forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/TreePanel.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.BasicStroke;
  29 import java.awt.Color;
  30 import java.awt.Cursor;
  31 import java.awt.Dimension;
  32 import java.awt.Font;
  33 import java.awt.GradientPaint;
  34 import java.awt.Graphics;
  35 import java.awt.Graphics2D;
  36 import java.awt.Point;
  37 import java.awt.Polygon;
  38 import java.awt.Rectangle;
  39 import java.awt.RenderingHints;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.event.FocusAdapter;
  43 import java.awt.event.FocusEvent;
  44 import java.awt.event.InputEvent;
  45 import java.awt.event.KeyAdapter;
  46 import java.awt.event.KeyEvent;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  49 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  50 import java.awt.font.FontRenderContext;
  51 import java.awt.font.TextLayout;
  52 import java.awt.geom.AffineTransform;
  53 import java.awt.geom.Arc2D;
  54 import java.awt.geom.CubicCurve2D;
  55 import java.awt.geom.Ellipse2D;
  56 import java.awt.geom.Line2D;
  57 import java.awt.geom.QuadCurve2D;
  58 import java.awt.geom.Rectangle2D;
  59 import java.awt.image.BufferedImage;
  60 import java.awt.print.PageFormat;
  61 import java.awt.print.Printable;
  62 import java.awt.print.PrinterException;
  63 import java.io.File;
  64 import java.io.IOException;
  65 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  66 import java.net.URI;
  67 import java.net.URISyntaxException;
  68 import java.net.URLEncoder;
  69 import java.text.DecimalFormat;
  70 import java.text.DecimalFormatSymbols;
  71 import java.text.NumberFormat;
  72 import java.util.ArrayList;
  73 import java.util.Collections;
  74 import java.util.HashMap;
  75 import java.util.HashSet;
  76 import java.util.Hashtable;
  77 import java.util.List;
  78 import java.util.Set;
  79 import java.util.SortedSet;
  80
  81 import javax.swing.BorderFactory;
  82 import javax.swing.JApplet;
  83 import javax.swing.JColorChooser;
  84 import javax.swing.JDialog;
  85 import javax.swing.JMenuItem;
  86 import javax.swing.JOptionPane;
  87 import javax.swing.JPanel;
  88 import javax.swing.JPopupMenu;
  89 import javax.swing.JTextArea;
  90 import javax.swing.Popup;
  91 import javax.swing.PopupFactory;
  92
  93 import org.forester.archaeopteryx.Configuration.EXT_NODE_DATA_RETURN_ON;
  94 import org.forester.archaeopteryx.ControlPanel.NodeClickAction;
  95 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  96 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  97 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  98 import org.forester.archaeopteryx.phylogeny.data.RenderableDomainArchitecture;
  99 import org.forester.archaeopteryx.phylogeny.data.RenderableVector;
 100 import org.forester.archaeopteryx.tools.Blast;
 101 import org.forester.archaeopteryx.tools.ImageLoader;
 102 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlUtil;
 103 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
 104 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
 105 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
 106 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods.DESCENDANT_SORT_PRIORITY;
 107 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
 108 import org.forester.phylogeny.data.Annotation;
 109 import org.forester.phylogeny.data.BranchColor;
 110 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
 111 import org.forester.phylogeny.data.Event;
 112 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
 113 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization;
 114 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeFill;
 115 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualization.NodeShape;
 116 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
 117 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
 118 import org.forester.phylogeny.data.Property;
 119 import org.forester.phylogeny.data.Sequence;
 120 import org.forester.phylogeny.data.SequenceRelation;
 121 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
 122 import org.forester.phylogeny.data.Uri;
 123 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
 124 import org.forester.phylogeny.iterators.PreorderTreeIterator;
 125 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 126 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 127 import org.forester.util.ForesterConstants;
 128 import org.forester.util.ForesterUtil;
 129 import org.forester.util.SequenceIdParser;
 130
 131 public final class TreePanel extends JPanel implements ActionListener, MouseWheelListener, Printable {
 132
 133     private static final float           PI                                                 = ( float ) ( Math.PI );
 134     private static final double          TWO_PI                                             = 2 * Math.PI;
 135     private static final float           ONEHALF_PI                                         = ( float ) ( 1.5 * Math.PI );
 136     private static final float           HALF_PI                                            = ( float ) ( Math.PI / 2.0 );
 137     private static final float           ANGLE_ROTATION_UNIT                                = ( float ) ( Math.PI / 32 );
 138     private static final short           OV_BORDER                                          = 10;
 139     final static Cursor                  CUT_CURSOR                                         = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.CROSSHAIR_CURSOR );
 140     final static Cursor                  MOVE_CURSOR                                        = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.MOVE_CURSOR );
 141     final static Cursor                  ARROW_CURSOR                                       = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.DEFAULT_CURSOR );
 142     final static Cursor                  HAND_CURSOR                                        = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.HAND_CURSOR );
 143     final static Cursor                  WAIT_CURSOR                                        = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.WAIT_CURSOR );
 144     private final static long            serialVersionUID                                   = -978349745916505029L;
 145     private final static int             EURO_D                                             = 10;
 146     private final static String          NODE_POPMENU_NODE_CLIENT_PROPERTY                  = "node";
 147     private final static int             MIN_ROOT_LENGTH                                    = 3;
 148     private final static int             MAX_SUBTREES                                       = 100;
 149     private final static int             MAX_NODE_FRAMES                                    = 10;
 150     private final static int             MOVE                                               = 20;
 151     private final static NumberFormat    FORMATTER_CONFIDENCE;
 152     private final static NumberFormat    FORMATTER_BRANCH_LENGTH;
 153     private final static int             WIGGLE                                             = 2;
 154     private final static int             LIMIT_FOR_HQ_RENDERING                             = 1000;
 155     private final static int             CONFIDENCE_LEFT_MARGIN                             = 4;
 156     private final RenderingHints         _rendering_hints                                   = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
 157                                                                                                                   RenderingHints.VALUE_RENDER_DEFAULT );
 158     private File                         _treefile                                          = null;
 159     private Configuration                _configuration                                     = null;
 160     private final NodeFrame[]            _node_frames                                       = new NodeFrame[ TreePanel.MAX_NODE_FRAMES ];
 161     private int                          _node_frame_index                                  = 0;
 162     private Phylogeny                    _phylogeny                                         = null;
 163     private final Phylogeny[]            _sub_phylogenies                                   = new Phylogeny[ TreePanel.MAX_SUBTREES ];
 164     private final PhylogenyNode[]        _sub_phylogenies_temp_roots                        = new PhylogenyNode[ TreePanel.MAX_SUBTREES ];
 165     private int                          _subtree_index                                     = 0;
 166     private MainPanel                    _main_panel                                        = null;
 167     private Set<Long>                    _found_nodes                                       = null;
 168     private PhylogenyNode                _highlight_node                                    = null;
 169     private JPopupMenu                   _node_popup_menu                                   = null;
 170     private JMenuItem                    _node_popup_menu_items[]                           = null;
 171     private int                          _longest_ext_node_info                             = 0;
 172     private float                        _x_correction_factor                               = 0.0f;
 173     private float                        _ov_x_correction_factor                            = 0.0f;
 174     private float                        _x_distance                                        = 0.0f;
 175     private float                        _y_distance                                        = 0.0f;
 176     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE      _graphics_type                                     = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 177     private double                       _domain_structure_width                            = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_DEFAULT_WIDTH;
 178     private int                          _domain_structure_e_value_thr_exp                  = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_E_VALUE_THR_DEFAULT_EXP;
 179     private float                        _last_drag_point_x                                 = 0;
 180     private float                        _last_drag_point_y                                 = 0;
 181     private ControlPanel                 _control_panel                                     = null;
 182     private int                          _external_node_index                               = 0;
 183     private final Polygon                _polygon                                           = new Polygon();
 184     private final StringBuilder          _sb                                                = new StringBuilder();
 185     private JColorChooser                _color_chooser                                     = null;
 186     private double                       _scale_distance                                    = 0.0;
 187     private String                       _scale_label                                       = null;
 188     private final CubicCurve2D           _cubic_curve                                       = new CubicCurve2D.Float();
 189     private final QuadCurve2D            _quad_curve                                        = new QuadCurve2D.Float();
 190     private final Line2D                 _line                                              = new Line2D.Float();
 191     private final Ellipse2D              _ellipse                                           = new Ellipse2D.Float();
 192     private final Rectangle2D            _rectangle                                         = new Rectangle2D.Float();
 193     private Options                      _options                                           = null;
 194     private float                        _ov_max_width                                      = 0;
 195     private float                        _ov_max_height                                     = 0;
 196     private int                          _ov_x_position                                     = 0;
 197     private int                          _ov_y_position                                     = 0;
 198     private int                          _ov_y_start                                        = 0;
 199     private float                        _ov_y_distance                                     = 0;
 200     private float                        _ov_x_distance                                     = 0;
 201     private boolean                      _ov_on                                             = false;
 202     private double                       _urt_starting_angle                                = ( float ) ( Math.PI / 2 );
 203     private float                        _urt_factor                                        = 1;
 204     private float                        _urt_factor_ov                                     = 1;
 205     private final boolean                _phy_has_branch_lengths;
 206     private final Rectangle2D            _ov_rectangle                                      = new Rectangle2D.Float();
 207     private boolean                      _in_ov_rect                                        = false;
 208     private boolean                      _in_ov                                             = false;
 209     private final Rectangle              _ov_virtual_rectangle                              = new Rectangle();
 210     final private static double          _180_OVER_PI                                       = 180.0 / Math.PI;
 211     private static final float           ROUNDED_D                                          = 8;
 212     private int                          _circ_max_depth;
 213     private PhylogenyNode                _root;
 214     final private Arc2D                  _arc                                               = new Arc2D.Double();
 215     final private HashMap<Long, Double>  _urt_nodeid_angle_map                              = new HashMap<Long, Double>();
 216     final private HashMap<Long, Integer> _urt_nodeid_index_map                              = new HashMap<Long, Integer>();
 217     final private Set<Long>              _collapsed_external_nodeid_set                     = new HashSet<Long>();
 218     HashMap<Long, Short>                 _nodeid_dist_to_leaf                               = new HashMap<Long, Short>();
 219     private AffineTransform              _at;
 220     private double                       _max_distance_to_root                              = -1;
 221     private int                          _dynamic_hiding_factor                             = 0;
 222     private boolean                      _edited                                            = false;
 223     private Popup                        _node_desc_popup;
 224     private JTextArea                    _rollover_popup;
 225     private final StringBuffer           _popup_buffer                                      = new StringBuffer();
 226     final private static Font            POPUP_FONT                                         = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(),
 227                                                                                                         Font.PLAIN,
 228                                                                                                         12 );
 229     private Sequence                     _query_sequence                                    = null;
 230     private final FontRenderContext      _frc                                               = new FontRenderContext( null,
 231                                                                                                                      false,
 232                                                                                                                      false );
 233     // expression values menu:
 234     private DescriptiveStatistics        _statistics_for_vector_data;
 235     private PhylogenyNode[]              _nodes_in_preorder                                 = null;
 236     private StringBuilder                _current_external_nodes_data_buffer                = new StringBuilder();
 237     private int                          _current_external_nodes_data_buffer_change_counter = 0;
 238     private Set<Long>                    _current_external_nodes                            = null;
 239     //  private Image                           offscreenImage;
 240     //  private Graphics                        offscreenGraphics;
 241     //  private Dimension                       offscreenDimension;
 242     static {
 243         final DecimalFormatSymbols dfs = new DecimalFormatSymbols();
 244         dfs.setDecimalSeparator( '.' );
 245         FORMATTER_CONFIDENCE = new DecimalFormat( "#.###", dfs );
 246         FORMATTER_BRANCH_LENGTH = new DecimalFormat( "#.###", dfs );
 247     }
 248
 249     TreePanel( final Phylogeny t, final Configuration configuration, final MainPanel tjp ) {
 250         requestFocusInWindow();
 251         addKeyListener( new KeyAdapter() {
 252
 253             @Override
 254             public void keyPressed( final KeyEvent key_event ) {
 255                 keyPressedCalls( key_event );
 256                 requestFocusInWindow();
 257             }
 258         } );
 259         addFocusListener( new FocusAdapter() {
 260
 261             @Override
 262             public void focusGained( final FocusEvent e ) {
 263                 requestFocusInWindow();
 264             }
 265         } );
 266         if ( ( t == null ) || t.isEmpty() ) {
 267             throw new IllegalArgumentException( "attempt to draw phylogeny which is null or empty" );
 268         }
 269         _graphics_type = tjp.getOptions().getPhylogenyGraphicsType();
 270         _main_panel = tjp;
 271         _configuration = configuration;
 272         _phylogeny = t;
 273         _phy_has_branch_lengths = AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( _phylogeny );
 274         init();
 275         // if ( !_phylogeny.isEmpty() ) {
 276         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 277         checkForVectorProperties( _phylogeny );
 278         // }
 279         setBackground( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
 280         final MouseListener mouse_listener = new MouseListener( this );
 281         addMouseListener( mouse_listener );
 282         addMouseMotionListener( mouse_listener );
 283         addMouseWheelListener( this );
 284         calculateScaleDistance();
 285         FORMATTER_CONFIDENCE.setMaximumFractionDigits( configuration.getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() );
 286         FORMATTER_BRANCH_LENGTH.setMaximumFractionDigits( configuration
 287                 .getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() );
 288     }
 289
 290     @Override
 291     final public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
 292         boolean done = false;
 293         final JMenuItem node_popup_menu_item = ( JMenuItem ) e.getSource();
 294         for( int index = 0; ( index < _node_popup_menu_items.length ) && !done; index++ ) {
 295             // NOTE: index corresponds to the indices of click-to options
 296             // in the control panel.
 297             if ( node_popup_menu_item == _node_popup_menu_items[ index ] ) {
 298                 // Set this as the new default click-to action
 299                 _main_panel.getControlPanel().setClickToAction( index );
 300                 final PhylogenyNode node = ( PhylogenyNode ) _node_popup_menu
 301                         .getClientProperty( NODE_POPMENU_NODE_CLIENT_PROPERTY );
 302                 handleClickToAction( _control_panel.getActionWhenNodeClicked(), node );
 303                 done = true;
 304             }
 305         }
 306         repaint();
 307         requestFocusInWindow();
 308     }
 309
 310     public synchronized Hashtable<String, BufferedImage> getImageMap() {
 311         return getMainPanel().getImageMap();
 312     }
 313
 314     final public MainPanel getMainPanel() {
 315         return _main_panel;
 316     }
 317
 318     /**
 319      * Get a pointer to the phylogeny
 320      *
 321      * @return a pointer to the phylogeny
 322      */
 323     public final Phylogeny getPhylogeny() {
 324         return _phylogeny;
 325     }
 326
 327     @Override
 328     final public void mouseWheelMoved( final MouseWheelEvent e ) {
 329         final int notches = e.getWheelRotation();
 330         if ( inOvVirtualRectangle( e ) ) {
 331             if ( !isInOvRect() ) {
 332                 setInOvRect( true );
 333                 repaint();
 334             }
 335         }
 336         else {
 337             if ( isInOvRect() ) {
 338                 setInOvRect( false );
 339                 repaint();
 340             }
 341         }
 342         if ( e.isControlDown() ) {
 343             if ( notches < 0 ) {
 344                 getTreeFontSet().increaseFontSize();
 345                 getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
 346             }
 347             else {
 348                 getTreeFontSet().decreaseFontSize( 1, false );
 349                 getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
 350             }
 351         }
 352         else if ( e.isShiftDown() ) {
 353             if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
 354                     || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 355                 if ( notches < 0 ) {
 356                     for( int i = 0; i < ( -notches ); ++i ) {
 357                         setStartingAngle( ( getStartingAngle() % TWO_PI ) + ANGLE_ROTATION_UNIT );
 358                         getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 359                     }
 360                 }
 361                 else {
 362                     for( int i = 0; i < notches; ++i ) {
 363                         setStartingAngle( ( getStartingAngle() % TWO_PI ) - ANGLE_ROTATION_UNIT );
 364                         if ( getStartingAngle() < 0 ) {
 365                             setStartingAngle( TWO_PI + getStartingAngle() );
 366                         }
 367                         getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 368                     }
 369                 }
 370             }
 371             else {
 372                 if ( notches < 0 ) {
 373                     for( int i = 0; i < ( -notches ); ++i ) {
 374                         getControlPanel().zoomInY( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
 375                         getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 376                     }
 377                 }
 378                 else {
 379                     for( int i = 0; i < notches; ++i ) {
 380                         getControlPanel().zoomOutY( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR );
 381                         getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 382                     }
 383                 }
 384             }
 385         }
 386         else {
 387             if ( notches < 0 ) {
 388                 for( int i = 0; i < ( -notches ); ++i ) {
 389                     getControlPanel().zoomInX( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR,
 390                                                Constants.WHEEL_ZOOM_IN_X_CORRECTION_FACTOR );
 391                     getControlPanel().zoomInY( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
 392                     getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 393                 }
 394             }
 395             else {
 396                 for( int i = 0; i < notches; ++i ) {
 397                     getControlPanel().zoomOutY( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR );
 398                     getControlPanel().zoomOutX( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR,
 399                                                 Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_X_CORRECTION_FACTOR );
 400                     getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 401                 }
 402             }
 403         }
 404         requestFocus();
 405         requestFocusInWindow();
 406         requestFocus();
 407     }
 408
 409     @Override
 410     final public void paintComponent( final Graphics g ) {
 411         // Dimension currentSize = getSize();
 412         //  if ( offscreenImage == null || !currentSize.equals( offscreenDimension ) ) {
 413         // call the 'java.awt.Component.createImage(...)' method to get an
 414         // image
 415         //   offscreenImage = createImage( currentSize.width, currentSize.height );
 416         //  offscreenGraphics = offscreenImage.getGraphics();
 417         //  offscreenDimension = currentSize;
 418         // }
 419         // super.paintComponent( g ); //why?
 420         //final Graphics2D g2d = ( Graphics2D ) offscreenGraphics;
 421         final Graphics2D g2d = ( Graphics2D ) g;
 422         g2d.setRenderingHints( _rendering_hints );
 423         paintPhylogeny( g2d, false, false, 0, 0, 0, 0 );
 424         //g.drawImage( offscreenImage, 0, 0, this );
 425     }
 426
 427     @Override
 428     final public int print( final Graphics g, final PageFormat page_format, final int page_index )
 429             throws PrinterException {
 430         if ( page_index > 0 ) {
 431             return ( NO_SUCH_PAGE );
 432         }
 433         else {
 434             final Graphics2D g2d = ( Graphics2D ) g;
 435             g2d.translate( page_format.getImageableX(), page_format.getImageableY() );
 436             // Turn off double buffering !?
 437             paintPhylogeny( g2d, true, false, 0, 0, 0, 0 );
 438             // Turn double buffering back on !?
 439             return ( PAGE_EXISTS );
 440         }
 441     }
 442
 443     public final void setEdited( final boolean edited ) {
 444         _edited = edited;
 445     }
 446
 447     public synchronized void setImageMap( final Hashtable<String, BufferedImage> image_map ) {
 448         getMainPanel().setImageMap( image_map );
 449     }
 450
 451     /**
 452      * Set a phylogeny tree.
 453      *
 454      * @param t
 455      *            an instance of a Phylogeny
 456      */
 457     public final void setTree( final Phylogeny t ) {
 458         setNodeInPreorderToNull();
 459         _phylogeny = t;
 460     }
 461
 462     public final void setWaitCursor() {
 463         setCursor( WAIT_CURSOR );
 464         repaint();
 465     }
 466
 467     @Override
 468     public void update( final Graphics g ) {
 469         paint( g );
 470     }
 471
 472     final void calcMaxDepth() {
 473         if ( _phylogeny != null ) {
 474             _circ_max_depth = PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( _phylogeny );
 475         }
 476     }
 477
 478     /**
 479      * Set parameters for printing the displayed tree
 480      *
 481      */
 482     final void calcParametersForPainting( final int x, final int y, final boolean recalc_longest_ext_node_info ) {
 483         // updateStyle(); not needed?
