forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/tools/Blast.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.archaeopteryx.tools;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.net.URI;
  30 import java.net.URISyntaxException;
  31
  32 import org.forester.archaeopteryx.AptxUtil;
  33 import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
  34 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  35 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  36 import org.forester.util.ForesterUtil;
  37 import org.forester.util.SequenceAccessionTools;
  38
  39 public final class Blast {
  40
  41     final public static void openNcbiBlastWeb( final String query,
  42                                                final boolean is_nucleic_acids,
  43
  44                                                final TreePanel p ) {
  45         //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE=Proteins&DATABASE=swissprot&QUERY=gi|163848401
  46         final StringBuilder uri_str = new StringBuilder();
  47         uri_str.append( "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?CMD=Web&DATABASE=nr&PAGE=" );
  48         if ( is_nucleic_acids ) {
  49             uri_str.append( "Nucleotide" );
  50         }
  51         else {
  52             uri_str.append( "Proteins" );
  53         }
  54         uri_str.append( "&QUERY=" );
  55         uri_str.append( query );
  56         try {
  57             AptxUtil.launchWebBrowser( new URI( uri_str.toString() ), "_aptx_blast" );
  58         }
  59         catch ( final IOException e ) {
  60             AptxUtil.showErrorMessage( p, e.toString() );
  61             e.printStackTrace();
  62         }
  63         catch ( final URISyntaxException e ) {
  64             AptxUtil.showErrorMessage( p, e.toString() );
  65             e.printStackTrace();
  66         }
  67     }
  68
  69     final public static String obtainQueryForBlast( final PhylogenyNode node ) {
  70         String query = "";
  71         if ( node.getNodeData().isHasSequence() ) {
  72             if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence() ) ) {
  73                 query = node.getNodeData().getSequence().getMolecularSequence();
  74             }
  75             if ( ForesterUtil.isEmpty( query ) && ( node.getNodeData().getSequence().getAccession() != null )
  76                     && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getAccession().getValue() ) ) {
  77                 final Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( node.getNodeData().getSequence()
  78                                                                                      .getAccession().getValue() );
  79                 if ( id != null ) {
  80                     query = id.getValue();
  81                 }
  82             }
  83             if ( ForesterUtil.isEmpty( query ) && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getName() ) ) {
  84                 final Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( node.getNodeData().getSequence()
  85                                                                                      .getName() );
  86                 if ( id != null ) {
  87                     query = id.getValue();
  88                 }
  89             }
  90             if ( ForesterUtil.isEmpty( query ) && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getSymbol() ) ) {
  91                 final Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( node.getNodeData().getSequence()
  92                                                                                      .getSymbol() );
  93                 if ( id != null ) {
  94                     query = id.getValue();
  95                 }
  96             }
  97             if ( ForesterUtil.isEmpty( query )
  98                     && !ForesterUtil.isEmpty( node.getNodeData().getSequence().getGeneName() ) ) {
  99                 final Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( node.getNodeData().getSequence()
 100                                                                                      .getGeneName() );
 101                 if ( id != null ) {
 102                     query = id.getValue();
 103                 }
 104             }
 105         }
 106         if ( ForesterUtil.isEmpty( query ) && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
 107             final Accession id = SequenceAccessionTools.parseAccessorFromString( node.getName() );
 108             if ( id != null ) {
 109                 query = id.getValue();
 110             }
 111         }
 112         return query;
 113     }
 114
 115     final public static boolean isContainsQueryForBlast( final PhylogenyNode node ) {
 116         return !ForesterUtil.isEmpty( obtainQueryForBlast( node ) );
 117     }
 118 }