forester/java/src/org/forester/evoinference/distance/S.java

   1
   2 package org.forester.evoinference.distance;
   3
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.List;
   6 import java.util.Map.Entry;
   7 import java.util.Set;
   8 import java.util.SortedMap;
   9 import java.util.SortedSet;
  10 import java.util.TreeMap;
  11 import java.util.TreeSet;
  12
  13 import org.forester.evoinference.matrix.distance.BasicSymmetricalDistanceMatrix;
  14
  15 public class S {
  16
  17     private final List<SortedMap<Double, SortedSet<Integer>>> _data;
  18
  19     S() {
  20         _data = new ArrayList<SortedMap<Double, SortedSet<Integer>>>();
  21     }
  22
  23     void addPairing( final double key, final int value, final int j ) {
  24         final SortedMap<Double, SortedSet<Integer>> m = _data.get( j );
  25         addPairing( key, value, m );
  26     }
  27
  28     SortedMap<Double, SortedSet<Integer>> getS( final int j ) {
  29         return _data.get( j );
  30     }
  31
  32     Set<Entry<Double, SortedSet<Integer>>> getSentrySet( final int j ) {
  33         return _data.get( j ).entrySet();
  34     }
  35
  36     void initialize( final BasicSymmetricalDistanceMatrix d ) {
  37         for( int j = 0; j < d.getSize(); ++j ) {
  38             final TreeMap<Double, SortedSet<Integer>> map = new TreeMap<Double, SortedSet<Integer>>();
  39             _data.add( map );
  40             for( int i = 0; i < j; ++i ) {
  41                 addPairing( d.getValues()[ i ][ j ], i, map );
  42             }
  43         }
  44     }
  45
  46     void removePairing( final double key, final int value, final int j ) {
  47         final SortedMap<Double, SortedSet<Integer>> m = _data.get( j );
  48         final SortedSet<Integer> x = m.get( key );
  49         if ( x.size() == 1 ) {
  50             if ( !x.contains( value ) ) {
  51                 //TODO remove me later
  52                 throw new IllegalStateException( "!x.contains( value )" );
  53             }
  54             m.remove( key );
  55         }
  56         else if ( x.size() > 1 ) {
  57             final boolean removed = x.remove( value );
  58             if ( !removed ) {
  59                 //TODO remove me later
  60                 throw new IllegalStateException( value + " not found" );
  61             }
  62         }
  63         else {
  64             //TODO remove me later
  65             throw new IllegalStateException( "empty" );
  66         }
  67     }
  68
  69     private static void addPairing( final double key, final int value, final SortedMap<Double, SortedSet<Integer>> m ) {
  70         if ( !m.containsKey( key ) ) {
  71             final TreeSet<Integer> x = new TreeSet<Integer>();
  72             x.add( value );
  73             m.put( key, x );
  74         }
  75         else {
  76             if ( m.get( key ).contains( value ) ) {
  77                 //TODO remove me later
  78                 throw new IllegalStateException( "pairing " + key + " -> " + value + " already exists" );
  79             }
  80             m.get( key ).add( value );
  81         }
  82     }
  83 }