forester/java/src/org/forester/development/HmmerRest.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.development;
  27
  28 import java.io.BufferedReader;
  29 import java.io.ByteArrayInputStream;
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.io.InputStreamReader;
  32 import java.io.PrintStream;
  33 import java.net.URL;
  34 import java.net.URLConnection;
  35
  36 import javax.xml.parsers.DocumentBuilder;
  37 import javax.xml.parsers.DocumentBuilderFactory;
  38 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;
  39
  40 import org.w3c.dom.Document;
  41 import org.w3c.dom.Element;
  42 import org.w3c.dom.NodeList;
  43 import org.xml.sax.SAXException;
  44
  45 public class HmmerRest {
  46
  47     final static String         LIST_SEPARATOR = "%0A";
  48     final static String         LINE_SEPARATOR = "\n";
  49     private final static String BASE_URL       = "http://pfam.sanger.ac.uk/search/sequence";
  50
  51     public static void main( final String[] args ) {
  52         final String seq = "MASTENNEKDNFMRDTASRSKKSRRRSLWIAAGAVPTAIALSLSLASPA"
  53                 + "AVAQSSFGSSDIIDSGVLDSITRGLTDYLTPRDEALPAGEVTYPAIEGLP"
  54                 + "AGVRVNSAEYVTSHHVVLSIQSAAMPERPIKVQLLLPRDWYSSPDRDFPE"
  55                 + "IWALDGLRAIEKQSGWTIETNIEQFFADKNAIVVLPVGGESSFYTDWNEP"
  56                 + "NNGKNYQWETFLTEELAPILDKGFRSNGERAITGISMGGTAAVNIATHNP"
  57                 + "EMFNFVGSFSGYLDTTSNGMPAAIGAALADAGGYNVNAMWGPAGSERWLE"
  58                 + "NDPKRNVDQLRGKQVYVSAGSGADDYGQDGSVATGPANAAGVGLELISRM"
  59                 + "TSQTFVDAANGAGVNVIANFRPSGVHAWPYWQFEMTQAWPYMADSLGMSR"
  60                 + "EDRGADCVALGAIADATADGSLGSCLNNEYLVANGVGRAQDFTNGRAYWS"
  61                 + "PNTGAFGLFGRINARYSELGGPDSWLGFPKTRELSTPDGRGRYVHFENGS"
  62                 + "IYWSAATGPWEIPGDMFTAWGTQGYEAGGLGYPVGPAKDFNGGLAQEFQG"
  63                 + "GYVLRTPQNRAYWVRGAISAKYMEPGVATTLGFPTGNERLIPGGAFQEFT"
  64                 + "NGNIYWSASTGAHYILRGGIFDAWGAKGYEQGEYGWPTTDQTSIAAGGET" + "ITFQNGTIRQVNGRIEESR";
  65         final String query = "seq=" + seq + "" + "&" + "output=xml";
  66         String result = "";
  67         try {
  68             result = getResult( query );
  69         }
  70         catch ( final IOException e ) {
  71             // TODO Auto-generated catch block
  72             e.printStackTrace();
  73         }
  74         System.out.println( result );
  75         final DocumentBuilderFactory dbf = DocumentBuilderFactory.newInstance();
  76         Document dom = null;
  77         try {
  78             //Using factory get an instance of document builder
  79             final DocumentBuilder db = dbf.newDocumentBuilder();
  80             //parse using builder to get DOM representation of the XML file
  81             dom = db.parse( new ByteArrayInputStream( result.getBytes() ) );
  82         }
  83         catch ( final ParserConfigurationException pce ) {
  84             pce.printStackTrace();
  85         }
  86         catch ( final SAXException se ) {
  87             se.printStackTrace();
  88         }
  89         catch ( final IOException ioe ) {
  90             ioe.printStackTrace();
  91         }
  92         final Element docEle = dom.getDocumentElement();
  93         final NodeList nl = docEle.getElementsByTagName( "job" );
  94         String result_url = "";
  95         for( int i = 0; i < nl.getLength(); i++ ) {
  96             //System.out.println( nl.item( i ) );
  97             result_url = getTextValue( ( Element ) nl.item( i ), "result_url" );
  98         }
  99         System.out.println( "result url = " + result_url );
 100         //gettin the result....
 101         try {
 102             //do what you want to do before sleeping
 103             Thread.sleep( 5000 );//sleep for x ms
 104             //do what you want to do after sleeptig
 105         }
 106         catch ( final InterruptedException ie ) {
 107             ie.printStackTrace();
 108         }
 109         try {
 110             result = getResult( result_url, "" );
 111         }
 112         catch ( final IOException e ) {
 113             // TODO Auto-generated catch block
 114             e.printStackTrace();
 115         }
 116         System.out.println( result );
 117     }
 118
 119     private static String getTextValue( final Element ele, final String tagName ) {
 120         String textVal = null;
 121         final NodeList nl = ele.getElementsByTagName( tagName );
 122         if ( ( nl != null ) && ( nl.getLength() > 0 ) ) {
 123             final Element el = ( Element ) nl.item( 0 );
 124             textVal = el.getFirstChild().getNodeValue();
 125         }
 126         return textVal;
 127     }
 128
 129     public static String getResult( final String base_url, final String query ) throws IOException {
 130         System.out.println( query );
 131         final URL url = new URL( base_url );
 132         final URLConnection urlc = url.openConnection();
 133         urlc.setDoOutput( true );
 134         urlc.setAllowUserInteraction( false );
 135         final PrintStream ps = new PrintStream( urlc.getOutputStream() );
 136         //System.out.println( "query: " + query );
 137         ps.print( query.trim() );
 138         ps.close();
 139         final BufferedReader br = new BufferedReader( new InputStreamReader( urlc.getInputStream() ) );
 140         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 141         String line = null;
 142         while ( ( line = br.readLine() ) != null ) {
 143             sb.append( line + LINE_SEPARATOR );
 144         }
 145         br.close();
 146         return sb.toString().trim();
 147     }
 148
 149     public static String getResult( final String query ) throws IOException {
 150         System.out.println( query );
 151         final URL url = new URL( BASE_URL );
 152         final URLConnection urlc = url.openConnection();
 153         urlc.setDoOutput( true );
 154         urlc.setAllowUserInteraction( false );
 155         final PrintStream ps = new PrintStream( urlc.getOutputStream() );
 156         //System.out.println( "query: " + query );
 157         ps.print( query.trim() );
 158         ps.close();
 159         final BufferedReader br = new BufferedReader( new InputStreamReader( urlc.getInputStream() ) );
 160         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 161         String line = null;
 162         while ( ( line = br.readLine() ) != null ) {
 163             sb.append( line + LINE_SEPARATOR );
 164         }
 165         br.close();
 166         return sb.toString().trim();
 167     }
 168 }