forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/TreePanel.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx;
  27
  28 import java.awt.BasicStroke;
  29 import java.awt.Color;
  30 import java.awt.Cursor;
  31 import java.awt.Dimension;
  32 import java.awt.Font;
  33 import java.awt.GradientPaint;
  34 import java.awt.Graphics;
  35 import java.awt.Graphics2D;
  36 import java.awt.Point;
  37 import java.awt.Rectangle;
  38 import java.awt.RenderingHints;
  39 import java.awt.Stroke;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.event.FocusAdapter;
  43 import java.awt.event.FocusEvent;
  44 import java.awt.event.InputEvent;
  45 import java.awt.event.KeyAdapter;
  46 import java.awt.event.KeyEvent;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  49 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  50 import java.awt.font.FontRenderContext;
  51 import java.awt.font.TextLayout;
  52 import java.awt.geom.AffineTransform;
  53 import java.awt.geom.Arc2D;
  54 import java.awt.geom.CubicCurve2D;
  55 import java.awt.geom.Ellipse2D;
  56 import java.awt.geom.Line2D;
  57 import java.awt.geom.Path2D;
  58 import java.awt.geom.QuadCurve2D;
  59 import java.awt.geom.Rectangle2D;
  60 import java.awt.image.BufferedImage;
  61 import java.awt.print.PageFormat;
  62 import java.awt.print.Printable;
  63 import java.awt.print.PrinterException;
  64 import java.io.File;
  65 import java.io.IOException;
  66 import java.io.UnsupportedEncodingException;
  67 import java.net.URI;
  68 import java.net.URISyntaxException;
  69 import java.net.URLEncoder;
  70 import java.text.DecimalFormat;
  71 import java.text.DecimalFormatSymbols;
  72 import java.text.NumberFormat;
  73 import java.util.ArrayList;
  74 import java.util.Collections;
  75 import java.util.HashMap;
  76 import java.util.HashSet;
  77 import java.util.Hashtable;
  78 import java.util.List;
  79 import java.util.Set;
  80 import java.util.SortedSet;
  81
  82 import javax.swing.BorderFactory;
  83 import javax.swing.JApplet;
  84 import javax.swing.JColorChooser;
  85 import javax.swing.JDialog;
  86 import javax.swing.JMenuItem;
  87 import javax.swing.JOptionPane;
  88 import javax.swing.JPanel;
  89 import javax.swing.JPopupMenu;
  90 import javax.swing.JTextArea;
  91 import javax.swing.Popup;
  92 import javax.swing.PopupFactory;
  93
  94 import org.forester.archaeopteryx.Configuration.EXT_NODE_DATA_RETURN_ON;
  95 import org.forester.archaeopteryx.ControlPanel.NodeClickAction;
  96 import org.forester.archaeopteryx.Options.CLADOGRAM_TYPE;
  97 import org.forester.archaeopteryx.Options.NODE_LABEL_DIRECTION;
  98 import org.forester.archaeopteryx.Options.PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE;
  99 import org.forester.archaeopteryx.phylogeny.data.RenderableDomainArchitecture;
 100 import org.forester.archaeopteryx.phylogeny.data.RenderableVector;
 101 import org.forester.archaeopteryx.tools.Blast;
 102 import org.forester.archaeopteryx.tools.ImageLoader;
 103 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlUtil;
 104 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
 105 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
 106 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
 107 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods.DESCENDANT_SORT_PRIORITY;
 108 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
 109 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
 110 import org.forester.phylogeny.data.Annotation;
 111 import org.forester.phylogeny.data.BranchColor;
 112 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
 113 import org.forester.phylogeny.data.Event;
 114 import org.forester.phylogeny.data.NodeData.NODE_DATA;
 115 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
 116 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
 117 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
 118 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
 119 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
 120 import org.forester.phylogeny.data.Property;
 121 import org.forester.phylogeny.data.Sequence;
 122 import org.forester.phylogeny.data.SequenceRelation;
 123 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
 124 import org.forester.phylogeny.data.Uri;
 125 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
 126 import org.forester.phylogeny.iterators.PreorderTreeIterator;
 127 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
 128 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
 129 import org.forester.util.ForesterConstants;
 130 import org.forester.util.ForesterUtil;
 131 import org.forester.util.SequenceAccessionTools;
 132 import org.forester.util.TaxonomyUtil;
 133
 134 public final class TreePanel extends JPanel implements ActionListener, MouseWheelListener, Printable {
 135
 136     final static Cursor                  ARROW_CURSOR                                       = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.DEFAULT_CURSOR );
 137     final static Cursor                  CUT_CURSOR                                         = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.CROSSHAIR_CURSOR );
 138     final static Cursor                  HAND_CURSOR                                        = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.HAND_CURSOR );
 139     final static Cursor                  MOVE_CURSOR                                        = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.MOVE_CURSOR );
 140     final static Cursor                  WAIT_CURSOR                                        = Cursor.getPredefinedCursor( Cursor.WAIT_CURSOR );
 141     final private static double          _180_OVER_PI                                       = 180.0 / Math.PI;
 142     private static final float           ANGLE_ROTATION_UNIT                                = ( float ) ( Math.PI / 32 );
 143     private final static int             CONFIDENCE_LEFT_MARGIN                             = 4;
 144     private final static int             EURO_D                                             = 10;
 145     private final static NumberFormat    FORMATTER_BRANCH_LENGTH;
 146     private final static NumberFormat    FORMATTER_CONFIDENCE;
 147     private static final float           HALF_PI                                            = ( float ) ( Math.PI / 2.0 );
 148     private final static int             LIMIT_FOR_HQ_RENDERING                             = 2000;
 149     private final static int             MAX_NODE_FRAMES                                    = 10;
 150     private final static int             MAX_SUBTREES                                       = 100;
 151     private final static int             MIN_ROOT_LENGTH                                    = 3;
 152     private final static int             MOVE                                               = 20;
 153     private final static String          NODE_POPMENU_NODE_CLIENT_PROPERTY                  = "node";
 154     private static final float           ONEHALF_PI                                         = ( float ) ( 1.5 * Math.PI );
 155     private static final short           OV_BORDER                                          = 10;
 156     private static final float           PI                                                 = ( float ) ( Math.PI );
 157     final private static Font            POPUP_FONT                                         = new Font( Configuration.getDefaultFontFamilyName(),
 158                                                                                                         Font.PLAIN,
 159                                                                                                         12 );
 160     private static final float           ROUNDED_D                                          = 8;
 161     private final static long            serialVersionUID                                   = -978349745916505029L;
 162     private static final BasicStroke     STROKE_005                                         = new BasicStroke( 0.05f );
 163     private static final BasicStroke     STROKE_01                                          = new BasicStroke( 0.1f );
 164     private static final BasicStroke     STROKE_025                                         = new BasicStroke( 0.25f );
 165     private static final BasicStroke     STROKE_05                                          = new BasicStroke( 0.5f );
 166     private static final BasicStroke     STROKE_075                                         = new BasicStroke( 0.75f );
 167     private static final BasicStroke     STROKE_1                                           = new BasicStroke( 1f );
 168     private static final BasicStroke     STROKE_2                                           = new BasicStroke( 2f );
 169     private static final double          TWO_PI                                             = 2 * Math.PI;
 170     private final static int             WIGGLE                                             = 2;
 171     private final static double          OVERVIEW_FOUND_NODE_BOX_SIZE                       = 2;
 172     private final static double          OVERVIEW_FOUND_NODE_BOX_SIZE_HALF                  = 1;
 173     HashMap<Long, Short>                 _nodeid_dist_to_leaf                               = new HashMap<Long, Short>();
 174     final private Arc2D                  _arc                                               = new Arc2D.Double();
 175     private AffineTransform              _at;
 176     private int                          _circ_max_depth;
 177     final private Set<Long>              _collapsed_external_nodeid_set                     = new HashSet<Long>();
 178     private JColorChooser                _color_chooser                                     = null;
 179     private Configuration                _configuration                                     = null;
 180     private ControlPanel                 _control_panel                                     = null;
 181     private final CubicCurve2D           _cubic_curve                                       = new CubicCurve2D.Float();
 182     private Set<Long>                    _current_external_nodes                            = null;
 183     private StringBuilder                _current_external_nodes_data_buffer                = new StringBuilder();
 184     private int                          _current_external_nodes_data_buffer_change_counter = 0;
 185     private int                          _domain_structure_e_value_thr_exp                  = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_E_VALUE_THR_DEFAULT_EXP;
 186     private double                       _domain_structure_width                            = Constants.DOMAIN_STRUCTURE_DEFAULT_WIDTH;
 187     private int                          _dynamic_hiding_factor                             = 0;
 188     private boolean                      _edited                                            = false;
 189     private final Ellipse2D              _ellipse                                           = new Ellipse2D.Float();
 190     private int                          _external_node_index                               = 0;
 191     private Set<Long>                    _found_nodes_0                                     = null;
 192     private Set<Long>                    _found_nodes_1                                     = null;
 193     private final FontRenderContext      _frc                                               = new FontRenderContext( null,
 194                                                                                                                      false,
 195                                                                                                                      false );
 196     private PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE      _graphics_type                                     = PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR;
 197     private PhylogenyNode                _highlight_node                                    = null;
 198     private boolean                      _in_ov                                             = false;
 199     private boolean                      _in_ov_rect                                        = false;
 200     private float                        _last_drag_point_x                                 = 0;
 201     private float                        _last_drag_point_y                                 = 0;
 202     private final Line2D                 _line                                              = new Line2D.Float();
 203     private int                          _longest_ext_node_info                             = 0;
 204     private MainPanel                    _main_panel                                        = null;
 205     private double                       _max_distance_to_root                              = -1;
 206     private Popup                        _node_desc_popup;
 207     private int                          _node_frame_index                                  = 0;
 208     private final NodeFrame[]            _node_frames                                       = new NodeFrame[ TreePanel.MAX_NODE_FRAMES ];
 209     private JPopupMenu                   _node_popup_menu                                   = null;
 210     private JMenuItem                    _node_popup_menu_items[]                           = null;
 211     private PhylogenyNode[]              _nodes_in_preorder                                 = null;
 212     private Options                      _options                                           = null;
 213     private float                        _ov_max_height                                     = 0;
 214     private float                        _ov_max_width                                      = 0;
 215     private boolean                      _ov_on                                             = false;
 216     private final Rectangle2D            _ov_rectangle                                      = new Rectangle2D.Float();
 217     private final Rectangle              _ov_virtual_rectangle                              = new Rectangle();
 218     private float                        _ov_x_correction_factor                            = 0.0f;
 219     private float                        _ov_x_distance                                     = 0;
 220     private int                          _ov_x_position                                     = 0;
 221     private float                        _ov_y_distance                                     = 0;
 222     private int                          _ov_y_position                                     = 0;
 223     private int                          _ov_y_start                                        = 0;
 224     private final boolean                _phy_has_branch_lengths;
 225     private Phylogeny                    _phylogeny                                         = null;
 226     private final Path2D.Float           _polygon                                           = new Path2D.Float();
 227     private final StringBuffer           _popup_buffer                                      = new StringBuffer();
 228     private final QuadCurve2D            _quad_curve                                        = new QuadCurve2D.Float();
 229     private Sequence                     _query_sequence                                    = null;
 230     private final Rectangle2D            _rectangle                                         = new Rectangle2D.Float();
 231     private final RenderingHints         _rendering_hints                                   = new RenderingHints( RenderingHints.KEY_RENDERING,
 232                                                                                                                   RenderingHints.VALUE_RENDER_DEFAULT );
 233     private JTextArea                    _rollover_popup;
 234     private PhylogenyNode                _root;
 235     private final StringBuilder          _sb                                                = new StringBuilder();
 236     private double                       _scale_distance                                    = 0.0;
 237     private String                       _scale_label                                       = null;
 238     // expression values menu:
 239     private DescriptiveStatistics        _statistics_for_vector_data;
 240     private final Phylogeny[]            _sub_phylogenies                                   = new Phylogeny[ TreePanel.MAX_SUBTREES ];
 241     private final PhylogenyNode[]        _sub_phylogenies_temp_roots                        = new PhylogenyNode[ TreePanel.MAX_SUBTREES ];
 242     private int                          _subtree_index                                     = 0;
 243     private File                         _treefile                                          = null;
 244     private float                        _urt_factor                                        = 1;
 245     private float                        _urt_factor_ov                                     = 1;
 246     final private HashMap<Long, Double>  _urt_nodeid_angle_map                              = new HashMap<Long, Double>();
 247     final private HashMap<Long, Integer> _urt_nodeid_index_map                              = new HashMap<Long, Integer>();
 248     private double                       _urt_starting_angle                                = ( float ) ( Math.PI / 2 );
 249     private float                        _x_correction_factor                               = 0.0f;
 250     private float                        _x_distance                                        = 0.0f;
 251     private float                        _y_distance                                        = 0.0f;
 252     //  private Image                           offscreenImage;
 253     //  private Graphics                        offscreenGraphics;
 254     //  private Dimension                       offscreenDimension;
 255     static {
 256         final DecimalFormatSymbols dfs = new DecimalFormatSymbols();
 257         dfs.setDecimalSeparator( '.' );
 258         FORMATTER_CONFIDENCE = new DecimalFormat( "#.###", dfs );
 259         FORMATTER_BRANCH_LENGTH = new DecimalFormat( "#.###", dfs );
 260     }
 261
 262     TreePanel( final Phylogeny t, final Configuration configuration, final MainPanel tjp ) {
 263         requestFocusInWindow();
 264         addKeyListener( new KeyAdapter() {
 265
 266             @Override
 267             public void keyPressed( final KeyEvent key_event ) {
 268                 keyPressedCalls( key_event );
 269                 requestFocusInWindow();
 270             }
 271         } );
 272         addFocusListener( new FocusAdapter() {
 273
 274             @Override
 275             public void focusGained( final FocusEvent e ) {
 276                 requestFocusInWindow();
 277             }
 278         } );
 279         if ( ( t == null ) || t.isEmpty() ) {
 280             throw new IllegalArgumentException( "attempt to draw phylogeny which is null or empty" );
 281         }
 282         _graphics_type = tjp.getOptions().getPhylogenyGraphicsType();
 283         _main_panel = tjp;
 284         _configuration = configuration;
 285         _phylogeny = t;
 286         _phy_has_branch_lengths = AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchLengthLargerThanZero( _phylogeny );
 287         init();
 288         // if ( !_phylogeny.isEmpty() ) {
 289         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 290         checkForVectorProperties( _phylogeny );
 291         // }
 292         setBackground( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
 293         final MouseListener mouse_listener = new MouseListener( this );
 294         addMouseListener( mouse_listener );
 295         addMouseMotionListener( mouse_listener );
 296         addMouseWheelListener( this );
 297         calculateScaleDistance();
 298         FORMATTER_CONFIDENCE.setMaximumFractionDigits( configuration.getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() );
 299         FORMATTER_BRANCH_LENGTH.setMaximumFractionDigits( configuration
 300                 .getNumberOfDigitsAfterCommaForBranchLengthValues() );
 301     }
 302
 303     @Override
 304     final public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
 305         boolean done = false;
 306         final JMenuItem node_popup_menu_item = ( JMenuItem ) e.getSource();
 307         for( int index = 0; ( index < _node_popup_menu_items.length ) && !done; index++ ) {
 308             // NOTE: index corresponds to the indices of click-to options
 309             // in the control panel.
 310             if ( node_popup_menu_item == _node_popup_menu_items[ index ] ) {
 311                 // Set this as the new default click-to action
 312                 _main_panel.getControlPanel().setClickToAction( index );
 313                 final PhylogenyNode node = ( PhylogenyNode ) _node_popup_menu
 314                         .getClientProperty( NODE_POPMENU_NODE_CLIENT_PROPERTY );
 315                 handleClickToAction( _control_panel.getActionWhenNodeClicked(), node );
 316                 done = true;
 317             }
 318         }
 319         repaint();
 320         requestFocusInWindow();
 321     }
 322
 323     public synchronized Hashtable<String, BufferedImage> getImageMap() {
 324         return getMainPanel().getImageMap();
 325     }
 326
 327     final public MainPanel getMainPanel() {
 328         return _main_panel;
 329     }
 330
 331     /**
 332      * Get a pointer to the phylogeny
 333      *
 334      * @return a pointer to the phylogeny
 335      */
 336     public final Phylogeny getPhylogeny() {
 337         return _phylogeny;
 338     }
 339
 340     @Override
 341     final public void mouseWheelMoved( final MouseWheelEvent e ) {
 342         final int notches = e.getWheelRotation();
 343         if ( inOvVirtualRectangle( e ) ) {
 344             if ( !isInOvRect() ) {
 345                 setInOvRect( true );
 346                 repaint();
 347             }
 348         }
 349         else {
 350             if ( isInOvRect() ) {
 351                 setInOvRect( false );
 352                 repaint();
 353             }
 354         }
 355         if ( e.isControlDown() ) {
 356             if ( notches < 0 ) {
 357                 getTreeFontSet().increaseFontSize();
 358                 getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
 359             }
 360             else {
 361                 getTreeFontSet().decreaseFontSize( 1, false );
 362                 getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
 363             }
 364         }
 365         else if ( e.isShiftDown() ) {
 366             if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
 367                     || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 368                 if ( notches < 0 ) {
 369                     for( int i = 0; i < ( -notches ); ++i ) {
 370                         setStartingAngle( ( getStartingAngle() % TWO_PI ) + ANGLE_ROTATION_UNIT );
 371                         getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 372                     }
 373                 }
 374                 else {
 375                     for( int i = 0; i < notches; ++i ) {
 376                         setStartingAngle( ( getStartingAngle() % TWO_PI ) - ANGLE_ROTATION_UNIT );
 377                         if ( getStartingAngle() < 0 ) {
 378                             setStartingAngle( TWO_PI + getStartingAngle() );
 379                         }
 380                         getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 381                     }
 382                 }
 383             }
 384             else {
 385                 if ( notches < 0 ) {
 386                     for( int i = 0; i < ( -notches ); ++i ) {
 387                         getControlPanel().zoomInY( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
 388                         getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 389                     }
 390                 }
 391                 else {
 392                     for( int i = 0; i < notches; ++i ) {
 393                         getControlPanel().zoomOutY( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR );
 394                         getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 395                     }
 396                 }
 397             }
 398         }
 399         else {
 400             if ( notches < 0 ) {
 401                 for( int i = 0; i < ( -notches ); ++i ) {
 402                     getControlPanel().zoomInX( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR,
 403                                                Constants.WHEEL_ZOOM_IN_X_CORRECTION_FACTOR );
 404                     getControlPanel().zoomInY( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
 405                     getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 406                 }
 407             }
 408             else {
 409                 for( int i = 0; i < notches; ++i ) {
 410                     getControlPanel().zoomOutY( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR );
 411                     getControlPanel().zoomOutX( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR,
 412                                                 Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_X_CORRECTION_FACTOR );
 413                     getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
 414                 }
 415             }
 416         }
 417         requestFocus();
 418         requestFocusInWindow();
 419         requestFocus();
 420     }
 421
 422     @Override
 423     final public void paintComponent( final Graphics g ) {
 424         // Dimension currentSize = getSize();
 425         //  if ( offscreenImage == null || !currentSize.equals( offscreenDimension ) ) {
 426         // call the 'java.awt.Component.createImage(...)' method to get an
 427         // image
 428         //   offscreenImage = createImage( currentSize.width, currentSize.height );
 429         //  offscreenGraphics = offscreenImage.getGraphics();
 430         //  offscreenDimension = currentSize;
 431         // }
 432         // super.paintComponent( g ); //why?
 433         //final Graphics2D g2d = ( Graphics2D ) offscreenGraphics;
 434         final Graphics2D g2d = ( Graphics2D ) g;
 435         g2d.setRenderingHints( _rendering_hints );
 436         paintPhylogeny( g2d, false, false, 0, 0, 0, 0 );
 437         //g.drawImage( offscreenImage, 0, 0, this );
 438     }
 439
 440     @Override
 441     final public int print( final Graphics g, final PageFormat page_format, final int page_index )
 442             throws PrinterException {
 443         if ( page_index > 0 ) {
 444             return ( NO_SUCH_PAGE );
 445         }
 446         else {
 447             final Graphics2D g2d = ( Graphics2D ) g;
 448             g2d.translate( page_format.getImageableX(), page_format.getImageableY() );
 449             // Turn off double buffering !?
 450             paintPhylogeny( g2d, true, false, 0, 0, 0, 0 );
 451             // Turn double buffering back on !?
 452             return ( PAGE_EXISTS );
 453         }
 454     }
 455
 456     public final void setEdited( final boolean edited ) {
 457         _edited = edited;
 458     }
 459
 460     public synchronized void setImageMap( final Hashtable<String, BufferedImage> image_map ) {
 461         getMainPanel().setImageMap( image_map );
 462     }
 463
 464     /**
 465      * Set a phylogeny tree.
 466      *
 467      * @param t
 468      *            an instance of a Phylogeny
 469      */
 470     public final void setTree( final Phylogeny t ) {
 471         setNodeInPreorderToNull();
 472         _phylogeny = t;
 473     }
 474
 475     public final void setWaitCursor() {
 476         setCursor( WAIT_CURSOR );
 477         repaint();
 478     }
 479
 480     @Override
 481     public void update( final Graphics g ) {
 482         paint( g );
 483     }
 484
 485     final void calcMaxDepth() {
 486         if ( _phylogeny != null ) {
 487             _circ_max_depth = PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( _phylogeny );
 488         }
 489     }
 490
 491     /**
 492      * Set parameters for printing the displayed tree
 493      *
 494      */
 495     final void calcParametersForPainting( final int x, final int y, final boolean recalc_longest_ext_node_info ) {
 496         // updateStyle(); not needed?
