forester/java/src/org/forester/io/parsers/nhx/NHXtags.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.nhx;
  27
  28 public final class NHXtags {
  29
  30     public static final String CUSTOM_DATA_ON_NODE        = "XN=";
  31     public static final String COLOR                      = "C=";
  32     public static final String PARENT_BRANCH_WIDTH        = "W=";
  33     public static final String SUBTREE_NEIGHBORS          = "SNn=";
  34     public static final String SUPER_ORTHOLOGOUS          = "SOn=";
  35     public static final String ORTHOLOGOUS                = "On=";
  36     public static final String TAXONOMY_ID                = "T=";
  37     public static final String SUPPORT                    = "B=";
  38     public static final String IS_DUPLICATION             = "D=";
  39     public static final String ANNOTATION                 = "AN="; //TODO fix on website NHXv2
  40     public static final String SPECIES_NAME               = "S=";
  41     public static final String DOMAIN_STRUCTURE           = "DS=";
  42     public static final String GENE_NAME                  = "GN=";
  43     public static final String GENE_NAME_SYNONYM          = "G=";
  44     public static final String SEQUENCE_ACCESSION         = "AC=";
  45     public static final String NODE_IDENTIFIER            = "ID="; //TODO fix on website NHXv2
  46     public static final Object BRANCH_WIDTH               = "W=";
  47     @Deprecated
  48     public static final String BINARY_DOMAIN_COMBINATIONS = "GDC=";
  49     @Deprecated
  50     public static final String DOMAINS_SEPARATOR          = "\\|";
  51     @Deprecated
  52     public static final String DOMAINS                    = "GD=";
  53     @Deprecated
  54     public static final String EC_NUMBER                  = "E=";
  55 }