forester/java/src/org/forester/io/parsers/nexus/NexusConstants.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.nexus;
  27
  28 public final class NexusConstants {
  29
  30     public final static String NEXUS            = "#NEXUS";
  31     public final static String BEGIN_TAXA       = "Begin Taxa;";
  32     public final static String BEGIN_TREES      = "Begin Trees;";
  33     public final static String TREE             = "Tree";
  34     public final static String DIMENSIONS       = "Dimensions";
  35     public final static String NTAX             = "NTax";
  36     public final static String NCHAR            = "NChar";
  37     public final static String TAXLABELS        = "TaxLabels";
  38     public final static String CHARSTATELABELS  = "CharStateLabels";
  39     public final static String END              = "End;";
  40     public final static String MATRIX           = "Matrix";
  41     public final static String BEGIN_CHARACTERS = "Begin Characters;";
  42     public final static String FORMAT           = "Format";
  43     public final static String DATATYPE         = "DataType";
  44     public final static String STANDARD         = "Standard";
  45     public final static String SYMBOLS          = "Symbols";
  46     public static final String TRANSLATE        = "Translate";
  47     public static final String UTREE            = "UTREE";
  48 }