() );
3234         }
3235     }
3236
3237     final private String isCanOpenSeqWeb( final PhylogenyNode node ) {
3238         String v = ForesterUtil.extractUniProtKbProteinSeqIdentifier( node );
3239         if ( ForesterUtil.isEmpty( v ) ) {
3240             v = ForesterUtil.extractGenbankAccessor( node );
3241         }
3242         if ( ForesterUtil.isEmpty( v ) ) {
3243             v = ForesterUtil.extractRefSeqAccessorAccessor( node );
3244         }
3245         if ( ForesterUtil.isEmpty( v ) ) {
3246             v = ForesterUtil.extractGInumber( node );
3247         }
3248         return v;
3249     }
3250
3251     final private void openSeqWeb( final PhylogenyNode node ) {
3252         if ( ForesterUtil.isEmpty( isCanOpenSeqWeb( node ) ) ) {
3253             cannotOpenBrowserWarningMessage( "sequence" );
3254             return;
3255         }
3256         final String uri_str = AptxUtil.createUriForSeqWeb( node, getConfiguration(), this );
3257         if ( !ForesterUtil.isEmpty( uri_str ) ) {
3258             try {
3259                 AptxUtil.launchWebBrowser( new URI( uri_str ),
3260                                            isApplet(),
3261                                            isApplet() ? obtainApplet() : null,
3262                                            "_aptx_seq" );
3263             }
3264             catch ( final IOException e ) {
3265                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3266                 e.printStackTrace();
3267             }
3268             catch ( final URISyntaxException e ) {
3269                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3270                 e.printStackTrace();
3271             }
3272         }
3273         else {
3274             cannotOpenBrowserWarningMessage( "sequence" );
3275         }
3276     }
3277
3278     final private void openTaxWeb( final PhylogenyNode node ) {
3279         if ( !isCanOpenTaxWeb( node ) ) {
3280             cannotOpenBrowserWarningMessage( "taxonomic" );
3281             return;
3282         }
3283         String uri_str = null;
3284         final Taxonomy tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
3285         if ( ( tax.getIdentifier() != null ) && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() )
3286                 && tax.getIdentifier().getValue().startsWith( "http://" ) ) {
3287             try {
3288                 uri_str = new URI( tax.getIdentifier().getValue() ).toString();
3289             }
3290             catch ( final URISyntaxException e ) {
3291                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3292                 uri_str = null;
3293                 e.printStackTrace();
3294             }
3295         }
3296         else if ( ( tax.getIdentifier() != null )
3297                 && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() )
3298                 && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getProvider() )
3299                 && ( tax.getIdentifier().getProvider().equalsIgnoreCase( "ncbi" ) || tax.getIdentifier().getProvider()
3300                         .equalsIgnoreCase( "uniprot" ) ) ) {
3301             try {
3302                 uri_str = "http://www.uniprot.org/taxonomy/"
3303                         + URLEncoder.encode( tax.getIdentifier().getValue(), ForesterConstants.UTF8 );
3304             }
3305             catch ( final UnsupportedEncodingException e ) {
3306                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3307                 e.printStackTrace();
3308             }
3309         }
3310         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
3311             try {
3312                 uri_str = "http://www.uniprot.org/taxonomy/?query="
3313                         + URLEncoder.encode( tax.getScientificName(), ForesterConstants.UTF8 );
3314             }
3315             catch ( final UnsupportedEncodingException e ) {
3316                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3317                 e.printStackTrace();
3318             }
3319         }
3320         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
3321             try {
3322                 uri_str = "http://www.uniprot.org/taxonomy/?query="
3323                         + URLEncoder.encode( tax.getTaxonomyCode(), ForesterConstants.UTF8 );
3324             }
3325             catch ( final UnsupportedEncodingException e ) {
3326                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3327                 e.printStackTrace();
3328             }
3329         }
3330         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
3331             try {
3332                 uri_str = "http://www.uniprot.org/taxonomy/?query="
3333                         + URLEncoder.encode( tax.getCommonName(), ForesterConstants.UTF8 );
3334             }
3335             catch ( final UnsupportedEncodingException e ) {
3336                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3337                 e.printStackTrace();
3338             }
3339         }
3340         if ( !ForesterUtil.isEmpty( uri_str ) ) {
3341             try {
3342                 AptxUtil.launchWebBrowser( new URI( uri_str ),
3343                                            isApplet(),
3344                                            isApplet() ? obtainApplet() : null,
3345                                            "_aptx_tax" );
3346             }
3347             catch ( final IOException e ) {
3348                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3349                 e.printStackTrace();
3350             }
3351             catch ( final URISyntaxException e ) {
3352                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3353                 e.printStackTrace();
3354             }
3355         }
3356         else {
3357             cannotOpenBrowserWarningMessage( "taxonomic" );
3358         }
3359     }
3360
3361     final private void paintBranchLength( final Graphics2D g,
3362                                           final PhylogenyNode node,
3363                                           final boolean to_pdf,
3364                                           final boolean to_graphics_file ) {
3365         g.setFont( getTreeFontSet().getSmallFont() );
3366         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3367             g.setColor( Color.BLACK );
3368         }
3369         else {
3370             g.setColor( getTreeColorSet().getBranchLengthColor() );
3371         }
3372         if ( !node.isRoot() ) {
3373             if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3374                 TreePanel.drawString( FORMATTER_BRANCH_LENGTH.format( node.getDistanceToParent() ), node.getParent()
3375                         .getXcoord() + EURO_D, node.getYcoord() - getTreeFontSet()._small_max_descent, g );
3376             }
3377             else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3378                 TreePanel.drawString( FORMATTER_BRANCH_LENGTH.format( node.getDistanceToParent() ), node.getParent()
3379                         .getXcoord() + ROUNDED_D, node.getYcoord() - getTreeFontSet()._small_max_descent, g );
3380             }
3381             else {
3382                 TreePanel.drawString( FORMATTER_BRANCH_LENGTH.format( node.getDistanceToParent() ), node.getParent()
3383                         .getXcoord() + 3, node.getYcoord() - getTreeFontSet()._small_max_descent, g );
3384             }
3385         }
3386         else {
3387             TreePanel.drawString( FORMATTER_BRANCH_LENGTH.format( node.getDistanceToParent() ), 3, node.getYcoord()
3388                     - getTreeFontSet()._small_max_descent, g );
3389         }
3390     }
3391
3392     final private void paintBranchLite( final Graphics2D g,
3393                                         final float x1,
3394                                         final float x2,
3395                                         final float y1,
3396                                         final float y2,
3397                                         final PhylogenyNode node ) {
3398         g.setColor( getTreeColorSet().getOvColor() );
3399         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR ) {
3400             drawLine( x1, y1, x2, y2, g );
3401         }
3402         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX ) {
3403             _quad_curve.setCurve( x1, y1, x1, y2, x2, y2 );
3404             ( g ).draw( _quad_curve );
3405         }
3406         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED ) {
3407             final float dx = x2 - x1;
3408             final float dy = y2 - y1;
3409             _cubic_curve.setCurve( x1, y1, x1 + ( dx * 0.4f ), y1 + ( dy * 0.2f ), x1 + ( dx * 0.6f ), y1
3410                     + ( dy * 0.8f ), x2, y2 );
3411             ( g ).draw( _cubic_curve );
3412         }
3413         else {
3414             final float x2a = x2;
3415             final float x1a = x1;
3416             // draw the vertical line
3417             if ( node.isFirstChildNode() || node.isLastChildNode() ) {
3418                 drawLine( x1, y1, x1, y2, g );
3419             }
3420             // draw the horizontal line
3421             drawLine( x1a, y2, x2a, y2, g );
3422         }
3423     }
3424
3425     /**
3426      * Paint a branch which consists of a vertical and a horizontal bar
3427      * @param is_ind_found_nodes
3428      */
3429     final private void paintBranchRectangular( final Graphics2D g,
3430                                                final float x1,
3431                                                final float x2,
3432                                                final float y1,
3433                                                final float y2,
3434                                                final PhylogenyNode node,
3435                                                final boolean to_pdf,
3436                                                final boolean to_graphics_file ) {
3437         assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( node, false, g, to_pdf, to_graphics_file );
3438         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR ) {
3439             drawLine( x1, y1, x2, y2, g );
3440         }
3441         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX ) {
3442             _quad_curve.setCurve( x1, y1, x1, y2, x2, y2 );
3443             g.draw( _quad_curve );
3444         }
3445         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED ) {
3446             final float dx = x2 - x1;
3447             final float dy = y2 - y1;
3448             _cubic_curve.setCurve( x1, y1, x1 + ( dx * 0.4f ), y1 + ( dy * 0.2f ), x1 + ( dx * 0.6f ), y1
3449                     + ( dy * 0.8f ), x2, y2 );
3450             g.draw( _cubic_curve );
3451         }
3452         else {
3453             final float x2a = x2;
3454             final float x1a = x1;
3455             float y2_r = 0;
3456             if ( node.isFirstChildNode() || node.isLastChildNode()
3457                     || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE )
3458                     || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) ) {
3459                 if ( !to_graphics_file
3460                         && !to_pdf
3461                         && ( ( ( y2 < ( getVisibleRect().getMinY() - 20 ) ) && ( y1 < ( getVisibleRect().getMinY() - 20 ) ) ) || ( ( y2 > ( getVisibleRect()
3462                                 .getMaxY() + 20 ) ) && ( y1 > ( getVisibleRect().getMaxY() + 20 ) ) ) ) ) {
3463                     // Do nothing.