 497         if ( ( _phylogeny != null ) && !_phylogeny.isEmpty() ) {
 498             initNodeData();
 499             if ( recalc_longest_ext_node_info ) {
 500                 calculateLongestExtNodeInfo();
 501                 if ( getOptions().isAllowFontSizeChange() ) {
 502                     if ( ( getLongestExtNodeInfo() > ( x * 0.6 ) )
 503                             && ( getTreeFontSet().getLargeFont().getSize() > 2 + TreeFontSet.FONT_SIZE_CHANGE_STEP ) ) {
 504                         while ( ( getLongestExtNodeInfo() > ( x * 0.7 ) )
 505                                 && ( getTreeFontSet().getLargeFont().getSize() > 2 ) ) {
 506                             getMainPanel().getTreeFontSet().decreaseFontSize( getConfiguration().getMinBaseFontSize(),
 507                                                                               true );
 508                             calculateLongestExtNodeInfo();
 509                         }
 510                     }
 511                     else {
 512                         while ( ( getLongestExtNodeInfo() < ( x * 0.6 ) )
 513                                 && ( getTreeFontSet().getLargeFont().getSize() <= getTreeFontSet().getLargeFontMemory()
 514                                         .getSize() - TreeFontSet.FONT_SIZE_CHANGE_STEP ) ) {
 515                             getMainPanel().getTreeFontSet().increaseFontSize();
 516                             calculateLongestExtNodeInfo();
 517                         }
 518                     }
 519                 }
 520             }
 521             int ext_nodes = _phylogeny.getRoot().getNumberOfExternalNodes();
 522             final int max_depth = PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( _phylogeny );
 523             if ( ext_nodes == 1 ) {
 524                 ext_nodes = max_depth;
 525                 if ( ext_nodes < 1 ) {
 526                     ext_nodes = 1;
 527                 }
 528             }
 529             updateOvSizes();
 530             float xdist = 0;
 531             float ov_xdist = 0;
 532             if ( !isNonLinedUpCladogram() && !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
 533                 xdist = ( float ) ( ( x - getLongestExtNodeInfo() - TreePanel.MOVE ) / ( ext_nodes + 3.0 ) );
 534                 ov_xdist = ( float ) ( getOvMaxWidth() / ( ext_nodes + 3.0 ) );
 535             }
 536             else {
 537                 xdist = ( ( x - getLongestExtNodeInfo() - TreePanel.MOVE ) / ( max_depth + 1 ) );
 538                 ov_xdist = ( getOvMaxWidth() / ( max_depth + 1 ) );
 539             }
 540             float ydist = ( float ) ( ( y - TreePanel.MOVE ) / ( ext_nodes * 2.0 ) );
 541             if ( xdist < 0.0 ) {
 542                 xdist = 0.0f;
 543             }
 544             if ( ov_xdist < 0.0 ) {
 545                 ov_xdist = 0.0f;
 546             }
 547             if ( ydist < 0.0 ) {
 548                 ydist = 0.0f;
 549             }
 550             setXdistance( xdist );
 551             setYdistance( ydist );
 552             setOvXDistance( ov_xdist );
 553             final double height = _phylogeny.getHeight();
 554             if ( height > 0 ) {
 555                 final float corr = ( float ) ( ( x - TreePanel.MOVE - getLongestExtNodeInfo() - getXdistance() ) / height );
 556                 setXcorrectionFactor( corr > 0 ? corr : 0 );
 557                 final float ov_corr = ( float ) ( ( getOvMaxWidth() - getOvXDistance() ) / height );
 558                 setOvXcorrectionFactor( ov_corr > 0 ? ov_corr : 0 );
 559             }
 560             else {
 561                 setXcorrectionFactor( 0 );
 562                 setOvXcorrectionFactor( 0 );
 563             }
 564             _circ_max_depth = max_depth;
 565             setUpUrtFactor();
 566             //
 567             if ( getOptions().isAllowFontSizeChange() ) {
 568                 if ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
 569                         && ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
 570                     //                int dynamic_hiding_factor = calcDynamicHidingFactor();
 571                     //                if ( dynamic_hiding_factor > 1 ) {
 572                     //                    while ( dynamic_hiding_factor > 1
 573                     //                            && getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() > TreeFontSet.SMALL_FONTS_BASE ) {
 574                     //                        getTreeFontSet().decreaseFontSize( 1, true );
 575                     //                        dynamic_hiding_factor = calcDynamicHidingFactor();
 576                     //                    }
 577                     //                }
 578                     //                else if ( getTreeFontSet().isDecreasedSizeBySystem() ) {
 579                     //                    while ( dynamic_hiding_factor < 1 && getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() < 12 ) {
 580                     //                        getTreeFontSet().increaseFontSize();
 581                     //                        dynamic_hiding_factor = calcDynamicHidingFactor();
 582                     //                    }
 583                     //                }
 584                 }
 585             }
 586             //
 587         }
 588     }
 589
 590     final void calculateLongestExtNodeInfo() {
 591         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
 592             return;
 593         }
 594         int max_length = ForesterUtil.roundToInt( ( getSize().getWidth() - MOVE )
 595                 * Constants.EXT_NODE_INFO_LENGTH_MAX_RATIO );
 596         if ( max_length < 40 ) {
 597             max_length = 40;
 598         }
 599         int longest = 30;
 600         for( final PhylogenyNode node : _phylogeny.getExternalNodes() ) {
 601             int sum = 0;
 602             if ( node.isCollapse() ) {
 603                 continue;
 604             }
 605             if ( getControlPanel().isShowNodeNames() ) {
 606                 sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getName() + " " );
 607             }
 608             if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
 609                 if ( getControlPanel().isShowSequenceAcc()
 610                         && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) ) {
 611                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getAccession()
 612                             .getValue()
 613                             + " " );
 614                 }
 615                 if ( getControlPanel().isShowSeqNames() && ( node.getNodeData().getSequence().getName().length() > 0 ) ) {
 616                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getName() + " " );
 617                 }
 618                 if ( getControlPanel().isShowSeqSymbols()
 619                         && ( node.getNodeData().getSequence().getSymbol().length() > 0 ) ) {
 620                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getSymbol() + " " );
 621                 }
 622                 if ( getControlPanel().isShowGeneNames()
 623                         && ( node.getNodeData().getSequence().getGeneName().length() > 0 ) ) {
 624                     sum += getTreeFontSet()._fm_large
 625                             .stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getGeneName() + " " );
 626                 }
 627                 if ( getControlPanel().isShowAnnotation()
 628                         && ( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() != null )
 629                         && !node.getNodeData().getSequence().getAnnotations().isEmpty() ) {
 630                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( TreePanelUtil.createAnnotationString( node
 631                             .getNodeData().getSequence().getAnnotations(), getOptions().isShowAnnotationRefSource() )
 632                             + " " );
 633                 }
 634                 if ( getControlPanel().isShowDomainArchitectures()
 635                         && ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() != null ) ) {
 636                     sum += ( ( RenderableDomainArchitecture ) node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() )
 637                             .getRenderingSize().getWidth();
 638                 }
 639             }
 640             if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 641                 final Taxonomy tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
 642                 if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode() && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 643                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( tax.getTaxonomyCode() + " " );
 644                 }
 645                 if ( getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames()
 646                         && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 647                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( tax.getScientificName() + " " );
 648                 }
 649                 if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCommonNames() && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
 650                     sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( tax.getCommonName() + " ()" );
 651                 }
 652             }
 653             if ( getControlPanel().isShowProperties() && node.getNodeData().isHasProperties() ) {
 654                 sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( propertiesToString( node ).toString() );
 655             }
 656             if ( getControlPanel().isShowBinaryCharacters() && node.getNodeData().isHasBinaryCharacters() ) {
 657                 sum += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getBinaryCharacters()
 658                         .getGainedCharactersAsStringBuffer().toString() );
 659             }
 660             if ( sum >= max_length ) {
 661                 setLongestExtNodeInfo( max_length );
 662                 return;
 663             }
 664             if ( sum > longest ) {
 665                 longest = sum;
 666             }
 667         }
 668         if ( longest >= max_length ) {
 669             setLongestExtNodeInfo( max_length );
 670         }
 671         else {
 672             setLongestExtNodeInfo( longest );
 673         }
 674     }
 675
 676     final void calculateScaleDistance() {
 677         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
 678             return;
 679         }
 680         final double height = getMaxDistanceToRoot();
 681         if ( height > 0 ) {
 682             if ( ( height <= 0.5 ) ) {
 683                 setScaleDistance( 0.01 );
 684             }
 685             else if ( height <= 5.0 ) {
 686                 setScaleDistance( 0.1 );
 687             }
 688             else if ( height <= 50.0 ) {
 689                 setScaleDistance( 1 );
 690             }
 691             else if ( height <= 500.0 ) {
 692                 setScaleDistance( 10 );
 693             }
 694             else {
 695                 setScaleDistance( 100 );
 696             }
 697         }
 698         else {
 699             setScaleDistance( 0.0 );
 700         }
 701         String scale_label = String.valueOf( getScaleDistance() );
 702         if ( !ForesterUtil.isEmpty( _phylogeny.getDistanceUnit() ) ) {
 703             scale_label += " [" + _phylogeny.getDistanceUnit() + "]";
 704         }
 705         setScaleLabel( scale_label );
 706     }
 707
 708     final Color calculateTaxonomyBasedColor( final Taxonomy tax ) {
 709         if ( getOptions().isColorByTaxonomicGroup() ) {
 710             if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 711                 boolean ex = false;
 712                 String group = null;
 713                 try {
 714                     group = TaxonomyUtil.getTaxGroupByTaxCode( tax.getTaxonomyCode() );
 715                 }
 716                 catch ( final Exception e ) {
 717                     ex = true;
 718                 }
 719                 if ( !ex && !ForesterUtil.isEmpty( group ) ) {
 720                     final Color c = ForesterUtil.obtainColorDependingOnTaxonomyGroup( group );
 721                     if ( c != null ) {
 722                         return c;
 723                     }
 724                 }
 725             }
 726             return getTreeColorSet().getTaxonomyColor();
 727         }
 728         else {
 729             if ( ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) && ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 730                 return getTreeColorSet().getTaxonomyColor();
 731             }
 732             Color c = null;
 733             if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 734                 c = getControlPanel().getSpeciesColors().get( tax.getTaxonomyCode() );
 735             }
 736             if ( ( c == null ) && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 737                 c = getControlPanel().getSpeciesColors().get( tax.getScientificName() );
 738             }
 739             if ( c == null ) {
 740                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 741                     c = TreePanelUtil.calculateColorFromString( tax.getTaxonomyCode(), true );
 742                     getControlPanel().getSpeciesColors().put( tax.getTaxonomyCode(), c );
 743                 }
 744                 else {
 745                     c = TreePanelUtil.calculateColorFromString( tax.getScientificName(), true );
 746                     getControlPanel().getSpeciesColors().put( tax.getScientificName(), c );
 747                 }
 748             }
 749             return c;
 750         }
 751     }
 752
 753     void checkForVectorProperties( final Phylogeny phy ) {
 754         final DescriptiveStatistics stats = new BasicDescriptiveStatistics();
 755         for( final PhylogenyNodeIterator iter = phy.iteratorPreorder(); iter.hasNext(); ) {
 756             final PhylogenyNode node = iter.next();
 757             if ( node.getNodeData().getProperties() != null ) {
 758                 final PropertiesMap pm = node.getNodeData().getProperties();
 759                 final double[] vector = new double[ pm.getProperties().size() ];
 760                 int counter = 0;
 761                 for( final String ref : pm.getProperties().keySet() ) {
 762                     if ( ref.startsWith( PhyloXmlUtil.VECTOR_PROPERTY_REF ) ) {
 763                         final Property p = pm.getProperty( ref );
 764                         final String value_str = p.getValue();
 765                         final String index_str = ref
 766                                 .substring( PhyloXmlUtil.VECTOR_PROPERTY_REF.length(), ref.length() );
 767                         double d = -100;
 768                         try {
 769                             d = Double.parseDouble( value_str );
 770                         }
 771                         catch ( final NumberFormatException e ) {
 772                             JOptionPane.showMessageDialog( this, "Could not parse \"" + value_str
 773                                     + "\" into a decimal value", "Problem with Vector Data", JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 774                             return;
 775                         }
 776                         int i = -1;
 777                         try {
 778                             i = Integer.parseInt( index_str );
 779                         }
 780                         catch ( final NumberFormatException e ) {
 781                             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 782                                                            "Could not parse \"" + index_str
 783                                                                    + "\" into index for vector data",
 784                                                            "Problem with Vector Data",
 785                                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 786                             return;
 787                         }
 788                         if ( i < 0 ) {
 789                             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 790                                                            "Attempt to use negative index for vector data",
 791                                                            "Problem with Vector Data",
 792                                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 793                             return;
 794                         }
 795                         vector[ i ] = d;
 796                         ++counter;
 797                         stats.addValue( d );
 798                     }
 799                 }
 800                 final List<Double> vector_l = new ArrayList<Double>( counter );
 801                 for( int i = 0; i < counter; ++i ) {
 802                     vector_l.add( vector[ i ] );
 803                 }
 804                 node.getNodeData().setVector( vector_l );
 805             }
 806         }
 807         if ( stats.getN() > 0 ) {
 808             _statistics_for_vector_data = stats;
 809         }
 810     }
 811
 812     void clearCurrentExternalNodesDataBuffer() {
 813         setCurrentExternalNodesDataBuffer( new StringBuilder() );
 814     }
 815
 816     /**
 817      * Collapse the tree from the given node
 818      *
 819      * @param node
 820      *            a PhylogenyNode
 821      */
 822     final void collapse( final PhylogenyNode node ) {
 823         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
 824             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 825                                            "Cannot collapse in unrooted display type",
 826                                            "Attempt to collapse in unrooted display",
 827                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 828             return;
 829         }
 830         if ( !node.isExternal() && !node.isRoot() ) {
 831             final boolean collapse = !node.isCollapse();
 832             TreePanelUtil.collapseSubtree( node, collapse );
 833             updateSetOfCollapsedExternalNodes();
 834             _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 835             resetNodeIdToDistToLeafMap();
 836             calculateLongestExtNodeInfo();
 837             setNodeInPreorderToNull();
 838             _control_panel.displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
 839             resetPreferredSize();
 840             updateOvSizes();
 841             _main_panel.adjustJScrollPane();
 842             repaint();
 843         }
 844     }
 845
 846     final void collapseSpeciesSpecificSubtrees() {
 847         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
 848             return;
 849         }
 850         setWaitCursor();
 851         TreePanelUtil.collapseSpeciesSpecificSubtrees( _phylogeny );
 852         updateSetOfCollapsedExternalNodes();
 853         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 854         resetNodeIdToDistToLeafMap();
 855         calculateLongestExtNodeInfo();
 856         setNodeInPreorderToNull();
 857         resetPreferredSize();
 858         _main_panel.adjustJScrollPane();
 859         setArrowCursor();
 860         repaint();
 861     }
 862
 863     final void colorRank( final String rank ) {
 864         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
 865             return;
 866         }
 867         setWaitCursor();
 868         AptxUtil.removeBranchColors( _phylogeny );
 869         final int colorizations = TreePanelUtil.colorPhylogenyAccordingToRanks( _phylogeny, rank, this );
 870         if ( colorizations > 0 ) {
 871             _control_panel.setColorBranches( true );
 872             if ( _control_panel.getUseVisualStylesCb() != null ) {
 873                 _control_panel.getUseVisualStylesCb().setSelected( true );
 874             }
 875             if ( _control_panel.getColorAccSpeciesCb() != null ) {
 876                 _control_panel.getColorAccSpeciesCb().setSelected( false );
 877             }
 878             _options.setColorLabelsSameAsParentBranch( true );
 879             _control_panel.repaint();
 880         }
 881         setArrowCursor();
 882         repaint();
 883         if ( colorizations > 0 ) {
 884             String msg = "Taxonomy colorization via " + rank + " completed:\n";
 885             if ( colorizations > 1 ) {
 886                 msg += "colorized " + colorizations + " subtrees";
 887             }
 888             else {
 889                 msg += "colorized one subtree";
 890             }
 891             setEdited( true );
 892             JOptionPane.showMessageDialog( this,
 893                                            msg,
 894                                            "Taxonomy Colorization Completed (" + rank + ")",
 895                                            JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE );
 896         }
 897         else {
 898             String msg = "Could not taxonomy colorize any subtree via " + rank + ".\n";
 899             msg += "Possible solutions (given that suitable taxonomic information is present):\n";
 900             msg += "select a different rank (e.g. phylum, genus, ...)\n";
 901             msg += "  and/or\n";
 902             msg += "execute:\n";
 903             msg += "1. \"" + MainFrameApplication.OBTAIN_DETAILED_TAXONOMIC_INFORMATION + "\" (Tools)\n";
 904             msg += "2. \"" + MainFrameApplication.INFER_ANCESTOR_TAXONOMIES + "\" (Analysis)";
 905             JOptionPane.showMessageDialog( this, msg, "Taxonomy Colorization Failed", JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 906         }
 907     }
 908
 909     final void confColor() {
 910         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
 911             return;
 912         }
 913         setWaitCursor();
 914         AptxUtil.removeBranchColors( _phylogeny );
 915         TreePanelUtil.colorPhylogenyAccordingToConfidenceValues( _phylogeny, this );
 916         _control_panel.setColorBranches( true );
 917         if ( _control_panel.getUseVisualStylesCb() != null ) {
 918             _control_panel.getUseVisualStylesCb().setSelected( true );
 919         }
 920         setArrowCursor();
 921         repaint();
 922     }
 923
 924     final void decreaseDomainStructureEvalueThreshold() {
 925         if ( _domain_structure_e_value_thr_exp > -20 ) {
 926             _domain_structure_e_value_thr_exp -= 1;
 927         }
 928     }
 929
 930     /**
 931      * Find the node, if any, at the given location
 932      *
 933      * @param x
 934      * @param y
 935      * @return pointer to the node at x,y, null if not found
 936      */
 937     final PhylogenyNode findNode( final int x, final int y ) {
 938         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
 939             return null;
 940         }
 941         final int half_box_size_plus_wiggle = ( getOptions().getDefaultNodeShapeSize() / 2 ) + WIGGLE;
 942         for( final PhylogenyNodeIterator iter = _phylogeny.iteratorPostorder(); iter.hasNext(); ) {
 943             final PhylogenyNode node = iter.next();
 944             if ( ( _phylogeny.isRooted() || !node.isRoot() || ( node.getNumberOfDescendants() > 2 ) )
 945                     && ( ( node.getXcoord() - half_box_size_plus_wiggle ) <= x )
 946                     && ( ( node.getXcoord() + half_box_size_plus_wiggle ) >= x )
 947                     && ( ( node.getYcoord() - half_box_size_plus_wiggle ) <= y )
 948                     && ( ( node.getYcoord() + half_box_size_plus_wiggle ) >= y ) ) {
 949                 return node;
 950             }
 951         }
 952         return null;
 953     }
 954
 955     final Configuration getConfiguration() {
 956         return _configuration;
 957     }
 958
 959     final ControlPanel getControlPanel() {
 960         return _control_panel;
 961     }
 962
 963     String getCurrentExternalNodesDataBufferAsString() {
 964         return _current_external_nodes_data_buffer.toString();
 965     }
 966
 967     int getCurrentExternalNodesDataBufferChangeCounter() {
 968         return _current_external_nodes_data_buffer_change_counter;
 969     }
 970
 971     final int getDomainStructureEvalueThreshold() {
 972         return _domain_structure_e_value_thr_exp;
 973     }
 974
 975     final Set<Long> getFoundNodes0() {
 976         return _found_nodes_0;
 977     }
 978
 979     final Set<Long> getFoundNodes1() {
 980         return _found_nodes_1;
 981     }
 982
 983     final Color getGraphicsForNodeBoxWithColorForParentBranch( final PhylogenyNode node ) {
 984         if ( getControlPanel().isUseVisualStyles() && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
 985             return ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) );
 986         }
 987         else {
 988             return ( getTreeColorSet().getBranchColor() );
 989         }
 990     }
 991
 992     final int getLongestExtNodeInfo() {
 993         return _longest_ext_node_info;
 994     }
 995
 996     final Options getOptions() {
 997         if ( _options == null ) {
 998             _options = getControlPanel().getOptions();
 999         }
1000         return _options;
1001     }
1002
1003     final Rectangle2D getOvRectangle() {
1004         return _ov_rectangle;
1005     }
1006
1007     final Rectangle getOvVirtualRectangle() {
1008         return _ov_virtual_rectangle;
1009     }
1010
1011     final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE getPhylogenyGraphicsType() {
1012         return _graphics_type;
1013     }
1014
1015     final double getStartingAngle() {
1016         return _urt_starting_angle;
1017     }
1018
1019     DescriptiveStatistics getStatisticsForExpressionValues() {
1020         return _statistics_for_vector_data;
1021     }
1022
1023     /**
1024      * Find a color for this species name.
1025      *
1026      * @param species
1027      * @return the species color
1028      */
1029     final Color getTaxonomyBasedColor( final PhylogenyNode node ) {
1030         if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
1031             return calculateTaxonomyBasedColor( node.getNodeData().getTaxonomy() );
1032         }
1033         // return non-colorized color
1034         return getTreeColorSet().getTaxonomyColor();
1035     }
1036
1037     /**
1038      * @return pointer to colorset for tree drawing
1039      */
1040     final TreeColorSet getTreeColorSet() {
1041         return getMainPanel().getTreeColorSet();
1042     }
1043
1044     final File getTreeFile() {
1045         return _treefile;
1046     }
1047
1048     final float getXcorrectionFactor() {
1049         return _x_correction_factor;
1050     }
1051
1052     final float getXdistance() {
1053         return _x_distance;
1054     }
1055
1056     final float getYdistance() {
1057         return _y_distance;
1058     }
1059
1060     final void increaseDomainStructureEvalueThreshold() {
1061         if ( _domain_structure_e_value_thr_exp < 3 ) {
1062             _domain_structure_e_value_thr_exp += 1;
1063         }
1064     }
1065
1066     final void initNodeData() {
1067         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
1068             return;
1069         }
1070         double max_original_domain_structure_width = 0.0;
1071         for( final PhylogenyNode node : _phylogeny.getExternalNodes() ) {
1072             if ( node.getNodeData().isHasSequence()
1073                     && ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() != null ) ) {
1074                 RenderableDomainArchitecture rds = null;
1075                 if ( !( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() instanceof RenderableDomainArchitecture ) ) {
1076                     rds = new RenderableDomainArchitecture( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture(),
1077                                                             getConfiguration() );
1078                     node.getNodeData().getSequence().setDomainArchitecture( rds );
1079                 }
1080                 else {
1081                     rds = ( RenderableDomainArchitecture ) node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture();
1082                 }
1083                 if ( getControlPanel().isShowDomainArchitectures() ) {
1084                     final double dsw = rds.getOriginalSize().getWidth();
1085                     if ( dsw > max_original_domain_structure_width ) {
1086                         max_original_domain_structure_width = dsw;
1087                     }
1088                 }
1089             }
1090         }
1091         if ( getControlPanel().isShowDomainArchitectures() ) {
1092             final double ds_factor_width = _domain_structure_width / max_original_domain_structure_width;
1093             for( final PhylogenyNode node : _phylogeny.getExternalNodes() ) {
1094                 if ( node.getNodeData().isHasSequence()
1095                         && ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() != null ) ) {
1096                     final RenderableDomainArchitecture rds = ( RenderableDomainArchitecture ) node.getNodeData()
1097                             .getSequence().getDomainArchitecture();
1098                     rds.setRenderingFactorWidth( ds_factor_width );
1099                     rds.setParameter( _domain_structure_e_value_thr_exp );
1100                 }
1101             }
1102         }
1103     }
1104
1105     final boolean inOv( final MouseEvent e ) {
1106         return ( ( e.getX() > ( getVisibleRect().x + getOvXPosition() + 1 ) )
1107                 && ( e.getX() < ( ( getVisibleRect().x + getOvXPosition() + getOvMaxWidth() ) - 1 ) )
1108                 && ( e.getY() > ( getVisibleRect().y + getOvYPosition() + 1 ) ) && ( e.getY() < ( ( getVisibleRect().y
1109                 + getOvYPosition() + getOvMaxHeight() ) - 1 ) ) );
1110     }
1111
1112     final boolean inOvRectangle( final MouseEvent e ) {
1113         return ( ( e.getX() >= ( getOvRectangle().getX() - 1 ) )
1114                 && ( e.getX() <= ( getOvRectangle().getX() + getOvRectangle().getWidth() + 1 ) )
1115                 && ( e.getY() >= ( getOvRectangle().getY() - 1 ) ) && ( e.getY() <= ( getOvRectangle().getY()
1116                 + getOvRectangle().getHeight() + 1 ) ) );
1117     }
1118
1119     final boolean isApplet() {
1120         return getMainPanel() instanceof MainPanelApplets;
1121     }
1122
1123     final boolean isCanCollapse() {
1124         return ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1125     }
1126
1127     final boolean isCanColorSubtree() {
1128         return ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
1129     }
1130
1131     final boolean isCanCopy() {
1132         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && getOptions().isEditable() );
1133     }
1134
1135     final boolean isCanCut( final PhylogenyNode node ) {
1136         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && getOptions().isEditable() && !node
1137                 .isRoot() );
1138     }
1139
1140     final boolean isCanDelete() {
1141         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && getOptions().isEditable() );
1142     }
1143
1144     final boolean isCanPaste() {
1145         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && getOptions().isEditable()
1146                 && ( getCutOrCopiedTree() != null ) && !getCutOrCopiedTree().isEmpty() );
1147     }
1148
1149     final boolean isCanReroot() {
1150         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && ( _subtree_index < 1 ) );
1151     }
1152
1153     final boolean isCanSubtree( final PhylogenyNode node ) {
1154         return ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) && !node.isExternal() && ( !node
1155                 .isRoot() || ( _subtree_index > 0 ) ) );
1156     }
1157
1158     final boolean isCurrentTreeIsSubtree() {
1159         return ( _subtree_index > 0 );
1160     }
1161
1162     final boolean isEdited() {
1163         return _edited;
1164     }
1165
1166     final boolean isInOvRect() {
1167         return _in_ov_rect;
1168     }
1169
1170     final boolean isOvOn() {
1171         return _ov_on;
1172     }
1173
1174     final boolean isPhyHasBranchLengths() {
1175         return _phy_has_branch_lengths;
1176     }
1177
1178     final void midpointRoot() {
1179         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
1180             return;
1181         }
1182         if ( !_phylogeny.isRerootable() ) {
1183             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1184                                            "This is not rerootable",
1185                                            "Not rerootable",
1186                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1187             return;
1188         }
1189         setNodeInPreorderToNull();
1190         setWaitCursor();
1191         PhylogenyMethods.midpointRoot( _phylogeny );
1192         resetNodeIdToDistToLeafMap();
1193         setArrowCursor();
1194         setEdited( true );
1195         repaint();
1196     }
1197
1198     final void mouseClicked( final MouseEvent e ) {
1199         if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && isInOv() ) {
1200             final double w_ratio = getVisibleRect().width / getOvRectangle().getWidth();
1201             final double h_ratio = getVisibleRect().height / getOvRectangle().getHeight();
1202             double x = ( e.getX() - getVisibleRect().x - getOvXPosition() - ( getOvRectangle().getWidth() / 2.0 ) )
1203                     * w_ratio;
1204             double y = ( e.getY() - getVisibleRect().y - getOvYPosition() - ( getOvRectangle().getHeight() / 2.0 ) )
1205                     * h_ratio;
1206             if ( x < 0 ) {
1207                 x = 0;
1208             }
1209             if ( y < 0 ) {
1210                 y = 0;
1211             }
1212             final double max_x = getWidth() - getVisibleRect().width;
1213             final double max_y = getHeight() - getVisibleRect().height;
1214             if ( x > max_x ) {
1215                 x = max_x;
1216             }
1217             if ( y > max_y ) {
1218                 y = max_y;
1219             }
1220             getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport()
1221                     .setViewPosition( new Point( ForesterUtil.roundToInt( x ), ForesterUtil.roundToInt( y ) ) );
1222             setInOvRect( true );
1223             repaint();
1224         }
1225         else {
1226             final PhylogenyNode node = findNode( e.getX(), e.getY() );
1227             if ( node != null ) {
1228                 if ( !node.isRoot() && node.getParent().isCollapse() ) {
1229                     return;
1230                 }
1231                 _highlight_node = node;
1232                 // Check if shift key is down
1233                 if ( ( e.getModifiers() & InputEvent.SHIFT_MASK ) != 0 ) {
1234                     // Yes, so add to _found_nodes
1235                     if ( getFoundNodes0() == null ) {
1236                         setFoundNodes0( new HashSet<Long>() );
1237                     }
1238                     getFoundNodes0().add( node.getId() );
1239                     // Check if control key is down
1240                 }
1241                 else if ( ( e.getModifiers() & InputEvent.CTRL_MASK ) != 0 ) {
1242                     // Yes, so pop-up menu
1243                     displayNodePopupMenu( node, e.getX(), e.getY() );
1244                     // Handle unadorned click
1245                 }
1246                 else {
1247                     // Check for right mouse button
1248                     if ( e.getModifiers() == 4 ) {
1249                         displayNodePopupMenu( node, e.getX(), e.getY() );
1250                     }
1251                     else {
1252                         // if not in _found_nodes, clear _found_nodes
1253                         handleClickToAction( _control_panel.getActionWhenNodeClicked(), node );
1254                     }
1255                 }
1256             }
1257             else {
1258                 // no node was clicked
1259                 _highlight_node = null;
1260             }
1261         }
1262         repaint();
1263     }
1264
1265     final void mouseDragInBrowserPanel( final MouseEvent e ) {
1266         setCursor( MOVE_CURSOR );
1267         final Point scroll_position = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getViewPosition();
1268         scroll_position.x -= ( e.getX() - getLastDragPointX() );
1269         scroll_position.y -= ( e.getY() - getLastDragPointY() );
1270         if ( scroll_position.x < 0 ) {
1271             scroll_position.x = 0;
1272         }
1273         else {
1274             final int max_x = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getMaximum()
1275                     - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getVisibleAmount();
1276             if ( scroll_position.x > max_x ) {
1277                 scroll_position.x = max_x;
1278             }
1279         }
1280         if ( scroll_position.y < 0 ) {
1281             scroll_position.y = 0;
1282         }
1283         else {
1284             final int max_y = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getMaximum()
1285                     - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getVisibleAmount();
1286             if ( scroll_position.y > max_y ) {
1287                 scroll_position.y = max_y;
1288             }
1289         }
1290         if ( isOvOn() || getOptions().isShowScale() ) {
1291             repaint();
1292         }
1293         getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().setViewPosition( scroll_position );
1294     }
1295
1296     final void mouseDragInOvRectangle( final MouseEvent e ) {
1297         setCursor( HAND_CURSOR );
1298         final double w_ratio = getVisibleRect().width / getOvRectangle().getWidth();
1299         final double h_ratio = getVisibleRect().height / getOvRectangle().getHeight();
1300         final Point scroll_position = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getViewPosition();
1301         double dx = ( ( w_ratio * e.getX() ) - ( w_ratio * getLastDragPointX() ) );
1302         double dy = ( ( h_ratio * e.getY() ) - ( h_ratio * getLastDragPointY() ) );
1303         scroll_position.x = ForesterUtil.roundToInt( scroll_position.x + dx );
1304         scroll_position.y = ForesterUtil.roundToInt( scroll_position.y + dy );
1305         if ( scroll_position.x <= 0 ) {
1306             scroll_position.x = 0;
1307             dx = 0;
1308         }
1309         else {
1310             final int max_x = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getMaximum()
1311                     - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getVisibleAmount();
1312             if ( scroll_position.x >= max_x ) {
1313                 dx = 0;
1314                 scroll_position.x = max_x;
1315             }
1316         }
1317         if ( scroll_position.y <= 0 ) {
1318             dy = 0;
1319             scroll_position.y = 0;
1320         }
1321         else {
1322             final int max_y = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getMaximum()
1323                     - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getVisibleAmount();
1324             if ( scroll_position.y >= max_y ) {
1325                 dy = 0;
1326                 scroll_position.y = max_y;
1327             }
1328         }
1329         repaint();
1330         getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().setViewPosition( scroll_position );
1331         setLastMouseDragPointX( ( float ) ( e.getX() + dx ) );
1332         setLastMouseDragPointY( ( float ) ( e.getY() + dy ) );
1333     }
1334
1335     final void mouseMoved( final MouseEvent e ) {
1336         requestFocusInWindow();
1337         if ( _current_external_nodes != null ) {
1338             _current_external_nodes = null;
1339             repaint();
1340         }
1341         if ( getControlPanel().isNodeDescPopup() ) {
1342             if ( _node_desc_popup != null ) {
1343                 _node_desc_popup.hide();
1344                 _node_desc_popup = null;
1345             }
1346         }
1347         if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() ) {
1348             if ( inOvVirtualRectangle( e ) ) {
1349                 if ( !isInOvRect() ) {
1350                     setInOvRect( true );
1351                     repaint();
1352                 }
1353             }
1354             else {
1355                 if ( isInOvRect() ) {
1356                     setInOvRect( false );
1357                     repaint();
1358                 }
1359             }
1360         }
1361         if ( inOv( e ) && getOptions().isShowOverview() && isOvOn() ) {
1362             if ( !isInOv() ) {
1363                 setInOv( true );
1364             }
1365         }
1366         else {
1367             if ( isInOv() ) {
1368                 setInOv( false );
1369             }
1370             final PhylogenyNode node = findNode( e.getX(), e.getY() );
1371             if ( ( node != null ) && ( node.isRoot() || !node.getParent().isCollapse() ) ) {
1372                 if ( ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.GET_EXT_DESC_DATA ) ) {
1373                     for( final PhylogenyNode n : node.getAllExternalDescendants() ) {
1374                         addToCurrentExternalNodes( n.getId() );
1375                     }
1376                     setCursor( HAND_CURSOR );
1377                     repaint();
1378                 }
1379                 else if ( ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.CUT_SUBTREE )
1380                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.COPY_SUBTREE )
1381                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.PASTE_SUBTREE )
1382                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.DELETE_NODE_OR_SUBTREE )
1383                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.REROOT )
1384                         || ( getControlPanel().getActionWhenNodeClicked() == NodeClickAction.ADD_NEW_NODE ) ) {
1385                     setCursor( CUT_CURSOR );
1386                 }
1387                 else {
1388                     setCursor( HAND_CURSOR );
1389                     if ( getControlPanel().isNodeDescPopup() ) {
1390                         showNodeDataPopup( e, node );
1391                     }
1392                 }
1393             }
1394             else {
1395                 setCursor( ARROW_CURSOR );
1396             }
1397         }
1398     }
1399
1400     final void mouseReleasedInBrowserPanel( final MouseEvent e ) {
1401         setCursor( ARROW_CURSOR );
1402     }
1403
1404     final void multiplyUrtFactor( final float f ) {
1405         _urt_factor *= f;
1406     }
1407
1408     final JApplet obtainApplet() {
1409         return ( ( MainPanelApplets ) getMainPanel() ).getApplet();
1410     }
1411
1412     final void paintBranchCircular( final PhylogenyNode p,
1413                                     final PhylogenyNode c,
1414                                     final Graphics2D g,
1415                                     final boolean radial_labels,
1416                                     final boolean to_pdf,
1417                                     final boolean to_graphics_file ) {
1418         final double angle = _urt_nodeid_angle_map.get( c.getId() );
1419         final double root_x = _root.getXcoord();
1420         final double root_y = _root.getYcoord();
1421         final double dx = root_x - p.getXcoord();
1422         final double dy = root_y - p.getYcoord();
1423         final double parent_radius = Math.sqrt( ( dx * dx ) + ( dy * dy ) );
1424         final double arc = ( _urt_nodeid_angle_map.get( p.getId() ) ) - angle;
1425         assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( c, false, g, to_pdf, to_graphics_file );
1426         if ( ( c.isFirstChildNode() || c.isLastChildNode() )
1427                 && ( ( Math.abs( parent_radius * arc ) > 1.5 ) || to_pdf || to_graphics_file ) ) {
1428             final double r2 = 2.0 * parent_radius;
1429             drawArc( root_x - parent_radius, root_y - parent_radius, r2, r2, ( -angle - arc ), arc, g );
1430         }
1431         drawLine( c.getXcoord(),
1432                   c.getYcoord(),
1433                   root_x + ( Math.cos( angle ) * parent_radius ),
1434                   root_y + ( Math.sin( angle ) * parent_radius ),
