forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/AccessionParser.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  29 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  30 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  31 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  32 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  33
  34 public class AccessionParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  35
  36     private final static PhylogenyDataPhyloXmlParser _instance;
  37     static {
  38         try {
  39             _instance = new AccessionParser();
  40         }
  41         catch ( final Throwable e ) {
  42             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  43         }
  44     }
  45
  46     private AccessionParser() {
  47     }
  48
  49     @Override
  50     public PhylogenyData parse( final XmlElement element ) throws PhyloXmlDataFormatException {
  51         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.ACCESSION_SOURCE_ATTR )
  52                 && element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.ACCESSION_COMMENT_ATTR ) ) {
  53             return new Accession( element.getValueAsString(),
  54                                   element.getAttribute( PhyloXmlMapping.ACCESSION_SOURCE_ATTR ),
  55                                   element.getAttribute( PhyloXmlMapping.ACCESSION_COMMENT_ATTR ) );
  56         }
  57         else if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.ACCESSION_SOURCE_ATTR ) ) {
  58             return new Accession( element.getValueAsString(),
  59                                   element.getAttribute( PhyloXmlMapping.ACCESSION_SOURCE_ATTR ) );
  60         }
  61         else if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.ACCESSION_COMMENT_ATTR ) ) {
  62             return new Accession( element.getValueAsString(),
  63                                   "?",
  64                                   element.getAttribute( PhyloXmlMapping.ACCESSION_COMMENT_ATTR ) );
  65         }
  66         else {
  67             return new Accession( element.getValueAsString(), "?" );
  68         }
  69     }
  70
  71     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance() {
  72         return _instance;
  73     }
  74 }