forester/java/src/org/forester/go/GoXRef.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.go;
  27
  28 public interface GoXRef extends Comparable<GoXRef> {
  29
  30     public static final String EC_STR                = "EC";
  31     public static final String META_CYC_STR          = "MetaCyc";
  32     public static final String REACTOME_STR          = "Reactome";
  33     public static final String RESID_STR             = "RESID";
  34     public static final String UM_BBD_ENZYME_ID_STR  = "UM-BBD_enzymeID";
  35     public static final String UM_BBD_PATHWAY_ID_STR = "UM-BBD_pathwayID";
  36     public static final String UM_BBD_REACTIONID_STR = "UM-BBD_reactionID";
  37     public static final String TC_STR                = "TC";
  38     public static final String ARACYC_STR            = "AraCyc";
  39     public static final String XX_STR                = "XX";
  40     public static final String PMID_STR              = "PMID";
  41     public static final String IMG_STR               = "IMG";
  42     public static final String GOC_STR               = "GOC";
  43     public static final String WIKIPEDIA_STR         = "Wikipedia";
  44     public static final String KEGG_STR              = "KEGG";
  45
  46     public Type getType();
  47
  48     public String getXRef();
  49
  50     public static enum Type {
  51         EC,
  52         META_CYC,
  53         REACTOME,
  54         RESID,
  55         UM_BBD_ENZYME_ID,
  56         UM_BBD_PATHWAY_ID,
  57         UM_BBD_REACTIONID,
  58         TC,
  59         ARACYC,
  60         XX,
  61         PMID,
  62         IMG,
  63         GOC,
  64         WIKIPEDIA,
  65         KEGG;
  66     }
  67 }