forester/java/src/org/forester/development/Time.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.development;
  27
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.util.Date;
  31
  32 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  33 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  34 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  35 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
  36 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  37 import org.forester.util.BasicDescriptiveStatistics;
  38 import org.forester.util.DescriptiveStatistics;
  39
  40 @SuppressWarnings( "unused")
  41 public final class Time {
  42
  43     public static void main( final String[] args ) {
  44         try {
  45             final DescriptiveStatistics parse_stats = new BasicDescriptiveStatistics();
  46             final DescriptiveStatistics post_stats = new BasicDescriptiveStatistics();
  47             final DescriptiveStatistics pre_stats = new BasicDescriptiveStatistics();
  48             final File f = new File( args[ 0 ] );
  49             Phylogeny phy = null;
  50             for( int i = 0; i < 10; i++ ) {
  51                 final long start_time = new Date().getTime();
  52                 phy = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( f, new NHXParser() )[ 0 ];
  53                 System.out.println( phy.getNumberOfExternalNodes() );
  54                 parse_stats.addValue( new Date().getTime() - start_time );
  55                 //
  56                 PhylogenyNode n = null;
  57                 final long start_time_post = new Date().getTime();
  58                 final PhylogenyNodeIterator post = phy.iteratorPostorder();
  59                 while ( post.hasNext() ) {
  60                     n = post.next();
  61                 }
  62                 post_stats.addValue( new Date().getTime() - start_time_post );
  63                 //
  64                 final long start_time_pre = new Date().getTime();
  65                 final PhylogenyNodeIterator pre = phy.iteratorPreorder();
  66                 while ( pre.hasNext() ) {
  67                     n = pre.next();
  68                 }
  69                 pre_stats.addValue( new Date().getTime() - start_time_pre );
  70             }
  71             System.out.println( "Parsing [ms]:" );
  72             System.out.println( parse_stats.toString() );
  73             System.out.println( "Post-order [ms]:" );
  74             System.out.println( post_stats.toString() );
  75             System.out.println( "Pre-order [ms]:" );
  76             System.out.println( pre_stats.toString() );
  77         }
  78         catch ( final IOException e ) {
  79             e.printStackTrace();
  80         }
  81     }
  82 }