forester/java/src/org/forester/clade_analysis/Prefix.java

   1
   2 package org.forester.clade_analysis;
   3
   4 import java.math.BigDecimal;
   5 import java.text.DecimalFormat;
   6 import java.util.regex.Pattern;
   7
   8 public final class Prefix {
   9
  10     private final static DecimalFormat df = new DecimalFormat( "0.0###" );
  11     private final String               _prefix;
  12     private final BigDecimal           _confidence;
  13     private final String               _separator;
  14     private final String               _first;
  15
  16     public Prefix( final String prefix, final String confidence, final String separator ) {
  17         _prefix = prefix;
  18         _confidence = new BigDecimal( confidence );
  19         _separator = separator;
  20         if ( _prefix.indexOf( _separator ) < 0 ) {
  21             _first = _prefix;
  22         }
  23         else {
  24             _first = _prefix.substring( 0, _prefix.indexOf( _separator ) );
  25         }
  26     }
  27
  28     public Prefix( final String prefix, final double confidence, final String separator ) {
  29         _prefix = prefix;
  30         _confidence = new BigDecimal( confidence );
  31         _separator = separator;
  32         if ( _prefix.indexOf( _separator ) < 0 ) {
  33             _first = _prefix;
  34         }
  35         else {
  36             _first = _prefix.substring( 0, _prefix.indexOf( _separator ) );
  37         }
  38     }
  39
  40     public String getPrefix() {
  41         return _prefix;
  42     }
  43
  44     public String getPrefixRemovSeparator() {
  45         return _prefix.replaceAll( Pattern.quote( _separator ), "" );
  46     }
  47
  48     public String getPrefixFirstElement() {
  49         return _first;
  50     }
  51
  52     public double getConfidence() {
  53         return _confidence.doubleValue();
  54     }
  55
  56     @Override
  57     public String toString() {
  58         return getPrefix() + ": " + df.format( getConfidence() );
  59     }
  60
  61     public String toStringRemovSeparator() {
  62         return getPrefixRemovSeparator() + ": " + df.format( getConfidence() );
  63     }
  64 }