3464                 }
3465                 else {
3466                     if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3467                         float x2c = x1 + EURO_D;
3468                         if ( x2c > x2a ) {
3469                             x2c = x2a;
3470                         }
3471                         drawLine( x1, y1, x2c, y2, g );
3472                     }
3473                     else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3474                         if ( y2 > y1 ) {
3475                             y2_r = y2 - ROUNDED_D;
3476                             if ( y2_r < y1 ) {
3477                                 y2_r = y1;
3478                             }
3479                             drawLine( x1, y1, x1, y2_r, g );
3480                         }
3481                         else {
3482                             y2_r = y2 + ROUNDED_D;
3483                             if ( y2_r > y1 ) {
3484                                 y2_r = y1;
3485                             }
3486                             drawLine( x1, y1, x1, y2_r, g );
3487                         }
3488                     }
3489                     else {
3490                         drawLine( x1, y1, x1, y2, g );
3491                     }
3492                 }
3493             }
3494             // draw the horizontal line
3495             if ( !to_graphics_file && !to_pdf
3496                     && ( ( y2 < ( getVisibleRect().getMinY() - 20 ) ) || ( y2 > ( getVisibleRect().getMaxY() + 20 ) ) ) ) {
3497                 return;
3498             }
3499             float x1_r = 0;
3500             if ( !getControlPanel().isWidthBranches() || ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( node ) == 1 ) ) {
3501                 if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3502                     x1_r = x1a + ROUNDED_D;
3503                     if ( x1_r < x2a ) {
3504                         drawLine( x1_r, y2, x2a, y2, g );
3505                     }
3506                 }
3507                 else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3508                     final float x1c = x1a + EURO_D;
3509                     if ( x1c < x2a ) {
3510                         drawLine( x1c, y2, x2a, y2, g );
3511                     }
3512                 }
3513                 else {
3514                     drawLine( x1a, y2, x2a, y2, g );
3515                 }
3516             }
3517             else {
3518                 final double w = PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( node );
3519                 if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3520                     x1_r = x1a + ROUNDED_D;
3521                     if ( x1_r < x2a ) {
3522                         drawRectFilled( x1_r, y2 - ( w / 2 ), x2a - x1_r, w, g );
3523                     }
3524                 }
3525                 else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3526                     final float x1c = x1a + EURO_D;
3527                     if ( x1c < x2a ) {
3528                         drawRectFilled( x1c, y2 - ( w / 2 ), x2a - x1c, w, g );
3529                     }
3530                 }
3531                 else {
3532                     drawRectFilled( x1a, y2 - ( w / 2 ), x2a - x1a, w, g );
3533                 }
3534             }
3535             if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) ) {
3536                 if ( x1_r > x2a ) {
3537                     x1_r = x2a;
3538                 }
3539                 if ( y2 > y2_r ) {
3540                     final double diff = y2 - y2_r;
3541                     _arc.setArc( x1, y2_r - diff, 2 * ( x1_r - x1 ), 2 * diff, 180, 90, Arc2D.OPEN );
3542                 }
3543                 else {
3544                     _arc.setArc( x1, y2, 2 * ( x1_r - x1 ), 2 * ( y2_r - y2 ), 90, 90, Arc2D.OPEN );
3545                 }
3546                 g.draw( _arc );
3547             }
3548         }
3549         if ( node.isExternal() ) {
3550             paintNodeBox( x2, y2, node, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( node )
3551                     || isInCurrentExternalNodes( node ) );
3552         }
3553     }
3554
3555     final private double paintCirculars( final PhylogenyNode n,
3556                                          final Phylogeny phy,
3557                                          final float center_x,
3558                                          final float center_y,
3559                                          final double radius,
3560                                          final boolean radial_labels,
3561                                          final Graphics2D g,
3562                                          final boolean to_pdf,
3563                                          final boolean to_graphics_file ) {
3564         if ( n.isExternal() || n.isCollapse() ) { //~~circ collapse
3565             if ( !_urt_nodeid_angle_map.containsKey( n.getId() ) ) {
3566                 System.out.println( "no " + n + " =====>>>>>>> ERROR!" );//TODO
3567             }
3568             return _urt_nodeid_angle_map.get( n.getId() );
3569         }
3570         else {
3571             final List<PhylogenyNode> descs = n.getDescendants();
3572             double sum = 0;
3573             for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
3574                 sum += paintCirculars( desc,
3575                                        phy,
3576                                        center_x,
3577                                        center_y,
3578                                        radius,
3579                                        radial_labels,
3580                                        g,
3581                                        to_pdf,
3582                                        to_graphics_file );
3583             }
3584             double r = 0;
3585             if ( !n.isRoot() ) {
3586                 r = 1 - ( ( ( double ) _circ_max_depth - n.calculateDepth() ) / _circ_max_depth );
3587             }
3588             final double theta = sum / descs.size();
3589             n.setXcoord( ( float ) ( center_x + ( r * radius * Math.cos( theta ) ) ) );
3590             n.setYcoord( ( float ) ( center_y + ( r * radius * Math.sin( theta ) ) ) );
3591             _urt_nodeid_angle_map.put( n.getId(), theta );
3592             for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
3593                 paintBranchCircular( n, desc, g, radial_labels, to_pdf, to_graphics_file );
3594             }
3595             return theta;
3596         }
3597     }
3598
3599     final private void paintCircularsLite( final PhylogenyNode n,
3600                                            final Phylogeny phy,
3601                                            final int center_x,
3602                                            final int center_y,
3603                                            final int radius,
3604                                            final Graphics2D g ) {
3605         if ( n.isExternal() ) {
3606             return;
3607         }
3608         else {
3609             final List<PhylogenyNode> descs = n.getDescendants();
3610             for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
3611                 paintCircularsLite( desc, phy, center_x, center_y, radius, g );
3612             }
3613             float r = 0;
3614             if ( !n.isRoot() ) {
3615                 r = 1 - ( ( ( float ) _circ_max_depth - n.calculateDepth() ) / _circ_max_depth );
3616             }
3617             final double theta = _urt_nodeid_angle_map.get( n.getId() );
3618             n.setXSecondary( ( float ) ( center_x + ( radius * r * Math.cos( theta ) ) ) );
3619             n.setYSecondary( ( float ) ( center_y + ( radius * r * Math.sin( theta ) ) ) );
3620             for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
3621                 paintBranchCircularLite( n, desc, g );
3622             }
3623         }
3624     }
3625
3626     final private void paintCollapsedNode( final Graphics2D g,
3627                                            final PhylogenyNode node,
3628                                            final boolean to_graphics_file,
3629                                            final boolean to_pdf,
3630                                            final boolean is_in_found_nodes ) {
3631         Color c = null;
3632         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3633             c = Color.BLACK;
3634         }
3635         else if ( is_in_found_nodes ) {
3636             c = getTreeColorSet().getFoundColor();
3637         }
3638         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
3639             c = getTaxonomyBasedColor( node );
3640         }
3641         else if ( getOptions().isColorLabelsSameAsParentBranch() && getControlPanel().isColorBranches()
3642                 && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
3643             c = PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node );
3644         }
3645         else {
3646             c = getTreeColorSet().getCollapseFillColor();
3647         }
3648         double d = node.getAllExternalDescendants().size();
3649         if ( d > 1000 ) {
3650             d = ( 3 * _y_distance ) / 3;
3651         }
3652         else {
3653             d = ( Math.log10( d ) * _y_distance ) / 2.5;
3654         }
3655         final int box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize();
3656         if ( d < box_size ) {
3657             d = box_size;
3658         }
3659         _polygon.reset();
3660         _polygon.addPoint( ForesterUtil.roundToInt( node.getXcoord() - box_size ),
3661                            ForesterUtil.roundToInt( node.getYcoord() ) );
3662         _polygon.addPoint( ForesterUtil.roundToInt( node.getXcoord() + box_size ),
3663                            ForesterUtil.roundToInt( node.getYcoord() - d ) );
3664         _polygon.addPoint( ForesterUtil.roundToInt( node.getXcoord() + box_size ),
3665                            ForesterUtil.roundToInt( node.getYcoord() + d ) );
3666         if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.SOLID ) {
3667             g.setColor( c );
3668             g.fillPolygon( _polygon );
3669         }
3670         else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.NONE ) {
3671             g.setColor( getBackground() );
3672             g.fillPolygon( _polygon );
3673             g.setColor( c );
3674             g.drawPolygon( _polygon );
3675         }
3676         else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeFill.GRADIENT ) {
3677             g.setPaint( new GradientPaint( node.getXcoord() - box_size, node.getYcoord(), getBackground(), ( node
3678                     .getXcoord() + box_size ), ( float ) ( node.getYcoord() - d ), c, false ) );
3679             g.fill( _polygon );
3680             g.setPaint( c );
3681             g.draw( _polygon );
3682         }
3683         paintNodeData( g, node, to_graphics_file, to_pdf, is_in_found_nodes );
3684     }
3685
3686     final private void paintConfidenceValues( final Graphics2D g,
3687                                               final PhylogenyNode node,
3688                                               final boolean to_pdf,
3689                                               final boolean to_graphics_file ) {
3690         final List<Confidence> confidences = node.getBranchData().getConfidences();
3691         //        if ( confidences.size() == 1 ) {
3692         //            final double value = node.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue();
3693         //            if ( ( value == Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) || ( value < getOptions().getMinConfidenceValue() ) ) {
3694         //                return;
3695         //            }
3696         //            conf_str = FORMATTER_CONFIDENCE.format( value );
3697         //        }
3698         //        else if ( confidences.size() > 1 ) {
3699         boolean one_ok = false;
3700         boolean not_first = false;
3701         Collections.sort( confidences );
3702         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
3703         String conf_str = "";
3704         for( final Confidence confidence : confidences ) {
3705             final double value = confidence.getValue();
3706             if ( value != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
3707                 if ( value >= getOptions().getMinConfidenceValue() ) {
3708                     one_ok = true;
3709                 }
3710                 if ( not_first ) {
3711                     sb.append( "/" );
3712                 }
3713                 else {
3714                     not_first = true;
3715                 }
3716                 sb.append( FORMATTER_CONFIDENCE.format( ForesterUtil.round( value, getOptions()
3717                         .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() ) ) );
3718                 if ( getOptions().isShowConfidenceStddev() ) {
3719                     if ( confidence.getStandardDeviation() != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
3720                         sb.append( "(" );
3721                         sb.append( FORMATTER_CONFIDENCE.format( ForesterUtil.round( confidence.getStandardDeviation(),
3722                                                                                     getOptions()
3723                                                                                             .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() ) ) );
3724                         sb.append( ")" );
3725                     }
3726                 }
3727             }
3728             //}
3729             if ( one_ok ) {
3730                 conf_str = sb.toString();
3731             }
3732         }
3733         if ( conf_str.length() > 0 ) {
3734             final double parent_x = node.getParent().getXcoord();
3735             double x = node.getXcoord();
3736             g.setFont( getTreeFontSet().getSmallFont() );
3737             if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3738                 x += EURO_D;
3739             }
3740             else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3741                 x += ROUNDED_D;
3742             }
3743             if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3744                 g.setColor( Color.BLACK );
3745             }
3746             else {
3747                 g.setColor( getTreeColorSet().getConfidenceColor() );
3748             }
3749             TreePanel
3750                     .drawString( conf_str,
3751                                  parent_x
3752                                          + ( ( x - parent_x - getTreeFontSet()._fm_small.stringWidth( conf_str ) ) / 2 ),
3753                                  ( node.getYcoord() + getTreeFontSet()._small_max_ascent ) - 1,
3754                                  g );
3755         }
3756     }
3757
3758     final private void paintFoundNode( final int x, final int y, final Graphics2D g ) {
3759         final int box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize();
3760         final int half_box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize() / 2;
3761         g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
3762         g.fillRect( x - half_box_size, y - half_box_size, box_size, box_size );
3763     }
3764
3765     final private void paintGainedAndLostCharacters( final Graphics2D g,
3766                                                      final PhylogenyNode node,
3767                                                      final String gained,
3768                                                      final String lost ) {
3769         if ( node.getParent() != null ) {
3770             final double parent_x = node.getParent().getXcoord();
3771             final double x = node.getXcoord();
3772             g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont() );
3773             g.setColor( getTreeColorSet().getGainedCharactersColor() );
3774             if ( Constants.SPECIAL_CUSTOM ) {
3775                 g.setColor( Color.BLUE );
3776             }
3777             TreePanel
3778                     .drawString( gained,
3779                                  parent_x + ( ( x - parent_x - getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( gained ) ) / 2 ),
3780                                  ( node.getYcoord() - getTreeFontSet()._fm_large.getMaxDescent() ),
3781                                  g );
3782             g.setColor( getTreeColorSet().getLostCharactersColor() );
3783             TreePanel.drawString( lost,
3784                                   parent_x + ( ( x - parent_x - getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( lost ) ) / 2 ),
3785                                   ( node.getYcoord() + getTreeFontSet()._fm_large.getMaxAscent() ),
3786                                   g );
3787         }
3788     }
3789
3790     /**
3791      * Draw a box at the indicated node.