 484         if ( ( _phylogeny != null ) && !_phylogeny.isEmpty() ) {
 485             initNodeData();
 486             if ( recalc_longest_ext_node_info ) {
 487                 calculateLongestExtNodeInfo();
 488                 if ( getOptions().isAllowFontSizeChange() ) {
 489                     if ( ( getLongestExtNodeInfo() > ( x * 0.6 ) )
 490                             && ( getTreeFontSet().getLargeFont().getSize() > 2 + TreeFontSet.FONT_SIZE_CHANGE_STEP ) ) {
 491                         while ( ( getLongestExtNodeInfo() > ( x * 0.7 ) )
 492                                 && ( getTreeFontSet().getLargeFont().getSize() > 2 ) ) {
 493                             getMainPanel().getTreeFontSet().decreaseFontSize( getConfiguration().getMinBaseFontSize(),
 494                                                                               true );
 495                             calculateLongestExtNodeInfo();
 496                         }
 497                     }
 498                     else {
 499                         while ( ( getLongestExtNodeInfo() < ( x * 0.6 ) )
 500                                 && ( getTreeFontSet().getLargeFont().getSize() <= getTreeFontSet().getLargeFontMemory()
 501                                         .getSize() - TreeFontSet.FONT_SIZE_CHANGE_STEP ) ) {
 502                             getMainPanel().getTreeFontSet().increaseFontSize();
 503                             calculateLongestExtNodeInfo();
 504                         }
 505                     }
 506                 }
 507             }
 508             int ext_nodes = _phylogeny.getRoot().getNumberOfExternalNodes();
 509             final int max_depth = PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( _phylogeny );
 510             if ( ext_nodes == 1 ) {
 511                 ext_nodes = max_depth;
 512                 if ( ext_nodes < 1 ) {
 513                     ext_nodes = 1;
 514                 }
 515             }
 516             updateOvSizes();
 517             float xdist = 0;
 518             float ov_xdist = 0;
 519             if ( !isNonLinedUpCladogram() && !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
 520                 xdist = ( float ) ( ( x - getLongestExtNodeInfo() - TreePanel.MOVE ) / ( ext_nodes + 3.0 ) );
 521                 ov_xdist = ( float ) ( getOvMaxWidth() / ( ext_nodes + 3.0 ) );
 522             }
 523             else {
 524                 xdist = ( ( x - getLongestExtNodeInfo() - TreePanel.MOVE ) / ( max_depth + 1 ) );
 525                 ov_xdist = ( getOvMaxWidth() / ( max_depth + 1 ) );
 526             }
 527             float ydist = ( float ) ( ( y - TreePanel.MOVE ) / ( ext_nodes * 2.0 ) );
 528             if ( xdist < 0.0 ) {
 529                 xdist = 0.0f;
 530             }
 531             if ( ov_xdist < 0.0 ) {
 532                 ov_xdist = 0.0f;
 533             }
 534             if ( ydist < 0.0 ) {
 535                 ydist = 0.0f;
 536             }
 537             setXdistance( xdist );
 538             setYdistance( ydist );
 539             setOvXDistance( ov_xdist );
 540             final double height = _phylogeny.getHeight();
 541             if ( height > 0 ) {
 542                 final float corr = ( float ) ( ( x - TreePanel.MOVE - getLongestExtNodeInfo() - getXdistance() ) / height );
 543                 setXcorrectionFactor( corr > 0 ? corr : 0 );
 544                 final float ov_corr = ( float ) ( ( getOvMaxWidth() - getOvXDistance() ) / height );
 545                 setOvXcorrectionFactor( ov_corr > 0 ? ov_corr : 0 );
 546             }
 547             else {
 548                 setXcorrectionFactor( 0 );
 549                 setOvXcorrectionFactor( 0 );
 550             }
 551             _circ_max_depth = max_depth;
 552             setUpUrtFactor();
 553             //
 554             if ( getOptions().isAllowFontSizeChange() ) {
 555                 if ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
 556                         && ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 557                     //                int dynamic_hiding_factor = calcDynamicHidingFactor();
 558                     //                if ( dynamic_hiding_factor > 1 ) {
 559                     //                    while ( dynamic_hiding_factor > 1
 560                     //                            && getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() > TreeFontSet.SMALL_FONTS_BASE ) {
 561                     //                        getTreeFontSet().decreaseFontSize( 1, true );
 562                     //                        dynamic_hiding_factor = calcDynamicHidingFactor();
 563                     //                    }
 564                     //                }
 565                     //                else if ( getTreeFontSet().isDecreasedSizeBySystem() ) {
 566                     //                    while ( dynamic_hiding_factor < 1 && getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() < 12 ) {
 567                     //                        getTreeFontSet().increaseFontSize();
 568                     //                        dynamic_hiding_factor = calcDynamicHidingFactor();
 569                     //                    }
 570                     //                }
 571                 }
 572             }
 573             //
 574         }
 575     }
 576
 577     final void calculateLongestExtNodeInfo() {
 578         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
 579             return;
 580         }
 581         int max_length = ForesterUtil.roundToInt( ( getSize().getWidth() - MOVE )
 582                 * Constants.EXT_NODE_INFO_LENGTH_MAX_RATIO );
 583         if ( max_length < 40 ) {
 584             max_length = 40;
 585         }
 586         int longest = 30;
 587         for( final PhylogenyNode node : _phylogeny.getExternalNodes() ) {
 588             int sum = 0;
 589             if ( node.isCollapse() ) {
 590                 continue;
 591             }
 592             if ( getControlPanel().isShowNodeNames() ) {
 593                 sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getName() + " " );
 594             }
 595             if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
 596                 if ( getControlPanel().isShowSequenceAcc()
 597                         && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) ) {
 598                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getAccession()
 599                             .getValue()
 600                             + " " );
 601                 }
 602                 if ( getControlPanel().isShowGeneNames() && ( node.getNodeData().getSequence().getName().length() > 0 ) ) {
 603                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getName() + " " );
 604                 }
 605                 if ( getControlPanel().isShowGeneSymbols()
 606                         && ( node.getNodeData().getSequence().getSymbol().length() > 0 ) ) {
 607                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getSymbol() + " " );
 608                 }
 609                 if ( getControlPanel().isShowAnnotation()
 610                         && ( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() != null )
 611                         && !node.getNodeData().getSequence().getAnnotations().isEmpty() ) {
 612                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getAnnotation( 0 )
 613                             .asSimpleText()
 614                             + " " );
 615                 }
 616                 if ( getControlPanel().isShowDomainArchitectures()
 617                         && ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() != null ) ) {
 618                     sum += ( ( RenderableDomainArchitecture ) node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() )
 619                             .getRenderingSize().getWidth();
 620                 }
 621             }
 622             if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 623                 final Taxonomy tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
 624                 if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode() && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 625                     sum += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( tax.getTaxonomyCode() + " " );
 626                 }
 627                 if ( getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames()
 628                         && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 629                     sum += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( tax.getScientificName() + " " );
 630                 }
 631                 if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCommonNames() && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
 632                     sum += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( tax.getCommonName() + " ()" );
 633                 }
 634             }
 635             if ( getControlPanel().isShowProperties() && node.getNodeData().isHasProperties() ) {
 636                 sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( propertiesToString( node ).toString() );
 637             }
 638             if ( getControlPanel().isShowBinaryCharacters() && node.getNodeData().isHasBinaryCharacters() ) {
 639                 sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getBinaryCharacters()
 640                         .getGainedCharactersAsStringBuffer().toString() );
 641             }
 642             if ( sum >= max_length ) {
 643                 setLongestExtNodeInfo( max_length );
 644                 return;
 645             }
 646             if ( sum > longest ) {
 647                 longest = sum;
 648             }
 649         }
 650         if ( longest >= max_length ) {
 651             setLongestExtNodeInfo( max_length );
 652         }
 653         else {
 654             setLongestExtNodeInfo( longest );
 655         }
 656     }
 657
 658     final void calculateScaleDistance() {
 659         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
 660             return;
 661         }
 662         final double height = getMaxDistanceToRoot();
 663         if ( height > 0 ) {
 664             if ( ( height <= 0.5 ) ) {
 665                 setScaleDistance( 0.01 );
 666             }
 667             else if ( height <= 5.0 ) {
 668                 setScaleDistance( 0.1 );
 669             }
 670             else if ( height <= 50.0 ) {
 671                 setScaleDistance( 1 );
 672             }
 673             else if ( height <= 500.0 ) {
 674                 setScaleDistance( 10 );
 675             }
 676             else {
 677                 setScaleDistance( 100 );
 678             }
 679         }
 680         else {
 681             setScaleDistance( 0.0 );
 682         }
 683         String scale_label = String.valueOf( getScaleDistance() );
 684         if ( !ForesterUtil.isEmpty( _phylogeny.getDistanceUnit() ) ) {
 685             scale_label += " [" + _phylogeny.getDistanceUnit() + "]";
 686         }
 687         setScaleLabel( scale_label );
 688     }
 689
 690     final Color calculateTaxonomyBasedColor( final Taxonomy tax ) {
 691         String species = tax.getTaxonomyCode();
 692         if ( ForesterUtil.isEmpty( species ) ) {
 693             species = tax.getScientificName();
 694             if ( ForesterUtil.isEmpty( species ) ) {
 695                 species = tax.getCommonName();
 696             }
 697         }
 698         if ( ForesterUtil.isEmpty( species ) ) {
 699             return getTreeColorSet().getTaxonomyColor();
 700         }
 701         // Look in species hash
 702         Color c = getControlPanel().getSpeciesColors().get( species );
 703         if ( c == null ) {
 704             c = AptxUtil.calculateColorFromString( species );
 705             getControlPanel().getSpeciesColors().put( species, c );
 706         }
 707         return c;
 708     }
 709
 710     void checkForVectorProperties( final Phylogeny phy ) {
 711         final DescriptiveStatistics stats = new BasicDescriptiveStatistics();
 712         for( final PhylogenyNodeIterator iter = phy.iteratorPreorder(); iter.hasNext(); ) {
 713             final PhylogenyNode node = iter.next();
 714             if ( node.getNodeData().getProperties() != null ) {
 715                 final PropertiesMap pm = node.getNodeData().getProperties();
 716                 final double[] vector = new double[ pm.getProperties().size() ];
 717                 int counter = 0;
 718                 for( final String ref : pm.getProperties().keySet() ) {
 719                     if ( ref.startsWith( PhyloXmlUtil.VECTOR_PROPERTY_REF ) ) {
 720                         final Property p = pm.getProperty( ref );
 721                         final String value_str = p.getValue();
 722                         final String index_str = ref
 723                                 .substring( PhyloXmlUtil.VECTOR_PROPERTY_REF.length(), ref.length() );
 724                         double d = -100;
 725                         try {
 726                             d = Double.parseDouble( value_str );
 727                         }
 728                         catch ( final NumberFormatException e ) {
 729                             JOptionPane.showMessageDialog( this, "Could not parse \"" + value_str
 730                                     + "\" into a decimal value", "Problem with Vector Data", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 731                             return;
 732                         }
 733                         int i = -1;
 734                         try {
 735                             i = Integer.parseInt( index_str );
 736                         }
 737                         catch ( final NumberFormatException e ) {
 738                             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 739                                                            "Could not parse \"" + index_str
 740                                                                    + "\" into index for vector data",
 741                                                            "Problem with Vector Data",
 742                                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 743                             return;
 744                         }
 745                         if ( i < 0 ) {
 746                             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 747                                                            "Attempt to use negative index for vector data",
 748                                                            "Problem with Vector Data",
 749                                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 750                             return;
 751                         }
 752                         vector[ i ] = d;
 753                         ++counter;
 754                         stats.addValue( d );
 755                     }
 756                 }
 757                 final List<Double> vector_l = new ArrayList<Double>( counter );
 758                 for( int i = 0; i < counter; ++i ) {
 759                     vector_l.add( vector[ i ] );
 760                 }
 761                 node.getNodeData().setVector( vector_l );
 762             }
 763         }
 764         if ( stats.getN() > 0 ) {
 765             _statistics_for_vector_data = stats;
 766         }
 767     }
 768
 769     void clearCurrentExternalNodesDataBuffer() {
 770         setCurrentExternalNodesDataBuffer( new StringBuilder() );
 771     }
 772
 773     /**
 774      * Collapse the tree from the given node
 775      *
 776      * @param node
 777      *            a PhylogenyNode
 778      */
 779     final void collapse( final PhylogenyNode node ) {
 780         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
 781             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 782                                            "Cannot collapse in unrooted display type",
 783                                            "Attempt to collapse in unrooted display",
 784                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 785             return;
 786         }
 787         if ( !node.isExternal() && !node.isRoot() ) {
 788             final boolean collapse = !node.isCollapse();
 789             AptxUtil.collapseSubtree( node, collapse );
 790             updateSetOfCollapsedExternalNodes();
 791             _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 792             resetNodeIdToDistToLeafMap();
 793             calculateLongestExtNodeInfo();
 794             setNodeInPreorderToNull();
 795             _control_panel.displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
 796             resetPreferredSize();
 797             updateOvSizes();
 798             _main_panel.adjustJScrollPane();
 799             repaint();
 800         }
 801     }
 802
 803     final void collapseSpeciesSpecificSubtrees() {
 804         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
 805             return;
 806         }
 807         setWaitCursor();
 808         AptxUtil.collapseSpeciesSpecificSubtrees( _phylogeny );
 809         updateSetOfCollapsedExternalNodes();
 810         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 811         resetNodeIdToDistToLeafMap();
 812         calculateLongestExtNodeInfo();
 813         setNodeInPreorderToNull();
 814         resetPreferredSize();
 815         _main_panel.adjustJScrollPane();
 816         setArrowCursor();
 817         repaint();
 818     }
 819
 820     final void colorRank( final String rank ) {
 821         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
 822             return;
 823         }
 824         setWaitCursor();
 825         AptxUtil.removeBranchColors( _phylogeny );
 826         final int colorizations = AptxUtil.colorPhylogenyAccordingToRanks( _phylogeny, rank, this );
 827         if ( colorizations > 0 ) {
 828             _control_panel.setColorBranches( true );
 829             if ( _control_panel.getColorBranchesCb() != null ) {
 830                 _control_panel.getColorBranchesCb().setSelected( true );
 831             }
 832             if ( _control_panel.getColorAccSpeciesCb() != null ) {
 833                 _control_panel.getColorAccSpeciesCb().setSelected( false );
 834             }
 835             _options.setColorLabelsSameAsParentBranch( true );
 836             _control_panel.repaint();
 837         }
 838         setArrowCursor();
 839         repaint();
 840         if ( colorizations > 0 ) {
 841             String msg = "Taxonomy colorization via " + rank + " completed:\n";
 842             if ( colorizations > 1 ) {
 843                 msg += "colorized " + colorizations + " subtrees";
 844             }
 845             else {
 846                 msg += "colorized one subtree";
 847             }
 848             setEdited( true );
 849             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 850                                            msg,
 851                                            "Taxonomy Colorization Completed (" + rank + ")",
 852                                            JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE );
 853         }
 854         else {
 855             String msg = "Could not taxonomy colorize any subtree via " + rank + ".\n";
 856             msg += "Possible solutions (given that suitable taxonomic information is present):\n";
 857             msg += "select a different rank (e.g. phylum, genus, ...)\n";
 858             msg += "  and/or\n";
 859             msg += "execute:\n";
 860             msg += "1. \"" + MainFrameApplication.OBTAIN_DETAILED_TAXONOMIC_INFORMATION + "\" (Tools)\n";
 861             msg += "2. \"" + MainFrameApplication.INFER_ANCESTOR_TAXONOMIES + "\" (Analysis)";
 862             JOptionPane.showMessageDialog( this, msg, "Taxonomy Colorization Failed", JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 863         }
 864     }
 865
 866     final void confColor() {
 867         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
 868             return;
 869         }
 870         setWaitCursor();
 871         AptxUtil.removeBranchColors( _phylogeny );
 872         AptxUtil.colorPhylogenyAccordingToConfidenceValues( _phylogeny, this );
 873         _control_panel.setColorBranches( true );
 874         if ( _control_panel.getColorBranchesCb() != null ) {
 875             _control_panel.getColorBranchesCb().setSelected( true );
 876         }
 877         setArrowCursor();
 878         repaint();
 879     }
 880
 881     final void decreaseDomainStructureEvalueThreshold() {
 882         if ( _domain_structure_e_value_thr_exp > -20 ) {
 883             _domain_structure_e_value_thr_exp -= 1;
 884         }
 885     }
 886
 887     /**
 888      * Find the node, if any, at the given location
 889      *
 890      * @param x
 891      * @param y
 892      * @return pointer to the node at x,y, null if not found
 893      */
 894     final PhylogenyNode findNode( final int x, final int y ) {
 895         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
 896             return null;
 897         }
 898         final int half_box_size_plus_wiggle = ( getOptions().getDefaultNodeShapeSize() / 2 ) + WIGGLE;
 899         for( final PhylogenyNodeIterator iter = _phylogeny.iteratorPostorder(); iter.hasNext(); ) {
 900             final PhylogenyNode node = iter.next();
 901             if ( ( _phylogeny.isRooted() || !node.isRoot() || ( node.getNumberOfDescendants() > 2 ) )
 902                     && ( ( node.getXcoord() - half_box_size_plus_wiggle ) <= x )
 903                     && ( ( node.getXcoord() + half_box_size_plus_wiggle ) >= x )
 904                     && ( ( node.getYcoord() - half_box_size_plus_wiggle ) <= y )
 905                     && ( ( node.getYcoord() + half_box_size_plus_wiggle ) >= y ) ) {
 906                 return node;
 907             }
 908         }
 909         return null;
 910     }
 911
 912     final Configuration getConfiguration() {
 913         return _configuration;
 914     }
 915
 916     final ControlPanel getControlPanel() {
 917         return _control_panel;
 918     }
 919
 920     String getCurrentExternalNodesDataBufferAsString() {
 921         return _current_external_nodes_data_buffer.toString();
 922     }
 923
 924     int getCurrentExternalNodesDataBufferChangeCounter() {
 925         return _current_external_nodes_data_buffer_change_counter;
 926     }
 927
 928     final int getDomainStructureEvalueThreshold() {
 929         return _domain_structure_e_value_thr_exp;
 930     }
 931
 932     final Set<Long> getFoundNodes() {
 933         return _found_nodes;
 934     }
 935
 936     final Color getGraphicsForNodeBoxWithColorForParentBranch( final PhylogenyNode node ) {
 937         if ( getControlPanel().isColorBranches() && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
 938             return ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) );
 939         }
 940         else {
 941             return ( getTreeColorSet().getBranchColor() );
 942         }
 943     }
 944
 945     final int getLongestExtNodeInfo() {
 946         return _longest_ext_node_info;
 947     }
 948
 949     final Options getOptions() {
 950         if ( _options == null ) {
 951             _options = getControlPanel().getOptions();
 952         }
 953         return _options;
 954     }
 955
 956     final Rectangle2D getOvRectangle() {
 957         return _ov_rectangle;
 958     }
 959
 960     final Rectangle getOvVirtualRectangle() {
 961         return _ov_virtual_rectangle;
 962     }
 963
 964     final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
 965         return _graphics_type;
 966     }
 967
 968     final double getStartingAngle() {
 969         return _urt_starting_angle;
 970     }
 971
 972     DescriptiveStatistics getStatisticsForExpressionValues() {
 973         return _statistics_for_vector_data;
 974     }
 975
 976     /**
 977      * Find a color for this species name.
 978      *
 979      * @param species
 980      * @return the species color
 981      */
 982     final Color getTaxonomyBasedColor( final PhylogenyNode node ) {
 983         if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 984             return calculateTaxonomyBasedColor( node.getNodeData().getTaxonomy() );
 985         }
 986         // return non-colorized color
 987         return getTreeColorSet().getTaxonomyColor();
 988     }
 989
 990     /**
 991      * @return pointer to colorset for tree drawing
 992      */
 993     final TreeColorSet getTreeColorSet() {
 994         return getMainPanel().getTreeColorSet();
 995     }
 996
 997     final File getTreeFile() {
 998         return _treefile;
 999     }
1000
1001     final float getXcorrectionFactor() {
1002         return _x_correction_factor;
1003     }
1004
1005     final float getXdistance() {
1006         return _x_distance;
1007     }
1008
1009     final float getYdistance() {
1010         return _y_distance;
1011     }
1012
1013     final void increaseDomainStructureEvalueThreshold() {
1014         if ( _domain_structure_e_value_thr_exp < 3 ) {
1015             _domain_structure_e_value_thr_exp += 1;
1016         }
1017     }
1018
1019     final void initNodeData() {
1020         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
1021             return;
1022         }
1023         double max_original_domain_structure_width = 0.0;
1024         for( final PhylogenyNode node : _phylogeny.getExternalNodes() ) {
1025             if ( node.getNodeData().isHasSequence()
1026                     && ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() != null ) ) {
1027                 RenderableDomainArchitecture rds = null;
1028                 if ( !( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() instanceof RenderableDomainArchitecture ) ) {
1029                     rds = new RenderableDomainArchitecture( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture(),
1030                                                             getConfiguration() );
1031                     node.getNodeData().getSequence().setDomainArchitecture( rds );
1032                 }
1033                 else {
1034                     rds = ( RenderableDomainArchitecture ) node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture();
1035                 }
1036                 if ( getControlPanel().isShowDomainArchitectures() ) {
1037                     final double dsw = rds.getOriginalSize().getWidth();
1038                     if ( dsw > max_original_domain_structure_width ) {
1039                         max_original_domain_structure_width = dsw;
1040                     }
1041                 }
1042             }
1043         }
1044         if ( getControlPanel().isShowDomainArchitectures() ) {
1045             final double ds_factor_width = _domain_structure_width / max_original_domain_structure_width;
1046             for( final PhylogenyNode node : _phylogeny.getExternalNodes() ) {
1047                 if ( node.getNodeData().isHasSequence()
1048                         && ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() != null ) ) {
1049                     final RenderableDomainArchitecture rds = ( RenderableDomainArchitecture ) node.getNodeData()
1050                             .getSequence().getDomainArchitecture();
1051                     rds.setRenderingFactorWidth( ds_factor_width );
1052                     rds.setParameter( _domain_structure_e_value_thr_exp );
1053                 }
1054             }
1055         }
1056     }
1057
1058     final boolean inOv( final MouseEvent e ) {
1059         return ( ( e.getX() > ( getVisibleRect().x + getOvXPosition() + 1 ) )
1060                 && ( e.getX() < ( ( getVisibleRect().x + getOvXPosition() + getOvMaxWidth() ) - 1 ) )
1061                 && ( e.getY() > ( getVisibleRect().y + getOvYPosition() + 1 ) ) && ( e.getY() < ( ( getVisibleRect().y
1062                 + getOvYPosition() + getOvMaxHeight() ) - 1 ) ) );
1063     }
1064
1065     final boolean inOvRectangle( final MouseEvent e ) {
1066         return ( ( e.getX() >= ( getOvRectangle().getX() - 1 ) )
1067                 && ( e.getX() <= ( getOvRectangle().getX() + getOvRectangle().getWidth() + 1 ) )
1068                 && ( e.getY() >= ( getOvRectangle().getY() - 1 ) ) && ( e.getY() <= ( getOvRectangle().getY()
1069                 + getOvRectangle().getHeight() + 1 ) ) );
1070     }
1071
1072     final boolean isApplet() {
1073         return getMainPanel() instanceof MainPanelApplets;
1074     }
1075
1076     final boolean isCanCollapse() {
1077         return ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1078     }
1079
1080     final boolean isCanColorSubtree() {
1081         return ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1082     }
1083
1084     final boolean isCanCopy() {
1085         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && getOptions().isEditable() );
1086     }
1087
1088     final boolean isCanCut( final PhylogenyNode node ) {
1089         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && getOptions().isEditable() && !node
1090                 .isRoot() );
1091     }
1092
1093     final boolean isCanDelete() {
1094         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && getOptions().isEditable() );
1095     }
1096
1097     final boolean isCanPaste() {
1098         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && getOptions().isEditable()
1099                 && ( getCutOrCopiedTree() != null ) && !getCutOrCopiedTree().isEmpty() );
1100     }
1101
1102     final boolean isCanReroot() {
1103         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( _subtree_index < 1 ) );
1104     }
1105
1106     final boolean isCanSubtree( final PhylogenyNode node ) {
1107         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && !node.isExternal() && ( !node
1108                 .isRoot() || ( _subtree_index > 0 ) ) );
1109     }
1110
1111     final boolean isCurrentTreeIsSubtree() {
1112         return ( _subtree_index > 0 );
1113     }
1114
1115     final boolean isEdited() {
1116         return _edited;
1117     }
1118
1119     final boolean isInOvRect() {
1120         return _in_ov_rect;
1121     }
1122
1123     final boolean isOvOn() {
1124         return _ov_on;
1125     }
1126
1127     final boolean isPhyHasBranchLengths() {
1128         return _phy_has_branch_lengths;
1129     }
1130
1131     final void midpointRoot() {
1132         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
1133             return;
1134         }
1135         if ( !_phylogeny.isRerootable() ) {
1136             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1137                                            "This is not rerootable",
1138                                            "Not rerootable",
1139                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1140             return;
1141         }
1142         setNodeInPreorderToNull();
1143         setWaitCursor();
1144         PhylogenyMethods.midpointRoot( _phylogeny );
1145         resetNodeIdToDistToLeafMap();
1146         setArrowCursor();
1147         setEdited( true );
1148         repaint();
1149     }
1150
1151     final void mouseClicked( final MouseEvent e ) {
1152         if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && isInOv() ) {
1153             final double w_ratio = getVisibleRect().width / getOvRectangle().getWidth();
1154             final double h_ratio = getVisibleRect().height / getOvRectangle().getHeight();
1155             double x = ( e.getX() - getVisibleRect().x - getOvXPosition() - ( getOvRectangle().getWidth() / 2.0 ) )
1156                     * w_ratio;
1157             double y = ( e.getY() - getVisibleRect().y - getOvYPosition() - ( getOvRectangle().getHeight() / 2.0 ) )
1158                     * h_ratio;
1159             if ( x < 0 ) {
1160                 x = 0;
1161             }
1162             if ( y < 0 ) {
1163                 y = 0;
1164             }
1165             final double max_x = getWidth() - getVisibleRect().width;
1166             final double max_y = getHeight() - getVisibleRect().height;
1167             if ( x > max_x ) {
1168                 x = max_x;
1169             }
1170             if ( y > max_y ) {
1171                 y = max_y;
1172             }
1173             getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport()
1174                     .setViewPosition( new Point( ForesterUtil.roundToInt( x ), ForesterUtil.roundToInt( y ) ) );
1175             setInOvRect( true );
1176             repaint();
1177         }
1178         else {
1179             final PhylogenyNode node = findNode( e.getX(), e.getY() );
1180             if ( node != null ) {
1181                 if ( !node.isRoot() && node.getParent().isCollapse() ) {
1182                     return;
1183                 }
1184                 _highlight_node = node;
1185                 // Check if shift key is down
1186                 if ( ( e.getModifiers() & InputEvent.SHIFT_MASK ) != 0 ) {
1187                     // Yes, so add to _found_nodes
1188                     if ( getFoundNodes() == null ) {
1189                         setFoundNodes( new HashSet<Long>() );
1190                     }
1191                     getFoundNodes().add( node.getId() );
1192                     // Check if control key is down
1193                 }
1194                 else if ( ( e.getModifiers() & InputEvent.CTRL_MASK ) != 0 ) {
1195                     // Yes, so pop-up menu
1196                     displayNodePopupMenu( node, e.getX(), e.getY() );
1197                     // Handle unadorned click
1198                 }
1199                 else {
1200                     // Check for right mouse button
1201                     if ( e.getModifiers() == 4 ) {
1202                         displayNodePopupMenu( node, e.getX(), e.getY() );
1203                     }
1204                     else {
1205                         // if not in _found_nodes, clear _found_nodes
1206                         handleClickToAction( _control_panel.getActionWhenNodeClicked(), node );
1207                     }
1208                 }
1209             }
1210             else {
1211                 // no node was clicked
1212                 _highlight_node = null;
1213             }
1214         }
1215         repaint();
1216     }
1217
1218     final void mouseDragInBrowserPanel( final MouseEvent e ) {
1219         setCursor( MOVE_CURSOR );
1220         final Point scroll_position = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getViewPosition();
1221         scroll_position.x -= ( e.getX() - getLastDragPointX() );
1222         scroll_position.y -= ( e.getY() - getLastDragPointY() );
1223         if ( scroll_position.x < 0 ) {
1224             scroll_position.x = 0;
1225         }
1226         else {
1227             final int max_x = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getMaximum()
1228                     - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getVisibleAmount();
1229             if ( scroll_position.x > max_x ) {
1230                 scroll_position.x = max_x;
1231             }
1232         }
1233         if ( scroll_position.y < 0 ) {
1234             scroll_position.y = 0;
1235         }
1236         else {
1237             final int max_y = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getMaximum()
1238                     - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getVisibleAmount();
1239             if ( scroll_position.y > max_y ) {
1240                 scroll_position.y = max_y;
1241             }
1242         }
1243         if ( isOvOn() || getOptions().isShowScale() ) {
1244             repaint();
1245         }
1246         getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().setViewPosition( scroll_position );
1247     }
1248
1249     final void mouseDragInOvRectangle( final MouseEvent e ) {