1435                   g );
1436         paintNodeBox( c.getXcoord(), c.getYcoord(), c, g, to_pdf, to_graphics_file );
1437         if ( c.isExternal() ) {
1438             final boolean is_in_found_nodes = isInFoundNodes0( c ) || isInFoundNodes1( c )
1439                     || isInCurrentExternalNodes( c );
1440             if ( ( _dynamic_hiding_factor > 1 ) && !is_in_found_nodes
1441                     && ( ( _urt_nodeid_index_map.get( c.getId() ) % _dynamic_hiding_factor ) != 1 ) ) {
1442                 return;
1443             }
1444             paintNodeDataUnrootedCirc( g, c, to_pdf, to_graphics_file, radial_labels, 0, is_in_found_nodes );
1445         }
1446     }
1447
1448     final void paintBranchCircularLite( final PhylogenyNode p, final PhylogenyNode c, final Graphics2D g ) {
1449         final double angle = _urt_nodeid_angle_map.get( c.getId() );
1450         final double root_x = _root.getXSecondary();
1451         final double root_y = _root.getYSecondary();
1452         final double dx = root_x - p.getXSecondary();
1453         final double dy = root_y - p.getYSecondary();
1454         final double arc = ( _urt_nodeid_angle_map.get( p.getId() ) ) - angle;
1455         final double parent_radius = Math.sqrt( ( dx * dx ) + ( dy * dy ) );
1456         g.setColor( getTreeColorSet().getOvColor() );
1457         if ( ( c.isFirstChildNode() || c.isLastChildNode() ) && ( Math.abs( arc ) > 0.02 ) ) {
1458             final double r2 = 2.0 * parent_radius;
1459             drawArc( root_x - parent_radius, root_y - parent_radius, r2, r2, ( -angle - arc ), arc, g );
1460         }
1461         drawLine( c.getXSecondary(),
1462                   c.getYSecondary(),
1463                   root_x + ( Math.cos( angle ) * parent_radius ),
1464                   root_y + ( Math.sin( angle ) * parent_radius ),
1465                   g );
1466         if ( isInFoundNodes( c ) || isInCurrentExternalNodes( c ) ) {
1467             g.setColor( getColorForFoundNode( c ) );
1468             drawRectFilled( c.getXSecondary() - OVERVIEW_FOUND_NODE_BOX_SIZE_HALF, c.getYSecondary()
1469                     - OVERVIEW_FOUND_NODE_BOX_SIZE_HALF, OVERVIEW_FOUND_NODE_BOX_SIZE, OVERVIEW_FOUND_NODE_BOX_SIZE, g );
1470         }
1471     }
1472
1473     final void paintCircular( final Phylogeny phy,
1474                               final double starting_angle,
1475                               final int center_x,
1476                               final int center_y,
1477                               final int radius,
1478                               final Graphics2D g,
1479                               final boolean to_pdf,
1480                               final boolean to_graphics_file ) {
1481         final int circ_num_ext_nodes = phy.getNumberOfExternalNodes() - _collapsed_external_nodeid_set.size();
1482         System.out.println( "# collapsed external = " + _collapsed_external_nodeid_set.size() );
1483         _root = phy.getRoot();
1484         _root.setXcoord( center_x );
1485         _root.setYcoord( center_y );
1486         final boolean radial_labels = getOptions().getNodeLabelDirection() == NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL;
1487         double current_angle = starting_angle;
1488         int i = 0;
1489         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorExternalForward(); it.hasNext(); ) {
1490             final PhylogenyNode n = it.next();
1491             if ( !n.isCollapse() ) {
1492                 n.setXcoord( ( float ) ( center_x + ( radius * Math.cos( current_angle ) ) ) );
1493                 n.setYcoord( ( float ) ( center_y + ( radius * Math.sin( current_angle ) ) ) );
1494                 _urt_nodeid_angle_map.put( n.getId(), current_angle );
1495                 _urt_nodeid_index_map.put( n.getId(), i++ );
1496                 current_angle += ( TWO_PI / circ_num_ext_nodes );
1497             }
1498             else {
1499                 //TODO remove me
1500                 System.out.println( "is collapse" + n.getName() );
1501             }
1502         }
1503         paintCirculars( phy.getRoot(), phy, center_x, center_y, radius, radial_labels, g, to_pdf, to_graphics_file );
1504         paintNodeBox( _root.getXcoord(), _root.getYcoord(), _root, g, to_pdf, to_graphics_file );
1505     }
1506
1507     final void paintCircularLite( final Phylogeny phy,
1508                                   final double starting_angle,
1509                                   final int center_x,
1510                                   final int center_y,
1511                                   final int radius,
1512                                   final Graphics2D g ) {
1513         final int circ_num_ext_nodes = phy.getNumberOfExternalNodes();
1514         _root = phy.getRoot();
1515         _root.setXSecondary( center_x );
1516         _root.setYSecondary( center_y );
1517         double current_angle = starting_angle;
1518         for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorExternalForward(); it.hasNext(); ) {
1519             final PhylogenyNode n = it.next();
1520             n.setXSecondary( ( float ) ( center_x + ( radius * Math.cos( current_angle ) ) ) );
1521             n.setYSecondary( ( float ) ( center_y + ( radius * Math.sin( current_angle ) ) ) );
1522             _urt_nodeid_angle_map.put( n.getId(), current_angle );
1523             current_angle += ( TWO_PI / circ_num_ext_nodes );
1524         }
1525         paintCircularsLite( phy.getRoot(), phy, center_x, center_y, radius, g );
1526     }
1527
1528     final void paintPhylogeny( final Graphics2D g,
1529                                final boolean to_pdf,
1530                                final boolean to_graphics_file,
1531                                final int graphics_file_width,
1532                                final int graphics_file_height,
1533                                final int graphics_file_x,
1534                                final int graphics_file_y ) {
1535         if ( ( _phylogeny == null ) || _phylogeny.isEmpty() ) {
1536             return;
1537         }
1538         if ( _control_panel.isShowSequenceRelations() ) {
1539             _query_sequence = _control_panel.getSelectedQuerySequence();
1540         }
1541         // Color the background
1542         if ( !to_pdf ) {
1543             final Rectangle r = getVisibleRect();
1544             if ( !getOptions().isBackgroundColorGradient() || getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
1545                 g.setColor( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
1546                 if ( !to_graphics_file ) {
1547                     g.fill( r );
1548                 }
1549                 else {
1550                     if ( getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
1551                         g.setColor( Color.WHITE );
1552                     }
1553                     g.fillRect( graphics_file_x, graphics_file_y, graphics_file_width, graphics_file_height );
1554                 }
1555             }
1556             else {
1557                 if ( !to_graphics_file ) {
1558                     g.setPaint( new GradientPaint( r.x, r.y, getTreeColorSet().getBackgroundColor(), r.x, r.y
1559                             + r.height, getTreeColorSet().getBackgroundColorGradientBottom() ) );
1560                     g.fill( r );
1561                 }
1562                 else {
1563                     g.setPaint( new GradientPaint( graphics_file_x,
1564                                                    graphics_file_y,
1565                                                    getTreeColorSet().getBackgroundColor(),
1566                                                    graphics_file_x,
1567                                                    graphics_file_y + graphics_file_height,
1568                                                    getTreeColorSet().getBackgroundColorGradientBottom() ) );
1569                     g.fillRect( graphics_file_x, graphics_file_y, graphics_file_width, graphics_file_height );
1570                 }
1571             }
1572             setupStroke( g );
1573         }
1574         else {
1575             g.setStroke( new BasicStroke( getOptions().getPrintLineWidth() ) );
1576         }
1577         if ( ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
1578                 && ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
1579             _external_node_index = 0;
1580             // Position starting X of tree
1581             if ( !_phylogeny.isRooted() /*|| ( _subtree_index > 0 )*/) {
1582                 _phylogeny.getRoot().setXcoord( TreePanel.MOVE );
1583             }
1584             else if ( ( _phylogeny.getRoot().getDistanceToParent() > 0.0 ) && getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
1585                 _phylogeny.getRoot().setXcoord( ( float ) ( TreePanel.MOVE + ( _phylogeny.getRoot()
1586                         .getDistanceToParent() * getXcorrectionFactor() ) ) );
1587             }
1588             else {
1589                 _phylogeny.getRoot().setXcoord( TreePanel.MOVE + getXdistance() );
1590             }
1591             // Position starting Y of tree
1592             _phylogeny.getRoot().setYcoord( ( getYdistance() * _phylogeny.getRoot().getNumberOfExternalNodes() )
1593                     + ( TreePanel.MOVE / 2.0f ) );
1594             final int dynamic_hiding_factor = calcDynamicHidingFactor();
1595             if ( getControlPanel().isDynamicallyHideData() ) {
1596                 if ( dynamic_hiding_factor > 1 ) {
1597                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( true );
1598                 }
1599                 else {
1600                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( false );
1601                 }
1602             }
1603             if ( _nodes_in_preorder == null ) {
1604                 _nodes_in_preorder = new PhylogenyNode[ _phylogeny.getNodeCount() ];
1605                 int i = 0;
1606                 for( final PhylogenyNodeIterator it = _phylogeny.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
1607                     _nodes_in_preorder[ i++ ] = it.next();
1608                 }
1609             }
1610             //final PhylogenyNodeIterator it;
1611             //for( it = _phylogeny.iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
1612             //    paintNodeRectangular( g, it.next(), to_pdf, getControlPanel().isDynamicallyHideData()
1613             //            && ( dynamic_hiding_factor > 1 ), dynamic_hiding_factor, to_graphics_file );
1614             //}
1615             for( final PhylogenyNode element : _nodes_in_preorder ) {
1616                 paintNodeRectangular( g, element, to_pdf, getControlPanel().isDynamicallyHideData()
1617                         && ( dynamic_hiding_factor > 1 ), dynamic_hiding_factor, to_graphics_file );
1618             }
1619             if ( getOptions().isShowScale() && getControlPanel().isDrawPhylogram() && ( getScaleDistance() > 0.0 ) ) {
1620                 if ( !( to_graphics_file || to_pdf ) ) {
1621                     paintScale( g,
1622                                 getVisibleRect().x,
1623                                 getVisibleRect().y + getVisibleRect().height,
1624                                 to_pdf,
1625                                 to_graphics_file );
1626                 }
1627                 else {
1628                     paintScale( g, graphics_file_x, graphics_file_y + graphics_file_height, to_pdf, to_graphics_file );
1629                 }
1630             }
1631             if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
1632                 paintPhylogenyLite( g );
1633             }
1634         }
1635         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
1636             if ( getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
1637                 getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( false );
1638             }
1639             final double angle = getStartingAngle();
1640             final boolean radial_labels = getOptions().getNodeLabelDirection() == NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL;
1641             _dynamic_hiding_factor = 0;
1642             if ( getControlPanel().isDynamicallyHideData() ) {
1643                 _dynamic_hiding_factor = ( int ) ( ( getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() * 1.5 * getPhylogeny()
1644                         .getNumberOfExternalNodes() ) / ( TWO_PI * 10 ) );
1645             }
1646             if ( getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
1647                 if ( _dynamic_hiding_factor > 1 ) {
1648                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( true );
1649                 }
1650                 else {
1651                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( false );
1652                 }
1653             }
1654             paintUnrooted( _phylogeny.getRoot(),
1655                            angle,
1656                            ( float ) ( angle + ( 2 * Math.PI ) ),
1657                            radial_labels,
1658                            g,
1659                            to_pdf,
1660                            to_graphics_file );
1661             if ( getOptions().isShowScale() ) {
1662                 if ( !( to_graphics_file || to_pdf ) ) {
1663                     paintScale( g,
1664                                 getVisibleRect().x,
1665                                 getVisibleRect().y + getVisibleRect().height,
1666                                 to_pdf,
1667                                 to_graphics_file );
1668                 }
1669                 else {
1670                     paintScale( g, graphics_file_x, graphics_file_y + graphics_file_height, to_pdf, to_graphics_file );
1671                 }
1672             }
1673             if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
1674                 g.setColor( getTreeColorSet().getOvColor() );
1675                 paintUnrootedLite( _phylogeny.getRoot(),
1676                                    angle,
1677                                    angle + ( 2 * Math.PI ),
1678                                    g,
1679                                    ( getUrtFactorOv() / ( getVisibleRect().width / getOvMaxWidth() ) ) );
1680                 paintOvRectangle( g );
1681             }
1682         }
1683         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1684             final int radius = ( int ) ( ( Math.min( getPreferredSize().getWidth(), getPreferredSize().getHeight() ) / 2 ) - ( MOVE + getLongestExtNodeInfo() ) );
1685             final int d = radius + MOVE + getLongestExtNodeInfo();
1686             _dynamic_hiding_factor = 0;
1687             if ( getControlPanel().isDynamicallyHideData() && ( radius > 0 ) ) {
1688                 _dynamic_hiding_factor = ( int ) ( ( getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() * 1.5 * getPhylogeny()
1689                         .getNumberOfExternalNodes() ) / ( TWO_PI * radius ) );
1690             }
1691             if ( getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
1692                 if ( _dynamic_hiding_factor > 1 ) {
1693                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( true );
1694                 }
1695                 else {
1696                     getControlPanel().setDynamicHidingIsOn( false );
1697                 }
1698             }
1699             paintCircular( _phylogeny, getStartingAngle(), d, d, radius > 0 ? radius : 0, g, to_pdf, to_graphics_file );
1700             if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
1701                 final int radius_ov = ( int ) ( getOvMaxHeight() < getOvMaxWidth() ? getOvMaxHeight() / 2
1702                         : getOvMaxWidth() / 2 );
1703                 double x_scale = 1.0;
1704                 double y_scale = 1.0;
1705                 int x_pos = getVisibleRect().x + getOvXPosition();
1706                 int y_pos = getVisibleRect().y + getOvYPosition();
1707                 if ( getWidth() > getHeight() ) {
1708                     x_scale = ( double ) getHeight() / getWidth();
1709                     x_pos = ForesterUtil.roundToInt( x_pos / x_scale );
1710                 }
1711                 else {
1712                     y_scale = ( double ) getWidth() / getHeight();
1713                     y_pos = ForesterUtil.roundToInt( y_pos / y_scale );
1714                 }
1715                 _at = g.getTransform();
1716                 g.scale( x_scale, y_scale );
1717                 paintCircularLite( _phylogeny,
1718                                    getStartingAngle(),
1719                                    x_pos + radius_ov,
1720                                    y_pos + radius_ov,
1721                                    ( int ) ( radius_ov - ( getLongestExtNodeInfo() / ( getVisibleRect().width / getOvRectangle()
1722                                            .getWidth() ) ) ),
1723                                    g );
1724                 g.setTransform( _at );
1725                 paintOvRectangle( g );
1726             }
1727         }
1728     }
1729
1730     final void recalculateMaxDistanceToRoot() {
1731         _max_distance_to_root = PhylogenyMethods.calculateMaxDistanceToRoot( getPhylogeny() );
1732     }
1733
1734     /**
1735      * Remove all edit-node frames
1736      */
1737     final void removeAllEditNodeJFrames() {
1738         for( int i = 0; i <= ( TreePanel.MAX_NODE_FRAMES - 1 ); i++ ) {
1739             if ( _node_frames[ i ] != null ) {
1740                 _node_frames[ i ].dispose();
1741                 _node_frames[ i ] = null;
1742             }
1743         }
1744         _node_frame_index = 0;
1745     }
1746
1747     /**
1748      * Remove a node-edit frame.
1749      */
1750     final void removeEditNodeFrame( final int i ) {
1751         _node_frame_index--;
1752         _node_frames[ i ] = null;
1753         if ( i < _node_frame_index ) {
1754             for( int j = 0; j < ( _node_frame_index - 1 ); j++ ) {
1755                 _node_frames[ j ] = _node_frames[ j + 1 ];
1756             }
1757             _node_frames[ _node_frame_index ] = null;
1758         }
1759     }
1760
1761     final void reRoot( final PhylogenyNode node ) {
1762         if ( !getPhylogeny().isRerootable() ) {
1763             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1764                                            "This is not rerootable",
1765                                            "Not rerootable",
1766                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1767             return;
1768         }
1769         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
1770             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1771                                            "Cannot reroot in unrooted display type",
1772                                            "Attempt to reroot tree in unrooted display",
1773                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1774             return;
1775         }
1776         getPhylogeny().reRoot( node );
1777         getPhylogeny().recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
1778         resetNodeIdToDistToLeafMap();
1779         setNodeInPreorderToNull();
1780         resetPreferredSize();
1781         getMainPanel().adjustJScrollPane();
1782         setEdited( true );
1783         repaint();
1784         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
1785             getControlPanel().showWhole();
1786         }
1787     }
1788
1789     final void resetNodeIdToDistToLeafMap() {
1790         _nodeid_dist_to_leaf = new HashMap<Long, Short>();
1791     }
1792
1793     final void resetPreferredSize() {
1794         if ( ( getPhylogeny() == null ) || getPhylogeny().isEmpty() ) {
1795             return;
1796         }
1797         int x = 0;
1798         int y = 0;
1799         y = TreePanel.MOVE
1800                 + ForesterUtil.roundToInt( getYdistance() * getPhylogeny().getRoot().getNumberOfExternalNodes() * 2 );
1801         if ( getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
1802             x = TreePanel.MOVE
1803                     + getLongestExtNodeInfo()
1804                     + ForesterUtil
1805                             .roundToInt( ( getXcorrectionFactor() * getPhylogeny().getHeight() ) + getXdistance() );
1806         }
1807         else {
1808             if ( !isNonLinedUpCladogram() && !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
1809                 x = TreePanel.MOVE
1810                         + getLongestExtNodeInfo()
1811                         + ForesterUtil.roundToInt( getXdistance()
1812                                 * ( getPhylogeny().getRoot().getNumberOfExternalNodes() + 2 ) );
1813             }
1814             else {
1815                 x = TreePanel.MOVE
1816                         + getLongestExtNodeInfo()
1817                         + ForesterUtil.roundToInt( getXdistance()
1818                                 * ( PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( getPhylogeny() ) + 1 ) );
1819             }
1820         }
1821         setPreferredSize( new Dimension( x, y ) );
1822     }
1823
1824     final void selectNode( final PhylogenyNode node ) {
1825         if ( ( getFoundNodes0() != null ) && getFoundNodes0().contains( node.getId() ) ) {
1826             getFoundNodes0().remove( node.getId() );
1827             getControlPanel().setSearchFoundCountsOnLabel0( getFoundNodes0().size() );
1828             if ( getFoundNodes0().size() < 1 ) {
1829                 getControlPanel().searchReset0();
1830             }
1831         }
1832         else {
1833             getControlPanel().getSearchFoundCountsLabel0().setVisible( true );
1834             getControlPanel().getSearchResetButton0().setEnabled( true );
1835             getControlPanel().getSearchResetButton0().setVisible( true );
1836             if ( getFoundNodes0() == null ) {
1837                 setFoundNodes0( new HashSet<Long>() );
1838             }
1839             getFoundNodes0().add( node.getId() );
1840             getControlPanel().setSearchFoundCountsOnLabel0( getFoundNodes0().size() );
1841         }
1842     }
1843
1844     final void setArrowCursor() {
1845         setCursor( ARROW_CURSOR );
1846         repaint();
1847     }
1848
1849     final void setControlPanel( final ControlPanel atv_control ) {
1850         _control_panel = atv_control;
1851     }
1852
1853     void setCurrentExternalNodesDataBuffer( final StringBuilder sb ) {
1854         increaseCurrentExternalNodesDataBufferChangeCounter();
1855         _current_external_nodes_data_buffer = sb;
1856     }
1857
1858     final void setFoundNodes0( final Set<Long> found_nodes ) {
1859         _found_nodes_0 = found_nodes;
1860     }
1861
1862     final void setFoundNodes1( final Set<Long> found_nodes ) {
1863         _found_nodes_1 = found_nodes;
1864     }
1865
1866     final void setInOvRect( final boolean in_ov_rect ) {
1867         _in_ov_rect = in_ov_rect;
1868     }
1869
1870     final void setLargeFonts() {
1871         getTreeFontSet().largeFonts();
1872     }
1873
1874     final void setLastMouseDragPointX( final float x ) {
1875         _last_drag_point_x = x;
1876     }
1877
1878     final void setLastMouseDragPointY( final float y ) {
1879         _last_drag_point_y = y;
1880     }
1881
1882     final void setLongestExtNodeInfo( final int i ) {
1883         _longest_ext_node_info = i;
1884     }
1885
1886     final void setMediumFonts() {
1887         getTreeFontSet().mediumFonts();
1888     }
1889
1890     final void setNodeInPreorderToNull() {
1891         _nodes_in_preorder = null;
1892     }
1893
1894     final void setOvOn( final boolean ov_on ) {
1895         _ov_on = ov_on;
1896     }
1897
1898     final void setPhylogenyGraphicsType( final PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE graphics_type ) {
1899         _graphics_type = graphics_type;
1900         setTextAntialias();
1901     }
1902
1903     final void setSmallFonts() {
1904         getTreeFontSet().smallFonts();
1905     }
1906
1907     final void setStartingAngle( final double starting_angle ) {
1908         _urt_starting_angle = starting_angle;
1909     }
1910
1911     void setStatisticsForExpressionValues( final DescriptiveStatistics statistics_for_expression_values ) {
1912         _statistics_for_vector_data = statistics_for_expression_values;
1913     }
1914
1915     final void setSuperTinyFonts() {
1916         getTreeFontSet().superTinyFonts();
1917     }
1918
1919     final void setTextAntialias() {
1920         if ( ( _phylogeny != null ) && !_phylogeny.isEmpty() ) {
1921             if ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() <= LIMIT_FOR_HQ_RENDERING ) {
1922                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_RENDERING, RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY );
1923             }
1924             else {
1925                 _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_RENDERING, RenderingHints.VALUE_RENDER_SPEED );
1926             }
1927         }
1928         if ( getMainPanel().getOptions().isAntialiasScreen() ) {
1929             _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
1930             // try {
1931             _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_LCD_HRGB );
1932             // }
1933             // catch ( final Throwable e ) {
1934             //    _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON );
1935             //}
1936         }
1937         else {
1938             _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_OFF );
1939             _rendering_hints.put( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF );
1940         }
1941     }
1942
1943     final void setTinyFonts() {
1944         getTreeFontSet().tinyFonts();
1945     }
1946
1947     final void setTreeFile( final File treefile ) {
1948         _treefile = treefile;
1949     }
1950
1951     final void setXcorrectionFactor( final float f ) {
1952         _x_correction_factor = f;
1953     }
1954
1955     final void setXdistance( final float x ) {
1956         _x_distance = x;
1957     }
1958
1959     final void setYdistance( final float y ) {
1960         _y_distance = y;
1961     }
1962
1963     final void sortDescendants( final PhylogenyNode node ) {
1964         if ( !node.isExternal() ) {
1965             DESCENDANT_SORT_PRIORITY pri = DESCENDANT_SORT_PRIORITY.TAXONOMY;
1966             if ( ( !getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames() && !getControlPanel().isShowTaxonomyCode() && !getControlPanel()
1967                     .isShowTaxonomyCommonNames() ) ) {
1968                 if ( ( getControlPanel().isShowSequenceAcc() || getControlPanel().isShowSeqNames() || getControlPanel()
1969                         .isShowSeqSymbols() ) ) {
1970                     pri = DESCENDANT_SORT_PRIORITY.SEQUENCE;
1971                 }
1972                 else if ( getControlPanel().isShowNodeNames() ) {
1973                     pri = DESCENDANT_SORT_PRIORITY.NODE_NAME;
1974                 }
1975             }
1976             PhylogenyMethods.sortNodeDescendents( node, pri );
1977             setNodeInPreorderToNull();
1978             _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
1979             _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
1980             _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
1981             resetNodeIdToDistToLeafMap();
1982             setEdited( true );
1983         }
1984         repaint();
1985     }
1986
1987     final void subTree( final PhylogenyNode node ) {
1988         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
1989             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1990                                            "Cannot get a sub/super tree in unrooted display",
1991                                            "Attempt to get sub/super tree in unrooted display",
1992                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
1993             return;
1994         }
1995         if ( node.isExternal() ) {
1996             JOptionPane.showMessageDialog( this,
1997                                            "Cannot get a subtree of a external node",
1998                                            "Attempt to get subtree of external node",
1999                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
2000             return;
2001         }
2002         if ( node.isRoot() && !isCurrentTreeIsSubtree() ) {
2003             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2004                                            "Cannot get a subtree of the root node",
2005                                            "Attempt to get subtree of root node",
2006                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
2007             return;
2008         }
2009         setNodeInPreorderToNull();
2010         if ( !node.isExternal() && !node.isRoot() && ( _subtree_index <= ( TreePanel.MAX_SUBTREES - 1 ) ) ) {
2011             _sub_phylogenies[ _subtree_index ] = _phylogeny;
2012             _sub_phylogenies_temp_roots[ _subtree_index ] = node;
2013             ++_subtree_index;
2014             _phylogeny = TreePanelUtil.subTree( node, _phylogeny );
2015             updateSubSuperTreeButton();
2016         }
2017         else if ( node.isRoot() && isCurrentTreeIsSubtree() ) {
2018             superTree();
2019         }
2020         _main_panel.getControlPanel().showWhole();
2021         repaint();
2022     }
2023
2024     final void superTree() {
2025         setNodeInPreorderToNull();
2026         final PhylogenyNode temp_root = _sub_phylogenies_temp_roots[ _subtree_index - 1 ];
2027         for( final PhylogenyNode n : temp_root.getDescendants() ) {
2028             n.setParent( temp_root );
2029         }
2030         _sub_phylogenies[ _subtree_index ] = null;
2031         _sub_phylogenies_temp_roots[ _subtree_index ] = null;
2032         _phylogeny = _sub_phylogenies[ --_subtree_index ];
2033         updateSubSuperTreeButton();
2034     }
2035
2036     final void swap( final PhylogenyNode node ) {
2037         if ( node.isExternal() || ( node.getNumberOfDescendants() < 2 ) ) {
2038             return;
2039         }
2040         if ( node.getNumberOfDescendants() > 2 ) {
2041             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2042                                            "Cannot swap descendants of nodes with more than 2 descendants",
2043                                            "Cannot swap descendants",
2044                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2045             return;
2046         }
2047         if ( !node.isExternal() ) {
2048             node.swapChildren();
2049             setNodeInPreorderToNull();
2050             _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
2051             _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
2052             _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
2053             resetNodeIdToDistToLeafMap();
2054             setEdited( true );
2055         }
2056         repaint();
2057     }
2058
2059     final void taxColor() {
2060         if ( ( _phylogeny == null ) || ( _phylogeny.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
2061             return;
2062         }
2063         setWaitCursor();
2064         TreePanelUtil.colorPhylogenyAccordingToExternalTaxonomy( _phylogeny, this );
2065         _control_panel.setColorBranches( true );
2066         if ( _control_panel.getUseVisualStylesCb() != null ) {
2067             _control_panel.getUseVisualStylesCb().setSelected( true );
2068         }
2069         setEdited( true );
2070         setArrowCursor();
2071         repaint();
2072     }
2073
2074     final void updateOvSettings() {
2075         switch ( getOptions().getOvPlacement() ) {
2076             case LOWER_LEFT:
2077                 setOvXPosition( OV_BORDER );
2078                 setOvYPosition( ForesterUtil.roundToInt( getVisibleRect().height - OV_BORDER - getOvMaxHeight() ) );
2079                 setOvYStart( ForesterUtil.roundToInt( getOvYPosition() + ( getOvMaxHeight() / 2 ) ) );
2080                 break;
2081             case LOWER_RIGHT:
2082                 setOvXPosition( ForesterUtil.roundToInt( getVisibleRect().width - OV_BORDER - getOvMaxWidth() ) );
2083                 setOvYPosition( ForesterUtil.roundToInt( getVisibleRect().height - OV_BORDER - getOvMaxHeight() ) );
2084                 setOvYStart( ForesterUtil.roundToInt( getOvYPosition() + ( getOvMaxHeight() / 2 ) ) );
2085                 break;
2086             case UPPER_RIGHT:
2087                 setOvXPosition( ForesterUtil.roundToInt( getVisibleRect().width - OV_BORDER - getOvMaxWidth() ) );
2088                 setOvYPosition( OV_BORDER );
2089                 setOvYStart( ForesterUtil.roundToInt( OV_BORDER + ( getOvMaxHeight() / 2 ) ) );
2090                 break;
2091             default:
2092                 setOvXPosition( OV_BORDER );
2093                 setOvYPosition( OV_BORDER );
2094                 setOvYStart( ForesterUtil.roundToInt( OV_BORDER + ( getOvMaxHeight() / 2 ) ) );
2095                 break;
2096         }
2097     }
2098
2099     final void updateOvSizes() {
2100         if ( ( getWidth() > ( 1.05 * getVisibleRect().width ) ) || ( getHeight() > ( 1.05 * getVisibleRect().height ) ) ) {
2101             setOvOn( true );
2102             float l = getLongestExtNodeInfo();
2103             final float w_ratio = getOvMaxWidth() / getWidth();
2104             l *= w_ratio;
2105             final int ext_nodes = _phylogeny.getRoot().getNumberOfExternalNodes();
2106             setOvYDistance( getOvMaxHeight() / ( 2 * ext_nodes ) );
2107             float ov_xdist = 0;
2108             if ( !isNonLinedUpCladogram() && !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
2109                 ov_xdist = ( ( getOvMaxWidth() - l ) / ( ext_nodes ) );
2110             }
2111             else {
2112                 ov_xdist = ( ( getOvMaxWidth() - l ) / ( PhylogenyMethods.calculateMaxDepth( _phylogeny ) ) );
2113             }
2114             float ydist = ( float ) ( ( getOvMaxWidth() / ( ext_nodes * 2.0 ) ) );
2115             if ( ov_xdist < 0.0 ) {
2116                 ov_xdist = 0.0f;
2117             }
2118             if ( ydist < 0.0 ) {
2119                 ydist = 0.0f;
2120             }
2121             setOvXDistance( ov_xdist );
2122             final double height = _phylogeny.getHeight();
2123             if ( height > 0 ) {
2124                 final float ov_corr = ( float ) ( ( ( getOvMaxWidth() - l ) - getOvXDistance() ) / height );
2125                 setOvXcorrectionFactor( ov_corr > 0 ? ov_corr : 0 );
2126             }
2127             else {
2128                 setOvXcorrectionFactor( 0 );
2129             }
2130         }
2131         else {
2132             setOvOn( false );
2133         }
2134     }
2135
2136     void updateSetOfCollapsedExternalNodes() {
2137         final Phylogeny phy = getPhylogeny();
2138         _collapsed_external_nodeid_set.clear();
2139         if ( phy != null ) {
2140             E: for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorExternalForward(); it.hasNext(); ) {
2141                 final PhylogenyNode ext_node = it.next();
2142                 PhylogenyNode n = ext_node;
2143                 while ( !n.isRoot() ) {
2144                     if ( n.isCollapse() ) {
2145                         _collapsed_external_nodeid_set.add( ext_node.getId() );
2146                         ext_node.setCollapse( true );
2147                         continue E;
2148                     }
2149                     n = n.getParent();
2150                 }
2151             }
2152         }
2153     }
2154
2155     final void updateSubSuperTreeButton() {
2156         if ( _subtree_index < 1 ) {
2157             getControlPanel().deactivateButtonToReturnToSuperTree();
2158         }
2159         else {
2160             getControlPanel().activateButtonToReturnToSuperTree( _subtree_index );
2161         }
2162     }
2163
2164     final void zoomInDomainStructure() {
2165         if ( _domain_structure_width < 2000 ) {
2166             _domain_structure_width *= 1.2;
2167         }
2168     }
2169
2170     final void zoomOutDomainStructure() {
2171         if ( _domain_structure_width > 20 ) {
2172             _domain_structure_width *= 0.8;
2173         }
2174     }
2175
2176     private void abbreviateScientificName( final String sn ) {
2177         final String[] a = sn.split( "\\s+" );
2178         _sb.append( a[ 0 ].substring( 0, 1 ) );
2179         _sb.append( a[ 1 ].substring( 0, 2 ) );
2180         if ( a.length > 2 ) {
2181             for( int i = 2; i < a.length; i++ ) {
2182                 _sb.append( " " );
2183                 _sb.append( a[ i ] );
2184             }
2185         }
2186     }
2187
2188     final private void addEmptyNode( final PhylogenyNode node ) {
2189         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2190             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
2191             return;
2192         }
2193         final String label = createASimpleTextRepresentationOfANode( node );
2194         String msg = "";
2195         if ( ForesterUtil.isEmpty( label ) ) {
2196             msg = "How to add the new, empty node?";
2197         }
2198         else {
2199             msg = "How to add the new, empty node to node" + label + "?";
2200         }
2201         final Object[] options = { "As sibling", "As descendant", "Cancel" };
2202         final int r = JOptionPane.showOptionDialog( this,
2203                                                     msg,
2204                                                     "Addition of Empty New Node",
2205                                                     JOptionPane.CLOSED_OPTION,
2206                                                     JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
2207                                                     null,
2208                                                     options,
2209                                                     options[ 2 ] );
2210         boolean add_as_sibling = true;
2211         if ( r == 1 ) {
2212             add_as_sibling = false;
2213         }
2214         else if ( r != 0 ) {
2215             return;
2216         }
2217         final Phylogeny phy = new Phylogeny();
2218         phy.setRoot( new PhylogenyNode() );
2219         phy.setRooted( true );
2220         if ( add_as_sibling ) {
2221             if ( node.isRoot() ) {
2222                 JOptionPane.showMessageDialog( this,
2223                                                "Cannot add sibling to root",
2224                                                "Attempt to add sibling to root",
2225                                                JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2226                 return;
2227             }
2228             phy.addAsSibling( node );
2229         }
2230         else {
2231             phy.addAsChild( node );
2232         }
2233         setNodeInPreorderToNull();
2234         _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
2235         _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
2236         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
2237         resetNodeIdToDistToLeafMap();
2238         setEdited( true );
2239         repaint();
2240     }
2241
2242     final private void addToCurrentExternalNodes( final long i ) {
2243         if ( _current_external_nodes == null ) {
2244             _current_external_nodes = new HashSet<Long>();
2245         }
2246         _current_external_nodes.add( i );
2247     }
2248
2249     final private void assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( final PhylogenyNode node,
2250                                                                         final boolean is_vertical,
2251                                                                         final Graphics g,
2252                                                                         final boolean to_pdf,
2253                                                                         final boolean to_graphics_file ) {
2254         final NodeClickAction action = _control_panel.getActionWhenNodeClicked();
2255         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
2256             g.setColor( Color.BLACK );
2257         }
2258         else if ( ( ( action == NodeClickAction.COPY_SUBTREE ) || ( action == NodeClickAction.CUT_SUBTREE )
2259                 || ( action == NodeClickAction.DELETE_NODE_OR_SUBTREE ) || ( action == NodeClickAction.PASTE_SUBTREE ) || ( action == NodeClickAction.ADD_NEW_NODE ) )
2260                 && ( getCutOrCopiedTree() != null )
2261                 && ( getCopiedAndPastedNodes() != null )
2262                 && !to_pdf
2263                 && !to_graphics_file && getCopiedAndPastedNodes().contains( node.getId() ) ) {
2264             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor0() );
2265         }
2266         else if ( getControlPanel().isUseVisualStyles() && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
2267             g.setColor( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) );
2268         }
2269         else if ( to_pdf ) {
2270             g.setColor( getTreeColorSet().getBranchColorForPdf() );
2271         }
2272         else {
2273             g.setColor( getTreeColorSet().getBranchColor() );
2274         }
2275     }
2276
2277     final private void blast( final PhylogenyNode node ) {
2278         if ( !isCanBlast( node ) ) {
2279             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2280                                            "Insufficient information present",
2281                                            "Cannot Blast",
2282                                            JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE );
2283             return;
2284         }
2285         else {
2286             final String query = Blast.obtainQueryForBlast( node );
2287             System.out.println( "query for BLAST is: " + query );
2288             char type = '?';
2289             if ( !ForesterUtil.isEmpty( query ) ) {
2290                 if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
2291                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getType() ) ) {
2292                         if ( node.getNodeData().getSequence().getType().toLowerCase()
2293                                 .equals( PhyloXmlUtil.SEQ_TYPE_PROTEIN ) ) {
2294                             type = 'p';
2295                         }
2296                         else {
2297                             type = 'n';
2298                         }
2299                     }
2300                     else if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
2301                         if ( ForesterUtil.seqIsLikelyToBeAa( node.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
2302                             type = 'p';
2303                         }
2304                         else {
2305                             type = 'n';
2306                         }
2307                     }
2308                 }
2309                 if ( type == '?' ) {
2310                     if ( SequenceAccessionTools.isProteinDbQuery( query ) ) {
2311                         type = 'p';
2312                     }
2313                     else {
2314                         type = 'n';
2315                     }
2316                 }
2317                 JApplet applet = null;
2318                 if ( isApplet() ) {
2319                     applet = obtainApplet();
2320                 }
2321                 try {
2322                     Blast.openNcbiBlastWeb( query, type == 'n', applet, this );
2323                 }
2324                 catch ( final Exception e ) {
2325                     e.printStackTrace();
2326                 }
2327                 if ( Constants.ALLOW_DDBJ_BLAST ) {
2328                     try {
2329                         System.out.println( "trying: " + query );
2330                         final Blast s = new Blast();
2331                         s.ddbjBlast( query );
2332                     }
2333                     catch ( final Exception e ) {
2334                         e.printStackTrace();
2335                     }
2336                 }
2337             }
2338         }
2339     }
2340
2341     private final int calcDynamicHidingFactor() {
2342         return ( int ) ( 0.5 + ( getTreeFontSet()._fm_large.getHeight() / ( 1.5 * getYdistance() ) ) );
2343     }
2344
2345     /**
2346      * Calculate the length of the distance between the given node and its
2347      * parent.
