forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/tools/InferenceManager.java

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   2 package org.forester.archaeopteryx.tools;
   3
   4 import java.io.File;
   5
   6 import org.forester.archaeopteryx.Configuration;
   7
   8 public final class InferenceManager {
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  10     private final static String DEFAULT_PATHS[] = { "C:\\Program Files\\", "C:\\Program Files (x86)\\", "/bin/",
  11             "/usr/local/bin/", "/usr/bin/"     };
  12     private final File          _path_to_local_mafft;
  13     private final File          _path_to_local_fastme;
  14     private final File          _path_to_local_raxml;
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  16     public static InferenceManager createInstance( final Configuration c ) {
  17         return new InferenceManager( c.getpathToLocalMafft(),
  18                                      c.getPathToLocalFastme(),
  19                                      c.getPathToLocalRaxml(),
  20                                      c.getPathToLocalClustalOmega() );
  21     }
  22
  23     public boolean canDoMsa() {
  24         return ( getPathToLocalMafft() != null );
  25     }
  26
  27     public File getPathToLocalMafft() {
  28         return _path_to_local_mafft;
  29     }
  30
  31     public File getPathToLocalFastme() {
  32         return _path_to_local_fastme;
  33     }
  34
  35     public File getPathToLocalRaxml() {
  36         return _path_to_local_raxml;
  37     }
  38
  39     private final static File createLocalPath( final File path, final String name ) {
  40         if ( ( path != null ) && path.canExecute() && !path.isDirectory() ) {
  41             return path;
  42         }
  43         final File p1 = new File( name );
  44         if ( p1.canExecute() && !p1.isDirectory() ) {
  45             return p1;
  46         }
  47         for( final String path_str : DEFAULT_PATHS ) {
  48             try {
  49                 final File p2 = new File( path_str + name );
  50                 if ( p2.canExecute() && !p2.isDirectory() ) {
  51                     return p2;
  52                 }
  53                 final File p3 = new File( path_str + name + ".exe" );
  54                 if ( p3.canExecute() && !p3.isDirectory() ) {
  55                     return p3;
  56                 }
  57                 final File p4 = new File( path_str + name + ".bat" );
  58                 if ( p4.canExecute() && !p4.isDirectory() ) {
  59                     return p4;
  60                 }
  61             }
  62             catch ( final Exception e ) {
  63             }
  64         }
  65         return null;
  66     }
  67
  68     private InferenceManager( final File path_to_local_mafft,
  69                               final File path_to_local_fastme,
  70                               final File path_to_local_raxml,
  71                               final File path_to_local_clustalo ) {
  72         _path_to_local_mafft = createLocalPath( path_to_local_mafft, "mafft" );
  73         _path_to_local_fastme = createLocalPath( path_to_local_fastme, "fastme" );
  74         _path_to_local_raxml = createLocalPath( path_to_local_raxml, "raxml" );
  75     }
  76 }