1250         setCursor( HAND_CURSOR );
1251         final double w_ratio = getVisibleRect().width / getOvRectangle().getWidth();
1252         final double h_ratio = getVisibleRect().height / getOvRectangle().getHeight();
1253         final Point scroll_position = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getViewPosition();
1254         double dx = ( ( w_ratio * e.getX() ) - ( w_ratio * getLastDragPointX() ) );
1255         double dy = ( ( h_ratio * e.getY() ) - ( h_ratio * getLastDragPointY() ) );
1256         scroll_position.x = ForesterUtil.roundToInt( scroll_position.x + dx );
1257         scroll_position.y = ForesterUtil.roundToInt( scroll_position.y + dy );
1258         if ( scroll_position.x <= 0 ) {
1259             scroll_position.x = 0;
1260             dx = 0;
1261         }
1262         else {
1263             final int max_x = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getMaximum()
1264                     - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getVisibleAmount();
1265             if ( scroll_position.x >= max_x ) {
1266                 dx = 0;
1267                 scroll_position.x = max_x;
1268             }
1269         }
1270         if ( scroll_position.y <= 0 ) {
1271             dy = 0;
1272             scroll_position.y = 0;
1273         }
1274         else {
1275             final int max_y = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getMaximum()
1276                     - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getVisibleAmount();
1277             if ( scroll_position.y >= max_y ) {
1278                 dy = 0;
1279                 scroll_position.y = max_y;
1280             }
1281         }
1282         repaint();
1283         getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().setViewPosition( scroll_position );
1284         setLastMouseDragPointX( ( float ) ( e.getX() + dx ) );
1285         setLastMouseDragPointY( ( float ) ( e.getY() + dy ) );
1286     }
1287
1288     final void mouseMoved( final MouseEvent e ) {
1289         requestFocusInWindow();
1290         if ( _current_external_nodes != null ) {
1291             _current_external_nodes = null;
1292             repaint();
1293         }
1294         if ( getControlPanel().isNodeDescPopup() ) {
1295             if ( _node_desc_popup != null ) {
1296                 _node_desc_popup.hide();
1297                 _node_desc_popup = null;
1298             }
1299         }
1300         if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() ) {
1301             if ( inOvVirtualRectangle( e ) ) {
1302                 if ( !isInOvRect() ) {
1303                     setInOvRect( true );
1304                     repaint();
1305                 }
1306             }
1307             else {
1308                 if ( isInOvRect() ) {
1309                     setInOvRect( false );
1310                     repaint();
1311                 }
1312             }
1313         }
1314         if ( inOv( e ) && getOptions().isShowOverview() && isOvOn() ) {
1315             if ( !isInOv() ) {
1316                 setInOv( true );
1317             }
1318         }
1319         else {
1320             if ( isInOv() ) {
1321                 setInOv( false );
1322             }
1323             final PhylogenyNode node = findNode( e.getX(), e.getY() );
1324             if ( ( node != null ) && ( node.isRoot() || !node.getParent().isCollapse() ) ) {
1325                 if ( ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.GET_EXT_DESC_DATA ) ) {
1326                     for( final PhylogenyNode n : node.getAllExternalDescendants() ) {
1327                         addToCurrentExternalNodes( n.getId() );
1328                     }
1329                     setCursor( HAND_CURSOR );
1330                     repaint();
1331                 }
1332                 else if ( ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.CUT_SUBTREE )
1333                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.COPY_SUBTREE )
1334                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.PASTE_SUBTREE )
1335                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.DELETE_NODE_OR_SUBTREE )
1336                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.REROOT )
1337                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.ADD_NEW_NODE ) ) {
1338                     setCursor( CUT_CURSOR );
1339                 }
1340                 else {
1341                     setCursor( HAND_CURSOR );
1342                     if ( getControlPanel().isNodeDescPopup() ) {
1343                         showNodeDataPopup( e, node );
1344                     }
1345                 }
1346             }
1347             else {
1348                 setCursor( ARROW_CURSOR );
1349             }
1350         }
1351     }
1352
1353     final void mouseReleasedInBrowserPanel( final MouseEvent e ) {
1354         setCursor( ARROW_CURSOR );
1355     }
1356
1357     final void multiplyUrtFactor( final float f ) {
1358         _urt_factor *= f;
1359     }
1360
1361     final JApplet obtainApplet() {
1362         return ( ( MainPanelApplets ) getMainPanel() ).getApplet();
1363     }
1364
1365     final void paintBranchCircular( final PhylogenyNode p,
1366                                     final PhylogenyNode c,
1367                                     final Graphics2D g,
1368                                     final boolean radial_labels,
1369                                     final boolean to_pdf,
1370                                     final boolean to_graphics_file ) {
1371         final double angle = _urt_nodeid_angle_map.get( c.getId() );
1372         final double root_x = _root.getXcoord();
1373         final double root_y = _root.getYcoord();
1374         final double dx = root_x - p.getXcoord();
1375         final double dy = root_y - p.getYcoord();
1376         final double parent_radius = Math.sqrt( ( dx * dx ) + ( dy * dy ) );
1377         final double arc = ( _urt_nodeid_angle_map.get( p.getId() ) ) - angle;
1378         assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( c, false, g, to_pdf, to_graphics_file );
1379         if ( ( c.isFirstChildNode() || c.isLastChildNode() )
1380                 && ( ( Math.abs( parent_radius * arc ) > 1.5 ) || to_pdf || to_graphics_file ) ) {
1381             final double r2 = 2.0 * parent_radius;
1382             drawArc( root_x - parent_radius, root_y - parent_radius, r2, r2, ( -angle - arc ), arc, g );
1383         }
1384         drawLine( c.getXcoord(),
1385                   c.getYcoord(),
1386                   root_x + ( Math.cos( angle ) * parent_radius ),
1387                   root_y + ( Math.sin( angle ) * parent_radius ),
1388                   g );
1389         paintNodeBox( c.getXcoord(), c.getYcoord(), c, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( c )
1390                 || isInCurrentExternalNodes( c ) );
1391         if ( c.isExternal() ) {
1392             final boolean is_in_found_nodes = isInFoundNodes( c ) || isInCurrentExternalNodes( c );
1393             if ( ( _dynamic_hiding_factor > 1 ) && !is_in_found_nodes
1394                     && ( ( _urt_nodeid_index_map.get( c.getId() ) % _dynamic_hiding_factor ) != 1 ) ) {
1395                 return;
1396             }
1397             paintNodeDataUnrootedCirc( g, c, to_pdf, to_graphics_file, radial_labels, 0, is_in_found_nodes );
1398         }
1399     }
1400
1401     final void paintBranchCircularLite( final PhylogenyNode p, final PhylogenyNode c, final Graphics2D g ) {
1402         final double angle = _urt_nodeid_angle_map.get( c.getId() );
1403         final double root_x = _root.getXSecondary();
1404         final double root_y = _root.getYSecondary();
1405         final double dx = root_x - p.getXSecondary();
1406         final double dy = root_y - p.getYSecondary();
1407         final double arc = ( _urt_nodeid_angle_map.get( p.getId() ) ) - angle;
1408         final double parent_radius = Math.sqrt( ( dx * dx ) + ( dy * dy ) );
1409         g.setColor( getTreeColorSet().getOvColor() );
1410         if ( ( c.isFirstChildNode() || c.isLastChildNode() ) && ( Math.abs( arc ) > 0.02 ) ) {
1411             final double r2 = 2.0 * parent_radius;
1412             drawArc( root_x - parent_radius, root_y - parent_radius, r2, r2, ( -angle - arc ), arc, g );
1413         }
1414         drawLine( c.getXSecondary(),
1415                   c.getYSecondary(),
1416                   root_x + ( Math.cos( angle ) * parent_radius ),
1417                   root_y + ( Math.sin( angle ) * parent_radius ),
1418                   g );
1419         if ( isInFoundNodes( c ) || isInCurrentExternalNodes( c ) ) {
1420             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
1421             drawRectFilled( c.getXSecondary() - 1, c.getYSecondary() - 1, 3, 3, g );
1422         }
1423     }
1424
1425     final void paintCircular( final Phylogeny phy,
1426                               final double starting_angle,
1427                               final int center_x,
1428                               final int center_y,
1429                               final int radius,
1430                               final Graphics2D g,
1431                               final boolean to_pdf,
1432                               final boolean to_graphics_file ) {
1433         final int circ_num_ext_nodes = phy.getNumberOfExternalNodes() - _collapsed_external_nodeid_set.size();
1434         System.out.println( "# collapsed external = " + _collapsed_external_nodeid_set.size() );
1435         _root = phy.getRoot();
1436         _root.setXcoord( center_x );
1437         _root.setYcoord( center_y );
1438         final boolean radial_labels = getOptions().getNodeLabelDirection() == NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL;
1439         double current_angle = starting_angle;
1440         int i = 0;
1441         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorExternalForward(); it.hasNext(); ) {
1442             final PhylogenyNode n = it.next();
1443             if ( !n.isCollapse() ) {
1444                 n.setXcoord( ( float ) ( center_x + ( radius * Math.cos( current_angle ) ) ) );
1445                 n.setYcoord( ( float ) ( center_y + ( radius * Math.sin( current_angle ) ) ) );
1446                 _urt_nodeid_angle_map.put( n.getId(), current_angle );
1447                 _urt_nodeid_index_map.put( n.getId(), i++ );
1448                 current_angle += ( TWO_PI / circ_num_ext_nodes );
1449             }
1450             else {
1451                 //TODO remove me
1452                 System.out.println( "is collapse" + n.getName() );
1453             }
1454         }
1455         paintCirculars( phy.getRoot(), phy, center_x, center_y, radius, radial_labels, g, to_pdf, to_graphics_file );
1456         paintNodeBox( _root.getXcoord(), _root.getYcoord(), _root, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( _root ) );
1457     }
1458
1459     final void paintCircularLite( final Phylogeny phy,
1460                                   final double starting_angle,
1461                                   final int center_x,
1462                                   final int center_y,
1463                                   final int radius,
1464                                   final Graphics2D g ) {
1465         final int circ_num_ext_nodes = phy.getNumberOfExternalNodes();
1466         _root = phy.getRoot();
1467         _root.setXSecondary( center_x );
1468         _root.setYSecondary( center_y );
1469         double current_angle = starting_angle;
1470         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorExternalForward(); it.hasNext(); ) {
1471             final PhylogenyNode n = it.next();
1472             n.setXSecondary( ( float ) ( center_x + ( radius * Math.cos( current_angle ) ) ) );
1473             n.setYSecondary( ( float ) ( center_y + ( radius * Math.sin( current_angle ) ) ) );
1474             _urt_nodeid_angle_map.put( n.getId(), current_angle );
1475             current_angle += ( TWO_PI / circ_num_ext_nodes );
1476         }
1477         paintCircularsLite( phy.getRoot(), phy, center_x, center_y, radius, g );
1478     }
1479
1480     final void paintPhylogeny( final Graphics2D g,
1481                                final boolean to_pdf,
1482                                final boolean to_graphics_file,
1483                                final int graphics_file_width,
1484                                final int graphics_file_height,
1485                                final int graphics_file_x,
1486                                final int graphics_file_y ) {
1487         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
1488             return;
1489         }
1490         if ( _control_panel.isShowSequenceRelations() ) {
1491             _query_sequence = _control_panel.getSelectedQuerySequence();
1492         }
1493         // Color the background
1494         if ( !to_pdf ) {
1495             final Rectangle r = getVisibleRect();
1496             if ( !getOptions().isBackgroundColorGradient() || getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
1497                 g.setColor( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
1498                 if ( !to_graphics_file ) {
1499                     g.fill( r );
1500                 }
1501                 else {
1502                     if ( getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
1503                         g.setColor( Color.WHITE );
1504                     }
1505                     g.fillRect( graphics_file_x, graphics_file_y, graphics_file_width, graphics_file_height );
1506                 }
1507             }
1508             else {
1509                 if ( !to_graphics_file ) {
1510                     g.setPaint( new GradientPaint( r.x, r.y, getTreeColorSet().getBackgroundColor(), r.x, r.y
1511                             + r.height, getTreeColorSet().getBackgroundColorGradientBottom() ) );
1512                     g.fill( r );
1513                 }
1514                 else {
1515                     g.setPaint( new GradientPaint( graphics_file_x,
1516                                                    graphics_file_y,
1517                                                    getTreeColorSet().getBackgroundColor(),
1518                                                    graphics_file_x,
1519                                                    graphics_file_y + graphics_file_height,
1520                                                    getTreeColorSet().getBackgroundColorGradientBottom() ) );
1521                     g.fillRect( graphics_file_x, graphics_file_y, graphics_file_width, graphics_file_height );
1522                 }
1523             }
1524             g.setStroke( new BasicStroke( 1 ) );
1525         }
1526         else {
1527             g.setStroke( new BasicStroke( getOptions().getPrintLineWidth() ) );
1528         }
1529         if ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
1530                 && ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
1531             _external_node_index = 0;
1532             // Position starting X of tree
1533             if ( !_phylogeny.isRooted() /*|| ( _subtree_index > 0 )*/) {
1534                 _phylogeny.getRoot().setXcoord( TreePanel.MOVE );
1535             }
1536             else if ( ( _phylogeny.getRoot().getDistanceToParent() > 0.0 ) && getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
1537                 _phylogeny.getRoot().setXcoord( ( float ) ( TreePanel.MOVE + ( _phylogeny.getRoot()
1538                         .getDistanceToParent() * getXcorrectionFactor() ) ) );
1539             }
1540             else {
1541                 _phylogeny.getRoot().setXcoord( TreePanel.MOVE + getXdistance() );
1542             }
1543             // Position starting Y of tree
1544             _phylogeny.getRoot().setYcoord( ( getYdistance() * _phylogeny.getRoot().getNumberOfExternalNodes() )
1545                     + ( TreePanel.MOVE / 2.0f ) );
1546             final int dynamic_hiding_factor = calcDynamicHidingFactor();
1547             if ( getControlPanel().isDynamicallyHideData() ) {
1548                 if ( dynamic_hiding_factor > 1 ) {
1549                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( true );
1550                 }
1551                 else {
1552                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( false );
1553                 }
1554             }
1555             if ( _nodes_in_preorder == null ) {
1556                 _nodes_in_preorder = new PhylogenyNode[ _phylogeny.getNodeCount() ];
1557                 int i = 0;
1558                 for( final PhylogenyNodeIterator it = _phylogeny.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
1559                     _nodes_in_preorder[ i++ ] = it.next();
1560                 }
1561             }
1562             //final PhylogenyNodeIterator it;
1563             //for( it = _phylogeny.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
1564             //    paintNodeRectangular( g, it.next(), to_pdf, getControlPanel().isDynamicallyHideData()
1565             //            && ( dynamic_hiding_factor > 1 ), dynamic_hiding_factor, to_graphics_file );
1566             //}
1567             for( final PhylogenyNode element : _nodes_in_preorder ) {
1568                 paintNodeRectangular( g, element, to_pdf, getControlPanel().isDynamicallyHideData()
1569                         && ( dynamic_hiding_factor > 1 ), dynamic_hiding_factor, to_graphics_file );
1570             }
1571             if ( getOptions().isShowScale() && getControlPanel().isDrawPhylogram() && ( getScaleDistance() > 0.0 ) ) {
1572                 if ( !( to_graphics_file || to_pdf ) ) {
1573                     paintScale( g,
1574                                 getVisibleRect().x,
1575                                 getVisibleRect().y + getVisibleRect().height,
1576                                 to_pdf,
1577                                 to_graphics_file );
1578                 }
1579                 else {
1580                     paintScale( g, graphics_file_x, graphics_file_y + graphics_file_height, to_pdf, to_graphics_file );
1581                 }
1582             }
1583             if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
1584                 paintPhylogenyLite( g );
1585             }
1586         }
1587         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
1588             if ( getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
1589                 getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( false );
1590             }
1591             final double angle = getStartingAngle();
1592             final boolean radial_labels = getOptions().getNodeLabelDirection() == NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL;
1593             _dynamic_hiding_factor = 0;
1594             if ( getControlPanel().isDynamicallyHideData() ) {
1595                 _dynamic_hiding_factor = ( int ) ( ( getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() * 1.5 * getPhylogeny()
1596                         .getNumberOfExternalNodes() ) / ( TWO_PI * 10 ) );
1597             }
1598             if ( getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
1599                 if ( _dynamic_hiding_factor > 1 ) {
1600                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( true );
1601                 }
1602                 else {
1603                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( false );
1604                 }
1605             }
1606             paintUnrooted( _phylogeny.getRoot(),
1607                            angle,
1608                            ( float ) ( angle + ( 2 * Math.PI ) ),
1609                            radial_labels,
1610                            g,
1611                            to_pdf,
1612                            to_graphics_file );
1613             if ( getOptions().isShowScale() ) {
1614                 if ( !( to_graphics_file || to_pdf ) ) {
1615                     paintScale( g,
1616                                 getVisibleRect().x,
1617                                 getVisibleRect().y + getVisibleRect().height,
1618                                 to_pdf,
1619                                 to_graphics_file );
1620                 }
1621                 else {
1622                     paintScale( g, graphics_file_x, graphics_file_y + graphics_file_height, to_pdf, to_graphics_file );
1623                 }
1624             }
1625             if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
1626                 g.setColor( getTreeColorSet().getOvColor() );
1627                 paintUnrootedLite( _phylogeny.getRoot(),
1628                                    angle,
1629                                    angle + ( 2 * Math.PI ),
1630                                    g,
1631                                    ( getUrtFactorOv() / ( getVisibleRect().width / getOvMaxWidth() ) ) );
1632                 paintOvRectangle( g );
1633             }
1634         }
1635         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1636             final int radius = ( int ) ( ( Math.min( getPreferredSize().getWidth(), getPreferredSize().getHeight() ) / 2 ) - ( MOVE + getLongestExtNodeInfo() ) );
1637             final int d = radius + MOVE + getLongestExtNodeInfo();
1638             _dynamic_hiding_factor = 0;
1639             if ( getControlPanel().isDynamicallyHideData() && ( radius > 0 ) ) {
1640                 _dynamic_hiding_factor = ( int ) ( ( getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() * 1.5 * getPhylogeny()
1641                         .getNumberOfExternalNodes() ) / ( TWO_PI * radius ) );
1642             }
1643             if ( getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
1644                 if ( _dynamic_hiding_factor > 1 ) {
1645                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( true );
1646                 }
1647                 else {
1648                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( false );
1649                 }
1650             }
1651             paintCircular( _phylogeny, getStartingAngle(), d, d, radius > 0 ? radius : 0, g, to_pdf, to_graphics_file );
1652             if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
1653                 final int radius_ov = ( int ) ( getOvMaxHeight() < getOvMaxWidth() ? getOvMaxHeight() / 2
1654                         : getOvMaxWidth() / 2 );
1655                 double x_scale = 1.0;
1656                 double y_scale = 1.0;
1657                 int x_pos = getVisibleRect().x + getOvXPosition();
1658                 int y_pos = getVisibleRect().y + getOvYPosition();
1659                 if ( getWidth() > getHeight() ) {
1660                     x_scale = ( double ) getHeight() / getWidth();
1661                     x_pos = ForesterUtil.roundToInt( x_pos / x_scale );
1662                 }
1663                 else {
1664                     y_scale = ( double ) getWidth() / getHeight();
1665                     y_pos = ForesterUtil.roundToInt( y_pos / y_scale );
1666                 }
1667                 _at = g.getTransform();
1668                 g.scale( x_scale, y_scale );
1669                 paintCircularLite( _phylogeny,
1670                                    getStartingAngle(),
1671                                    x_pos + radius_ov,
1672                                    y_pos + radius_ov,
1673                                    ( int ) ( radius_ov - ( getLongestExtNodeInfo() / ( getVisibleRect().width / getOvRectangle()
1674                                            .getWidth() ) ) ),
1675                                    g );
1676                 g.setTransform( _at );
1677                 paintOvRectangle( g );
1678             }
1679         }
1680     }
1681
1682     final void recalculateMaxDistanceToRoot() {
1683         _max_distance_to_root = PhylogenyMethods.calculateMaxDistanceToRoot( getPhylogeny() );
1684     }
1685
1686     /**
1687      * Remove all edit-node frames
1688      */
1689     final void removeAllEditNodeJFrames() {
1690         for( int i = 0; i <= ( TreePanel.MAX_NODE_FRAMES - 1 ); i++ ) {
1691             if ( _node_frames[ i ] != null ) {
1692                 _node_frames[ i ].dispose();
1693                 _node_frames[ i ] = null;
1694             }
1695         }
1696         _node_frame_index = 0;
1697     }
1698
1699     /**
1700      * Remove a node-edit frame.
1701      */
1702     final void removeEditNodeFrame( final int i ) {
1703         _node_frame_index--;
1704         _node_frames[ i ] = null;
1705         if ( i < _node_frame_index ) {
1706             for( int j = 0; j < ( _node_frame_index - 1 ); j++ ) {
1707                 _node_frames[ j ] = _node_frames[ j + 1 ];
1708             }
1709             _node_frames[ _node_frame_index ] = null;
1710         }
1711     }
1712
1713     final void reRoot( final PhylogenyNode node ) {
1714         if ( !getPhylogeny().isRerootable() ) {
1715             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1716                                            "This is not rerootable",
1717                                            "Not rerootable",
1718                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1719             return;
1720         }
1721         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
1722             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1723                                            "Cannot reroot in unrooted display type",
1724                                            "Attempt to reroot tree in unrooted display",
1725                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1726             return;
1727         }
1728         getPhylogeny().reRoot( node );
1729         getPhylogeny().recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
1730         resetNodeIdToDistToLeafMap();
1731         setNodeInPreorderToNull();
1732         resetPreferredSize();
1733         getMainPanel().adjustJScrollPane();
1734         setEdited( true );
1735         repaint();
1736         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1737             getControlPanel().showWhole();
1738         }
1739     }
1740
1741     final void resetNodeIdToDistToLeafMap() {
1742         _nodeid_dist_to_leaf = new HashMap<Long, Short>();
1743     }
1744
1745     final void resetPreferredSize() {
1746         if ( ( getPhylogeny() == null ) || getPhylogeny().isEmpty() ) {
1747             return;
1748         }
1749         int x = 0;
1750         int y = 0;
1751         y = TreePanel.MOVE
1752                 + ForesterUtil.roundToInt( getYdistance() * getPhylogeny().getRoot().getNumberOfExternalNodes() * 2 );
1753         if ( getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
1754             x = TreePanel.MOVE
1755                     + getLongestExtNodeInfo()
1756                     + ForesterUtil
1757                             .roundToInt( ( getXcorrectionFactor() * getPhylogeny().getHeight() ) + getXdistance() );
1758         }
1759         else {
1760             if ( !isNonLinedUpCladogram() && !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
1761                 x = TreePanel.MOVE
1762                         + getLongestExtNodeInfo()
1763                         + ForesterUtil.roundToInt( getXdistance()
1764                                 * ( getPhylogeny().getRoot().getNumberOfExternalNodes() + 2 ) );
1765             }
1766             else {
1767                 x = TreePanel.MOVE
1768                         + getLongestExtNodeInfo()
1769                         + ForesterUtil.roundToInt( getXdistance()
1770                                 * ( PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( getPhylogeny() ) + 1 ) );
1771             }
1772         }
1773         setPreferredSize( new Dimension( x, y ) );
1774     }
1775
1776     final void selectNode( final PhylogenyNode node ) {
1777         if ( ( getFoundNodes() != null ) && getFoundNodes().contains( node.getId() ) ) {
1778             getFoundNodes().remove( node.getId() );
1779             getControlPanel().setSearchFoundCountsOnLabel( getFoundNodes().size() );
1780             if ( getFoundNodes().size() < 1 ) {
1781                 getControlPanel().searchReset();
1782             }
1783         }
1784         else {
1785             getControlPanel().getSearchFoundCountsLabel().setVisible( true );
1786             getControlPanel().getSearchResetButton().setEnabled( true );
1787             getControlPanel().getSearchResetButton().setVisible( true );
1788             if ( getFoundNodes() == null ) {
1789                 setFoundNodes( new HashSet<Long>() );
1790             }
1791             getFoundNodes().add( node.getId() );
1792             getControlPanel().setSearchFoundCountsOnLabel( getFoundNodes().size() );
1793         }
1794     }
1795
1796     final void setArrowCursor() {
1797         setCursor( ARROW_CURSOR );
1798         repaint();
1799     }
1800
1801     final void setControlPanel( final ControlPanel atv_control ) {
1802         _control_panel = atv_control;
1803     }
1804
1805     void setCurrentExternalNodesDataBuffer( final StringBuilder sb ) {
1806         increaseCurrentExternalNodesDataBufferChangeCounter();
1807         _current_external_nodes_data_buffer = sb;
1808     }
1809
1810     final void setFoundNodes( final Set<Long> found_nodes ) {
1811         _found_nodes = found_nodes;
1812     }
1813
1814     final void setInOvRect( final boolean in_ov_rect ) {
1815         _in_ov_rect = in_ov_rect;
1816     }
1817
1818     final void setLargeFonts() {
1819         getTreeFontSet().largeFonts();
1820     }
1821
1822     final void setLastMouseDragPointX( final float x ) {
1823         _last_drag_point_x = x;
1824     }
1825
1826     final void setLastMouseDragPointY( final float y ) {
1827         _last_drag_point_y = y;
1828     }
1829
1830     final void setLongestExtNodeInfo( final int i ) {
1831         _longest_ext_node_info = i;
1832     }
1833
1834     final void setMediumFonts() {
1835         getTreeFontSet().mediumFonts();
1836     }
1837
1838     final void setNodeInPreorderToNull() {
1839         _nodes_in_preorder = null;
1840     }
1841
1842     final void setOvOn( final boolean ov_on ) {
1843         _ov_on = ov_on;
1844     }
1845
1846     final void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE graphics_type ) {
1847         _graphics_type = graphics_type;
1848         setTextAntialias();
1849     }
1850
1851     final void setSmallFonts() {
1852         getTreeFontSet().smallFonts();
1853     }
1854
1855     final void setStartingAngle( final double starting_angle ) {
1856         _urt_starting_angle = starting_angle;
1857     }
1858
1859     void setStatisticsForExpressionValues( final DescriptiveStatistics statistics_for_expression_values ) {
1860         _statistics_for_vector_data = statistics_for_expression_values;
1861     }
1862
1863     final void setSuperTinyFonts() {
1864         getTreeFontSet().superTinyFonts();
1865     }
1866
1867     final void setTextAntialias() {
1868         if ( ( _phylogeny != null ) && !_phylogeny.isEmpty() ) {
1869             if ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() <= LIMIT_FOR_HQ_RENDERING ) {
1870                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_RENDERING, RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
1871             }
1872             else {
1873                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_RENDERING, RenderingHints.VALUE_RENDER_SPEED );
1874             }
1875         }
1876         if ( getMainPanel().getOptions().isAntialiasScreen() ) {
1877             if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR )
1878                     && !getMainPanel().getOptions().isShowDefaultNodeShapesInternal()
1879                     && !getMainPanel().getOptions().isShowDefaultNodeShapesExternal()
1880                     && ( ( getControlPanel() != null ) && !getControlPanel().isShowDomainArchitectures() ) ) {
1881                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
1882             }
1883             else {
1884                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
1885             }
1886             try {
1887                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING,
1888                                       RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_LCD_HRGB );
1889             }
1890             catch ( final Throwable e ) {
1891                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
1892             }
1893         }
1894         else {
1895             _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
1896             _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
1897         }
1898     }
1899
1900     final void setTinyFonts() {
1901         getTreeFontSet().tinyFonts();
1902     }
1903
1904     final void setTreeFile( final File treefile ) {
1905         _treefile = treefile;
1906     }
1907
1908     final void setXcorrectionFactor( final float f ) {
1909         _x_correction_factor = f;
1910     }
1911
1912     final void setXdistance( final float x ) {
1913         _x_distance = x;
1914     }
1915
1916     final void setYdistance( final float y ) {
1917         _y_distance = y;
1918     }
1919
1920     final void sortDescendants( final PhylogenyNode node ) {
1921         if ( !node.isExternal() ) {
1922             DESCENDANT_SORT_PRIORITY pri = DESCENDANT_SORT_PRIORITY.TAXONOMY;
1923             if ( ( !getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames() && !getControlPanel().isShowTaxonomyCode() && !getControlPanel()
1924                     .isShowTaxonomyCommonNames() ) ) {
1925                 if ( ( getControlPanel().isShowSequenceAcc() || getControlPanel().isShowGeneNames() || getControlPanel()
1926                         .isShowGeneSymbols() ) ) {
1927                     pri = DESCENDANT_SORT_PRIORITY.SEQUENCE;
1928                 }
1929                 else if ( getControlPanel().isShowNodeNames() ) {
1930                     pri = DESCENDANT_SORT_PRIORITY.NODE_NAME;
1931                 }
1932             }
1933             PhylogenyMethods.sortNodeDescendents( node, pri );
1934             setNodeInPreorderToNull();
1935             _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
1936             _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
1937             _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
1938             resetNodeIdToDistToLeafMap();
1939             setEdited( true );
1940         }
1941         repaint();
1942     }
1943
1944     final void subTree( final PhylogenyNode node ) {
1945         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
1946             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1947                                            "Cannot get a sub/super tree in unrooted display",
1948                                            "Attempt to get sub/super tree in unrooted display",
1949                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1950             return;
1951         }
1952         if ( node.isExternal() ) {
1953             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1954                                            "Cannot get a subtree of a external node",
1955                                            "Attempt to get subtree of external node",
1956                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1957             return;
1958         }
1959         if ( node.isRoot() && !isCurrentTreeIsSubtree() ) {
1960             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1961                                            "Cannot get a subtree of the root node",
1962                                            "Attempt to get subtree of root node",
1963                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1964             return;
1965         }
1966         setNodeInPreorderToNull();
