forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/tools/InferenceManager.java

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   2 package org.forester.archaeopteryx.tools;
   3
   4 import java.io.File;
   5
   6 import org.forester.archaeopteryx.Configuration;
   7
   8 public final class InferenceManager {
   9
  10     private final static String DEFAULT_PATHS[] = { "C:\\Program Files\\", "C:\\Program Files (x86)\\", "/bin/",
  11             "/usr/local/bin/", "/usr/bin/"     };
  12     private final File          _path_to_local_mafft;
  13     private final File          _path_to_local_fastme;
  14     private final File          _path_to_local_raxml;
  15     private final File          _path_to_local_clustalo;
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  17     public static InferenceManager createInstance( final Configuration c ) {
  18         return new InferenceManager( c.getpathToLocalMafft(),
  19                                      c.getPathToLocalFastme(),
  20                                      c.getPathToLocalRaxml(),
  21                                      c.getPathToLocalClustalOmega() );
  22     }
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  24     public boolean canDoMsa() {
  25         return ( getPathToLocalMafft() != null ) || ( getPathToLocalClustalo() != null );
  26     }
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  28     public File getPathToLocalMafft() {
  29         return _path_to_local_mafft;
  30     }
  31
  32     public File getPathToLocalFastme() {
  33         return _path_to_local_fastme;
  34     }
  35
  36     public File getPathToLocalRaxml() {
  37         return _path_to_local_raxml;
  38     }
  39
  40     public File getPathToLocalClustalo() {
  41         return _path_to_local_clustalo;
  42     }
  43
  44     private final static File createLocalPath( final File path, final String name ) {
  45         if ( ( path != null ) && path.canExecute() && !path.isDirectory() ) {
  46             return path;
  47         }
  48         final File p1 = new File( name );
  49         if ( p1.canExecute() && !p1.isDirectory() ) {
  50             return p1;
  51         }
  52         for( final String path_str : DEFAULT_PATHS ) {
  53             try {
  54                 final File p2 = new File( path_str + name );
  55                 if ( p2.canExecute() && !p2.isDirectory() ) {
  56                     return p2;
  57                 }
  58                 final File p3 = new File( path_str + name + ".exe" );
  59                 if ( p3.canExecute() && !p3.isDirectory() ) {
  60                     return p3;
  61                 }
  62                 final File p4 = new File( path_str + name + ".bat" );
  63                 if ( p4.canExecute() && !p4.isDirectory() ) {
  64                     return p4;
  65                 }
  66             }
  67             catch ( final Exception e ) {
  68             }
  69         }
  70         return null;
  71     }
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  73     private InferenceManager( final File path_to_local_mafft,
  74                               final File path_to_local_fastme,
  75                               final File path_to_local_raxml,
  76                               final File path_to_local_clustalo ) {
  77         _path_to_local_mafft = createLocalPath( path_to_local_mafft, "mafft" );
  78         _path_to_local_fastme = createLocalPath( path_to_local_fastme, "fastme" );
  79         _path_to_local_raxml = createLocalPath( path_to_local_raxml, "raxml" );
  80         _path_to_local_clustalo = createLocalPath( path_to_local_clustalo, "clustalo" );
  81     }
  82 }