forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/tools/InferenceManager.java

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   2 package org.forester.archaeopteryx.tools;
   3
   4 import java.io.File;
   5
   6 import org.forester.archaeopteryx.Configuration;
   7
   8 public final class InferenceManager {
   9
  10     private final static String DEFAULT_PATHS[] = {"C:\\Program Files\\mafft-win\\", "C:\\Program Files\\", "C:\\Program Files (x86)\\", "/bin/",
  11         "/usr/local/bin/", "/usr/bin/"     };
  12     private final File          _path_to_local_mafft;
  13     private final File          _path_to_local_fastme;
  14     private final File          _path_to_local_raxml;
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  16     public static InferenceManager createInstance( final Configuration c ) {
  17         return new InferenceManager( c.getPathToLocalMafft(), c.getPathToLocalFastme(), c.getPathToLocalRaxml() );
  18     }
  19
  20     public boolean canDoMsa() {
  21         return ( getPathToLocalMafft() != null );
  22     }
  23
  24     public File getPathToLocalMafft() {
  25         return _path_to_local_mafft;
  26     }
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  28     public File getPathToLocalFastme() {
  29         return _path_to_local_fastme;
  30     }
  31
  32     public File getPathToLocalRaxml() {
  33         return _path_to_local_raxml;
  34     }
  35
  36     private final static File createLocalPath( final File path, final String name ) {
  37         if ( ( path != null ) && path.canExecute() && !path.isDirectory() ) {
  38             return path;
  39         }
  40         final File p1 = new File( name );
  41         if ( p1.canExecute() && !p1.isDirectory() ) {
  42             return p1;
  43         }
  44         for( final String path_str : DEFAULT_PATHS ) {
  45             try {
  46                 final File p2 = new File( path_str + name );
  47                 if ( p2.canExecute() && !p2.isDirectory() ) {
  48                     return p2;
  49                 }
  50                 final File p3 = new File( path_str + name + ".exe" );
  51                 if ( p3.canExecute() && !p3.isDirectory() ) {
  52                     return p3;
  53                 }
  54                 final File p4 = new File( path_str + name + ".bat" );
  55                 if ( p4.canExecute() && !p4.isDirectory() ) {
  56                     return p4;
  57                 }
  58             }
  59             catch ( final Exception e ) {
  60             }
  61         }
  62         return null;
  63     }
  64
  65     private InferenceManager( final File path_to_local_mafft,
  66                               final File path_to_local_fastme,
  67                               final File path_to_local_raxml ) {
  68         _path_to_local_mafft = createLocalPath( path_to_local_mafft, "mafft" );
  69         _path_to_local_fastme = createLocalPath( path_to_local_fastme, "fastme" );
  70         _path_to_local_raxml = createLocalPath( path_to_local_raxml, "raxml" );
  71     }
  72 }