1967         if ( !node.isExternal() && !node.isRoot() && ( _subtree_index <= ( TreePanel.MAX_SUBTREES - 1 ) ) ) {
1968             _sub_phylogenies[ _subtree_index ] = _phylogeny;
1969             _sub_phylogenies_temp_roots[ _subtree_index ] = node;
1970             ++_subtree_index;
1971             _phylogeny = subTree( node, _phylogeny );
1972             updateSubSuperTreeButton();
1973         }
1974         else if ( node.isRoot() && isCurrentTreeIsSubtree() ) {
1975             superTree();
1976         }
1977         _main_panel.getControlPanel().showWhole();
1978         repaint();
1979     }
1980
1981     final void superTree() {
1982         setNodeInPreorderToNull();
1983         final PhylogenyNode temp_root = _sub_phylogenies_temp_roots[ _subtree_index - 1 ];
1984         for( final PhylogenyNode n : temp_root.getDescendants() ) {
1985             n.setParent( temp_root );
1986         }
1987         _sub_phylogenies[ _subtree_index ] = null;
1988         _sub_phylogenies_temp_roots[ _subtree_index ] = null;
1989         _phylogeny = _sub_phylogenies[ --_subtree_index ];
1990         updateSubSuperTreeButton();
1991     }
1992
1993     final void swap( final PhylogenyNode node ) {
1994         if ( node.isExternal() || ( node.getNumberOfDescendants() < 2 ) ) {
1995             return;
1996         }
1997         if ( node.getNumberOfDescendants() > 2 ) {
1998             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1999                                            "Cannot swap descendants of nodes with more than 2 descendants",
2000                                            "Cannot swap descendants",
2001                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2002             return;
2003         }
2004         if ( !node.isExternal() ) {
2005             node.swapChildren();
2006             setNodeInPreorderToNull();
2007             _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
2008             _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
2009             _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
2010             resetNodeIdToDistToLeafMap();
2011             setEdited( true );
2012         }
2013         repaint();
2014     }
2015
2016     final void taxColor() {
2017         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
2018             return;
2019         }
2020         setWaitCursor();
2021         AptxUtil.colorPhylogenyAccordingToExternalTaxonomy( _phylogeny, this );
2022         _control_panel.setColorBranches( true );
2023         if ( _control_panel.getColorBranchesCb() != null ) {
2024             _control_panel.getColorBranchesCb().setSelected( true );
2025         }
2026         setEdited( true );
2027         setArrowCursor();
2028         repaint();
2029     }
2030
2031     final void updateOvSettings() {
2032         switch ( getOptions().getOvPlacement() ) {
2033             case LOWER_LEFT:
2034                 setOvXPosition( OV_BORDER );
2035                 setOvYPosition( ForesterUtil.roundToInt( getVisibleRect().height - OV_BORDER - getOvMaxHeight() ) );
2036                 setOvYStart( ForesterUtil.roundToInt( getOvYPosition() + ( getOvMaxHeight() / 2 ) ) );
2037                 break;
2038             case LOWER_RIGHT:
2039                 setOvXPosition( ForesterUtil.roundToInt( getVisibleRect().width - OV_BORDER - getOvMaxWidth() ) );
2040                 setOvYPosition( ForesterUtil.roundToInt( getVisibleRect().height - OV_BORDER - getOvMaxHeight() ) );
2041                 setOvYStart( ForesterUtil.roundToInt( getOvYPosition() + ( getOvMaxHeight() / 2 ) ) );
2042                 break;
2043             case UPPER_RIGHT:
2044                 setOvXPosition( ForesterUtil.roundToInt( getVisibleRect().width - OV_BORDER - getOvMaxWidth() ) );
2045                 setOvYPosition( OV_BORDER );
2046                 setOvYStart( ForesterUtil.roundToInt( OV_BORDER + ( getOvMaxHeight() / 2 ) ) );
2047                 break;
2048             default:
2049                 setOvXPosition( OV_BORDER );
2050                 setOvYPosition( OV_BORDER );
2051                 setOvYStart( ForesterUtil.roundToInt( OV_BORDER + ( getOvMaxHeight() / 2 ) ) );
2052                 break;
2053         }
2054     }
2055
2056     final void updateOvSizes() {
2057         if ( ( getWidth() > ( 1.05 * getVisibleRect().width ) ) || ( getHeight() > ( 1.05 * getVisibleRect().height ) ) ) {
2058             setOvOn( true );
2059             float l = getLongestExtNodeInfo();
2060             final float w_ratio = getOvMaxWidth() / getWidth();
2061             l *= w_ratio;
2062             final int ext_nodes = _phylogeny.getRoot().getNumberOfExternalNodes();
2063             setOvYDistance( getOvMaxHeight() / ( 2 * ext_nodes ) );
2064             float ov_xdist = 0;
2065             if ( !isNonLinedUpCladogram() && !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
2066                 ov_xdist = ( ( getOvMaxWidth() - l ) / ( ext_nodes ) );
2067             }
2068             else {
2069                 ov_xdist = ( ( getOvMaxWidth() - l ) / ( PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( _phylogeny ) ) );
2070             }
2071             float ydist = ( float ) ( ( getOvMaxWidth() / ( ext_nodes * 2.0 ) ) );
2072             if ( ov_xdist < 0.0 ) {
2073                 ov_xdist = 0.0f;
2074             }
2075             if ( ydist < 0.0 ) {
2076                 ydist = 0.0f;
2077             }
2078             setOvXDistance( ov_xdist );
2079             final double height = _phylogeny.getHeight();
2080             if ( height > 0 ) {
2081                 final float ov_corr = ( float ) ( ( ( getOvMaxWidth() - l ) - getOvXDistance() ) / height );
2082                 setOvXcorrectionFactor( ov_corr > 0 ? ov_corr : 0 );
2083             }
2084             else {
2085                 setOvXcorrectionFactor( 0 );
2086             }
2087         }
2088         else {
2089             setOvOn( false );
2090         }
2091     }
2092
2093     void updateSetOfCollapsedExternalNodes() {
2094         final Phylogeny phy = getPhylogeny();
2095         _collapsed_external_nodeid_set.clear();
2096         if ( phy != null ) {
2097             E: for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorExternalForward(); it.hasNext(); ) {
2098                 final PhylogenyNode ext_node = it.next();
2099                 PhylogenyNode n = ext_node;
2100                 while ( !n.isRoot() ) {
2101                     if ( n.isCollapse() ) {
2102                         _collapsed_external_nodeid_set.add( ext_node.getId() );
2103                         ext_node.setCollapse( true );
2104                         continue E;
2105                     }
2106                     n = n.getParent();
2107                 }
2108             }
2109         }
2110     }
2111
2112     final void updateSubSuperTreeButton() {
2113         if ( _subtree_index < 1 ) {
2114             getControlPanel().deactivateButtonToReturnToSuperTree();
2115         }
2116         else {
2117             getControlPanel().activateButtonToReturnToSuperTree( _subtree_index );
2118         }
2119     }
2120
2121     final void zoomInDomainStructure() {
2122         if ( _domain_structure_width < 2000 ) {
2123             _domain_structure_width *= 1.2;
2124         }
2125     }
2126
2127     final void zoomOutDomainStructure() {
2128         if ( _domain_structure_width > 20 ) {
2129             _domain_structure_width *= 0.8;
2130         }
2131     }
2132
2133     private void abbreviateScientificName( final String sn ) {
2134         final String[] a = sn.split( "\\s+" );
2135         _sb.append( a[ 0 ].substring( 0, 1 ) );
2136         _sb.append( a[ 1 ].substring( 0, 2 ) );
2137         if ( a.length > 2 ) {
2138             for( int i = 2; i < a.length; i++ ) {
2139                 _sb.append( " " );
2140                 _sb.append( a[ i ] );
2141             }
2142         }
2143     }
2144
2145     final private void addEmptyNode( final PhylogenyNode node ) {
2146         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2147             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
2148             return;
2149         }
2150         final String label = createASimpleTextRepresentationOfANode( node );
2151         String msg = "";
2152         if ( ForesterUtil.isEmpty( label ) ) {
2153             msg = "How to add the new, empty node?";
2154         }
2155         else {
2156             msg = "How to add the new, empty node to node" + label + "?";
2157         }
2158         final Object[] options = { "As sibling", "As descendant", "Cancel" };
2159         final int r = JOptionPane.showOptionDialog( this,
2160                                                     msg,
2161                                                     "Addition of Empty New Node",
2162                                                     JOptionPane.CLOSED_OPTION,
2163                                                     JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
2164                                                     null,
2165                                                     options,
2166                                                     options[ 2 ] );
2167         boolean add_as_sibling = true;
2168         if ( r == 1 ) {
2169             add_as_sibling = false;
2170         }
2171         else if ( r != 0 ) {
2172             return;
2173         }
2174         final Phylogeny phy = new Phylogeny();
2175         phy.setRoot( new PhylogenyNode() );
2176         phy.setRooted( true );
2177         if ( add_as_sibling ) {
2178             if ( node.isRoot() ) {
2179                 JOptionPane.showMessageDialog( this,
2180                                                "Cannot add sibling to root",
2181                                                "Attempt to add sibling to root",
2182                                                JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2183                 return;
2184             }
2185             phy.addAsSibling( node );
2186         }
2187         else {
2188             phy.addAsChild( node );
2189         }
2190         setNodeInPreorderToNull();
2191         _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
2192         _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
2193         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
2194         resetNodeIdToDistToLeafMap();
2195         setEdited( true );
2196         repaint();
2197     }
2198
2199     final private void addToCurrentExternalNodes( final long i ) {
2200         if ( _current_external_nodes == null ) {
2201             _current_external_nodes = new HashSet<Long>();
2202         }
2203         _current_external_nodes.add( i );
2204     }
2205
2206     final private void assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( final PhylogenyNode node,
2207                                                                         final boolean is_vertical,
2208                                                                         final Graphics g,
2209                                                                         final boolean to_pdf,
2210                                                                         final boolean to_graphics_file ) {
2211         final NodeClickAction action = _control_panel.getActionWhenNodeClicked();
2212         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
2213             g.setColor( Color.BLACK );
2214         }
2215         else if ( ( ( action == NodeClickAction.COPY_SUBTREE ) || ( action == NodeClickAction.CUT_SUBTREE )
2216                 || ( action == NodeClickAction.DELETE_NODE_OR_SUBTREE ) || ( action == NodeClickAction.PASTE_SUBTREE ) || ( action == NodeClickAction.ADD_NEW_NODE ) )
2217                 && ( getCutOrCopiedTree() != null )
2218                 && ( getCopiedAndPastedNodes() != null )
2219                 && !to_pdf
2220                 && !to_graphics_file && getCopiedAndPastedNodes().contains( node.getId() ) ) {
2221             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
2222         }
2223         else if ( getControlPanel().isColorBranches() && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
2224             g.setColor( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) );
2225         }
2226         else if ( to_pdf ) {
2227             g.setColor( getTreeColorSet().getBranchColorForPdf() );
2228         }
2229         else {
2230             g.setColor( getTreeColorSet().getBranchColor() );
2231         }
2232     }
2233
2234     final private void blast( final PhylogenyNode node ) {
2235         if ( !isCanBlast( node ) ) {
2236             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2237                                            "Insufficient information present",
2238                                            "Cannot Blast",
2239                                            JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE );
2240             return;
2241         }
2242         else {
2243             final String query = Blast.obtainQueryForBlast( node );
2244             System.out.println( "query for BLAST is: " + query );
2245             char type = '?';
2246             if ( !ForesterUtil.isEmpty( query ) ) {
2247                 if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
2248                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getType() ) ) {
2249                         if ( node.getNodeData().getSequence().getType().toLowerCase()
2250                                 .equals( PhyloXmlUtil.SEQ_TYPE_PROTEIN ) ) {
2251                             type = 'p';
2252                         }
2253                         else {
2254                             type = 'n';
2255                         }
2256                     }
2257                     else if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
2258                         if ( ForesterUtil.seqIsLikelyToBeAa( node.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
2259                             type = 'p';
2260                         }
2261                         else {
2262                             type = 'n';
2263                         }
2264                     }
2265                 }
2266                 if ( type == '?' ) {
2267                     if ( SequenceIdParser.isProtein( query ) ) {
2268                         type = 'p';
2269                     }
2270                     else {
2271                         type = 'n';
2272                     }
2273                 }
2274                 JApplet applet = null;
2275                 if ( isApplet() ) {
2276                     applet = obtainApplet();
2277                 }
2278                 try {
2279                     Blast.openNcbiBlastWeb( query, type == 'n', applet, this );
2280                 }
2281                 catch ( final Exception e ) {
2282                     e.printStackTrace();
2283                 }
2284                 if ( Constants.ALLOW_DDBJ_BLAST ) {
2285                     try {
2286                         System.out.println( "trying: " + query );
2287                         final Blast s = new Blast();
2288                         s.ddbjBlast( query );
2289                     }
2290                     catch ( final Exception e ) {
2291                         e.printStackTrace();
2292                     }
2293                 }
2294             }
2295         }
2296     }
2297
2298     private final int calcDynamicHidingFactor() {
2299         return ( int ) ( 0.5 + ( getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() / ( 1.5 * getYdistance() ) ) );
2300     }
2301
2302     /**
2303      * Calculate the length of the distance between the given node and its
2304      * parent.
2305      *
2306      * @param node
2307      * @param ext_node_x
2308      * @factor
2309      * @return the distance value
2310      */
2311     final private float calculateBranchLengthToParent( final PhylogenyNode node, final float factor ) {
2312         if ( getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
2313             if ( node.getDistanceToParent() < 0.0 ) {
2314                 return 0.0f;
2315             }
2316             return ( float ) ( getXcorrectionFactor() * node.getDistanceToParent() );
2317         }
2318         else {
2319             if ( ( factor == 0 ) || isNonLinedUpCladogram() ) {
2320                 return getXdistance();
2321             }
2322             return getXdistance() * factor;
2323         }
2324     }
2325
2326     final private Color calculateColorForAnnotation( final SortedSet<Annotation> ann ) {
2327         Color c = getTreeColorSet().getAnnotationColor();
2328         if ( getControlPanel().isColorAccordingToAnnotation() && ( getControlPanel().getAnnotationColors() != null ) ) {
2329             final StringBuilder sb = new StringBuilder();
2330             for( final Annotation a : ann ) {
2331                 sb.append( !ForesterUtil.isEmpty( a.getRef() ) ? a.getRef() : a.getDesc() );
2332             }
2333             final String ann_str = sb.toString();
2334             if ( !ForesterUtil.isEmpty( ann_str ) ) {
2335                 c = getControlPanel().getAnnotationColors().get( ann_str );
2336                 if ( c == null ) {
2337                     c = AptxUtil.calculateColorFromString( ann_str );
2338                     getControlPanel().getAnnotationColors().put( ann_str, c );
2339                 }
2340                 if ( c == null ) {
2341                     c = getTreeColorSet().getAnnotationColor();
2342                 }
2343             }
2344         }
2345         return c;
2346     }
2347
2348     final private float calculateOvBranchLengthToParent( final PhylogenyNode node, final int factor ) {
2349         if ( getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
2350             if ( node.getDistanceToParent() < 0.0 ) {
2351                 return 0.0f;
2352             }
2353             return ( float ) ( getOvXcorrectionFactor() * node.getDistanceToParent() );
2354         }
2355         else {
2356             if ( ( factor == 0 ) || isNonLinedUpCladogram() ) {
2357                 return getOvXDistance();
2358             }
2359             return getOvXDistance() * factor;
2360         }
2361     }
2362
2363     final private void cannotOpenBrowserWarningMessage( final String type_type ) {
2364         JOptionPane.showMessageDialog( this,
2365                                        "Cannot launch web browser for " + type_type + " data of this node",
2366                                        "Cannot launch web browser",
2367                                        JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
2368     }
2369
2370     final private void colorizeSubtree( final Color c, final PhylogenyNode node ) {
2371         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2372             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2373                                            "Cannot colorize subtree in unrooted display type",
2374                                            "Attempt to colorize subtree in unrooted display",
2375                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
2376             return;
2377         }
2378         _control_panel.setColorBranches( true );
2379         if ( _control_panel.getColorBranchesCb() != null ) {
2380             _control_panel.getColorBranchesCb().setSelected( true );
2381         }
2382         for( final PreorderTreeIterator it = new PreorderTreeIterator( node ); it.hasNext(); ) {
2383             it.next().getBranchData().setBranchColor( new BranchColor( c ) );
2384         }
2385         repaint();
2386     }
2387
2388     final private void colorSubtree( final PhylogenyNode node ) {
2389         Color intitial_color = null;
2390         if ( getControlPanel().isColorBranches() && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null )
2391                 && ( ( ( !node.isRoot() && ( node.getParent().getNumberOfDescendants() < 3 ) ) ) || ( node.isRoot() ) ) ) {
2392             intitial_color = PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node );
2393         }
2394         else {
2395             intitial_color = getTreeColorSet().getBranchColor();
2396         }
2397         _color_chooser.setColor( intitial_color );
2398         _color_chooser.setPreviewPanel( new JPanel() );
2399         final JDialog dialog = JColorChooser
2400                 .createDialog( this,
2401                                "Subtree colorization",
2402                                true,
2403                                _color_chooser,
2404                                new SubtreeColorizationActionListener( _color_chooser, node ),
2405                                null );
2406         dialog.setVisible( true );
2407     }
2408
2409     final private void copySubtree( final PhylogenyNode node ) {
2410         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2411             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
2412             return;
2413         }
2414         setNodeInPreorderToNull();
2415         setCutOrCopiedTree( _phylogeny.copy( node ) );
2416         final List<PhylogenyNode> nodes = PhylogenyMethods.getAllDescendants( node );
2417         final Set<Long> node_ids = new HashSet<Long>( nodes.size() );
2418         for( final PhylogenyNode n : nodes ) {
2419             node_ids.add( n.getId() );
2420         }
2421         node_ids.add( node.getId() );
2422         setCopiedAndPastedNodes( node_ids );
2423         repaint();
2424     }
2425
2426     private String createAnnotationString( final SortedSet<Annotation> ann ) {
2427         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
2428         boolean first = true;
2429         for( final Annotation a : ann ) {
2430             if ( !first ) {
2431                 sb.append( "|" );
2432             }
2433             else {
2434                 first = false;
2435             }
2436             sb.append( a.asSimpleText() );
2437         }
2438         final String ann_str = sb.toString();
2439         return ann_str;
2440     }
2441
2442     final private String createASimpleTextRepresentationOfANode( final PhylogenyNode node ) {
2443         final String tax = PhylogenyMethods.getSpecies( node );
2444         String label = node.getName();
2445         if ( !ForesterUtil.isEmpty( label ) && !ForesterUtil.isEmpty( tax ) ) {
2446             label = label + " " + tax;
2447         }
2448         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax ) ) {
2449             label = tax;
2450         }
2451         else {
2452             label = "";
2453         }
2454         if ( !ForesterUtil.isEmpty( label ) ) {
2455             label = " [" + label + "]";
2456         }
2457         return label;
2458     }
2459
2460     final private void cutSubtree( final PhylogenyNode node ) {
2461         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2462             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
2463             return;
2464         }
2465         if ( node.isRoot() ) {
2466             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2467                                            "Cannot cut entire tree as subtree",
2468                                            "Attempt to cut entire tree",
2469                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2470             return;
2471         }
2472         final String label = createASimpleTextRepresentationOfANode( node );
2473         final int r = JOptionPane.showConfirmDialog( null,
2474                                                      "Cut subtree" + label + "?",
2475                                                      "Confirm Cutting of Subtree",
2476                                                      JOptionPane.YES_NO_OPTION );
2477         if ( r != JOptionPane.OK_OPTION ) {
2478             return;
2479         }
2480         setNodeInPreorderToNull();
2481         setCopiedAndPastedNodes( null );
2482         setCutOrCopiedTree( _phylogeny.copy( node ) );
2483         _phylogeny.deleteSubtree( node, true );
2484         _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
2485         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
2486         resetNodeIdToDistToLeafMap();
2487         setEdited( true );
2488         repaint();
2489     }
2490
2491     final private void cycleColors() {
2492         getMainPanel().getTreeColorSet().cycleColorScheme();
2493         for( final TreePanel tree_panel : getMainPanel().getTreePanels() ) {
2494             tree_panel.setBackground( getMainPanel().getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
2495         }
2496     }
2497
2498     final private void decreaseOvSize() {
2499         if ( ( getOvMaxWidth() > 20 ) && ( getOvMaxHeight() > 20 ) ) {
2500             setOvMaxWidth( getOvMaxWidth() - 5 );
2501             setOvMaxHeight( getOvMaxHeight() - 5 );
2502             updateOvSettings();
2503             getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
2504         }
2505     }
2506
2507     final private void deleteNodeOrSubtree( final PhylogenyNode node ) {
2508         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2509             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
2510             return;
2511         }
2512         if ( node.isRoot() && ( node.getNumberOfDescendants() != 1 ) ) {
2513             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2514                                            "Cannot delete entire tree",
2515                                            "Attempt to delete entire tree",
2516                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2517             return;
2518         }
2519         final String label = createASimpleTextRepresentationOfANode( node );
2520         final Object[] options = { "Node only", "Entire subtree", "Cancel" };
2521         final int r = JOptionPane.showOptionDialog( this,
2522                                                     "Delete" + label + "?",
2523                                                     "Delete Node/Subtree",
2524                                                     JOptionPane.CLOSED_OPTION,
2525                                                     JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
2526                                                     null,
2527                                                     options,
2528                                                     options[ 2 ] );
2529         setNodeInPreorderToNull();
2530         boolean node_only = true;
2531         if ( r == 1 ) {
2532             node_only = false;
2533         }
2534         else if ( r != 0 ) {
2535             return;
2536         }
2537         if ( node_only ) {
2538             PhylogenyMethods.removeNode( node, _phylogeny );
2539         }
2540         else {
2541             _phylogeny.deleteSubtree( node, true );
2542         }
2543         _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
2544         _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
2545         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
2546         resetNodeIdToDistToLeafMap();
2547         setEdited( true );
2548         repaint();
2549     }
2550
2551     final private void displayNodePopupMenu( final PhylogenyNode node, final int x, final int y ) {
2552         makePopupMenus( node );
2553         _node_popup_menu.putClientProperty( NODE_POPMENU_NODE_CLIENT_PROPERTY, node );
2554         _node_popup_menu.show( this, x, y );
2555     }
2556
2557     final private void drawArc( final double x,
2558                                 final double y,
2559                                 final double width,
2560                                 final double heigth,
2561                                 final double start_angle,
2562                                 final double arc_angle,
2563                                 final Graphics2D g ) {
2564         _arc.setArc( x, y, width, heigth, _180_OVER_PI * start_angle, _180_OVER_PI * arc_angle, Arc2D.OPEN );
2565         g.draw( _arc );
2566     }
2567
2568     final private void drawLine( final double x1, final double y1, final double x2, final double y2, final Graphics2D g ) {
2569         if ( ( x1 == x2 ) && ( y1 == y2 ) ) {
2570             return;
2571         }
2572         _line.setLine( x1, y1, x2, y2 );
2573         g.draw( _line );
2574     }
2575
2576     final private void drawOval( final double x,
2577                                  final double y,
2578                                  final double width,
2579                                  final double heigth,
2580                                  final Graphics2D g ) {
2581         _ellipse.setFrame( x, y, width, heigth );
2582         g.draw( _ellipse );
2583     }
2584
2585     final private void drawOvalFilled( final double x,
2586                                        final double y,
2587                                        final double width,
2588                                        final double heigth,
2589                                        final Graphics2D g ) {
2590         _ellipse.setFrame( x, y, width, heigth );
2591         g.fill( _ellipse );
2592     }
2593
2594     final private void drawOvalGradient( final double x,
2595                                          final double y,
2596                                          final double width,
2597                                          final double heigth,
2598                                          final Graphics2D g,
2599                                          final Color color_1,
2600                                          final Color color_2,
2601                                          final Color color_border ) {
2602         _ellipse.setFrame( x, y, width, heigth );
2603         g.setPaint( new GradientPaint( ( float ) x,
2604                                        ( float ) y,
2605                                        color_1,
2606                                        ( float ) ( x + width ),
2607                                        ( float ) ( y + heigth ),
2608                                        color_2,
2609                                        false ) );
2610         g.fill( _ellipse );
2611         if ( color_border != null ) {
2612             g.setPaint( color_border );
2613             g.draw( _ellipse );
2614         }
2615     }
2616
2617     final private void drawRect( final float x, final float y, final float width, final float heigth, final Graphics2D g ) {
2618         _rectangle.setFrame( x, y, width, heigth );
2619         g.draw( _rectangle );
2620     }
2621
2622     final private void drawRectFilled( final double x,
2623                                        final double y,
2624                                        final double width,
2625                                        final double heigth,
2626                                        final Graphics2D g ) {
2627         _rectangle.setFrame( x, y, width, heigth );
2628         g.fill( _rectangle );
2629     }
2630
2631     final private void drawRectGradient( final double x,
2632                                          final double y,
2633                                          final double width,
2634                                          final double heigth,
2635                                          final Graphics2D g,
2636                                          final Color color_1,
2637                                          final Color color_2,
2638                                          final Color color_border ) {
2639         _rectangle.setFrame( x, y, width, heigth );
2640         g.setPaint( new GradientPaint( ( float ) x,
2641                                        ( float ) y,
2642                                        color_1,
2643                                        ( float ) ( x + width ),
2644                                        ( float ) ( y + heigth ),
2645                                        color_2,
2646                                        false ) );
2647         g.fill( _rectangle );
2648         if ( color_border != null ) {
2649             g.setPaint( color_border );
2650             g.draw( _rectangle );
2651         }
2652     }
2653
2654     private double drawTaxonomyImage( final double x, final double y, final PhylogenyNode node, final Graphics2D g ) {
2655         final List<Uri> us = new ArrayList<Uri>();
2656         for( final Taxonomy t : node.getNodeData().getTaxonomies() ) {
2657             for( final Uri uri : t.getUris() ) {
2658                 us.add( uri );
2659             }
2660         }
2661         double offset = 0;
2662         for( final Uri uri : us ) {
2663             if ( uri != null ) {
2664                 final String uri_str = uri.getValue().toString().toLowerCase();
2665                 if ( getImageMap().containsKey( uri_str ) ) {
2666                     final BufferedImage bi = getImageMap().get( uri_str );
2667                     if ( ( bi != null ) && ( bi.getHeight() > 5 ) && ( bi.getWidth() > 5 ) ) {
2668                         double scaling_factor = 1;
2669                         if ( getOptions().isAllowMagnificationOfTaxonomyImages()
2670                                 || ( bi.getHeight() > ( 1.8 * getYdistance() ) ) ) {
2671                             scaling_factor = ( 1.8 * getYdistance() ) / bi.getHeight();
2672                         }
2673                         // y = y - ( 0.9 * getYdistance() );
2674                         final double hs = bi.getHeight() * scaling_factor;
2675                         double ws = ( bi.getWidth() * scaling_factor ) + offset;
2676                         final double my_y = y - ( 0.5 * hs );
2677                         final int x_w = ( int ) ( x + ws + 0.5 );
2678                         final int y_h = ( int ) ( my_y + hs + 0.5 );
2679                         if ( ( ( x_w - x ) > 7 ) && ( ( y_h - my_y ) > 7 ) ) {
2680                             g.drawImage( bi,
2681                                          ( int ) ( x + 0.5 + offset ),
2682                                          ( int ) ( my_y + 0.5 ),
2683                                          x_w,
2684                                          y_h,
2685                                          0,
2686                                          0,
2687                                          bi.getWidth(),
2688                                          bi.getHeight(),
2689                                          null );
2690                             ws += 8;
2691                         }
2692                         else {
2693                             ws = 0.0;
2694                         }
2695                         offset = ws;
2696                     }
2697                 }
2698             }
2699         }
2700         return offset;
2701     }
2702
2703     final private void errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay() {
2704         JOptionPane.showMessageDialog( this,
2705                                        "Cannot cut, copy, paste, add, or delete subtrees/nodes in unrooted display",
2706                                        "Attempt to cut/copy/paste/add/delete in unrooted display",
2707                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2708     }
2709
2710     final private Set<Long> getCopiedAndPastedNodes() {
2711         return getMainPanel().getCopiedAndPastedNodes();
2712     }
2713
2714     final private Set<Long> getCurrentExternalNodes() {
2715         return _current_external_nodes;
2716     }
2717
2718     final private Phylogeny getCutOrCopiedTree() {
2719         return getMainPanel().getCutOrCopiedTree();
2720     }
2721
2722     final private float getLastDragPointX() {
2723         return _last_drag_point_x;
2724     }
2725
2726     final private float getLastDragPointY() {
2727         return _last_drag_point_y;
2728     }
2729
2730     final private short getMaxBranchesToLeaf( final PhylogenyNode node ) {
2731         if ( !_nodeid_dist_to_leaf.containsKey( node.getId() ) ) {
