forester/java/src/org/forester/evoinference/distance/Sarray.java

   1
   2 package org.forester.evoinference.distance;
   3
   4 import java.text.DecimalFormat;
   5 import java.util.ArrayList;
   6 import java.util.List;
   7 import java.util.Map.Entry;
   8 import java.util.Set;
   9 import java.util.SortedMap;
  10 import java.util.TreeMap;
  11
  12 import org.forester.evoinference.matrix.distance.BasicSymmetricalDistanceMatrix;
  13 import org.forester.evoinference.matrix.distance.DistanceMatrix;
  14
  15 public final class Sarray {
  16
  17     public final static int                       FACTOR = 1000000;
  18     private final static boolean                  DEBUG  = true;
  19     private final List<SortedMap<Integer, int[]>> _data;
  20
  21     public Sarray() {
  22         _data = new ArrayList<SortedMap<Integer, int[]>>();
  23     }
  24
  25     final public void addPairing( final double key, final int value, final int j ) {
  26         addPairing( ( int ) ( FACTOR * key ), value, getS( j ) );
  27     }
  28
  29     final public void addPairing( final int key, final int value, final int j ) {
  30         addPairing( key, value, getS( j ) );
  31     }
  32
  33     final public SortedMap<Integer, int[]> getS( final int j ) {
  34         return _data.get( j );
  35     }
  36
  37     final public int[] getValues( final int key, final int j ) {
  38         return getS( j ).get( key );
  39     }
  40
  41     final public void initialize( final DistanceMatrix d ) {
  42         for( int j = 0; j < d.getSize(); ++j ) {
  43             final TreeMap<Integer, int[]> map = new TreeMap<Integer, int[]>();
  44             _data.add( map );
  45             for( int i = 0; i < j; ++i ) {
  46                 addPairing( ( int ) ( FACTOR * d.getValues()[ i ][ j ] ), i, map );
  47             }
  48         }
  49         //System.out.println( toString() );
  50     }
  51
  52     final public void initialize( final int size ) {
  53         for( int j = 0; j < size; ++j ) {
  54             final TreeMap<Integer, int[]> map = new TreeMap<Integer, int[]>();
  55             _data.add( map );
  56         }
  57     }
  58
  59     final public void removePairing( final double key, final int value, final int j ) {
  60         removePairing( ( int ) ( key * FACTOR ), value, j );
  61     }
  62
  63     final public void removePairing( final int key, final int value, final int j ) {
  64         final SortedMap<Integer, int[]> m = _data.get( j );
  65         final int[] x = m.get( key );
  66         if ( x == null ) {
  67             System.out.println();
  68             System.out
  69             .println( "________________________________________________________________________________________" );
  70             System.out.println( toString() );
  71             throw new IllegalArgumentException( "key " + key + " (->" + value + ") does not exist for row " + j );
  72         }
  73         if ( x.length == 1 ) {
  74             m.remove( key );
  75         }
  76         else {
  77             final int[] xnew = new int[ x.length - 1 ];
  78             int xc = 0;
  79             for( int i = 0; ++i < x.length; ++i ) {
  80                 final int xv = x[ i ];
  81                 if ( xv != value ) {
  82                     xnew[ xc++ ] = xv;
  83                 }
  84             }
  85             m.put( key, xnew );
  86         }
  87     }
  88
  89     final public int size() {
  90         return _data.size();
  91     }
  92
  93     // Slow, only for testing
  94     @SuppressWarnings( "unchecked")
  95     final public Set<Integer>[] toArray( final int j ) {
  96         return _data.get( j ).values().toArray( new Set[ _data.get( j ).size() ] );
  97     }
  98
  99     @Override
 100     final public String toString() {
 101         final DecimalFormat df = new DecimalFormat( "0.000000" );
 102         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
 103         for( int j = 0; j < size(); ++j ) {
 104             sb.append( j );
 105             sb.append( ": " );
 106             for( final Entry<Integer, int[]> entry : getSentrySet( j ) ) {
 107                 final double key = entry.getKey();
 108                 final int[] values = entry.getValue();
 109                 sb.append( df.format( key / FACTOR ) + "->" );
 110                 boolean first = true;
 111                 for( final int v : values ) {
 112                     if ( !first ) {
 113                         sb.append( "," );
 114                     }
 115                     first = false;
 116                     sb.append( v );
 117                 }
 118                 sb.append( "  " );
 119             }
 120             sb.append( "\n" );
 121         }
 122         return sb.toString();
 123     }
 124
 125     final Set<Entry<Integer, int[]>> getSentrySet( final int j ) {
 126         return getS( j ).entrySet();
 127     }
 128
 129     final private static void addPairing( final int key, final int value, final SortedMap<Integer, int[]> m ) {
 130         if ( !m.containsKey( key ) ) {
 131             final int[] x = new int[ 1 ];
 132             x[ 0 ] = value;
 133             m.put( key, x );
 134         }
 135         else {
 136             final int[] x = new int[ m.get( key ).length + 1 ];
 137             for( int i = 0; i < ( x.length - 1 ); i++ ) {
 138                 x[ i ] = m.get( key )[ i ];
 139             }
 140             x[ x.length - 1 ] = value;
 141             m.put( key, x );
 142         }
 143     }
 144 }