forester/java/src/org/forester/evoinference/distance/S.java

   1
   2 package org.forester.evoinference.distance;
   3
   4 import java.text.DecimalFormat;
   5 import java.util.ArrayList;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Map.Entry;
   8 import java.util.Set;
   9 import java.util.SortedMap;
  10 import java.util.SortedSet;
  11 import java.util.TreeMap;
  12 import java.util.TreeSet;
  13
  14 import org.forester.evoinference.matrix.distance.BasicSymmetricalDistanceMatrix;
  15
  16 public class S {
  17
  18     private final List<SortedMap<Double, SortedSet<Integer>>> _data;
  19
  20     S() {
  21         _data = new ArrayList<SortedMap<Double, SortedSet<Integer>>>();
  22     }
  23
  24     @Override
  25     public String toString() {
  26         final DecimalFormat df = new DecimalFormat( "0.00" );
  27         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
  28         for( int j = 1; j < size(); ++j ) {
  29             for( final Entry<Double, SortedSet<Integer>> entry : getSentrySet( j ) ) {
  30                 final double key = entry.getKey();
  31                 final SortedSet<Integer> values = entry.getValue();
  32                 sb.append( df.format( key ) + "->" );
  33                 boolean first = true;
  34                 for( final Integer v : values ) {
  35                     if ( !first ) {
  36                         sb.append( "," );
  37                     }
  38                     first = false;
  39                     sb.append( v );
  40                 }
  41                 sb.append( "  " );
  42             }
  43             sb.append( "\n" );
  44         }
  45         return sb.toString();
  46     }
  47
  48     void addPairing( final double key, final int value, final int j ) {
  49         final SortedMap<Double, SortedSet<Integer>> m = getS( j );
  50         addPairing( key, value, m );
  51     }
  52
  53     SortedMap<Double, SortedSet<Integer>> getS( final int j ) {
  54         return _data.get( j );
  55     }
  56
  57     Set<Entry<Double, SortedSet<Integer>>> getSentrySet( final int j ) {
  58         return getS( j ).entrySet();
  59     }
  60
  61     void initialize( final BasicSymmetricalDistanceMatrix d ) {
  62         for( int j = 0; j < d.getSize(); ++j ) {
  63             final TreeMap<Double, SortedSet<Integer>> map = new TreeMap<Double, SortedSet<Integer>>();
  64             _data.add( map );
  65             for( int i = 0; i < j; ++i ) {
  66                 addPairing( d.getValues()[ i ][ j ], i, map );
  67             }
  68         }
  69         System.out.println( toString() );
  70     }
  71
  72     void removePairing( final double key, final int value, final int j ) {
  73         final SortedMap<Double, SortedSet<Integer>> m = _data.get( j );
  74         final SortedSet<Integer> x = m.get( key );
  75         if ( x.size() == 1 ) {
  76             if ( !x.contains( value ) ) {
  77                 //TODO remove me later
  78                 throw new IllegalStateException( "pairing " + key + " -> " + value + " does not exist" );
  79             }
  80             m.remove( key );
  81         }
  82         else if ( x.size() > 1 ) {
  83             final boolean removed = x.remove( value );
  84             if ( !removed ) {
  85                 //TODO remove me later
  86                 throw new IllegalStateException( "pairing " + key + " -> " + value + " does not exist/was not removed" );
  87             }
  88         }
  89         else {
  90             //TODO remove me later
  91             throw new IllegalStateException( "empty" );
  92         }
  93     }
  94
  95     int size() {
  96         return _data.size();
  97     }
  98
  99     private static void addPairing( final double key, final int value, final SortedMap<Double, SortedSet<Integer>> m ) {
 100         if ( !m.containsKey( key ) ) {
 101             final TreeSet<Integer> x = new TreeSet<Integer>();
 102             x.add( value );
 103             m.put( key, x );
 104         }
 105         else {
 106             if ( m.get( key ).contains( value ) ) {
 107                 //TODO remove me later
 108                 throw new IllegalStateException( "pairing " + key + " -> " + value + " already exists" );
 109             }
 110             m.get( key ).add( value );
 111         }
 112     }
 113 }