forester/java/src/org/forester/io/parsers/nexus/NexusCharactersParser.java

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  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: www.phylosoft.org/
  26
  27 package org.forester.io.parsers.nexus;
  28
  29 import java.io.BufferedReader;
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.List;
  33
  34 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  35 import org.forester.io.parsers.util.PhylogenyParserException;
  36 import org.forester.util.ForesterUtil;
  37
  38 public class NexusCharactersParser {
  39
  40     final private static String charstatelabels = NexusConstants.CHARSTATELABELS.toLowerCase();
  41     private Object              _nexus_source;
  42     private String[]            _char_state_labels;
  43
  44     public String[] getCharStateLabels() {
  45         return _char_state_labels;
  46     }
  47
  48     private Object getNexusSource() {
  49         return _nexus_source;
  50     }
  51
  52     public void parse() throws IOException {
  53         reset();
  54         final BufferedReader reader = ParserUtils.createReader( getNexusSource() );
  55         String line;
  56         boolean in_charstatelabels = false;
  57         final List<String> labels_list = new ArrayList<String>();
  58         int counter = 1;
  59         while ( ( line = reader.readLine() ) != null ) {
  60             line = line.trim();
  61             if ( ( line.length() > 0 ) && !line.startsWith( "#" ) && !line.startsWith( ">" ) ) {
  62                 if ( line.toLowerCase().startsWith( charstatelabels ) ) {
  63                     in_charstatelabels = true;
  64                 }
  65                 else if ( in_charstatelabels ) {
  66                     String label = line;
  67                     if ( label.indexOf( ' ' ) > 0 ) {
  68                         final String[] s = label.split( "\\s+" );
  69                         label = s[ 1 ];
  70                         int count = -1;
  71                         try {
  72                             count = Integer.parseInt( s[ 0 ] );
  73                         }
  74                         catch ( final NumberFormatException ex ) {
  75                             throw new NexusFormatException( "failed to parse character label number from: " + line );
  76                         }
  77                         if ( count != counter ) {
  78                             throw new NexusFormatException( "character label numbers are not in order, current line: "
  79                                     + line );
  80                         }
  81                     }
  82                     ++counter;
  83                     label = label.replaceAll( "[\\s;\"',]+", "" );
  84                     if ( !ForesterUtil.isEmpty( label ) ) {
  85                         if ( labels_list.contains( label ) ) {
  86                             throw new NexusFormatException( "character label [" + label + "] is not unique" );
  87                         }
  88                         labels_list.add( label );
  89                     }
  90                 }
  91                 if ( line.endsWith( ";" ) ) {
  92                     in_charstatelabels = false;
  93                 }
  94             }
  95         }
  96         setCharStateLabels( new String[ labels_list.size() ] );
  97         int i = 0;
  98         for( final String label : labels_list ) {
  99             getCharStateLabels()[ i++ ] = label;
 100         }
 101     }
 102
 103     private void reset() {
 104         setCharStateLabels( new String[ 0 ] );
 105     }
 106
 107     private void setCharStateLabels( final String[] char_state_labels ) {
 108         _char_state_labels = char_state_labels;
 109     }
 110
 111     public void setSource( final Object nexus_source ) throws PhylogenyParserException, IOException {
 112         if ( nexus_source == null ) {
 113             throw new PhylogenyParserException( getClass() + ": attempt to parse null object." );
 114         }
 115         _nexus_source = nexus_source;
 116     }
 117 }