2348      *
2349      * @param node
2350      * @param ext_node_x
2351      * @factor
2352      * @return the distance value
2353      */
2354     final private float calculateBranchLengthToParent( final PhylogenyNode node, final float factor ) {
2355         if ( getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
2356             if ( node.getDistanceToParent() < 0.0 ) {
2357                 return 0.0f;
2358             }
2359             return ( float ) ( getXcorrectionFactor() * node.getDistanceToParent() );
2360         }
2361         else {
2362             if ( ( factor == 0 ) || isNonLinedUpCladogram() ) {
2363                 return getXdistance();
2364             }
2365             return getXdistance() * factor;
2366         }
2367     }
2368
2369     final private Color calculateColorForAnnotation( final SortedSet<Annotation> ann ) {
2370         Color c = getTreeColorSet().getAnnotationColor();
2371         if ( getControlPanel().isColorAccordingToAnnotation() && ( getControlPanel().getAnnotationColors() != null ) ) {
2372             final StringBuilder sb = new StringBuilder();
2373             for( final Annotation a : ann ) {
2374                 sb.append( !ForesterUtil.isEmpty( a.getRefValue() ) ? a.getRefValue() : a.getDesc() );
2375             }
2376             final String ann_str = sb.toString();
2377             if ( !ForesterUtil.isEmpty( ann_str ) ) {
2378                 c = getControlPanel().getAnnotationColors().get( ann_str );
2379                 if ( c == null ) {
2380                     c = TreePanelUtil.calculateColorFromString( ann_str, false );
2381                     getControlPanel().getAnnotationColors().put( ann_str, c );
2382                 }
2383                 if ( c == null ) {
2384                     c = getTreeColorSet().getAnnotationColor();
2385                 }
2386             }
2387         }
2388         return c;
2389     }
2390
2391     final private float calculateOvBranchLengthToParent( final PhylogenyNode node, final int factor ) {
2392         if ( getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
2393             if ( node.getDistanceToParent() < 0.0 ) {
2394                 return 0.0f;
2395             }
2396             return ( float ) ( getOvXcorrectionFactor() * node.getDistanceToParent() );
2397         }
2398         else {
2399             if ( ( factor == 0 ) || isNonLinedUpCladogram() ) {
2400                 return getOvXDistance();
2401             }
2402             return getOvXDistance() * factor;
2403         }
2404     }
2405
2406     final private void cannotOpenBrowserWarningMessage( final String type_type ) {
2407         JOptionPane.showMessageDialog( this,
2408                                        "Cannot launch web browser for " + type_type + " data of this node",
2409                                        "Cannot launch web browser",
2410                                        JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
2411     }
2412
2413     final private void colorizeSubtree( final Color c,
2414                                         final PhylogenyNode node,
2415                                         final List<PhylogenyNode> additional_nodes ) {
2416         _control_panel.setColorBranches( true );
2417         if ( _control_panel.getUseVisualStylesCb() != null ) {
2418             _control_panel.getUseVisualStylesCb().setSelected( true );
2419         }
2420         if ( node != null ) {
2421             for( final PreorderTreeIterator it = new PreorderTreeIterator( node ); it.hasNext(); ) {
2422                 it.next().getBranchData().setBranchColor( new BranchColor( c ) );
2423             }
2424         }
2425         if ( additional_nodes != null ) {
2426             for( final PhylogenyNode n : additional_nodes ) {
2427                 n.getBranchData().setBranchColor( new BranchColor( c ) );
2428             }
2429         }
2430         repaint();
2431     }
2432
2433     final private void colorizeNodes( final Color c,
2434                                       final PhylogenyNode node,
2435                                       final List<PhylogenyNode> additional_nodes ) {
2436         _control_panel.setColorBranches( true );
2437         if ( _control_panel.getUseVisualStylesCb() != null ) {
2438             _control_panel.getUseVisualStylesCb().setSelected( true );
2439         }
2440         if ( node != null ) {
2441             colorizeNodesHelper( c, node );
2442         }
2443         if ( additional_nodes != null ) {
2444             for( final PhylogenyNode n : additional_nodes ) {
2445                 colorizeNodesHelper( c, n );
2446             }
2447         }
2448         repaint();
2449     }
2450
2451     private final static void colorizeNodesHelper( final Color c, final PhylogenyNode node ) {
2452         if ( node.getNodeData().getNodeVisualData() == null ) {
2453             node.getNodeData().setNodeVisualData( new NodeVisualData() );
2454         }
2455         node.getNodeData().getNodeVisualData().setFontColor( new Color( c.getRed(), c.getGreen(), c.getBlue() ) );
2456     }
2457
2458     final private void colorSubtree( final PhylogenyNode node ) {
2459         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2460             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2461                                            "Cannot colorize subtree in unrooted display type",
2462                                            "Attempt to colorize subtree in unrooted display",
2463                                            JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
2464             return;
2465         }
2466         _color_chooser.setPreviewPanel( new JPanel() );
2467         SubtreeColorizationActionListener al;
2468         if ( ( getFoundNodes0() != null ) || ( getFoundNodes1() != null ) ) {
2469             final List<PhylogenyNode> additional_nodes = getFoundNodesAsListOfPhylogenyNodes();
2470             al = new SubtreeColorizationActionListener( _color_chooser, node, additional_nodes );
2471         }
2472         else {
2473             al = new SubtreeColorizationActionListener( _color_chooser, node );
2474         }
2475         final JDialog dialog = JColorChooser
2476                 .createDialog( this, "Subtree colorization", true, _color_chooser, al, null );
2477         dialog.setVisible( true );
2478     }
2479
2480     private void colorNodeFont( final PhylogenyNode node ) {
2481         _color_chooser.setPreviewPanel( new JPanel() );
2482         NodeColorizationActionListener al;
2483         if ( ( getFoundNodes0() != null ) || ( getFoundNodes1() != null ) ) {
2484             final List<PhylogenyNode> additional_nodes = getFoundNodesAsListOfPhylogenyNodes();
2485             al = new NodeColorizationActionListener( _color_chooser, node, additional_nodes );
2486         }
2487         else {
2488             al = new NodeColorizationActionListener( _color_chooser, node );
2489         }
2490         final JDialog dialog = JColorChooser.createDialog( this, "Node colorization", true, _color_chooser, al, null );
2491         dialog.setVisible( true );
2492     }
2493
2494     private void changeNodeFont( final PhylogenyNode node ) {
2495         final FontChooser fc = new FontChooser();
2496         Font f = null;
2497         if ( ( node.getNodeData().getNodeVisualData() != null ) && !node.getNodeData().getNodeVisualData().isEmpty() ) {
2498             f = node.getNodeData().getNodeVisualData().getFont();
2499         }
2500         if ( f != null ) {
2501             fc.setFont( f );
2502         }
2503         else {
2504             fc.setFont( getMainPanel().getTreeFontSet().getLargeFont() );
2505         }
2506         fc.showDialog( this, "Select Font" );
2507         if ( ( fc.getFont() != null ) && !ForesterUtil.isEmpty( fc.getFont().getFamily().trim() ) ) {
2508             List<PhylogenyNode> nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
2509             if ( ( getFoundNodes0() != null ) || ( getFoundNodes1() != null ) ) {
2510                 nodes = getFoundNodesAsListOfPhylogenyNodes();
2511             }
2512             nodes.add( node );
2513             for( final PhylogenyNode n : nodes ) {
2514                 if ( n.getNodeData().getNodeVisualData() == null ) {
2515                     n.getNodeData().setNodeVisualData( new NodeVisualData() );
2516                 }
2517                 final NodeVisualData vd = n.getNodeData().getNodeVisualData();
2518                 final Font ff = fc.getFont();
2519                 vd.setFontName( ff.getFamily().trim() );
2520                 int s = ff.getSize();
2521                 if ( s < 0 ) {
2522                     s = 0;
2523                 }
2524                 if ( s > Byte.MAX_VALUE ) {
2525                     s = Byte.MAX_VALUE;
2526                 }
2527                 vd.setFontSize( s );
2528                 vd.setFontStyle( ff.getStyle() );
2529             }
2530             if ( _control_panel.getUseVisualStylesCb() != null ) {
2531                 getControlPanel().getUseVisualStylesCb().setSelected( true );
2532             }
2533         }
2534         repaint();
2535     }
2536
2537     final private void copySubtree( final PhylogenyNode node ) {
2538         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2539             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
2540             return;
2541         }
2542         setNodeInPreorderToNull();
2543         setCutOrCopiedTree( _phylogeny.copy( node ) );
2544         final List<PhylogenyNode> nodes = PhylogenyMethods.getAllDescendants( node );
2545         final Set<Long> node_ids = new HashSet<Long>( nodes.size() );
2546         for( final PhylogenyNode n : nodes ) {
2547             node_ids.add( n.getId() );
2548         }
2549         node_ids.add( node.getId() );
2550         setCopiedAndPastedNodes( node_ids );
2551         repaint();
2552     }
2553
2554     final private String createASimpleTextRepresentationOfANode( final PhylogenyNode node ) {
2555         final String tax = PhylogenyMethods.getSpecies( node );
2556         String label = node.getName();
2557         if ( !ForesterUtil.isEmpty( label ) && !ForesterUtil.isEmpty( tax ) ) {
2558             label = label + " " + tax;
2559         }
2560         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax ) ) {
2561             label = tax;
2562         }
2563         else {
2564             label = "";
2565         }
2566         if ( !ForesterUtil.isEmpty( label ) ) {
2567             label = " [" + label + "]";
2568         }
2569         return label;
2570     }
2571
2572     final private void cutSubtree( final PhylogenyNode node ) {
2573         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2574             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
2575             return;
2576         }
2577         if ( node.isRoot() ) {
2578             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2579                                            "Cannot cut entire tree as subtree",
2580                                            "Attempt to cut entire tree",
2581                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2582             return;
2583         }
2584         final String label = createASimpleTextRepresentationOfANode( node );
2585         final int r = JOptionPane.showConfirmDialog( null,
2586                                                      "Cut subtree" + label + "?",
2587                                                      "Confirm Cutting of Subtree",
2588                                                      JOptionPane.YES_NO_OPTION );
2589         if ( r != JOptionPane.OK_OPTION ) {
2590             return;
2591         }
2592         setNodeInPreorderToNull();
2593         setCopiedAndPastedNodes( null );
2594         setCutOrCopiedTree( _phylogeny.copy( node ) );
2595         _phylogeny.deleteSubtree( node, true );
2596         _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
2597         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
2598         resetNodeIdToDistToLeafMap();
2599         setEdited( true );
2600         repaint();
2601     }
2602
2603     final private void cycleColors() {
2604         getMainPanel().getTreeColorSet().cycleColorScheme();
2605         for( final TreePanel tree_panel : getMainPanel().getTreePanels() ) {
2606             tree_panel.setBackground( getMainPanel().getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
2607         }
2608     }
2609
2610     final private void decreaseOvSize() {
2611         if ( ( getOvMaxWidth() > 20 ) && ( getOvMaxHeight() > 20 ) ) {
2612             setOvMaxWidth( getOvMaxWidth() - 5 );
2613             setOvMaxHeight( getOvMaxHeight() - 5 );
2614             updateOvSettings();
2615             getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
2616         }
2617     }
2618
2619     final private void deleteNodeOrSubtree( final PhylogenyNode node ) {
2620         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
2621             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
2622             return;
2623         }
2624         if ( node.isRoot() && ( node.getNumberOfDescendants() != 1 ) ) {
2625             JOptionPane.showMessageDialog( this,
2626                                            "Cannot delete entire tree",
2627                                            "Attempt to delete entire tree",
2628                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2629             return;
2630         }
2631         final String label = createASimpleTextRepresentationOfANode( node );
2632         final Object[] options = { "Node only", "Entire subtree", "Cancel" };
2633         final int r = JOptionPane.showOptionDialog( this,
2634                                                     "Delete" + label + "?",
2635                                                     "Delete Node/Subtree",
2636                                                     JOptionPane.CLOSED_OPTION,
2637                                                     JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
2638                                                     null,
2639                                                     options,
2640                                                     options[ 2 ] );
2641         setNodeInPreorderToNull();
2642         boolean node_only = true;
2643         if ( r == 1 ) {
2644             node_only = false;
2645         }
2646         else if ( r != 0 ) {
2647             return;
2648         }
2649         if ( node_only ) {
2650             PhylogenyMethods.removeNode( node, _phylogeny );
2651         }
2652         else {
2653             _phylogeny.deleteSubtree( node, true );
2654         }
2655         _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
2656         _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
2657         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
2658         resetNodeIdToDistToLeafMap();
2659         setEdited( true );
2660         repaint();
2661     }
2662
2663     final private void displayNodePopupMenu( final PhylogenyNode node, final int x, final int y ) {
2664         makePopupMenus( node );
2665         _node_popup_menu.putClientProperty( NODE_POPMENU_NODE_CLIENT_PROPERTY, node );
2666         _node_popup_menu.show( this, x, y );
2667     }
2668
2669     final private void drawArc( final double x,
2670                                 final double y,
2671                                 final double width,
2672                                 final double heigth,
2673                                 final double start_angle,
2674                                 final double arc_angle,
2675                                 final Graphics2D g ) {
2676         _arc.setArc( x, y, width, heigth, _180_OVER_PI * start_angle, _180_OVER_PI * arc_angle, Arc2D.OPEN );
2677         g.draw( _arc );
2678     }
2679
2680     final private void drawLine( final double x1, final double y1, final double x2, final double y2, final Graphics2D g ) {
2681         if ( ( x1 == x2 ) && ( y1 == y2 ) ) {
2682             return;
2683         }
2684         _line.setLine( x1, y1, x2, y2 );
2685         g.draw( _line );
2686     }
2687
2688     final private void drawOval( final double x,
2689                                  final double y,
2690                                  final double width,
2691                                  final double heigth,
2692                                  final Graphics2D g ) {
2693         _ellipse.setFrame( x, y, width, heigth );
2694         g.draw( _ellipse );
2695     }
2696
2697     final private void drawOvalFilled( final double x,
2698                                        final double y,
2699                                        final double width,
2700                                        final double heigth,
2701                                        final Graphics2D g ) {
2702         _ellipse.setFrame( x, y, width, heigth );
2703         g.fill( _ellipse );
2704     }
2705
2706     final private void drawOvalGradient( final double x,
2707                                          final double y,
2708                                          final double width,
2709                                          final double heigth,
2710                                          final Graphics2D g,
2711                                          final Color color_1,
2712                                          final Color color_2,
2713                                          final Color color_border ) {
2714         _ellipse.setFrame( x, y, width, heigth );
2715         g.setPaint( new GradientPaint( ( float ) x,
2716                                        ( float ) y,
2717                                        color_1,
2718                                        ( float ) ( x + width ),
2719                                        ( float ) ( y + heigth ),
2720                                        color_2,
2721                                        false ) );
2722         g.fill( _ellipse );
2723         if ( color_border != null ) {
2724             g.setPaint( color_border );
2725             g.draw( _ellipse );
2726         }
2727     }
2728
2729     final private void drawRect( final float x, final float y, final float width, final float heigth, final Graphics2D g ) {
2730         _rectangle.setFrame( x, y, width, heigth );
2731         g.draw( _rectangle );
2732     }
2733
2734     final private void drawRectFilled( final double x,
2735                                        final double y,
2736                                        final double width,
2737                                        final double heigth,
2738                                        final Graphics2D g ) {
2739         _rectangle.setFrame( x, y, width, heigth );
2740         g.fill( _rectangle );
2741     }
2742
2743     final private void drawRectGradient( final double x,
2744                                          final double y,
2745                                          final double width,
2746                                          final double heigth,
2747                                          final Graphics2D g,
2748                                          final Color color_1,
2749                                          final Color color_2,
2750                                          final Color color_border ) {
2751         _rectangle.setFrame( x, y, width, heigth );
2752         g.setPaint( new GradientPaint( ( float ) x,
2753                                        ( float ) y,
2754                                        color_1,
2755                                        ( float ) ( x + width ),
2756                                        ( float ) ( y + heigth ),
2757                                        color_2,
2758                                        false ) );
2759         g.fill( _rectangle );
2760         if ( color_border != null ) {
2761             g.setPaint( color_border );
2762             g.draw( _rectangle );
2763         }
2764     }
2765
2766     private double drawTaxonomyImage( final double x, final double y, final PhylogenyNode node, final Graphics2D g ) {
2767         final List<Uri> us = new ArrayList<Uri>();
2768         for( final Taxonomy t : node.getNodeData().getTaxonomies() ) {
2769             for( final Uri uri : t.getUris() ) {
2770                 us.add( uri );
2771             }
2772         }
2773         double offset = 0;
2774         for( final Uri uri : us ) {
2775             if ( uri != null ) {
2776                 final String uri_str = uri.getValue().toString().toLowerCase();
2777                 if ( getImageMap().containsKey( uri_str ) ) {
2778                     final BufferedImage bi = getImageMap().get( uri_str );
2779                     if ( ( bi != null ) && ( bi.getHeight() > 5 ) && ( bi.getWidth() > 5 ) ) {
2780                         double scaling_factor = 1;
2781                         if ( getOptions().isAllowMagnificationOfTaxonomyImages()
2782                                 || ( bi.getHeight() > ( 1.8 * getYdistance() ) ) ) {
2783                             scaling_factor = ( 1.8 * getYdistance() ) / bi.getHeight();
2784                         }
2785                         // y = y - ( 0.9 * getYdistance() );
2786                         final double hs = bi.getHeight() * scaling_factor;
2787                         double ws = ( bi.getWidth() * scaling_factor ) + offset;
2788                         final double my_y = y - ( 0.5 * hs );
2789                         final int x_w = ( int ) ( x + ws + 0.5 );
2790                         final int y_h = ( int ) ( my_y + hs + 0.5 );
2791                         if ( ( ( x_w - x ) > 7 ) && ( ( y_h - my_y ) > 7 ) ) {
2792                             g.drawImage( bi,
2793                                          ( int ) ( x + 0.5 + offset ),
2794                                          ( int ) ( my_y + 0.5 ),
2795                                          x_w,
2796                                          y_h,
2797                                          0,
2798                                          0,
2799                                          bi.getWidth(),
2800                                          bi.getHeight(),
2801                                          null );
2802                             ws += 8;
2803                         }
2804                         else {
2805                             ws = 0.0;
2806                         }
2807                         offset = ws;
2808                     }
2809                 }
2810             }
2811         }
2812         return offset;
2813     }
2814
2815     final private void errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay() {
2816         JOptionPane.showMessageDialog( this,
2817                                        "Cannot cut, copy, paste, add, or delete subtrees/nodes in unrooted display",
2818                                        "Attempt to cut/copy/paste/add/delete in unrooted display",
2819                                        JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
2820     }
2821
2822     private final Color getColorForFoundNode( final PhylogenyNode n ) {
2823         if ( isInCurrentExternalNodes( n ) ) {
2824             return getTreeColorSet().getFoundColor0();
2825         }
2826         else if ( isInFoundNodes0( n ) && !isInFoundNodes1( n ) ) {
2827             return getTreeColorSet().getFoundColor0();
2828         }
2829         else if ( !isInFoundNodes0( n ) && isInFoundNodes1( n ) ) {
2830             return getTreeColorSet().getFoundColor1();
2831         }
2832         else {
2833             return getTreeColorSet().getFoundColor0and1();
2834         }
2835     }
2836
2837     final private Set<Long> getCopiedAndPastedNodes() {
2838         return getMainPanel().getCopiedAndPastedNodes();
2839     }
2840
2841     final private Set<Long> getCurrentExternalNodes() {
2842         return _current_external_nodes;
2843     }
2844
2845     final private Phylogeny getCutOrCopiedTree() {
2846         return getMainPanel().getCutOrCopiedTree();
2847     }
2848
2849     private List<PhylogenyNode> getFoundNodesAsListOfPhylogenyNodes() {
2850         final List<PhylogenyNode> additional_nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
2851         if ( getFoundNodes0() != null ) {
2852             for( final Long id : getFoundNodes0() ) {
2853                 additional_nodes.add( _phylogeny.getNode( id ) );
2854             }
2855         }
2856         if ( getFoundNodes1() != null ) {
2857             for( final Long id : getFoundNodes1() ) {
2858                 if ( ( getFoundNodes0() == null ) || !getFoundNodes0().contains( id ) ) {
2859                     additional_nodes.add( _phylogeny.getNode( id ) );
2860                 }
2861             }
2862         }
2863         return additional_nodes;
2864     }
2865
2866     final private float getLastDragPointX() {
2867         return _last_drag_point_x;
2868     }
2869
2870     final private float getLastDragPointY() {
2871         return _last_drag_point_y;
2872     }
2873
2874     final private short getMaxBranchesToLeaf( final PhylogenyNode node ) {
2875         if ( !_nodeid_dist_to_leaf.containsKey( node.getId() ) ) {
2876             final short m = PhylogenyMethods.calculateMaxBranchesToLeaf( node );
2877             _nodeid_dist_to_leaf.put( node.getId(), m );
2878             return m;
2879         }
2880         else {
2881             return _nodeid_dist_to_leaf.get( node.getId() );
2882         }
2883     }
2884
2885     final private double getMaxDistanceToRoot() {
2886         if ( _max_distance_to_root < 0 ) {
2887             recalculateMaxDistanceToRoot();
2888         }
2889         return _max_distance_to_root;
2890     }
2891
2892     final private float getOvMaxHeight() {
2893         return _ov_max_height;
2894     }
2895
2896     final private float getOvMaxWidth() {
2897         return _ov_max_width;
2898     }
2899
2900     final private float getOvXcorrectionFactor() {
2901         return _ov_x_correction_factor;
2902     }
2903
2904     final private float getOvXDistance() {
2905         return _ov_x_distance;
2906     }
2907
2908     final private int getOvXPosition() {
2909         return _ov_x_position;
2910     }
2911
2912     final private float getOvYDistance() {
2913         return _ov_y_distance;
2914     }
2915
2916     final private int getOvYPosition() {
2917         return _ov_y_position;
2918     }
2919
2920     final private int getOvYStart() {
2921         return _ov_y_start;
2922     }
2923
2924     final private List<Accession> getPdbAccs( final PhylogenyNode node ) {
2925         final List<Accession> pdb_ids = new ArrayList<Accession>();
2926         if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
2927             final Sequence seq = node.getNodeData().getSequence();
2928             if ( !ForesterUtil.isEmpty( seq.getCrossReferences() ) ) {
2929                 final SortedSet<Accession> cross_refs = seq.getCrossReferences();
2930                 for( final Accession acc : cross_refs ) {
2931                     if ( acc.getSource().equalsIgnoreCase( "pdb" ) ) {
2932                         pdb_ids.add( acc );
2933                     }
2934                 }
2935             }
2936         }
2937         return pdb_ids;
2938     }
2939
2940     final private double getScaleDistance() {
2941         return _scale_distance;
2942     }
2943
2944     final private String getScaleLabel() {
2945         return _scale_label;
2946     }
2947
2948     final private TreeFontSet getTreeFontSet() {
2949         return getMainPanel().getTreeFontSet();
2950     }
2951
2952     final private float getUrtFactor() {
2953         return _urt_factor;
2954     }
2955
2956     final private float getUrtFactorOv() {
2957         return _urt_factor_ov;
2958     }
2959
2960     final private void handleClickToAction( final NodeClickAction action, final PhylogenyNode node ) {
2961         switch ( action ) {
2962             case SHOW_DATA:
2963                 showNodeFrame( node );
2964                 break;
2965             case COLLAPSE:
2966                 collapse( node );
2967                 break;
2968             case REROOT:
2969                 reRoot( node );
2970                 break;
2971             case SUBTREE:
2972                 subTree( node );
2973                 break;
2974             case SWAP:
2975                 swap( node );
2976                 break;
2977             case COLOR_SUBTREE:
2978                 colorSubtree( node );
2979                 break;
2980             case COLOR_NODE_FONT:
2981                 colorNodeFont( node );
2982                 break;
2983             case CHANGE_NODE_FONT:
2984                 changeNodeFont( node );
2985                 break;
2986             case OPEN_SEQ_WEB:
2987                 openSeqWeb( node );
2988                 break;
2989             case BLAST:
2990                 blast( node );
2991                 break;
2992             case OPEN_TAX_WEB:
2993                 openTaxWeb( node );
2994                 break;
2995             case OPEN_PDB_WEB:
2996                 openPdbWeb( node );
2997                 break;
2998             case CUT_SUBTREE:
2999                 cutSubtree( node );
3000                 break;
3001             case COPY_SUBTREE:
3002                 copySubtree( node );
3003                 break;
3004             case PASTE_SUBTREE:
3005                 pasteSubtree( node );
3006                 break;
3007             case DELETE_NODE_OR_SUBTREE:
3008                 deleteNodeOrSubtree( node );
3009                 break;
3010             case ADD_NEW_NODE:
3011                 addEmptyNode( node );
3012                 break;
3013             case EDIT_NODE_DATA:
3014                 showNodeEditFrame( node );
3015                 break;
3016             case SELECT_NODES:
3017                 selectNode( node );
3018                 break;
3019             case SORT_DESCENDENTS:
3020                 sortDescendants( node );
3021                 break;
3022             case GET_EXT_DESC_DATA:
3023                 showExtDescNodeData( node );
3024                 break;
3025             default:
3026                 throw new IllegalArgumentException( "unknown action: " + action );
3027         }
3028     }
3029
3030     final private void increaseCurrentExternalNodesDataBufferChangeCounter() {
3031         _current_external_nodes_data_buffer_change_counter++;
3032     }
3033
3034     final private void increaseOvSize() {
3035         if ( ( getOvMaxWidth() < ( getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getVisibleRect().getWidth() / 2 ) )
3036                 && ( getOvMaxHeight() < ( getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getVisibleRect()
3037                         .getHeight() / 2 ) ) ) {
3038             setOvMaxWidth( getOvMaxWidth() + 5 );
3039             setOvMaxHeight( getOvMaxHeight() + 5 );
3040             updateOvSettings();
3041             getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3042         }
3043     }
3044
3045     final private void init() {
3046         _color_chooser = new JColorChooser();
3047         _rollover_popup = new JTextArea();
3048         _rollover_popup.setFont( POPUP_FONT );
3049         resetNodeIdToDistToLeafMap();
3050         setTextAntialias();
3051         setTreeFile( null );
3052         setEdited( false );
3053         initializeOvSettings();
3054         setStartingAngle( ( TWO_PI * 3 ) / 4 );
3055         final ImageLoader il = new ImageLoader( this );
3056         new Thread( il ).start();
3057     }
3058
3059     final private void initializeOvSettings() {
3060         setOvMaxHeight( getConfiguration().getOvMaxHeight() );
3061         setOvMaxWidth( getConfiguration().getOvMaxWidth() );
3062     }
3063
3064     final private boolean inOvVirtualRectangle( final int x, final int y ) {
3065         return ( ( x >= ( getOvVirtualRectangle().x - 1 ) )
3066                 && ( x <= ( getOvVirtualRectangle().x + getOvVirtualRectangle().width + 1 ) )
3067                 && ( y >= ( getOvVirtualRectangle().y - 1 ) ) && ( y <= ( getOvVirtualRectangle().y
3068                 + getOvVirtualRectangle().height + 1 ) ) );
3069     }
3070
3071     final private boolean inOvVirtualRectangle( final MouseEvent e ) {
3072         return ( inOvVirtualRectangle( e.getX(), e.getY() ) );
3073     }
3074
3075     final private boolean isCanBlast( final PhylogenyNode node ) {
3076         if ( !node.getNodeData().isHasSequence() && ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
3077             return false;
3078         }
3079         return Blast.isContainsQueryForBlast( node );
3080     }
3081
3082     final private String isCanOpenSeqWeb( final PhylogenyNode node ) {
3083         final Accession a = SequenceAccessionTools.obtainAccessorFromDataFields( node );
3084         if ( a != null ) {
3085             return a.getValue();
3086         }
3087         return null;
3088     }
3089
3090     final private boolean isCanOpenTaxWeb( final PhylogenyNode node ) {
3091         if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy()
3092                 && ( ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) )
3093                         || ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) )
3094                         || ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getCommonName() ) ) || ( ( node
3095                         .getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier() != null ) && !ForesterUtil.isEmpty( node
3096                         .getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().getValue() ) ) ) ) {
