forester/java/src/org/forester/go/GoXRef.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.go;
  27
  28 public interface GoXRef extends Comparable<GoXRef> {
  29
  30     public static final String EC_STR                = "EC";
  31     public static final String META_CYC_STR          = "MetaCyc";
  32     public static final String REACTOME_STR          = "Reactome";
  33     public static final String RESID_STR             = "RESID";
  34     public static final String UM_BBD_ENZYME_ID_STR  = "UM-BBD_enzymeID";
  35     public static final String UM_BBD_PATHWAY_ID_STR = "UM-BBD_pathwayID";
  36     public static final String UM_BBD_REACTIONID_STR = "UM-BBD_reactionID";
  37     public static final String TC_STR                = "TC";
  38     public static final String ARACYC_STR            = "AraCyc";
  39     public static final String XX_STR                = "XX";
  40     public static final String PMID_STR              = "PMID";
  41     public static final String IMG_STR               = "IMG";
  42     public static final String GOC_STR               = "GOC";
  43     public static final String WIKIPEDIA_STR         = "Wikipedia";
  44     public static final String KEGG_STR              = "KEGG";
  45     public static final String RHEA_STR              = "RHEA";
  46     public static final String NIF_SUBCELLULAR_STR   = "NIF_Subcellular";
  47     public static final String CORUM_STR             = "CORUM";
  48     public static final String UNIPATHWAY_STR        = "UniPathway";
  49     public static final String PO_STR                = "PO";
  50     public static final String SABIO_RK_STR          = "SABIO-RK";
  51
  52     public Type getType();
  53
  54     public String getXRef();
  55
  56     public static enum Type {
  57         EC,
  58         META_CYC,
  59         REACTOME,
  60         RESID,
  61         UM_BBD_ENZYME_ID,
  62         UM_BBD_PATHWAY_ID,
  63         UM_BBD_REACTIONID,
  64         TC,
  65         ARACYC,
  66         XX,
  67         PMID,
  68         IMG,
  69         GOC,
  70         WIKIPEDIA,
  71         KEGG,
  72         RHEA,
  73         NIF_SUBCELLULAR,
  74         CORUM,
  75         UNIPATHWAY,
  76         PO,
  77         SABIO_RK;
  78     }
  79 }