forester/java/src/org/forester/go/BasicGoSubset.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.go;
  27
  28 public class BasicGoSubset implements GoSubset {
  29
  30     final Type _type;
  31
  32     public BasicGoSubset( final String s ) {
  33         final String my_s = s.trim().toLowerCase();
  34         if ( my_s.equals( GOSLIM_GENERIC_STR ) ) {
  35             _type = Type.GOSLIM_GENERIC;
  36         }
  37         else if ( my_s.equals( GOSLIM_GOA_STR ) ) {
  38             _type = Type.GOSLIM_GOA;
  39         }
  40         else if ( my_s.equals( GOSLIM_PIR_STR ) ) {
  41             _type = Type.GOSLIM_PIR;
  42         }
  43         else if ( my_s.equals( GOSUBSET_PROK_STR ) ) {
  44             _type = Type.GOSUBSET_PROK;
  45         }
  46         else if ( my_s.equals( GOSLIM_CANDIDA_STR ) ) {
  47             _type = Type.GOSLIM_CANDIDA;
  48         }
  49         else if ( my_s.equals( GOSLIM_PLANT_STR ) ) {
  50             _type = Type.GOSLIM_PLANT;
  51         }
  52         else if ( my_s.equals( GOSLIM_YEAST_STR ) ) {
  53             _type = Type.GOSLIM_YEAST;
  54         }
  55         else if ( my_s.equals( GOSLIM_POMBE_STR ) ) {
  56             _type = Type.GOSLIM_POMBE;
  57         }
  58         else {
  59             throw new IllegalArgumentException( "unknown GO subset type: " + my_s );
  60         }
  61     }
  62
  63     public BasicGoSubset( final Type type ) {
  64         _type = type;
  65     }
  66
  67     public int compareTo( final GoSubset sub ) {
  68         return getType().compareTo( sub.getType() );
  69     }
  70
  71     @Override
  72     public boolean equals( final Object o ) {
  73         if ( this == o ) {
  74             return true;
  75         }
  76         else if ( o == null ) {
  77             throw new IllegalArgumentException( "attempt to check go subset equality to null" );
  78         }
  79         else if ( o.getClass() != this.getClass() ) {
  80             throw new IllegalArgumentException( "attempt to check go subset equality to " + o + " [" + o.getClass()
  81                     + "]" );
  82         }
  83         else {
  84             return ( getType() == ( ( GoSubset ) o ).getType() );
  85         }
  86     }
  87
  88     public Type getType() {
  89         return _type;
  90     }
  91
  92     @Override
  93     public String toString() {
  94         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
  95         switch ( getType() ) {
  96             case GOSLIM_CANDIDA:
  97                 sb.append( GOSLIM_CANDIDA_STR );
  98                 break;
  99             case GOSLIM_GENERIC:
 100                 sb.append( GOSLIM_GENERIC_STR );
 101                 break;
 102             case GOSLIM_GOA:
 103                 sb.append( GOSLIM_GOA_STR );
 104                 break;
 105             case GOSLIM_PIR:
 106                 sb.append( GOSLIM_PIR_STR );
 107                 break;
 108             case GOSLIM_PLANT:
 109                 sb.append( GOSLIM_PLANT_STR );
 110                 break;
 111             case GOSLIM_YEAST:
 112                 sb.append( GOSLIM_YEAST_STR );
 113                 break;
 114             case GOSUBSET_PROK:
 115                 sb.append( GOSUBSET_PROK_STR );
 116                 break;
 117             case GOSLIM_POMBE:
 118                 sb.append( GOSLIM_POMBE_STR );
 119                 break;
 120             default:
 121                 new AssertionError( "unknown type: " + getType() );
 122         }
 123         return sb.toString();
 124     }
 125 }