3097             return true;
3098         }
3099         else {
3100             return false;
3101         }
3102     }
3103
3104     final private boolean isInCurrentExternalNodes( final PhylogenyNode node ) {
3105         return ( ( getCurrentExternalNodes() != null ) && getCurrentExternalNodes().contains( node.getId() ) );
3106     }
3107
3108     private boolean isInFoundNodes( final PhylogenyNode n ) {
3109         return isInFoundNodes0( n ) || isInFoundNodes1( n );
3110     }
3111
3112     final private boolean isInFoundNodes0( final PhylogenyNode node ) {
3113         return ( ( getFoundNodes0() != null ) && getFoundNodes0().contains( node.getId() ) );
3114     }
3115
3116     final private boolean isInFoundNodes1( final PhylogenyNode node ) {
3117         return ( ( getFoundNodes1() != null ) && getFoundNodes1().contains( node.getId() ) );
3118     }
3119
3120     final private boolean isInOv() {
3121         return _in_ov;
3122     }
3123
3124     final private boolean isNodeDataInvisible( final PhylogenyNode node ) {
3125         int y_dist = 40;
3126         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyImages() ) {
3127             y_dist = 40 + ( int ) getYdistance();
3128         }
3129         return ( ( node.getYcoord() < ( getVisibleRect().getMinY() - y_dist ) )
3130                 || ( node.getYcoord() > ( getVisibleRect().getMaxY() + y_dist ) ) || ( ( node.getParent() != null ) && ( node
3131                 .getParent().getXcoord() > getVisibleRect().getMaxX() ) ) );
3132     }
3133
3134     final private boolean isNodeDataInvisibleUnrootedCirc( final PhylogenyNode node ) {
3135         return ( ( node.getYcoord() < ( getVisibleRect().getMinY() - 20 ) )
3136                 || ( node.getYcoord() > ( getVisibleRect().getMaxY() + 20 ) )
3137                 || ( node.getXcoord() < ( getVisibleRect().getMinX() - 20 ) ) || ( node.getXcoord() > ( getVisibleRect()
3138                 .getMaxX() + 20 ) ) );
3139     }
3140
3141     final private boolean isNonLinedUpCladogram() {
3142         return getOptions().getCladogramType() == CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP;
3143     }
3144
3145     final private boolean isUniformBranchLengthsForCladogram() {
3146         return getOptions().getCladogramType() == CLADOGRAM_TYPE.TOTAL_NODE_SUM_DEP;
3147     }
3148
3149     final private void keyPressedCalls( final KeyEvent e ) {
3150         if ( isOvOn() && ( getMousePosition() != null ) && ( getMousePosition().getLocation() != null ) ) {
3151             if ( inOvVirtualRectangle( getMousePosition().x, getMousePosition().y ) ) {
3152                 if ( !isInOvRect() ) {
3153                     setInOvRect( true );
3154                 }
3155             }
3156             else if ( isInOvRect() ) {
3157                 setInOvRect( false );
3158             }
3159         }
3160         if ( e.getModifiersEx() == InputEvent.CTRL_DOWN_MASK ) {
3161             if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DELETE ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_HOME )
3162                     || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_F ) ) {
3163                 getMainPanel().getTreeFontSet().mediumFonts();
3164                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
3165             }
3166             else if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_SUBTRACT ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_MINUS ) ) {
3167                 getMainPanel().getTreeFontSet().decreaseFontSize( 1, false );
3168                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
3169             }
3170             else if ( plusPressed( e.getKeyCode() ) ) {
3171                 getMainPanel().getTreeFontSet().increaseFontSize();
3172                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( true );
3173             }
3174         }
3175         else {
3176             if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DELETE ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_HOME )
3177                     || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_F ) ) {
3178                 getControlPanel().showWhole();
3179             }
3180             else if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN )
3181                     || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_LEFT ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_RIGHT ) ) {
3182                 if ( e.getModifiersEx() == InputEvent.SHIFT_DOWN_MASK ) {
3183                     if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP ) {
3184                         getMainPanel().getControlPanel().zoomInY( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
3185                         getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3186                     }
3187                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN ) {
3188                         getMainPanel().getControlPanel().zoomOutY( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR );
3189                         getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3190                     }
3191                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_LEFT ) {
3192                         getMainPanel().getControlPanel().zoomOutX( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR,
3193                                                                    Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_X_CORRECTION_FACTOR );
3194                         getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3195                     }
3196                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_RIGHT ) {
3197                         getMainPanel().getControlPanel().zoomInX( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR,
3198                                                                   Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
3199                         getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3200                     }
3201                 }
3202                 else {
3203                     final int d = 80;
3204                     int dx = 0;
3205                     int dy = -d;
3206                     if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN ) {
3207                         dy = d;
3208                     }
3209                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_LEFT ) {
3210                         dx = -d;
3211                         dy = 0;
3212                     }
3213                     else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_RIGHT ) {
3214                         dx = d;
3215                         dy = 0;
3216                     }
3217                     final Point scroll_position = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().getViewPosition();
3218                     scroll_position.x = scroll_position.x + dx;
3219                     scroll_position.y = scroll_position.y + dy;
3220                     if ( scroll_position.x <= 0 ) {
3221                         scroll_position.x = 0;
3222                     }
3223                     else {
3224                         final int max_x = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getMaximum()
3225                                 - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getHorizontalScrollBar().getVisibleAmount();
3226                         if ( scroll_position.x >= max_x ) {
3227                             scroll_position.x = max_x;
3228                         }
3229                     }
3230                     if ( scroll_position.y <= 0 ) {
3231                         scroll_position.y = 0;
3232                     }
3233                     else {
3234                         final int max_y = getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getMaximum()
3235                                 - getMainPanel().getCurrentScrollPane().getVerticalScrollBar().getVisibleAmount();
3236                         if ( scroll_position.y >= max_y ) {
3237                             scroll_position.y = max_y;
3238                         }
3239                     }
3240                     repaint();
3241                     getMainPanel().getCurrentScrollPane().getViewport().setViewPosition( scroll_position );
3242                 }
3243             }
3244             else if ( ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_SUBTRACT ) || ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_MINUS ) ) {
3245                 getMainPanel().getControlPanel().zoomOutY( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR );
3246                 getMainPanel().getControlPanel().zoomOutX( Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_FACTOR,
3247                                                            Constants.WHEEL_ZOOM_OUT_X_CORRECTION_FACTOR );
3248                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3249             }
3250             else if ( plusPressed( e.getKeyCode() ) ) {
3251                 getMainPanel().getControlPanel().zoomInX( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR,
3252                                                           Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
3253                 getMainPanel().getControlPanel().zoomInY( Constants.WHEEL_ZOOM_IN_FACTOR );
3254                 getMainPanel().getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3255             }
3256             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_S ) {
3257                 if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
3258                         || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
3259                     setStartingAngle( ( getStartingAngle() % TWO_PI ) + ANGLE_ROTATION_UNIT );
3260                     getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3261                 }
3262             }
3263             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_A ) {
3264                 if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )
3265                         || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
3266                     setStartingAngle( ( getStartingAngle() % TWO_PI ) - ANGLE_ROTATION_UNIT );
3267                     if ( getStartingAngle() < 0 ) {
3268                         setStartingAngle( TWO_PI + getStartingAngle() );
3269                     }
3270                     getControlPanel().displayedPhylogenyMightHaveChanged( false );
3271                 }
3272             }
3273             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_D ) {
3274                 boolean selected = false;
3275                 if ( getOptions().getNodeLabelDirection() == NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL ) {
3276                     getOptions().setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.RADIAL );
3277                     selected = true;
3278                 }
3279                 else {
3280                     getOptions().setNodeLabelDirection( NODE_LABEL_DIRECTION.HORIZONTAL );
3281                 }
3282                 if ( getMainPanel().getMainFrame() == null ) {
3283                     // Must be "E" applet version.
3284                     final ArchaeopteryxE ae = ( ArchaeopteryxE ) ( ( MainPanelApplets ) getMainPanel() ).getApplet();
3285                     if ( ae.getlabelDirectionCbmi() != null ) {
3286                         ae.getlabelDirectionCbmi().setSelected( selected );
3287                     }
3288                 }
3289                 else {
3290                     getMainPanel().getMainFrame().getlabelDirectionCbmi().setSelected( selected );
3291                 }
3292                 repaint();
3293             }
3294             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_X ) {
3295                 switchDisplaygetPhylogenyGraphicsType();
3296                 repaint();
3297             }
3298             else if ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_C ) {
3299                 cycleColors();
3300                 repaint();
3301             }
3302             else if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_O ) ) {
3303                 MainFrame.cycleOverview( getOptions(), this );
3304                 repaint();
3305             }
3306             else if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_I ) ) {
3307                 increaseOvSize();
3308             }
3309             else if ( getOptions().isShowOverview() && isOvOn() && ( e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_U ) ) {
3310                 decreaseOvSize();
3311             }
3312             e.consume();
3313         }
3314     }
3315
3316     final private void makePopupMenus( final PhylogenyNode node ) {
3317         _node_popup_menu = new JPopupMenu();
3318         final List<String> clickto_names = _main_panel.getControlPanel().getSingleClickToNames();
3319         _node_popup_menu_items = new JMenuItem[ clickto_names.size() ];
3320         for( int i = 0; i < clickto_names.size(); i++ ) {
3321             final String title = clickto_names.get( i );
3322             _node_popup_menu_items[ i ] = new JMenuItem( title );
3323             if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.open_seq_web ][ 0 ] ) ) {
3324                 final String id = isCanOpenSeqWeb( node );
3325                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( id ) ) {
3326                     _node_popup_menu_items[ i ].setText( _node_popup_menu_items[ i ].getText() + " [" + id + "]" );
3327                     _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( true );
3328                 }
3329                 else {
3330                     _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( false );
3331                 }
3332             }
3333             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.open_pdb_web ][ 0 ] ) ) {
3334                 final List<Accession> accs = getPdbAccs( node );
3335                 _node_popup_menu_items[ i ] = new JMenuItem( title );
3336                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( accs ) ) {
3337                     if ( accs.size() == 1 ) {
3338                         _node_popup_menu_items[ i ].setText( _node_popup_menu_items[ i ].getText() + " ["
3339                                 + TreePanelUtil.pdbAccToString( accs, 0 ) + "]" );
3340                         _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( true );
3341                     }
3342                     else if ( accs.size() == 2 ) {
3343                         _node_popup_menu_items[ i ].setText( _node_popup_menu_items[ i ].getText() + " ["
3344                                 + TreePanelUtil.pdbAccToString( accs, 0 ) + ", "
3345                                 + TreePanelUtil.pdbAccToString( accs, 1 ) + "]" );
3346                         _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( true );
3347                     }
3348                     else if ( accs.size() == 3 ) {
3349                         _node_popup_menu_items[ i ].setText( _node_popup_menu_items[ i ].getText() + " ["
3350                                 + TreePanelUtil.pdbAccToString( accs, 0 ) + ", "
3351                                 + TreePanelUtil.pdbAccToString( accs, 1 ) + ", "
3352                                 + TreePanelUtil.pdbAccToString( accs, 2 ) + "]" );
3353                         _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( true );
3354                     }
3355                     else {
3356                         _node_popup_menu_items[ i ].setText( _node_popup_menu_items[ i ].getText() + " ["
3357                                 + TreePanelUtil.pdbAccToString( accs, 0 ) + ", "
3358                                 + TreePanelUtil.pdbAccToString( accs, 1 ) + ", "
3359                                 + TreePanelUtil.pdbAccToString( accs, 2 ) + ", + " + ( accs.size() - 3 ) + " more]" );
3360                         _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( true );
3361                     }
3362                 }
3363                 else {
3364                     _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( false );
3365                 }
3366                 //
3367             }
3368             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.open_tax_web ][ 0 ] ) ) {
3369                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanOpenTaxWeb( node ) );
3370             }
3371             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.blast ][ 0 ] ) ) {
3372                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanBlast( node ) );
3373             }
3374             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.delete_subtree_or_node ][ 0 ] ) ) {
3375                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3376                     continue;
3377                 }
3378                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanDelete() );
3379             }
3380             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.cut_subtree ][ 0 ] ) ) {
3381                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3382                     continue;
3383                 }
3384                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanCut( node ) );
3385             }
3386             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.copy_subtree ][ 0 ] ) ) {
3387                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3388                     continue;
3389                 }
3390                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanCopy() );
3391             }
3392             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.paste_subtree ][ 0 ] ) ) {
3393                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3394                     continue;
3395                 }
3396                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanPaste() );
3397             }
3398             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.edit_node_data ][ 0 ] ) ) {
3399                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3400                     continue;
3401                 }
3402             }
3403             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.add_new_node ][ 0 ] ) ) {
3404                 if ( !getOptions().isEditable() ) {
3405                     continue;
3406                 }
3407             }
3408             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.reroot ][ 0 ] ) ) {
3409                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanReroot() );
3410             }
3411             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.collapse_uncollapse ][ 0 ] ) ) {
3412                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( ( isCanCollapse() && !node.isExternal() ) );
3413             }
3414             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.color_subtree ][ 0 ] ) ) {
3415                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanColorSubtree() );
3416             }
3417             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.subtree ][ 0 ] ) ) {
3418                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( isCanSubtree( node ) );
3419             }
3420             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.swap ][ 0 ] ) ) {
3421                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( node.getNumberOfDescendants() == 2 );
3422             }
3423             else if ( title.equals( Configuration.clickto_options[ Configuration.sort_descendents ][ 0 ] ) ) {
3424                 _node_popup_menu_items[ i ].setEnabled( node.getNumberOfDescendants() > 1 );
3425             }
3426             _node_popup_menu_items[ i ].addActionListener( this );
3427             _node_popup_menu.add( _node_popup_menu_items[ i ] );
3428         }
3429     }
3430
3431     private final String obtainTitleForExtDescNodeData() {
3432         switch ( getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() ) {
3433             case NODE_NAME:
3434                 return "Node Names";
3435             case GENE_NAME:
3436                 return "Gene Names";
3437             case SEQUENCE_NAME:
3438                 return "Sequence Names";
3439             case SEQUENCE_SYMBOL:
3440                 return "Sequence Symbols";
3441             case SEQUENCE_MOL_SEQ:
3442                 return "Molecular Sequences";
3443             case SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA:
3444                 return "Molecular Sequences (Fasta)";
3445             case SEQUENCE_ACC:
3446                 return "Sequence Accessors";
3447             case TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME:
3448                 return "Scientific Names";
3449             case TAXONOMY_CODE:
3450                 return "Taxonomy Codes";
3451             case TAXONOMY_COMM0N_NAME:
3452                 return "Taxonomy Common Names";
3453             case UNKNOWN:
3454                 return "User Selected Data";
3455             default:
3456                 throw new IllegalArgumentException( "unknown data element: "
3457                         + getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() );
3458         }
3459     }
3460
3461     final private void openPdbWeb( final PhylogenyNode node ) {
3462         final List<Accession> pdb_ids = getPdbAccs( node );
3463         if ( ForesterUtil.isEmpty( pdb_ids ) ) {
3464             cannotOpenBrowserWarningMessage( "PDB" );
3465             return;
3466         }
3467         final List<String> uri_strs = TreePanelUtil.createUrisForPdbWeb( node, pdb_ids, getConfiguration(), this );
3468         if ( !ForesterUtil.isEmpty( uri_strs ) ) {
3469             for( final String uri_str : uri_strs ) {
3470                 try {
3471                     AptxUtil.launchWebBrowser( new URI( uri_str ),
3472                                                isApplet(),
3473                                                isApplet() ? obtainApplet() : null,
3474                                                "_aptx_seq" );
3475                 }
3476                 catch ( final IOException e ) {
3477                     AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3478                     e.printStackTrace();
3479                 }
3480                 catch ( final URISyntaxException e ) {
3481                     AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3482                     e.printStackTrace();
3483                 }
3484             }
3485         }
3486         else {
3487             cannotOpenBrowserWarningMessage( "PDB" );
3488         }
3489     }
3490
3491     final private void openSeqWeb( final PhylogenyNode node ) {
3492         if ( ForesterUtil.isEmpty( isCanOpenSeqWeb( node ) ) ) {
3493             cannotOpenBrowserWarningMessage( "sequence" );
3494             return;
3495         }
3496         final String uri_str = TreePanelUtil.createUriForSeqWeb( node, getConfiguration(), this );
3497         if ( !ForesterUtil.isEmpty( uri_str ) ) {
3498             try {
3499                 AptxUtil.launchWebBrowser( new URI( uri_str ),
3500                                            isApplet(),
3501                                            isApplet() ? obtainApplet() : null,
3502                                            "_aptx_seq" );
3503             }
3504             catch ( final IOException e ) {
3505                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3506                 e.printStackTrace();
3507             }
3508             catch ( final URISyntaxException e ) {
3509                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3510                 e.printStackTrace();
3511             }
3512         }
3513         else {
3514             cannotOpenBrowserWarningMessage( "sequence" );
3515         }
3516     }
3517
3518     final private void openTaxWeb( final PhylogenyNode node ) {
3519         if ( !isCanOpenTaxWeb( node ) ) {
3520             cannotOpenBrowserWarningMessage( "taxonomic" );
3521             return;
3522         }
3523         String uri_str = null;
3524         final Taxonomy tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
3525         if ( ( tax.getIdentifier() != null ) && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() )
3526                 && tax.getIdentifier().getValue().startsWith( "http://" ) ) {
3527             try {
3528                 uri_str = new URI( tax.getIdentifier().getValue() ).toString();
3529             }
3530             catch ( final URISyntaxException e ) {
3531                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3532                 uri_str = null;
3533                 e.printStackTrace();
3534             }
3535         }
3536         else if ( ( tax.getIdentifier() != null )
3537                 && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() )
3538                 && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getProvider() )
3539                 && ( tax.getIdentifier().getProvider().equalsIgnoreCase( "ncbi" ) || tax.getIdentifier().getProvider()
3540                         .equalsIgnoreCase( "uniprot" ) ) ) {
3541             try {
3542                 uri_str = "http://www.uniprot.org/taxonomy/"
3543                         + URLEncoder.encode( tax.getIdentifier().getValue(), ForesterConstants.UTF8 );
3544             }
3545             catch ( final UnsupportedEncodingException e ) {
3546                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3547                 e.printStackTrace();
3548             }
3549         }
3550         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
3551             try {
3552                 uri_str = "http://www.uniprot.org/taxonomy/?query="
3553                         + URLEncoder.encode( tax.getScientificName(), ForesterConstants.UTF8 );
3554             }
3555             catch ( final UnsupportedEncodingException e ) {
3556                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3557                 e.printStackTrace();
3558             }
3559         }
3560         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
3561             try {
3562                 uri_str = "http://www.uniprot.org/taxonomy/?query="
3563                         + URLEncoder.encode( tax.getTaxonomyCode(), ForesterConstants.UTF8 );
3564             }
3565             catch ( final UnsupportedEncodingException e ) {
3566                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3567                 e.printStackTrace();
3568             }
3569         }
3570         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
3571             try {
3572                 uri_str = "http://www.uniprot.org/taxonomy/?query="
3573                         + URLEncoder.encode( tax.getCommonName(), ForesterConstants.UTF8 );
3574             }
3575             catch ( final UnsupportedEncodingException e ) {
3576                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3577                 e.printStackTrace();
3578             }
3579         }
3580         if ( !ForesterUtil.isEmpty( uri_str ) ) {
3581             try {
3582                 AptxUtil.launchWebBrowser( new URI( uri_str ),
3583                                            isApplet(),
3584                                            isApplet() ? obtainApplet() : null,
3585                                            "_aptx_tax" );
3586             }
3587             catch ( final IOException e ) {
3588                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3589                 e.printStackTrace();
3590             }
3591             catch ( final URISyntaxException e ) {
3592                 AptxUtil.showErrorMessage( this, e.toString() );
3593                 e.printStackTrace();
3594             }
3595         }
3596         else {
3597             cannotOpenBrowserWarningMessage( "taxonomic" );
3598         }
3599     }
3600
3601     final private void paintBranchLength( final Graphics2D g,
3602                                           final PhylogenyNode node,
3603                                           final boolean to_pdf,
3604                                           final boolean to_graphics_file ) {
3605         g.setFont( getTreeFontSet().getSmallFont() );
3606         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3607             g.setColor( Color.BLACK );
3608         }
3609         else {
3610             g.setColor( getTreeColorSet().getBranchLengthColor() );
3611         }
3612         if ( !node.isRoot() ) {
3613             if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3614                 TreePanel.drawString( FORMATTER_BRANCH_LENGTH.format( node.getDistanceToParent() ), node.getParent()
3615                         .getXcoord() + EURO_D, node.getYcoord() - getTreeFontSet()._small_max_descent, g );
3616             }
3617             else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3618                 TreePanel.drawString( FORMATTER_BRANCH_LENGTH.format( node.getDistanceToParent() ), node.getParent()
3619                         .getXcoord() + ROUNDED_D, node.getYcoord() - getTreeFontSet()._small_max_descent, g );
3620             }
3621             else {
3622                 TreePanel.drawString( FORMATTER_BRANCH_LENGTH.format( node.getDistanceToParent() ), node.getParent()
3623                         .getXcoord() + 3, node.getYcoord() - getTreeFontSet()._small_max_descent, g );
3624             }
3625         }
3626         else {
3627             TreePanel.drawString( FORMATTER_BRANCH_LENGTH.format( node.getDistanceToParent() ), 3, node.getYcoord()
3628                     - getTreeFontSet()._small_max_descent, g );
3629         }
3630     }
3631
3632     final private void paintBranchLite( final Graphics2D g,
3633                                         final float x1,
3634                                         final float x2,
3635                                         final float y1,
3636                                         final float y2,
3637                                         final PhylogenyNode node ) {
3638         g.setColor( getTreeColorSet().getOvColor() );
3639         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR ) {
3640             drawLine( x1, y1, x2, y2, g );
3641         }
3642         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX ) {
3643             _quad_curve.setCurve( x1, y1, x1, y2, x2, y2 );
3644             ( g ).draw( _quad_curve );
3645         }
3646         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED ) {
3647             final float dx = x2 - x1;
3648             final float dy = y2 - y1;
3649             _cubic_curve.setCurve( x1, y1, x1 + ( dx * 0.4f ), y1 + ( dy * 0.2f ), x1 + ( dx * 0.6f ), y1
3650                     + ( dy * 0.8f ), x2, y2 );
3651             ( g ).draw( _cubic_curve );
3652         }
3653         else {
3654             final float x2a = x2;
3655             final float x1a = x1;
3656             // draw the vertical line
3657             if ( node.isFirstChildNode() || node.isLastChildNode() ) {
3658                 drawLine( x1, y1, x1, y2, g );
3659             }
3660             // draw the horizontal line
3661             drawLine( x1a, y2, x2a, y2, g );
3662         }
3663     }
3664
3665     /**
3666      * Paint a branch which consists of a vertical and a horizontal bar
3667      * @param is_ind_found_nodes
3668      */
3669     final private void paintBranchRectangular( final Graphics2D g,
3670                                                final float x1,
3671                                                final float x2,
3672                                                final float y1,
3673                                                final float y2,
3674                                                final PhylogenyNode node,
3675                                                final boolean to_pdf,
3676                                                final boolean to_graphics_file ) {
3677         assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( node, false, g, to_pdf, to_graphics_file );
3678         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR ) {
3679             drawLine( x1, y1, x2, y2, g );
3680         }
3681         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX ) {
3682             _quad_curve.setCurve( x1, y1, x1, y2, x2, y2 );
3683             g.draw( _quad_curve );
3684         }
3685         else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED ) {
3686             final float dx = x2 - x1;
3687             final float dy = y2 - y1;
3688             _cubic_curve.setCurve( x1, y1, x1 + ( dx * 0.4f ), y1 + ( dy * 0.2f ), x1 + ( dx * 0.6f ), y1
3689                     + ( dy * 0.8f ), x2, y2 );
3690             g.draw( _cubic_curve );
3691         }
3692         else {
3693             final float x2a = x2;
3694             final float x1a = x1;
3695             float y2_r = 0;
3696             if ( node.isFirstChildNode() || node.isLastChildNode()
3697                     || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE )
3698                     || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) ) {
3699                 if ( !to_graphics_file
3700                         && !to_pdf
3701                         && ( ( ( y2 < ( getVisibleRect().getMinY() - 20 ) ) && ( y1 < ( getVisibleRect().getMinY() - 20 ) ) ) || ( ( y2 > ( getVisibleRect()
3702                                 .getMaxY() + 20 ) ) && ( y1 > ( getVisibleRect().getMaxY() + 20 ) ) ) ) ) {
3703                     // Do nothing.