2732             final short m = PhylogenyMethods.calculateMaxBranchesToLeaf( node );
2733             _nodeid_dist_to_leaf.put( node.getId(), m );
2734             return m;
2735         }
2736         else {
2737             return _nodeid_dist_to_leaf.get( node.getId() );
2738         }
2739     }
2740
2741     final private double getMaxDistanceToRoot() {
2742         if ( _max_distance_to_root < 0 ) {
2743             recalculateMaxDistanceToRoot();
2744         }
2745         return _max_distance_to_root;
2746     }
2747
2748     final private float getOvMaxHeight() {
2749         return _ov_max_height;
2750     }
2751
2752     final private float getOvMaxWidth() {
2753         return _ov_max_width;
2754     }
2755
2756     final private float getOvXcorrectionFactor() {
2757         return _ov_x_correction_factor;
2758     }
2759
2760     final private float getOvXDistance() {
2761         return _ov_x_distance;
2762     }
2763
2764     final private int getOvXPosition() {
2765         return _ov_x_position;
2766     }
2767
2768     final private float getOvYDistance() {
2769         return _ov_y_distance;
2770     }
2771
2772     final private int getOvYPosition() {
2773         return _ov_y_position;
2774     }
2775
2776     final private int getOvYStart() {
2777         return _ov_y_start;
2778     }
2779
2780     final private double getScaleDistance() {
2781         return _scale_distance;
2782     }
2783
2784     final private String getScaleLabel() {
2785         return _scale_label;
2786     }
2787
2788     final private TreeFontSet getTreeFontSet() {
2789         return getMainPanel().getTreeFontSet();
2790     }
2791
2792     final private float getUrtFactor() {
2793         return _urt_factor;
2794     }
2795
2796     final private float getUrtFactorOv() {
2797         return _urt_factor_ov;
2798     }
2799
2800     final private void handleClickToAction( final NodeClickAction action, final PhylogenyNode node ) {
2801         switch ( action ) {
2802             case SHOW_DATA:
2803                 showNodeFrame( node );
2804                 break;
2805             case COLLAPSE:
2806                 collapse( node );
2807                 break;
2808             case REROOT:
2809                 reRoot( node );
2810                 break;
2811             case SUBTREE:
2812                 subTree( node );
2813                 break;
2814             case SWAP:
2815                 swap( node );
2816                 break;
2817             case COLOR_SUBTREE:
2818                 colorSubtree( node );
2819                 break;
2820             case OPEN_SEQ_WEB:
2821                 openSeqWeb( node );
2822                 break;
2823             case BLAST:
2824                 blast( node );
2825                 break;
2826             case OPEN_TAX_WEB:
2827                 openTaxWeb( node );
2828                 break;
2829             case CUT_SUBTREE:
2830                 cutSubtree( node );
2831                 break;
2832             case COPY_SUBTREE:
2833                 copySubtree( node );
2834                 break;
2835             case PASTE_SUBTREE:
2836                 pasteSubtree( node );
2837                 break;
2838             case DELETE_NODE_OR_SUBTREE:
2839                 deleteNodeOrSubtree( node );
2840                 break;
2841             case ADD_NEW_NODE:
2842                 addEmptyNode( node );
2843                 break;
2844             case EDIT_NODE_DATA:
2845                 showNodeEditFrame( node );
2846                 break;
2847             case SELECT_NODES:
2848                 selectNode( node );
2849                 break;
2850             case SORT_DESCENDENTS:
2851                 sortDescendants( node );
2852                 break;
2853             case GET_EXT_DESC_DATA:
2854                 showExtDescNodeData( node );
2855                 break;
2856             default:
2857                 throw new IllegalArgumentException( "unknown action: " + action );
2858         }
2859     }
2860
2861     final private void increaseCurrentExternalNodesDataBufferChangeCounter() {
2862         _current_external_nodes_data_buffer_change_counter++;
2863     }
2864
2865     final private void increaseOvSize() {
2866         if ( ( getOvMaxWidth() < ( getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getVisibleRect().getWidth() / 2 ) )
2867                 && ( getOvMaxHeight() < ( getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getVisibleRect()
2868                         .getHeight() / 2 ) ) ) {
2869             setOvMaxWidth( getOvMaxWidth() + 5 );
2870             setOvMaxHeight( getOvMaxHeight() + 5 );
2871             updateOvSettings();
2872             getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
2873         }
2874     }
2875
2876     final private void init() {
2877         _color_chooser = new JColorChooser();
2878         _rollover_popup = new JTextArea();
2879         _rollover_popup.setFont( POPUP_FONT );
2880         resetNodeIdToDistToLeafMap();
2881         setTextAntialias();
2882         setTreeFile( null );
2883         setEdited( false );
2884         initializeOvSettings();
2885         setStartingAngle( ( TWO_PI * 3 ) / 4 );
2886         final ImageLoader il = new ImageLoader( this );
2887         new Thread( il ).start();
2888     }
2889
2890     final private void initializeOvSettings() {
2891         setOvMaxHeight( getConfiguration().getOvMaxHeight() );
2892         setOvMaxWidth( getConfiguration().getOvMaxWidth() );
2893     }
2894
2895     final private boolean inOvVirtualRectangle( final int x, final int y ) {
2896         return ( ( x >= ( getOvVirtualRectangle().x - 1 ) )
2897                 && ( x <= ( getOvVirtualRectangle().x + getOvVirtualRectangle().width + 1 ) )
2898                 && ( y >= ( getOvVirtualRectangle().y - 1 ) ) && ( y <= ( getOvVirtualRectangle().y
2899                 + getOvVirtualRectangle().height + 1 ) ) );
2900     }
2901
2902     final private boolean inOvVirtualRectangle( final MouseEvent e ) {
2903         return ( inOvVirtualRectangle( e.getX(), e.getY() ) );
2904     }
2905
2906     final private boolean isCanBlast( final PhylogenyNode node ) {
2907         if ( !node.getNodeData().isHasSequence() && ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
2908             return false;
2909         }
2910         return Blast.isContainsQueryForBlast( node );
2911     }
2912
2913     final private boolean isCanOpenTaxWeb( final PhylogenyNode node ) {
2914         if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy()
2915                 && ( ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) )
2916                         || ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) )
2917                         || ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getCommonName() ) ) || ( ( node
2918                         .getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier() != null )
2919                         && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue() ) && node
2920                         .getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue().startsWith( "http://" ) ) ) ) {
2921             return true;
2922         }
2923         else {
2924             return false;
2925         }
2926     }
2927
2928     final private boolean isInCurrentExternalNodes( final PhylogenyNode node ) {
2929         return ( ( getCurrentExternalNodes() != null ) && getCurrentExternalNodes().contains( node.getId() ) );
2930     }
2931
2932     final private boolean isInFoundNodes( final PhylogenyNode node ) {
2933         return ( ( getFoundNodes() != null ) && getFoundNodes().contains( node.getId() ) );
2934     }
2935
2936     final private boolean isInOv() {
2937         return _in_ov;
2938     }
2939
2940     final private boolean isNodeDataInvisible( final PhylogenyNode node ) {
2941         int y_dist = 40;
2942         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyImages() ) {
2943             y_dist = 40 + ( int ) getYdistance();
2944         }
2945         return ( ( node.getYcoord() < ( getVisibleRect().getMinY() - y_dist ) )
2946                 || ( node.getYcoord() > ( getVisibleRect().getMaxY() + y_dist ) ) || ( ( node.getParent() != null ) && ( node
2947                 .getParent().getXcoord() > getVisibleRect().getMaxX() ) ) );
2948     }
2949
2950     final private boolean isNodeDataInvisibleUnrootedCirc( final PhylogenyNode node ) {
2951         return ( ( node.getYcoord() < ( getVisibleRect().getMinY() - 20 ) )
2952                 || ( node.getYcoord() > ( getVisibleRect().getMaxY() + 20 ) )
2953                 || ( node.getXcoord() < ( getVisibleRect().getMinX() - 20 ) ) || ( node.getXcoord() > ( getVisibleRect()
2954                 .getMaxX() + 20 ) ) );
2955     }
2956
2957     final private boolean isNonLinedUpCladogram() {
2958         return getOptions().getCladogramType() == CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP;
2959     }
2960
2961     final private boolean isUniformBranchLengthsForCladogram() {
2962         return getOptions().getCladogramType() == CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP;
2963     }
2964
2965     final private void keyPressedCalls( final KeyEvent e ) {
2966         if ( isOvOn() && ( getMousePosition() != null ) && ( getMousePosition().getLocation() != null ) ) {
2967             if ( inOvVirtualRectangle( getMousePosition().x, getMousePosition().y ) ) {
2968                 if ( !isInOvRect() ) {
2969                     setInOvRect( true );
2970                 }
2971             }
2972             else if ( isInOvRect() ) {
2973                 setInOvRect( false );
2974             }
2975         }
2976         if ( e.getModifiersEx() == InputEvent.CTRL_DOWN_MASK ) {
2977             if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DELETE ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_HOME )
2978                     || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_F ) ) {
2979                 getMainPanel().getTreeFontSet().mediumFonts();
2980                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
2981             }
2982             else if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_SUBTRACT ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_MINUS ) ) {
2983                 getMainPanel().getTreeFontSet().decreaseFontSize( 1, false );
2984                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
2985             }
2986             else if ( plusPressed( e.getKeyCode() ) ) {
2987                 getMainPanel().getTreeFontSet().increaseFontSize();
2988                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
2989             }
2990         }
2991         else {
2992             if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DELETE ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_HOME )
2993                     || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_F ) ) {
2994                 getControlPanel().showWhole();
2995             }
2996             else if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN )
2997                     || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_LEFT ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_RIGHT ) ) {
2998                 if ( e.getModifiersEx() == InputEvent.SHIFT_DOWN_MASK ) {
2999                     if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP ) {
3000                         getMainPanel().getControlPanel().zoomInY( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
3001                         getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3002                     }
3003                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN ) {
3004                         getMainPanel().getControlPanel().zoomOutY( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR );
3005                         getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3006                     }
3007                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_LEFT ) {
3008                         getMainPanel().getControlPanel().zoomOutX( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR,
3009                                                                    Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_X_CORRECTION_FACTOR );
3010                         getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3011                     }
3012                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_RIGHT ) {
3013                         getMainPanel().getControlPanel().zoomInX( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR,
3014                                                                   Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
3015                         getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3016                     }
3017                 }
3018                 else {
3019                     final int d = 80;
3020                     int dx = 0;
3021                     int dy = -d;
3022                     if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN ) {
3023                         dy = d;
3024                     }
3025                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_LEFT ) {
3026                         dx = -d;
3027                         dy = 0;
3028                     }
3029                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_RIGHT ) {
3030                         dx = d;
3031                         dy = 0;
3032                     }
3033                     final Point scroll_position = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getViewPosition();
3034                     scroll_position.x = scroll_position.x + dx;
3035                     scroll_position.y = scroll_position.y + dy;
3036                     if ( scroll_position.x <= 0 ) {
3037                         scroll_position.x = 0;
3038                     }
3039                     else {
3040                         final int max_x = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getMaximum()
3041                                 - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getVisibleAmount();
3042                         if ( scroll_position.x >= max_x ) {
3043                             scroll_position.x = max_x;
3044                         }
3045                     }
3046                     if ( scroll_position.y <= 0 ) {
3047                         scroll_position.y = 0;
3048                     }
3049                     else {
3050                         final int max_y = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getMaximum()
3051                                 - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getVisibleAmount();
3052                         if ( scroll_position.y >= max_y ) {
3053                             scroll_position.y = max_y;
3054                         }
3055                     }
3056                     repaint();
3057                     getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().setViewPosition( scroll_position );
3058                 }
3059             }
3060             else if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_SUBTRACT ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_MINUS ) ) {
3061                 getMainPanel().getControlPanel().zoomOutY( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR );
3062                 getMainPanel().getControlPanel().zoomOutX( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR,
3063                                                            Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_X_CORRECTION_FACTOR );
3064                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3065             }
3066             else if ( plusPressed( e.getKeyCode() ) ) {
3067                 getMainPanel().getControlPanel().zoomInX( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR,
3068                                                           Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
3069                 getMainPanel().getControlPanel().zoomInY( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
3070                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3071             }
3072             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_S ) {
3073                 if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
3074                         || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
3075                     setStartingAngle( ( getStartingAngle() % TWO_PI ) + ANGLE_ROTATION_UNIT );
3076                     getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3077                 }
3078             }
3079             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_A ) {
3080                 if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
3081                         || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
3082                     setStartingAngle( ( getStartingAngle() % TWO_PI ) - ANGLE_ROTATION_UNIT );
3083                     if ( getStartingAngle() < 0 ) {
3084                         setStartingAngle( TWO_PI + getStartingAngle() );
3085                     }
3086                     getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3087                 }
3088             }
3089             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_D ) {
3090                 boolean selected = false;
3091                 if ( getOptions().getNodeLabelDirection() == NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL ) {
3092                     getOptions().setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
3093                     selected = true;
3094                 }
3095                 else {
3096                     getOptions().setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
3097                 }
3098                 if ( getMainPanel().getMainFrame() == null ) {
3099                     // Must be "E" applet version.
3100                     final ArchaeopteryxE ae = ( ArchaeopteryxE ) ( ( MainPanelApplets ) getMainPanel() ).getApplet();
3101                     if ( ae.getlabelDirectionCbmi() != null ) {
3102                         ae.getlabelDirectionCbmi().setSelected( selected );
3103                     }
3104                 }
3105                 else {
3106                     getMainPanel().getMainFrame().getlabelDirectionCbmi().setSelected( selected );
3107                 }
3108                 repaint();
3109             }
3110             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_X ) {
3111                 switchDisplaygetPhylogenyGraphicsType();
3112                 repaint();
3113             }
3114             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_C ) {
3115                 cycleColors();
3116                 repaint();
3117             }
3118             else if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_O ) ) {
3119                 MainFrame.cycleOverview( getOptions(), this );
3120                 repaint();
3121             }
3122             else if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_I ) ) {
3123                 increaseOvSize();
3124             }
3125             else if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_U ) ) {
3126                 decreaseOvSize();
3127             }
3128             e.consume();
3129         }
3130     }
3131
3132     final private void makePopupMenus( final PhylogenyNode node ) {
3133         _node_popup_menu = new JPopupMenu();
3134         final List<String> clickto_names = _main_panel.getControlPanel().getSingleClickToNames();
3135         _node_popup_menu_items = new JMenuItem[ clickto_names.size() ];
3136         for( int i = 0; i < clickto_names.size(); i++ ) {
3137             final String title = clickto_names.get( i );
3138             _node_popup_menu_items[ i ] = new JMenuItem( title );
3139             if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.open_seq_web ][ 0 ] ) ) {
3140                 final String id = isCanOpenSeqWeb( node );
3141                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( id ) ) {
3142                     _node_popup_menu_items[ i ].setText( _node_popup_menu_items[ i ].getText() + " [" + id + "]" );
3143                     _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( true );
3144                 }
3145                 else {
3146                     _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( false );
3147                 }
3148             }
3149             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.open_tax_web ][ 0 ] ) ) {
3150                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanOpenTaxWeb( node ) );
3151             }
3152             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.blast ][ 0 ] ) ) {
3153                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanBlast( node ) );
3154             }
3155             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.delete_subtree_or_node ][ 0 ] ) ) {
3156                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3157                     continue;
3158                 }
3159                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanDelete() );
3160             }
3161             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.cut_subtree ][ 0 ] ) ) {
3162                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3163                     continue;
3164                 }
3165                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanCut( node ) );
3166             }
3167             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.copy_subtree ][ 0 ] ) ) {
3168                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3169                     continue;
3170                 }
3171                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanCopy() );
3172             }
3173             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.paste_subtree ][ 0 ] ) ) {
3174                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3175                     continue;
3176                 }
3177                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanPaste() );
3178             }
3179             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.edit_node_data ][ 0 ] ) ) {
3180                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3181                     continue;
3182                 }
3183             }
3184             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.add_new_node ][ 0 ] ) ) {
3185                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3186                     continue;
3187                 }
3188             }
3189             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.reroot ][ 0 ] ) ) {
3190                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanReroot() );
3191             }
3192             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.collapse_uncollapse ][ 0 ] ) ) {
3193                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( ( isCanCollapse() && !node.isExternal() ) );
3194             }
3195             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.color_subtree ][ 0 ] ) ) {
3196                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanColorSubtree() );
3197             }
3198             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.subtree ][ 0 ] ) ) {
3199                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanSubtree( node ) );
3200             }
3201             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.swap ][ 0 ] ) ) {
3202                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( node.getNumberOfDescendants() == 2 );
3203             }
3204             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.sort_descendents ][ 0 ] ) ) {
3205                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( node.getNumberOfDescendants() > 1 );
3206             }
3207             _node_popup_menu_items[ i ].addActionListener( this );
3208             _node_popup_menu.add( _node_popup_menu_items[ i ] );
3209         }
3210     }
3211
3212     private final String obtainTitleForExtDescNodeData() {
3213         switch ( getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() ) {
3214             case NODE_NAME:
3215                 return "Node Names";
3216             case SEQUENCE_NAME:
3217                 return "Sequence Names";
3218             case SEQUENCE_SYMBOL:
3219                 return "Sequence Symbols";
3220             case SEQUENCE_MOL_SEQ:
3221                 return "Molecular Sequences";
3222             case SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA:
3223                 return "Molecular Sequences (Fasta)";
3224             case SEQUENCE_ACC:
3225                 return "Sequence Accessors";
3226             case TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME:
3227                 return "Scientific Names";
3228             case TAXONOMY_CODE:
3229                 return "Taxonomy Codes";
3230             case UNKNOWN:
3231                 return "User Selected Data";
3232             default:
3233                 throw new IllegalArgumentException( "unknown data element: "
3234                         + getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() );
3235         }
3236     }
3237
3238     final private String isCanOpenSeqWeb( final PhylogenyNode node ) {
3239         String v = ForesterUtil.extractUniProtKbProteinSeqIdentifier( node );
3240         if ( ForesterUtil.isEmpty( v ) ) {
3241             v = ForesterUtil.extractGenbankAccessor( node );
3242         }
3243         if ( ForesterUtil.isEmpty( v ) ) {
3244             v = ForesterUtil.extractRefSeqAccessorAccessor( node );
3245         }
3246         return v;
3247     }
3248
3249     final private void openSeqWeb( final PhylogenyNode node ) {
3250         if ( ForesterUtil.isEmpty( isCanOpenSeqWeb( node ) ) ) {
3251             cannotOpenBrowserWarningMessage( "sequence" );
3252             return;
3253         }
3254         final String uri_str = AptxUtil.createUriForSeqWeb( node, getConfiguration(), this );
3255         if ( !ForesterUtil.isEmpty( uri_str ) ) {
3256             try {
3257                 AptxUtil.launchWebBrowser( new URI( uri_str ),
3258                                            isApplet(),
3259                                            isApplet() ? obtainApplet() : null,
3260                                            "_aptx_seq" );
3261             }
3262             catch ( final IOException e ) {
3263                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3264                 e.printStackTrace();
3265             }
3266             catch ( final URISyntaxException e ) {
3267                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3268                 e.printStackTrace();
3269             }
3270         }
3271         else {
3272             cannotOpenBrowserWarningMessage( "sequence" );
3273         }
3274     }
3275
3276     final private void openTaxWeb( final PhylogenyNode node ) {
3277         if ( !isCanOpenTaxWeb( node ) ) {
3278             cannotOpenBrowserWarningMessage( "taxonomic" );
3279             return;
3280         }
3281         String uri_str = null;
3282         final Taxonomy tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
3283         if ( ( tax.getIdentifier() != null ) && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() )
3284                 && tax.getIdentifier().getValue().startsWith( "http://" ) ) {
3285             try {
3286                 uri_str = new URI( tax.getIdentifier().getValue() ).toString();
3287             }
3288             catch ( final URISyntaxException e ) {
3289                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3290                 uri_str = null;
3291                 e.printStackTrace();
3292             }
3293         }
3294         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
3295             try {
3296                 uri_str = "http://www.uniprot.org/taxonomy/?query="
3297                         + URLEncoder.encode( tax.getScientificName(), ForesterConstants.UTF8 );
3298             }
3299             catch ( final UnsupportedEncodingException e ) {
3300                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3301                 e.printStackTrace();
3302             }
3303         }
3304         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
3305             try {
3306                 uri_str = "http://www.uniprot.org/taxonomy/?query="
3307                         + URLEncoder.encode( tax.getTaxonomyCode(), ForesterConstants.UTF8 );
3308             }
3309             catch ( final UnsupportedEncodingException e ) {
3310                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3311                 e.printStackTrace();
3312             }
3313         }
3314         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
3315             try {
3316                 uri_str = "http://www.uniprot.org/taxonomy/?query="
3317                         + URLEncoder.encode( tax.getCommonName(), ForesterConstants.UTF8 );
3318             }
3319             catch ( final UnsupportedEncodingException e ) {
3320                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3321                 e.printStackTrace();
3322             }
3323         }
3324         if ( !ForesterUtil.isEmpty( uri_str ) ) {
3325             try {
3326                 AptxUtil.launchWebBrowser( new URI( uri_str ),
3327                                            isApplet(),
3328                                            isApplet() ? obtainApplet() : null,
3329                                            "_aptx_tax" );
3330             }
3331             catch ( final IOException e ) {
3332                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3333                 e.printStackTrace();
3334             }
3335             catch ( final URISyntaxException e ) {
3336                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3337                 e.printStackTrace();
3338             }
3339         }
3340         else {
3341             cannotOpenBrowserWarningMessage( "taxonomic" );
3342         }
3343     }
3344
3345     final private void paintBranchLength( final Graphics2D g,
3346                                           final PhylogenyNode node,
3347                                           final boolean to_pdf,
3348                                           final boolean to_graphics_file ) {
3349         g.setFont( getTreeFontSet().getSmallFont() );
3350         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3351             g.setColor( Color.BLACK );
3352         }
3353         else {
3354             g.setColor( getTreeColorSet().getBranchLengthColor() );
3355         }
3356         if ( !node.isRoot() ) {
3357             if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3358                 TreePanel.drawString( FORMATTER_BRANCH_LENGTH.format( node.getDistanceToParent() ), node.getParent()
3359                         .getXcoord() + EURO_D, node.getYcoord() - getTreeFontSet()._small_max_descent, g );
3360             }
3361             else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3362                 TreePanel.drawString( FORMATTER_BRANCH_LENGTH.format( node.getDistanceToParent() ), node.getParent()
3363                         .getXcoord() + ROUNDED_D, node.getYcoord() - getTreeFontSet()._small_max_descent, g );
3364             }
3365             else {
3366                 TreePanel.drawString( FORMATTER_BRANCH_LENGTH.format( node.getDistanceToParent() ), node.getParent()
3367                         .getXcoord() + 3, node.getYcoord() - getTreeFontSet()._small_max_descent, g );
3368             }
3369         }
3370         else {
3371             TreePanel.drawString( FORMATTER_BRANCH_LENGTH.format( node.getDistanceToParent() ), 3, node.getYcoord()
3372                     - getTreeFontSet()._small_max_descent, g );
3373         }
3374     }
3375
3376     final private void paintBranchLite( final Graphics2D g,
3377                                         final float x1,
3378                                         final float x2,
3379                                         final float y1,
3380                                         final float y2,
3381                                         final PhylogenyNode node ) {
3382         g.setColor( getTreeColorSet().getOvColor() );
3383         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR ) {
3384             drawLine( x1, y1, x2, y2, g );
3385         }
3386         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX ) {
3387             _quad_curve.setCurve( x1, y1, x1, y2, x2, y2 );
3388             ( g ).draw( _quad_curve );
3389         }
3390         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED ) {
3391             final float dx = x2 - x1;
3392             final float dy = y2 - y1;
3393             _cubic_curve.setCurve( x1, y1, x1 + ( dx * 0.4f ), y1 + ( dy * 0.2f ), x1 + ( dx * 0.6f ), y1
3394                     + ( dy * 0.8f ), x2, y2 );
3395             ( g ).draw( _cubic_curve );
3396         }
3397         else {
3398             final float x2a = x2;
3399             final float x1a = x1;
3400             // draw the vertical line
3401             if ( node.isFirstChildNode() || node.isLastChildNode() ) {
3402                 drawLine( x1, y1, x1, y2, g );
3403             }
3404             // draw the horizontal line
3405             drawLine( x1a, y2, x2a, y2, g );
3406         }
3407     }
3408
3409     /**
3410      * Paint a branch which consists of a vertical and a horizontal bar
3411      * @param is_ind_found_nodes
3412      */
3413     final private void paintBranchRectangular( final Graphics2D g,
3414                                                final float x1,
3415                                                final float x2,
3416                                                final float y1,
3417                                                final float y2,
3418                                                final PhylogenyNode node,
3419                                                final boolean to_pdf,
3420                                                final boolean to_graphics_file ) {
3421         assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( node, false, g, to_pdf, to_graphics_file );
3422         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR ) {
3423             drawLine( x1, y1, x2, y2, g );
3424         }
3425         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX ) {
3426             _quad_curve.setCurve( x1, y1, x1, y2, x2, y2 );
3427             g.draw( _quad_curve );
3428         }
3429         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED ) {
3430             final float dx = x2 - x1;
3431             final float dy = y2 - y1;
3432             _cubic_curve.setCurve( x1, y1, x1 + ( dx * 0.4f ), y1 + ( dy * 0.2f ), x1 + ( dx * 0.6f ), y1
3433                     + ( dy * 0.8f ), x2, y2 );
3434             g.draw( _cubic_curve );
3435         }
3436         else {
3437             final float x2a = x2;
3438             final float x1a = x1;
3439             float y2_r = 0;
3440             if ( node.isFirstChildNode() || node.isLastChildNode()
3441                     || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE )
3442                     || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) ) {
3443                 if ( !to_graphics_file
3444                         && !to_pdf
3445                         && ( ( ( y2 < ( getVisibleRect().getMinY() - 20 ) ) && ( y1 < ( getVisibleRect().getMinY() - 20 ) ) ) || ( ( y2 > ( getVisibleRect()
3446                                 .getMaxY() + 20 ) ) && ( y1 > ( getVisibleRect().getMaxY() + 20 ) ) ) ) ) {
3447                     // Do nothing.
