forester/java/src/org/forester/go/BasicGoSubset.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.go;
  27
  28 public class BasicGoSubset implements GoSubset {
  29
  30     final Type _type;
  31
  32     public BasicGoSubset( final String s ) {
  33         final String my_s = s.trim().toLowerCase();
  34         if ( my_s.equals( GOSLIM_GENERIC_STR ) ) {
  35             _type = Type.GOSLIM_GENERIC;
  36         }
  37         else if ( my_s.equals( GOSLIM_GOA_STR ) ) {
  38             _type = Type.GOSLIM_GOA;
  39         }
  40         else if ( my_s.equals( GOSLIM_PIR_STR ) ) {
  41             _type = Type.GOSLIM_PIR;
  42         }
  43         else if ( my_s.equals( GOSUBSET_PROK_STR ) ) {
  44             _type = Type.GOSUBSET_PROK;
  45         }
  46         else if ( my_s.equals( GOSLIM_CANDIDA_STR ) ) {
  47             _type = Type.GOSLIM_CANDIDA;
  48         }
  49         else if ( my_s.equals( GOSLIM_ASPERGILLUS_STR ) ) {
  50             _type = Type.GOSLIM_ASPERGILLUS;
  51         }
  52         else if ( my_s.equals( GOSLIM_PLANT_STR ) ) {
  53             _type = Type.GOSLIM_PLANT;
  54         }
  55         else if ( my_s.equals( GOSLIM_YEAST_STR ) ) {
  56             _type = Type.GOSLIM_YEAST;
  57         }
  58         else if ( my_s.equals( GOSLIM_POMBE_STR ) ) {
  59             _type = Type.GOSLIM_POMBE;
  60         }
  61         else if ( my_s.equals( HIGH_LEVEL_ANNOTATION_QC_STR ) ) {
  62             _type = Type.HIGH_LEVEL_ANNOTATION_QC;
  63         }
  64         else if ( my_s.equals( UNVETTED_STR ) ) {
  65             _type = Type.UNVETTED;
  66         }
  67         else if ( my_s.equals( MF_NEEDS_REVIEW_STR ) ) {
  68             _type = Type.MF_NEEDS_REVIEW;
  69         }
  70         else {
  71             throw new IllegalArgumentException( "unknown GO subset type: " + my_s );
  72         }
  73     }
  74
  75     public BasicGoSubset( final Type type ) {
  76         _type = type;
  77     }
  78
  79     @Override
  80     public int compareTo( final GoSubset sub ) {
  81         return getType().compareTo( sub.getType() );
  82     }
  83
  84     @Override
  85     public boolean equals( final Object o ) {
  86         if ( this == o ) {
  87             return true;
  88         }
  89         else if ( o == null ) {
  90             throw new IllegalArgumentException( "attempt to check go subset equality to null" );
  91         }
  92         else if ( o.getClass() != this.getClass() ) {
  93             throw new IllegalArgumentException( "attempt to check go subset equality to " + o + " [" + o.getClass()
  94                     + "]" );
  95         }
  96         else {
  97             return ( getType() == ( ( GoSubset ) o ).getType() );
  98         }
  99     }
 100
 101     @Override
 102     public Type getType() {
 103         return _type;
 104     }
 105
 106     @Override
 107     public String toString() {
 108         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
 109         switch ( getType() ) {
 110             case GOSLIM_CANDIDA:
 111                 sb.append( GOSLIM_CANDIDA_STR );
 112                 break;
 113             case GOSLIM_GENERIC:
 114                 sb.append( GOSLIM_GENERIC_STR );
 115                 break;
 116             case GOSLIM_GOA:
 117                 sb.append( GOSLIM_GOA_STR );
 118                 break;
 119             case GOSLIM_PIR:
 120                 sb.append( GOSLIM_PIR_STR );
 121                 break;
 122             case GOSLIM_PLANT:
 123                 sb.append( GOSLIM_PLANT_STR );
 124                 break;
 125             case GOSLIM_ASPERGILLUS:
 126                 sb.append( GOSLIM_ASPERGILLUS_STR );
 127                 break;
 128             case GOSLIM_YEAST:
 129                 sb.append( GOSLIM_YEAST_STR );
 130                 break;
 131             case GOSUBSET_PROK:
 132                 sb.append( GOSUBSET_PROK_STR );
 133                 break;
 134             case GOSLIM_POMBE:
 135                 sb.append( GOSLIM_POMBE_STR );
 136                 break;
 137             case MF_NEEDS_REVIEW:
 138                 sb.append( MF_NEEDS_REVIEW_STR );
 139                 break;
 140             case HIGH_LEVEL_ANNOTATION_QC:
 141                 sb.append( HIGH_LEVEL_ANNOTATION_QC_STR );
 142                 break;
 143             case UNVETTED:
 144                 sb.append( UNVETTED_STR );
 145                 break;
 146             default:
 147                 new AssertionError( "unknown type: " + getType() );
 148         }
 149         return sb.toString();
 150     }
 151 }