3704                 }
3705                 else {
3706                     if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3707                         float x2c = x1 + EURO_D;
3708                         if ( x2c > x2a ) {
3709                             x2c = x2a;
3710                         }
3711                         drawLine( x1, y1, x2c, y2, g );
3712                     }
3713                     else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3714                         if ( y2 > y1 ) {
3715                             y2_r = y2 - ROUNDED_D;
3716                             if ( y2_r < y1 ) {
3717                                 y2_r = y1;
3718                             }
3719                             drawLine( x1, y1, x1, y2_r, g );
3720                         }
3721                         else {
3722                             y2_r = y2 + ROUNDED_D;
3723                             if ( y2_r > y1 ) {
3724                                 y2_r = y1;
3725                             }
3726                             drawLine( x1, y1, x1, y2_r, g );
3727                         }
3728                     }
3729                     else {
3730                         drawLine( x1, y1, x1, y2, g );
3731                     }
3732                 }
3733             }
3734             // draw the horizontal line
3735             if ( !to_graphics_file && !to_pdf
3736                     && ( ( y2 < ( getVisibleRect().getMinY() - 20 ) ) || ( y2 > ( getVisibleRect().getMaxY() + 20 ) ) ) ) {
3737                 return;
3738             }
3739             float x1_r = 0;
3740             if ( !getControlPanel().isWidthBranches() || ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( node ) == 1 ) ) {
3741                 if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3742                     x1_r = x1a + ROUNDED_D;
3743                     if ( x1_r < x2a ) {
3744                         drawLine( x1_r, y2, x2a, y2, g );
3745                     }
3746                 }
3747                 else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3748                     final float x1c = x1a + EURO_D;
3749                     if ( x1c < x2a ) {
3750                         drawLine( x1c, y2, x2a, y2, g );
3751                     }
3752                 }
3753                 else {
3754                     drawLine( x1a, y2, x2a, y2, g );
3755                 }
3756             }
3757             else {
3758                 final double w = PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( node );
3759                 if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3760                     x1_r = x1a + ROUNDED_D;
3761                     if ( x1_r < x2a ) {
3762                         drawRectFilled( x1_r, y2 - ( w / 2 ), x2a - x1_r, w, g );
3763                     }
3764                 }
3765                 else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3766                     final float x1c = x1a + EURO_D;
3767                     if ( x1c < x2a ) {
3768                         drawRectFilled( x1c, y2 - ( w / 2 ), x2a - x1c, w, g );
3769                     }
3770                 }
3771                 else {
3772                     drawRectFilled( x1a, y2 - ( w / 2 ), x2a - x1a, w, g );
3773                 }
3774             }
3775             if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) ) {
3776                 if ( x1_r > x2a ) {
3777                     x1_r = x2a;
3778                 }
3779                 if ( y2 > y2_r ) {
3780                     final double diff = y2 - y2_r;
3781                     _arc.setArc( x1, y2_r - diff, 2 * ( x1_r - x1 ), 2 * diff, 180, 90, Arc2D.OPEN );
3782                 }
3783                 else {
3784                     _arc.setArc( x1, y2, 2 * ( x1_r - x1 ), 2 * ( y2_r - y2 ), 90, 90, Arc2D.OPEN );
3785                 }
3786                 g.draw( _arc );
3787             }
3788         }
3789         if ( node.isExternal() ) {
3790             paintNodeBox( x2, y2, node, g, to_pdf, to_graphics_file );
3791         }
3792     }
3793
3794     final private double paintCirculars( final PhylogenyNode n,
3795                                          final Phylogeny phy,
3796                                          final float center_x,
3797                                          final float center_y,
3798                                          final double radius,
3799                                          final boolean radial_labels,
3800                                          final Graphics2D g,
3801                                          final boolean to_pdf,
3802                                          final boolean to_graphics_file ) {
3803         if ( n.isExternal() || n.isCollapse() ) { //~~circ collapse
3804             if ( !_urt_nodeid_angle_map.containsKey( n.getId() ) ) {
3805                 System.out.println( "no " + n + " =====>>>>>>> ERROR!" );//TODO
3806             }
3807             return _urt_nodeid_angle_map.get( n.getId() );
3808         }
3809         else {
3810             final List<PhylogenyNode> descs = n.getDescendants();
3811             double sum = 0;
3812             for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
3813                 sum += paintCirculars( desc,
3814                                        phy,
3815                                        center_x,
3816                                        center_y,
3817                                        radius,
3818                                        radial_labels,
3819                                        g,
3820                                        to_pdf,
3821                                        to_graphics_file );
3822             }
3823             double r = 0;
3824             if ( !n.isRoot() ) {
3825                 r = 1 - ( ( ( double ) _circ_max_depth - n.calculateDepth() ) / _circ_max_depth );
3826             }
3827             final double theta = sum / descs.size();
3828             n.setXcoord( ( float ) ( center_x + ( r * radius * Math.cos( theta ) ) ) );
3829             n.setYcoord( ( float ) ( center_y + ( r * radius * Math.sin( theta ) ) ) );
3830             _urt_nodeid_angle_map.put( n.getId(), theta );
3831             for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
3832                 paintBranchCircular( n, desc, g, radial_labels, to_pdf, to_graphics_file );
3833             }
3834             return theta;
3835         }
3836     }
3837
3838     final private void paintCircularsLite( final PhylogenyNode n,
3839                                            final Phylogeny phy,
3840                                            final int center_x,
3841                                            final int center_y,
3842                                            final int radius,
3843                                            final Graphics2D g ) {
3844         if ( n.isExternal() ) {
3845             return;
3846         }
3847         else {
3848             final List<PhylogenyNode> descs = n.getDescendants();
3849             for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
3850                 paintCircularsLite( desc, phy, center_x, center_y, radius, g );
3851             }
3852             float r = 0;
3853             if ( !n.isRoot() ) {
3854                 r = 1 - ( ( ( float ) _circ_max_depth - n.calculateDepth() ) / _circ_max_depth );
3855             }
3856             final double theta = _urt_nodeid_angle_map.get( n.getId() );
3857             n.setXSecondary( ( float ) ( center_x + ( radius * r * Math.cos( theta ) ) ) );
3858             n.setYSecondary( ( float ) ( center_y + ( radius * r * Math.sin( theta ) ) ) );
3859             for( final PhylogenyNode desc : descs ) {
3860                 paintBranchCircularLite( n, desc, g );
3861             }
3862         }
3863     }
3864
3865     final private void paintCollapsedNode( final Graphics2D g,
3866                                            final PhylogenyNode node,
3867                                            final boolean to_graphics_file,
3868                                            final boolean to_pdf,
3869                                            final boolean is_in_found_nodes ) {
3870         Color c = null;
3871         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3872             c = Color.BLACK;
3873         }
3874         else if ( is_in_found_nodes ) {
3875             c = getColorForFoundNode( node );
3876         }
3877         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
3878             c = getTaxonomyBasedColor( node );
3879         }
3880         else if ( getOptions().isColorLabelsSameAsParentBranch() && getControlPanel().isUseVisualStyles()
3881                 && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
3882             c = PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node );
3883         }
3884         else {
3885             c = getTreeColorSet().getCollapseFillColor();
3886         }
3887         double d = node.getAllExternalDescendants().size();
3888         if ( d > 1000 ) {
3889             d = ( 3 * _y_distance ) / 3;
3890         }
3891         else {
3892             d = ( Math.log10( d ) * _y_distance ) / 2.5;
3893         }
3894         final int box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize() + 1;
3895         if ( d < box_size ) {
3896             d = box_size;
3897         }
3898         final float xx = node.getXcoord() - ( 2 * box_size );
3899         final float xxx = xx > node.getParent().getXcoord() + 1 ? xx : node.getParent().getXcoord() + 1;
3900         _polygon.reset();
3901         _polygon.moveTo( xxx, node.getYcoord() );
3902         _polygon.lineTo( node.getXcoord() + 1, node.getYcoord() - d );
3903         _polygon.lineTo( node.getXcoord() + 1, node.getYcoord() + d );
3904         _polygon.closePath();
3905         if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualData.NodeFill.SOLID ) {
3906             g.setColor( c );
3907             g.fill( _polygon );
3908         }
3909         else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualData.NodeFill.NONE ) {
3910             g.setColor( getBackground() );
3911             g.fill( _polygon );
3912             g.setColor( c );
3913             g.draw( _polygon );
3914         }
3915         else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeFill.GRADIENT ) {
3916             g.setPaint( new GradientPaint( xxx, node.getYcoord(), getBackground(), node.getXcoord(), ( float ) ( node
3917                     .getYcoord() - d ), c, false ) );
3918             g.fill( _polygon );
3919             g.setPaint( c );
3920             g.draw( _polygon );
3921         }
3922         paintNodeData( g, node, to_graphics_file, to_pdf, is_in_found_nodes );
3923     }
3924
3925     final private void paintConfidenceValues( final Graphics2D g,
3926                                               final PhylogenyNode node,
3927                                               final boolean to_pdf,
3928                                               final boolean to_graphics_file ) {
3929         final List<Confidence> confidences = node.getBranchData().getConfidences();
3930         boolean not_first = false;
3931         Collections.sort( confidences );
3932         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
3933         for( final Confidence confidence : confidences ) {
3934             final double value = confidence.getValue();
3935             if ( value != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
3936                 if ( value < getOptions().getMinConfidenceValue() ) {
3937                     return;
3938                 }
3939                 if ( not_first ) {
3940                     sb.append( "/" );
3941                 }
3942                 else {
3943                     not_first = true;
3944                 }
3945                 sb.append( FORMATTER_CONFIDENCE.format( ForesterUtil.round( value, getOptions()
3946                         .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() ) ) );
3947                 if ( getOptions().isShowConfidenceStddev() ) {
3948                     if ( confidence.getStandardDeviation() != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
3949                         sb.append( "(" );
3950                         sb.append( FORMATTER_CONFIDENCE.format( ForesterUtil.round( confidence.getStandardDeviation(),
3951                                                                                     getOptions()
3952                                                                                             .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() ) ) );
3953                         sb.append( ")" );
3954                     }
3955                 }
3956             }
3957         }
3958         if ( sb.length() > 0 ) {
3959             final double parent_x = node.getParent().getXcoord();
3960             double x = node.getXcoord();
3961             g.setFont( getTreeFontSet().getSmallFont() );
3962             if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) {
3963                 x += EURO_D;
3964             }
3965             else if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) {
3966                 x += ROUNDED_D;
3967             }
3968             if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
3969                 g.setColor( Color.BLACK );
3970             }
3971             else {
3972                 g.setColor( getTreeColorSet().getConfidenceColor() );
3973             }
3974             final String conf_str = sb.toString();
3975             TreePanel
3976                     .drawString( conf_str,
3977                                  parent_x
3978                                          + ( ( x - parent_x - getTreeFontSet()._fm_small.stringWidth( conf_str ) ) / 2 ),
3979                                  ( node.getYcoord() + getTreeFontSet()._small_max_ascent ) - 1,
3980                                  g );
3981         }
3982     }
3983
3984     final private void paintGainedAndLostCharacters( final Graphics2D g,
3985                                                      final PhylogenyNode node,
3986                                                      final String gained,
3987                                                      final String lost ) {
3988         if ( node.getParent() != null ) {
3989             final double parent_x = node.getParent().getXcoord();
3990             final double x = node.getXcoord();
3991             g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont() );
3992             g.setColor( getTreeColorSet().getGainedCharactersColor() );
3993             if ( Constants.SPECIAL_CUSTOM ) {
3994                 g.setColor( Color.BLUE );
3995             }
3996             TreePanel
3997                     .drawString( gained,
3998                                  parent_x + ( ( x - parent_x - getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( gained ) ) / 2 ),
3999                                  ( node.getYcoord() - getTreeFontSet()._fm_large.getMaxDescent() ),
4000                                  g );
4001             g.setColor( getTreeColorSet().getLostCharactersColor() );
4002             TreePanel.drawString( lost,
4003                                   parent_x + ( ( x - parent_x - getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( lost ) ) / 2 ),
4004                                   ( node.getYcoord() + getTreeFontSet()._fm_large.getMaxAscent() ),
4005                                   g );
4006         }
4007     }
4008
4009     /**
4010      * Draw a box at the indicated node.
4011      *
4012      * @param x
4013      * @param y
4014      * @param node
4015      * @param g
4016      */
4017     final private void paintNodeBox( final double x,
4018                                      final double y,
4019                                      final PhylogenyNode node,
4020                                      final Graphics2D g,
4021                                      final boolean to_pdf,
4022                                      final boolean to_graphics_file ) {
4023         if ( node.isCollapse() ) {
4024             return;
4025         }
4026         // if this node should be highlighted, do so
4027         if ( ( _highlight_node == node ) && !to_pdf && !to_graphics_file ) {
4028             g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor0() );
4029             drawOval( x - 8, y - 8, 16, 16, g );
4030             drawOval( x - 9, y - 8, 17, 17, g );
4031             drawOval( x - 9, y - 9, 18, 18, g );
4032         }
4033         if ( ( isInFoundNodes( node ) || isInCurrentExternalNodes( node ) )
4034                 || ( getOptions().isShowDefaultNodeShapesExternal() && node.isExternal() )
4035                 || ( getOptions().isShowDefaultNodeShapesInternal() && node.isInternal() )
4036                 || ( getControlPanel().isEvents() && node.isHasAssignedEvent() && ( node.getNodeData().getEvent()
4037                         .isDuplication()
4038                         || node.getNodeData().getEvent().isSpeciation() || node.getNodeData().getEvent()
4039                         .isSpeciationOrDuplication() ) ) ) {
4040             final double box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize();
4041             final double half_box_size = box_size / 2.0;
4042             Color outline_color = null;
4043             if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4044                 outline_color = Color.BLACK;
4045             }
4046             else if ( isInFoundNodes( node ) || isInCurrentExternalNodes( node ) ) {
4047                 outline_color = getColorForFoundNode( node );
4048             }
4049             else if ( getControlPanel().isEvents() && TreePanelUtil.isHasAssignedEvent( node ) ) {
4050                 final Event event = node.getNodeData().getEvent();
4051                 if ( event.isDuplication() ) {
4052                     outline_color = getTreeColorSet().getDuplicationBoxColor();
4053                 }
4054                 else if ( event.isSpeciation() ) {
4055                     outline_color = getTreeColorSet().getSpecBoxColor();
4056                 }
4057                 else if ( event.isSpeciationOrDuplication() ) {
4058                     outline_color = getTreeColorSet().getDuplicationOrSpeciationColor();
4059                 }
4060             }
4061             else {
4062                 outline_color = getGraphicsForNodeBoxWithColorForParentBranch( node );
4063                 if ( to_pdf && ( outline_color == getTreeColorSet().getBranchColor() ) ) {
4064                     outline_color = getTreeColorSet().getBranchColorForPdf();
4065                 }
4066             }
4067             if ( getOptions().getDefaultNodeShape() == NodeShape.CIRCLE ) {
4068                 if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeFill.GRADIENT ) {
4069                     drawOvalGradient( x - half_box_size, y - half_box_size, box_size, box_size, g, to_pdf ? Color.WHITE
4070                             : outline_color, to_pdf ? outline_color : getBackground(), outline_color );
4071                 }
4072                 else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeFill.NONE ) {
4073                     Color background = getBackground();
4074                     if ( to_pdf ) {
4075                         background = Color.WHITE;
4076                     }
4077                     drawOvalGradient( x - half_box_size,
4078                                       y - half_box_size,
4079                                       box_size,
4080                                       box_size,
4081                                       g,
4082                                       background,
4083                                       background,
4084                                       outline_color );
4085                 }
4086                 else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualData.NodeFill.SOLID ) {
4087                     g.setColor( outline_color );
4088                     drawOvalFilled( x - half_box_size, y - half_box_size, box_size, box_size, g );
4089                 }
4090             }
4091             else if ( getOptions().getDefaultNodeShape() == NodeVisualData.NodeShape.RECTANGLE ) {
4092                 if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualData.NodeFill.GRADIENT ) {
4093                     drawRectGradient( x - half_box_size, y - half_box_size, box_size, box_size, g, to_pdf ? Color.WHITE
4094                             : outline_color, to_pdf ? outline_color : getBackground(), outline_color );
4095                 }
4096                 else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualData.NodeFill.NONE ) {
4097                     Color background = getBackground();
4098                     if ( to_pdf ) {
4099                         background = Color.WHITE;
4100                     }
4101                     drawRectGradient( x - half_box_size,
4102                                       y - half_box_size,
4103                                       box_size,
4104                                       box_size,
4105                                       g,
4106                                       background,
4107                                       background,
4108                                       outline_color );
4109                 }
4110                 else if ( getOptions().getDefaultNodeFill() == NodeVisualData.NodeFill.SOLID ) {
4111                     g.setColor( outline_color );
4112                     drawRectFilled( x - half_box_size, y - half_box_size, box_size, box_size, g );
4113                 }
4114             }
4115         }
4116     }
4117
4118     final private void paintNodeData( final Graphics2D g,
4119                                       final PhylogenyNode node,
4120                                       final boolean to_graphics_file,
4121                                       final boolean to_pdf,
4122                                       final boolean is_in_found_nodes ) {
4123         if ( isNodeDataInvisible( node ) && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
4124             return;
4125         }
4126         if ( getOptions().isShowBranchLengthValues()
4127                 && ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR )
4128                         || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) )
4129                 && ( !node.isRoot() ) && ( node.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) ) {
4130             paintBranchLength( g, node, to_pdf, to_graphics_file );
4131         }
4132         if ( !getControlPanel().isShowInternalData() && !node.isExternal() && !node.isCollapse() ) {
4133             return;
4134         }
4135         _sb.setLength( 0 );
4136         int x = 0;
4137         final int half_box_size = getOptions().getDefaultNodeShapeSize() / 2;
4138         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyImages()
4139                 && ( getImageMap() != null )
4140                 && !getImageMap().isEmpty()
4141                 && node.getNodeData().isHasTaxonomy()
4142                 && ( ( node.getNodeData().getTaxonomy().getUris() != null ) && !node.getNodeData().getTaxonomy()
4143                         .getUris().isEmpty() ) ) {
4144             x += drawTaxonomyImage( node.getXcoord() + 2 + half_box_size, node.getYcoord(), node, g );
4145         }
4146         if ( ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode() || getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames() || getControlPanel()
4147                 .isShowTaxonomyCommonNames() ) && node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
4148             x += paintTaxonomy( g, node, is_in_found_nodes, to_pdf, to_graphics_file, x );
4149         }
4150         setColor( g, node, to_graphics_file, to_pdf, is_in_found_nodes, getTreeColorSet().getSequenceColor() );
4151         if ( node.isCollapse() && ( ( !node.isRoot() && !node.getParent().isCollapse() ) || node.isRoot() ) ) {
4152             if ( _sb.length() > 0 ) {
4153                 _sb.setLength( 0 );
4154                 _sb.append( " (" );
4155                 _sb.append( node.getAllExternalDescendants().size() );
4156                 _sb.append( ")" );
4157             }
4158         }
4159         else {
4160             _sb.setLength( 0 );
4161         }
4162         if ( getControlPanel().isShowNodeNames() && ( node.getName().length() > 0 ) ) {
4163             if ( _sb.length() > 0 ) {
4164                 _sb.append( " " );
4165             }
4166             _sb.append( node.getName() );
4167         }
4168         if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
4169             if ( getControlPanel().isShowSeqSymbols() && ( node.getNodeData().getSequence().getSymbol().length() > 0 ) ) {
4170                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4171                     _sb.append( " " );
4172                 }
4173                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getSymbol() );
4174             }
4175             if ( getControlPanel().isShowGeneNames() && ( node.getNodeData().getSequence().getGeneName().length() > 0 ) ) {
4176                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4177                     _sb.append( " " );
4178                 }
4179                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getGeneName() );
4180             }
4181             if ( getControlPanel().isShowSeqNames() && ( node.getNodeData().getSequence().getName().length() > 0 ) ) {
4182                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4183                     _sb.append( " " );
4184                 }
4185                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getName() );
4186             }
4187             if ( getControlPanel().isShowSequenceAcc() && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) ) {
4188                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4189                     _sb.append( " " );
4190                 }
4191                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() ) ) {
4192                     _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() );
4193                     _sb.append( ":" );
4194                 }
4195                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue() );
4196             }
4197         }
4198         if ( getControlPanel().isShowProperties() && node.getNodeData().isHasProperties() ) {
4199             if ( _sb.length() > 0 ) {
4200                 _sb.append( " " );
4201             }
4202             _sb.append( propertiesToString( node ) );
4203         }
4204         final boolean using_visual_font = setFont( g, node, is_in_found_nodes );
4205         double down_shift_factor = 3.0;
4206         if ( !node.isExternal() && ( node.getNumberOfDescendants() == 1 ) ) {
4207             down_shift_factor = 1;
4208         }
4209         final double pos_x = node.getXcoord() + x + 2 + half_box_size;
4210         double pos_y;
4211         if ( !using_visual_font ) {
4212             pos_y = ( node.getYcoord() + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ) );
4213         }
4214         else {
4215             pos_y = ( node.getYcoord() + ( getFontMetrics( getFont() ).getAscent() / down_shift_factor ) );
4216         }
4217         final String sb_str = _sb.toString();
4218         // GUILHEM_BEG ______________
4219         if ( _control_panel.isShowSequenceRelations() && node.getNodeData().isHasSequence()
4220                 && ( _query_sequence != null ) ) {
4221             int nodeTextBoundsWidth = 0;
4222             if ( sb_str.length() > 0 ) {
4223                 final Rectangle2D node_text_bounds = new TextLayout( sb_str, g.getFont(), _frc ).getBounds(); //would like to remove this 'new', but how...
4224                 nodeTextBoundsWidth = ( int ) node_text_bounds.getWidth();
4225             }
4226             if ( node.getNodeData().getSequence().equals( _query_sequence ) ) {
4227                 if ( nodeTextBoundsWidth > 0 ) { // invert font color and background color to show that this is the query sequence
4228                     g.fillRect( ( int ) pos_x - 1, ( int ) pos_y - 8, nodeTextBoundsWidth + 5, 11 );
4229                     g.setColor( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
4230                 }
4231             }
4232             else {
4233                 final List<SequenceRelation> seqRelations = node.getNodeData().getSequence().getSequenceRelations();
4234                 for( final SequenceRelation seqRelation : seqRelations ) {
4235                     final boolean fGotRelationWithQuery = ( seqRelation.getRef0().isEqual( _query_sequence ) || seqRelation
4236                             .getRef1().isEqual( _query_sequence ) )
4237                             && seqRelation.getType().equals( getControlPanel().getSequenceRelationTypeBox()
4238                                     .getSelectedItem() );
4239                     if ( fGotRelationWithQuery ) { // we will underline the text to show that this sequence is ortholog to the query
4240                         final double linePosX = node.getXcoord() + 2 + half_box_size;
4241                         final String sConfidence = ( !getControlPanel().isShowSequenceRelationConfidence() || ( seqRelation
4242                                 .getConfidence() == null ) ) ? null : " (" + seqRelation.getConfidence().getValue()
4243                                 + ")";
4244                         if ( sConfidence != null ) {
4245                             double confidenceX = pos_x;
4246                             if ( sb_str.length() > 0 ) {
4247                                 confidenceX += new TextLayout( sb_str, g.getFont(), _frc ).getBounds().getWidth()
4248                                         + CONFIDENCE_LEFT_MARGIN;
4249                             }
4250                             if ( confidenceX > linePosX ) { // let's only display confidence value if we are already displaying at least one of Prot/Gene Name and Taxonomy Code
4251                                 final int confidenceWidth = ( int ) new TextLayout( sConfidence, g.getFont(), _frc )
4252                                         .getBounds().getWidth();
4253                                 TreePanel.drawString( sConfidence, confidenceX, pos_y, g );
4254                                 x += CONFIDENCE_LEFT_MARGIN + confidenceWidth;
4255                             }
4256                         }
4257                         if ( ( x + nodeTextBoundsWidth ) > 0 ) /* we only underline if there is something displayed */
4258                         {
4259                             if ( nodeTextBoundsWidth == 0 ) {
4260                                 nodeTextBoundsWidth -= 3; /* the gap between taxonomy code and node name should not be underlined if nothing comes after it */
4261                             }
4262                             else {
4263                                 nodeTextBoundsWidth += 2;
4264                             }
4265                             g.drawLine( ( int ) linePosX + 1, 3 + ( int ) pos_y, ( int ) linePosX + x
4266                                     + nodeTextBoundsWidth, 3 + ( int ) pos_y );
4267                             break;
4268                         }
4269                     }
4270                 }
4271             }
4272         }
4273         if ( sb_str.length() > 0 ) {
4274             TreePanel.drawString( sb_str, pos_x, pos_y, g );
4275         }
4276         // GUILHEM_END _____________
4277         // COMMENTED_OUT_BY_GUILHEM_BEG _______________
4278         // TODO FIXME need to check this one!