3792      *
3793      * @param x
3794      * @param y
3795      * @param node
3796      * @param g
3797      */
3798     final private void paintNodeBox( final double x,
3799                                      final double y,
3800                                      final PhylogenyNode node,
3801                                      final Graphics2D g,
3802                                      final boolean to_pdf,
3803                                      final boolean to_graphics_file,
3804                                      final boolean is_in_found_nodes ) {
3805         if ( node.isCollapse() ) {
3806             return;
3807         }
3808         // if this node should be highlighted, do so
3809         if ( ( _highlight_node == node ) && !to_pdf && !to_graphics_file ) {
3810             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
3811             drawOval( x - 8, y - 8, 16, 16, g );
3812             drawOval( x - 9, y - 8, 17, 17, g );
3813             drawOval( x - 9, y - 9, 18, 18, g );
3814         }
3815         if ( is_in_found_nodes ) {
3816             paintFoundNode( ForesterUtil.roundToInt( x ), ForesterUtil.roundToInt( y ), g );
3817         }
3818         else {
3819             Color outline_color = null;
3820             if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3821                 outline_color = Color.BLACK;
3822             }
3823             else if ( getControlPanel().isEvents() && AptxUtil.isHasAssignedEvent( node ) ) {
3824                 final Event event = node.getNodeData().getEvent();
3825                 if ( event.isDuplication() ) {
3826                     outline_color = getTreeColorSet().getDuplicationBoxColor();
3827                 }
3828                 else if ( event.isSpeciation() ) {
3829                     outline_color = getTreeColorSet().getSpecBoxColor();
3830                 }
3831                 else if ( event.isSpeciationOrDuplication() ) {
3832                     outline_color = getTreeColorSet().getDuplicationOrSpeciationColor();
3833                 }
3834             }
3835             else if ( getOptions().isTaxonomyColorizeNodeShapes() ) {
3836                 outline_color = getTaxonomyBasedColor( node );
3837             }
3838             else {
3839                 outline_color = getGraphicsForNodeBoxWithColorForParentBranch( node );
3840                 if ( to_pdf && ( outline_color == getTreeColorSet().getBranchColor() ) ) {
3841                     outline_color = getTreeColorSet().getBranchColorForPdf();
3842                 }
3843             }
3844             final int box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize();
3845             final int half_box_size = box_size / 2;
3846             if ( ( getOptions().isShowDefaultNodeShapesExternal() && node.isExternal() )
3847                     || ( getOptions().isShowDefaultNodeShapesInternal() && node.isInternal() )
3848                     || ( getControlPanel().isEvents() && node.isHasAssignedEvent() ) ) {
3849                 if ( getOptions().getDefaultNodeShape() == NodeShape.CIRCLE ) {
3850                     if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeFill.GRADIENT ) {
3851                         drawOvalGradient( x - half_box_size,
3852                                           y - half_box_size,
3853                                           box_size,
3854                                           box_size,
3855                                           g,
3856                                           to_pdf ? Color.WHITE : outline_color,
3857                                           to_pdf ? outline_color : getBackground(),
3858                                           outline_color );
3859                     }
3860                     else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeFill.NONE ) {
3861                         Color background = getBackground();
3862                         if ( to_pdf ) {
3863                             background = Color.WHITE;
3864                         }
3865                         drawOvalGradient( x - half_box_size,
3866                                           y - half_box_size,
3867                                           box_size,
3868                                           box_size,
3869                                           g,
3870                                           background,
3871                                           background,
3872                                           outline_color );
3873                     }
3874                     else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.SOLID ) {
3875                         g.setColor( outline_color );
3876                         drawOvalFilled( x - half_box_size, y - half_box_size, box_size, box_size, g );
3877                     }
3878                 }
3879                 else if ( getOptions().getDefaultNodeShape() == NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE ) {
3880                     if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT ) {
3881                         drawRectGradient( x - half_box_size,
3882                                           y - half_box_size,
3883                                           box_size,
3884                                           box_size,
3885                                           g,
3886                                           to_pdf ? Color.WHITE : outline_color,
3887                                           to_pdf ? outline_color : getBackground(),
3888                                           outline_color );
3889                     }
3890                     else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.NONE ) {
3891                         Color background = getBackground();
3892                         if ( to_pdf ) {
3893                             background = Color.WHITE;
3894                         }
3895                         drawRectGradient( x - half_box_size,
3896                                           y - half_box_size,
3897                                           box_size,
3898                                           box_size,
3899                                           g,
3900                                           background,
3901                                           background,
3902                                           outline_color );
3903                     }
3904                     else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.SOLID ) {
3905                         g.setColor( outline_color );
3906                         drawRectFilled( x - half_box_size, y - half_box_size, box_size, box_size, g );
3907                     }
3908                 }
3909             }
3910         }
3911     }
3912
3913     final private void paintNodeData( final Graphics2D g,
3914                                       final PhylogenyNode node,
3915                                       final boolean to_graphics_file,
3916                                       final boolean to_pdf,
3917                                       final boolean is_in_found_nodes ) {
3918         if ( isNodeDataInvisible( node ) && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
3919             return;
3920         }
3921         if ( getOptions().isShowBranchLengthValues()
3922                 && ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR )
3923                         || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) )
3924                 && ( !node.isRoot() ) && ( node.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) ) {
3925             paintBranchLength( g, node, to_pdf, to_graphics_file );
3926         }
3927         if ( !getControlPanel().isShowInternalData() && !node.isExternal() && !node.isCollapse() ) {
3928             return;
3929         }
3930         int x = 0;
3931         final int half_box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize() / 2;
3932         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyImages()
3933                 && ( getImageMap() != null )
3934                 && !getImageMap().isEmpty()
3935                 && node.getNodeData().isHasTaxonomy()
3936                 && ( ( node.getNodeData().getTaxonomy().getUris() != null ) && !node.getNodeData().getTaxonomy()
3937                         .getUris().isEmpty() ) ) {
3938             x += drawTaxonomyImage( node.getXcoord() + 2 + half_box_size, node.getYcoord(), node, g );
3939         }
3940         if ( ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode() || getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames() || getControlPanel()
3941                 .isShowTaxonomyCommonNames() ) && node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
3942             x += paintTaxonomy( g, node, is_in_found_nodes, to_pdf, to_graphics_file, x );
3943         }
3944         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3945             g.setColor( Color.BLACK );
3946         }
3947         else if ( is_in_found_nodes ) {
3948             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
3949         }
3950         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
3951             g.setColor( getTaxonomyBasedColor( node ) );
3952         }
3953         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToAnnotation()
3954                 && ( node.getNodeData().isHasSequence() && ( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() != null ) && ( !node
3955                         .getNodeData().getSequence().getAnnotations().isEmpty() ) ) ) {
3956             g.setColor( calculateColorForAnnotation( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() ) );
3957         }
3958         else if ( getOptions().isColorLabelsSameAsParentBranch() && getControlPanel().isColorBranches()
3959                 && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
3960             g.setColor( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) );
3961         }
3962         else if ( to_pdf ) {
3963             g.setColor( Color.BLACK );
3964         }
3965         else {
3966             g.setColor( getTreeColorSet().getSequenceColor() );
3967         }
3968         _sb.setLength( 0 );
3969         if ( node.isCollapse() && ( ( !node.isRoot() && !node.getParent().isCollapse() ) || node.isRoot() ) ) {
3970             _sb.append( " [" );
3971             _sb.append( node.getAllExternalDescendants().size() );
3972             _sb.append( "]" );
3973         }
3974         if ( getControlPanel().isShowNodeNames() && ( node.getName().length() > 0 ) ) {
3975             if ( _sb.length() > 0 ) {
3976                 _sb.append( " " );
3977             }
3978             _sb.append( node.getName() );
3979         }
3980         if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
3981             if ( getControlPanel().isShowGeneSymbols() && ( node.getNodeData().getSequence().getSymbol().length() > 0 ) ) {
3982                 if ( _sb.length() > 0 ) {
3983                     _sb.append( " " );
3984                 }
3985                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getSymbol() );
3986             }
3987             if ( getControlPanel().isShowGeneNames() && ( node.getNodeData().getSequence().getName().length() > 0 ) ) {
3988                 if ( _sb.length() > 0 ) {
3989                     _sb.append( " " );
3990                 }
3991                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getName() );
3992             }
3993             if ( getControlPanel().isShowSequenceAcc() && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) ) {
3994                 if ( _sb.length() > 0 ) {
3995                     _sb.append( " " );
3996                 }
3997                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() ) ) {
3998                     _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() );
3999                     _sb.append( ":" );
4000                 }
4001                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue() );
4002             }
4003         }
4004         if ( getControlPanel().isShowProperties() && node.getNodeData().isHasProperties() ) {
4005             if ( _sb.length() > 0 ) {
4006                 _sb.append( " " );
4007             }
4008             _sb.append( propertiesToString( node ) );
4009         }
4010         g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont() );
4011         if ( is_in_found_nodes ) {
4012             g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont().deriveFont( Font.BOLD ) );
4013         }
4014         double down_shift_factor = 3.0;
4015         if ( !node.isExternal() && ( node.getNumberOfDescendants() == 1 ) ) {
4016             down_shift_factor = 1;
4017         }
4018         final double pos_x = node.getXcoord() + x + 2 + half_box_size;
4019         final double pos_y = ( node.getYcoord() + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ) );
4020         final String sb_str = _sb.toString();
4021         // GUILHEM_BEG ______________
4022         if ( _control_panel.isShowSequenceRelations() && node.getNodeData().isHasSequence()
4023                 && ( _query_sequence != null ) ) {
4024             int nodeTextBoundsWidth = 0;
4025             if ( sb_str.length() > 0 ) {
4026                 final Rectangle2D node_text_bounds = new TextLayout( sb_str, g.getFont(), _frc ).getBounds(); //would like to remove this 'new', but how...
4027                 nodeTextBoundsWidth = ( int ) node_text_bounds.getWidth();
4028             }
4029             if ( node.getNodeData().getSequence().equals( _query_sequence ) ) {
4030                 if ( nodeTextBoundsWidth > 0 ) { // invert font color and background color to show that this is the query sequence
4031                     g.fillRect( ( int ) pos_x - 1, ( int ) pos_y - 8, nodeTextBoundsWidth + 5, 11 );
4032                     g.setColor( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
4033                 }
4034             }
4035             else {
4036                 final List<SequenceRelation> seqRelations = node.getNodeData().getSequence().getSequenceRelations();
4037                 for( final SequenceRelation seqRelation : seqRelations ) {
4038                     final boolean fGotRelationWithQuery = ( seqRelation.getRef0().isEqual( _query_sequence ) || seqRelation
4039                             .getRef1().isEqual( _query_sequence ) )
4040                             && seqRelation.getType().equals( getControlPanel().getSequenceRelationTypeBox()
4041                                     .getSelectedItem() );
4042                     if ( fGotRelationWithQuery ) { // we will underline the text to show that this sequence is ortholog to the query
4043                         final double linePosX = node.getXcoord() + 2 + half_box_size;
4044                         final String sConfidence = ( !getControlPanel().isShowSequenceRelationConfidence() || ( seqRelation
4045                                 .getConfidence() == null ) ) ? null : " (" + seqRelation.getConfidence().getValue()
4046                                 + ")";
4047                         if ( sConfidence != null ) {
4048                             double confidenceX = pos_x;
4049                             if ( sb_str.length() > 0 ) {
4050                                 confidenceX += new TextLayout( sb_str, g.getFont(), _frc ).getBounds().getWidth()
4051                                         + CONFIDENCE_LEFT_MARGIN;
4052                             }
4053                             if ( confidenceX > linePosX ) { // let's only display confidence value if we are already displaying at least one of Prot/Gene Name and Taxonomy Code
4054                                 final int confidenceWidth = ( int ) new TextLayout( sConfidence, g.getFont(), _frc )
4055                                         .getBounds().getWidth();
4056                                 TreePanel.drawString( sConfidence, confidenceX, pos_y, g );
4057                                 x += CONFIDENCE_LEFT_MARGIN + confidenceWidth;
4058                             }
4059                         }
4060                         if ( ( x + nodeTextBoundsWidth ) > 0 ) /* we only underline if there is something displayed */
4061                         {
4062                             if ( nodeTextBoundsWidth == 0 ) {
4063                                 nodeTextBoundsWidth -= 3; /* the gap between taxonomy code and node name should not be underlined if nothing comes after it */
4064                             }
4065                             else {
4066                                 nodeTextBoundsWidth += 2;
4067                             }
4068                             g.drawLine( ( int ) linePosX + 1, 3 + ( int ) pos_y, ( int ) linePosX + x
4069                                     + nodeTextBoundsWidth, 3 + ( int ) pos_y );
4070                             break;
4071                         }
4072                     }
4073                 }
4074             }
4075         }
4076         if ( sb_str.length() > 0 ) {
4077             TreePanel.drawString( sb_str, pos_x, pos_y, g );
4078         }
4079         // GUILHEM_END _____________
4080         // COMMENTED_OUT_BY_GUILHEM_BEG _______________
4081         // TODO FIXME need to check this one!