3448                 }
3449                 else {
3450                     if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3451                         float x2c = x1 + EURO_D;
3452                         if ( x2c > x2a ) {
3453                             x2c = x2a;
3454                         }
3455                         drawLine( x1, y1, x2c, y2, g );
3456                     }
3457                     else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3458                         if ( y2 > y1 ) {
3459                             y2_r = y2 - ROUNDED_D;
3460                             if ( y2_r < y1 ) {
3461                                 y2_r = y1;
3462                             }
3463                             drawLine( x1, y1, x1, y2_r, g );
3464                         }
3465                         else {
3466                             y2_r = y2 + ROUNDED_D;
3467                             if ( y2_r > y1 ) {
3468                                 y2_r = y1;
3469                             }
3470                             drawLine( x1, y1, x1, y2_r, g );
3471                         }
3472                     }
3473                     else {
3474                         drawLine( x1, y1, x1, y2, g );
3475                     }
3476                 }
3477             }
3478             // draw the horizontal line
3479             if ( !to_graphics_file && !to_pdf
3480                     && ( ( y2 < ( getVisibleRect().getMinY() - 20 ) ) || ( y2 > ( getVisibleRect().getMaxY() + 20 ) ) ) ) {
3481                 return;
3482             }
3483             float x1_r = 0;
3484             if ( !getControlPanel().isWidthBranches() || ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( node ) == 1 ) ) {
3485                 if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3486                     x1_r = x1a + ROUNDED_D;
3487                     if ( x1_r < x2a ) {
3488                         drawLine( x1_r, y2, x2a, y2, g );
3489                     }
3490                 }
3491                 else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3492                     final float x1c = x1a + EURO_D;
3493                     if ( x1c < x2a ) {
3494                         drawLine( x1c, y2, x2a, y2, g );
3495                     }
3496                 }
3497                 else {
3498                     drawLine( x1a, y2, x2a, y2, g );
3499                 }
3500             }
3501             else {
3502                 final double w = PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( node );
3503                 if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3504                     x1_r = x1a + ROUNDED_D;
3505                     if ( x1_r < x2a ) {
3506                         drawRectFilled( x1_r, y2 - ( w / 2 ), x2a - x1_r, w, g );
3507                     }
3508                 }
3509                 else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3510                     final float x1c = x1a + EURO_D;
3511                     if ( x1c < x2a ) {
3512                         drawRectFilled( x1c, y2 - ( w / 2 ), x2a - x1c, w, g );
3513                     }
3514                 }
3515                 else {
3516                     drawRectFilled( x1a, y2 - ( w / 2 ), x2a - x1a, w, g );
3517                 }
3518             }
3519             if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) ) {
3520                 if ( x1_r > x2a ) {
3521                     x1_r = x2a;
3522                 }
3523                 if ( y2 > y2_r ) {
3524                     final double diff = y2 - y2_r;
3525                     _arc.setArc( x1, y2_r - diff, 2 * ( x1_r - x1 ), 2 * diff, 180, 90, Arc2D.OPEN );
3526                 }
3527                 else {
3528                     _arc.setArc( x1, y2, 2 * ( x1_r - x1 ), 2 * ( y2_r - y2 ), 90, 90, Arc2D.OPEN );
3529                 }
3530                 g.draw( _arc );
3531             }
3532         }
3533         if ( node.isExternal() ) {
3534             paintNodeBox( x2, y2, node, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( node )
3535                     || isInCurrentExternalNodes( node ) );
3536         }
3537     }
3538
3539     final private double paintCirculars( final PhylogenyNode n,
3540                                          final Phylogeny phy,
3541                                          final float center_x,
3542                                          final float center_y,
3543                                          final double radius,
3544                                          final boolean radial_labels,
3545                                          final Graphics2D g,
3546                                          final boolean to_pdf,
3547                                          final boolean to_graphics_file ) {
3548         if ( n.isExternal() || n.isCollapse() ) { //~~circ collapse
3549             if ( !_urt_nodeid_angle_map.containsKey( n.getId() ) ) {
3550                 System.out.println( "no " + n + " =====>>>>>>> ERROR!" );//TODO
3551             }
3552             return _urt_nodeid_angle_map.get( n.getId() );
3553         }
3554         else {
3555             final List<PhylogenyNode> descs = n.getDescendants();
3556             double sum = 0;
3557             for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
3558                 sum += paintCirculars( desc,
3559                                        phy,
3560                                        center_x,
3561                                        center_y,
3562                                        radius,
3563                                        radial_labels,
3564                                        g,
3565                                        to_pdf,
3566                                        to_graphics_file );
3567             }
3568             double r = 0;
3569             if ( !n.isRoot() ) {
3570                 r = 1 - ( ( ( double ) _circ_max_depth - n.calculateDepth() ) / _circ_max_depth );
3571             }
3572             final double theta = sum / descs.size();
3573             n.setXcoord( ( float ) ( center_x + ( r * radius * Math.cos( theta ) ) ) );
3574             n.setYcoord( ( float ) ( center_y + ( r * radius * Math.sin( theta ) ) ) );
3575             _urt_nodeid_angle_map.put( n.getId(), theta );
3576             for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
3577                 paintBranchCircular( n, desc, g, radial_labels, to_pdf, to_graphics_file );
3578             }
3579             return theta;
3580         }
3581     }
3582
3583     final private void paintCircularsLite( final PhylogenyNode n,
3584                                            final Phylogeny phy,
3585                                            final int center_x,
3586                                            final int center_y,
3587                                            final int radius,
3588                                            final Graphics2D g ) {
3589         if ( n.isExternal() ) {
3590             return;
3591         }
3592         else {
3593             final List<PhylogenyNode> descs = n.getDescendants();
3594             for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
3595                 paintCircularsLite( desc, phy, center_x, center_y, radius, g );
3596             }
3597             float r = 0;
3598             if ( !n.isRoot() ) {
3599                 r = 1 - ( ( ( float ) _circ_max_depth - n.calculateDepth() ) / _circ_max_depth );
3600             }
3601             final double theta = _urt_nodeid_angle_map.get( n.getId() );
3602             n.setXSecondary( ( float ) ( center_x + ( radius * r * Math.cos( theta ) ) ) );
3603             n.setYSecondary( ( float ) ( center_y + ( radius * r * Math.sin( theta ) ) ) );
3604             for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
3605                 paintBranchCircularLite( n, desc, g );
3606             }
3607         }
3608     }
3609
3610     final private void paintCollapsedNode( final Graphics2D g,
3611                                            final PhylogenyNode node,
3612                                            final boolean to_graphics_file,
3613                                            final boolean to_pdf,
3614                                            final boolean is_in_found_nodes ) {
3615         Color c = null;
3616         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3617             c = Color.BLACK;
3618         }
3619         else if ( is_in_found_nodes ) {
3620             c = getTreeColorSet().getFoundColor();
3621         }
3622         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
3623             c = getTaxonomyBasedColor( node );
3624         }
3625         else if ( getOptions().isColorLabelsSameAsParentBranch() && getControlPanel().isColorBranches()
3626                 && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
3627             c = PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node );
3628         }
3629         else {
3630             c = getTreeColorSet().getCollapseFillColor();
3631         }
3632         double d = node.getAllExternalDescendants().size();
3633         if ( d > 1000 ) {
3634             d = ( 3 * _y_distance ) / 3;
3635         }
3636         else {
3637             d = ( Math.log10( d ) * _y_distance ) / 2.5;
3638         }
3639         final int box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize();
3640         if ( d < box_size ) {
3641             d = box_size;
3642         }
3643         _polygon.reset();
3644         _polygon.addPoint( ForesterUtil.roundToInt( node.getXcoord() - box_size ),
3645                            ForesterUtil.roundToInt( node.getYcoord() ) );
3646         _polygon.addPoint( ForesterUtil.roundToInt( node.getXcoord() + box_size ),
3647                            ForesterUtil.roundToInt( node.getYcoord() - d ) );
3648         _polygon.addPoint( ForesterUtil.roundToInt( node.getXcoord() + box_size ),
3649                            ForesterUtil.roundToInt( node.getYcoord() + d ) );
3650         if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.SOLID ) {
3651             g.setColor( c );
3652             g.fillPolygon( _polygon );
3653         }
3654         else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.NONE ) {
3655             g.setColor( getBackground() );
3656             g.fillPolygon( _polygon );
3657             g.setColor( c );
3658             g.drawPolygon( _polygon );
3659         }
3660         else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeFill.GRADIENT ) {
3661             g.setPaint( new GradientPaint( node.getXcoord() - box_size, node.getYcoord(), getBackground(), ( node
3662                     .getXcoord() + box_size ), ( float ) ( node.getYcoord() - d ), c, false ) );
3663             g.fill( _polygon );
3664             g.setPaint( c );
3665             g.draw( _polygon );
3666         }
3667         paintNodeData( g, node, to_graphics_file, to_pdf, is_in_found_nodes );
3668     }
3669
3670     final private void paintConfidenceValues( final Graphics2D g,
3671                                               final PhylogenyNode node,
3672                                               final boolean to_pdf,
3673                                               final boolean to_graphics_file ) {
3674         final List<Confidence> confidences = node.getBranchData().getConfidences();
3675         //        if ( confidences.size() == 1 ) {
3676         //            final double value = node.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue();
3677         //            if ( ( value == Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) || ( value < getOptions().getMinConfidenceValue() ) ) {
3678         //                return;
3679         //            }
3680         //            conf_str = FORMATTER_CONFIDENCE.format( value );
3681         //        }
3682         //        else if ( confidences.size() > 1 ) {
3683         boolean one_ok = false;
3684         boolean not_first = false;
3685         Collections.sort( confidences );
3686         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
3687         String conf_str = "";
3688         for( final Confidence confidence : confidences ) {
3689             final double value = confidence.getValue();
3690             if ( value != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
3691                 if ( value >= getOptions().getMinConfidenceValue() ) {
3692                     one_ok = true;
3693                 }
3694                 if ( not_first ) {
3695                     sb.append( "/" );
3696                 }
3697                 else {
3698                     not_first = true;
3699                 }
3700                 sb.append( FORMATTER_CONFIDENCE.format( ForesterUtil.round( value, getOptions()
3701                         .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() ) ) );
3702                 if ( getOptions().isShowConfidenceStddev() ) {
3703                     if ( confidence.getStandardDeviation() != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
3704                         sb.append( "(" );
3705                         sb.append( FORMATTER_CONFIDENCE.format( ForesterUtil.round( confidence.getStandardDeviation(),
3706                                                                                     getOptions()
3707                                                                                             .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() ) ) );
3708                         sb.append( ")" );
3709                     }
3710                 }
3711             }
3712             //}
3713             if ( one_ok ) {
3714                 conf_str = sb.toString();
3715             }
3716         }
3717         if ( conf_str.length() > 0 ) {
3718             final double parent_x = node.getParent().getXcoord();
3719             double x = node.getXcoord();
3720             g.setFont( getTreeFontSet().getSmallFont() );
3721             if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3722                 x += EURO_D;
3723             }
3724             else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3725                 x += ROUNDED_D;
3726             }
3727             if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3728                 g.setColor( Color.BLACK );
3729             }
3730             else {
3731                 g.setColor( getTreeColorSet().getConfidenceColor() );
3732             }
3733             TreePanel
3734                     .drawString( conf_str,
3735                                  parent_x
3736                                          + ( ( x - parent_x - getTreeFontSet()._fm_small.stringWidth( conf_str ) ) / 2 ),
3737                                  ( node.getYcoord() + getTreeFontSet()._small_max_ascent ) - 1,
3738                                  g );
3739         }
3740     }
3741
3742     final private void paintFoundNode( final int x, final int y, final Graphics2D g ) {
3743         final int box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize();
3744         final int half_box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize() / 2;
3745         g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
3746         g.fillRect( x - half_box_size, y - half_box_size, box_size, box_size );
3747     }
3748
3749     final private void paintGainedAndLostCharacters( final Graphics2D g,
3750                                                      final PhylogenyNode node,
3751                                                      final String gained,
3752                                                      final String lost ) {
3753         if ( node.getParent() != null ) {
3754             final double parent_x = node.getParent().getXcoord();
3755             final double x = node.getXcoord();
3756             g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont() );
3757             g.setColor( getTreeColorSet().getGainedCharactersColor() );
3758             if ( Constants.SPECIAL_CUSTOM ) {
3759                 g.setColor( Color.BLUE );
3760             }
3761             TreePanel
3762                     .drawString( gained,
3763                                  parent_x + ( ( x - parent_x - getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( gained ) ) / 2 ),
3764                                  ( node.getYcoord() - getTreeFontSet()._fm_large.getMaxDescent() ),
3765                                  g );
3766             g.setColor( getTreeColorSet().getLostCharactersColor() );
3767             TreePanel.drawString( lost,
3768                                   parent_x + ( ( x - parent_x - getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( lost ) ) / 2 ),
3769                                   ( node.getYcoord() + getTreeFontSet()._fm_large.getMaxAscent() ),
3770                                   g );
3771         }
3772     }
3773
3774     /**
3775      * Draw a box at the indicated node.
3776      *
3777      * @param x
3778      * @param y
3779      * @param node
3780      * @param g
3781      */
3782     final private void paintNodeBox( final double x,
3783                                      final double y,
3784                                      final PhylogenyNode node,
3785                                      final Graphics2D g,
3786                                      final boolean to_pdf,
3787                                      final boolean to_graphics_file,
3788                                      final boolean is_in_found_nodes ) {
3789         if ( node.isCollapse() ) {
3790             return;
3791         }
3792         // if this node should be highlighted, do so
3793         if ( ( _highlight_node == node ) && !to_pdf && !to_graphics_file ) {
3794             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
3795             drawOval( x - 8, y - 8, 16, 16, g );
3796             drawOval( x - 9, y - 8, 17, 17, g );
3797             drawOval( x - 9, y - 9, 18, 18, g );
3798         }
3799         if ( is_in_found_nodes ) {
3800             paintFoundNode( ForesterUtil.roundToInt( x ), ForesterUtil.roundToInt( y ), g );
3801         }
3802         else {
3803             Color outline_color = null;
3804             if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3805                 outline_color = Color.BLACK;
3806             }
3807             else if ( getControlPanel().isEvents() && AptxUtil.isHasAssignedEvent( node ) ) {
3808                 final Event event = node.getNodeData().getEvent();
3809                 if ( event.isDuplication() ) {
3810                     outline_color = getTreeColorSet().getDuplicationBoxColor();
3811                 }
3812                 else if ( event.isSpeciation() ) {
3813                     outline_color = getTreeColorSet().getSpecBoxColor();
3814                 }
3815                 else if ( event.isSpeciationOrDuplication() ) {
3816                     outline_color = getTreeColorSet().getDuplicationOrSpeciationColor();
3817                 }
3818             }
3819             else if ( getOptions().isTaxonomyColorizeNodeShapes() ) {
3820                 outline_color = getTaxonomyBasedColor( node );
3821             }
3822             else {
3823                 outline_color = getGraphicsForNodeBoxWithColorForParentBranch( node );
3824                 if ( to_pdf && ( outline_color == getTreeColorSet().getBranchColor() ) ) {
3825                     outline_color = getTreeColorSet().getBranchColorForPdf();
3826                 }
3827             }
3828             final int box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize();
3829             final int half_box_size = box_size / 2;
3830             if ( ( getOptions().isShowDefaultNodeShapesExternal() && node.isExternal() )
3831                     || ( getOptions().isShowDefaultNodeShapesInternal() && node.isInternal() )
3832                     || ( getControlPanel().isEvents() && node.isHasAssignedEvent() ) ) {
3833                 if ( getOptions().getDefaultNodeShape() == NodeShape.CIRCLE ) {
3834                     if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeFill.GRADIENT ) {
3835                         drawOvalGradient( x - half_box_size,
3836                                           y - half_box_size,
3837                                           box_size,
3838                                           box_size,
3839                                           g,
3840                                           to_pdf ? Color.WHITE : outline_color,
3841                                           to_pdf ? outline_color : getBackground(),
3842                                           outline_color );
3843                     }
3844                     else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeFill.NONE ) {
3845                         Color background = getBackground();
3846                         if ( to_pdf ) {
3847                             background = Color.WHITE;
3848                         }
3849                         drawOvalGradient( x - half_box_size,
3850                                           y - half_box_size,
3851                                           box_size,
3852                                           box_size,
3853                                           g,
3854                                           background,
3855                                           background,
3856                                           outline_color );
3857                     }
3858                     else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.SOLID ) {
3859                         g.setColor( outline_color );
3860                         drawOvalFilled( x - half_box_size, y - half_box_size, box_size, box_size, g );
3861                     }
3862                 }
3863                 else if ( getOptions().getDefaultNodeShape() == NodeVisualization.NodeShape.RECTANGLE ) {
3864                     if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.GRADIENT ) {
3865                         drawRectGradient( x - half_box_size,
3866                                           y - half_box_size,
3867                                           box_size,
3868                                           box_size,
3869                                           g,
3870                                           to_pdf ? Color.WHITE : outline_color,
3871                                           to_pdf ? outline_color : getBackground(),
3872                                           outline_color );
3873                     }
3874                     else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.NONE ) {
3875                         Color background = getBackground();
3876                         if ( to_pdf ) {
3877                             background = Color.WHITE;
3878                         }
3879                         drawRectGradient( x - half_box_size,
3880                                           y - half_box_size,
3881                                           box_size,
3882                                           box_size,
3883                                           g,
3884                                           background,
3885                                           background,
3886                                           outline_color );
3887                     }
3888                     else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualization.NodeFill.SOLID ) {
3889                         g.setColor( outline_color );
3890                         drawRectFilled( x - half_box_size, y - half_box_size, box_size, box_size, g );
3891                     }
3892                 }
3893             }
3894         }
3895     }
3896
3897     final private void paintNodeData( final Graphics2D g,
3898                                       final PhylogenyNode node,
3899                                       final boolean to_graphics_file,
3900                                       final boolean to_pdf,
3901                                       final boolean is_in_found_nodes ) {
3902         if ( isNodeDataInvisible( node ) && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
3903             return;
3904         }
3905         if ( getOptions().isShowBranchLengthValues()
3906                 && ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR )
3907                         || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) )
3908                 && ( !node.isRoot() ) && ( node.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) ) {
3909             paintBranchLength( g, node, to_pdf, to_graphics_file );
3910         }
3911         if ( !getControlPanel().isShowInternalData() && !node.isExternal() && !node.isCollapse() ) {
3912             return;
3913         }
3914         int x = 0;
3915         final int half_box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize() / 2;
3916         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyImages()
3917                 && ( getImageMap() != null )
3918                 && !getImageMap().isEmpty()
3919                 && node.getNodeData().isHasTaxonomy()
3920                 && ( ( node.getNodeData().getTaxonomy().getUris() != null ) && !node.getNodeData().getTaxonomy()
3921                         .getUris().isEmpty() ) ) {
3922             x += drawTaxonomyImage( node.getXcoord() + 2 + half_box_size, node.getYcoord(), node, g );
3923         }
3924         if ( ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode() || getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames() || getControlPanel()
3925                 .isShowTaxonomyCommonNames() ) && node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
3926             x += paintTaxonomy( g, node, is_in_found_nodes, to_pdf, to_graphics_file, x );
3927         }
3928         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3929             g.setColor( Color.BLACK );
3930         }
3931         else if ( is_in_found_nodes ) {
3932             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
3933         }
3934         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
3935             g.setColor( getTaxonomyBasedColor( node ) );
3936         }
3937         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToAnnotation()
3938                 && ( node.getNodeData().isHasSequence() && ( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() != null ) && ( !node
3939                         .getNodeData().getSequence().getAnnotations().isEmpty() ) ) ) {
3940             g.setColor( calculateColorForAnnotation( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() ) );
3941         }
3942         else if ( getOptions().isColorLabelsSameAsParentBranch() && getControlPanel().isColorBranches()
3943                 && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
3944             g.setColor( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) );
3945         }
3946         else if ( to_pdf ) {
3947             g.setColor( Color.BLACK );
3948         }
3949         else {
3950             g.setColor( getTreeColorSet().getSequenceColor() );
3951         }
3952         _sb.setLength( 0 );
3953         if ( node.isCollapse() && ( ( !node.isRoot() && !node.getParent().isCollapse() ) || node.isRoot() ) ) {
3954             _sb.append( " [" );
3955             _sb.append( node.getAllExternalDescendants().size() );
3956             _sb.append( "]" );
3957         }
3958         if ( getControlPanel().isShowNodeNames() && ( node.getName().length() > 0 ) ) {
3959             if ( _sb.length() > 0 ) {
3960                 _sb.append( " " );
3961             }
3962             _sb.append( node.getName() );
3963         }
3964         if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
3965             if ( getControlPanel().isShowGeneSymbols() && ( node.getNodeData().getSequence().getSymbol().length() > 0 ) ) {
3966                 if ( _sb.length() > 0 ) {
3967                     _sb.append( " " );
3968                 }
3969                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getSymbol() );
3970             }
3971             if ( getControlPanel().isShowGeneNames() && ( node.getNodeData().getSequence().getName().length() > 0 ) ) {
3972                 if ( _sb.length() > 0 ) {
3973                     _sb.append( " " );
3974                 }
3975                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getName() );
3976             }
3977             if ( getControlPanel().isShowSequenceAcc() && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) ) {
3978                 if ( _sb.length() > 0 ) {
3979                     _sb.append( " " );
3980                 }
3981                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() ) ) {
3982                     _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() );
3983                     _sb.append( ":" );
3984                 }
3985                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue() );
3986             }
3987         }
3988         if ( getControlPanel().isShowProperties() && node.getNodeData().isHasProperties() ) {
3989             if ( _sb.length() > 0 ) {
3990                 _sb.append( " " );
3991             }
3992             _sb.append( propertiesToString( node ) );
3993         }
3994         g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont() );
3995         if ( is_in_found_nodes ) {
3996             g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont().deriveFont( Font.BOLD ) );
3997         }
3998         double down_shift_factor = 3.0;
3999         if ( !node.isExternal() && ( node.getNumberOfDescendants() == 1 ) ) {
4000             down_shift_factor = 1;
4001         }
4002         final double pos_x = node.getXcoord() + x + 2 + half_box_size;
4003         final double pos_y = ( node.getYcoord() + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ) );
4004         final String sb_str = _sb.toString();
4005         // GUILHEM_BEG ______________
4006         if ( _control_panel.isShowSequenceRelations() && node.getNodeData().isHasSequence()
4007                 && ( _query_sequence != null ) ) {
4008             int nodeTextBoundsWidth = 0;
4009             if ( sb_str.length() > 0 ) {
4010                 final Rectangle2D node_text_bounds = new TextLayout( sb_str, g.getFont(), _frc ).getBounds(); //would like to remove this 'new', but how...
4011                 nodeTextBoundsWidth = ( int ) node_text_bounds.getWidth();
4012             }
4013             if ( node.getNodeData().getSequence().equals( _query_sequence ) ) {
4014                 if ( nodeTextBoundsWidth > 0 ) { // invert font color and background color to show that this is the query sequence
4015                     g.fillRect( ( int ) pos_x - 1, ( int ) pos_y - 8, nodeTextBoundsWidth + 5, 11 );
4016                     g.setColor( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
4017                 }
4018             }
4019             else {
4020                 final List<SequenceRelation> seqRelations = node.getNodeData().getSequence().getSequenceRelations();
4021                 for( final SequenceRelation seqRelation : seqRelations ) {
4022                     final boolean fGotRelationWithQuery = ( seqRelation.getRef0().isEqual( _query_sequence ) || seqRelation
4023                             .getRef1().isEqual( _query_sequence ) )
4024                             && seqRelation.getType().equals( getControlPanel().getSequenceRelationTypeBox()
4025                                     .getSelectedItem() );
4026                     if ( fGotRelationWithQuery ) { // we will underline the text to show that this sequence is ortholog to the query
4027                         final double linePosX = node.getXcoord() + 2 + half_box_size;
4028                         final String sConfidence = ( !getControlPanel().isShowSequenceRelationConfidence() || ( seqRelation
4029                                 .getConfidence() == null ) ) ? null : " (" + seqRelation.getConfidence().getValue()
4030                                 + ")";
4031                         if ( sConfidence != null ) {
4032                             double confidenceX = pos_x;
4033                             if ( sb_str.length() > 0 ) {
4034                                 confidenceX += new TextLayout( sb_str, g.getFont(), _frc ).getBounds().getWidth()
4035                                         + CONFIDENCE_LEFT_MARGIN;
4036                             }
4037                             if ( confidenceX > linePosX ) { // let's only display confidence value if we are already displaying at least one of Prot/Gene Name and Taxonomy Code
4038                                 final int confidenceWidth = ( int ) new TextLayout( sConfidence, g.getFont(), _frc )
4039                                         .getBounds().getWidth();
4040                                 TreePanel.drawString( sConfidence, confidenceX, pos_y, g );
4041                                 x += CONFIDENCE_LEFT_MARGIN + confidenceWidth;
4042                             }
4043                         }
4044                         if ( ( x + nodeTextBoundsWidth ) > 0 ) /* we only underline if there is something displayed */
4045                         {
4046                             if ( nodeTextBoundsWidth == 0 ) {
4047                                 nodeTextBoundsWidth -= 3; /* the gap between taxonomy code and node name should not be underlined if nothing comes after it */
4048                             }
4049                             else {
4050                                 nodeTextBoundsWidth += 2;
4051                             }
4052                             g.drawLine( ( int ) linePosX + 1, 3 + ( int ) pos_y, ( int ) linePosX + x
4053                                     + nodeTextBoundsWidth, 3 + ( int ) pos_y );
4054                             break;
4055                         }
4056                     }
4057                 }
4058             }
4059         }
4060         if ( sb_str.length() > 0 ) {
4061             TreePanel.drawString( sb_str, pos_x, pos_y, g );
4062         }
4063         // GUILHEM_END _____________
4064         // COMMENTED_OUT_BY_GUILHEM_BEG _______________
4065         // TODO FIXME need to check this one!
