forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/tools/Blast.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx.tools;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.net.URI;
  30 import java.net.URISyntaxException;
  31 import java.util.Arrays;
  32 import java.util.Enumeration;
  33 import java.util.Hashtable;
  34 import java.util.Vector;
  35
  36 import javax.swing.JApplet;
  37
  38 import org.forester.archaeopteryx.AptxUtil;
  39 import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
  40 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  41 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  42 import org.forester.util.ForesterUtil;
  43 import org.forester.util.SequenceAccessionTools;
  44
  45 public final class Blast {
  46
  47     final public static void openNcbiBlastWeb( final String query,
  48                                                final boolean is_nucleic_acids,
  49                                                final JApplet applet,
  50                                                final TreePanel p ) {
  51         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE=Proteins&DATABASE=swissprot&QUERY=gi|163848401
  52         final StringBuilder uri_str = new StringBuilder();
  53         uri_str.append( "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?CMD=Web&DATABASE=nr&PAGE=" );
  54         if ( is_nucleic_acids ) {
  55             uri_str.append( "Nucleotide" );
  56         }
  57         else {
  58             uri_str.append( "Proteins" );
  59         }
  60         uri_str.append( "&QUERY=" );
  61         uri_str.append( query );
  62         try {
  63             AptxUtil.launchWebBrowser( new URI( uri_str.toString() ), applet != null, applet, "_aptx_blast" );
  64         }
  65         catch ( final IOException e ) {
  66             AptxUtil.showErrorMessage( p, e.toString() );
  67             e.printStackTrace();
  68         }
  69         catch ( final URISyntaxException e ) {
  70             AptxUtil.showErrorMessage( p, e.toString() );
  71             e.printStackTrace();
  72         }
  73     }
  74
  75     final public static String obtainQueryForBlast( final PhylogenyNode node ) {
  76         String query = "";
  77         if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
  78             if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
  79                 query = node.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence();
  80             }
  81             if ( ForesterUtil.isEmpty( query ) && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null )
  82                     && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue() ) ) {
  83                 final Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( node.getNodeData().getSequence()
  84                                                                                      .getAccession().getValue() );
  85                 if ( id != null ) {
  86                     query = id.getValue();
  87                 }
  88             }
  89             if ( ForesterUtil.isEmpty( query ) && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getName() ) ) {
  90                 final Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( node.getNodeData().getSequence()
  91                                                                                      .getName() );
  92                 if ( id != null ) {
  93                     query = id.getValue();
  94                 }
  95             }
  96             if ( ForesterUtil.isEmpty( query ) && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getSymbol() ) ) {
  97                 final Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( node.getNodeData().getSequence()
  98                                                                                      .getSymbol() );
  99                 if ( id != null ) {
 100                     query = id.getValue();
 101                 }
 102             }
 103             if ( ForesterUtil.isEmpty( query )
 104                     && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getGeneName() ) ) {
 105                 final Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( node.getNodeData().getSequence()
 106                                                                                      .getGeneName() );
 107                 if ( id != null ) {
 108                     query = id.getValue();
 109                 }
 110             }
 111         }
 112         if ( ForesterUtil.isEmpty( query ) && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
 113             final Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( node.getName() );
 114             if ( id != null ) {
 115                 query = id.getValue();
 116             }
 117         }
 118         return query;
 119     }
 120
 121     final public static boolean isContainsQueryForBlast( final PhylogenyNode node ) {
 122         return !ForesterUtil.isEmpty( obtainQueryForBlast( node ) );
 123     }
 124 }