4082         //if ( _sb.length() > 0 ) {
4083         //    TreePanel.drawString( _sb.toString(), node.getXcoord() + x + 2 + TreePanel.HALF_BOX_SIZE, node.getYcoord()
4084         //            + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ), g );
4085         //}
4086         // COMMENTED_OUT_BY_GUILHEM_END ________________
4087         if ( getControlPanel().isShowAnnotation() && node.getNodeData().isHasSequence()
4088                 && ( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() != null )
4089                 && ( !node.getNodeData().getSequence().getAnnotations().isEmpty() ) ) {
4090             if ( _sb.length() > 0 ) {
4091                 x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( _sb.toString() ) + 5;
4092             }
4093             final SortedSet<Annotation> ann = node.getNodeData().getSequence().getAnnotations();
4094             if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4095                 g.setColor( Color.BLACK );
4096             }
4097             else if ( getControlPanel().isColorAccordingToAnnotation() ) {
4098                 g.setColor( calculateColorForAnnotation( ann ) );
4099             }
4100             final String ann_str = createAnnotationString( ann );
4101             TreePanel.drawString( ann_str, node.getXcoord() + x + 3 + half_box_size, node.getYcoord()
4102                     + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ), g );
4103             _sb.setLength( 0 );
4104             _sb.append( ann_str );
4105         }
4106         if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR )
4107                 || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE )
4108                 || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) ) {
4109             if ( ( getControlPanel().isShowBinaryCharacters() || getControlPanel().isShowBinaryCharacterCounts() )
4110                     && node.getNodeData().isHasBinaryCharacters() ) {
4111                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4112                     x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( _sb.toString() ) + 5;
4113                 }
4114                 if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4115                     g.setColor( Color.BLACK );
4116                 }
4117                 else {
4118                     g.setColor( getTreeColorSet().getBinaryDomainCombinationsColor() );
4119                 }
4120                 if ( getControlPanel().isShowBinaryCharacters() ) {
4121                     TreePanel.drawString( node.getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharactersAsStringBuffer()
4122                             .toString(), node.getXcoord() + x + 1 + half_box_size, node.getYcoord()
4123                             + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ), g );
4124                     paintGainedAndLostCharacters( g, node, node.getNodeData().getBinaryCharacters()
4125                             .getGainedCharactersAsStringBuffer().toString(), node.getNodeData().getBinaryCharacters()
4126                             .getLostCharactersAsStringBuffer().toString() );
4127                 }
4128                 else {
4129                     TreePanel.drawString( " " + node.getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount(),
4130                                           node.getXcoord() + x + 4 + half_box_size,
4131                                           node.getYcoord()
4132                                                   + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ),
4133                                           g );
4134                     paintGainedAndLostCharacters( g, node, "+"
4135                             + node.getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount(), "-"
4136                             + node.getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() );
4137                 }
4138             }
4139         }
4140     }
4141
4142     final private void paintNodeDataUnrootedCirc( final Graphics2D g,
4143                                                   final PhylogenyNode node,
4144                                                   final boolean to_pdf,
4145                                                   final boolean to_graphics_file,
4146                                                   final boolean radial_labels,
4147                                                   final double ur_angle,
4148                                                   final boolean is_in_found_nodes ) {
4149         if ( isNodeDataInvisibleUnrootedCirc( node ) && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
4150             return;
4151         }
4152         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4153             g.setColor( Color.BLACK );
4154         }
4155         else if ( is_in_found_nodes ) {
4156             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
4157         }
4158         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
4159             g.setColor( getTaxonomyBasedColor( node ) );
4160         }
4161         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToAnnotation()
4162                 && ( node.getNodeData().isHasSequence() && ( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() != null ) && ( !node
4163                         .getNodeData().getSequence().getAnnotations().isEmpty() ) ) ) {
4164             g.setColor( calculateColorForAnnotation( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() ) );
4165         }
4166         else {
4167             g.setColor( getTreeColorSet().getSequenceColor() );
4168         }
4169         _sb.setLength( 0 );
4170         _sb.append( " " );
4171         if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy()
4172                 && ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode() || getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames() || getControlPanel()
4173                         .isShowTaxonomyCommonNames() ) ) {
4174             final Taxonomy taxonomy = node.getNodeData().getTaxonomy();
4175             if ( _control_panel.isShowTaxonomyCode() && !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getTaxonomyCode() ) ) {
4176                 _sb.append( taxonomy.getTaxonomyCode() );
4177                 _sb.append( " " );
4178             }
4179             if ( _control_panel.isShowTaxonomyScientificNames() && _control_panel.isShowTaxonomyCommonNames() ) {
4180                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() )
4181                         && !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4182                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4183                     _sb.append( " (" );
4184                     _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4185                     _sb.append( ") " );
4186                 }
4187                 else if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() ) ) {
4188                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4189                     _sb.append( " " );
4190                 }
4191                 else if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4192                     _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4193                     _sb.append( " " );
4194                 }
4195             }
4196             else if ( _control_panel.isShowTaxonomyScientificNames() ) {
4197                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() ) ) {
4198                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4199                     _sb.append( " " );
4200                 }
4201             }
4202             else if ( _control_panel.isShowTaxonomyCommonNames() ) {
4203                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4204                     _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4205                     _sb.append( " " );
4206                 }
4207             }
4208         }
4209         if ( node.isCollapse() && ( ( !node.isRoot() && !node.getParent().isCollapse() ) || node.isRoot() ) ) {
4210             _sb.append( " [" );
4211             _sb.append( node.getAllExternalDescendants().size() );
4212             _sb.append( "]" );
4213         }
4214         if ( getControlPanel().isShowNodeNames() && ( node.getName().length() > 0 ) ) {
4215             if ( _sb.length() > 0 ) {
4216                 _sb.append( " " );
4217             }
4218             _sb.append( node.getName() );
4219         }
4220         if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
4221             if ( getControlPanel().isShowSequenceAcc() && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) ) {
4222                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4223                     _sb.append( " " );
4224                 }
4225                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() ) ) {
4226                     _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() );
4227                     _sb.append( ":" );
4228                 }
4229                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue() );
4230             }
4231             if ( getControlPanel().isShowGeneNames() && ( node.getNodeData().getSequence().getName().length() > 0 ) ) {
4232                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4233                     _sb.append( " " );
4234                 }
4235                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getName() );
4236             }
4237         }
4238         g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont() );
4239         if ( is_in_found_nodes ) {
4240             g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont().deriveFont( Font.BOLD ) );
4241         }
4242         if ( _sb.length() > 1 ) {
4243             final String sb_str = _sb.toString();
4244             double m = 0;
4245             if ( _graphics_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
4246                 m = _urt_nodeid_angle_map.get( node.getId() ) % TWO_PI;
4247             }
4248             else {
4249                 m = ( float ) ( ur_angle % TWO_PI );
4250             }
4251             _at = g.getTransform();
4252             boolean need_to_reset = false;
4253             final float x_coord = node.getXcoord();
4254             final float y_coord = node.getYcoord() + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / 3.0f );
4255             if ( radial_labels ) {
4256                 need_to_reset = true;
4257                 boolean left = false;
4258                 if ( ( m > HALF_PI ) && ( m < ONEHALF_PI ) ) {
4259                     m -= PI;
4260                     left = true;
4261                 }
4262                 g.rotate( m, x_coord, node.getYcoord() );
4263                 if ( left ) {
4264                     g.translate( -( getTreeFontSet()._fm_large.getStringBounds( sb_str, g ).getWidth() ), 0 );
4265                 }
4266             }
4267             else {
4268                 if ( ( m > HALF_PI ) && ( m < ONEHALF_PI ) ) {
4269                     need_to_reset = true;
4270                     g.translate( -getTreeFontSet()._fm_large.getStringBounds( sb_str, g ).getWidth(), 0 );
4271                 }
4272             }
4273             TreePanel.drawString( sb_str, x_coord, y_coord, g );
4274             if ( need_to_reset ) {
4275                 g.setTransform( _at );
4276             }
4277         }
4278     }
4279
4280     final private void paintNodeLite( final Graphics2D g, final PhylogenyNode node ) {
4281         if ( node.isCollapse() ) {
4282             if ( ( !node.isRoot() && !node.getParent().isCollapse() ) || node.isRoot() ) {
4283                 paintCollapsedNode( g, node, false, false, false );
4284             }
4285             return;
4286         }
4287         if ( isInFoundNodes( node ) || isInCurrentExternalNodes( node ) ) {
4288             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
4289             drawRectFilled( node.getXSecondary() - 1, node.getYSecondary() - 1, 3, 3, g );
4290         }
4291         float new_x = 0;
4292         if ( !node.isExternal() && !node.isCollapse() ) {
4293             boolean first_child = true;
4294             float y2 = 0.0f;
4295             final int parent_max_branch_to_leaf = getMaxBranchesToLeaf( node );
4296             for( int i = 0; i < node.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
4297                 final PhylogenyNode child_node = node.getChildNode( i );
4298                 int factor_x;
4299                 if ( !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
4300                     factor_x = node.getNumberOfExternalNodes() - child_node.getNumberOfExternalNodes();
4301                 }
4302                 else {
4303                     factor_x = parent_max_branch_to_leaf - getMaxBranchesToLeaf( child_node );
4304                 }
4305                 if ( first_child ) {
4306                     first_child = false;
4307                     y2 = node.getYSecondary()
4308                             - ( getOvYDistance() * ( node.getNumberOfExternalNodes() - child_node
4309                                     .getNumberOfExternalNodes() ) );
4310                 }
4311                 else {
4312                     y2 += getOvYDistance() * child_node.getNumberOfExternalNodes();
4313                 }
4314                 final float x2 = calculateOvBranchLengthToParent( child_node, factor_x );
4315                 new_x = x2 + node.getXSecondary();
4316                 final float diff_y = node.getYSecondary() - y2;
4317                 final float diff_x = node.getXSecondary() - new_x;
4318                 if ( ( diff_y > 2 ) || ( diff_y < -2 ) || ( diff_x > 2 ) || ( diff_x < -2 ) ) {
4319                     paintBranchLite( g, node.getXSecondary(), new_x, node.getYSecondary(), y2, child_node );
4320                 }
4321                 child_node.setXSecondary( new_x );
4322                 child_node.setYSecondary( y2 );
4323                 y2 += getOvYDistance() * child_node.getNumberOfExternalNodes();
