forester/java/src/org/forester/clade_analysis/CladeAnalysisTest.java

   1
   2 package org.forester.clade_analysis;
   3
   4 import java.io.File;
   5
   6 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
   7 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
   8 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
   9 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  10 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
  11 import org.forester.util.ForesterUtil;
  12
  13 public class CladeAnalysisTest {
  14
  15     private final static String PATH_TO_TEST_DATA = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
  16             + "test_data" + ForesterUtil.getFileSeparator();
  17
  18     public static void main( final String[] args ) {
  19         boolean failed = false;
  20         if ( !testCladeAnalysis1() ) {
  21             System.out.println( "Clade analysis 1 failed" );
  22             failed = true;
  23         }
  24         if ( !testCladeAnalysis2() ) {
  25             System.out.println( "Clade analysis 2 failed" );
  26             failed = true;
  27         }
  28         if ( !failed ) {
  29             System.out.println( "OK" );
  30         }
  31     }
  32
  33     public static boolean test() {
  34         if ( !testCladeAnalysis1() ) {
  35             return false;
  36         }
  37         if ( !testCladeAnalysis2() ) {
  38             return false;
  39         }
  40         return true;
  41     }
  42
  43     private static boolean testCladeAnalysis1() {
  44         try {
  45             final File intreefile1 = new File( PATH_TO_TEST_DATA + "clade_analysis_test_1.xml" );
  46             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
  47             final PhylogenyParser pp = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( intreefile1, true );
  48             final Phylogeny p1 = factory.create( intreefile1, pp )[ 0 ];
  49             Result res = Analysis.execute( p1, "A.1.1.1", "." );
  50             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.1" ) ) {
  51                 return false;
  52             }
  53             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.1.1" ) ) {
  54                 return false;
  55             }
  56             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.1.2.1" ) ) {
  57                 return false;
  58             }
  59             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 4 ) {
  60                 return false;
  61             }
  62             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
  63                 return false;
  64             }
  65             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
  66                 return false;
  67             }
  68             res = Analysis.execute( p1, "A.1.1.2", "." );
  69             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.1" ) ) {
  70                 return false;
  71             }
  72             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.1.1" ) ) {
  73                 return false;
  74             }
  75             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.1.2.1" ) ) {
  76                 return false;
  77             }
  78             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 4 ) {
  79                 return false;
  80             }
  81             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
  82                 return false;
  83             }
  84             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
  85                 return false;
  86             }
  87             res = Analysis.execute( p1, "A.1.1.3", "." );
  88             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.1" ) ) {
  89                 return false;
  90             }
  91             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.1.1" ) ) {
  92                 return false;
  93             }
  94             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.1.2.1" ) ) {
  95                 return false;
  96             }
  97             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 4 ) {
  98                 return false;
  99             }
 100             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 101                 return false;
 102             }
 103             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 104                 return false;
 105             }
 106             res = Analysis.execute( p1, "A.1.1.4", "." );
 107             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.1.1" ) ) {
 108                 return false;
 109             }
 110             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.1.1" ) ) {
 111                 return false;
 112             }
 113             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.1.1" ) ) {
 114                 return false;
 115             }
 116             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 3 ) {
 117                 return false;
 118             }
 119             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 120                 return false;
 121             }
 122             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 123                 return false;
 124             }
 125             res = Analysis.execute( p1, "A.1.2.1", "." );
 126             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A" ) ) {
 127                 return false;
 128             }
 129             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.1.1" ) ) {
 130                 return false;
 131             }
 132             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A" ) ) {
 133                 return false;
 134             }
 135             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 17 ) {
 136                 return false;
 137             }
 138             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 139                 return false;
 140             }
 141             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 142                 return false;
 143             }
 144             res = Analysis.execute( p1, "A.2.1.1", "." );
 145             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A" ) ) {
 146                 return false;
 147             }
 148             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.2.1.2" ) ) {
 149                 return false;
 150             }
 151             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A" ) ) {
 152                 return false;
 153             }
 154             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 17 ) {
 155                 return false;
 156             }
 157             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 158                 return false;
 159             }
 160             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 161                 return false;
 162             }
 163             res = Analysis.execute( p1, "A.2.1.2", "." );
 164             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A" ) ) {
 165                 return false;
 166             }
 167             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.2.1.1" ) ) {
 168                 return false;
 169             }
 170             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A" ) ) {
 171                 return false;
 172             }
 173             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 17 ) {
 174                 return false;
 175             }
 176             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 177                 return false;
 178             }
 179             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 180                 return false;
 181             }
 182             res = Analysis.execute( p1, "A.3.1.1", "." );
 183             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.3" ) ) {
 184                 return false;
 185             }
 186             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.3.1.2" ) ) {
 187                 return false;
 188             }
 189             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.3.2.1" ) ) {
 190                 return false;
 191             }
 192             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 2 ) {
 193                 return false;
 194             }
 195             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 196                 return false;