4066         //if ( _sb.length() > 0 ) {
4067         //    TreePanel.drawString( _sb.toString(), node.getXcoord() + x + 2 + TreePanel.HALF_BOX_SIZE, node.getYcoord()
4068         //            + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ), g );
4069         //}
4070         // COMMENTED_OUT_BY_GUILHEM_END ________________
4071         if ( getControlPanel().isShowAnnotation() && node.getNodeData().isHasSequence()
4072                 && ( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() != null )
4073                 && ( !node.getNodeData().getSequence().getAnnotations().isEmpty() ) ) {
4074             if ( _sb.length() > 0 ) {
4075                 x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( _sb.toString() ) + 5;
4076             }
4077             final SortedSet<Annotation> ann = node.getNodeData().getSequence().getAnnotations();
4078             if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4079                 g.setColor( Color.BLACK );
4080             }
4081             else if ( getControlPanel().isColorAccordingToAnnotation() ) {
4082                 g.setColor( calculateColorForAnnotation( ann ) );
4083             }
4084             final String ann_str = createAnnotationString( ann );
4085             TreePanel.drawString( ann_str, node.getXcoord() + x + 3 + half_box_size, node.getYcoord()
4086                     + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ), g );
4087             _sb.setLength( 0 );
4088             _sb.append( ann_str );
4089         }
4090         if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR )
4091                 || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE )
4092                 || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) ) {
4093             if ( ( getControlPanel().isShowBinaryCharacters() || getControlPanel().isShowBinaryCharacterCounts() )
4094                     && node.getNodeData().isHasBinaryCharacters() ) {
4095                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4096                     x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( _sb.toString() ) + 5;
4097                 }
4098                 if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4099                     g.setColor( Color.BLACK );
4100                 }
4101                 else {
4102                     g.setColor( getTreeColorSet().getBinaryDomainCombinationsColor() );
4103                 }
4104                 if ( getControlPanel().isShowBinaryCharacters() ) {
4105                     TreePanel.drawString( node.getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharactersAsStringBuffer()
4106                             .toString(), node.getXcoord() + x + 1 + half_box_size, node.getYcoord()
4107                             + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ), g );
4108                     paintGainedAndLostCharacters( g, node, node.getNodeData().getBinaryCharacters()
4109                             .getGainedCharactersAsStringBuffer().toString(), node.getNodeData().getBinaryCharacters()
4110                             .getLostCharactersAsStringBuffer().toString() );
4111                 }
4112                 else {
4113                     TreePanel.drawString( " " + node.getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount(),
4114                                           node.getXcoord() + x + 4 + half_box_size,
4115                                           node.getYcoord()
4116                                                   + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ),
4117                                           g );
4118                     paintGainedAndLostCharacters( g, node, "+"
4119                             + node.getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount(), "-"
4120                             + node.getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() );
4121                 }
4122             }
4123         }
4124     }
4125
4126     final private void paintNodeDataUnrootedCirc( final Graphics2D g,
4127                                                   final PhylogenyNode node,
4128                                                   final boolean to_pdf,
4129                                                   final boolean to_graphics_file,
4130                                                   final boolean radial_labels,
4131                                                   final double ur_angle,
4132                                                   final boolean is_in_found_nodes ) {
4133         if ( isNodeDataInvisibleUnrootedCirc( node ) && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
4134             return;
4135         }
4136         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4137             g.setColor( Color.BLACK );
4138         }
4139         else if ( is_in_found_nodes ) {
4140             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
4141         }
4142         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
4143             g.setColor( getTaxonomyBasedColor( node ) );
4144         }
4145         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToAnnotation()
4146                 && ( node.getNodeData().isHasSequence() && ( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() != null ) && ( !node
4147                         .getNodeData().getSequence().getAnnotations().isEmpty() ) ) ) {
4148             g.setColor( calculateColorForAnnotation( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() ) );
4149         }
4150         else {
4151             g.setColor( getTreeColorSet().getSequenceColor() );
4152         }
4153         _sb.setLength( 0 );
4154         _sb.append( " " );
4155         if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy()
4156                 && ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode() || getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames() || getControlPanel()
4157                         .isShowTaxonomyCommonNames() ) ) {
4158             final Taxonomy taxonomy = node.getNodeData().getTaxonomy();
4159             if ( _control_panel.isShowTaxonomyCode() && !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getTaxonomyCode() ) ) {
4160                 _sb.append( taxonomy.getTaxonomyCode() );
4161                 _sb.append( " " );
4162             }
4163             if ( _control_panel.isShowTaxonomyScientificNames() && _control_panel.isShowTaxonomyCommonNames() ) {
4164                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() )
4165                         && !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4166                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4167                     _sb.append( " (" );
4168                     _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4169                     _sb.append( ") " );
4170                 }
4171                 else if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() ) ) {
4172                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4173                     _sb.append( " " );
4174                 }
4175                 else if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4176                     _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4177                     _sb.append( " " );
4178                 }
4179             }
4180             else if ( _control_panel.isShowTaxonomyScientificNames() ) {
4181                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() ) ) {
4182                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4183                     _sb.append( " " );
4184                 }
4185             }
4186             else if ( _control_panel.isShowTaxonomyCommonNames() ) {
4187                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4188                     _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4189                     _sb.append( " " );
4190                 }
4191             }
4192         }
4193         if ( node.isCollapse() && ( ( !node.isRoot() && !node.getParent().isCollapse() ) || node.isRoot() ) ) {
4194             _sb.append( " [" );
4195             _sb.append( node.getAllExternalDescendants().size() );
4196             _sb.append( "]" );
4197         }
4198         if ( getControlPanel().isShowNodeNames() && ( node.getName().length() > 0 ) ) {
4199             if ( _sb.length() > 0 ) {
4200                 _sb.append( " " );
4201             }
4202             _sb.append( node.getName() );
4203         }
4204         if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
4205             if ( getControlPanel().isShowSequenceAcc() && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) ) {
4206                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4207                     _sb.append( " " );
4208                 }
4209                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() ) ) {
4210                     _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() );
4211                     _sb.append( ":" );
4212                 }
4213                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue() );
4214             }
4215             if ( getControlPanel().isShowGeneNames() && ( node.getNodeData().getSequence().getName().length() > 0 ) ) {
4216                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4217                     _sb.append( " " );
4218                 }
4219                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getName() );
4220             }
4221         }
4222         g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont() );
4223         if ( is_in_found_nodes ) {
4224             g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont().deriveFont( Font.BOLD ) );
4225         }
4226         if ( _sb.length() > 1 ) {
4227             final String sb_str = _sb.toString();
4228             double m = 0;
4229             if ( _graphics_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
4230                 m = _urt_nodeid_angle_map.get( node.getId() ) % TWO_PI;
4231             }
4232             else {
4233                 m = ( float ) ( ur_angle % TWO_PI );
4234             }
4235             _at = g.getTransform();
4236             boolean need_to_reset = false;
4237             final float x_coord = node.getXcoord();
4238             final float y_coord = node.getYcoord() + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / 3.0f );
4239             if ( radial_labels ) {
4240                 need_to_reset = true;
4241                 boolean left = false;
4242                 if ( ( m > HALF_PI ) && ( m < ONEHALF_PI ) ) {
4243                     m -= PI;
4244                     left = true;
4245                 }
4246                 g.rotate( m, x_coord, node.getYcoord() );
4247                 if ( left ) {
4248                     g.translate( -( getTreeFontSet()._fm_large.getStringBounds( sb_str, g ).getWidth() ), 0 );
4249                 }
4250             }
4251             else {
4252                 if ( ( m > HALF_PI ) && ( m < ONEHALF_PI ) ) {
4253                     need_to_reset = true;
4254                     g.translate( -getTreeFontSet()._fm_large.getStringBounds( sb_str, g ).getWidth(), 0 );
4255                 }
4256             }
4257             TreePanel.drawString( sb_str, x_coord, y_coord, g );
4258             if ( need_to_reset ) {
4259                 g.setTransform( _at );
4260             }
4261         }
4262     }
4263
4264     final private void paintNodeLite( final Graphics2D g, final PhylogenyNode node ) {
4265         if ( node.isCollapse() ) {
4266             if ( ( !node.isRoot() && !node.getParent().isCollapse() ) || node.isRoot() ) {
4267                 paintCollapsedNode( g, node, false, false, false );
4268             }
4269             return;
4270         }
4271         if ( isInFoundNodes( node ) || isInCurrentExternalNodes( node ) ) {
4272             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
4273             drawRectFilled( node.getXSecondary() - 1, node.getYSecondary() - 1, 3, 3, g );
4274         }
4275         float new_x = 0;
4276         if ( !node.isExternal() && !node.isCollapse() ) {
4277             boolean first_child = true;
4278             float y2 = 0.0f;
4279             final int parent_max_branch_to_leaf = getMaxBranchesToLeaf( node );
4280             for( int i = 0; i < node.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
4281                 final PhylogenyNode child_node = node.getChildNode( i );
4282                 int factor_x;
4283                 if ( !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
4284                     factor_x = node.getNumberOfExternalNodes() - child_node.getNumberOfExternalNodes();
4285                 }
4286                 else {
4287                     factor_x = parent_max_branch_to_leaf - getMaxBranchesToLeaf( child_node );
4288                 }
4289                 if ( first_child ) {
4290                     first_child = false;
4291                     y2 = node.getYSecondary()
4292                             - ( getOvYDistance() * ( node.getNumberOfExternalNodes() - child_node
4293                                     .getNumberOfExternalNodes() ) );
4294                 }
4295                 else {
4296                     y2 += getOvYDistance() * child_node.getNumberOfExternalNodes();
4297                 }
4298                 final float x2 = calculateOvBranchLengthToParent( child_node, factor_x );
4299                 new_x = x2 + node.getXSecondary();
4300                 final float diff_y = node.getYSecondary() - y2;
4301                 final float diff_x = node.getXSecondary() - new_x;
4302                 if ( ( diff_y > 2 ) || ( diff_y < -2 ) || ( diff_x > 2 ) || ( diff_x < -2 ) ) {
4303                     paintBranchLite( g, node.getXSecondary(), new_x, node.getYSecondary(), y2, child_node );
4304                 }
4305                 child_node.setXSecondary( new_x );
4306                 child_node.setYSecondary( y2 );
4307                 y2 += getOvYDistance() * child_node.getNumberOfExternalNodes();
4308             }
4309         }
4310     }
4311
4312     final private void paintNodeRectangular( final Graphics2D g,
4313                                              final PhylogenyNode node,
4314                                              final boolean to_pdf,
4315                                              final boolean dynamically_hide,
4316                                              final int dynamic_hiding_factor,
4317                                              final boolean to_graphics_file ) {
4318         final boolean is_in_found_nodes = isInFoundNodes( node ) || isInCurrentExternalNodes( node );
4319         if ( node.isCollapse() ) {
4320             if ( ( !node.isRoot() && !node.getParent().isCollapse() ) || node.isRoot() ) {
4321                 paintCollapsedNode( g, node, to_graphics_file, to_pdf, is_in_found_nodes );
4322             }
4323             return;
4324         }
4325         if ( node.isExternal() ) {
4326             ++_external_node_index;
4327         }
4328         // Confidence values
4329         if ( getControlPanel().isShowConfidenceValues()
4330                 && !node.isExternal()
4331                 && !node.isRoot()
4332                 && ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED )
4333                         || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) )
4334                 && node.getBranchData().isHasConfidences() ) {
4335             paintConfidenceValues( g, node, to_pdf, to_graphics_file );
4336         }
4337         // Draw a line to root:
4338         if ( node.isRoot() && _phylogeny.isRooted() ) {
4339             paintRootBranch( g, node.getXcoord(), node.getYcoord(), node, to_pdf, to_graphics_file );
4340         }
4341         float new_x = 0;
4342         float new_x_min = Float.MAX_VALUE;
4343         final boolean disallow_shortcutting = dynamic_hiding_factor < 40;
4344         float min_dist = 1.5f;
4345         if ( !disallow_shortcutting ) {
4346             //   System.out.println( dynamic_hiding_factor );
4347             if ( dynamic_hiding_factor > 4000 ) {
4348                 min_dist = 4;
4349             }
4350             else if ( dynamic_hiding_factor > 1000 ) {
4351                 min_dist = 3;
4352             }
4353             else if ( dynamic_hiding_factor > 100 ) {
4354                 min_dist = 2;
4355             }
4356         }
4357         if ( !node.isExternal() && !node.isCollapse() ) {
4358             boolean first_child = true;
4359             float y2 = 0.0f;
4360             final int parent_max_branch_to_leaf = getMaxBranchesToLeaf( node );
4361             for( int i = 0; i < node.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
4362                 final PhylogenyNode child_node = node.getChildNode( i );
4363                 int factor_x;
4364                 if ( !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
4365                     factor_x = node.getNumberOfExternalNodes() - child_node.getNumberOfExternalNodes();
4366                 }
4367                 else {
4368                     factor_x = parent_max_branch_to_leaf - getMaxBranchesToLeaf( child_node );
4369                 }
4370                 if ( first_child ) {
4371                     first_child = false;
4372                     y2 = node.getYcoord()
4373                             - ( _y_distance * ( node.getNumberOfExternalNodes() - child_node.getNumberOfExternalNodes() ) );
4374                 }
4375                 else {
4376                     y2 += _y_distance * child_node.getNumberOfExternalNodes();
4377                 }
4378                 final float x2 = calculateBranchLengthToParent( child_node, factor_x );
4379                 new_x = x2 + node.getXcoord();
4380                 if ( dynamically_hide && ( x2 < new_x_min ) ) {
4381                     new_x_min = x2;
4382                 }
4383                 final float diff_y = node.getYcoord() - y2;
4384                 final float diff_x = node.getXcoord() - new_x;
4385                 if ( disallow_shortcutting || ( diff_y > min_dist ) || ( diff_y < -min_dist ) || ( diff_x > min_dist )
4386                         || ( diff_x < -min_dist ) || to_graphics_file || to_pdf ) {
4387                     paintBranchRectangular( g,
4388                                             node.getXcoord(),
4389                                             new_x,
4390                                             node.getYcoord(),
4391                                             y2,
4392                                             child_node,
4393                                             to_pdf,
4394                                             to_graphics_file );
4395                 }
4396                 child_node.setXcoord( new_x );
4397                 child_node.setYcoord( y2 );
4398                 y2 += _y_distance * child_node.getNumberOfExternalNodes();
4399             }
4400             paintNodeBox( node.getXcoord(), node.getYcoord(), node, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( node )
4401                     || isInCurrentExternalNodes( node ) );
4402         }
4403         if ( dynamically_hide
4404                 && !is_in_found_nodes
4405                 && ( ( node.isExternal() && ( ( _external_node_index % dynamic_hiding_factor ) != 1 ) ) || ( !node
4406                         .isExternal() && ( ( new_x_min < 20 ) || ( ( _y_distance * node.getNumberOfExternalNodes() ) < getTreeFontSet()._fm_large
4407                         .getHeight() ) ) ) ) ) {
4408             return;
4409         }
4410         paintNodeData( g, node, to_graphics_file, to_pdf, is_in_found_nodes );
4411         paintNodeWithRenderableData( g, node, to_graphics_file, to_pdf );
4412     }
4413
4414     final private void paintNodeWithRenderableData( final Graphics2D g,
4415                                                     final PhylogenyNode node,
4416                                                     final boolean to_graphics_file,
4417                                                     final boolean to_pdf ) {
4418         if ( isNodeDataInvisible( node ) && !to_graphics_file ) {
4419             return;
4420         }
4421         if ( ( !getControlPanel().isShowInternalData() && !node.isExternal() ) ) {
4422             return;
4423         }
4424         if ( getControlPanel().isShowDomainArchitectures() && node.getNodeData().isHasSequence()
4425                 && ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() != null ) ) {
4426             RenderableDomainArchitecture rds = null;
4427             if ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() instanceof RenderableDomainArchitecture ) {
4428                 try {
4429                     rds = ( RenderableDomainArchitecture ) node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture();
4430                 }
4431                 catch ( final ClassCastException cce ) {
4432                     cce.printStackTrace();
4433                 }
4434                 if ( rds != null ) {
4435                     rds.setRenderingHeight( 6 );
4436                     int x = 0;
4437                     if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
4438                         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode()
4439                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) ) ) {
4440                             x += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( node.getNodeData().getTaxonomy()
4441                                     .getTaxonomyCode()
4442                                     + " " );
4443                         }
4444                         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames()
4445                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) ) {
4446                             x += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( node.getNodeData().getTaxonomy()
4447                                     .getScientificName()
4448                                     + " " );
4449                         }
4450                         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCommonNames()
4451                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getCommonName() ) ) ) {
4452                             x += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( node.getNodeData().getTaxonomy()
4453                                     .getCommonName()
4454                                     + " " );
4455                         }
4456                     }
4457                     if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
4458                         if ( getControlPanel().isShowGeneNames()
4459                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getName() ) ) ) {
4460                             x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getName()
4461                                     + " " );
4462                         }
4463                         if ( getControlPanel().isShowGeneSymbols()
4464                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getSymbol() ) ) ) {
4465                             x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getSymbol()
4466                                     + " " );
4467                         }
4468                         if ( getControlPanel().isShowSequenceAcc()
4469                                 && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) ) {
4470                             x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence()
4471                                     .getAccession().toString()
4472                                     + " " );
4473                         }
4474                     }
4475                     if ( getControlPanel().isShowNodeNames() && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
4476                         x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getName() + " " );
4477                     }
4478                     rds.render( node.getXcoord() + x, node.getYcoord() - 3, g, this, to_pdf );
4479                 }
4480             }
4481         }
4482         //////////////
4483         if ( getControlPanel().isShowVectorData() && ( node.getNodeData().getVector() != null )
4484                 && ( node.getNodeData().getVector().size() > 0 ) && ( getStatisticsForExpressionValues() != null ) ) {
4485             final RenderableVector rv = RenderableVector.createInstance( node.getNodeData().getVector(),
4486                                                                          getStatisticsForExpressionValues(),
4487                                                                          getConfiguration() );
4488             if ( rv != null ) {
4489                 int x = 0;
4490                 PhylogenyNode my_node = node;
4491                 if ( !getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
4492                     my_node = getPhylogeny().getFirstExternalNode();
4493                 }
4494                 if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode() && ( PhylogenyMethods.getSpecies( my_node ).length() > 0 ) ) {
4495                     x += getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( PhylogenyMethods.getSpecies( my_node ) + " " );
4496                 }
4497                 if ( getControlPanel().isShowNodeNames() && ( my_node.getName().length() > 0 ) ) {
4498                     x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( my_node.getName() + " " );
4499                 }
4500                 rv.render( my_node.getXcoord() + x, node.getYcoord() - 5, g, this, to_pdf );
4501             }
4502         }
4503         //////////////
4504     }
4505
4506     final private void paintOvRectangle( final Graphics2D g ) {
4507         final float w_ratio = ( ( float ) getWidth() ) / getVisibleRect().width;
4508         final float h_ratio = ( ( float ) getHeight() ) / getVisibleRect().height;
4509         final float x_ratio = ( ( float ) getWidth() ) / getVisibleRect().x;
4510         final float y_ratio = ( ( float ) getHeight() ) / getVisibleRect().y;
4511         final float width = getOvMaxWidth() / w_ratio;
4512         final float height = getOvMaxHeight() / h_ratio;
4513         final float x = getVisibleRect().x + getOvXPosition() + ( getOvMaxWidth() / x_ratio );
4514         final float y = getVisibleRect().y + getOvYPosition() + ( getOvMaxHeight() / y_ratio );
4515         g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
4516         getOvRectangle().setRect( x, y, width, height );
4517         if ( ( width < 6 ) && ( height < 6 ) ) {
4518             drawRectFilled( x, y, 6, 6, g );
4519             getOvVirtualRectangle().setRect( x, y, 6, 6 );
4520         }
4521         else if ( width < 6 ) {
4522             drawRectFilled( x, y, 6, height, g );
4523             getOvVirtualRectangle().setRect( x, y, 6, height );
4524         }
4525         else if ( height < 6 ) {
4526             drawRectFilled( x, y, width, 6, g );
4527             getOvVirtualRectangle().setRect( x, y, width, 6 );
4528         }
4529         else {
4530             drawRect( x, y, width, height, g );
4531             if ( isInOvRect() ) {
4532                 drawRect( x + 1, y + 1, width - 2, height - 2, g );
4533             }
4534             getOvVirtualRectangle().setRect( x, y, width, height );
4535         }
4536     }
4537
4538     final private void paintPhylogenyLite( final Graphics2D g ) {
4539         _phylogeny
4540                 .getRoot()
4541                 .setXSecondary( ( float ) ( getVisibleRect().x + getOvXPosition() + ( MOVE / ( getVisibleRect().width / getOvRectangle()
4542                         .getWidth() ) ) ) );
4543         _phylogeny.getRoot().setYSecondary( ( getVisibleRect().y + getOvYStart() ) );
4544         for( final PhylogenyNode element : _nodes_in_preorder ) {
4545             paintNodeLite( g, element );
4546         }
4547         paintOvRectangle( g );
4548     }
4549
4550     /**
4551      * Paint the root branch. (Differs from others because it will always be a
4552      * single horizontal line).
4553      * @param to_graphics_file
4554      *
4555      * @return new x1 value
4556      */
4557     final private void paintRootBranch( final Graphics2D g,
4558                                         final float x1,
4559                                         final float y1,
4560                                         final PhylogenyNode root,
4561                                         final boolean to_pdf,
4562                                         final boolean to_graphics_file ) {
4563         assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( root, false, g, to_pdf, to_graphics_file );
4564         float d = getXdistance();
4565         if ( getControlPanel().isDrawPhylogram() && ( root.getDistanceToParent() > 0.0 ) ) {
4566             d = ( float ) ( getXcorrectionFactor() * root.getDistanceToParent() );
4567         }
4568         if ( d < MIN_ROOT_LENGTH ) {
4569             d = MIN_ROOT_LENGTH;
4570         }
4571         if ( !getControlPanel().isWidthBranches() || ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( root ) == 1 ) ) {
4572             drawLine( x1 - d, root.getYcoord(), x1, root.getYcoord(), g );
4573         }
4574         else {
4575             final double w = PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( root );
4576             drawRectFilled( x1 - d, root.getYcoord() - ( w / 2 ), d, w, g );
4577         }
4578         paintNodeBox( x1, root.getYcoord(), root, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( root ) );
4579     }
4580
4581     final private void paintScale( final Graphics2D g,
4582                                    int x1,
4583                                    int y1,
4584                                    final boolean to_pdf,
4585                                    final boolean to_graphics_file ) {
4586         x1 += MOVE;
4587         final double x2 = x1 + ( getScaleDistance() * getXcorrectionFactor() );
4588         y1 -= 12;
4589         final int y2 = y1 - 8;
4590         final int y3 = y1 - 4;
4591         g.setFont( getTreeFontSet().getSmallFont() );
4592         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4593             g.setColor( Color.BLACK );
4594         }
4595         else {
4596             g.setColor( getTreeColorSet().getBranchLengthColor() );
4597         }
4598         drawLine( x1, y1, x1, y2, g );
4599         drawLine( x2, y1, x2, y2, g );
4600         drawLine( x1, y3, x2, y3, g );
4601         if ( getScaleLabel() != null ) {
4602             g.drawString( getScaleLabel(), ( x1 + 2 ), y3 - 2 );
4603         }
4604     }
4605
4606     final private int paintTaxonomy( final Graphics2D g,
4607                                      final PhylogenyNode node,
4608                                      final boolean is_in_found_nodes,
4609                                      final boolean to_pdf,
4610                                      final boolean to_graphics_file,
4611                                      final double x_shift ) {
4612         final Taxonomy taxonomy = node.getNodeData().getTaxonomy();
4613         g.setFont( getTreeFontSet().getLargeItalicFont() );
4614         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4615             g.setColor( Color.BLACK );
4616         }
4617         else if ( is_in_found_nodes ) {
4618             g.setFont( getTreeFontSet().getLargeItalicFont().deriveFont( TreeFontSet.BOLD_AND_ITALIC ) );
4619             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
4620         }
4621         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
4622             g.setColor( getTaxonomyBasedColor( node ) );
4623         }
4624         else if ( getOptions().isColorLabelsSameAsParentBranch() && getControlPanel().isColorBranches()
4625                 && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
4626             g.setColor( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) );
4627         }
4628         else if ( to_pdf ) {
4629             g.setColor( Color.BLACK );
4630         }
4631         else {
4632             g.setColor( getTreeColorSet().getTaxonomyColor() );
4633         }
4634         final double start_x = node.getXcoord() + 3 + ( getOptions().getDefaultNodeShapeSize() / 2 ) + x_shift;
4635         final double start_y = node.getYcoord()
4636                 + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / ( node.getNumberOfDescendants() == 1 ? 1 : 3.0 ) );
4637         _sb.setLength( 0 );
4638         if ( _control_panel.isShowTaxonomyCode() && !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getTaxonomyCode() ) ) {
4639             _sb.append( taxonomy.getTaxonomyCode() );
4640             _sb.append( " " );
4641         }
4642         if ( _control_panel.isShowTaxonomyScientificNames() && _control_panel.isShowTaxonomyCommonNames() ) {
4643             if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() )
4644                     && !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4645                 if ( getOptions().isAbbreviateScientificTaxonNames()
4646                         && ( taxonomy.getScientificName().indexOf( ' ' ) > 0 ) ) {
4647                     abbreviateScientificName( taxonomy.getScientificName() );
4648                 }
4649                 else {
4650                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4651                 }
4652                 _sb.append( " (" );
4653                 _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4654                 _sb.append( ") " );
4655             }
4656             else if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() ) ) {
4657                 if ( getOptions().isAbbreviateScientificTaxonNames()
4658                         && ( taxonomy.getScientificName().indexOf( ' ' ) > 0 ) ) {
4659                     abbreviateScientificName( taxonomy.getScientificName() );
4660                 }
4661                 else {
4662                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4663                 }
4664                 _sb.append( " " );
4665             }
4666             else if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4667                 _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4668                 _sb.append( " " );
4669             }
4670         }
4671         else if ( _control_panel.isShowTaxonomyScientificNames() ) {
4672             if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() ) ) {
4673                 if ( getOptions().isAbbreviateScientificTaxonNames()
4674                         && ( taxonomy.getScientificName().indexOf( ' ' ) > 0 ) ) {
4675                     abbreviateScientificName( taxonomy.getScientificName() );
4676                 }
4677                 else {
4678                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4679                 }
4680                 _sb.append( " " );
4681             }
4682         }
4683         else if ( _control_panel.isShowTaxonomyCommonNames() ) {
4684             if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4685                 _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4686                 _sb.append( " " );
4687             }
4688         }
4689         final String label = _sb.toString();
4690         /* GUILHEM_BEG */
4691         if ( _control_panel.isShowSequenceRelations() && ( label.length() > 0 )
4692                 && ( node.getNodeData().isHasSequence() ) && node.getNodeData().getSequence().equals( _query_sequence ) ) {
4693             // invert font color and background color to show that this is the query sequence
4694             final Rectangle2D nodeTextBounds = new TextLayout( label, g.getFont(), new FontRenderContext( null,
4695                                                                                                           false,
4696                                                                                                           false ) )
4697                     .getBounds();
4698             g.fillRect( ( int ) start_x - 1, ( int ) start_y - 8, ( int ) nodeTextBounds.getWidth() + 4, 11 );
4699             g.setColor( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
4700         }
4701         /* GUILHEM_END */
4702         TreePanel.drawString( label, start_x, start_y, g );
4703         if ( is_in_found_nodes ) {
4704             return getTreeFontSet()._fm_large_italic_bold.stringWidth( label );
4705         }
4706         else {
4707             return getTreeFontSet()._fm_large_italic.stringWidth( label );
4708         }
4709     }
4710
4711     final private void paintUnrooted( final PhylogenyNode n,
4712                                       final double low_angle,
4713                                       final double high_angle,
4714                                       final boolean radial_labels,
4715                                       final Graphics2D g,
4716                                       final boolean to_pdf,
4717                                       final boolean to_graphics_file ) {
4718         if ( n.isRoot() ) {
4719             n.setXcoord( getWidth() / 2 );
4720             n.setYcoord( getHeight() / 2 );
4721         }
4722         if ( n.isExternal() ) {
4723             paintNodeDataUnrootedCirc( g,
4724                                        n,
4725                                        to_pdf,
4726                                        to_graphics_file,
4727                                        radial_labels,
4728                                        ( high_angle + low_angle ) / 2,
4729                                        isInFoundNodes( n ) || isInCurrentExternalNodes( n ) );
4730             return;
4731         }
4732         final float num_enclosed = n.getNumberOfExternalNodes();
4733         final float x = n.getXcoord();
4734         final float y = n.getYcoord();
4735         double current_angle = low_angle;
4736         // final boolean n_below = n.getYcoord() < getVisibleRect().getMinY() - 20;
4737         // final boolean n_above = n.getYcoord() > getVisibleRect().getMaxY() + 20;
4738         // final boolean n_left = n.getXcoord() < getVisibleRect().getMinX() - 20;
4739         // final boolean n_right = n.getXcoord() > getVisibleRect().getMaxX() + 20;
4740         for( int i = 0; i < n.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
4741             final PhylogenyNode desc = n.getChildNode( i );
4742             ///  if ( ( ( n_below ) & ( desc.getYcoord() < getVisibleRect().getMinY() - 20 ) )
4743             //          || ( ( n_above ) & ( desc.getYcoord() > getVisibleRect().getMaxY() + 20 ) )
4744             //         || ( ( n_left ) & ( desc.getXcoord() < getVisibleRect().getMinX() - 20 ) )
4745             //          || ( ( n_right ) & ( desc.getXcoord() > getVisibleRect().getMaxX() + 20 ) ) ) {
4746             //     continue;
4747             // }
4748             //if ( ( desc.getYcoord() > n.getYcoord() ) && ( n.getYcoord() > getVisibleRect().getMaxY() - 20 ) ) {
4749             //    continue;
4750             //}
