forester/java/src/org/forester/development/ResidueRenderer.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.development;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.Graphics;
  30 import java.awt.Graphics2D;
  31 import java.awt.RenderingHints;
  32
  33 public class ResidueRenderer extends AbstractRenderer {
  34
  35     static final Color        EMPTY_COLOR          = new Color( 250, 0, 250 );
  36     static final Color        POSITIVE_COLOR       = new Color( 250, 0, 250 );
  37     static final Color        NEGATIVE_COLOR       = new Color( 250, 0, 250 );
  38     static final Color        NULL_COLOR           = new Color( 50, 50, 50 );
  39     static final int          DISTANCE_OVAL_BORDER = 1;
  40     static final int          SIZE_LIMIT           = 7;
  41     /**
  42      *
  43      */
  44     private static final long serialVersionUID     = -2331160296913478874L;
  45     private final char        _value;
  46     private Color             _wellColor;
  47     private boolean           _isMarked;
  48     private boolean           _isSelected;
  49     private final MsaRenderer _parentPlateRenderer;
  50
  51     public ResidueRenderer( final char value, final MsaRenderer parentPlateRenderer ) {
  52         _value = value;
  53         _parentPlateRenderer = parentPlateRenderer;
  54         setIsSelected( false );
  55         setIsMarked( false );
  56         setStatus( ( byte ) 0 );
  57     }
  58
  59     private double calcFactor( final double min, final double max ) {
  60         return ( max - min ) / 255D;
  61     }
  62
  63     private Color calcWellColor( double value,
  64                                  final double min,
  65                                  final double max,
  66                                  final Color minColor,
  67                                  final Color maxColor ) {
  68         if ( value < min ) {
  69             value = min;
  70         }
  71         if ( value > max ) {
  72             value = max;
  73         }
  74         final double x = ( 255D * ( value - min ) ) / ( max - min );
  75         final int red = ( int ) ( minColor.getRed() + x * calcFactor( minColor.getRed(), maxColor.getRed() ) );
  76         final int green = ( int ) ( minColor.getGreen() + x * calcFactor( minColor.getGreen(), maxColor.getGreen() ) );
  77         final int blue = ( int ) ( minColor.getBlue() + x * calcFactor( minColor.getBlue(), maxColor.getBlue() ) );
  78         return new Color( red, green, blue );
  79     }
  80
  81     private Color calcWellColor( double value,
  82                                  final double min,
  83                                  final double max,
  84                                  final double mean,
  85                                  final Color minColor,
  86                                  final Color maxColor,
  87                                  final Color meanColor ) {
  88         //  if ( isEmpty() ) {
  89         //     return ResidueRenderer.NULL_COLOR;
  90         // }
  91         if ( meanColor == null ) {
  92             return calcWellColor( value, min, max, minColor, maxColor );
  93         }
  94         if ( value < min ) {
  95             value = min;
  96         }
  97         if ( value > max ) {
  98             value = max;
  99         }
 100         if ( value < mean ) {
 101             final double x = ( 255D * ( value - min ) ) / ( mean - min );
 102             final int red = ( int ) ( minColor.getRed() + x * calcFactor( minColor.getRed(), meanColor.getRed() ) );
 103             final int green = ( int ) ( minColor.getGreen() + x
 104                     * calcFactor( minColor.getGreen(), meanColor.getGreen() ) );
 105             final int blue = ( int ) ( minColor.getBlue() + x * calcFactor( minColor.getBlue(), meanColor.getBlue() ) );
 106             return new Color( red, green, blue );
 107         }
 108         if ( value > mean ) {
 109             final double x = ( 255D * ( value - mean ) ) / ( max - mean );
 110             final int red = ( int ) ( meanColor.getRed() + x * calcFactor( meanColor.getRed(), maxColor.getRed() ) );
 111             final int green = ( int ) ( meanColor.getGreen() + x
 112                     * calcFactor( meanColor.getGreen(), maxColor.getGreen() ) );
 113             final int blue = ( int ) ( meanColor.getBlue() + x * calcFactor( meanColor.getBlue(), maxColor.getBlue() ) );
 114             return new Color( red, green, blue );
 115         }
 116         else {
 117             return meanColor;
 118         }
 119     }
 120
 121     public double getDataValue() {
 122         return _value;
 123     }
 124
 125     @Override
 126     public MsaRenderer getParentPlateRenderer() {
 127         return _parentPlateRenderer;
 128     }
 129
 130     public Color getWellColor() {
