forester/java/src/org/forester/go/PfamToGoMapping.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.go;
  27
  28 public class PfamToGoMapping implements Mapping {
  29
  30     private final String _pfam_domain_id;
  31     private final GoId   _go_id;
  32
  33     public PfamToGoMapping( final String pfam_domain_id, final GoId go_id ) {
  34         _pfam_domain_id = pfam_domain_id;
  35         _go_id = go_id;
  36     }
  37
  38     @Override
  39     public int compareTo( final Mapping m ) {
  40         if ( this == m ) {
  41             return 0;
  42         }
  43         return getKey().compareTo( ( String ) m.getKey() );
  44     }
  45
  46     /**
  47      * Based on key and value.
  48      *
  49      *
  50      */
  51     @Override
  52     public boolean equals( final Object o ) {
  53         if ( this == o ) {
  54             return true;
  55         }
  56         else if ( o == null ) {
  57             throw new IllegalArgumentException( "attempt to check pfam to go mapping equality to null" );
  58         }
  59         else if ( o.getClass() != this.getClass() ) {
  60             throw new IllegalArgumentException( "attempt to check pfam to go mapping equality to " + o + " ["
  61                     + o.getClass() + "]" );
  62         }
  63         else {
  64             return getKey().equals( ( ( PfamToGoMapping ) o ).getKey() )
  65                     && getValue().equals( ( ( PfamToGoMapping ) o ).getValue() );
  66         }
  67     }
  68
  69     @Override
  70     public String getKey() {
  71         return _pfam_domain_id;
  72     }
  73
  74     @Override
  75     public GoId getValue() {
  76         return _go_id;
  77     }
  78
  79     @Override
  80     public String toString() {
  81         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
  82         sb.append( getKey().toString() );
  83         sb.append( " > " );
  84         sb.append( getValue().toString() );
  85         return sb.toString();
  86     }
  87 }