forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/tools/InferenceManager.java

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   2 package org.forester.archaeopteryx.tools;
   3
   4 import java.io.File;
   5
   6 import org.forester.archaeopteryx.Configuration;
   7
   8 public final class InferenceManager {
   9
  10     private final static String DEFAULT_PATHS[] = { "C:\\Program Files\\", "C:\\Program Files (x86)\\", "/bin/",
  11             "/usr/local/bin/", "/usr/bin/"     };
  12     private final File          _path_to_local_mafft;
  13     private final File          _path_to_local_kalign;
  14     private final File          _path_to_local_fastme;
  15     private final File          _path_to_local_raxml;
  16     private final File          _path_to_local_clustalo;
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  18     public static InferenceManager createInstance( final Configuration c ) {
  19         return new InferenceManager( c.getpathToLocalMafft(),
  20                                      c.getPathToLocalKalign(),
  21                                      c.getPathToLocalFastme(),
  22                                      c.getPathToLocalRaxml(),
  23                                      c.getPathToLocalClustalOmega() );
  24     }
  25
  26     public boolean canDoMsa() {
  27         return ( getPathToLocalMafft() != null ) || ( getPathToLocalKalign() != null )
  28                 || ( getPathToLocalClustalo() != null );
  29     }
  30
  31     public File getPathToLocalMafft() {
  32         return _path_to_local_mafft;
  33     }
  34
  35     public File getPathToLocalKalign() {
  36         return _path_to_local_kalign;
  37     }
  38
  39     public File getPathToLocalFastme() {
  40         return _path_to_local_fastme;
  41     }
  42
  43     public File getPathToLocalRaxml() {
  44         return _path_to_local_raxml;
  45     }
  46
  47     public File getPathToLocalClustalo() {
  48         return _path_to_local_clustalo;
  49     }
  50
  51     private final static File createLocalPath( final File path, final String name ) {
  52         if ( ( path != null ) && path.canExecute() && !path.isDirectory() ) {
  53             return path;
  54         }
  55         final File p1 = new File( name );
  56         if ( p1.canExecute() && !p1.isDirectory() ) {
  57             return p1;
  58         }
  59         for( final String path_str : DEFAULT_PATHS ) {
  60             try {
  61                 final File p2 = new File( path_str + name );
  62                 if ( p2.canExecute() && !p2.isDirectory() ) {
  63                     return p2;
  64                 }
  65                 final File p3 = new File( path_str + name + ".exe" );
  66                 if ( p3.canExecute() && !p3.isDirectory() ) {
  67                     return p3;
  68                 }
  69                 final File p4 = new File( path_str + name + ".bat" );
  70                 if ( p4.canExecute() && !p4.isDirectory() ) {
  71                     return p4;
  72                 }
  73             }
  74             catch ( final Exception e ) {
  75             }
  76         }
  77         return null;
  78     }
  79
  80     private InferenceManager( final File path_to_local_mafft,
  81                               final File path_to_local_kalign,
  82                               final File path_to_local_fastme,
  83                               final File path_to_local_raxml,
  84                               final File path_to_local_clustalo ) {
  85         _path_to_local_mafft = createLocalPath( path_to_local_mafft, "mafft" );
  86         _path_to_local_kalign = createLocalPath( path_to_local_kalign, "kalign" );
  87         _path_to_local_fastme = createLocalPath( path_to_local_fastme, "fastme" );
  88         _path_to_local_raxml = createLocalPath( path_to_local_raxml, "raxml" );
  89         _path_to_local_clustalo = createLocalPath( path_to_local_clustalo, "clustalo" );
  90     }
  91 }