 131         return _wellColor;
 132     }
 133
 134     public boolean isMarked() {
 135         return _isMarked;
 136     }
 137
 138     @Override
 139     public boolean isSelected() {
 140         return _isSelected;
 141     }
 142
 143     @Override
 144     public void paint( final Graphics g ) {
 145         final int width = getWellSize() - 1;
 146         final int width_ = width - 1;
 147         final int width__ = ( width_ - 1 ) + 1;
 148         final int width__s = width__ - 2;
 149         final int x_ = getX() + 1;
 150         final int y_ = getY() + 1;
 151         //     final PlateDisplayPanel hmp = getParentPlateRenderer()
 152         //             .getPlateDisplayPanel();
 153         //     boolean draw_circle = hmp.isDrawCircle()
 154         //            || ( !hmp.isDrawCircle() && !hmp.isDrawSquare() && ( width > 7 ) );
 155         //  final boolean show_user_flags = _parentPlateRenderer
 156         //          .getPlateDisplayPanel().showUserFlagsCheckBox.isSelected();
 157         //  final boolean show_outlier_flags = _parentPlateRenderer
 158         //          .getPlateDisplayPanel().showOutliersCheckBox.isSelected();
 159         // final boolean show_hit_picks = _parentPlateRenderer
 160         // .getPlateDisplayPanel().showHitPicksCheckBox.isSelected();
 161         // final boolean show_confirmed_hits = _parentPlateRenderer
 162         // .getPlateDisplayPanel().showConfirmedHitsCheckBox.isSelected();
 163         final Graphics2D g2 = ( Graphics2D ) g;
 164         g2.setRenderingHint( RenderingHints.KEY_RENDERING, RenderingHints.VALUE_RENDER_SPEED );
 165         if ( isMarked() ) {
 166             g2.setColor( AbstractRenderer.MARKED_COLOR );
 167         }
 168         // else if ( !draw_circle && isSelected() ) {
 169         //     g2.setColor( AbstractRenderer.SELECTED_COLOR );
 170         // }
 171         else {
 172             g2.setColor( AbstractRenderer.DEFAULT_COLOR );
 173         }
 174         g2.drawRect( getX(), getY(), width, width );
 175         //        if ( draw_circle ) {
 176         //            if ( isSelected() && isMarked() ) {
 177         //                g2.setColor( AbstractRenderer.MARKED_COLOR );
 178         //            }
 179         //            else if ( isSelected() ) {
 180         //                g2.setColor( AbstractRenderer.SELECTED_COLOR );
 181         //            }
 182         //            else {
 183         //                g2.setColor( AbstractRenderer.DEFAULT_COLOR );
 184         //            }
 185         //            g2.fillRect( x_, y_, width_, width_ );
 186         //        }
 187         g2.setColor( getWellColor() );
 188         //        if ( draw_circle ) {
 189         //            g2.setRenderingHint( RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 190         //                    RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON );
 191         //            if ( isSelected() && ( width > 6 ) ) {
 192         //                g2.fillOval( getX() + 2, getY() + 2, width__s, width__s );
 193         //            }
 194         //            else if ( width < 5 ) {
 195         //                g2.fillOval( ( getX() + 1 ) - 1, ( getY() + 1 ) - 1,
 196         //                        width__ + 2, width__ + 2 );
 197         //            }
 198         //            else {
 199         //                g2.fillOval( getX() + 1, getY() + 1, width__, width__ );
 200         //            }
 201         //        }
 202         if ( isMarked() || isSelected() ) {
 203             g2.fillRect( getX() + 1, getY() + 1, width_, width_ );
 204         }
 205         else {
 206             g2.fillRect( ( getX() + 1 ) - 1, ( getY() + 1 ) - 1, width_ + 2, width_ + 2 );
 207         }
 208     }
 209
 210     public void resetWellColor( final double min, final double max, final Color minColor, final Color maxColor ) {
 211         setWellColor( calcWellColor( getDataValue(), min, max, minColor, maxColor ) );
 212     }
 213
 214     public void resetWellColor( final double min,
 215                                 final double max,
 216                                 final double mean,
 217                                 final Color minColor,
 218                                 final Color maxColor,
 219                                 final Color meanColor ) {
 220         setWellColor( calcWellColor( getDataValue(), min, max, mean, minColor, maxColor, meanColor ) );
 221     }
 222
 223     public void setIsMarked( final boolean isMarked ) {
 224         _isMarked = isMarked;
 225     }
 226
 227     @Override
 228     public void setIsSelected( final boolean isSelected ) {
 229         _isSelected = isSelected;
 230     }
 231
 232     private void setWellColor( final Color wellColor ) {
 233         _wellColor = wellColor;
 234     }
 235 }