forester/java/src/org/forester/go/GoTerm.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.go;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  31
  32 public interface GoTerm extends PhylogenyData, Comparable<GoTerm> {
  33
  34     public List<GoId> getAltIds();
  35
  36     public String getComment();
  37
  38     public String getDefinition();
  39
  40     public GoId getGoId();
  41
  42     public GoNameSpace getGoNameSpace();
  43
  44     public List<GoRelationship> getGoRelationships();
  45
  46     public List<GoSubset> getGoSubsets();
  47
  48     public List<GoXRef> getGoXRefs();
  49
  50     public String getName();
  51
  52     public List<GoId> getSuperGoIds();
  53
  54     public boolean isObsolete();
  55 }