4324             }
4325         }
4326     }
4327
4328     final private void paintNodeRectangular( final Graphics2D g,
4329                                              final PhylogenyNode node,
4330                                              final boolean to_pdf,
4331                                              final boolean dynamically_hide,
4332                                              final int dynamic_hiding_factor,
4333                                              final boolean to_graphics_file ) {
4334         final boolean is_in_found_nodes = isInFoundNodes( node ) || isInCurrentExternalNodes( node );
4335         if ( node.isCollapse() ) {
4336             if ( ( !node.isRoot() && !node.getParent().isCollapse() ) || node.isRoot() ) {
4337                 paintCollapsedNode( g, node, to_graphics_file, to_pdf, is_in_found_nodes );
4338             }
4339             return;
4340         }
4341         if ( node.isExternal() ) {
4342             ++_external_node_index;
4343         }
4344         // Confidence values
4345         if ( getControlPanel().isShowConfidenceValues()
4346                 && !node.isExternal()
4347                 && !node.isRoot()
4348                 && ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED )
4349                         || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) )
4350                 && node.getBranchData().isHasConfidences() ) {
4351             paintConfidenceValues( g, node, to_pdf, to_graphics_file );
4352         }
4353         // Draw a line to root:
4354         if ( node.isRoot() && _phylogeny.isRooted() ) {
4355             paintRootBranch( g, node.getXcoord(), node.getYcoord(), node, to_pdf, to_graphics_file );
4356         }
4357         float new_x = 0;
4358         float new_x_min = Float.MAX_VALUE;
4359         final boolean disallow_shortcutting = dynamic_hiding_factor < 40;
4360         float min_dist = 1.5f;
4361         if ( !disallow_shortcutting ) {
4362             //   System.out.println( dynamic_hiding_factor );
4363             if ( dynamic_hiding_factor > 4000 ) {
4364                 min_dist = 4;
4365             }
4366             else if ( dynamic_hiding_factor > 1000 ) {
4367                 min_dist = 3;
4368             }
4369             else if ( dynamic_hiding_factor > 100 ) {
4370                 min_dist = 2;
4371             }
4372         }
4373         if ( !node.isExternal() && !node.isCollapse() ) {
4374             boolean first_child = true;
4375             float y2 = 0.0f;
4376             final int parent_max_branch_to_leaf = getMaxBranchesToLeaf( node );
4377             for( int i = 0; i < node.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
4378                 final PhylogenyNode child_node = node.getChildNode( i );
4379                 int factor_x;
4380                 if ( !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
4381                     factor_x = node.getNumberOfExternalNodes() - child_node.getNumberOfExternalNodes();
4382                 }
4383                 else {
4384                     factor_x = parent_max_branch_to_leaf - getMaxBranchesToLeaf( child_node );
4385                 }
4386                 if ( first_child ) {
4387                     first_child = false;
4388                     y2 = node.getYcoord()
4389                             - ( _y_distance * ( node.getNumberOfExternalNodes() - child_node.getNumberOfExternalNodes() ) );
4390                 }
4391                 else {
4392                     y2 += _y_distance * child_node.getNumberOfExternalNodes();
4393                 }
4394                 final float x2 = calculateBranchLengthToParent( child_node, factor_x );
4395                 new_x = x2 + node.getXcoord();
4396                 if ( dynamically_hide && ( x2 < new_x_min ) ) {
4397                     new_x_min = x2;
4398                 }
4399                 final float diff_y = node.getYcoord() - y2;
4400                 final float diff_x = node.getXcoord() - new_x;
4401                 if ( disallow_shortcutting || ( diff_y > min_dist ) || ( diff_y < -min_dist ) || ( diff_x > min_dist )
4402                         || ( diff_x < -min_dist ) || to_graphics_file || to_pdf ) {
4403                     paintBranchRectangular( g,
4404                                             node.getXcoord(),
4405                                             new_x,
4406                                             node.getYcoord(),
4407                                             y2,
4408                                             child_node,
4409                                             to_pdf,
4410                                             to_graphics_file );
4411                 }
4412                 child_node.setXcoord( new_x );
4413                 child_node.setYcoord( y2 );
4414                 y2 += _y_distance * child_node.getNumberOfExternalNodes();
4415             }
4416             paintNodeBox( node.getXcoord(), node.getYcoord(), node, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( node )
4417                     || isInCurrentExternalNodes( node ) );
4418         }
4419         if ( dynamically_hide
4420                 && !is_in_found_nodes
4421                 && ( ( node.isExternal() && ( ( _external_node_index % dynamic_hiding_factor ) != 1 ) ) || ( !node
4422                         .isExternal() && ( ( new_x_min < 20 ) || ( ( _y_distance * node.getNumberOfExternalNodes() ) < getTreeFontSet()._fm_large
4423                         .getHeight() ) ) ) ) ) {
4424             return;
4425         }
4426         paintNodeData( g, node, to_graphics_file, to_pdf, is_in_found_nodes );
4427         paintNodeWithRenderableData( g, node, to_graphics_file, to_pdf );
4428     }
4429
4430     final private void paintNodeWithRenderableData( final Graphics2D g,
4431                                                     final PhylogenyNode node,
4432                                                     final boolean to_graphics_file,
4433                                                     final boolean to_pdf ) {
4434         if ( isNodeDataInvisible( node ) && !to_graphics_file ) {
4435             return;
4436         }
4437         if ( ( !getControlPanel().isShowInternalData() && !node.isExternal() ) ) {
4438             return;
4439         }
4440         if ( getControlPanel().isShowDomainArchitectures() && node.getNodeData().isHasSequence()
4441                 && ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() != null ) ) {
4442             RenderableDomainArchitecture rds = null;
4443             if ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() instanceof RenderableDomainArchitecture ) {
4444                 try {
4445                     rds = ( RenderableDomainArchitecture ) node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture();
4446                 }
4447                 catch ( final ClassCastException cce ) {
4448                     cce.printStackTrace();
4449                 }
4450                 if ( rds != null ) {
4451                     rds.setRenderingHeight( 6 );
4452                     int x = 0;
4453                     if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
4454                         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode()
4455                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) ) ) {
4456                             x += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( node.getNodeData().getTaxonomy()
4457                                     .getTaxonomyCode()
4458                                     + " " );
4459                         }
4460                         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames()
4461                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) ) {
4462                             x += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( node.getNodeData().getTaxonomy()
4463                                     .getScientificName()
4464                                     + " " );
4465                         }
4466                         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCommonNames()
4467                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getCommonName() ) ) ) {
4468                             x += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( node.getNodeData().getTaxonomy()
4469                                     .getCommonName()
4470                                     + " " );
4471                         }
4472                     }
4473                     if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
4474                         if ( getControlPanel().isShowGeneNames()
4475                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getName() ) ) ) {
4476                             x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getName()
4477                                     + " " );
4478                         }
4479                         if ( getControlPanel().isShowGeneSymbols()
4480                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getSymbol() ) ) ) {
4481                             x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getSymbol()
4482                                     + " " );
4483                         }
4484                         if ( getControlPanel().isShowSequenceAcc()
4485                                 && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) ) {
4486                             x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence()
4487                                     .getAccession().toString()
4488                                     + " " );
4489                         }
4490                     }
4491                     if ( getControlPanel().isShowNodeNames() && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
4492                         x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getName() + " " );
4493                     }
4494                     rds.render( node.getXcoord() + x, node.getYcoord() - 3, g, this, to_pdf );
4495                 }
4496             }
4497         }
4498         //////////////
4499         if ( getControlPanel().isShowVectorData() && ( node.getNodeData().getVector() != null )
4500                 && ( node.getNodeData().getVector().size() > 0 ) && ( getStatisticsForExpressionValues() != null ) ) {
4501             final RenderableVector rv = RenderableVector.createInstance( node.getNodeData().getVector(),
4502                                                                          getStatisticsForExpressionValues(),
4503                                                                          getConfiguration() );
4504             if ( rv != null ) {
4505                 int x = 0;
4506                 PhylogenyNode my_node = node;
4507                 if ( !getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
4508                     my_node = getPhylogeny().getFirstExternalNode();
4509                 }
4510                 if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode() && ( PhylogenyMethods.getSpecies( my_node ).length() > 0 ) ) {
4511                     x += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( PhylogenyMethods.getSpecies( my_node ) + " " );
4512                 }
4513                 if ( getControlPanel().isShowNodeNames() && ( my_node.getName().length() > 0 ) ) {
4514                     x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( my_node.getName() + " " );
4515                 }
4516                 rv.render( my_node.getXcoord() + x, node.getYcoord() - 5, g, this, to_pdf );
4517             }
4518         }
4519         //////////////
4520     }
4521
4522     final private void paintOvRectangle( final Graphics2D g ) {
4523         final float w_ratio = ( ( float ) getWidth() ) / getVisibleRect().width;
4524         final float h_ratio = ( ( float ) getHeight() ) / getVisibleRect().height;
4525         final float x_ratio = ( ( float ) getWidth() ) / getVisibleRect().x;
4526         final float y_ratio = ( ( float ) getHeight() ) / getVisibleRect().y;
4527         final float width = getOvMaxWidth() / w_ratio;
4528         final float height = getOvMaxHeight() / h_ratio;
4529         final float x = getVisibleRect().x + getOvXPosition() + ( getOvMaxWidth() / x_ratio );
4530         final float y = getVisibleRect().y + getOvYPosition() + ( getOvMaxHeight() / y_ratio );
4531         g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
4532         getOvRectangle().setRect( x, y, width, height );
4533         if ( ( width < 6 ) && ( height < 6 ) ) {
4534             drawRectFilled( x, y, 6, 6, g );
4535             getOvVirtualRectangle().setRect( x, y, 6, 6 );
4536         }
4537         else if ( width < 6 ) {
4538             drawRectFilled( x, y, 6, height, g );
4539             getOvVirtualRectangle().setRect( x, y, 6, height );
4540         }
4541         else if ( height < 6 ) {
4542             drawRectFilled( x, y, width, 6, g );
4543             getOvVirtualRectangle().setRect( x, y, width, 6 );
4544         }
4545         else {
4546             drawRect( x, y, width, height, g );
4547             if ( isInOvRect() ) {
4548                 drawRect( x + 1, y + 1, width - 2, height - 2, g );
4549             }
4550             getOvVirtualRectangle().setRect( x, y, width, height );
4551         }
4552     }
4553
4554     final private void paintPhylogenyLite( final Graphics2D g ) {
4555         _phylogeny
4556                 .getRoot()
4557                 .setXSecondary( ( float ) ( getVisibleRect().x + getOvXPosition() + ( MOVE / ( getVisibleRect().width / getOvRectangle()
4558                         .getWidth() ) ) ) );
4559         _phylogeny.getRoot().setYSecondary( ( getVisibleRect().y + getOvYStart() ) );
4560         for( final PhylogenyNode element : _nodes_in_preorder ) {
4561             paintNodeLite( g, element );
4562         }
4563         paintOvRectangle( g );
4564     }
4565
4566     /**
4567      * Paint the root branch. (Differs from others because it will always be a
4568      * single horizontal line).