4279         //if ( _sb.length() > 0 ) {
4280         //    TreePanel.drawString( _sb.toString(), node.getXcoord() + x + 2 + TreePanel.HALF_BOX_SIZE, node.getYcoord()
4281         //            + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ), g );
4282         //}
4283         // COMMENTED_OUT_BY_GUILHEM_END ________________
4284         if ( getControlPanel().isShowAnnotation() && node.getNodeData().isHasSequence()
4285                 && ( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() != null )
4286                 && ( !node.getNodeData().getSequence().getAnnotations().isEmpty() ) ) {
4287             if ( _sb.length() > 0 ) {
4288                 x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( _sb.toString() ) + 5;
4289             }
4290             final SortedSet<Annotation> ann = node.getNodeData().getSequence().getAnnotations();
4291             if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4292                 g.setColor( Color.BLACK );
4293             }
4294             else if ( getControlPanel().isColorAccordingToAnnotation() ) {
4295                 g.setColor( calculateColorForAnnotation( ann ) );
4296             }
4297             final String ann_str = TreePanelUtil.createAnnotationString( ann, getOptions().isShowAnnotationRefSource() );
4298             TreePanel.drawString( ann_str, node.getXcoord() + x + 3 + half_box_size, node.getYcoord()
4299                     + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ), g );
4300             _sb.setLength( 0 );
4301             _sb.append( ann_str );
4302         }
4303         if ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR )
4304                 || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE )
4305                 || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED ) ) {
4306             if ( ( getControlPanel().isShowBinaryCharacters() || getControlPanel().isShowBinaryCharacterCounts() )
4307                     && node.getNodeData().isHasBinaryCharacters() ) {
4308                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4309                     x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( _sb.toString() ) + 5;
4310                 }
4311                 if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4312                     g.setColor( Color.BLACK );
4313                 }
4314                 else {
4315                     g.setColor( getTreeColorSet().getBinaryDomainCombinationsColor() );
4316                 }
4317                 if ( getControlPanel().isShowBinaryCharacters() ) {
4318                     TreePanel.drawString( node.getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCharactersAsStringBuffer()
4319                             .toString(), node.getXcoord() + x + 1 + half_box_size, node.getYcoord()
4320                             + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ), g );
4321                     paintGainedAndLostCharacters( g, node, node.getNodeData().getBinaryCharacters()
4322                             .getGainedCharactersAsStringBuffer().toString(), node.getNodeData().getBinaryCharacters()
4323                             .getLostCharactersAsStringBuffer().toString() );
4324                 }
4325                 else {
4326                     TreePanel.drawString( " " + node.getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount(),
4327                                           node.getXcoord() + x + 4 + half_box_size,
4328                                           node.getYcoord()
4329                                                   + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / down_shift_factor ),
4330                                           g );
4331                     paintGainedAndLostCharacters( g, node, "+"
4332                             + node.getNodeData().getBinaryCharacters().getGainedCount(), "-"
4333                             + node.getNodeData().getBinaryCharacters().getLostCount() );
4334                 }
4335             }
4336         }
4337     }
4338
4339     private boolean setFont( final Graphics2D g, final PhylogenyNode node, final boolean is_in_found_nodes ) {
4340         Font visual_font = null;
4341         if ( getControlPanel().isUseVisualStyles() && ( node.getNodeData().getNodeVisualData() != null ) ) {
4342             visual_font = node.getNodeData().getNodeVisualData().getFont();
4343             g.setFont( visual_font != null ? visual_font : getTreeFontSet().getLargeFont() );
4344         }
4345         else if ( is_in_found_nodes ) {
4346             g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont().deriveFont( Font.BOLD ) );
4347         }
4348         else {
4349             g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont() );
4350         }
4351         return visual_font != null;
4352     }
4353
4354     private void setColor( final Graphics2D g,
4355                            final PhylogenyNode node,
4356                            final boolean to_graphics_file,
4357                            final boolean to_pdf,
4358                            final boolean is_in_found_nodes,
4359                            final Color default_color ) {
4360         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4361             g.setColor( Color.BLACK );
4362         }
4363         else if ( is_in_found_nodes ) {
4364             g.setColor( getColorForFoundNode( node ) );
4365         }
4366         else if ( getControlPanel().isUseVisualStyles() && ( node.getNodeData().getNodeVisualData() != null )
4367                 && ( node.getNodeData().getNodeVisualData().getFontColor() != null ) ) {
4368             g.setColor( node.getNodeData().getNodeVisualData().getFontColor() );
4369         }
4370         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
4371             g.setColor( getTaxonomyBasedColor( node ) );
4372         }
4373         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToAnnotation()
4374                 && ( node.getNodeData().isHasSequence() && ( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() != null ) && ( !node
4375                         .getNodeData().getSequence().getAnnotations().isEmpty() ) ) ) {
4376             g.setColor( calculateColorForAnnotation( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() ) );
4377         }
4378         else if ( getOptions().isColorLabelsSameAsParentBranch() && getControlPanel().isUseVisualStyles()
4379                 && ( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) != null ) ) {
4380             g.setColor( PhylogenyMethods.getBranchColorValue( node ) );
4381         }
4382         else if ( to_pdf ) {
4383             g.setColor( Color.BLACK );
4384         }
4385         else {
4386             g.setColor( default_color );
4387         }
4388     }
4389
4390     final private void paintNodeDataUnrootedCirc( final Graphics2D g,
4391                                                   final PhylogenyNode node,
4392                                                   final boolean to_pdf,
4393                                                   final boolean to_graphics_file,
4394                                                   final boolean radial_labels,
4395                                                   final double ur_angle,
4396                                                   final boolean is_in_found_nodes ) {
4397         if ( isNodeDataInvisibleUnrootedCirc( node ) && !to_graphics_file && !to_pdf ) {
4398             return;
4399         }
4400         setColor( g, node, to_graphics_file, to_pdf, is_in_found_nodes, getTreeColorSet().getSequenceColor() );
4401         _sb.setLength( 0 );
4402         _sb.append( " " );
4403         if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy()
4404                 && ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode() || getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames() || getControlPanel()
4405                         .isShowTaxonomyCommonNames() ) ) {
4406             final Taxonomy taxonomy = node.getNodeData().getTaxonomy();
4407             if ( _control_panel.isShowTaxonomyCode() && !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getTaxonomyCode() ) ) {
4408                 _sb.append( taxonomy.getTaxonomyCode() );
4409                 _sb.append( " " );
4410             }
4411             if ( _control_panel.isShowTaxonomyScientificNames() && _control_panel.isShowTaxonomyCommonNames() ) {
4412                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() )
4413                         && !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4414                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4415                     _sb.append( " (" );
4416                     _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4417                     _sb.append( ") " );
4418                 }
4419                 else if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() ) ) {
4420                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4421                     _sb.append( " " );
4422                 }
4423                 else if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4424                     _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4425                     _sb.append( " " );
4426                 }
4427             }
4428             else if ( _control_panel.isShowTaxonomyScientificNames() ) {
4429                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() ) ) {
4430                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4431                     _sb.append( " " );
4432                 }
4433             }
4434             else if ( _control_panel.isShowTaxonomyCommonNames() ) {
4435                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4436                     _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4437                     _sb.append( " " );
4438                 }
4439             }
4440         }
4441         if ( node.isCollapse() && ( ( !node.isRoot() && !node.getParent().isCollapse() ) || node.isRoot() ) ) {
4442             _sb.append( " [" );
4443             _sb.append( node.getAllExternalDescendants().size() );
4444             _sb.append( "]" );
4445         }
4446         if ( getControlPanel().isShowNodeNames() && ( node.getName().length() > 0 ) ) {
4447             if ( _sb.length() > 0 ) {
4448                 _sb.append( " " );
4449             }
4450             _sb.append( node.getName() );
4451         }
4452         if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
4453             if ( getControlPanel().isShowSequenceAcc() && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) ) {
4454                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4455                     _sb.append( " " );
4456                 }
4457                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() ) ) {
4458                     _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getSource() );
4459                     _sb.append( ":" );
4460                 }
4461                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue() );
4462             }
4463             if ( getControlPanel().isShowSeqNames() && ( node.getNodeData().getSequence().getName().length() > 0 ) ) {
4464                 if ( _sb.length() > 0 ) {
4465                     _sb.append( " " );
4466                 }
4467                 _sb.append( node.getNodeData().getSequence().getName() );
4468             }
4469         }
4470         final boolean using_visual_font = setFont( g, node, is_in_found_nodes );
4471         //g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont() );
4472         //if ( is_in_found_nodes ) {
4473         //    g.setFont( getTreeFontSet().getLargeFont().deriveFont( Font.BOLD ) );
4474         // }
4475         if ( _sb.length() > 1 ) {
4476             final String sb_str = _sb.toString();
4477             double m = 0;
4478             if ( _graphics_type == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {
4479                 m = _urt_nodeid_angle_map.get( node.getId() ) % TWO_PI;
4480             }
4481             else {
4482                 m = ( float ) ( ur_angle % TWO_PI );
4483             }
4484             _at = g.getTransform();
4485             boolean need_to_reset = false;
4486             final float x_coord = node.getXcoord();
4487             final float y_coord = node.getYcoord() + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / 3.0f );
4488             if ( radial_labels ) {
4489                 need_to_reset = true;
4490                 boolean left = false;
4491                 if ( ( m > HALF_PI ) && ( m < ONEHALF_PI ) ) {
4492                     m -= PI;
4493                     left = true;
4494                 }
4495                 g.rotate( m, x_coord, node.getYcoord() );
4496                 if ( left ) {
4497                     g.translate( -( getTreeFontSet()._fm_large.getStringBounds( sb_str, g ).getWidth() ), 0 );
4498                 }
4499             }
4500             else {
4501                 if ( ( m > HALF_PI ) && ( m < ONEHALF_PI ) ) {
4502                     need_to_reset = true;
4503                     g.translate( -getTreeFontSet()._fm_large.getStringBounds( sb_str, g ).getWidth(), 0 );
4504                 }
4505             }
4506             TreePanel.drawString( sb_str, x_coord, y_coord, g );
4507             if ( need_to_reset ) {
4508                 g.setTransform( _at );
4509             }
4510         }
4511     }
4512
4513     final private void paintNodeLite( final Graphics2D g, final PhylogenyNode node ) {
4514         if ( node.isCollapse() ) {
4515             if ( !node.isRoot() && !node.getParent().isCollapse() ) {
4516                 paintCollapsedNode( g, node, false, false, false );
4517             }
4518             return;
4519         }
4520         if ( isInFoundNodes( node ) || isInCurrentExternalNodes( node ) ) {
4521             g.setColor( getColorForFoundNode( node ) );
4522             drawRectFilled( node.getXSecondary() - OVERVIEW_FOUND_NODE_BOX_SIZE_HALF, node.getYSecondary()
4523                     - OVERVIEW_FOUND_NODE_BOX_SIZE_HALF, OVERVIEW_FOUND_NODE_BOX_SIZE, OVERVIEW_FOUND_NODE_BOX_SIZE, g );
4524         }
4525         float new_x = 0;
4526         if ( !node.isExternal() && !node.isCollapse() ) {
4527             boolean first_child = true;
4528             float y2 = 0.0f;
4529             final int parent_max_branch_to_leaf = getMaxBranchesToLeaf( node );
4530             for( int i = 0; i < node.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
4531                 final PhylogenyNode child_node = node.getChildNode( i );
4532                 int factor_x;
4533                 if ( !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
4534                     factor_x = node.getNumberOfExternalNodes() - child_node.getNumberOfExternalNodes();
4535                 }
4536                 else {
4537                     factor_x = parent_max_branch_to_leaf - getMaxBranchesToLeaf( child_node );
4538                 }
4539                 if ( first_child ) {
4540                     first_child = false;
4541                     y2 = node.getYSecondary()
4542                             - ( getOvYDistance() * ( node.getNumberOfExternalNodes() - child_node
4543                                     .getNumberOfExternalNodes() ) );
4544                 }
4545                 else {
4546                     y2 += getOvYDistance() * child_node.getNumberOfExternalNodes();
4547                 }
4548                 final float x2 = calculateOvBranchLengthToParent( child_node, factor_x );
4549                 new_x = x2 + node.getXSecondary();
4550                 final float diff_y = node.getYSecondary() - y2;
4551                 final float diff_x = node.getXSecondary() - new_x;
4552                 if ( ( diff_y > 2 ) || ( diff_y < -2 ) || ( diff_x > 2 ) || ( diff_x < -2 ) ) {
4553                     paintBranchLite( g, node.getXSecondary(), new_x, node.getYSecondary(), y2, child_node );
4554                 }
4555                 child_node.setXSecondary( new_x );
4556                 child_node.setYSecondary( y2 );
4557                 y2 += getOvYDistance() * child_node.getNumberOfExternalNodes();
4558             }
4559         }
4560     }
4561
4562     final private void paintNodeRectangular( final Graphics2D g,
4563                                              final PhylogenyNode node,
4564                                              final boolean to_pdf,
4565                                              final boolean dynamically_hide,
4566                                              final int dynamic_hiding_factor,
4567                                              final boolean to_graphics_file ) {
4568         final boolean is_in_found_nodes = isInFoundNodes( node ) || isInCurrentExternalNodes( node );
4569         if ( node.isCollapse() ) {
4570             if ( ( !node.isRoot() && !node.getParent().isCollapse() ) ) {
4571                 paintCollapsedNode( g, node, to_graphics_file, to_pdf, is_in_found_nodes );
4572             }
4573             return;
4574         }
4575         if ( node.isExternal() ) {
4576             ++_external_node_index;
4577         }
4578         // Confidence values
4579         if ( getControlPanel().isShowConfidenceValues()
4580                 && !node.isExternal()
4581                 && !node.isRoot()
4582                 && ( ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED )
4583                         || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) || ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) )
4584                 && node.getBranchData().isHasConfidences() ) {
4585             paintConfidenceValues( g, node, to_pdf, to_graphics_file );
4586         }
4587         // Draw a line to root:
4588         if ( node.isRoot() && _phylogeny.isRooted() ) {
4589             paintRootBranch( g, node.getXcoord(), node.getYcoord(), node, to_pdf, to_graphics_file );
4590         }
4591         float new_x = 0;
4592         float new_x_min = Float.MAX_VALUE;
4593         final boolean disallow_shortcutting = dynamic_hiding_factor < 40;
4594         float min_dist = 1.5f;
4595         if ( !disallow_shortcutting ) {
4596             //   System.out.println( dynamic_hiding_factor );
4597             if ( dynamic_hiding_factor > 4000 ) {
4598                 min_dist = 4;
4599             }
4600             else if ( dynamic_hiding_factor > 1000 ) {
4601                 min_dist = 3;
4602             }
4603             else if ( dynamic_hiding_factor > 100 ) {
4604                 min_dist = 2;
4605             }
4606         }
4607         if ( !node.isExternal() && !node.isCollapse() ) {
4608             boolean first_child = true;
4609             float y2 = 0.0f;
4610             final int parent_max_branch_to_leaf = getMaxBranchesToLeaf( node );
4611             for( int i = 0; i < node.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
4612                 final PhylogenyNode child_node = node.getChildNode( i );
4613                 int factor_x;
4614                 if ( !isUniformBranchLengthsForCladogram() ) {
4615                     factor_x = node.getNumberOfExternalNodes() - child_node.getNumberOfExternalNodes();
4616                 }
4617                 else {
4618                     factor_x = parent_max_branch_to_leaf - getMaxBranchesToLeaf( child_node );
4619                 }
4620                 if ( first_child ) {
4621                     first_child = false;
4622                     y2 = node.getYcoord()
4623                             - ( _y_distance * ( node.getNumberOfExternalNodes() - child_node.getNumberOfExternalNodes() ) );
4624                 }
4625                 else {
4626                     y2 += _y_distance * child_node.getNumberOfExternalNodes();
4627                 }
4628                 final float x2 = calculateBranchLengthToParent( child_node, factor_x );
4629                 new_x = x2 + node.getXcoord();
4630                 if ( dynamically_hide && ( x2 < new_x_min ) ) {
4631                     new_x_min = x2;
4632                 }
4633                 final float diff_y = node.getYcoord() - y2;
4634                 final float diff_x = node.getXcoord() - new_x;
4635                 if ( disallow_shortcutting || ( diff_y > min_dist ) || ( diff_y < -min_dist ) || ( diff_x > min_dist )
4636                         || ( diff_x < -min_dist ) || to_graphics_file || to_pdf ) {
4637                     paintBranchRectangular( g,
4638                                             node.getXcoord(),
4639                                             new_x,
4640                                             node.getYcoord(),
4641                                             y2,
4642                                             child_node,
4643                                             to_pdf,
4644                                             to_graphics_file );
4645                 }
4646                 child_node.setXcoord( new_x );
4647                 child_node.setYcoord( y2 );
4648                 y2 += _y_distance * child_node.getNumberOfExternalNodes();
4649             }
4650             paintNodeBox( node.getXcoord(), node.getYcoord(), node, g, to_pdf, to_graphics_file );
4651         }
4652         if ( dynamically_hide
4653                 && !is_in_found_nodes
4654                 && ( ( node.isExternal() && ( ( _external_node_index % dynamic_hiding_factor ) != 1 ) ) || ( !node
4655                         .isExternal() && ( ( new_x_min < 20 ) || ( ( _y_distance * node.getNumberOfExternalNodes() ) < getTreeFontSet()._fm_large
4656                         .getHeight() ) ) ) ) ) {
4657             return;
4658         }
4659         paintNodeData( g, node, to_graphics_file, to_pdf, is_in_found_nodes );
4660         paintNodeWithRenderableData( g, node, to_graphics_file, to_pdf );
4661     }
4662
4663     final private void paintNodeWithRenderableData( final Graphics2D g,
4664                                                     final PhylogenyNode node,
4665                                                     final boolean to_graphics_file,
4666                                                     final boolean to_pdf ) {
4667         if ( isNodeDataInvisible( node ) && !to_graphics_file ) {
4668             return;
4669         }
4670         if ( ( !getControlPanel().isShowInternalData() && !node.isExternal() ) ) {
4671             return;
4672         }
4673         if ( getControlPanel().isShowDomainArchitectures() && node.getNodeData().isHasSequence()
4674                 && ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() != null ) ) {
4675             RenderableDomainArchitecture rds = null;
4676             if ( node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture() instanceof RenderableDomainArchitecture ) {
4677                 try {
4678                     rds = ( RenderableDomainArchitecture ) node.getNodeData().getSequence().getDomainArchitecture();
4679                 }
4680                 catch ( final ClassCastException cce ) {
4681                     cce.printStackTrace();
4682                 }
4683                 if ( rds != null ) {
4684                     rds.setRenderingHeight( 6 );
4685                     int x = 0;
4686                     if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
4687                         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode()
4688                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) ) ) {
4689                             x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getTaxonomy()
4690                                     .getTaxonomyCode()
4691                                     + " " );
4692                         }
4693                         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyScientificNames()
4694                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) ) {
4695                             x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getTaxonomy()
4696                                     .getScientificName()
4697                                     + " " );
4698                         }
4699                         if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCommonNames()
4700                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy().getCommonName() ) ) ) {
4701                             x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getTaxonomy()
4702                                     .getCommonName()
4703                                     + " " );
4704                         }
4705                     }
4706                     if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
4707                         if ( getControlPanel().isShowSeqNames()
4708                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getName() ) ) ) {
4709                             x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getName()
4710                                     + " " );
4711                         }
4712                         if ( getControlPanel().isShowSeqSymbols()
4713                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getSymbol() ) ) ) {
4714                             x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getSymbol()
4715                                     + " " );
4716                         }
4717                         if ( getControlPanel().isShowGeneNames()
4718                                 && ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getGeneName() ) ) ) {
4719                             x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence().getGeneName()
4720                                     + " " );
4721                         }
4722                         if ( getControlPanel().isShowSequenceAcc()
4723                                 && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) ) {
4724                             x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getNodeData().getSequence()
4725                                     .getAccession().toString()
4726                                     + " " );
4727                         }
4728                         if ( getControlPanel().isShowAnnotation()
4729                                 && ( node.getNodeData().getSequence().getAnnotations() != null )
4730                                 && ( !node.getNodeData().getSequence().getAnnotations().isEmpty() ) ) {
4731                             x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( TreePanelUtil.createAnnotationString( node
4732                                     .getNodeData().getSequence().getAnnotations(), getOptions()
4733                                     .isShowAnnotationRefSource() )
4734                                     + " " );
4735                         }
4736                     }
4737                     if ( getControlPanel().isShowNodeNames() && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
4738                         x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( node.getName() + " " );
4739                     }
4740                     rds.render( node.getXcoord() + x, node.getYcoord() - 3, g, this, to_pdf );
4741                 }
4742             }
4743         }
4744         //////////////
4745         if ( getControlPanel().isShowVectorData() && ( node.getNodeData().getVector() != null )
4746                 && ( node.getNodeData().getVector().size() > 0 ) && ( getStatisticsForExpressionValues() != null ) ) {
4747             final RenderableVector rv = RenderableVector.createInstance( node.getNodeData().getVector(),
4748                                                                          getStatisticsForExpressionValues(),
4749                                                                          getConfiguration() );
4750             if ( rv != null ) {
4751                 int x = 0;
4752                 PhylogenyNode my_node = node;
4753                 if ( !getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
4754                     my_node = getPhylogeny().getFirstExternalNode();
4755                 }
4756                 if ( getControlPanel().isShowTaxonomyCode() && ( PhylogenyMethods.getSpecies( my_node ).length() > 0 ) ) {
4757                     x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( PhylogenyMethods.getSpecies( my_node ) + " " );
4758                 }
4759                 if ( getControlPanel().isShowNodeNames() && ( my_node.getName().length() > 0 ) ) {
4760                     x += getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( my_node.getName() + " " );
4761                 }
4762                 rv.render( my_node.getXcoord() + x, node.getYcoord() - 5, g, this, to_pdf );
4763             }
4764         }
4765         //////////////
4766     }
4767
4768     final private void paintOvRectangle( final Graphics2D g ) {
4769         final float w_ratio = ( ( float ) getWidth() ) / getVisibleRect().width;
4770         final float h_ratio = ( ( float ) getHeight() ) / getVisibleRect().height;
4771         final float x_ratio = ( ( float ) getWidth() ) / getVisibleRect().x;
4772         final float y_ratio = ( ( float ) getHeight() ) / getVisibleRect().y;
4773         final float width = getOvMaxWidth() / w_ratio;
4774         final float height = getOvMaxHeight() / h_ratio;
4775         final float x = getVisibleRect().x + getOvXPosition() + ( getOvMaxWidth() / x_ratio );
4776         final float y = getVisibleRect().y + getOvYPosition() + ( getOvMaxHeight() / y_ratio );
4777         g.setColor( getTreeColorSet().getFoundColor0() );
4778         getOvRectangle().setRect( x, y, width, height );
4779         final Stroke s = g.getStroke();
4780         g.setStroke( STROKE_1 );
4781         if ( ( width < 6 ) && ( height < 6 ) ) {
4782             drawRectFilled( x, y, 6, 6, g );
4783             getOvVirtualRectangle().setRect( x, y, 6, 6 );
4784         }
4785         else if ( width < 6 ) {
4786             drawRectFilled( x, y, 6, height, g );
4787             getOvVirtualRectangle().setRect( x, y, 6, height );
4788         }
4789         else if ( height < 6 ) {
4790             drawRectFilled( x, y, width, 6, g );
4791             getOvVirtualRectangle().setRect( x, y, width, 6 );
4792         }
4793         else {
4794             drawRect( x, y, width, height, g );
4795             if ( isInOvRect() ) {
4796                 drawRect( x + 1, y + 1, width - 2, height - 2, g );
4797             }
4798             getOvVirtualRectangle().setRect( x, y, width, height );
4799         }
4800         g.setStroke( s );
4801     }
4802
4803     final private void paintPhylogenyLite( final Graphics2D g ) {
4804         _phylogeny
4805                 .getRoot()
4806                 .setXSecondary( ( float ) ( getVisibleRect().x + getOvXPosition() + ( MOVE / ( getVisibleRect().width / getOvRectangle()
4807                         .getWidth() ) ) ) );
4808         _phylogeny.getRoot().setYSecondary( ( getVisibleRect().y + getOvYStart() ) );
4809         final Stroke s = g.getStroke();
4810         g.setStroke( STROKE_05 );
4811         for( final PhylogenyNode element : _nodes_in_preorder ) {
4812             paintNodeLite( g, element );
4813         }
4814         g.setStroke( s );
4815         paintOvRectangle( g );
4816     }
4817
4818     /**
4819      * Paint the root branch. (Differs from others because it will always be a
4820      * single horizontal line).
4821      * @param to_graphics_file
4822      *
4823      * @return new x1 value
4824      */
4825     final private void paintRootBranch( final Graphics2D g,
4826                                         final float x1,
4827                                         final float y1,
4828                                         final PhylogenyNode root,
4829                                         final boolean to_pdf,
4830                                         final boolean to_graphics_file ) {
4831         assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( root, false, g, to_pdf, to_graphics_file );
4832         float d = getXdistance();
4833         if ( getControlPanel().isDrawPhylogram() && ( root.getDistanceToParent() > 0.0 ) ) {
4834             d = ( float ) ( getXcorrectionFactor() * root.getDistanceToParent() );
4835         }
4836         if ( d < MIN_ROOT_LENGTH ) {
4837             d = MIN_ROOT_LENGTH;
4838         }
4839         if ( !getControlPanel().isWidthBranches() || ( PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( root ) == 1 ) ) {
4840             drawLine( x1 - d, root.getYcoord(), x1, root.getYcoord(), g );
4841         }
4842         else {
4843             final double w = PhylogenyMethods.getBranchWidthValue( root );
4844             drawRectFilled( x1 - d, root.getYcoord() - ( w / 2 ), d, w, g );
4845         }
4846         paintNodeBox( x1, root.getYcoord(), root, g, to_pdf, to_graphics_file );
4847     }
4848
4849     final private void paintScale( final Graphics2D g,
4850                                    int x1,
4851                                    int y1,
4852                                    final boolean to_pdf,
4853                                    final boolean to_graphics_file ) {
4854         x1 += MOVE;
4855         final double x2 = x1 + ( getScaleDistance() * getXcorrectionFactor() );
4856         y1 -= 12;
4857         final int y2 = y1 - 8;
4858         final int y3 = y1 - 4;
4859         g.setFont( getTreeFontSet().getSmallFont() );
4860         if ( ( to_pdf || to_graphics_file ) && getOptions().isPrintBlackAndWhite() ) {
4861             g.setColor( Color.BLACK );
4862         }
4863         else {
4864             g.setColor( getTreeColorSet().getBranchLengthColor() );
4865         }
4866         final Stroke s = g.getStroke();
4867         g.setStroke( STROKE_1 );
4868         drawLine( x1, y1, x1, y2, g );
4869         drawLine( x2, y1, x2, y2, g );
4870         drawLine( x1, y3, x2, y3, g );
4871         if ( getScaleLabel() != null ) {
4872             g.drawString( getScaleLabel(), ( x1 + 2 ), y3 - 2 );
4873         }
4874         g.setStroke( s );
4875     }
4876
4877     final private int paintTaxonomy( final Graphics2D g,
4878                                      final PhylogenyNode node,
4879                                      final boolean is_in_found_nodes,
4880                                      final boolean to_pdf,
4881                                      final boolean to_graphics_file,
4882                                      final double x_shift ) {
4883         final Taxonomy taxonomy = node.getNodeData().getTaxonomy();
4884         final boolean using_visual_font = setFont( g, node, is_in_found_nodes );
4885         setColor( g, node, to_graphics_file, to_pdf, is_in_found_nodes, getTreeColorSet().getTaxonomyColor() );
4886         final double start_x = node.getXcoord() + 3 + ( getOptions().getDefaultNodeShapeSize() / 2 ) + x_shift;
4887         double start_y;
4888         if ( !using_visual_font ) {
4889             start_y = node.getYcoord()
4890                     + ( getTreeFontSet()._fm_large.getAscent() / ( node.getNumberOfDescendants() == 1 ? 1 : 3.0 ) );
4891         }
4892         else {
4893             start_y = node.getYcoord()
4894                     + ( getFontMetrics( getFont() ).getAscent() / ( node.getNumberOfDescendants() == 1 ? 1 : 3.0 ) );
4895         }
4896         _sb.setLength( 0 );
4897         if ( _control_panel.isShowTaxonomyCode() && !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getTaxonomyCode() ) ) {
4898             _sb.append( taxonomy.getTaxonomyCode() );
4899             _sb.append( " " );
4900         }
4901         if ( _control_panel.isShowTaxonomyScientificNames() && _control_panel.isShowTaxonomyCommonNames() ) {
4902             if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() )
4903                     && !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4904                 if ( getOptions().isAbbreviateScientificTaxonNames()
4905                         && ( taxonomy.getScientificName().indexOf( ' ' ) > 0 ) ) {
4906                     abbreviateScientificName( taxonomy.getScientificName() );
4907                 }
4908                 else {
4909                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4910                 }
4911                 _sb.append( " (" );
4912                 _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4913                 _sb.append( ") " );
4914             }
4915             else if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() ) ) {
4916                 if ( getOptions().isAbbreviateScientificTaxonNames()
4917                         && ( taxonomy.getScientificName().indexOf( ' ' ) > 0 ) ) {
4918                     abbreviateScientificName( taxonomy.getScientificName() );
4919                 }
4920                 else {
4921                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4922                 }
4923                 _sb.append( " " );
4924             }
4925             else if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4926                 _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4927                 _sb.append( " " );
4928             }
4929         }
4930         else if ( _control_panel.isShowTaxonomyScientificNames() ) {
4931             if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getScientificName() ) ) {
4932                 if ( getOptions().isAbbreviateScientificTaxonNames()
4933                         && ( taxonomy.getScientificName().indexOf( ' ' ) > 0 ) ) {
4934                     abbreviateScientificName( taxonomy.getScientificName() );
4935                 }
4936                 else {
4937                     _sb.append( taxonomy.getScientificName() );
4938                 }
4939                 _sb.append( " " );
4940             }
4941         }
4942         else if ( _control_panel.isShowTaxonomyCommonNames() ) {
4943             if ( !ForesterUtil.isEmpty( taxonomy.getCommonName() ) ) {
4944                 _sb.append( taxonomy.getCommonName() );
4945                 _sb.append( " " );
4946             }
4947         }
4948         final String label = _sb.toString();
4949         /* GUILHEM_BEG */
4950         if ( _control_panel.isShowSequenceRelations() && ( label.length() > 0 )
4951                 && ( node.getNodeData().isHasSequence() ) && node.getNodeData().getSequence().equals( _query_sequence ) ) {
4952             // invert font color and background color to show that this is the query sequence
4953             final Rectangle2D nodeTextBounds = new TextLayout( label, g.getFont(), new FontRenderContext( null,
4954                                                                                                           false,
4955                                                                                                           false ) )
4956                     .getBounds();
4957             g.fillRect( ( int ) start_x - 1, ( int ) start_y - 8, ( int ) nodeTextBounds.getWidth() + 4, 11 );
4958             g.setColor( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
4959         }
4960         /* GUILHEM_END */
4961         TreePanel.drawString( label, start_x, start_y, g );
4962         if ( is_in_found_nodes ) {
4963             return getTreeFontSet()._fm_large_bold.stringWidth( label );
4964         }
4965         else {
4966             if ( !using_visual_font ) {
4967                 return getTreeFontSet()._fm_large.stringWidth( label );
4968             }
4969             return getFontMetrics( getFont() ).stringWidth( label );
4970         }
4971     }
4972
4973     final private void paintUnrooted( final PhylogenyNode n,
4974                                       final double low_angle,
4975                                       final double high_angle,
4976                                       final boolean radial_labels,
4977                                       final Graphics2D g,
4978                                       final boolean to_pdf,
4979                                       final boolean to_graphics_file ) {
4980         if ( n.isRoot() ) {
4981             n.setXcoord( getWidth() / 2 );
4982             n.setYcoord( getHeight() / 2 );
4983         }
4984         if ( n.isExternal() ) {
4985             paintNodeDataUnrootedCirc( g,
4986                                        n,
4987                                        to_pdf,
4988                                        to_graphics_file,
4989                                        radial_labels,
4990                                        ( high_angle + low_angle ) / 2,
4991                                        isInFoundNodes( n ) || isInCurrentExternalNodes( n ) );
4992             return;
4993         }
4994         final float num_enclosed = n.getNumberOfExternalNodes();
4995         final float x = n.getXcoord();
4996         final float y = n.getYcoord();
4997         double current_angle = low_angle;
4998         // final boolean n_below = n.getYcoord() < getVisibleRect().getMinY() - 20;
4999         // final boolean n_above = n.getYcoord() > getVisibleRect().getMaxY() + 20;
5000         // final boolean n_left = n.getXcoord() < getVisibleRect().getMinX() - 20;
5001         // final boolean n_right = n.getXcoord() > getVisibleRect().getMaxX() + 20;
5002         for( int i = 0; i < n.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
5003             final PhylogenyNode desc = n.getChildNode( i );
5004             ///  if ( ( ( n_below ) & ( desc.getYcoord() < getVisibleRect().getMinY() - 20 ) )
5005             //          || ( ( n_above ) & ( desc.getYcoord() > getVisibleRect().getMaxY() + 20 ) )
5006             //         || ( ( n_left ) & ( desc.getXcoord() < getVisibleRect().getMinX() - 20 ) )
5007             //          || ( ( n_right ) & ( desc.getXcoord() > getVisibleRect().getMaxX() + 20 ) ) ) {
5008             //     continue;
5009             // }
5010             //if ( ( desc.getYcoord() > n.getYcoord() ) && ( n.getYcoord() > getVisibleRect().getMaxY() - 20 ) ) {
5011             //    continue;
5012             //}
5013             //if ( ( desc.getYcoord() < n.getYcoord() ) && ( n.getYcoord() < getVisibleRect().getMinY() + 20 ) ) {
5014             //    continue;
5015             // }
5016             final int desc_num_enclosed = desc.getNumberOfExternalNodes();
5017             final double arc_size = ( desc_num_enclosed / num_enclosed ) * ( high_angle - low_angle );
5018             float length;
5019             if ( isPhyHasBranchLengths() && getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
5020                 if ( desc.getDistanceToParent() < 0 ) {
5021                     length = 0;
5022                 }
5023                 else {
5024                     length = ( float ) ( desc.getDistanceToParent() * getUrtFactor() );
5025                 }
5026             }
5027             else {
5028                 length = getUrtFactor();
5029             }
5030             final double mid_angle = current_angle + ( arc_size / 2 );
5031             final float new_x = ( float ) ( x + ( Math.cos( mid_angle ) * length ) );
5032             final float new_y = ( float ) ( y + ( Math.sin( mid_angle ) * length ) );
5033             desc.setXcoord( new_x );
5034             desc.setYcoord( new_y );