 197             }
 198             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 199                 return false;
 200             }
 201             res = Analysis.execute( p1, "A.3.1.2", "." );
 202             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.3" ) ) {
 203                 return false;
 204             }
 205             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.3.1.1" ) ) {
 206                 return false;
 207             }
 208             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.3.2.1" ) ) {
 209                 return false;
 210             }
 211             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 2 ) {
 212                 return false;
 213             }
 214             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 215                 return false;
 216             }
 217             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 218                 return false;
 219             }
 220             res = Analysis.execute( p1, "A.3.2.1", "." );
 221             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.3" ) ) {
 222                 return false;
 223             }
 224             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.3.1" ) ) {
 225                 return false;
 226             }
 227             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.3.3.1" ) ) {
 228                 return false;
 229             }
 230             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 3 ) {
 231                 return false;
 232             }
 233             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 234                 return false;
 235             }
 236             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 237                 return false;
 238             }
 239             res = Analysis.execute( p1, "A.3.3.1", "." );
 240             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A" ) ) {
 241                 return false;
 242             }
 243             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.3" ) ) {
 244                 return false;
 245             }
 246             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A" ) ) {
 247                 return false;
 248             }
 249             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 10 ) {
 250                 return false;
 251             }
 252             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 253                 return false;
 254             }
 255             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 256                 return false;
 257             }
 258             res = Analysis.execute( p1, "A.4.1.1", "." );
 259             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.4.1" ) ) {
 260                 return false;
 261             }
 262             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.4.1.1.a" ) ) {
 263                 return false;
 264             }
 265             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.4.1.2" ) ) {
 266                 return false;
 267             }
 268             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 3 ) {
 269                 return false;
 270             }
 271             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 272                 return false;
 273             }
 274             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 275                 return false;
 276             }
 277             res = Analysis.execute( p1, "A.4.1.1.a", "." );
 278             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A.4.1" ) ) {
 279                 return false;
 280             }
 281             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.4.1.1" ) ) {
 282                 return false;
 283             }
 284             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A.4.1.2" ) ) {
 285                 return false;
 286             }
 287             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 3 ) {
 288                 return false;
 289             }
 290             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 291                 return false;
 292             }
 293             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 294                 return false;
 295             }
 296             res = Analysis.execute( p1, "A.4.1.2", "." );
 297             res = Analysis.execute( p1, "A.4.1.2.a", "." );
 298             res = Analysis.execute( p1, "A.5.1.1", "." );
 299             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A" ) ) {
 300                 return false;
 301             }
 302             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.5.1.2" ) ) {
 303                 return false;
 304             }
 305             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A" ) ) {
 306                 return false;
 307             }
 308             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 10 ) {
 309                 return false;
 310             }
 311             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 312                 return false;
 313             }
 314             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 315                 return false;
 316             }
 317             res = Analysis.execute( p1, "A.5.1.2", "." );
 318             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A" ) ) {
 319                 return false;
 320             }
 321             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A.5.1.1" ) ) {
 322                 return false;
 323             }
 324             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A" ) ) {
 325                 return false;
 326             }
 327             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 10 ) {
 328                 return false;
 329             }
 330             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 331                 return false;
 332             }
 333             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 334                 return false;
 335             }
 336             res = Analysis.execute( p1, "A.6.3.12", "." );
 337             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "A" ) ) {
 338                 return false;
 339             }
 340             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "A" ) ) {
 341                 return false;
 342             }
 343             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "A" ) ) {
 344                 return false;
 345             }
 346             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 17 ) {
 347                 return false;
 348             }
 349             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 350                 return false;
 351             }
 352             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 353                 return false;
 354             }
 355             res = Analysis.execute( p1, "B.1.1.1", "." );
 356             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "" ) ) {
 357                 return false;
 358             }
 359             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "B.1.234.3" ) ) {
 360                 return false;
 361             }
 362             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "" ) ) {
 363                 return false;
 364             }
 365             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 25 ) {
 366                 return false;
 367             }
 368             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 369                 return false;
 370             }
 371             if ( res.getWarnings().size() != 2 ) {
 372                 return false;
 373             }
 374             res = Analysis.execute( p1, "B.1.234.3", "." );
 375             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "" ) ) {
 376                 return false;
 377             }
 378             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "B.1.1.1" ) ) {
 379                 return false;
 380             }
 381             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "" ) ) {
 382                 return false;
 383             }
 384             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 25 ) {
 385                 return false;
 386             }
