forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/PhyloXmlUtil.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml;
  27
  28 import java.util.HashSet;
  29 import java.util.Set;
  30 import java.util.regex.Pattern;
  31
  32 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  33
  34 public final class PhyloXmlUtil {
  35
  36     public final static Pattern      SEQUENCE_SYMBOL_PATTERN                    = Pattern.compile( "\\S{1,20}" );
  37     public final static Pattern      TAXOMONY_CODE_PATTERN                      = Pattern
  38             .compile( ParserUtils.TAX_CODE );
  39     public final static Pattern      LIT_REF_DOI_PATTERN                        = Pattern
  40             .compile( "[a-zA-Z0-9_\\.]+\\S+" );
  41     public final static Set<String>  SEQUENCE_TYPES                             = new HashSet<String>();
  42     public static final int          ROUNDING_DIGITS_FOR_PHYLOXML_DOUBLE_OUTPUT = 9;
  43     public static final String       VECTOR_PROPERTY_REF                        = "vector:index=";
  44     public static final String       VECTOR_PROPERTY_TYPE                       = "xsd:decimal";
  45     public static final String       UNIPROT_TAX_PROVIDER                       = "uniprot";
  46     public static final String       SEQ_TYPE_RNA                               = "rna";
  47     public static final String       SEQ_TYPE_DNA                               = "dna";
  48     public static final String       SEQ_TYPE_PROTEIN                           = "protein";
  49     static {
  50         SEQUENCE_TYPES.add( SEQ_TYPE_RNA );
  51         SEQUENCE_TYPES.add( SEQ_TYPE_PROTEIN );
  52         SEQUENCE_TYPES.add( SEQ_TYPE_DNA );
  53
  54     };
  55 }