4569      * @param to_graphics_file
4570      *
4571      * @return new x1 value
4572      */
4573     final private void paintRootBranch( final Graphics2D g,
4574                                         final float x1,
4575                                         final float y1,
4576                                         final PhylogenyNode root,
4577                                         final boolean to_pdf,
4578                                         final boolean to_graphics_file ) {
4579         assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( root, false, g, to_pdf, to_graphics_file );
4580         float d = getXdistance();
4581         if ( getControlPanel().isDrawPhylogram() && ( root.getDistanceToParent() > 0.0 ) ) {
4582             d = ( float ) ( getXcorrectionFactor() * root.getDistanceToParent() );
4583         }
4584         if ( d < MIN_ROOT_LENGTH ) {
4585             d = MIN_ROOT_LENGTH;
4586         }
4587         if ( !getControlPanel().isWidthBranches() || ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( root ) == 1 ) ) {
4588             drawLine( x1 - d, root.getYcoord(), x1, root.getYcoord(), g );
4589         }
4590         else {
4591             final double w = PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( root );
4592             drawRectFilled( x1 - d, root.getYcoord() - ( w / 2 ), d, w, g );
4593         }
4594         paintNodeBox( x1, root.getYcoord(), root, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( root ) );
4595     }
4596
4597     final private void paintScale( final Graphics2D g,
4598                                    int x1,
4599                                    int y1,
4600                                    final boolean to_pdf,
4601                                    final boolean to_graphics_file ) {
4602         x1 += MOVE;
4603         final double x2 = x1 + ( getScaleDistance() * getXcorrectionFactor() );
4604         y1 -= 12;
4605         final int y2 = y1 - 8;
4606         final int y3 = y1 - 4;
4607         g.setFont( getTreeFontSet().getSmallFont() );
4608         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4609             g.setColor( Color.BLACK );
4610         }
4611         else {
4612             g.setColor( getTreeColorSet().getBranchLengthColor() );
4613         }
4614         drawLine( x1, y1, x1, y2, g );
4615         drawLine( x2, y1, x2, y2, g );
4616         drawLine( x1, y3, x2, y3, g );
4617         if ( getScaleLabel() != null ) {
4618             g.drawString( getScaleLabel(), ( x1 + 2 ), y3 - 2 );
4619         }
4620     }
4621
4622     final private int paintTaxonomy( final Graphics2D g,
4623                                      final PhylogenyNode node,
4624                                      final boolean is_in_found_nodes,
4625                                      final boolean to_pdf,
4626                                      final boolean to_graphics_file,
4627                                      final double x_shift ) {
4628         final Taxonomy taxonomy = node.getNodeData().getTaxonomy();
4629         g.setFont( getTreeFontSet().getLargeItalicFont() );
4630         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4631             g.setColor( Color.BLACK );
4632         }
4633         else if ( is_in_found_nodes ) {
4634             g.setFont( getTreeFontSet().getLargeItalicFont().deriveFont( TreeFontSet.BOLD_AND_ITALIC ) );
4635             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
4636         }
4637         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
4638             g.setColor( getTaxonomyBasedColor( node ) );
4639         }
4640         else if ( getOptions().isColorLabelsSameAsParentBranch() && getControlPanel().isColorBranches()
4641                 && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
4642             g.setColor( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) );
4643         }
4644         else if ( to_pdf ) {
4645             g.setColor( Color.BLACK );
4646         }
4647         else {
4648             g.setColor( getTreeColorSet().getTaxonomyColor() );
4649         }
4650         final double start_x = node.getXcoord() + 3 + ( getOptions().getDefaultNodeShapeSize() / 2 ) + x_shift;
4651         final double start_y = node.getYcoord()
4652                 + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / ( node.getNumberOfDescendants() == 1 ? 1 : 3.0 ) );
4653         _sb.setLength( 0 );
4654         if ( _control_panel.isShowTaxonomyCode() && !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getTaxonomyCode() ) ) {
4655             _sb.append( taxonomy.getTaxonomyCode() );
4656             _sb.append( " " );
4657         }
4658         if ( _control_panel.isShowTaxonomyScientificNames() && _control_panel.isShowTaxonomyCommonNames() ) {
4659             if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() )
4660                     && !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4661                 if ( getOptions().isAbbreviateScientificTaxonNames()
4662                         && ( taxonomy.getScientificName().indexOf( ' ' ) > 0 ) ) {
4663                     abbreviateScientificName( taxonomy.getScientificName() );
4664                 }
4665                 else {
4666                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4667                 }
4668                 _sb.append( " (" );
4669                 _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4670                 _sb.append( ") " );
4671             }
4672             else if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() ) ) {
4673                 if ( getOptions().isAbbreviateScientificTaxonNames()
4674                         && ( taxonomy.getScientificName().indexOf( ' ' ) > 0 ) ) {
4675                     abbreviateScientificName( taxonomy.getScientificName() );
4676                 }
4677                 else {
4678                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4679                 }
4680                 _sb.append( " " );
4681             }
4682             else if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4683                 _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4684                 _sb.append( " " );
4685             }
4686         }
4687         else if ( _control_panel.isShowTaxonomyScientificNames() ) {
4688             if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() ) ) {
4689                 if ( getOptions().isAbbreviateScientificTaxonNames()
4690                         && ( taxonomy.getScientificName().indexOf( ' ' ) > 0 ) ) {
4691                     abbreviateScientificName( taxonomy.getScientificName() );
4692                 }
4693                 else {
4694                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4695                 }
4696                 _sb.append( " " );
4697             }
4698         }
4699         else if ( _control_panel.isShowTaxonomyCommonNames() ) {
4700             if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4701                 _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4702                 _sb.append( " " );
4703             }
4704         }
4705         final String label = _sb.toString();
4706         /* GUILHEM_BEG */
4707         if ( _control_panel.isShowSequenceRelations() && ( label.length() > 0 )
4708                 && ( node.getNodeData().isHasSequence() ) && node.getNodeData().getSequence().equals( _query_sequence ) ) {
4709             // invert font color and background color to show that this is the query sequence
4710             final Rectangle2D nodeTextBounds = new TextLayout( label, g.getFont(), new FontRenderContext( null,
4711                                                                                                           false,
4712                                                                                                           false ) )
4713                     .getBounds();
4714             g.fillRect( ( int ) start_x - 1, ( int ) start_y - 8, ( int ) nodeTextBounds.getWidth() + 4, 11 );
4715             g.setColor( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
4716         }
4717         /* GUILHEM_END */
4718         TreePanel.drawString( label, start_x, start_y, g );
4719         if ( is_in_found_nodes ) {
4720             return getTreeFontSet()._fm_large_italic_bold.stringWidth( label );
4721         }
4722         else {
4723             return getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( label );
4724         }
4725     }
4726
4727     final private void paintUnrooted( final PhylogenyNode n,
4728                                       final double low_angle,
4729                                       final double high_angle,
4730                                       final boolean radial_labels,
4731                                       final Graphics2D g,
4732                                       final boolean to_pdf,
4733                                       final boolean to_graphics_file ) {
4734         if ( n.isRoot() ) {
4735             n.setXcoord( getWidth() / 2 );
4736             n.setYcoord( getHeight() / 2 );
4737         }
4738         if ( n.isExternal() ) {
4739             paintNodeDataUnrootedCirc( g,
4740                                        n,
4741                                        to_pdf,
4742                                        to_graphics_file,
4743                                        radial_labels,
4744                                        ( high_angle + low_angle ) / 2,
4745                                        isInFoundNodes( n ) || isInCurrentExternalNodes( n ) );
4746             return;
4747         }
4748         final float num_enclosed = n.getNumberOfExternalNodes();
4749         final float x = n.getXcoord();
4750         final float y = n.getYcoord();
4751         double current_angle = low_angle;
4752         // final boolean n_below = n.getYcoord() < getVisibleRect().getMinY() - 20;
4753         // final boolean n_above = n.getYcoord() > getVisibleRect().getMaxY() + 20;
4754         // final boolean n_left = n.getXcoord() < getVisibleRect().getMinX() - 20;
4755         // final boolean n_right = n.getXcoord() > getVisibleRect().getMaxX() + 20;
4756         for( int i = 0; i < n.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
4757             final PhylogenyNode desc = n.getChildNode( i );
4758             ///  if ( ( ( n_below ) & ( desc.getYcoord() < getVisibleRect().getMinY() - 20 ) )
4759             //          || ( ( n_above ) & ( desc.getYcoord() > getVisibleRect().getMaxY() + 20 ) )
4760             //         || ( ( n_left ) & ( desc.getXcoord() < getVisibleRect().getMinX() - 20 ) )
4761             //          || ( ( n_right ) & ( desc.getXcoord() > getVisibleRect().getMaxX() + 20 ) ) ) {
4762             //     continue;
4763             // }
4764             //if ( ( desc.getYcoord() > n.getYcoord() ) && ( n.getYcoord() > getVisibleRect().getMaxY() - 20 ) ) {
4765             //    continue;
4766             //}
4767             //if ( ( desc.getYcoord() < n.getYcoord() ) && ( n.getYcoord() < getVisibleRect().getMinY() + 20 ) ) {
4768             //    continue;
4769             // }
4770             final int desc_num_enclosed = desc.getNumberOfExternalNodes();
4771             final double arc_size = ( desc_num_enclosed / num_enclosed ) * ( high_angle - low_angle );
4772             float length;
4773             if ( isPhyHasBranchLengths() && getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
4774                 if ( desc.getDistanceToParent() < 0 ) {
4775                     length = 0;
4776                 }
4777                 else {
4778                     length = ( float ) ( desc.getDistanceToParent() * getUrtFactor() );
4779                 }
4780             }
4781             else {
4782                 length = getUrtFactor();
4783             }
4784             final double mid_angle = current_angle + ( arc_size / 2 );
4785             final float new_x = ( float ) ( x + ( Math.cos( mid_angle ) * length ) );
4786             final float new_y = ( float ) ( y + ( Math.sin( mid_angle ) * length ) );
4787             desc.setXcoord( new_x );
4788             desc.setYcoord( new_y );
4789             paintUnrooted( desc, current_angle, current_angle + arc_size, radial_labels, g, to_pdf, to_graphics_file );
4790             current_angle += arc_size;
4791             assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( desc, false, g, to_pdf, to_graphics_file );
4792             drawLine( x, y, new_x, new_y, g );
4793             paintNodeBox( new_x, new_y, desc, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( desc )
4794                     || isInCurrentExternalNodes( desc ) );
4795         }
4796         if ( n.isRoot() ) {
4797             paintNodeBox( n.getXcoord(), n.getYcoord(), n, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( n ) );
4798         }
4799     }
4800
4801     final private void paintUnrootedLite( final PhylogenyNode n,
4802                                           final double low_angle,
4803                                           final double high_angle,
4804                                           final Graphics2D g,
4805                                           final float urt_ov_factor ) {
4806         if ( n.isRoot() ) {
4807             final int x_pos = ( int ) ( getVisibleRect().x + getOvXPosition() + ( getOvMaxWidth() / 2 ) );
4808             final int y_pos = ( int ) ( getVisibleRect().y + getOvYPosition() + ( getOvMaxHeight() / 2 ) );
4809             n.setXSecondary( x_pos );
4810             n.setYSecondary( y_pos );
4811         }
4812         if ( n.isExternal() ) {
4813             return;
4814         }
4815         final float num_enclosed = n.getNumberOfExternalNodes();
4816         final float x = n.getXSecondary();
4817         final float y = n.getYSecondary();
4818         double current_angle = low_angle;
4819         for( int i = 0; i < n.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
4820             final PhylogenyNode desc = n.getChildNode( i );
4821             final int desc_num_enclosed = desc.getNumberOfExternalNodes();
4822             final double arc_size = ( desc_num_enclosed / num_enclosed ) * ( high_angle - low_angle );
4823             float length;
4824             if ( isPhyHasBranchLengths() && getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
4825                 if ( desc.getDistanceToParent() < 0 ) {
4826                     length = 0;
4827                 }
4828                 else {
4829                     length = ( float ) ( desc.getDistanceToParent() * urt_ov_factor );
4830                 }
4831             }
4832             else {
4833                 length = urt_ov_factor;
4834             }
4835             final double mid_angle = current_angle + ( arc_size / 2 );
4836             final float new_x = ( float ) ( x + ( Math.cos( mid_angle ) * length ) );
