forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/PhyloXmlUtil.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml;
  27
  28 import java.util.HashSet;
  29 import java.util.Set;
  30 import java.util.regex.Pattern;
  31
  32 public final class PhyloXmlUtil {
  33
  34     public final static Pattern     SEQUENCE_SYMBOL_PATTERN                    = Pattern.compile( "\\S{1,20}" );
  35     public final static Pattern     TAXOMONY_CODE_PATTERN                      = Pattern.compile( "[a-zA-Z0-9_]{1,10}" );
  36     public final static Pattern     LIT_REF_DOI_PATTERN                        = Pattern
  37                                                                                        .compile( "[a-zA-Z0-9_\\.]+\\S+" );
  38     public final static Set<String> SEQUENCE_TYPES                             = new HashSet<String>();
  39     public final static Set<String> TAXONOMY_RANKS                             = new HashSet<String>();
  40     public static final int         ROUNDING_DIGITS_FOR_PHYLOXML_DOUBLE_OUTPUT = 9;
  41     public static final String      VECTOR_PROPERTY_REF                        = "vector:index=";
  42     public static final String      VECTOR_PROPERTY_TYPE                       = "xsd:decimal";
  43     public static final String      UNIPROT_TAX_PROVIDER                       = "uniprot";
  44     static {
  45         SEQUENCE_TYPES.add( "rna" );
  46         SEQUENCE_TYPES.add( "protein" );
  47         SEQUENCE_TYPES.add( "dna" );
  48         TAXONOMY_RANKS.add( "domain" );
  49         TAXONOMY_RANKS.add( "superkingdom" );
  50         TAXONOMY_RANKS.add( "kingdom" );
  51         TAXONOMY_RANKS.add( "subkingdom" );
  52         TAXONOMY_RANKS.add( "branch" );
  53         TAXONOMY_RANKS.add( "infrakingdom" );
  54         TAXONOMY_RANKS.add( "superphylum" );
  55         TAXONOMY_RANKS.add( "phylum" );
  56         TAXONOMY_RANKS.add( "subphylum" );
  57         TAXONOMY_RANKS.add( "infraphylum" );
  58         TAXONOMY_RANKS.add( "microphylum" );
  59         TAXONOMY_RANKS.add( "superdivision" );
  60         TAXONOMY_RANKS.add( "division" );
  61         TAXONOMY_RANKS.add( "subdivision" );
  62         TAXONOMY_RANKS.add( "infradivision" );
  63         TAXONOMY_RANKS.add( "superclass" );
  64         TAXONOMY_RANKS.add( "class" );
  65         TAXONOMY_RANKS.add( "subclass" );
  66         TAXONOMY_RANKS.add( "infraclass" );
  67         TAXONOMY_RANKS.add( "superlegion" );
  68         TAXONOMY_RANKS.add( "legion" );
  69         TAXONOMY_RANKS.add( "sublegion" );
  70         TAXONOMY_RANKS.add( "infralegion" );
  71         TAXONOMY_RANKS.add( "supercohort" );
  72         TAXONOMY_RANKS.add( "cohort" );
  73         TAXONOMY_RANKS.add( "subcohort" );
  74         TAXONOMY_RANKS.add( "infracohort" );
  75         TAXONOMY_RANKS.add( "superorder" );
  76         TAXONOMY_RANKS.add( "order" );
  77         TAXONOMY_RANKS.add( "suborder" );
  78         TAXONOMY_RANKS.add( "superfamily" );
  79         TAXONOMY_RANKS.add( "family" );
  80         TAXONOMY_RANKS.add( "subfamily" );
  81         TAXONOMY_RANKS.add( "supertribe" );
  82         TAXONOMY_RANKS.add( "tribe" );
  83         TAXONOMY_RANKS.add( "subtribe" );
  84         TAXONOMY_RANKS.add( "infratribe" );
  85         TAXONOMY_RANKS.add( "genus" );
  86         TAXONOMY_RANKS.add( "subgenus" );
  87         TAXONOMY_RANKS.add( "superspecies" );
  88         TAXONOMY_RANKS.add( "species" );
  89         TAXONOMY_RANKS.add( "subspecies" );
  90         TAXONOMY_RANKS.add( "variety" );
  91         TAXONOMY_RANKS.add( "subvariety" );
  92         TAXONOMY_RANKS.add( "form" );
  93         TAXONOMY_RANKS.add( "subform" );
  94         TAXONOMY_RANKS.add( "cultivar" );
  95         TAXONOMY_RANKS.add( "strain" );
  96         TAXONOMY_RANKS.add( "unknown" );
  97         TAXONOMY_RANKS.add( "other" );
  98     };
  99 }