5035             paintUnrooted( desc, current_angle, current_angle + arc_size, radial_labels, g, to_pdf, to_graphics_file );
5036             current_angle += arc_size;
5037             assignGraphicsForBranchWithColorForParentBranch( desc, false, g, to_pdf, to_graphics_file );
5038             drawLine( x, y, new_x, new_y, g );
5039             paintNodeBox( new_x, new_y, desc, g, to_pdf, to_graphics_file );
5040         }
5041         if ( n.isRoot() ) {
5042             paintNodeBox( n.getXcoord(), n.getYcoord(), n, g, to_pdf, to_graphics_file );
5043         }
5044     }
5045
5046     final private void paintUnrootedLite( final PhylogenyNode n,
5047                                           final double low_angle,
5048                                           final double high_angle,
5049                                           final Graphics2D g,
5050                                           final float urt_ov_factor ) {
5051         if ( n.isRoot() ) {
5052             final int x_pos = ( int ) ( getVisibleRect().x + getOvXPosition() + ( getOvMaxWidth() / 2 ) );
5053             final int y_pos = ( int ) ( getVisibleRect().y + getOvYPosition() + ( getOvMaxHeight() / 2 ) );
5054             n.setXSecondary( x_pos );
5055             n.setYSecondary( y_pos );
5056         }
5057         if ( n.isExternal() ) {
5058             return;
5059         }
5060         final float num_enclosed = n.getNumberOfExternalNodes();
5061         final float x = n.getXSecondary();
5062         final float y = n.getYSecondary();
5063         double current_angle = low_angle;
5064         for( int i = 0; i < n.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
5065             final PhylogenyNode desc = n.getChildNode( i );
5066             final int desc_num_enclosed = desc.getNumberOfExternalNodes();
5067             final double arc_size = ( desc_num_enclosed / num_enclosed ) * ( high_angle - low_angle );
5068             float length;
5069             if ( isPhyHasBranchLengths() && getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
5070                 if ( desc.getDistanceToParent() < 0 ) {
5071                     length = 0;
5072                 }
5073                 else {
5074                     length = ( float ) ( desc.getDistanceToParent() * urt_ov_factor );
5075                 }
5076             }
5077             else {
5078                 length = urt_ov_factor;
5079             }
5080             final double mid_angle = current_angle + ( arc_size / 2 );
5081             final float new_x = ( float ) ( x + ( Math.cos( mid_angle ) * length ) );
5082             final float new_y = ( float ) ( y + ( Math.sin( mid_angle ) * length ) );
5083             desc.setXSecondary( new_x );
5084             desc.setYSecondary( new_y );
5085             if ( isInFoundNodes( desc ) || isInCurrentExternalNodes( desc ) ) {
5086                 g.setColor( getColorForFoundNode( desc ) );
5087                 drawRectFilled( desc.getXSecondary() - OVERVIEW_FOUND_NODE_BOX_SIZE_HALF,
5088                                 desc.getYSecondary() - OVERVIEW_FOUND_NODE_BOX_SIZE_HALF,
5089                                 OVERVIEW_FOUND_NODE_BOX_SIZE,
5090                                 OVERVIEW_FOUND_NODE_BOX_SIZE,
5091                                 g );
5092                 g.setColor( getTreeColorSet().getOvColor() );
5093             }
5094             paintUnrootedLite( desc, current_angle, current_angle + arc_size, g, urt_ov_factor );
5095             current_angle += arc_size;
5096             drawLine( x, y, new_x, new_y, g );
5097         }
5098     }
5099
5100     final private void pasteSubtree( final PhylogenyNode node ) {
5101         if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
5102             errorMessageNoCutCopyPasteInUnrootedDisplay();
5103             return;
5104         }
5105         if ( ( getCutOrCopiedTree() == null ) || getCutOrCopiedTree().isEmpty() ) {
5106             JOptionPane.showMessageDialog( this,
5107                                            "No tree in buffer (need to copy or cut a subtree first)",
5108                                            "Attempt to paste with empty buffer",
5109                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
5110             return;
5111         }
5112         final String label = createASimpleTextRepresentationOfANode( getCutOrCopiedTree().getRoot() );
5113         final Object[] options = { "As sibling", "As descendant", "Cancel" };
5114         final int r = JOptionPane.showOptionDialog( this,
5115                                                     "How to paste subtree" + label + "?",
5116                                                     "Paste Subtree",
5117                                                     JOptionPane.CLOSED_OPTION,
5118                                                     JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
5119                                                     null,
5120                                                     options,
5121                                                     options[ 2 ] );
5122         boolean paste_as_sibling = true;
5123         if ( r == 1 ) {
5124             paste_as_sibling = false;
5125         }
5126         else if ( r != 0 ) {
5127             return;
5128         }
5129         final Phylogeny buffer_phy = getCutOrCopiedTree().copy();
5130         buffer_phy.setAllNodesToNotCollapse();
5131         PhylogenyMethods.preOrderReId( buffer_phy );
5132         buffer_phy.setRooted( true );
5133         boolean need_to_show_whole = false;
5134         if ( paste_as_sibling ) {
5135             if ( node.isRoot() ) {
5136                 JOptionPane.showMessageDialog( this,
5137                                                "Cannot paste sibling to root",
5138                                                "Attempt to paste sibling to root",
5139                                                JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
5140                 return;
5141             }
5142             buffer_phy.addAsSibling( node );
5143         }
5144         else {
5145             if ( ( node.getNumberOfExternalNodes() == 1 ) && node.isRoot() ) {
5146                 need_to_show_whole = true;
5147                 _phylogeny = buffer_phy;
5148             }
5149             else {
5150                 buffer_phy.addAsChild( node );
5151             }
5152         }
5153         if ( getCopiedAndPastedNodes() == null ) {
5154             setCopiedAndPastedNodes( new HashSet<Long>() );
5155         }
5156         final List<PhylogenyNode> nodes = PhylogenyMethods.obtainAllNodesAsList( buffer_phy );
5157         final Set<Long> node_ids = new HashSet<Long>( nodes.size() );
5158         for( final PhylogenyNode n : nodes ) {
5159             node_ids.add( n.getId() );
5160         }
5161         node_ids.add( node.getId() );
5162         getCopiedAndPastedNodes().addAll( node_ids );
5163         setNodeInPreorderToNull();
5164         _phylogeny.externalNodesHaveChanged();
5165         _phylogeny.clearHashIdToNodeMap();
5166         _phylogeny.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
5167         resetNodeIdToDistToLeafMap();
5168         setEdited( true );
5169         if ( need_to_show_whole ) {
5170             getControlPanel().showWhole();
5171         }
5172         repaint();
5173     }
5174
5175     private final StringBuffer propertiesToString( final PhylogenyNode node ) {
5176         final PropertiesMap properties = node.getNodeData().getProperties();
5177         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
5178         boolean first = true;
5179         for( final String ref : properties.getPropertyRefs() ) {
5180             if ( first ) {
5181                 first = false;
5182             }
5183             else {
5184                 sb.append( " " );
5185             }
5186             final Property p = properties.getProperty( ref );
5187             sb.append( TreePanelUtil.getPartAfterColon( p.getRef() ) );
5188             sb.append( "=" );
5189             sb.append( p.getValue() );
5190             if ( !ForesterUtil.isEmpty( p.getUnit() ) ) {
5191                 sb.append( TreePanelUtil.getPartAfterColon( p.getUnit() ) );
5192             }
5193         }
5194         return sb;
5195     }
5196
5197     final private void setCopiedAndPastedNodes( final Set<Long> nodeIds ) {
5198         getMainPanel().setCopiedAndPastedNodes( nodeIds );
5199     }
5200
5201     final private void setCutOrCopiedTree( final Phylogeny cut_or_copied_tree ) {
5202         getMainPanel().setCutOrCopiedTree( cut_or_copied_tree );
5203     }
5204
5205     final private void setInOv( final boolean in_ov ) {
5206         _in_ov = in_ov;
5207     }
5208
5209     final private void setOvMaxHeight( final float ov_max_height ) {
5210         _ov_max_height = ov_max_height;
5211     }
5212
5213     final private void setOvMaxWidth( final float ov_max_width ) {
5214         _ov_max_width = ov_max_width;
5215     }
5216
5217     final private void setOvXcorrectionFactor( final float f ) {
5218         _ov_x_correction_factor = f;
5219     }
5220
5221     final private void setOvXDistance( final float ov_x_distance ) {
5222         _ov_x_distance = ov_x_distance;
5223     }
5224
5225     final private void setOvXPosition( final int ov_x_position ) {
5226         _ov_x_position = ov_x_position;
5227     }
5228
5229     final private void setOvYDistance( final float ov_y_distance ) {
5230         _ov_y_distance = ov_y_distance;
5231     }
5232
5233     final private void setOvYPosition( final int ov_y_position ) {
5234         _ov_y_position = ov_y_position;
5235     }
5236
5237     final private void setOvYStart( final int ov_y_start ) {
5238         _ov_y_start = ov_y_start;
5239     }
5240
5241     final private void setScaleDistance( final double scale_distance ) {
5242         _scale_distance = scale_distance;
5243     }
5244
5245     final private void setScaleLabel( final String scale_label ) {
5246         _scale_label = scale_label;
5247     }
5248
5249     private final void setupStroke( final Graphics2D g ) {
5250         if ( getYdistance() < 0.001 ) {
5251             g.setStroke( STROKE_005 );
5252         }
5253         else if ( getYdistance() < 0.01 ) {
5254             g.setStroke( STROKE_01 );
5255         }
5256         else if ( getYdistance() < 0.5 ) {
5257             g.setStroke( STROKE_025 );
5258         }
5259         else if ( getYdistance() < 1 ) {
5260             g.setStroke( STROKE_05 );
5261         }
5262         else if ( getYdistance() < 2 ) {
5263             g.setStroke( STROKE_075 );
5264         }
5265         else if ( getYdistance() < 20 ) {
5266             g.setStroke( STROKE_1 );
5267         }
5268         else {
5269             g.setStroke( STROKE_2 );
5270         }
5271     }
5272
5273     final private void setUpUrtFactor() {
5274         final int d = getVisibleRect().width < getVisibleRect().height ? getVisibleRect().width
5275                 : getVisibleRect().height;
5276         if ( isPhyHasBranchLengths() && getControlPanel().isDrawPhylogram() ) {
5277             setUrtFactor( ( float ) ( d / ( 2 * getMaxDistanceToRoot() ) ) );
5278         }
5279         else {
5280             final int max_depth = _circ_max_depth;
5281             if ( max_depth > 0 ) {
5282                 setUrtFactor( d / ( 2 * max_depth ) );
5283             }
5284             else {
5285                 setUrtFactor( d / 2 );
5286             }
5287         }
5288         setUrtFactorOv( getUrtFactor() );
5289     }
5290
5291     final private void setUrtFactor( final float urt_factor ) {
5292         _urt_factor = urt_factor;
5293     }
5294
5295     final private void setUrtFactorOv( final float urt_factor_ov ) {
5296         _urt_factor_ov = urt_factor_ov;
5297     }
5298
5299     private void showExtDescNodeData( final PhylogenyNode node ) {
5300         final List<String> data = new ArrayList<String>();
5301         final List<PhylogenyNode> nodes = node.getAllExternalDescendants();
5302         if ( ( getFoundNodes0() != null ) || ( getFoundNodes1() != null ) ) {
5303             for( final PhylogenyNode n : getFoundNodesAsListOfPhylogenyNodes() ) {
5304                 if ( !nodes.contains( n ) ) {
5305                     nodes.add( n );
5306                 }
5307             }
5308         }
5309         for( final PhylogenyNode n : nodes ) {
5310             switch ( getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() ) {
5311                 case NODE_NAME:
5312                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getName() ) ) {
5313                         data.add( n.getName() );
5314                     }
5315                     break;
5316                 case SEQUENCE_NAME:
5317                     if ( n.getNodeData().isHasSequence()
5318                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getName() ) ) {
5319                         data.add( n.getNodeData().getSequence().getName() );
5320                     }
5321                     break;
5322                 case GENE_NAME:
5323                     if ( n.getNodeData().isHasSequence()
5324                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getGeneName() ) ) {
5325                         data.add( n.getNodeData().getSequence().getGeneName() );
5326                     }
5327                     break;
5328                 case SEQUENCE_SYMBOL:
5329                     if ( n.getNodeData().isHasSequence()
5330                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getSymbol() ) ) {
5331                         data.add( n.getNodeData().getSequence().getSymbol() );
5332                     }
5333                     break;
5334                 case SEQUENCE_MOL_SEQ:
5335                     if ( n.getNodeData().isHasSequence()
5336                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
5337                         data.add( n.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() );
5338                     }
5339                     break;
5340                 case SEQUENCE_MOL_SEQ_FASTA:
5341                     final StringBuilder sb = new StringBuilder();
5342                     if ( n.getNodeData().isHasSequence()
5343                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
5344                         final StringBuilder ann = new StringBuilder();
5345                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getName() ) ) {
5346                             ann.append( n.getName() );
5347                             ann.append( "|" );
5348                         }
5349                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getSymbol() ) ) {
5350                             ann.append( "SYM=" );
5351                             ann.append( n.getNodeData().getSequence().getSymbol() );
5352                             ann.append( "|" );
5353                         }
5354                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getName() ) ) {
5355                             ann.append( "NAME=" );
5356                             ann.append( n.getNodeData().getSequence().getName() );
5357                             ann.append( "|" );
5358                         }
5359                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getGeneName() ) ) {
5360                             ann.append( "GN=" );
5361                             ann.append( n.getNodeData().getSequence().getGeneName() );
5362                             ann.append( "|" );
5363                         }
5364                         if ( n.getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) {
5365                             ann.append( "ACC=" );
5366                             ann.append( n.getNodeData().getSequence().getAccession().asText() );
5367                             ann.append( "|" );
5368                         }
5369                         if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
5370                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) ) {
5371                                 ann.append( "TAXID=" );
5372                                 ann.append( n.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() );
5373                                 ann.append( "|" );
5374                             }
5375                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) {
5376                                 ann.append( "SN=" );
5377                                 ann.append( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() );
5378                                 ann.append( "|" );
5379                             }
5380                         }
5381                         String ann_str;
5382                         if ( ann.charAt( ann.length() - 1 ) == '|' ) {
5383                             ann_str = ann.substring( 0, ann.length() - 1 );
5384                         }
5385                         else {
5386                             ann_str = ann.toString();
5387                         }
5388                         sb.append( SequenceWriter.toFasta( ann_str, n.getNodeData().getSequence()
5389                                 .getMolecularSequence(), 60 ) );
5390                         data.add( sb.toString() );
5391                     }
5392                     break;
5393                 case SEQUENCE_ACC:
5394                     if ( n.getNodeData().isHasSequence() && ( n.getNodeData().getSequence().getAccession() != null )
5395                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getSequence().getAccession().toString() ) ) {
5396                         data.add( n.getNodeData().getSequence().getAccession().toString() );
5397                     }
5398                     break;
5399                 case TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME:
5400                     if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy()
5401                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) {
5402                         data.add( n.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() );
5403                     }
5404                     break;
5405                 case TAXONOMY_COMM0N_NAME:
5406                     if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy()
5407                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getCommonName() ) ) {
5408                         data.add( n.getNodeData().getTaxonomy().getCommonName() );
5409                     }
5410                     break;
5411                 case TAXONOMY_CODE:
5412                     if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy()
5413                             && !ForesterUtil.isEmpty( n.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) ) {
5414                         data.add( n.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() );
5415                     }
5416                     break;
5417                 case UNKNOWN:
5418                     TreePanelUtil.showExtDescNodeDataUserSelectedHelper( getControlPanel(), n, data );
5419                     break;
5420                 default:
5421                     throw new IllegalArgumentException( "unknown data element: "
5422                             + getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() );
5423             }
5424         } // for loop
5425         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
5426         final int size = TreePanelUtil.makeSB( data, getOptions(), sb );
5427         if ( ( getConfiguration().getExtNodeDataReturnOn() == EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE )
5428                 || ( getConfiguration().getExtNodeDataReturnOn() == EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.BUFFER_ONLY ) ) {
5429             if ( getConfiguration().getExtNodeDataReturnOn() == EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.CONSOLE ) {
5430                 System.out.println( sb );
5431             }
5432             if ( sb.length() < 1 ) {
5433                 clearCurrentExternalNodesDataBuffer();
5434             }
5435             else {
5436                 setCurrentExternalNodesDataBuffer( sb );
5437             }
5438         }
5439         else if ( getConfiguration().getExtNodeDataReturnOn() == EXT_NODE_DATA_RETURN_ON.WINODW ) {
5440             if ( sb.length() < 1 ) {
5441                 TreePanelUtil.showInformationMessage( this, "No Appropriate Data (" + obtainTitleForExtDescNodeData()
5442                         + ")", "Descendants of selected node do not contain selected data" );
5443                 clearCurrentExternalNodesDataBuffer();
5444             }
5445             else {
5446                 setCurrentExternalNodesDataBuffer( sb );
5447                 String title;
5448                 if ( ( getFoundNodes0() != null ) && !getFoundNodes0().isEmpty() ) {
5449                     title = ( getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() == NODE_DATA.UNKNOWN ? "Data"
5450                             : obtainTitleForExtDescNodeData() )
5451                             + " for "
5452                             + data.size()
5453                             + " nodes, unique entries: "
5454                             + size;
5455                 }
5456                 else {
5457                     title = ( getOptions().getExtDescNodeDataToReturn() == NODE_DATA.UNKNOWN ? "Data"
5458                             : obtainTitleForExtDescNodeData() )
5459                             + " for "
5460                             + data.size()
5461                             + "/"
5462                             + node.getNumberOfExternalNodes()
5463                             + " external descendats of node "
5464                             + node
5465                             + ", unique entries: " + size;
5466                 }
5467                 final String s = sb.toString().trim();
5468                 if ( getMainPanel().getMainFrame() == null ) {
5469                     // Must be "E" applet version.
5470                     final ArchaeopteryxE ae = ( ArchaeopteryxE ) ( ( MainPanelApplets ) getMainPanel() ).getApplet();
5471                     ae.showTextFrame( s, title );
5472                 }
5473                 else {
5474                     getMainPanel().getMainFrame().showTextFrame( s, title );
5475                 }
5476             }
5477         }
5478     }
5479
5480     final private void showNodeDataPopup( final MouseEvent e, final PhylogenyNode node ) {
5481         try {
5482             if ( ( node.getName().length() > 0 )
5483                     || ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() && !TreePanelUtil.isTaxonomyEmpty( node.getNodeData()
5484                             .getTaxonomy() ) )
5485                     || ( node.getNodeData().isHasSequence() && !TreePanelUtil.isSequenceEmpty( node.getNodeData()
5486                             .getSequence() ) ) || ( node.getNodeData().isHasDate() )
5487                     || ( node.getNodeData().isHasDistribution() ) || node.getBranchData().isHasConfidences() ) {
5488                 _popup_buffer.setLength( 0 );
5489                 short lines = 0;
5490                 if ( node.getName().length() > 0 ) {
5491                     lines++;
5492                     _popup_buffer.append( node.getName() );
5493                 }
5494                 if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy()
5495                         && !TreePanelUtil.isTaxonomyEmpty( node.getNodeData().getTaxonomy() ) ) {
5496                     lines++;
5497                     boolean enc_data = false;
5498                     final Taxonomy tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
5499                     if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5500                         _popup_buffer.append( "\n" );
5501                     }
5502                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
5503                         _popup_buffer.append( "[" );
5504                         _popup_buffer.append( tax.getTaxonomyCode() );
5505                         _popup_buffer.append( "]" );
5506                         enc_data = true;
5507                     }
5508                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
5509                         if ( enc_data ) {
5510                             _popup_buffer.append( " " );
5511                         }
5512                         _popup_buffer.append( tax.getScientificName() );
5513                         enc_data = true;
5514                     }
5515                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
5516                         if ( enc_data ) {
5517                             _popup_buffer.append( " (" );
5518                         }
5519                         else {
5520                             _popup_buffer.append( "(" );
5521                         }
5522                         _popup_buffer.append( tax.getCommonName() );
5523                         _popup_buffer.append( ")" );
5524                         enc_data = true;
5525                     }
5526                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getAuthority() ) ) {
5527                         if ( enc_data ) {
5528                             _popup_buffer.append( " (" );
5529                         }
5530                         else {
5531                             _popup_buffer.append( "(" );
5532                         }
5533                         _popup_buffer.append( tax.getAuthority() );
5534                         _popup_buffer.append( ")" );
5535                         enc_data = true;
5536                     }
5537                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getRank() ) ) {
5538                         if ( enc_data ) {
5539                             _popup_buffer.append( " [" );
5540                         }
5541                         else {
5542                             _popup_buffer.append( "[" );
5543                         }
5544                         _popup_buffer.append( tax.getRank() );
5545                         _popup_buffer.append( "]" );
5546                         enc_data = true;
5547                     }
5548                     if ( tax.getSynonyms().size() > 0 ) {
5549                         if ( enc_data ) {
5550                             _popup_buffer.append( " " );
5551                         }
5552                         _popup_buffer.append( "[" );
5553                         int counter = 1;
5554                         for( final String syn : tax.getSynonyms() ) {
5555                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( syn ) ) {
5556                                 enc_data = true;
5557                                 _popup_buffer.append( syn );
5558                                 if ( counter < tax.getSynonyms().size() ) {
5559                                     _popup_buffer.append( ", " );
5560                                 }
5561                             }
5562                             counter++;
5563                         }
5564                         _popup_buffer.append( "]" );
5565                     }
5566                     if ( !enc_data ) {
5567                         if ( ( tax.getIdentifier() != null ) && !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() ) ) {
5568                             if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getProvider() ) ) {
5569                                 _popup_buffer.append( "[" );
5570                                 _popup_buffer.append( tax.getIdentifier().getProvider() );
5571                                 _popup_buffer.append( "] " );
5572                             }
5573                             _popup_buffer.append( tax.getIdentifier().getValue() );
5574                         }
5575                     }
5576                 }
5577                 if ( node.getNodeData().isHasSequence()
5578                         && !TreePanelUtil.isSequenceEmpty( node.getNodeData().getSequence() ) ) {
5579                     lines++;
5580                     boolean enc_data = false;
5581                     if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5582                         _popup_buffer.append( "\n" );
5583                     }
5584                     final Sequence seq = node.getNodeData().getSequence();
5585                     if ( seq.getAccession() != null ) {
5586                         _popup_buffer.append( "[" );
5587                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( seq.getAccession().getSource() ) ) {
5588                             _popup_buffer.append( seq.getAccession().getSource() );
5589                             _popup_buffer.append( ":" );
5590                         }
5591                         _popup_buffer.append( seq.getAccession().getValue() );
5592                         _popup_buffer.append( "]" );
5593                         enc_data = true;
5594                     }
5595                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( seq.getSymbol() ) ) {
5596                         if ( enc_data ) {
5597                             _popup_buffer.append( " [" );
5598                         }
5599                         else {
5600                             _popup_buffer.append( "[" );
5601                         }
5602                         _popup_buffer.append( seq.getSymbol() );
5603                         _popup_buffer.append( "]" );
5604                         enc_data = true;
5605                     }
5606                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( seq.getGeneName() ) ) {
5607                         if ( enc_data ) {
5608                             _popup_buffer.append( " [" );
5609                         }
5610                         else {
5611                             _popup_buffer.append( "[" );
5612                         }
5613                         _popup_buffer.append( seq.getGeneName() );
5614                         _popup_buffer.append( "]" );
5615                         enc_data = true;
5616                     }
5617                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( seq.getName() ) ) {
5618                         if ( enc_data ) {
5619                             _popup_buffer.append( " " );
5620                         }
5621                         _popup_buffer.append( seq.getName() );
5622                     }
5623                 }
5624                 if ( node.getNodeData().isHasDate() ) {
5625                     lines++;
5626                     if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5627                         _popup_buffer.append( "\n" );
5628                     }
5629                     _popup_buffer.append( node.getNodeData().getDate().asSimpleText() );
5630                 }
5631                 if ( node.getNodeData().isHasDistribution() ) {
5632                     lines++;
5633                     if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5634                         _popup_buffer.append( "\n" );
5635                     }
5636                     _popup_buffer.append( node.getNodeData().getDistribution().asSimpleText() );
5637                 }
5638                 if ( node.getBranchData().isHasConfidences() ) {
5639                     final List<Confidence> confs = node.getBranchData().getConfidences();
5640                     for( final Confidence confidence : confs ) {
5641                         lines++;
5642                         if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5643                             _popup_buffer.append( "\n" );
5644                         }
5645                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( confidence.getType() ) ) {
5646                             _popup_buffer.append( "[" );
5647                             _popup_buffer.append( confidence.getType() );
5648                             _popup_buffer.append( "] " );
5649                         }
5650                         _popup_buffer
5651                                 .append( FORMATTER_CONFIDENCE.format( ForesterUtil.round( confidence.getValue(),
5652                                                                                           getOptions()
5653                                                                                                   .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() ) ) );
5654                         if ( confidence.getStandardDeviation() != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) {
5655                             _popup_buffer.append( " (sd=" );
5656                             _popup_buffer.append( FORMATTER_CONFIDENCE.format( ForesterUtil.round( confidence
5657                                     .getStandardDeviation(), getOptions()
5658                                     .getNumberOfDigitsAfterCommaForConfidenceValues() ) ) );
5659                             _popup_buffer.append( ")" );
5660                         }
5661                     }
5662                 }
5663                 if ( node.getNodeData().isHasProperties() ) {
5664                     final PropertiesMap properties = node.getNodeData().getProperties();
5665                     for( final String ref : properties.getPropertyRefs() ) {
5666                         _popup_buffer.append( "\n" );
5667                         final Property p = properties.getProperty( ref );
5668                         _popup_buffer.append( TreePanelUtil.getPartAfterColon( p.getRef() ) );
5669                         _popup_buffer.append( "=" );
5670                         _popup_buffer.append( p.getValue() );
5671                         if ( !ForesterUtil.isEmpty( p.getUnit() ) ) {
5672                             _popup_buffer.append( TreePanelUtil.getPartAfterColon( p.getUnit() ) );
5673                         }
5674                     }
5675                 }
5676                 if ( _popup_buffer.length() > 0 ) {
5677                     if ( !getConfiguration().isUseNativeUI() ) {
5678                         _rollover_popup
5679                                 .setBorder( BorderFactory.createLineBorder( getTreeColorSet().getBranchColor() ) );
5680                         _rollover_popup.setBackground( getTreeColorSet().getBackgroundColor() );
5681                         if ( isInFoundNodes0( node ) && !isInFoundNodes1( node ) ) {
5682                             _rollover_popup.setForeground( getTreeColorSet().getFoundColor0() );
5683                         }
5684                         else if ( !isInFoundNodes0( node ) && isInFoundNodes1( node ) ) {
5685                             _rollover_popup.setForeground( getTreeColorSet().getFoundColor1() );
5686                         }
5687                         else if ( isInFoundNodes0( node ) && isInFoundNodes1( node ) ) {
5688                             _rollover_popup.setForeground( getTreeColorSet().getFoundColor0and1() );
5689                         }
5690                         else if ( getControlPanel().isColorAccordingToTaxonomy() ) {
5691                             _rollover_popup.setForeground( getTaxonomyBasedColor( node ) );
5692                         }
5693                         else {
5694                             _rollover_popup.setForeground( getTreeColorSet().getSequenceColor() );
5695                         }
5696                     }
5697                     else {
5698                         _rollover_popup.setBorder( BorderFactory.createLineBorder( Color.BLACK ) );
5699                     }
5700                     _rollover_popup.setText( _popup_buffer.toString() );
5701                     _node_desc_popup = PopupFactory.getSharedInstance().getPopup( null,
5702                                                                                   _rollover_popup,
5703                                                                                   e.getLocationOnScreen().x + 10,
5704                                                                                   e.getLocationOnScreen().y
5705                                                                                           - ( lines * 20 ) );
5706                     _node_desc_popup.show();
5707                 }
5708             }
5709         }
5710         catch ( final Exception ex ) {
5711             // Do nothing.
5712         }
5713     }
5714
5715     final private void showNodeEditFrame( final PhylogenyNode n ) {
5716         if ( _node_frame_index < TreePanel.MAX_NODE_FRAMES ) {
5717             // pop up edit box for single node
5718             _node_frames[ _node_frame_index ] = new NodeFrame( n, _phylogeny, this, _node_frame_index, "" );
5719             _node_frame_index++;
5720         }
5721         else {
5722             JOptionPane.showMessageDialog( this, "too many node windows are open" );
5723         }
5724     }
5725
5726     final private void showNodeFrame( final PhylogenyNode n ) {
5727         if ( _node_frame_index < TreePanel.MAX_NODE_FRAMES ) {
5728             // pop up edit box for single node
5729             _node_frames[ _node_frame_index ] = new NodeFrame( n, _phylogeny, this, _node_frame_index );
5730             _node_frame_index++;
5731         }
5732         else {
5733             JOptionPane.showMessageDialog( this, "too many node windows are open" );
5734         }
5735     }
5736
5737     final private void switchDisplaygetPhylogenyGraphicsType() {
5738         switch ( getPhylogenyGraphicsType() ) {
5739             case RECTANGULAR:
5740                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
5741                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE );
5742                 break;
5743             case EURO_STYLE:
5744                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
5745                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED );
5746                 break;
5747             case ROUNDED:
5748                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
5749                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CURVED );
5750                 break;
5751             case CURVED:
5752                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
5753                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.TRIANGULAR );
5754                 break;
5755             case TRIANGULAR:
5756                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
5757                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CONVEX );
5758                 break;
5759             case CONVEX:
5760                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
5761                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED );
5762                 break;
5763             case UNROOTED:
5764                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
5765                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );
5766                 break;
5767             case CIRCULAR:
5768                 setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
5769                 getOptions().setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR );
5770                 break;
5771             default:
5772                 throw new RuntimeException( "unkwnown display type: " + getPhylogenyGraphicsType() );
5773         }
5774         if ( getControlPanel().getDynamicallyHideData() != null ) {
5775             if ( getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) {
5776                 getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( false );
5777             }
5778             else {
5779                 getControlPanel().getDynamicallyHideData().setEnabled( true );
5780             }
5781         }
5782         if ( isPhyHasBranchLengths() && ( getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {
5783             getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( true );
5784         }
5785         else {
5786             getControlPanel().setDrawPhylogramEnabled( false );
5787         }
5788         if ( getMainPanel().getMainFrame() == null ) {
5789             // Must be "E" applet version.
5790             ( ( ArchaeopteryxE ) ( ( MainPanelApplets ) getMainPanel() ).getApplet() )
5791                     .setSelectedTypeInTypeMenu( getPhylogenyGraphicsType() );
5792         }
5793         else {
5794             getMainPanel().getMainFrame().setSelectedTypeInTypeMenu( getPhylogenyGraphicsType() );
5795         }
5796     }
5797
5798     final private static void drawString( final String str, final double x, final double y, final Graphics2D g ) {
5799         g.drawString( str, ( int ) ( x + 0.5 ), ( int ) ( y + 0.5 ) );
5800     }
5801
5802     final private static boolean plusPressed( final int key_code ) {
5803         return ( ( key_code == KeyEvent.VK_ADD ) || ( key_code == KeyEvent.VK_PLUS )
5804                 || ( key_code == KeyEvent.VK_EQUALS ) || ( key_code == KeyEvent.VK_SEMICOLON ) || ( key_code == KeyEvent.VK_1 ) );
5805     }
5806
5807     final private class SubtreeColorizationActionListener implements ActionListener {
5808
5809         List<PhylogenyNode> _additional_nodes = null;
5810         JColorChooser       _chooser          = null;
5811         PhylogenyNode       _node             = null;
5812
5813         SubtreeColorizationActionListener( final JColorChooser chooser, final PhylogenyNode node ) {
5814             _chooser = chooser;
5815             _node = node;
5816         }
5817
5818         SubtreeColorizationActionListener( final JColorChooser chooser,
5819                                            final PhylogenyNode node,
5820                                            final List<PhylogenyNode> additional_nodes ) {
5821             _chooser = chooser;
5822             _node = node;
5823             _additional_nodes = additional_nodes;
5824         }
5825
5826         @Override
5827         public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
5828             final Color c = _chooser.getColor();
5829             if ( c != null ) {
5830                 colorizeSubtree( c, _node, _additional_nodes );
5831             }
5832         }
5833     }
5834
5835     final private class NodeColorizationActionListener implements ActionListener {
5836
5837         List<PhylogenyNode> _additional_nodes = null;
5838         JColorChooser       _chooser          = null;
5839         PhylogenyNode       _node             = null;
5840
5841         NodeColorizationActionListener( final JColorChooser chooser, final PhylogenyNode node ) {
5842             _chooser = chooser;
5843             _node = node;
5844         }
5845
5846         NodeColorizationActionListener( final JColorChooser chooser,
5847                                         final PhylogenyNode node,
5848                                         final List<PhylogenyNode> additional_nodes ) {
5849             _chooser = chooser;
5850             _node = node;
5851             _additional_nodes = additional_nodes;
5852         }
5853
5854         @Override
5855         public void actionPerformed( final ActionEvent e ) {
5856             final Color c = _chooser.getColor();
5857             if ( c != null ) {
5858                 colorizeNodes( c, _node, _additional_nodes );
5859             }
5860         }
5861     }
5862 }