forester/java/src/org/forester/archaeopteryx/tools/InferenceManager.java

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   2 package org.forester.archaeopteryx.tools;
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   4 import java.io.File;
   5 import java.io.IOException;
   6
   7 import org.forester.archaeopteryx.Configuration;
   8 import org.forester.util.ForesterUtil;
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  10 public final class InferenceManager {
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  12     private final File _path_to_local_mafft;
  13     private final File _path_to_local_kalign;
  14     private final File _path_to_local_fastme;
  15     private final File _path_to_local_raxml;
  16     private final File _path_to_local_clustalo;
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  18     public static InferenceManager createInstance( final Configuration c ) {
  19         return new InferenceManager( c.getpathToLocalMafft(),
  20                                      c.getPathToLocalKalign(),
  21                                      c.getPathToLocalFastme(),
  22                                      c.getPathToLocalRaxml(),
  23                                      c.getPathToLocalClustalOmega() );
  24     }
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  26     public boolean canDoMsa() {
  27         return ( getPathToLocalMafft() != null ) || ( getPathToLocalKalign() != null )
  28                 || ( getPathToLocalClustalo() != null );
  29     }
  30
  31     public File getPathToLocalMafft() {
  32         return _path_to_local_mafft;
  33     }
  34
  35     public File getPathToLocalKalign() {
  36         return _path_to_local_kalign;
  37     }
  38
  39     public File getPathToLocalFastme() {
  40         return _path_to_local_fastme;
  41     }
  42
  43     public File getPathToLocalRaxml() {
  44         return _path_to_local_raxml;
  45     }
  46
  47     public File getPathToLocalClustalo() {
  48         return _path_to_local_clustalo;
  49     }
  50
  51     private final static File createLocalPath( final File path ) {
  52         if ( path == null ) {
  53             return null;
  54         }
  55         try {
  56             if ( path.getCanonicalFile().canExecute() && !path.getCanonicalFile().isDirectory() ) {
  57                 return new File( path.getCanonicalFile().toString() );
  58             }
  59         }
  60         catch ( final IOException e ) {
  61             return null;
  62         }
  63         return null;
  64     }
  65
  66     private InferenceManager( final File path_to_local_mafft,
  67                               final File path_to_local_kalign,
  68                               final File path_to_local_fastme,
  69                               final File path_to_local_raxml,
  70                               final File path_to_local_clustalo ) {
  71         _path_to_local_mafft = createLocalPath( path_to_local_mafft ) != null ? createLocalPath( path_to_local_mafft )
  72                 : createLocalPath( new File( "mafft" ) );
  73         _path_to_local_kalign = createLocalPath( path_to_local_kalign ) != null ? createLocalPath( path_to_local_kalign )
  74                 : createLocalPath( new File( "kalign" ) );
  75         _path_to_local_fastme = createLocalPath( path_to_local_fastme ) != null ? createLocalPath( path_to_local_fastme )
  76                 : createLocalPath( new File( "fastme" ) );
  77         _path_to_local_raxml = createLocalPath( path_to_local_raxml ) != null ? createLocalPath( path_to_local_raxml )
  78                 : createLocalPath( new File( "raxml" ) );
  79         _path_to_local_clustalo = createLocalPath( path_to_local_clustalo ) != null ? createLocalPath( path_to_local_clustalo )
  80                 : createLocalPath( new File( ForesterUtil.isWindowns() ? "clustalo.exe" : "clustalo" ) );
  81     }
  82 }