forester/java/src/org/forester/go/GoRelationship.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.go;
  27
  28 public interface GoRelationship extends Comparable<GoRelationship> {
  29
  30     public static final String PART_OF_STR              = "part_of";
  31     public static final String REGULATES_STR            = "regulates";
  32     public static final String NEGATIVELY_REGULATES_STR = "negatively_regulates";
  33     public static final String POSITIVELY_REGULATES_STR = "positively_regulates";
  34     public static final String HAS_PART_STR             = "has_part";
  35     public static final String OCCURS_IN_STR            = "occurs_in";
  36     public static final String HAPPENS_DURING_STR       = "happens_during";
  37     public static final String ENDS_DURING_STR       = "ends_during";
  38
  39     public GoId getGoId();
  40
  41     public Type getType();
  42
  43     public static enum Type {
  44         PART_OF, REGULATES, NEGATIVELY_REGULATES, POSITIVELY_REGULATES, HAS_PART, OCCURS_IN, HAPPENS_DURING, ENDS_DURING;
  45     }
  46 }