4837             final float new_y = ( float ) ( y + ( Math.sin( mid_angle ) * length ) );
4838             desc.setXSecondary( new_x );
4839             desc.setYSecondary( new_y );
4840             if ( isInFoundNodes( desc ) || isInCurrentExternalNodes( desc ) ) {
4841                 g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
4842                 drawRectFilled( desc.getXSecondary() - 1, desc.getYSecondary() - 1, 3, 3, g );
4843                 g.setColor( getTreeColorSet().getOvColor() );
4844             }
4845             paintUnrootedLite( desc, current_angle, current_angle + arc_size, g, urt_ov_factor );
4846             current_angle += arc_size;
4847             drawLine( x, y, new_x, new_y, g );
4848         }
4849     }
4850
4851     final private void pasteSubtree( final PhylogenyNode node ) {
4852         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
4853             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
4854             return;
4855         }
4856         if ( ( getCutOrCopiedTree() == null ) || getCutOrCopiedTree().isEmpty() ) {
4857             JOptionPane.showMessageDialog( this,
4858                                            "No tree in buffer (need to copy or cut a subtree first)",
4859                                            "Attempt to paste with empty buffer",
4860                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
4861             return;
4862         }
4863         final String label = createASimpleTextRepresentationOfANode( getCutOrCopiedTree().getRoot() );
4864         final Object[] options = { "As sibling", "As descendant", "Cancel" };
4865         final int r = JOptionPane.showOptionDialog( this,
4866                                                     "How to paste subtree" + label + "?",
4867                                                     "Paste Subtree",
4868                                                     JOptionPane.CLOSED_OPTION,
4869                                                     JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
4870                                                     null,
4871                                                     options,
4872                                                     options[ 2 ] );
4873         boolean paste_as_sibling = true;
4874         if ( r == 1 ) {
4875             paste_as_sibling = false;
4876         }
4877         else if ( r != 0 ) {
4878             return;
4879         }
4880         final Phylogeny buffer_phy = getCutOrCopiedTree().copy();
4881         buffer_phy.setAllNodesToNotCollapse();
4882         PhylogenyMethods.preOrderReId( buffer_phy );
4883         buffer_phy.setRooted( true );
4884         boolean need_to_show_whole = false;
4885         if ( paste_as_sibling ) {
4886             if ( node.isRoot() ) {
4887                 JOptionPane.showMessageDialog( this,
4888                                                "Cannot paste sibling to root",
4889                                                "Attempt to paste sibling to root",
4890                                                JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
4891                 return;
4892             }
4893             buffer_phy.addAsSibling( node );
4894         }
4895         else {
4896             if ( ( node.getNumberOfExternalNodes() == 1 ) && node.isRoot() ) {
4897                 need_to_show_whole = true;
4898                 _phylogeny = buffer_phy;
4899             }
4900             else {
4901                 buffer_phy.addAsChild( node );
4902             }
4903         }
4904         if ( getCopiedAndPastedNodes() == null ) {
4905             setCopiedAndPastedNodes( new HashSet<Long>() );
4906         }
4907         final List<PhylogenyNode> nodes = PhylogenyMethods.obtainAllNodesAsList( buffer_phy );
4908         final Set<Long> node_ids = new HashSet<Long>( nodes.size() );
4909         for( final PhylogenyNode n : nodes ) {
4910             node_ids.add( n.getId() );
4911         }
4912         node_ids.add( node.getId() );
4913         getCopiedAndPastedNodes().addAll( node_ids );
4914         setNodeInPreorderToNull();
4915         _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
4916         _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
4917         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
4918         resetNodeIdToDistToLeafMap();
4919         setEdited( true );
4920         if ( need_to_show_whole ) {
4921             getControlPanel().showWhole();
4922         }
4923         repaint();
4924     }
4925
4926     private final StringBuffer propertiesToString( final PhylogenyNode node ) {
4927         final PropertiesMap properties = node.getNodeData().getProperties();
4928         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
4929         boolean first = true;
4930         for( final String ref : properties.getPropertyRefs() ) {
4931             if ( first ) {
4932                 first = false;
4933             }
4934             else {
4935                 sb.append( " " );
4936             }
4937             final Property p = properties.getProperty( ref );
4938             sb.append( getPartAfterColon( p.getRef() ) );
4939             sb.append( "=" );
4940             sb.append( p.getValue() );
4941             if ( !ForesterUtil.isEmpty( p.getUnit() ) ) {
4942                 sb.append( getPartAfterColon( p.getUnit() ) );
4943             }
4944         }
4945         return sb;
4946     }
4947
4948     final private void setCopiedAndPastedNodes( final Set<Long> nodeIds ) {
4949         getMainPanel().setCopiedAndPastedNodes( nodeIds );
4950     }
4951
4952     final private void setCutOrCopiedTree( final Phylogeny cut_or_copied_tree ) {
4953         getMainPanel().setCutOrCopiedTree( cut_or_copied_tree );
4954     }
4955
4956     final private void setInOv( final boolean in_ov ) {
4957         _in_ov = in_ov;
4958     }
4959
4960     final private void setOvMaxHeight( final float ov_max_height ) {
4961         _ov_max_height = ov_max_height;
4962     }
4963
4964     final private void setOvMaxWidth( final float ov_max_width ) {
4965         _ov_max_width = ov_max_width;
4966     }
4967
4968     final private void setOvXcorrectionFactor( final float f ) {
4969         _ov_x_correction_factor = f;
4970     }
4971
4972     final private void setOvXDistance( final float ov_x_distance ) {
4973         _ov_x_distance = ov_x_distance;
4974     }
4975
4976     final private void setOvXPosition( final int ov_x_position ) {
4977         _ov_x_position = ov_x_position;
4978     }
4979
4980     final private void setOvYDistance( final float ov_y_distance ) {
4981         _ov_y_distance = ov_y_distance;
4982     }
4983
4984     final private void setOvYPosition( final int ov_y_position ) {
4985         _ov_y_position = ov_y_position;
4986     }
4987
4988     final private void setOvYStart( final int ov_y_start ) {
4989         _ov_y_start = ov_y_start;
4990     }
4991
4992     final private void setScaleDistance( final double scale_distance ) {
4993         _scale_distance = scale_distance;
4994     }
4995
4996     final private void setScaleLabel( final String scale_label ) {
4997         _scale_label = scale_label;
4998     }
4999
5000     final private void setUpUrtFactor() {
5001         final int d = getVisibleRect().width < getVisibleRect().height ? getVisibleRect().width
5002                 : getVisibleRect().height;
5003         if ( isPhyHasBranchLengths() && getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
5004             setUrtFactor( ( float ) ( d / ( 2 * getMaxDistanceToRoot() ) ) );
5005         }
5006         else {
5007             final int max_depth = _circ_max_depth;
5008             if ( max_depth > 0 ) {
5009                 setUrtFactor( d / ( 2 * max_depth ) );
5010             }
5011             else {
5012                 setUrtFactor( d / 2 );
5013             }
5014         }
5015         setUrtFactorOv( getUrtFactor() );
5016     }
5017
5018     final private void setUrtFactor( final float urt_factor ) {
5019         _urt_factor = urt_factor;
5020     }
5021
5022     final private void setUrtFactorOv( final float urt_factor_ov ) {
5023         _urt_factor_ov = urt_factor_ov;
5024     }
5025
5026     private void showExtDescNodeData( final PhylogenyNode node ) {
5027         final List<String> data = new ArrayList<String>();
5028         for( final PhylogenyNode n : node.getAllExternalDescendants() ) {
5029             switch ( getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() ) {
5030                 case NODE_NAME:
5031                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getName() ) ) {
5032                         data.add( n.getName() );
5033                     }
5034                     break;
5035                 case SEQUENCE_NAME:
5036                     if ( n.getNodeData().isHasSequence()
5037                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getName() ) ) {
5038                         data.add( n.getNodeData().getSequence().getName() );
5039                     }
5040                     break;
5041                 case SEQUENCE_SYMBOL:
5042                     if ( n.getNodeData().isHasSequence()
5043                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getSymbol() ) ) {
5044                         data.add( n.getNodeData().getSequence().getSymbol() );
5045                     }
5046                     break;
5047                 case SEQUENCE_MOL_SEQ:
5048                     if ( n.getNodeData().isHasSequence()
5049                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
5050                         data.add( n.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() );
5051                     }
5052                     break;
5053                 case SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA:
5054                     final StringBuilder sb = new StringBuilder();
5055                     if ( n.getNodeData().isHasSequence()
5056                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
5057                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getName() ) ) {
5058                             sb.append( SequenceWriter.toFasta( n.getNodeData().getSequence().getName(), n.getNodeData()
5059                                     .getSequence().getMolecularSequence(), 60 ) );
5060                         }
5061                         else {
5062                             sb.append( SequenceWriter.toFasta( n.getName(), n.getNodeData().getSequence()
5063                                     .getMolecularSequence(), 60 ) );
5064                         }
5065                         data.add( sb.toString() );
5066                     }
5067                     break;
5068                 case SEQUENCE_ACC:
5069                     if ( n.getNodeData().isHasSequence() && ( n.getNodeData().getSequence().getAccession() != null )
5070                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getAccession().toString() ) ) {
5071                         data.add( n.getNodeData().getSequence().getAccession().toString() );
5072                     }
5073                     break;
5074                 case TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME:
5075                     if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy()
5076                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) {
5077                         data.add( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() );
5078                     }
5079                     break;
5080                 case TAXONOMY_CODE:
5081                     if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy()
5082                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) ) {
5083                         data.add( n.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() );
5084                     }
5085                     break;
5086                 case UNKNOWN:
5087                     AptxUtil.showExtDescNodeDataUserSelectedHelper( getControlPanel(), n, data );
5088                     break;
5089                 default:
5090                     throw new IllegalArgumentException( "unknown data element: "
5091                             + getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() );
5092             }
5093         } // for loop
5094         if ( ( getConfiguration().getExtNodeDataReturnOn() == EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE )
5095                 || ( getConfiguration().getExtNodeDataReturnOn() == EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY ) ) {
5096             final StringBuilder sb = new StringBuilder();
5097             for( final String d : data ) {
5098                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( d ) ) {
5099                     if ( getConfiguration().getExtNodeDataReturnOn() == EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE ) {
5100                         System.out.println( d );
5101                     }
5102                     sb.append( d );
5103                     sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
5104                 }
5105             }
5106             if ( sb.length() < 1 ) {
5107                 clearCurrentExternalNodesDataBuffer();
5108             }
5109             else {
5110                 setCurrentExternalNodesDataBuffer( sb );
5111             }
5112         }
5113         else if ( getConfiguration().getExtNodeDataReturnOn() == EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW ) {
5114             final StringBuilder sb = new StringBuilder();
5115             for( final String d : data ) {
5116                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( d ) ) {
5117                     sb.append( d );
5118                     sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
5119                 }
5120             }
5121             if ( sb.length() < 1 ) {
5122                 AptxUtil.showInformationMessage( this,
5123                                                  "No Appropriate Data (" + obtainTitleForExtDescNodeData() + ")",
5124                                                  "Descendants of selected node do not contain selected data" );
5125                 clearCurrentExternalNodesDataBuffer();
5126             }
5127             else {
5128                 setCurrentExternalNodesDataBuffer( sb );
5129                 final String title = "External Descendants "
5130                         + ( getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() == NODE_DATA.UNKNOWN ? "Data"
5131                                 : obtainTitleForExtDescNodeData() ) + " (" + data.size() + "/"
5132                         + node.getNumberOfExternalNodes() + ") For Node " + node;
5133                 final String s = sb.toString().trim();
5134                 if ( getMainPanel().getMainFrame() == null ) {
5135                     // Must be "E" applet version.