 387             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 388                 return false;
 389             }
 390             if ( res.getWarnings().size() != 2 ) {
 391                 return false;
 392             }
 393             res = Analysis.execute( p1, "C.1.1.1", "." );
 394             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "C.1" ) ) {
 395                 return false;
 396             }
 397             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "C.1.1.2" ) ) {
 398                 return false;
 399             }
 400             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "C.1.2.1" ) ) {
 401                 return false;
 402             }
 403             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 2 ) {
 404                 return false;
 405             }
 406             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 407                 return false;
 408             }
 409             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 410                 return false;
 411             }
 412             res = Analysis.execute( p1, "C.1.1.2", "." );
 413             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "C.1" ) ) {
 414                 return false;
 415             }
 416             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "C.1.1.1" ) ) {
 417                 return false;
 418             }
 419             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "C.1.2.1" ) ) {
 420                 return false;
 421             }
 422             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 2 ) {
 423                 return false;
 424             }
 425             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 426                 return false;
 427             }
 428             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 429                 return false;
 430             }
 431             res = Analysis.execute( p1, "C.1.2.1", "." );
 432             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "C" ) ) {
 433                 return false;
 434             }
 435             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "C.1.1" ) ) {
 436                 return false;
 437             }
 438             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "C.2.1" ) ) {
 439                 return false;
 440             }
 441             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 3 ) {
 442                 return false;
 443             }
 444             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 445                 return false;
 446             }
 447             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 448                 return false;
 449             }
 450             res = Analysis.execute( p1, "C.2.1", "." );
 451             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "C" ) ) {
 452                 return false;
 453             }
 454             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "C.1" ) ) {
 455                 return false;
 456             }
 457             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "C.3" ) ) {
 458                 return false;
 459             }
 460             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 4 ) {
 461                 return false;
 462             }
 463             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 464                 return false;
 465             }
 466             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 467                 return false;
 468             }
 469             res = Analysis.execute( p1, "C.3", "." );
 470             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "" ) ) {
 471                 return false;
 472             }
 473             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "C" ) ) {
 474                 return false;
 475             }
 476             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "QE.1.1.1.2.1" ) ) {
 477                 return false;
 478             }
 479             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 5 ) {
 480                 return false;
 481             }
 482             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 483                 return false;
 484             }
 485             if ( res.getWarnings().size() != 1 ) {
 486                 return false;
 487             }
 488             res = Analysis.execute( p1, "QE.1.1.1.2.1", "." );
 489             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "" ) ) {
 490                 return false;
 491             }
 492             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "C" ) ) {
 493                 return false;
 494             }
 495             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "" ) ) {
 496                 return false;
 497             }
 498             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 25 ) {
 499                 return false;
 500             }
 501             if ( res.getTreeSize() != 25 ) {
 502                 return false;
 503             }
 504             if ( res.getWarnings().size() != 2 ) {
 505                 return false;
 506             }
 507         }
 508         catch ( final Exception e ) {
 509             e.printStackTrace( System.out );
 510             return false;
 511         }
 512         return true;
 513     }
 514
 515     private static boolean testCladeAnalysis2() {
 516         try {
 517             final File intreefile1 = new File( PATH_TO_TEST_DATA + "clade_analysis_test_2.xml" );
 518             final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 519             final PhylogenyParser pp = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( intreefile1, true );
 520             final Phylogeny p1 = factory.create( intreefile1, pp )[ 0 ];
 521             Result res = Analysis.execute( p1, "6_DQ278891", null );
 522             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "6_" ) ) {
 523                 return false;
 524             }
 525             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "6_DQ278893" ) ) {
 526                 return false;
 527             }
 528             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "6_JX183550" ) ) {
 529                 return false;
 530             }
 531             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 2 ) {
 532                 return false;
 533             }
 534             if ( res.getTreeSize() != 219 ) {
 535                 return false;
 536             }
 537             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 538                 return false;
 539             }
 540             res = Analysis.execute( p1, "6xa_EU408330", null );
 541             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "6xa_EU40833" ) ) {
 542                 return false;
 543             }
 544             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "6xa_EU408331" ) ) {
 545                 return false;
 546             }
 547             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "6xa_EU408332" ) ) {
 548                 return false;
 549             }
 550             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 2 ) {
 551                 return false;
 552             }
 553             if ( res.getTreeSize() != 219 ) {
 554                 return false;
 555             }
 556             if ( res.getWarnings().size() != 0 ) {
 557                 return false;
 558             }
 559             res = Analysis.execute( p1, "7a_EF108306", null );
 560             if ( !res.getGreatestCommonPrefix().equals( "" ) ) {
 561                 return false;
 562             }
 563             if ( !res.getGreatestCommonPrefixDown().equals( "2" ) ) {
 564                 return false;
 565             }
 566             if ( !res.getGreatestCommonPrefixUp().equals( "" ) ) {
 567                 return false;
 568             }
 569             if ( res.getLeastEncompassingCladeSize() != 219 ) {
 570                 return false;
 571             }
 572             if ( res.getTreeSize() != 219 ) {
 573                 return false;
 574             }
 575             if ( res.getWarnings().size() != 2 ) {
 576                 return false;
 577             }
 578         }
 579         catch ( final Exception e ) {
 580             e.printStackTrace( System.out );
 581             return false;
 582         }
 583         return true;
 584     }
 585 }