forester/java/src/org/forester/clade_analysis/Result2.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2017 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2017 J. Craig Venter Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phyloxml @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.clade_analysis;
  27
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.Map.Entry;
  31 import java.util.SortedMap;
  32 import java.util.TreeMap;
  33
  34 import org.forester.util.ForesterUtil;
  35
  36 public final class Result2 {
  37
  38     private List<Prefix>        _greatest_common_prefix                = new ArrayList<Prefix>();
  39     private String             _greatest_common_prefix_up             = "";
  40     private String             _greatest_common_prefix_down           = "";
  41     private final List<String> _warnings                              = new ArrayList<>();
  42     private int                _lec_ext_nodes                         = 0;
  43     private int                _p_ext_nodes                           = 0;
  44     private String             _greatest_common_clade_subtree_confidence      = "";
  45     private String             _greatest_common_clade_subtree_confidence_up   = "";
  46     private String             _greatest_common_clade_subtree_confidence_down = "";
  47
  48     void addWarning( final String warning ) {
  49         _warnings.add( warning );
  50     }
  51
  52     void addGreatestCommonPrefix( final String prefix, final double confidence ) {
  53         _greatest_common_prefix.add( new Prefix(prefix, confidence) );
  54     }
  55
  56     void setGreatestCommonPrefixUp( final String greatest_common_prefix_up ) {
  57         _greatest_common_prefix_up = greatest_common_prefix_up;
  58     }
  59
  60     void setGreatestCommonPrefixDown( final String greatest_common_prefix_down ) {
  61         _greatest_common_prefix_down = greatest_common_prefix_down;
  62     }
  63
  64     void setGreatestCommonCladeSubtreeConfidence( final String greatest_common_clade_confidence ) {
  65         _greatest_common_clade_subtree_confidence = greatest_common_clade_confidence;
  66     }
  67
  68     void setGreatestCommonCladeUpSubtreeConfidence( final String greatest_common_clade_confidence_up ) {
  69         _greatest_common_clade_subtree_confidence_up = greatest_common_clade_confidence_up;
  70     }
  71
  72     void setGreatestCommonCladeDownSubtreeConfidence( final String greatest_common_clade_confidence_down ) {
  73         _greatest_common_clade_subtree_confidence_down = greatest_common_clade_confidence_down;
  74     }
  75
  76   //  public String getGreatestCommonPrefix() {
  77   //      return _greatest_common_prefix;
  78   //  }
  79
  80     public String getGreatestCommonPrefixUp() {
  81         return _greatest_common_prefix_up;
  82     }
  83
  84     public String getGreatestCommonPrefixDown() {
  85         return _greatest_common_prefix_down;
  86     }
  87
  88     public String getGreatestCommonCladeSubtreeConfidence() {
  89         return _greatest_common_clade_subtree_confidence;
  90     }
  91
  92     public String getGreatestCommonCladeUpSubtreeConfidence() {
  93         return _greatest_common_clade_subtree_confidence_up;
  94     }
  95
  96     public String getGreatestCommonCladeDownSubtreeConfidence() {
  97         return _greatest_common_clade_subtree_confidence_down;
  98     }
  99
 100     public List<String> getWarnings() {
 101         return _warnings;
 102     }
 103
 104     void setLeastEncompassingCladeSize( final int lec_ext_nodes ) {
 105         _lec_ext_nodes = lec_ext_nodes;
 106     }
 107
 108     void setTreeSize( final int p_ext_nodes ) {
 109         _p_ext_nodes = p_ext_nodes;
 110     }
 111
 112     public int getLeastEncompassingCladeSize() {
 113         return _lec_ext_nodes;
 114     }
 115
 116     public int getTreeSize() {
 117         return _p_ext_nodes;
 118     }
 119
 120     public void analyzeGreatestCommonPrefixes(final String separator ) {
 121         final SortedMap<String,Double> map = new TreeMap<String,Double>();
 122         for( final Prefix prefix : _greatest_common_prefix ) {
 123             List<String> prefixes = ForesterUtil.spliIntoPrefixes( prefix.getPrefix(), separator );
 124             for( final String p : prefixes ) {
 125                 map.put( p, 0.0 );
 126             }
 127         }
 128        // System.out.println( map );
 129         for (final String key : map.keySet()) {
 130             //System.out.println(key);
 131             for( final Prefix prefix : _greatest_common_prefix ) {
 132                 if ( prefix.getPrefix().startsWith( key ) ) {
 133                     map.put( key, map.get( key ) + prefix.getConfidence()  );
 134                 }
 135             }
 136         }
 137         System.out.println( map );
 138     }
 139
 140
 141 }