5136                     final ArchaeopteryxE ae = ( ArchaeopteryxE ) ( ( MainPanelApplets ) getMainPanel() ).getApplet();
5137                     ae.showTextFrame( s, title );
5138                 }
5139                 else {
5140                     getMainPanel().getMainFrame().showTextFrame( s, title );
5141                 }
5142             }
5143         }
5144     }
5145
5146     final private void showNodeDataPopup( final MouseEvent e, final PhylogenyNode node ) {
5147         try {
5148             if ( ( node.getName().length() > 0 )
5149                     || ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() && !isTaxonomyEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy() ) )
5150                     || ( node.getNodeData().isHasSequence() && !isSequenceEmpty( node.getNodeData().getSequence() ) )
5151                     || ( node.getNodeData().isHasDate() ) || ( node.getNodeData().isHasDistribution() )
5152                     || node.getBranchData().isHasConfidences() ) {
5153                 _popup_buffer.setLength( 0 );
5154                 short lines = 0;
5155                 if ( node.getName().length() > 0 ) {
5156                     lines++;
5157                     _popup_buffer.append( node.getName() );
5158                 }
5159                 if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() && !isTaxonomyEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy() ) ) {
5160                     lines++;
5161                     boolean enc_data = false;
5162                     final Taxonomy tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
5163                     if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5164                         _popup_buffer.append( "\n" );
5165                     }
5166                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
5167                         _popup_buffer.append( "[" );
5168                         _popup_buffer.append( tax.getTaxonomyCode() );
5169                         _popup_buffer.append( "]" );
5170                         enc_data = true;
5171                     }
5172                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
5173                         if ( enc_data ) {
5174                             _popup_buffer.append( " " );
5175                         }
5176                         _popup_buffer.append( tax.getScientificName() );
5177                         enc_data = true;
5178                     }
5179                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
5180                         if ( enc_data ) {
5181                             _popup_buffer.append( " (" );
5182                         }
5183                         else {
5184                             _popup_buffer.append( "(" );
5185                         }
5186                         _popup_buffer.append( tax.getCommonName() );
5187                         _popup_buffer.append( ")" );
5188                         enc_data = true;
5189                     }
5190                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getAuthority() ) ) {
5191                         if ( enc_data ) {
5192                             _popup_buffer.append( " (" );
5193                         }
5194                         else {
5195                             _popup_buffer.append( "(" );
5196                         }
5197                         _popup_buffer.append( tax.getAuthority() );
5198                         _popup_buffer.append( ")" );
5199                         enc_data = true;
5200                     }
5201                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getRank() ) ) {
5202                         if ( enc_data ) {
5203                             _popup_buffer.append( " [" );
5204                         }
5205                         else {
5206                             _popup_buffer.append( "[" );
5207                         }
5208                         _popup_buffer.append( tax.getRank() );
5209                         _popup_buffer.append( "]" );
5210                         enc_data = true;
5211                     }
5212                     if ( tax.getSynonyms().size() > 0 ) {
5213                         if ( enc_data ) {
5214                             _popup_buffer.append( " " );
5215                         }
5216                         _popup_buffer.append( "[" );
5217                         int counter = 1;
5218                         for( final String syn : tax.getSynonyms() ) {
5219                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( syn ) ) {
5220                                 enc_data = true;
5221                                 _popup_buffer.append( syn );
5222                                 if ( counter < tax.getSynonyms().size() ) {
5223                                     _popup_buffer.append( ", " );
5224                                 }
5225                             }
5226                             counter++;
5227                         }
5228                         _popup_buffer.append( "]" );
5229                     }
5230                     if ( !enc_data ) {
5231                         if ( ( tax.getIdentifier() != null ) && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() ) ) {
5232                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getProvider() ) ) {
5233                                 _popup_buffer.append( "[" );
5234                                 _popup_buffer.append( tax.getIdentifier().getProvider() );
5235                                 _popup_buffer.append( "] " );
5236                             }
5237                             _popup_buffer.append( tax.getIdentifier().getValue() );
5238                         }
5239                     }
5240                 }
5241                 if ( node.getNodeData().isHasSequence() && !isSequenceEmpty( node.getNodeData().getSequence() ) ) {
5242                     lines++;
5243                     boolean enc_data = false;
5244                     if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5245                         _popup_buffer.append( "\n" );
5246                     }
5247                     final Sequence seq = node.getNodeData().getSequence();
5248                     if ( seq.getAccession() != null ) {
5249                         _popup_buffer.append( "[" );
5250                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( seq.getAccession().getSource() ) ) {
5251                             _popup_buffer.append( seq.getAccession().getSource() );
5252                             _popup_buffer.append( ":" );
5253                         }
5254                         _popup_buffer.append( seq.getAccession().getValue() );
5255                         _popup_buffer.append( "]" );
5256                         enc_data = true;
5257                     }
5258                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( seq.getSymbol() ) ) {
5259                         if ( enc_data ) {
5260                             _popup_buffer.append( " [" );
5261                         }
5262                         else {
5263                             _popup_buffer.append( "[" );
5264                         }
5265                         _popup_buffer.append( seq.getSymbol() );
5266                         _popup_buffer.append( "]" );
5267                         enc_data = true;
5268                     }
5269                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( seq.getName() ) ) {
5270                         if ( enc_data ) {
5271                             _popup_buffer.append( " " );
5272                         }
5273                         _popup_buffer.append( seq.getName() );
5274                     }
5275                 }
5276                 if ( node.getNodeData().isHasDate() ) {
5277                     lines++;
5278                     if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5279                         _popup_buffer.append( "\n" );
5280                     }
5281                     _popup_buffer.append( node.getNodeData().getDate().asSimpleText() );
5282                 }
5283                 if ( node.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5284                     lines++;
5285                     if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5286                         _popup_buffer.append( "\n" );
5287                     }
5288                     _popup_buffer.append( node.getNodeData().getDistribution().asSimpleText() );
5289                 }
5290                 if ( node.getBranchData().isHasConfidences() ) {
5291                     final List<Confidence> confs = node.getBranchData().getConfidences();
5292                     for( final Confidence confidence : confs ) {
5293                         lines++;
5294                         if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5295                             _popup_buffer.append( "\n" );
5296                         }
5297                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( confidence.getType() ) ) {
5298                             _popup_buffer.append( "[" );
5299                             _popup_buffer.append( confidence.getType() );
5300                             _popup_buffer.append( "] " );
5301                         }
5302                         _popup_buffer
5303                                 .append( FORMATTER_CONFIDENCE.format( ForesterUtil.round( confidence.getValue(),
5304                                                                                           getOptions()
5305                                                                                                   .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() ) ) );
5306                         if ( confidence.getStandardDeviation() != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5307                             _popup_buffer.append( " (sd=" );
5308                             _popup_buffer.append( FORMATTER_CONFIDENCE.format( ForesterUtil.round( confidence
5309                                     .getStandardDeviation(), getOptions()
5310                                     .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() ) ) );
5311                             _popup_buffer.append( ")" );
5312                         }
5313                     }
5314                 }
5315                 if ( node.getNodeData().isHasProperties() ) {
5316                     final PropertiesMap properties = node.getNodeData().getProperties();
5317                     for( final String ref : properties.getPropertyRefs() ) {
5318                         _popup_buffer.append( "\n" );
5319                         final Property p = properties.getProperty( ref );
5320                         _popup_buffer.append( getPartAfterColon( p.getRef() ) );
5321                         _popup_buffer.append( "=" );
5322                         _popup_buffer.append( p.getValue() );
5323                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( p.getUnit() ) ) {
5324                             _popup_buffer.append( getPartAfterColon( p.getUnit() ) );
5325                         }
5326                     }
5327                 }
5328                 if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5329                     if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
5330                         _rollover_popup
5331                                 .setBorder( BorderFactory.createLineBorder( getTreeColorSet().getBranchColor() ) );
5332                         _rollover_popup.setBackground( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
5333                         if ( isInFoundNodes( node ) ) {
5334                             _rollover_popup.setForeground( getTreeColorSet().getFoundColor() );
5335                         }
5336                         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
5337                             _rollover_popup.setForeground( getTaxonomyBasedColor( node ) );
5338                         }
5339                         else {
5340                             _rollover_popup.setForeground( getTreeColorSet().getSequenceColor() );
5341                         }
5342                     }
5343                     else {
5344                         _rollover_popup.setBorder( BorderFactory.createLineBorder( Color.BLACK ) );
5345                     }
5346                     _rollover_popup.setText( _popup_buffer.toString() );
5347                     _node_desc_popup = PopupFactory.getSharedInstance().getPopup( null,
5348                                                                                   _rollover_popup,
5349                                                                                   e.getLocationOnScreen().x + 10,
5350                                                                                   e.getLocationOnScreen().y
5351                                                                                           - ( lines * 20 ) );
5352                     _node_desc_popup.show();
5353                 }
5354             }
5355         }
5356         catch ( final Exception ex ) {
5357             // Do nothing.
5358         }
5359     }
5360
5361     final private void showNodeEditFrame( final PhylogenyNode n ) {
5362         if ( _node_frame_index < TreePanel.MAX_NODE_FRAMES ) {
5363             // pop up edit box for single node
5364             _node_frames[ _node_frame_index ] = new NodeFrame( n, _phylogeny, this, _node_frame_index, "" );
5365             _node_frame_index++;
5366         }
5367         else {
5368             JOptionPane.showMessageDialog( this, "too many node windows are open" );
5369         }
5370     }
5371
5372     final private void showNodeFrame( final PhylogenyNode n ) {
5373         if ( _node_frame_index < TreePanel.MAX_NODE_FRAMES ) {
5374             // pop up edit box for single node
5375             _node_frames[ _node_frame_index ] = new NodeFrame( n, _phylogeny, this, _node_frame_index );
5376             _node_frame_index++;
5377         }
5378         else {
5379             JOptionPane.showMessageDialog( this, "too many node windows are open" );
5380         }
5381     }
5382
5383     final private void switchDisplaygetPhylogenyGraphicsType() {
5384         switch ( getPhylogenyGraphicsType() ) {
5385             case RECTANGULAR:
5386                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
5387                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
5388                 break;
5389             case EURO_STYLE:
5390                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
5391                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
5392                 break;
5393             case ROUNDED:
5394                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
5395                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
5396                 break;
5397             case CURVED:
5398                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
5399                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
5400                 break;
5401             case TRIANGULAR:
5402                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
5403                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
5404                 break;
5405             case CONVEX:
5406                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
5407                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
5408                 break;
5409             case UNROOTED:
5410                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
5411                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
5412                 break;
5413             case CIRCULAR:
5414                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
5415                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
5416                 break;
5417             default:
5418                 throw new RuntimeException( "unkwnown display type: " + getPhylogenyGraphicsType() );
5419         }
5420         if ( getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
5421             if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
5422                 getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( false );
5423             }
5424             else {
5425                 getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( true );
5426             }
5427         }
5428         if ( isPhyHasBranchLengths() && ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
5429             getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( true );
5430         }
5431         else {
5432             getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( false );
5433         }
5434         if ( getMainPanel().getMainFrame() == null ) {
5435             // Must be "E" applet version.
5436             ( ( ArchaeopteryxE ) ( ( MainPanelApplets ) getMainPanel() ).getApplet() )
5437                     .setSelectedTypeInTypeMenu( getPhylogenyGraphicsType() );
5438         }
5439         else {
5440             getMainPanel().getMainFrame().setSelectedTypeInTypeMenu( getPhylogenyGraphicsType() );
5441         }
5442     }
5443
5444     final private static void drawString( final int i, final double x, final double y, final Graphics2D g ) {
5445         g.drawString( String.valueOf( i ), ( int ) ( x + 0.5 ), ( int ) ( y + 0.5 ) );
5446     }
5447
5448     final private static void drawString( final String str, final double x, final double y, final Graphics2D g ) {
5449         g.drawString( str, ( int ) ( x + 0.5 ), ( int ) ( y + 0.5 ) );
5450     }
5451
5452     final private static String getPartAfterColon( final String s ) {
5453         final int i = s.indexOf( ':' );
5454         if ( ( i < 1 ) || ( i == ( s.length() - 1 ) ) ) {
5455             return s;
5456         }
5457         return s.substring( i + 1, s.length() );
5458     }
5459
5460     final private static boolean isSequenceEmpty( final Sequence seq ) {
5461         return ( seq.getAccession() == null ) && ForesterUtil.isEmpty( seq.getName() )
5462                 && ForesterUtil.isEmpty( seq.getSymbol() );
5463     }
5464
5465     final private static boolean isTaxonomyEmpty( final Taxonomy tax ) {
5466         return ( ( tax.getIdentifier() == null ) && ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() )
5467                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) && ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) && tax
5468                 .getSynonyms().isEmpty() );
5469     }
5470
5471     final private static boolean plusPressed( final int key_code ) {
5472         return ( ( key_code == KeyEvent.VK_ADD ) || ( key_code == KeyEvent.VK_PLUS )
5473                 || ( key_code == KeyEvent.VK_EQUALS ) || ( key_code == KeyEvent.VK_SEMICOLON ) || ( key_code == KeyEvent.VK_1 ) );
5474     }
5475
5476     final private static Phylogeny subTree( final PhylogenyNode new_root, final Phylogeny source_phy ) {
5477         final Phylogeny new_phy = new Phylogeny();
5478         new_phy.setRooted( true );
5479         new_phy.setName( source_phy.getName() );
5480         new_phy.setDescription( source_phy.getDescription() );
5481         new_phy.setType( source_phy.getType() );
5482         new_phy.setDistanceUnit( source_phy.getDistanceUnit() );
5483         new_phy.setConfidence( source_phy.getConfidence() );
5484         new_phy.setIdentifier( source_phy.getIdentifier() );
5485         new_phy.setRoot( new_root.copyNodeDataShallow() );
5486         int i = 0;
5487         for( final PhylogenyNode n : new_root.getDescendants() ) {
5488             new_phy.getRoot().setChildNode( i++, n );
5489         }
5490         return new_phy;
5491     }
5492
5493     final private class SubtreeColorizationActionListener implements ActionListener {
5494
5495         JColorChooser _chooser;
5496         PhylogenyNode _node;
5497
5498         SubtreeColorizationActionListener( final JColorChooser chooser, final PhylogenyNode node ) {
5499             _chooser = chooser;
5500             _node = node;
5501         }
5502
5503         @Override
5504         public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
5505             final Color c = _chooser.getColor();
5506             if ( c != null ) {
5507                 colorizeSubtree( c, _node );
5508             }
5509         }
5510     }
5511 }