forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/phylogeny/data/RenderableMsaSequence.java

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   3 // FORESTER -- software libraries and applications
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  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  26
  27 package org.forester.archaeopteryx.phylogeny.data;
  28
  29 import java.awt.Color;
  30 import java.awt.Dimension;
  31 import java.awt.Graphics2D;
  32 import java.awt.geom.Rectangle2D;
  33 import java.io.IOException;
  34 import java.io.Writer;
  35 import java.util.List;
  36
  37 import org.forester.archaeopteryx.AptxUtil;
  38 import org.forester.archaeopteryx.Configuration;
  39 import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
  40 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  41 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  42 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  43 import org.forester.util.ForesterUtil;
  44
  45 public final class RenderableMsaSequence implements RenderablePhylogenyData {
  46
  47     final static int                VECTOR_DEFAULT_HEIGHT   = 12;
  48     public final static int         VECTOR_DEFAULT_WIDTH    = 120;
  49     private double                  _rendering_factor_width = 1.0;
  50     private String            _seq;
  51     private final Rectangle2D       _rectangle              = new Rectangle2D.Float();
  52     private double                  _height                 = VECTOR_DEFAULT_HEIGHT;
  53     private double                  _min;
  54     private double                  _max;
  55     private double                  _mean;
  56     private Color                   _min_color              = Color.BLUE;
  57     private Color                   _max_color              = Color.YELLOW;
  58     private Color                   _mean_color             = Color.WHITE;
  59     private int                     _width                  = VECTOR_DEFAULT_WIDTH;
  60     private static RenderableMsaSequence _instance               = null;
  61
  62     private RenderableMsaSequence() {
  63         _seq = null;
  64     }
  65
  66     @Override
  67     public StringBuffer asSimpleText() {
  68         return new StringBuffer( _seq );
  69     }
  70
  71     @Override
  72     public StringBuffer asText() {
  73         return asSimpleText();
  74     }
  75
  76     @Override
  77     public Object clone() {
  78         throw new NoSuchMethodError();
  79     }
  80
  81     @Override
  82     public PhylogenyData copy() {
  83         throw new NoSuchMethodError();
  84     }
  85
  86     @Override
  87     public Dimension getOriginalSize() {
  88         return new Dimension( getTotalLength(), ( int ) getRenderingHeight() );
  89     }
  90
  91     @Override
  92     public Object getParameter() {
  93         return null;
  94     }
  95
  96     public double getRenderingFactorWidth() {
  97         return _rendering_factor_width;
  98     }
  99
 100     @Override
 101     public Dimension getRenderingSize() {
 102         return getOriginalSize();
 103     }
 104
 105     public int getTotalLength() {
 106         return _seq.length();
 107     }
 108
 109     @Override
 110     public boolean isEqual( final PhylogenyData data ) {
 111         throw new NoSuchMethodError();
 112     }
 113
 114     @Override
 115     public void render( final float x1,
 116                         final float y1,
 117                         final Graphics2D g,
 118                         final TreePanel tree_panel,
 119                         final boolean to_pdf ) {
 120         final double y = y1;
 121         final double start = x1 + 20.0;
 122         g.drawString( _seq, x1, y1
 123                                        );
 124     }
 125
 126     @Override
 127     public void setParameter( final double parameter ) {
 128         throw new NoSuchMethodError();
 129     }
 130
 131     public void setRenderingFactorWidth( final double rendering_factor_width ) {
 132         _rendering_factor_width = rendering_factor_width;
 133     }
 134
 135     @Override
 136     public void setRenderingHeight( final float height ) {
 137         _height = height;
 138     }
 139
 140     @Override
 141     public StringBuffer toNHX() {
 142         throw new NoSuchMethodError();
 143     }
 144
 145     @Override
 146     public void toPhyloXML( final Writer writer, final int level, final String indentation ) throws IOException {
 147         throw new NoSuchMethodError();
 148     }
 149
 150     private Color calculateColor( final double v ) {
 151         return ForesterUtil.calcColor( v, _min, _max, _mean, _min_color, _max_color, _mean_color );
 152     }
 153
 154     private double getRenderingHeight() {
 155         return _height;
 156     }
 157
 158     public static RenderableMsaSequence createInstance( final String seq,
 159                                                    final Configuration configuration ) {
 160         if ( _instance == null ) {
 161             _instance = new RenderableMsaSequence();
 162         }
 163         _instance._seq = seq;
 164         if ( configuration != null ) {
 165
 166         }
 167
 168         return _instance;
 169     }
 170 }