forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/tools/AncestralTaxonomyInferrer.java

   1 // Exp $
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx.tools;
  27
  28 import java.net.UnknownHostException;
  29 import java.util.SortedSet;
  30
  31 import javax.swing.JOptionPane;
  32
  33 import org.forester.analysis.AncestralTaxonomyInference;
  34 import org.forester.archaeopteryx.MainFrameApplication;
  35 import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
  36 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  37 import org.forester.ws.uniprot.UniProtWsTools;
  38
  39 public class AncestralTaxonomyInferrer implements Runnable {
  40
  41     private final Phylogeny            _phy;
  42     private final MainFrameApplication _mf;
  43     private final TreePanel            _treepanel;
  44
  45     public AncestralTaxonomyInferrer( final MainFrameApplication mf, final TreePanel treepanel, final Phylogeny phy ) {
  46         _phy = phy;
  47         _mf = mf;
  48         _treepanel = treepanel;
  49     }
  50
  51     private String getBaseUrl() {
  52         return UniProtWsTools.BASE_URL;
  53     }
  54
  55     private void inferTaxonomies() {
  56         _mf.getMainPanel().getCurrentTreePanel().setWaitCursor();
  57         SortedSet<String> not_found = null;
  58         try {
  59             not_found = AncestralTaxonomyInference.inferTaxonomyFromDescendents( _phy );
  60         }
  61         catch ( final IllegalArgumentException e ) {
  62             _mf.getMainPanel().getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
  63             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
  64                                            e.getMessage(),
  65                                            "Error during ancestral taxonomy inference",
  66                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
  67             return;
  68         }
  69         catch ( final UnknownHostException e ) {
  70             _mf.getMainPanel().getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
  71             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
  72                                            "Could not connect to \"" + getBaseUrl() + "\"",
  73                                            "Network error during ancestral taxonomy inference",
  74                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
  75             return;
  76         }
  77         catch ( final Exception e ) {
  78             _mf.getMainPanel().getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
  79             e.printStackTrace();
  80             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
  81                                            e.toString(),
  82                                            "Unexpected error during ancestral taxonomy inference",
  83                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
  84             return;
  85         }
  86         _mf.getMainPanel().getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
  87         _phy.setRerootable( false );
  88         _treepanel.setTree( _phy );
  89         _mf.showWhole();
  90         _treepanel.setEdited( true );
  91         if ( ( not_found != null ) && ( not_found.size() > 0 ) ) {
  92             int max = not_found.size();
  93             boolean more = false;
  94             if ( max > 20 ) {
  95                 more = true;
  96                 max = 20;
  97             }
  98             final StringBuffer sb = new StringBuffer();
  99             sb.append( "Not all taxonomies could be resolved.\n" );
 100             sb.append( "The result is incomplete, and, possibly, misleading.\n" );
 101             if ( not_found.size() == 1 ) {
 102                 sb.append( "The following taxonomy was not found:\n" );
 103             }
 104             else {
 105                 sb.append( "The following taxonomies were not found (total: " + not_found.size() + "):\n" );
 106             }
 107             int i = 0;
 108             for( final String string : not_found ) {
 109                 if ( i > 19 ) {
 110                     break;
 111                 }
 112                 sb.append( string );
 113                 sb.append( "\n" );
 114                 ++i;
 115             }
 116             if ( more ) {
 117                 sb.append( "..." );
 118             }
 119             try {
 120                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 121                                                sb.toString(),
 122                                                "Ancestral Taxonomy Inference Completed",
 123                                                JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 124             }
 125             catch ( final Exception e ) {
 126                 // Not important if this fails, do nothing.
 127             }
 128         }
 129         else {
 130             try {
 131                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 132                                                "Ancestral taxonomy inference successfully completed",
 133                                                "Ancestral Taxonomy Inference Completed",
 134                                                JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE );
 135             }
 136             catch ( final Exception e ) {
 137                 // Not important if this fails, do nothing.
 138             }
 139         }
 140     }
 141
 142     @Override
 143     public void run() {
 144         inferTaxonomies();
 145     }
 146 }