forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/simple_node_processor.java

   1
   2 package org.forester.archaeopteryx;
   3
   4 import java.io.File;
   5
   6 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
   7 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
   8 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
   9 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  10 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  11 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  12 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  13 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  14 import org.forester.util.CommandLineArguments;
  15
  16 public class simple_node_processor {
  17
  18     private final static String BASE = "b_";
  19
  20     public static void main( final String args[] ) {
  21         File in = null;
  22         File out = null;
  23         try {
  24             CommandLineArguments cla = null;
  25             cla = new CommandLineArguments( args );
  26             in = cla.getFile( 0 );
  27             out = cla.getFile( 1 );
  28             if ( out.exists() ) {
  29                 System.out.println( out + " already exists" );
  30                 System.exit( -1 );
  31             }
  32             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  33             final PhyloXmlParser xml_parser = new PhyloXmlParser();
  34             final Phylogeny[] phylogenies_0 = factory.create( in, xml_parser );
  35             final Phylogeny phylogeny_0 = phylogenies_0[ 0 ];
  36             final PhylogenyNodeIterator it = phylogeny_0.iteratorPostorder();
  37             int i = 0;
  38             while ( it.hasNext() ) {
  39                 final PhylogenyNode node = it.next();
  40                 processNode( node, i );
  41                 i++;
  42             }
  43             final PhylogenyWriter writer = new PhylogenyWriter();
  44             writer.toPhyloXML( out, phylogeny_0, 0 );
  45         }
  46         catch ( final Exception e ) {
  47             System.out.println( e.getLocalizedMessage() );
  48             e.printStackTrace();
  49             System.exit( -1 );
  50         }
  51     }
  52
  53     //    private static void processNode( final PhylogenyNode node, final int i ) {
  54     //        node.setDistanceToParent( PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT );
  55     //        if ( !node.isExternal() ) {
  56     //            if ( ( node.getName() == null ) || node.getName().isEmpty() ) {
  57     //                node.setName( BASE + i );
  58     //            }
  59     //        }
  60     //    }
  61     private static void processNode( final PhylogenyNode node, final int i ) {
  62         //if ( node.isExternal() ) {
  63         //    final String c = "" + node.getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount();
  64         //    final String s = node.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName();
  65         //    System.out.println( s + "\t" + c );
  66         //}
  67         //        if ( !node.isExternal() ) {
  68         //            if ( !node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
  69         //                if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
  70         //                    if ( ( node.getName().indexOf( "_" ) < 0 ) && ( node.getName().indexOf( "&" ) < 0 )
  71         //                            && ( node.getName().indexOf( " " ) < 0 ) ) {
  72         //                        Taxonomy t = new Taxonomy();
  73         //                        t.setScientificName( node.getName() );
  74         //                        node.getNodeData().addTaxonomy( t );
  75         //                        node.setName( "" );
  76         //                    }
  77         //                }
  78         //            }
  79         //        }
  80         if ( node.isExternal() ) {
  81             if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
  82                 final Taxonomy t = node.getNodeData().getTaxonomy();
  83                 t.setIdentifier( null );
  84                 //if ( !ForesterUtil.isEmpty( t.getTaxonomyCode() ) && t.getTaxonomyCode().length() == 5 ) {
  85                 //    if ( node.getName().equalsIgnoreCase( t.getTaxonomyCode() ) ) {
  86                 //        node.setName( "" );
  87                 //    }
  88                 //}
  89             }
  90         }
  91     }
  92 }