forester/java/src/org/forester/go/BasicGoXRef.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.go;
  27
  28 public class BasicGoXRef implements GoXRef {
  29
  30     private final String _xref;
  31     private final Type   _type;
  32
  33     public BasicGoXRef( final String s ) {
  34         final String[] sa = s.split( ":" );
  35         if ( sa.length < 2 ) {
  36             throw new IllegalArgumentException( "unexpected format for GO xref: " + s );
  37         }
  38         final String type = sa[ 0 ].trim();
  39         if ( type.equals( EC_STR ) ) {
  40             _type = Type.EC;
  41         }
  42         else if ( type.equals( META_CYC_STR ) ) {
  43             _type = Type.META_CYC;
  44         }
  45         else if ( type.equals( REACTOME_STR ) ) {
  46             _type = Type.REACTOME;
  47         }
  48         else if ( type.equals( RESID_STR ) ) {
  49             _type = Type.RESID;
  50         }
  51         else if ( type.equals( UM_BBD_ENZYME_ID_STR ) ) {
  52             _type = Type.UM_BBD_ENZYME_ID;
  53         }
  54         else if ( type.equals( UM_BBD_PATHWAY_ID_STR ) ) {
  55             _type = Type.UM_BBD_PATHWAY_ID;
  56         }
  57         else if ( type.equals( UM_BBD_REACTIONID_STR ) ) {
  58             _type = Type.UM_BBD_REACTIONID;
  59         }
  60         else if ( type.equals( TC_STR ) ) {
  61             _type = Type.TC;
  62         }
  63         else if ( type.equals( ARACYC_STR ) ) {
  64             _type = Type.ARACYC;
  65         }
  66         else if ( type.equals( XX_STR ) ) {
  67             _type = Type.XX;
  68         }
  69         else if ( type.equals( PMID_STR ) ) {
  70             _type = Type.PMID;
  71         }
  72         else if ( type.equals( IMG_STR ) ) {
  73             _type = Type.IMG;
  74         }
  75         else if ( type.equals( GOC_STR ) ) {
  76             _type = Type.GOC;
  77         }
  78         else if ( type.equals( KEGG_STR ) ) {
  79             _type = Type.KEGG;
  80         }
  81         else if ( type.equals( WIKIPEDIA_STR ) ) {
  82             _type = Type.WIKIPEDIA;
  83         }
  84         else if ( type.equals( RHEA_STR ) ) {
  85             _type = Type.RHEA;
  86         }
  87         else if ( type.equals( NIF_SUBCELLULAR_STR ) ) {
  88             _type = Type.NIF_SUBCELLULAR;
  89         }
  90         else if ( type.equals( CORUM_STR ) ) {
  91             _type = Type.CORUM;
  92         }
  93         else if ( type.equals( UNIPATHWAY_STR ) ) {
  94             _type = Type.UNIPATHWAY;
  95         }
  96         else if ( type.equals( PO_STR ) ) {
  97             _type = Type.PO;
  98         }
  99         else if ( type.equals( SABIO_RK_STR ) ) {
 100             _type = Type.SABIO_RK;
 101         }
 102         else {
 103             _type = Type.OTHER;
 104         }
 105         _xref = sa[ 1 ].trim();
 106     }
 107
 108     public BasicGoXRef( final Type type, final String xref ) {
 109         _type = type;
 110         _xref = xref;
 111     }
 112
 113     @Override
 114     public int compareTo( final GoXRef xref ) {
 115         return getXRef().compareTo( xref.getXRef() );
 116     }
 117
 118     /**
 119      * Based on value and type.
 120      *
 121      *
 122      */
 123     @Override
 124     public boolean equals( final Object o ) {
 125         if ( this == o ) {
 126             return true;
 127         }
 128         else if ( o == null ) {
 129             throw new IllegalArgumentException( "attempt to check go xref equality to null" );
 130         }
 131         else if ( o.getClass() != this.getClass() ) {
 132             throw new IllegalArgumentException( "attempt to check go xref equality to " + o + " [" + o.getClass() + "]" );
 133         }
 134         else {
 135             return getXRef().equals( ( ( GoXRef ) o ).getXRef() ) && getType().equals( ( ( GoXRef ) o ).getType() );
 136         }
 137     }
 138
 139     @Override
 140     public Type getType() {
 141         return _type;
 142     }
 143
 144     @Override
 145     public String getXRef() {
 146         return _xref;
 147     }
 148
 149     @Override
 150     public String toString() {
 151         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 152         switch ( getType() ) {
 153             case EC:
 154                 sb.append( EC_STR );
 155                 break;
 156             case META_CYC:
 157                 sb.append( META_CYC_STR );
 158                 break;
 159             case REACTOME:
 160                 sb.append( REACTOME_STR );
 161                 break;
 162             case RESID:
 163                 sb.append( RESID_STR );
 164                 break;
 165             case UM_BBD_ENZYME_ID:
 166                 sb.append( UM_BBD_ENZYME_ID_STR );
 167                 break;
 168             case UM_BBD_PATHWAY_ID:
 169                 sb.append( UM_BBD_PATHWAY_ID_STR );
 170                 break;
 171             case UM_BBD_REACTIONID:
 172                 sb.append( UM_BBD_REACTIONID_STR );
 173                 break;
 174             case TC:
 175                 sb.append( TC_STR );
 176                 break;
 177             case ARACYC:
 178                 sb.append( ARACYC_STR );
 179                 break;
 180             case XX:
 181                 sb.append( XX_STR );
 182                 break;
 183             case GOC:
 184                 sb.append( GOC_STR );
 185                 break;
 186             case IMG:
 187                 sb.append( IMG_STR );
 188                 break;
 189             case PMID:
 190                 sb.append( PMID_STR );
 191                 break;
 192             case WIKIPEDIA:
 193                 sb.append( WIKIPEDIA_STR );
 194                 break;
 195             case OTHER:
 196                 sb.append( "other" );
 197                 break;
 198             default:
 199                 new AssertionError( "unknown type: " + getType() );
 200         }
 201         sb.append( ":" );
 202         sb.append( getXRef() );
 203         return sb.toString();
 204     }
 205 }