4751             //if ( ( desc.getYcoord() < n.getYcoord() ) && ( n.getYcoord() < getVisibleRect().getMinY() + 20 ) ) {
4752             //    continue;
4753             // }
4754             final int desc_num_enclosed = desc.getNumberOfExternalNodes();
4755             final double arc_size = ( desc_num_enclosed / num_enclosed ) * ( high_angle - low_angle );
4756             float length;
4757             if ( isPhyHasBranchLengths() && getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
4758                 if ( desc.getDistanceToParent() < 0 ) {
4759                     length = 0;
4760                 }
4761                 else {
4762                     length = ( float ) ( desc.getDistanceToParent() * getUrtFactor() );
4763                 }
4764             }
4765             else {
4766                 length = getUrtFactor();
4767             }
4768             final double mid_angle = current_angle + ( arc_size / 2 );
4769             final float new_x = ( float ) ( x + ( Math.cos( mid_angle ) * length ) );
4770             final float new_y = ( float ) ( y + ( Math.sin( mid_angle ) * length ) );
4771             desc.setXcoord( new_x );
4772             desc.setYcoord( new_y );
4773             paintUnrooted( desc, current_angle, current_angle + arc_size, radial_labels, g, to_pdf, to_graphics_file );
4774             current_angle += arc_size;
4775             assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( desc, false, g, to_pdf, to_graphics_file );
4776             drawLine( x, y, new_x, new_y, g );
4777             paintNodeBox( new_x, new_y, desc, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( desc )
4778                     || isInCurrentExternalNodes( desc ) );
4779         }
4780         if ( n.isRoot() ) {
4781             paintNodeBox( n.getXcoord(), n.getYcoord(), n, g, to_pdf, to_graphics_file, isInFoundNodes( n ) );
4782         }
4783     }
4784
4785     final private void paintUnrootedLite( final PhylogenyNode n,
4786                                           final double low_angle,
4787                                           final double high_angle,
4788                                           final Graphics2D g,
4789                                           final float urt_ov_factor ) {
4790         if ( n.isRoot() ) {
4791             final int x_pos = ( int ) ( getVisibleRect().x + getOvXPosition() + ( getOvMaxWidth() / 2 ) );
4792             final int y_pos = ( int ) ( getVisibleRect().y + getOvYPosition() + ( getOvMaxHeight() / 2 ) );
4793             n.setXSecondary( x_pos );
4794             n.setYSecondary( y_pos );
4795         }
4796         if ( n.isExternal() ) {
4797             return;
4798         }
4799         final float num_enclosed = n.getNumberOfExternalNodes();
4800         final float x = n.getXSecondary();
4801         final float y = n.getYSecondary();
4802         double current_angle = low_angle;
4803         for( int i = 0; i < n.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
4804             final PhylogenyNode desc = n.getChildNode( i );
4805             final int desc_num_enclosed = desc.getNumberOfExternalNodes();
4806             final double arc_size = ( desc_num_enclosed / num_enclosed ) * ( high_angle - low_angle );
4807             float length;
4808             if ( isPhyHasBranchLengths() && getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
4809                 if ( desc.getDistanceToParent() < 0 ) {
4810                     length = 0;
4811                 }
4812                 else {
4813                     length = ( float ) ( desc.getDistanceToParent() * urt_ov_factor );
4814                 }
4815             }
4816             else {
4817                 length = urt_ov_factor;
4818             }
4819             final double mid_angle = current_angle + ( arc_size / 2 );
4820             final float new_x = ( float ) ( x + ( Math.cos( mid_angle ) * length ) );
4821             final float new_y = ( float ) ( y + ( Math.sin( mid_angle ) * length ) );
4822             desc.setXSecondary( new_x );
4823             desc.setYSecondary( new_y );
4824             if ( isInFoundNodes( desc ) || isInCurrentExternalNodes( desc ) ) {
4825                 g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor() );
4826                 drawRectFilled( desc.getXSecondary() - 1, desc.getYSecondary() - 1, 3, 3, g );
4827                 g.setColor( getTreeColorSet().getOvColor() );
4828             }
4829             paintUnrootedLite( desc, current_angle, current_angle + arc_size, g, urt_ov_factor );
4830             current_angle += arc_size;
4831             drawLine( x, y, new_x, new_y, g );
4832         }
4833     }
4834
4835     final private void pasteSubtree( final PhylogenyNode node ) {
4836         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
4837             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
4838             return;
4839         }
4840         if ( ( getCutOrCopiedTree() == null ) || getCutOrCopiedTree().isEmpty() ) {
4841             JOptionPane.showMessageDialog( this,
4842                                            "No tree in buffer (need to copy or cut a subtree first)",
4843                                            "Attempt to paste with empty buffer",
4844                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
4845             return;
4846         }
4847         final String label = createASimpleTextRepresentationOfANode( getCutOrCopiedTree().getRoot() );
4848         final Object[] options = { "As sibling", "As descendant", "Cancel" };
4849         final int r = JOptionPane.showOptionDialog( this,
4850                                                     "How to paste subtree" + label + "?",
4851                                                     "Paste Subtree",
4852                                                     JOptionPane.CLOSED_OPTION,
4853                                                     JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
4854                                                     null,
4855                                                     options,
4856                                                     options[ 2 ] );
4857         boolean paste_as_sibling = true;
4858         if ( r == 1 ) {
4859             paste_as_sibling = false;
4860         }
4861         else if ( r != 0 ) {
4862             return;
4863         }
4864         final Phylogeny buffer_phy = getCutOrCopiedTree().copy();
4865         buffer_phy.setAllNodesToNotCollapse();
4866         PhylogenyMethods.preOrderReId( buffer_phy );
4867         buffer_phy.setRooted( true );
4868         boolean need_to_show_whole = false;
4869         if ( paste_as_sibling ) {
4870             if ( node.isRoot() ) {
4871                 JOptionPane.showMessageDialog( this,
4872                                                "Cannot paste sibling to root",
4873                                                "Attempt to paste sibling to root",
4874                                                JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
4875                 return;
4876             }
4877             buffer_phy.addAsSibling( node );
4878         }
4879         else {
4880             if ( ( node.getNumberOfExternalNodes() == 1 ) && node.isRoot() ) {
4881                 need_to_show_whole = true;
4882                 _phylogeny = buffer_phy;
4883             }
4884             else {
4885                 buffer_phy.addAsChild( node );
4886             }
4887         }
4888         if ( getCopiedAndPastedNodes() == null ) {
4889             setCopiedAndPastedNodes( new HashSet<Long>() );
4890         }
4891         final List<PhylogenyNode> nodes = PhylogenyMethods.obtainAllNodesAsList( buffer_phy );
4892         final Set<Long> node_ids = new HashSet<Long>( nodes.size() );
4893         for( final PhylogenyNode n : nodes ) {
4894             node_ids.add( n.getId() );
4895         }
4896         node_ids.add( node.getId() );
4897         getCopiedAndPastedNodes().addAll( node_ids );
4898         setNodeInPreorderToNull();
4899         _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
4900         _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
4901         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
4902         resetNodeIdToDistToLeafMap();
4903         setEdited( true );
4904         if ( need_to_show_whole ) {
4905             getControlPanel().showWhole();
4906         }
4907         repaint();
4908     }
4909
4910     private final StringBuffer propertiesToString( final PhylogenyNode node ) {
4911         final PropertiesMap properties = node.getNodeData().getProperties();
4912         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
4913         boolean first = true;
4914         for( final String ref : properties.getPropertyRefs() ) {
4915             if ( first ) {
4916                 first = false;
4917             }
4918             else {
4919                 sb.append( " " );
4920             }
4921             final Property p = properties.getProperty( ref );
4922             sb.append( getPartAfterColon( p.getRef() ) );
4923             sb.append( "=" );
4924             sb.append( p.getValue() );
4925             if ( !ForesterUtil.isEmpty( p.getUnit() ) ) {
4926                 sb.append( getPartAfterColon( p.getUnit() ) );
4927             }
4928         }
4929         return sb;
4930     }
4931
4932     final private void setCopiedAndPastedNodes( final Set<Long> nodeIds ) {
4933         getMainPanel().setCopiedAndPastedNodes( nodeIds );
4934     }
4935
4936     final private void setCutOrCopiedTree( final Phylogeny cut_or_copied_tree ) {
4937         getMainPanel().setCutOrCopiedTree( cut_or_copied_tree );
4938     }
4939
4940     final private void setInOv( final boolean in_ov ) {
4941         _in_ov = in_ov;
4942     }
4943
4944     final private void setOvMaxHeight( final float ov_max_height ) {
4945         _ov_max_height = ov_max_height;
4946     }
4947
4948     final private void setOvMaxWidth( final float ov_max_width ) {
4949         _ov_max_width = ov_max_width;
4950     }
4951
4952     final private void setOvXcorrectionFactor( final float f ) {
4953         _ov_x_correction_factor = f;
4954     }
4955
4956     final private void setOvXDistance( final float ov_x_distance ) {
4957         _ov_x_distance = ov_x_distance;
4958     }
4959
4960     final private void setOvXPosition( final int ov_x_position ) {
4961         _ov_x_position = ov_x_position;
4962     }
4963
4964     final private void setOvYDistance( final float ov_y_distance ) {
4965         _ov_y_distance = ov_y_distance;
4966     }
4967
4968     final private void setOvYPosition( final int ov_y_position ) {
4969         _ov_y_position = ov_y_position;
4970     }
4971
4972     final private void setOvYStart( final int ov_y_start ) {
4973         _ov_y_start = ov_y_start;
4974     }
4975
4976     final private void setScaleDistance( final double scale_distance ) {
4977         _scale_distance = scale_distance;
4978     }
4979
4980     final private void setScaleLabel( final String scale_label ) {
4981         _scale_label = scale_label;
4982     }
4983
4984     final private void setUpUrtFactor() {
4985         final int d = getVisibleRect().width < getVisibleRect().height ? getVisibleRect().width
4986                 : getVisibleRect().height;
4987         if ( isPhyHasBranchLengths() && getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
4988             setUrtFactor( ( float ) ( d / ( 2 * getMaxDistanceToRoot() ) ) );
4989         }
4990         else {
4991             final int max_depth = _circ_max_depth;
4992             if ( max_depth > 0 ) {
4993                 setUrtFactor( d / ( 2 * max_depth ) );
4994             }
4995             else {
4996                 setUrtFactor( d / 2 );
4997             }
4998         }
4999         setUrtFactorOv( getUrtFactor() );
5000     }
5001
5002     final private void setUrtFactor( final float urt_factor ) {
5003         _urt_factor = urt_factor;
5004     }
5005
5006     final private void setUrtFactorOv( final float urt_factor_ov ) {
5007         _urt_factor_ov = urt_factor_ov;
5008     }
5009
5010     private void showExtDescNodeData( final PhylogenyNode node ) {
5011         final List<String> data = new ArrayList<String>();
5012         for( final PhylogenyNode n : node.getAllExternalDescendants() ) {
5013             switch ( getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() ) {
5014                 case NODE_NAME:
5015                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getName() ) ) {
5016                         data.add( n.getName() );
5017                     }
5018                     break;
5019                 case SEQUENCE_NAME:
5020                     if ( n.getNodeData().isHasSequence()
5021                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getName() ) ) {
5022                         data.add( n.getNodeData().getSequence().getName() );
5023                     }
5024                     break;
5025                 case SEQUENCE_SYMBOL:
5026                     if ( n.getNodeData().isHasSequence()
5027                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getSymbol() ) ) {
5028                         data.add( n.getNodeData().getSequence().getSymbol() );
5029                     }
5030                     break;
5031                 case SEQUENCE_MOL_SEQ:
5032                     if ( n.getNodeData().isHasSequence()
5033                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
5034                         data.add( n.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() );
5035                     }
5036                     break;
5037                 case SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA:
5038                     final StringBuilder sb = new StringBuilder();
5039                     if ( n.getNodeData().isHasSequence()
5040                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
5041                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getName() ) ) {
5042                             sb.append( SequenceWriter.toFasta( n.getNodeData().getSequence().getName(), n.getNodeData()
5043                                     .getSequence().getMolecularSequence(), 60 ) );
5044                         }
5045                         else {
5046                             sb.append( SequenceWriter.toFasta( n.getName(), n.getNodeData().getSequence()
5047                                     .getMolecularSequence(), 60 ) );
5048                         }
5049                         data.add( sb.toString() );
5050                     }
5051                     break;
5052                 case SEQUENCE_ACC:
5053                     if ( n.getNodeData().isHasSequence() && ( n.getNodeData().getSequence().getAccession() != null )
5054                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getAccession().toString() ) ) {
5055                         data.add( n.getNodeData().getSequence().getAccession().toString() );
5056                     }
5057                     break;
5058                 case TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME:
5059                     if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy()
5060                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) {
5061                         data.add( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() );
5062                     }
5063                     break;
5064                 case TAXONOMY_CODE:
5065                     if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy()
5066                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) ) {
5067                         data.add( n.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() );
5068                     }
5069                     break;
5070                 case UNKNOWN:
5071                     AptxUtil.showExtDescNodeDataUserSelectedHelper( getControlPanel(), n, data );
5072                     break;
5073                 default:
5074                     throw new IllegalArgumentException( "unknown data element: "
5075                             + getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() );
5076             }
5077         } // for loop
5078         if ( ( getConfiguration().getExtNodeDataReturnOn() == EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE )
5079                 || ( getConfiguration().getExtNodeDataReturnOn() == EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY ) ) {
5080             final StringBuilder sb = new StringBuilder();
5081             for( final String d : data ) {
5082                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( d ) ) {
5083                     if ( getConfiguration().getExtNodeDataReturnOn() == EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE ) {
5084                         System.out.println( d );
5085                     }
5086                     sb.append( d );
5087                     sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
5088                 }
5089             }
5090             if ( sb.length() < 1 ) {
5091                 clearCurrentExternalNodesDataBuffer();
5092             }
5093             else {
5094                 setCurrentExternalNodesDataBuffer( sb );
5095             }
5096         }
5097         else if ( getConfiguration().getExtNodeDataReturnOn() == EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW ) {
5098             final StringBuilder sb = new StringBuilder();
5099             for( final String d : data ) {
5100                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( d ) ) {
5101                     sb.append( d );
5102                     sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
5103                 }
5104             }
5105             if ( sb.length() < 1 ) {
5106                 AptxUtil.showInformationMessage( this,
5107                                                  "No Appropriate Data (" + obtainTitleForExtDescNodeData() + ")",
5108                                                  "Descendants of selected node do not contain selected data" );
5109                 clearCurrentExternalNodesDataBuffer();
5110             }
5111             else {
5112                 setCurrentExternalNodesDataBuffer( sb );
5113                 final String title = "External Descendants "
5114                         + ( getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() == NODE_DATA.UNKNOWN ? "Data"
5115                                 : obtainTitleForExtDescNodeData() ) + " (" + data.size() + "/"
5116                         + node.getNumberOfExternalNodes() + ") For Node " + node;
5117                 final String s = sb.toString().trim();
5118                 if ( getMainPanel().getMainFrame() == null ) {
5119                     // Must be "E" applet version.
5120                     final ArchaeopteryxE ae = ( ArchaeopteryxE ) ( ( MainPanelApplets ) getMainPanel() ).getApplet();
5121                     ae.showTextFrame( s, title );
5122                 }
5123                 else {
5124                     getMainPanel().getMainFrame().showTextFrame( s, title );
5125                 }
5126             }
5127         }
5128     }
5129
5130     final private void showNodeDataPopup( final MouseEvent e, final PhylogenyNode node ) {
5131         try {
5132             if ( ( node.getName().length() > 0 )
5133                     || ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() && !isTaxonomyEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy() ) )
5134                     || ( node.getNodeData().isHasSequence() && !isSequenceEmpty( node.getNodeData().getSequence() ) )
5135                     || ( node.getNodeData().isHasDate() ) || ( node.getNodeData().isHasDistribution() )
5136                     || node.getBranchData().isHasConfidences() ) {
5137                 _popup_buffer.setLength( 0 );
5138                 short lines = 0;
5139                 if ( node.getName().length() > 0 ) {
5140                     lines++;
5141                     _popup_buffer.append( node.getName() );
5142                 }
5143                 if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() && !isTaxonomyEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy() ) ) {
5144                     lines++;
5145                     boolean enc_data = false;
5146                     final Taxonomy tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
5147                     if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5148                         _popup_buffer.append( "\n" );
5149                     }
5150                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
5151                         _popup_buffer.append( "[" );
5152                         _popup_buffer.append( tax.getTaxonomyCode() );
5153                         _popup_buffer.append( "]" );
5154                         enc_data = true;
5155                     }
5156                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
5157                         if ( enc_data ) {
5158                             _popup_buffer.append( " " );
5159                         }
5160                         _popup_buffer.append( tax.getScientificName() );
5161                         enc_data = true;
5162                     }
5163                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
5164                         if ( enc_data ) {
5165                             _popup_buffer.append( " (" );
5166                         }
5167                         else {
5168                             _popup_buffer.append( "(" );
5169                         }
5170                         _popup_buffer.append( tax.getCommonName() );
5171                         _popup_buffer.append( ")" );
5172                         enc_data = true;
5173                     }
5174                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getAuthority() ) ) {
5175                         if ( enc_data ) {
5176                             _popup_buffer.append( " (" );
5177                         }
5178                         else {
5179                             _popup_buffer.append( "(" );
5180                         }
5181                         _popup_buffer.append( tax.getAuthority() );
5182                         _popup_buffer.append( ")" );
5183                         enc_data = true;
5184                     }
5185                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getRank() ) ) {
5186                         if ( enc_data ) {
5187                             _popup_buffer.append( " [" );
5188                         }
5189                         else {
5190                             _popup_buffer.append( "[" );
5191                         }
5192                         _popup_buffer.append( tax.getRank() );
5193                         _popup_buffer.append( "]" );
5194                         enc_data = true;
5195                     }
5196                     if ( tax.getSynonyms().size() > 0 ) {
5197                         if ( enc_data ) {
5198                             _popup_buffer.append( " " );
5199                         }
5200                         _popup_buffer.append( "[" );
5201                         int counter = 1;
5202                         for( final String syn : tax.getSynonyms() ) {
5203                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( syn ) ) {
5204                                 enc_data = true;
5205                                 _popup_buffer.append( syn );
5206                                 if ( counter < tax.getSynonyms().size() ) {
5207                                     _popup_buffer.append( ", " );
5208                                 }
5209                             }
5210                             counter++;
5211                         }
5212                         _popup_buffer.append( "]" );
5213                     }
5214                     if ( !enc_data ) {
5215                         if ( ( tax.getIdentifier() != null ) && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() ) ) {
5216                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getProvider() ) ) {
5217                                 _popup_buffer.append( "[" );
5218                                 _popup_buffer.append( tax.getIdentifier().getProvider() );
5219                                 _popup_buffer.append( "] " );
5220                             }
5221                             _popup_buffer.append( tax.getIdentifier().getValue() );
5222                         }
5223                     }
5224                 }
5225                 if ( node.getNodeData().isHasSequence() && !isSequenceEmpty( node.getNodeData().getSequence() ) ) {
5226                     lines++;
5227                     boolean enc_data = false;
5228                     if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5229                         _popup_buffer.append( "\n" );
5230                     }
5231                     final Sequence seq = node.getNodeData().getSequence();
5232                     if ( seq.getAccession() != null ) {
5233                         _popup_buffer.append( "[" );
5234                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( seq.getAccession().getSource() ) ) {
5235                             _popup_buffer.append( seq.getAccession().getSource() );
5236                             _popup_buffer.append( ":" );
5237                         }
5238                         _popup_buffer.append( seq.getAccession().getValue() );
5239                         _popup_buffer.append( "]" );
5240                         enc_data = true;
5241                     }
5242                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( seq.getSymbol() ) ) {
5243                         if ( enc_data ) {
5244                             _popup_buffer.append( " [" );
5245                         }
5246                         else {
5247                             _popup_buffer.append( "[" );
5248                         }
5249                         _popup_buffer.append( seq.getSymbol() );
5250                         _popup_buffer.append( "]" );
5251                         enc_data = true;
5252                     }
5253                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( seq.getName() ) ) {
5254                         if ( enc_data ) {
5255                             _popup_buffer.append( " " );
5256                         }
5257                         _popup_buffer.append( seq.getName() );
5258                     }
5259                 }
5260                 if ( node.getNodeData().isHasDate() ) {
5261                     lines++;
5262                     if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5263                         _popup_buffer.append( "\n" );
5264                     }
5265                     _popup_buffer.append( node.getNodeData().getDate().asSimpleText() );
5266                 }
5267                 if ( node.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5268                     lines++;
5269                     if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5270                         _popup_buffer.append( "\n" );
5271                     }
5272                     _popup_buffer.append( node.getNodeData().getDistribution().asSimpleText() );
5273                 }
5274                 if ( node.getBranchData().isHasConfidences() ) {
5275                     final List<Confidence> confs = node.getBranchData().getConfidences();
5276                     for( final Confidence confidence : confs ) {
5277                         lines++;
5278                         if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5279                             _popup_buffer.append( "\n" );
5280                         }
5281                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( confidence.getType() ) ) {
5282                             _popup_buffer.append( "[" );
5283                             _popup_buffer.append( confidence.getType() );
5284                             _popup_buffer.append( "] " );
5285                         }
5286                         _popup_buffer
5287                                 .append( FORMATTER_CONFIDENCE.format( ForesterUtil.round( confidence.getValue(),
5288                                                                                           getOptions()
5289                                                                                                   .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() ) ) );
5290                         if ( confidence.getStandardDeviation() != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5291                             _popup_buffer.append( " (sd=" );
5292                             _popup_buffer.append( FORMATTER_CONFIDENCE.format( ForesterUtil.round( confidence
5293                                     .getStandardDeviation(), getOptions()
5294                                     .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() ) ) );
5295                             _popup_buffer.append( ")" );
5296                         }
5297                     }
5298                 }
5299                 if ( node.getNodeData().isHasProperties() ) {
5300                     final PropertiesMap properties = node.getNodeData().getProperties();
5301                     for( final String ref : properties.getPropertyRefs() ) {
5302                         _popup_buffer.append( "\n" );
5303                         final Property p = properties.getProperty( ref );
5304                         _popup_buffer.append( getPartAfterColon( p.getRef() ) );
5305                         _popup_buffer.append( "=" );
5306                         _popup_buffer.append( p.getValue() );
5307                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( p.getUnit() ) ) {
5308                             _popup_buffer.append( getPartAfterColon( p.getUnit() ) );
5309                         }
5310                     }
5311                 }
5312                 if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5313                     if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
5314                         _rollover_popup
5315                                 .setBorder( BorderFactory.createLineBorder( getTreeColorSet().getBranchColor() ) );
5316                         _rollover_popup.setBackground( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
5317                         if ( isInFoundNodes( node ) ) {
5318                             _rollover_popup.setForeground( getTreeColorSet().getFoundColor() );
5319                         }
5320                         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
5321                             _rollover_popup.setForeground( getTaxonomyBasedColor( node ) );
5322                         }
5323                         else {
5324                             _rollover_popup.setForeground( getTreeColorSet().getSequenceColor() );
5325                         }
5326                     }
5327                     else {
5328                         _rollover_popup.setBorder( BorderFactory.createLineBorder( Color.BLACK ) );
5329                     }
5330                     _rollover_popup.setText( _popup_buffer.toString() );
5331                     _node_desc_popup = PopupFactory.getSharedInstance().getPopup( null,
5332                                                                                   _rollover_popup,
5333                                                                                   e.getLocationOnScreen().x + 10,
5334                                                                                   e.getLocationOnScreen().y
5335                                                                                           - ( lines * 20 ) );
5336                     _node_desc_popup.show();
5337                 }
5338             }
5339         }
5340         catch ( final Exception ex ) {
5341             // Do nothing.
5342         }
5343     }
5344
5345     final private void showNodeEditFrame( final PhylogenyNode n ) {
5346         if ( _node_frame_index < TreePanel.MAX_NODE_FRAMES ) {
5347             // pop up edit box for single node
5348             _node_frames[ _node_frame_index ] = new NodeFrame( n, _phylogeny, this, _node_frame_index, "" );
5349             _node_frame_index++;
5350         }
5351         else {
5352             JOptionPane.showMessageDialog( this, "too many node windows are open" );
5353         }
5354     }
5355
5356     final private void showNodeFrame( final PhylogenyNode n ) {
5357         if ( _node_frame_index < TreePanel.MAX_NODE_FRAMES ) {
5358             // pop up edit box for single node
5359             _node_frames[ _node_frame_index ] = new NodeFrame( n, _phylogeny, this, _node_frame_index );
5360             _node_frame_index++;
5361         }
5362         else {
5363             JOptionPane.showMessageDialog( this, "too many node windows are open" );
5364         }
5365     }
5366
5367     final private void switchDisplaygetPhylogenyGraphicsType() {
5368         switch ( getPhylogenyGraphicsType() ) {
5369             case RECTANGULAR:
5370                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
5371                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
5372                 break;
5373             case EURO_STYLE:
5374                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
5375                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
5376                 break;
5377             case ROUNDED:
5378                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
5379                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
5380                 break;
5381             case CURVED:
5382                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
5383                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
5384                 break;
5385             case TRIANGULAR:
5386                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
5387                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
5388                 break;
5389             case CONVEX:
5390                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
5391                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
5392                 break;
5393             case UNROOTED:
5394                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
5395                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
5396                 break;
5397             case CIRCULAR:
5398                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
5399                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
5400                 break;
5401             default:
5402                 throw new RuntimeException( "unkwnown display type: " + getPhylogenyGraphicsType() );
5403         }
5404         if ( getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
5405             if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
5406                 getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( false );
5407             }
5408             else {
5409                 getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( true );
5410             }
5411         }
5412         if ( isPhyHasBranchLengths() && ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
5413             getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( true );
5414         }
5415         else {
5416             getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( false );
5417         }
5418         if ( getMainPanel().getMainFrame() == null ) {
5419             // Must be "E" applet version.
5420             ( ( ArchaeopteryxE ) ( ( MainPanelApplets ) getMainPanel() ).getApplet() )
5421                     .setSelectedTypeInTypeMenu( getPhylogenyGraphicsType() );
5422         }
5423         else {
5424             getMainPanel().getMainFrame().setSelectedTypeInTypeMenu( getPhylogenyGraphicsType() );
5425         }
5426     }
5427
5428     final private static void drawString( final int i, final double x, final double y, final Graphics2D g ) {
5429         g.drawString( String.valueOf( i ), ( int ) ( x + 0.5 ), ( int ) ( y + 0.5 ) );
5430     }
5431
5432     final private static void drawString( final String str, final double x, final double y, final Graphics2D g ) {
5433         g.drawString( str, ( int ) ( x + 0.5 ), ( int ) ( y + 0.5 ) );
5434     }
5435
5436     final private static String getPartAfterColon( final String s ) {
5437         final int i = s.indexOf( ':' );
5438         if ( ( i < 1 ) || ( i == ( s.length() - 1 ) ) ) {
5439             return s;
5440         }
5441         return s.substring( i + 1, s.length() );
5442     }
5443
5444     final private static boolean isSequenceEmpty( final Sequence seq ) {
5445         return ( seq.getAccession() == null ) && ForesterUtil.isEmpty( seq.getName() )
5446                 && ForesterUtil.isEmpty( seq.getSymbol() );
5447     }
5448
5449     final private static boolean isTaxonomyEmpty( final Taxonomy tax ) {
5450         return ( ( tax.getIdentifier() == null ) && ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() )
5451                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) && ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) && tax
5452                 .getSynonyms().isEmpty() );
5453     }
5454
5455     final private static boolean plusPressed( final int key_code ) {
5456         return ( ( key_code == KeyEvent.VK_ADD ) || ( key_code == KeyEvent.VK_PLUS )
5457                 || ( key_code == KeyEvent.VK_EQUALS ) || ( key_code == KeyEvent.VK_SEMICOLON ) || ( key_code == KeyEvent.VK_1 ) );
5458     }
5459
5460     final private static Phylogeny subTree( final PhylogenyNode new_root, final Phylogeny source_phy ) {
5461         final Phylogeny new_phy = new Phylogeny();
5462         new_phy.setRooted( true );
5463         new_phy.setName( source_phy.getName() );
5464         new_phy.setDescription( source_phy.getDescription() );
5465         new_phy.setType( source_phy.getType() );
5466         new_phy.setDistanceUnit( source_phy.getDistanceUnit() );
5467         new_phy.setConfidence( source_phy.getConfidence() );
5468         new_phy.setIdentifier( source_phy.getIdentifier() );
5469         new_phy.setRoot( new_root.copyNodeDataShallow() );
5470         int i = 0;
5471         for( final PhylogenyNode n : new_root.getDescendants() ) {
5472             new_phy.getRoot().setChildNode( i++, n );
5473         }
5474         return new_phy;
5475     }
5476
5477     final private class SubtreeColorizationActionListener implements ActionListener {
5478
5479         JColorChooser _chooser;
5480         PhylogenyNode _node;
5481
5482         SubtreeColorizationActionListener( final JColorChooser chooser, final PhylogenyNode node ) {
5483             _chooser = chooser;
5484             _node = node;
5485         }
5486
5487         @Override
5488         public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
5489             final Color c = _chooser.getColor();
5490             if ( c != null ) {
5491                 colorizeSubtree( c, _node );
5492             }
5493         }
5494     }
5495 }